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ADN, ARN et PROTEINES

INTRODUCTION
1 - Toutes les maladies génétiques font intervenir des anomalies au niveau de la
cellule. A cet effet il faut connaître les notions de base de la biologie cellulaire
notamment l’ADN, l’ARN et les protéines.
- Ces types d’erreurs produisent des maladies génétiques à l’échelle moléculaire et des
maladies chromosomiques au niveau de la division cellulaire.
- Il est donc essentiel de connaître les mécanismes par lesquels les gènes sont
répliqués et traduit en protéines.
2 - Le noyau de la cellule contient de la chromatine.
- Avant la division cette chromatine se condense pour former les chromosomes.
- Les chromosomes contiennent les gènes qui sont transmis des parents à leurs
descendances. Ce sont donc les unités de base de l’hérédité.
- Ces gènes peuvent transmettre aussi bien aussi bien les caractères physiques que les
maladies.
3 - Le gène est composé d’ADN: acide désoxyribonucléique, qui permet l’élaboration de
toutes les protéines de l’organisme.
- Le nombre de gènes dans l’organisme humain est estimé à environ 25000. Ils codent
pour l’ARN et les protéines.
- Une erreur ou mutation au niveau de ces gènes entraine une maladie génétique.
Actuellement un très grand nombre de maladies génétiques a été identifié.

I- L’ADN
A- Composition et structure de L’ADN
1- La molécule d’ADN est formé par:
* un sucre, le désoxyribose
* un groupement phosphate
* 4 bases azotés:
=> La cytosine et la thymine formés par un hétérocycle simple composé
d’atome de carbone et d’azote. On les appelle les bases pyrimidiques.
=> L’adénine et la guanine composé d’un double hétérocycle composé
de carbone et d’azote . On les appelle les bases puriques.
Ces bases sont reliés entre elles par des liaisons hydrogènes et elles sont
représentées par les signes ATCG

- Watson et Crick ont décrit au milieu du XXème siècle l’ADN sous forme
d’une double hélice, représentée par une échelle torsadée, possédant une
colonne vertébrale formée de sucres et de phosphates et des barreaux
formés par les bases azotées.
- L’échelle se termine soit en 3’, soit en 5’..
- Chaque sous unité d ’ADN composée d’un désoxyribose, d’un groupement
phosphate et d’une base s’appelle nucléotide.
- Différentes séquences de bases de nucléotides ( ATTCGGAA ) déterminent
des protéines particulières.
- Chaque cellule haploïde humaine contient 3 milliards de paires de bases de
nucléotides.
2- Si L’ADN d’une cellule était étiré il ferait 2m de long et pour qu’il puisse
être contenu dans un tout petit noyau il faut qu’il soit compacté.
- De quelle manière?
* L’ ADN est enroulé autour d’un noyau protéique constitué d’histones, il
forme un nucléosome. A peu près 140 à 150 bases d’ADN sont enroulées
autour de chaque atome d’histone, puis il y a un espace formé de 20 à 60
bases avant le nucléosome suivant.
* Ensuite 6 nucléosomes forme un solénoïde hélicoïdal.
* Les solénoïdes sont organisés aussi en boucles de chromatine fixées un
squelette protéique.

* Chacune de ces boucles contient environ 100000 paires de bases (1OOKb)


d’ADN.
* A la fin de cet enroulement est condensé et il a une longueur de
1/1OOOOème de celle qu’il avait été s’il avait était étiré.

B- La Réplication
- Les cellules se divisent pour donner des cellules filles identiques à elle.
De ce fait il est essentiel que l’ADN soit dupliqué.
- La réplication de l’ADN commence par la rupture des liaisons hydrogènes
entre les bases. Ceci conduit à un brin simple d’ADN et chaque base de cet
ADN est non appariée. L’appariement de chaque base se fait entre l’Adénine
et la Thymine ; la Guanine et la Cytosine : C’est l’appariement des bases
complémentaires.

- Exemple : Un morceau d’ADN simple brin avec la séquence CGTCAA se liera


avec des nucléotides libres dont les bases sont : GCAGTT.
- On appelle matrice, le brin à partir duquel le brin complémentaire est
synthétisé.
- A la fin de la réplication, nous aboutissons à un nouveau brin identique au
1er .
- Différents enzymes participent à la réplication de l’ADN.
=>Une enzyme va dérouler la double hélice.
=>Une enzyme maintient les brins écartés.
La réplication commence en différents endroits du chromosome : boucles de
réplication, c’est grâce à ce phénomène que la réplication se fait rapidement.

II- Des gènes aux protéines


-L’ADN est répliqué dans le noyau de la cellule.
- La synthèse des protéines se déroule dans le cytoplasme.
- Les informations contenues dans l’ADN doivent être transportées vers le
cytoplasme et être utilisé pour former les protéines.
2 étapes pour cela :
 La transcription
 La traduction
- Ces 2 étapes sont réalisés par l’ ARN.
- L’ ARN est comme l’ ADN formé de sucres, de groupements phosphates et
de bases azotées.
Le sucre est un ribose, l’uracile remplace la thymine, et l’ARN est en simple
brin.
A- La transcription
- C’est le processus par lequel une séquence d’ARN est formée à partir d’une
matrice d’ ADN. Il s’agit de l’ARN messager (ARNm.)
- Cette transcription se fait à partir d’un site promoteur de l’ ADN grâce à
l’enzyme ARN polymérase II. (un promoteur est une séquence de nucléotides
situés juste en amont d’un gène)
-L’ ARN polymérase écarte les brins d’ADN, l’un va servir de matrice pour la
séquence des nucléotides de l’ ARNm.
- Le choix de l’un des brins se fait sur celui qui est orienté 3’5’ (brin
antisens) car la molécule d’ARN messager ne peut-être synthétisée que dans
le sens 5’3’.
- La séquence de nucléotides de l’ARNm est identique à celle du brin d’ADN
qui n’est pas copié (brin sens) sauf que l’uracile remplace la thymine.
- A l’extrémité de l’ARN messager en croissance se fixe une coiffe formée
d’un nucléotide guanilique qui va empêcher l’ARNm de se dégrader et sert
de point de départ pour la traduction de la molécule en protéine.
- La transcription s’arrête quand apparaît une séquence de terminaison (100
à 200 résidus d’adénine) ajoutée à l’extrémité 3’ de la molécule d’ARN : On
l’appelle queue poly-A et elle participe à la stabilisation de l’ARNm.
Cette molécule d’ ARNm porte le nom de transcrit primaire.

B- Régulation de l’expression des gènes


- Un petit nombre de gènes sont transcrits dans toutes les cellules de
l’organisme. Ce sont les gènes domestiques, ils codent pour des substances
nécessaires à la cellule et à son métabolisme.
- La plupart des gènes sont transcrits uniquement dans des tissus spécialisés
et à des moments précis.
- Un des éléments transcriptionnel importants est l’ARN polymérase II. Elle
joue un rôle capital dans l’initiation de la transcription, en se liant à la région
du promoteur.
Elle nécessite l’interaction avec plusieurs protéines différentes, dont les
facteurs de transcription généraux ( basaux ) et avec des séquences d’ ADN
spécifiques de la région du promoteur (comme la boîte TATA pour
l’initiation de la transcription).
- Les facteurs de transcription généraux permettent à l’ ADN polymérase de
se lier au promoteur pour qu’elle puisse exercer correctement sa fonction de
transcription.
- Quand à la transcription des gènes spécifiques il y a une interaction avec
des séquences qu’on appelle amplificateurs qui ne peuvent agir qu’en
présence d’autres facteurs spécifiques, les activateurs.
Les activateurs se lient à leur tour à d’autre facteurs de transcription
spécifiques, les coactivateurs, qui se lient eux mêmes aux facteurs de
transcription généraux.

- Cette chaîne d’interaction augmente la transcription des gènes spécifiques


à des moments déterminés.
- Les amplificateurs font augmenter la transcription de gènes spécifiques.
Les silencers répriment la transcription des gènes par une série
d’interactions.
- Des mutations des amplificateurs, des silencers, des promoteurs, des gènes
codant pour les facteurs de transcription peuvent conduire à une expression
fausse des gènes vitaux et donc à des maladies génétiques.
- Comment les facteurs de transcription peuvent-ils localiser des séquences
d’ADN spécifique ?
 Ceci se fait grâce aux motifs de liaisons à l’ADN.
Les facteurs de transcription contiennent des motifs de liaison de l’ADN qui
leurs permettent d’interagir avec des séquences d’ADN spécifique. (hélice-
tour-hélice; hélice-boucle-hélice; Doigt de Zinc; Fermeture éclair…)
L’activité des gènes peut également être liée à des schémas d’enroulement
ou de condensation de la chromatine. (chromatine= combinaison
ADN+histones)
- Les régions hautement condensées, sont appelées hétérochromatines (il y a
acétylation des histones) et sont par conséquent inaccessible aux facteurs de
transcription donc inactive pour la transcription.

C- L’épissage des gènes


- Le transcrit primaire d’ARN messager est complémentaire de la séquence
d’ADN à copier.
- Avant de quitter le noyau, l’ARN messager dit subir un épissage c’est à dire :
Des segments d’ARN sont enlevés par des enzymes nucléaires et les
segments qui restent sont épissés les uns avec les autres pour former un
ARN fonctionnel qui va migrer vers le cytoplasme = Transcrit mature
- Les séquences excisés sont appelées = les introns.
- Les séquences qui vont coder pour les protéines = les exons.
(épissage alternatif  protéines différentes).
- Il peut y avoir ici aussi des erreurs dans l’épissage des gènes
 maladies génétiques.
D- Le code génétique
- Les protéines sont formés d’un ou plusieurs polypeptides formés à leur
tour d’acides aminés.
- Nous possédons 20 AA différents et 4 bases.
- Un triplet de bases ( 3 bases ) ( codons) est traduit en AA.
- Nous aurons 64 combinaisons, plus qu’il n’en faut pour définir chaque AA.
- La correspondance entre les codons spécifiques et les AA définit le code
génétique.
- Sur ces 64 codons possibles, 3 signalent la fin d’un gène, ce sont les codons
stop UAA UGA UAG.
- Les 61 codons restants désignent tous des AA :
* Un AA donné peut correspondre à plusieurs codons.
UUU et UUC c’est la phénylalanine.
* Chaque codon ne peut désigner qu’un AA.

E- La traduction
- C’est le mécanisme par lequel on part de l’ ARNm pour arriver à la synthèse
des protéines.
- L’ ARNm ne se lie pas directement aux AA, il faut qu’il interagisse avec un
autre ARN: ARN de transfert ( ARNt ).
- Cette ARNt est en forme de trèfles et comprend 80 nucléotides.
- Chaque ARNt possède à son extrémité 3’ un site pourvu d’un AA spécifique
et à l’extrémité opposée une séquence de 3 nucléotides qu’on appelle
anticodon.
- L’ARNt capture l’ AA correspondant au triplet complémentaire de la
séquence de l’anticodon.
- L’anticodon subit un appariement de bases complémentaires avec le codon
approprié de l ’ARNm et l’ AA fixé à l’ ARNt est transféré à la chaine du
polypeptide en cours de synthèse.
- La synthèse des protéines se fait au niveau du ribosome.
- L’ ARN ribosomique sert à la liaison de l’ ARNm et de l’ ARNt au ribosome.
- Au cours de la traduction, le ribosome se lie à un site d’initiation se
trouvant sur l’ ARNm.
Ce site st formé par un codon spécifique AUG qui code pour la méthionine.
( cet AA est excisé du polypeptide avant la fin de la synthèse de celui-ci )
L’ARNt se fixe ensuite à la surface du ribosome de telle sorte que
l’appariement des bases se produit entre l’ARNm et l’ARNt.
Le ribosome se déplace le long de la séquence de l’ARNm, codon après
codon dans le sens 5’-> 3’.
- A chaque nouveau codon un AA est traduit grâce à l’interaction ARNm-
ARNt.
- Au cours de la synthèse du polypeptide le ribosome fournit un enzyme qui
catalyse la formation de liaisons peptidiques entre les 2 AA adjacents.
- Quand un ribosome arrive à un codon stop la traduction et la synthèse du
polypeptide s’arrête.
- Ensuite ARNm, ribosome et polypeptide se séparent. Le polypeptide est
libéré dans le cytoplasme sous forme de protéine fonctionnelle.

F- Structure de gènes
- La structure des gènes alternent introns et exons.
- Les introns forment la majeure partie des gènes des eucaryotes.
- Ils sont éliminés par épissage, qui nécessite un contrôle pour ne pas avoir
des séquences d’AA variées.
- Actuellement la fonction des introns reste inconnu.
G- Les différents types d’ADN
- Sur les 3 milliards de paires de bases du génome humain, 5% code pour des
protéines.
- 2 sortes d’ADN: * ADN répétitif
* ADN non répétitif
- L’ ADN non répétitif, on ne le voit qu’une seule fois, constitue 45% du
génome et comprend les gènes qui codent pour les protéines.
- Les 55% restants sont formés par de l’ ADN non répétitif ( séquences
répétées des milliers de fois ).
Cet ADN comprend l’ ADN répétitif dispersé , qui se trouve dans tout le
génome (45%) et l’ ADN satellite: α satellites, minisatellites et les
microsatellites.
H- Les mutations
- Les mutations sont de 2 types:
* Les mutations qui sont caractérisée par des anomalies de nombre ou de la
structure des chromosomes. (cytogénétique)
* Les mutation survenant dans l’ADN codant ou dans des séquences
régulatrices.
-Il y a différents types de mutations:
1- Les mutations monogéniques , il y a une substitution de paires de bases :
une paire de base est remplacée par une autre et cela peut entrainer un
changement de la séquence en AA.
-> certaines de ces mutations sont dites silencieuses parce qu’elles
n’affectent pas la production de la protéine normale
-> D’autres non silencieuses:
* Mutations faux-sens qui entraine le changement d’un AA unique.
* Mutations non-sens qui produisent un des 3 codons stop (UAA, UAG, UGA),
donc arrêt prématuré de la chaine polypeptidique.
2- Les mutations dues à des délétions ou des insertions d’une ou plusieurs
paires de bases.
exemple: La délétion de 3 paires de bases provoque la plupart des cas
de mucoviscidose en Europe.
Ces délétions ou insertions peuvent être grave quand le nombre de paire
de bases n’est pas un multiple de 3 : ce sont les mutations par décalage de
cadre de lecture.
ex: l’insertion d’une base unique un A dans le 2ème codon
5’ ACT GAT TGC GTT 3’ se transformera en
5’ ACT GAA TTG CGT 3’
3- La duplication de gènes entiers peut aussi provoquer des maladies
génétiques.
ex: La maladie de Charcot-Marie-Tooth , maladie neurologique du SNP
entraine une atrophie progressive des muscles distaux des membres.
1/2500 (ch17) PMP22 px de la myélinisation périphérique, l’augmentation
de la concentration du produit du gène entraine une démyélinisation.
( la délétion de ce même gène=> une neuropathie dégénérative avec
risque de paralysie par compressions des nerfs.)
4- D’autres mutations existent comme les mutations du promoteur, les
mutations des sites d’épissage….
I- Réparation de l’ADN et taux de mutation
- 3 milliards de paires de bases doivent être répliqués au cours de chaque
division cellulaire et vu le nombre de mutagènes auquel notre organisme est
soumis, cette réplication reste très précise et ceci grâce au processus de
réparation qui se déroule dans toutes les cellules de l’organisme.
- Plusieurs enzymes participent à la réparation de cette ADN qui est corrigée
à 99,9%..
- Les gènes les plus longs, en, raison de leur taille, subissent plus de mutation
que les petits.
ex: le gène responsable de la myopathie de Duchenne de Boulogne (2
millions de paires de bases).
- Il existe aussi des points chauds de mutation, en particulier les
dinucléotides CG (12 fois plus que les autres).
- Le taux de mutation varie avec l’âge des parents: un certain nombre de
mutations varie avec l’augmentation de l’âge du père et elle est observée
dans plusieurs pathologies monogéniques comme la maladie de Marfan ou
dans l’achondroplasie.
Le risque d’avoir un enfant atteint de la maladie de Marfan est 5 fois plus
élevé chez un homme de plus de 40 ans que chez un homme de 20ans. Et ceci
est du au fait que la réplication des spermatozoïdes persiste toute la vie donc
il ya une accumulation d’erreurs au niveau de la réplication de l’ADN

Variation au niveau de l’ADN


La variation de l’ADN humain se fait à peu près toutes les 300 à 500 paires
de bases.
Il y a 1 à plusieurs millions de polymorphismes au niveau des 3 milliards de
paire de bases du génome humain.
Ces polymorphismes ont été étudié grâce à des enzymes qu’on appelle
enzymes de restriction.
Le polymorphisme est une variation de la séquence d’ADN au sein d’une
population, d’une famille..

Techniques d’étude de l’ADN


-Southern blot: méthode d’analyse de l’ADN pour visualiser les gènes ou
toute séquence de l’Adn génomique par hybridation d’une sonde, marquée et
spécifique, avec des fragments de restriction de l’ADN préalablement
séparée par électrophorèse, dénaturés et transférés sur une membrane.

-PCR: Polymérase Chain Reaction: amplification élective d’une


séquence d’ADN double brin, effectuée in vitro, par extension itérative de 2
amorces, situés de part et d’autre de la région considérée, grâce à un ADN
polymérase. L’amplification est effectuée par la répétition de cycles de
dénaturation/ hybridation /extension qui assure une duplication
exponentielle de chaque brin

Séquençage de l’ADN.
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