ESQUEMA 1.

 QUÍMICA BIOORGÁNICA Y EL NIVEL SUPRAMOLECULAR

QUÍMICA BIOORGÁNICA
• química orgánica + bioquímica
• Transformación biomoléculas (reacciones químicas de seres vivos)
• P. metabólicos, biogénesis productos naturales, uso de enzimas, R. molecular…
• Desarrolla ingeniería genética, biomedicina, biotecnología...
EFECTOS DE PROXIMIDAD EN QUÍMICA ORGÁNICA
Asistencia anquimérica
• Grupos Reactivos vecinos → polarización de enlace  velocidad de reacción
• Grupo   con   par   de   e⁻   no   compartidos   está   próximo   a   un   grupo   saliente,   coopera
asistiendo la salida del nucleófugo.
◦ Hidrólisis de 4­clorobutanol ↑ respecto a la del 3­cloropropanol. 
◦ Hidrólisis asistida: grupo puede acelerar la vhidrólisis al participar por proximidad

o-carboxi-fenil-β-D-glucósido

p-carboxi-fenil-β-D-glucósido

Catálisis bifuncional
• Ácido 2,2’ ­tolandicarboxílico en etanol, 10⁴ más rápido que el 2,4 ’. Uno grupo carboxilo
actúa   como   catalizador   ácido   general   por   mecanismo   de     catálisis   complementaria
bifuncional.

ADAPTACIÓN MOLECULAR
(*) Bioisostería 
• Compuestos de estructuras relacionadas mismo tipo de actividad biológica (Friedman)
• Isostería química, propiedades f­q similares de iones y moléculas mismo n⁰ de átomos
y e⁻de valencia, N₂ y CO 
• Los grupos bioisósteros:
◦ Poseen formas y volúmenes similares
◦ Distribución electrónica parecida
◦ Propiedades físico­química comparables
◦ Presentan el mismo tipo de actividad biológica
En farmacología  →  diseño de fármacos por variación o modificación molecular  →   fármaco
más potente, ↑ selectividad, ↓ efectos secundarios, simplificar  síntesis y ↓ la toxicidad. 

Química Bioorgánica y productos naturales  1
ESQUEMA 1. QUÍMICA BIOORGÁNICA Y EL NIVEL SUPRAMOLECULAR

(*) La conformación. Tiroxina átomos de I que mantienen rígidos anillos de benzeno
(*) Tamaño y forma de las cadenas laterales. Antimaláricos derivados de la primaquina
(*) Efectos inductivos y de resonancia 
RECONOCIMIENTO MOLECULAR Y EL NIVEL SUPRAMOLECULAR
Reconocimiento molecular. 
• Una especie química es reconocida selectivamente por un receptor adecuado. En los
seres vivos cada molécula tiene composición y forma única → interactuar con otras
moléculas.
• Fischer hipótesis (lock and key). En base a resultados, dedujo la especificidad ES en
base a la complementariedad geométrica
◦ E estructuras rígidas complementarias S se acopla como una llave a su cerradura
◦ E son específicas para cada S
◦ Centro Activo (complementario al sustrato) → se crean interacciones → ES
◦ La transformación ES  →  P, el E pierde afinidad por el P y se libera del centro
activo.
Explica la especificidad de las enzimas, falla al intentar explicar la estabilización del
estado de transición
• Estrategia general para construir un modelo bioorgánico

• Definido   por   la   energía   e   implica   la   existencia   de   interacciones   y   requisitos

espaciales entre ambas especies para cumplir un propósito determinado
Química biomimética o química abiótica
• Se basa en imitar los procesos químicos de los sistemas biológicos, permite crear
nuevos tipos de estructuras, catalizadores, transportadores que realizan funciones
iguales o distintas a los seres vivos.
• Ejemplo. Síntesis de péptidos por modificación de éteres corona modificados

Química Bioorgánica y productos naturales  2
ESQUEMA 1. QUÍMICA BIOORGÁNICA Y EL NIVEL SUPRAMOLECULAR

NATURALEZA DE LAS INTERACIONES MOLECULARES NO­COVALENTES
• Tienen lugar en química supramolecular.
• Más débiles que covalentes (150­450kJ mol⁻¹), pero capaces formar entidades estables
(*) Iónicas y dipolares
• Tipo electrostático entre: ion­ion; ion­dipolo; dipolo­dipolo (Ley de Coulomb)
• Las cargas pueden ser:
◦ Netas, un grupo está ionizado
◦ Dipolares,   la   carga   desplazamiento   de   la   densidad   electrónica   a   átomos   más
electronegativos, se forma un dipolo.
• Tipos de interacciones:
◦ Ion­ion, son no direccionales, comparables a covalentes.   F e  200­ 300 kJ mol⁻¹. Ej.
Cloruro de trabutilamonio
◦ Ion–dipolo y dipolo–dipolo, + débiles y dependen alineación de las identidades en
una determinada dirección
Ion – dipolo → Fe 50 – 200 kJ mol⁻¹.  Ej. Sodio [15]corona­5
Dipolo – dipolo  → Fe 5 – 50 kJ mol⁻¹. Ej. Acetona

(*) Enlace de hidrógeno 
• Clase especial  dipolo­dipolo entre grupo dador de H  y un grupo aceptor de H
• Importante en asociación molecular → bastante fuerte y suficientemente direccional 
◦ El (D), tienen un átomo de H unido a uno electronegativo, forman enlace muy polar
en el que el H  tiene δ⁺ pequeña.
◦ El (A) es un grupo electronegativo o tiene pares de e ⁻ sin compartir. Se forma un
enlace entre el H y el grupo A.
• Las entidades robustas y con orientación específica (ADN, H₂O…) Fe 4 – 120 kJ mol⁻¹
◦ Primarias. Interacción directa D y A: lineal o inclinada y enlaces bifucardos,  entre
aceptores y dadores compartidos.
◦ Secundarias.  Entre  grupos  vecinos.  La  fortaleza  del enlace  ↑  o  ↓   en  función  de
atracción o repulsión entre las cargas.

Química Bioorgánica y productos naturales  3
ESQUEMA 1. QUÍMICA BIOORGÁNICA Y EL NIVEL SUPRAMOLECULAR

(*) Interacciones π
Interacción catión – π  
• Son interacciones entre la cara de sistema π rico en e⁻ (benceno, etileno) con catión 
• Importantes en q. organometálica y en  estabilización de la estructura tridimensional de
las proteínas y en el reconocimiento molecular
• Fe  5 – 80 kJ mol⁻¹.   Ej.  K⁺ benceno
Interacciones electrostáticas π–π, entre núcleos aromáticos.
◦ cara–cara (face to face) interacción un anillo y el extremo de otro.
◦ vértice–cara (edge to face) el átomo de H de un anillo interacciona perpendicularmente
con el centro del otro anillo.
       Fe  0 – 50  kJ mol⁻¹.  Benceno grafito
(*) Interacciones de van der Waals
• Entre dipolos transitorios → átomos no cargados muy próximos. Variaciones aleatorias
en la posición de los e⁻ alrededor de los núcleos.
• Fe < 5 kJ mol⁻¹ acción combinada de muchas de ellas → gran estabilidad a la molécula.
• Ej. empaquetamiento de cristales moleculares
(*) Interacción hidrófoba
• Entre zonas hidrófobas de una misma molécula o moléculas diferentes → se aproximan
entre sí (excluyen el agua que las rodea) y establecen un contacto estable entre ellas.
• Se da en moléculas apolares en entornos acuosos. 
La fuerza de estas interacciones no está en la atracción entre regiones hidrófobas, sino
en la tendencia de ofrecer al disolvente, agua, la mínima superficie de contacto 
• Son interacciones relativamente más fuertes que van der Waals. Su fortaleza depende:
◦ Temperatura, al aumentar disminuye la fuerza.
◦ Número de átomos de carbono presentes en la molécula, ↑ C  ↑ fuerza.
◦ Forma   de   la   molécula,   alifáticas   tienen   mayor   fuerza   de   interacción   que   las
aromáticas y las ramificaciones, debido al impedimento estérico.
• Ej. compuestos de inclusión de ciclodextrinas.

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