El futuro de la medicina de precisión

en Oncología

Lori M. Millner, PhD, NRCC un , segundo , Lindsay N. Strotman, Doctor en Filosofía un , do , *

PALABRAS CLAVE

La biopsia líquida La terapia dirigida Circulantes de células tumorales (CTC) de ácido nucleico libre de células

(CFNA) Los exosomas vesícula extracelular (EV)

PUNTOS CLAVE

medicina Precision en oncología se centra en la identificación de terapias que se basan en la caracterización genética de
tumor de un paciente.

Una de las más recientes adiciones a la arsenal precisionmedicine es la biopsia de líquido, que se basa en las células tumorales
circulantes (CTC), ácido nucleico libre de células (CFNA), y los exosomas. biopsias líquidos permiten que la información
longitudinal con respecto genotipo tumoral de un paciente para obtener a través de la sangre periférica dibuja y son menos
invasivos que las biopsias de tejido tradicionales.

MEDICINA necesidad de precisión en oncología

la medicina de precisión en oncología se centra en identificar qué terapias serán más eficaces para cada paciente en
función de la caracterización genética del cáncer. La quimioterapia tradicional es citotóxica y destruye todas las células
que se dividen rápidamente. El fundamento de la medicina de precisión está dirigido terapias adquirió por primera vez a
finales de 1990. Las terapias dirigidas inhiben moléculas específicas implicadas en el crecimiento y diseminación de las
células cancerosas del tumor. Los estudios también han llevado a cabo para descubrir los objetivos que predicen la
eficacia de la terapia de radiación. La proporción de los ensayos clínicos que requieren una alteración genética para la
inscripción ha aumentado dramáticamente en los últimos años, y muchos estudios han demostrado los beneficios de las
terapias dirigidas sobre las terapias citotóxicas, tanto en la supervivencia libre de progresión (SLP) y supervivencia global
(OS). 1,2

la medicina de precisión requiere una comprensión de la gran heterogeneidad y complejidad de tumores, así como
los procesos que conducen a la heterogeneidad. Mecanismos de adquisición heterogeneidad tumoral incluyen
mutaciones somáticas, las transiciones C> T en los sitios de CpG, la actividad de la enzima de edición de
apolipoproteína BmRNA, terapia, cromotripsis,

Declaración de divulgación: Los autores no tienen nada que revelar.

un PGXL Technologies, 201 East Jefferson Street, Suite 306, Louisville, KY 40202, EE.UU.;

segundo Departamento de Patología y Medicina de Laboratorio de la Universidad de Louisville, Louisville, KY, EE.UU.; do Departamento de

Ingeniería de la Universidad de Louisville, Louisville, Kentucky, EE.UU.

* Autor correspondiente. PGXL Technologies, 201 East Jefferson Street, Suite 306, Louisville, KY
40202.
Dirección de correo electrónico: lindsay.strotman@pgxlab.com

Clin Lab Med 36 (2016) 557-573

http://dx.doi.org/10.1016/j.cll.2016.05.003 labmed.theclinics.com
0272-2712 / 16 / $ - see front matter 2016 Elsevier Inc. Todos los derechos reservados.
558 Millner y Strotman

y duplicaciones de todo el genoma. 3 El resultado de estos procesos es un tumor diversa que puede albergar muchos
diferentes poblaciones subclonales. Actualmente, las terapias dirigidas a menudo son efectivos frente a sólo una
población de células subclonales; por lo tanto, se necesitan otros métodos que pueden evaluar mejor la heterogeneidad.
Esta revisión describe funciones que sirven biomarcadores, incluyendo predictivo, pronóstico, farmacodinámica, y con
fines de diagnóstico. La discusión incluye terapias dirigidas que ya están en uso durante muchos cánceres, así como
biomarcadores en desarrollo. Se presta especial atención al aumento de la utilización de biopsias de líquidos en el
campo de la medicina de precisión en oncología, incluyendo CTC, que circula CFNA, y las vesículas extracelulares (EV).

TIPOS de biomarcadores: diagnóstico, predicción, pronóstico, y farmacodinámicas

“Un biomarcador es una característica que se mide y se evalúa objetivamente como un indicador de procesos biológicos
normales, procesos patológicos, o respuestas biológicas a una intervención terapéutica es la definición propuesta por el
Grupo de Trabajo de biomarcadores.” 4 Este biomarcador debe servir como una señal de un proceso normal o anormal o
de una condición o enfermedad. 5 La Administración de Alimentos y Medicamentos (FDA) define biomarcadores en 4
categorías generales, principalmente relacionadas con los usos en el desarrollo de la terapia. Varios biomarcadores
pueden caer withinmultiple categorías, porque el criterio indirecto de valoración puede variar ( Figura 1 ).

1. biomarcador de diagnóstico: categoriza los pacientes por la presencia o ausencia de un fisiológico específico o
estado fisiopatológico o enfermedad
2. biomarcador pronóstico: indica el grado de riesgo para la aparición de la enfermedad o progresión, distinguir
“buenos” y los resultados “pobres”
3. biomarcador predictivo: clasifica los pacientes por la probabilidad de respuesta a una terapia beneficiosa o perjudicial
en particular

Figura 1. Tipos de biomarcadores.

 Medicina precisión en Oncología 559

4. biomarcador farmacodinámicas: muestra una respuesta biológica se ha producido a la terapia antes de o después del
tratamiento; se puede considerar-tratamiento específico o informativo de respuesta de la enfermedad

Debido al riesgo sustancial de afectar negativamente a la salud pública si un biomarcador es falsamente aceptado como criterio
de valoración indirecto, es necesaria una sólida evidencia científica para justificar la calificación de un biomarcador antes de la
validación, incluso puede comenzar. Por lo tanto, los ensayos de FDAcleared utilizando un biomarcador en el cáncer han sido
limitadas.

Drogas y Alimentos de pruebas de administración con liberación FRENTE A LAS PRUEBAS DE LABORATORIO DESARROLLADO

En esta discusión, las pruebas que han sido aprobados por la FDA (FDA) y las pruebas de laboratorio desarrollado
(LDT) están incluidos; Sin embargo, hay diferencias entre ellos. Un LDT es un tipo de prueba de diagnóstico in vitro que
está diseñado, fabricado y usado dentro de un único laboratorio. LDT actualmente no están obligados a pasar a través
de revisión previa a la comercialización y otros requisitos estrictos de pruebas aprobados por la FDA, ya que se
consideraron pruebas sencillas. 6 Debido a un aumento del uso de LDT y complejidad, el 30 de septiembre de 2014, la
FDA presentó un nuevo proyecto de orientación al Congreso que indica una mayor supervisión de la FDA de LDT. El
paisaje está cambiando y los laboratorios deben estar al día con respecto a estos cambios y cómo puede afectar el
proceso de aprobación de las pruebas desarrolladas por los laboratorios.

Se examinan los principales tipos de cáncer y cómo la medicina de precisión está teniendo un impacto tanto en la
identificación y el tratamiento de biomarcadores. Esta discusión no pretende ser una lista exhaustiva de todos los subtipos
de cáncer, sino más bien ejemplos de cómo la medicina de precisión está influyendo en cada disciplina.

MEDICINA DE PRECISION EN EL CÁNCER DE MAMA

El cáncer de mama (BCA) es el cáncer más comúnmente diagnosticado en las mujeres, tanto en Estados Unidos como
a nivel mundial. BCa es el segundo cáncer nivel responsables de la mortalidad de mujeres en los Estados Unidos,
causando un estimado de 40.730 muertes en 2015. 7,8 Los tipos principales de terapia dirigida en BCa incluyen la terapia
endocrina, anti-HER2 terapia, PI3K, BRCA1 / 2, y CK4 / 6 inhibidores ( tabla 1 ). Algunos de los agentes primero dirigidos
en oncología se desarrollaron contra el receptor de la hormona (receptor de estrógeno y

tabla 1
Las terapias dirigidas en cáncer de mama

Terapia Droga Tipo

Endocrino El tamoxifeno modulador del receptor de estrógeno selectivo

terapia anastrozol inhibidor de la aromatasa
exemestano inhibidor de la aromatasa
letrozol inhibidor de la aromatasa
fulvestrant receptores de estrógenos-regulador

La terapia de HER2 trastuzumab anticuerpo monoclonal

Ado-anticuerpo trastuzumab emtansina conjugado con citotóxica
agente (T-DM1)
lapatinib inhibidor de molécula pequeña
pertuzumab anticuerpo monoclonal

CDK4 / 6 inhibidores Palbociclib inhibidor de molécula pequeña

PI3K-mTOR inhibidores de Everolimus inhibidor de molécula pequeña

560 Millner y Strotman

receptor de progesterona) BCa -positivo. terapias centrado estrógenos se han mantenido parte de la norma de atención
durante más de 30 años. El tamoxifeno modula el receptor de estrógeno 9 y inhibidores de la aromatasa disminuyen
cantidad de estrógeno producido, 10

mientras que otros agentes, como fulvestrant, degradar el receptor de estrógeno. 11

De diagnóstico, pronóstico, OR pruebas predictivas

Hay varios ensayos de pronóstico y predictivo utilizando tejido de tumor de mama. Algunos de los ensayos predictivos
más conocidos son Oncotype DX (Genomic Health, Redwood City, CA), MammaPrint (Agendia, Ui
'ge, Angola), y Prosigna PAM50
(NanoString Technologies, Seattle, WA) y se han revisado recientemente. 12 Probablemente el ensayo de pronóstico
más bien conocido es el Oncotype DX, que utiliza la transcriptasa inversa (RT) reacción en cadena de polimerasa
(RT-PCR) para analizar la expresión de 16 genes relacionados con el cáncer y 5 genes de limpieza. Una expresión de
análisis de estos genes algoritmo genera una puntuación de recurrencia que indica qué pacientes se beneficiarán más
de quimioterapia además de la terapia hormonal. 13

Tanto la American Society of Clinical Oncology (ASCO) y las directrices National Comprehensive Cancer Network
(NCCN) incluyen la prueba Oncotype DX en sus recomendaciones para los pacientes receptores de estrógenos
positivos, HER2 negativos, y nodenegative. 14 Un ensayo de pronóstico aprobado por la FDA, MammaPrint, está incluido
en algunas de las recomendaciones internacionales. 15 Este ensayo se basa en el análisis de microarrays de una firma
de 70 genes se utiliza para seleccionar con precisión los pacientes BCa en etapa temprana que son altamente
propensos a desarrollar metástasis a distancia y más se beneficiarían de la quimioterapia adyuvante. dieciséis El Prosigna
PAM50 es otro ensayo de pronóstico aprobado por la FDA que utiliza RT-PCR para examinar 50 genes que identifican
subtipos CaV. El PAM50 también determina un riesgo de puntuación de recurrencia para determinar el pronóstico y
añadir información significativa a los marcadores inmunohistoquímicos comúnmente disponibles. 17

pruebas aprobados por la FDA

1. MammaPrint
2. Prosigna PAM50
3. Kit de prueba GeneSearch BLN (Janssen Diagnostics, Raritan, NJ): detecta propagación de BCa a los ganglios linfáticos
mediante la medición de 2 dianas génicas abundantes en el tejido BCa y escasos en los ganglios linfáticos

fluorescencia 4. HER2 hibridación in situ ensayos (FISH)

a. INFORM HER2 Dual ISH sonda de ADN Cocktail (Ventana, Oro Valley, AZ)
segundo. HER2 CISH pharmDx kit (Dako, Carpinteria, CA)
do. Dako TOP2A FISH pharmDx kit (Dako, Carpinteria, CA)
re. DakoCytomation Her2 FISH pharmDx kit (Dako, Carpinteria, CA)

LDT
1. Oncotype DX
2. Índice de Genómica Grado (MapQuant Dx, Ipsogen, Marsella, Francia)
3. Breast Cancer Index (bioTheranostics, San Diego, CA)
4. EndoPredict (Sividon Diagnostics, Ko ln, Alemania)

MEDICINE precisión en NO microcítico de pulmón

El cáncer de pulmón es la principal causa de mortalidad por cáncer. El cáncer de pulmón se puede dividir en el cáncer de pulmón de
células pequeñas (10% -15%) y el cáncer de pulmón no microcítico (CPNM) (85%). 8

Themain biomarcadores predictivos de NSCLC que se encuentran en NSCLC incluyen oncogén ALK fusión (cinasa del
linfoma anaplásico) y receptor del factor de crecimiento epidérmico sensibilizante (EGFR) mutación. Actualmente, hay 3
ensayos compañero de biomarcadores aprobados por la FDA
 Medicina precisión en Oncología 561

utilizado para detectar estos biomarcadores que están asociados con diferentes terapias dirigidas ( Tabla 2 ). Otras terapias
dirigidas que han surgido incluyen inhibidores de la angiogénesis e inhibidores de puntos de control inmunológico (véase Tabla
2 ); Sin embargo, actualmente no existen marcadores biológicos asociados.

De diagnóstico, pronóstico, OR pruebas predictivas

Otros biomarcadores emergentes en NSCLC como figuran en las guías de la NCCN 2016 incluyen KRAS, HER2, y las
mutaciones de BRAF V600E; arreglos de genes ROS1 y RET; amplificación Met; y MET omisión de exón mutación. Por
ejemplo, las mutaciones KRAS pueden servir como un biomarcador de pronóstico indicativos de la supervivencia del
paciente independiente del tratamiento recibido 18 y como predictivo biomarcador que muestra la falta de eficacia
terapéutica a EGFR terapias dirigidas. 19 Aunque los ensayos de detección de mutaciones KRAS aprobados por la FDA
se han aprobado para su uso en el cáncer colorrectal (es decir, Cobas KRAS Mutation Test [Roche, Basilea, Suiza] y TheraScreen
KRAS RGQ PCR Kit [Qiagen, Hilden, Alemania]), que aún no han sido aprobados para su uso en el CPNM. Además, los
múltiples biomarcadores descubiertos en el CPNM han llevado al desarrollo de ensayos de cribado de mutaciones
diseñadas para detectar biomarcadores múltiples de forma simultánea. Aunque la mayoría de estos ensayos se realiza
generalmente mediante PCR multiplex, secuenciación de próxima generación (NGS) paneles han comenzado
rápidamente a aparecer, debido a que ambas mutaciones y reordenamientos de los genes pueden ser detectados
simultáneamente. No importa el esquema de detección, las directrices de 2016 NSCLC NCCN se apoya firmemente el
uso de estos ensayos multiplexados.

aprobación de la FDA

1. TheraScreen Kit de EGFR RGQ PCR: una prueba de PCR en tiempo real para la detección cualitativa
del exón 19 y el exón 21 deleciones sustituciones mutaciones en EGFR usando ADN derivado de tejido tumoral
embebido en parafina fijado con formalina; recibido la aprobación con gefitinib

2. cobas EGFR Mutation Test: un compañero de diagnóstico para las mutaciones en EGFR usando ADN derivado de
tejido tumoral embebido en parafina fijado con formalina; recibido la aprobación con osimertinib

3. Vysis ALK Separar kit de sondas FISH (Abbott Molecular, Santa Clara, California)

Tabla 2
Las terapias dirigidas en el cáncer de pulmón de células no pequeñas

Terapia Droga Tipo

La angiogénesis bevacizumab El anticuerpo monoclonal se dirige a VEGF-A

inhibidores ramucirumab objetivos de anticuerpos monoclonales humanizados recombinantes
VEGFR2

Tirosina quinasa gefitinib Pequeño inhibidor de EGFR molécula

inhibidores erlotinib Pequeño inhibidor de EGFR molécula
afatinib Pequeña molécula covalente irreversible de EGFR y HER2
inhibidor
Osimertinib inhibidor de EGFR
cetuximab inhibidor de EGFR
crizotinib Pequeño ALK, ROS1, y el inhibidor de molécula MET
ceritinib Pequeño ALK molécula y IGF-1 inhibidor
Alectinib Pequeño ALK molécula y el inhibidor de RET

Inmune Nivolumab que actúa como inmunomodulador anticuerpo monoclonal

inhibidor de punto el bloqueo de PD-1 de activación de ligando en células T activadas
de control Pembrolizumab humanizado anticuerpo para dirigir PD-1
562 Millner y Strotman

LDT
1. Sistema de Sequenom MassARRAY (Agena Biosciences, San Diego, CA): una plataforma de detección no
fluorescente usando espectrometría de masas para medir con precisión amplicones derivados de PCR. También
han desarrollado la LungCarta y LungFusion panel.

2. instantánea del sistema Multiplex (Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA): utiliza un método basado en la extensión
del cebador para multiplexar hasta 10 SNPS y detecta mediante electroforesis capilar

3. NGS o secuenciación masiva en paralelo

a. Sentosa SQ NSCLC panel (VELA Diagnostics, Kendall, Singapur)
segundo. Pervenio pulmón NGS (Thermo Fisher Scientific): utiliza Panel Investigación del Cáncer Ion AmpliSeq de pulmón.
Thermo Fisher también ofrece Grupo de investigación de cáncer de pulmón ARN Fusión.

do. Cáncer de pulmón Integral La mutación y Panel de translocación (ARUP Laboratories, Salt Lake City, UT)

re. Panel del cáncer de pulmón Mutación (Quest Diagnostics, Madison, NJ)

MEDICINA DE PRECISION EN EL CÁNCER DE PRÓSTATA

El cáncer de próstata (CaP) es el tumor sólido más común en hombres en los Estados Unidos, ocupando el quinto de la
mortalidad y más de 230,00 casos diagnosticados cada año. 20 La principal biomarcador histórica CaP es el antígeno
prostático específico (PSA). la prueba de PSA ha, sin embargo, la crítica cosechado en los últimos años debido a la
posibilidad de sobredetección, lo que ha llevado a esfuerzos para encontrar otros biomarcadores mejoradas. 7,12,21 La
mayoría de los esfuerzos en el desarrollo de biomarcadores CaP es distinguir entre CaP condiciones benigna de
próstata con mayor sensibilidad y especificidad que el PSA y para diferenciar agresivo desde el CP no agresiva.
Aunque en la actualidad hay 3 pruebas aprobados por la FDA y varios otros LDT, nuevos biomarcadores predictivos y
farmacodinámicas están llevando a cabo debido al desarrollo de terapias dirigidas CaP ( Tabla 3 ). El objetivo principal de
estas terapias es el receptor de andrógenos (AR), que es un conductor principal de CaP. 22

De diagnóstico, pronóstico, OR pruebas predictivas

pruebas aprobados por la FDA

1. Índice de Salud de la Próstata (Beckman Coulter, Brea, CA; en colaboración con la Red Instituto Nacional de
Detección Temprana del Cáncer de Investigación): mide las 3 formas de PSA para distinguir mejor de PCA de
condiciones prostática benigna

Tabla 3
Las terapias dirigidas en cáncer de próstata

Terapia Droga Tipo

inhibidores de la síntesis de andrógenos acetato de abiraterona Pequeño inhibidor de CYP17 molécula

ketoconazol Pequeño inhibidor de CYP450 molécula

antiandrógeno Enzalutamida inhibidor de la AR Pequeña molécula

flutamida inhibidor de la AR Pequeña molécula
bicalutamida inhibidor de la AR Pequeña molécula
nilutamida inhibidor de la AR Pequeña molécula

inmunoterapéutico Sipuleucel-T Vacuna contra el cáncer autólogo

 monoclonal en Oncología 563

2. Prosensa (Gen-Probe, San Diego, CA): prueba de amplificación de ácido nucleico de medición de antígeno PCa 3
expresión en la orina para distinguir mejor CaP de condiciones prostáticas benignas

3. CellSearch circulante Tumor Cell Kit (Janssen Diagnostics)

LDT
1. Oncotype DX: medidas de la expresión de 12 genes relacionados con el cáncer de pequeñas muestras de tejido
incluidas en parafina fijadas con formalina para discriminar pacientes con CaP en grupos muy baja, baja, o
intermedios de riesgo que debe estar bajo vigilancia activa

2. Prolaris Puntuación (Myriad Genetics, Salt Lake City, UT): mide las características de crecimiento de tumores de células y la
expresión de 46 genes diferentes a partir de muestras de núcleo biopsia de próstata para estratificar el riesgo de progresión de
la enfermedad
3. Prostarix (realizó a Metabolon y ofrecido por Bostwick Laboratories, Glen Allen, VA): medidas firma de 4 metabolitos
a partir de muestras de orina de examen rectal post-digitales utilizando espectrofotometría de masas-cromatografía
líquida
4. Mi-Score de próstata (Universidad de Michigan Health System, Ann Arbor, MI): combina la prueba de orina para el
antígeno de CaP 3 Progensa, TMPRSS2: ERG fusión, y los niveles séricos de PSA para producir la evaluación del
riesgo de CaP y agresividad
5. ConfirMDx (MDxHealth, Irvine, CA): detecta un perfil específico epigenética (es decir, la metilación del ADN) en las muestras
de biopsia de núcleo de próstata
6. Prueba de próstata Core Mitomic (MDNA Ciencias de la Vida, West Palm Beach, FL): detecta deleciones del ADN
mitocondrial en muestras de biopsia de núcleo de próstata
7. Prueba 4Kscore (Opko Lab, Nashville, TN): combina PSA libre y PSA total, calicreína humana 2, y las mediciones de
PSA intactas y considera la edad, resultados de los exámenes rectales digitales, y el estado de la biopsia antes de
determinar el porcentaje de probabilidad de encontrar alto cáncer de grado en la biopsia

PRECISION MEDICINA en el melanoma

Las tasas de melanoma han aumentado más rápidamente que cualquier otro cáncer durante las últimas 2 décadas, con
75.000 nuevos casos diagnosticados cada año. 23 Se cree que estas cifras debe ser subestimada, ya que muchos
melanomas superficial e in situ tratados en régimen ambulatorio no se reportan. 24

A diferencia de otros tipos de cáncer, el melanoma no responde a la quimioterapia o la radiación, lo que ha llevado
al desarrollo de terapias inmunológicas y específicas ( Tabla 4 ).
Aproximadamente 50% a 60% de los pacientes con melanoma metastásico tienen una mutación activadora en V600 de
BRAF (serina / treonina-proteína quinasa B-raf), una señalización de quinasa intracelular. 25 Aunque los pacientes
responden inicialmente a los inhibidores de BRAF con aumento de SLP y la SG, la resistencia por lo general surge debido
a la activación alternativa de otros objetivos de abajo en la misma ruta de señalización de la quinasa. Por lo tanto, otros
inhibidores

Tabla 4
Las terapias dirigidas en el melanoma

Terapia Droga Tipo

inhibidores de BRAF V600E dabrafenib inhibidor de molécula pequeña

vemurafenib inhibidor de molécula pequeña

inhibidor de punto de control Inmune ipilimumab anticuerpo monoclonal

Trametinib inhibidor de molécula pequeña

inhibidor de la tirosina cinasa imatinib Medicina precisión anticuerpo

564 Millner y Strotman

(Es decir, MEK1 andMEK2) se han desarrollado para la señal de transducción de las vías objetivos downstreamMAPK.
Finalmente, los agentes de inmunoterapia se han desarrollado inhibidores que se dirigen a los puestos de control inmunes,
que aprovechan el propio sistema inmune del individuo para atacar y destruir las células cancerosas. 26,27 Estas terapias
inmunológicas específicas y también se resumen en Tabla 4 .

De diagnóstico, pronóstico, OR pruebas predictivas

Otros inhibidores de la cinasa También se están desarrollando contra las mutaciones adicionales que se encuentran en
el melanoma que se enumeran en las guías de la NCCN 2016, incluyendo BRAF, NRAS, c-kit, GNA11 y GNAQ. Kit es
el ejemplo más notable porque ya es un inhibidor de tirosina quinasa aprobado por la FDA usado contra Bcr-Abl en la
leucemia mieloide crónica y tumores del estroma gastrointestinal que albergan una mutación kit. Un estudio de fase II
de 43 pacientes con melanomas metastásicos KIT mutado demostró una tasa de respuesta global de 23% con esta
terapia, aunque la respuesta fue de duración limitada. 28

Por último, el 10% de los melanomas se atribuyen a la predisposición hereditaria que resulta en el desarrollo de LDT para
identificar individuos en riesgo, lo cual es importante para la implementación de estrategias para reducir la carga de
enfermedad temprana.

aprobación de la FDA

1. Cobas 4800 BRAF V600 (Roche): un compañero de diagnóstico para V600 que recibió
aprobación con vemurafenib inhibidor de BRAF
2. THxID-BRAF (bioM_ erieux, Marcy-l'E' toile, Francia): un compañero de diagnóstico para
V600E o V600K que recibió la aprobación con inhibidores de BRAF dabrafenib y trametinib

LDT
1. myPath (Myriad): medidas de expresión de 23 genes diferentes de lesiones de melanoma

2. NGS (incluye sólo los paneles de melanoma dirigido realizados en los laboratorios clínicos y es sólo un breve punto
de vista, no exhaustiva de todos los paneles actuales disponibles)
a. Panel IVD Sentosa SQ Melanoma (Vela Diagnostics)
segundo. Panel de melanoma NGS (Fulgent Diagnostics, Temple City, CA)
do. Melanoma Targeted Panel génica por NGS (Mayo Medical Laboratories, Rochester, MN)

re. Panel de melanoma hereditario (Baylor Miraca Genetics Laboratories, Houston, TX)
mi. Panel Cáncer Hereditario Melanoma (ARUP Laboratories)

MEDICINA precisión en el cáncer colorrectal

El cáncer colorrectal es el tercer cáncer más común en hombres y mujeres, con un estimado de 49,190 muertes
esperadas de Estados Unidos en 2016. 29 Mucho esfuerzo se ha puesto en terapias dirigidas y pruebas de diagnóstico
para esta enfermedad. Tres clases principales de terapias dirigidas han sido aprobados para tratar el cáncer colorrectal
metastásico, incluyendo inhibidores de multicinasas, inhibidores angiogénicos, y anticuerpos anti-EGFR. Estas terapias
se resumen en Tabla 5 . inhibidores multicinasa incluyen regorafenib, dabrafenib, y vemurafenib. Objetivos de regorafenib
incluyen angiogénico (VEGF1-3 y de TIE2), estromales (PDGFR segundo y FGF1) y oncogénico (KIT, RET, y B-RAF)
proteína quinasas. 1,30

Los ensayos clínicos han demostrado un aumento modesto en la SG de los pacientes en regorafenib. Dabrafenib y
vemurafenib tanto inhiben la mutación V600E en BRAF, que está mutado en hasta el 15% de los casos de cáncer
colorrectal y significa mal pronóstico. 31

inhibidores angiogénicos incluyen bevacizumab y aflibercept. Bevacizumab inhibe factor de crecimiento vascular
endotelial (VEGF), que desempeña un papel central en el tumor
 Medicina precisión en Oncología 565

Tabla 5
Las terapias dirigidas en el cáncer colorrectal

Terapia Droga Tipo

inhibidores de la angiogénesis bevacizumab El anticuerpo monoclonal - se dirige VEGF

aflibercept Proteína de fusión - se dirige VEGF

La terapia anti-EGFR panitumumab anticuerpo monoclonal

cetuximab anticuerpo monoclonal

inhibidores multicinasas regorafenib Inhibidor de molécula pequeña - angiogénico y

proteínas quinasas oncogénicas
dabrafenib Pequeña molécula de inhibidor de BRAF V600E
vemurafenib Pequeña molécula de inhibidor de BRAF V600E

vía angiogénica. Cuando se utiliza en combinación con quimioterapia, se demostró que el bevacizumab para aumentar
SLP y la SG. 32 Aflibercept también está dirigido a VEGF y ha demostrado un aumento de OS y PFS cuando se utiliza en
combinación con FOLFIRI. 29 EGFR señalización resultados en la proliferación celular y la migración. Los anticuerpos
monoclonales anti-EGFR incluyen cetuximab y panitumumab. Los estudios han demostrado que los pacientes con
KRAS no mutados han aumentado SLP y la SG cuando se tratan con ya sea cetuximab o panitumumab en
combinación con FOLFIRI o FOLFOX en comparación con la quimioterapia sola. 5,7,8

De diagnóstico, pronóstico, OR pruebas predictivas

En abril de 2015, la Sociedad Americana de Patología Clínica, College of American Pathologists, Asociación de
Patología Molecular, y la Sociedad Americana de Oncología Clínica publicó un nuevo conjunto de recomendaciones y
opiniones consensuadas en previsión de nuevas directrices para la evaluación de marcadores moleculares para
colorrectal Cáncer. Las directrices de consenso recomiendan fuertemente RAS pruebas de mutaciones en los
pacientes que están siendo considerados para la terapia anti-EGFR, KRAS, y las ANR (codones

12, 13 del exón 2; 59, 61 del exón 3; y 117 y 146 del exón 4). También recomiendan BRAF V600 y pruebas de
inestabilidad / microsatélite de reparación de genes deficientes.

pruebas aprobados por la FDA

1. TheraScreen Juego de KRAS RGQ PCR (Qiagen): un ensayo de PCR cualitativa en tiempo real para la
la detección de mutaciones específicas en el oncogén KRAS
2. cobas KRAS Mutation Test (Roche): ensayo de diagnóstico basado en PCR destinados a la detección de mutaciones
en los codones 12 y 13 del gen KRAS para seleccionar los pacientes adecuados para el tratamiento con cetuximab
o panitumumab
3. Cologuard (Exact Sciences, Marlborough, MA): recoge las heces y examina los niveles elevados de ADN y / o
hemoglobina alterada asociada con lesiones de cáncer / precancerosas

LDT
1. KRAS Mutation Detection Kit (Trimgen, Sparks Glencoe, MD): basado en un ensayo de terminación desplazado andused
para ayudar a seleccionar a los pacientes para panitumumab y cetuximab
2. ColoVantage (Quest Diagnostics): una prueba de sangre que detecta el ADN metilado Septin9, que es un marcador
certificado para el cáncer colorrectal. Esta prueba está asociada con una sensibilidad global del 70% y 89% de
especificidad.
3. colox (Novogenix, Los Angeles, CA): mide el perfil de expresión génica de 29 biomarcadores por PCR en tiempo real
en células mononucleares de sangre periférica y utiliza un algoritmo para diagnosticar el cáncer colorrectal de una
manera no invasiva
566 Millner y Strotman

INTRODUCCIÓN A BIOPSIAS LÍQUIDOS

Una nueva estrategia de la medicina precisión en el campo de la oncología es la biopsia líquida. El uso de biopsias de líquidos
permite a los médicos un mayor acceso longitudinal al material genético, proporcionando una mayor oportunidad para la
detección de biomarcadores. Tradicionalmente, tejido de un tumor se evalúa de malignidad utilizando colorantes, microscopios,
y patólogos altamente capacitados. Algunos micrografías de tejido dan resultados equívocos debido a la mala tinción o pobre
selección de la muestra. En la mayoría de los casos, los cirujanos tienen una única oportunidad de obtener tejido de un
paciente. materiales de biopsia líquida incluyen CTC, CFNA o vehículos eléctricos que se derivan de tumores primarios y
metastásicos y permiten a los médicos el acceso a los puntos de tiempo longitudinales de la enfermedad de un paciente ( Figura
2 ). Esto se logra porque las biopsias líquidos se obtienen a partir de una extracción de sangre periférica que es mucho menos
invasiva para el paciente que las biopsias de tejido tumoral tradicionales. La primera prueba de biopsia líquida comercial fue
ofrecido en 2000, el CellSearch. El ensayo CellSearch enumera CTC que se sabe que son de predicción en varios tipos de
cáncer epitelial. En los últimos años, el campo de biopsia líquida ha madurado más allá de las CTC para incluir CFNA y
vehículos eléctricos. CFNA típicamente constituye una parte muy pequeña de los ácidos nucleicos que circulan total de una
persona, pero puede ser útil para el seguimiento de las variaciones genéticas tumorales. EVs, por otro lado, encapsulan ácidos
nucleicos, proporcionando un ambiente protegido, proporcionando así una mejor estabilidad específicamente de ARN. Esta
discusión proporciona información sobre las CTC, CFNA, y vehículos eléctricos para su uso como biopsias líquidos.

Las células tumorales circulantes

CTC son células que se han desprendido de un tumor y puede ser capaz de formar metástasis. La metástasis es la
faceta más peligrosa y mortal de cáncer y es responsable del 90% de las muertes relacionadas con el cáncer. 33 proceso
Themetastatic se logra mediante un CTC llevar a cabo con éxito una serie de procesos. En primer lugar, el CTC debe
desprenderse del tumor primario y intravasate en el torrente sanguíneo (ver Figura 2 ). Una vez en la circulación, la CTC
debe sobrevivir un viaje en el flujo de sangre y extravasarse en microvasos de un tejido distante. A continuación, debe
adaptarse y sobrevivir en el microambiente del tejido distante. Por último, el CTC debe colonizar para formar una lesión
metastásica. El sistema CellSearch para la detección de CTC es el único ensayo aprobado por la FDA para las CTC y
se utiliza como un predictor de OS y PFS en pacientes CaV metastásicos. Este método se basa en la detección de los
marcadores epiteliales, epiteliales marcador de adhesión celular (EpCAM) y citoqueratinas. Utilizando esta tecnología,
sin embargo, no se detectaron CTC en

Figura 2. Fuentes de material que representan las biopsias de líquidos, incluyendo el ADN libre de células, CTC, y vehículos eléctricos.
 Medicina precisión en Oncología 567

40% de los pacientes con BCa metastásico. 34-36 Hay varios otros métodos aprobados por la FDA para no enumerar o el
aislamiento de los CTC. 37 Los métodos para enriquecer o aislar CTC incluyen el aislamiento basado en el tamaño, la
detección basada en ácido nucleico, separación de células magneticactivated (MACS), el aislamiento a base de
microfluidos, y el aislamiento inmunomagnética. Estos métodos y las empresas que persiguen ellas se enumeran en Tabla
6.

Los ácidos nucleicos libre de células

cfNAs que circulan en la sangre fueron descritos por primera vez por Mandel y Metais en 1948 38 ; Sin embargo, hasta itwasnot
1994whenNRASgene fragmentsweredetected incancer sangre de los pacientes, que la importancia recognizedcfNA'spotential
comunidad científica. 39,40 Desde entonces, CFNA ha convertido en una herramienta esencial en el arsenal de biopsia líquida,
ganando popularidad en los CTC porque el aislamiento CFNA se considera más fácil de obtener. CFNA es la hipótesis de ser
liberado de forma pasiva durante los eventos apoptóticos o necróticos, con macrófagos No se puede limpiar-up los restos de
células debido a la sobreproducción. 41 El fragmento promedio CFNA es de 180 a 200 pares de bases, la misma longitud que se
libera durante la muerte celular. 42 La secreción por las células cancerosas también se sugiere como un mecanismo de liberación
CFNA. CFNA vida media es de aproximadamente 2 horas y los niveles se han reportado para disminuir dramáticamente después
de la extirpación del tumor y aumentar de nuevo si se produce la metástasis. 43 La sensibilidad y especificidad de CFNA se basan
en la detección de alteraciones somáticas comunes encontradas en cánceres. Pero principal limitación de CFNA en el cáncer es
que CFNA puede no reflejar necesariamente procesos fisiológicos y patológicos, pero puede estar asociada en pacientes con
trauma del tejido, enfermedad inflamatoria, y así sucesivamente. 43 Beneficios de la CFNA incluyen el aumento de acceso a la
heterogeneidad del tumor en comparación con la biopsia de tejido tradicional que a menudo resulta en sesgo de la muestra
debido a

Tabla 6
Métodos para hacer circular el aislamiento de células tumorales

Método Principio para la Detección Vendedor

AdnaTest RT-PCR de AdnaGen transcripciones relacionada con el tumor

ApoStream Microfluidos-dieléctrico y ApoCell

morfología-basado

Ariol Inmunodetección de citoqueratinas Leica Microsystems

8, 18, y 19

análisis de sangre Biocept anticuerpo biotinilado de microfluidos Biocept (San Diego, California)
capturar

BioFluidica CTC Microfluidos-anticuerpo o aptámero BioFluidica

sistema capturar

CellSearch Inmunodetección de citoqueratinas Janssen Diagnóstico

8, 18, y 19 con citometría de flujo

CTC-iChip inmunocaptura microfluidos Janssen Diagnóstico / Massachusetts

Hospital General

CytoTrack CT11 automatizado de imágenes CytoTrack

DEPArray dielectroforesis silicio Biosystems

Ikoniscope la expresión del antígeno magnética Ikonisys

sistema de imagen

LO PUSE Inmunodetección de EpCAM Rarecells

Parsortix Microfluidos de tamaño y deformabilidad Ángulo

selección
568 Millner y Strotman

restricciones espaciales. Por último, liquidbiopsiesmay poder todetect un tumor antes de que pueda ser visto por imágenes.

Uno de los retos con CFNA en comparación con otros tipos de biopsia líquida, es un problema de ruido de fondo a la
señal que requiere tecnologías sensibles. Para este fin, varios investigadores han perseguido tecnologías de PCR
digitales, que tienen una sensibilidad de aproximadamente 0,01% (es decir, 1 mutado alelo en presencia de 10.000
alelos de tipo salvaje) o menos. 44 PCR Digital difiere de convencional en que la muestra se divide en moléculas
individuales antes de la amplificación y la detección, lo que permite una cuantificación más precisa. Las empresas más
notables son Raindance Tecnologías y Bio-Rad, que utilizan PCR digital basado en la gotita mediante la realización de
las reacciones de PCR en gotitas de emulsión de aceite-agua individuales. Life Technologies renuncia a gotas, en lugar
de confiar en miles de pozos nanofluídicos para separar las biomoléculas individuales. Targeted NGS representa la otra
tecnología sensible siendo perseguido; Sin embargo, todavía es una tecnología incipiente debido a los flujos de trabajo
son laboriosos y costosos. Además, los equipos de bioinformática están desarrollando nuevos algoritmos para ayudar
con el problema de señal a ruido y asegurar la señal es real ( Tabla 7 ).

Tabla 7
Las empresas que utilizan ácido nucleico libre de células para llevar a cabo la interrogación biomarcador

Método Principio para la Detección Vendedor

Multiplex PCR, MassARRAY Capturar amplicones mutantes Agena Biosciences

detección en perlas magnéticas y detectar por (San Diego, CA)
espectrometría de masas

transitorios repetitivos Puede detectar mutaciones 100 Genómica boreal

hibridación en el campo de hasta 0,01% de frecuencia (Vancouver, BC Canadá)
corriente alterna alélica

PCR digital - Chronix Biomédica (San

Jose, CA)

Varios PCR, NGS Oncotype Sec líquido Seleccionar Genomic Health (Redwood
City, CA)

NGS La secuenciación de ctDNA Grial (Redwood City, CA)

secuenciación Digital (PCR, LDT cubren 54 relevante Guardant Salud (Redwood

los códigos de barras, NGS) oncogenes. Ex gerentes de City, CA)
investigación y desarrollo Illumina

secuenciación amplicón Etiquetado Identificación de cáncer poco común Inivata (Research Triangle
(Tam-Seq) mutaciones utilizando NGS Park, Carolina del Norte)

Varios métodos de PCR y Ofrecen una amplia variedad de líquido MolecularMD (Cambridge,
NGS servicios de biopsia MAMÁ)

Multiplex PCR y NGS prueba prenatal no invasiva Natera (San Carlos, CA)

PCR y NGS recientemente introducido Personal Genome Diagnóstico

prueba de plasma METDetect-R (Baltimore, MD)

Beads, emulsión, Circulantes alélica ADN tumoral Sysmex Inostics

de amplificación, y Magnetics frecuencia de 0,02% (Baltimore, MD)
(radiante) y NGS

Digital gotita de PCR y NGS Determinar las mutaciones en Trovagene (San Diego, CA)
KRAS y BRAF a partir de ADN
tumoral circulante; el desarrollo de
EGFR, ANR y PIK3CA
 de precisión en Oncología 569

EXTRACELULAR VESÍCULAS

Los vehículos eléctricos son los más nuevos y menos desarrollada de las fuentes de biopsia líquida. EVs son estructuras
membranosas liberadas por las células con el medio ambiente externo. Su función principal es la comunicación intercelular,
sirviendo como vehículos para la transferencia de células de proteínas de origen específicas, lípidos y ácidos nucleicos entre las
células. 45 EVs pueden distinguirse en 4 categorías basadas principalmente en su tamaño, origen celular, y secretionmechanisms.
Esta nomenclatura sigue siendo muy debatida (véase Strotman LN, Linder M: Las vesículas extracelulares encaminarse hacia un
uso en laboratorios clínicos , En esta edición) y en proceso de cambio porque las herramientas para aislar las poblaciones EV
específicos no han sido desarrolladas. 46

El método de aislamiento EV tradicional es ultracentrifugación, pero es laborioso y consume tiempo y requiere una
instrumentación costosa que no es susceptible a la mayoría de los laboratorios clínicos. Por lo tanto, se están
desarrollando nuevos métodos de aislamiento EV. Aunque todavía en su infancia, estos métodos se beingmarketed
como kits comerciales para la investigación y el desarrollo. Estos kits se basan en las propiedades físicas de EVS e
incluyen cromatografía de afinidad, cromatografía de exclusión por tamaño, y la precipitación. 47 Caracterización de EV
aislado se realiza actualmente usando el análisis bioquímico (es decir, ELISA o Western blots), espectrofotometría de
masas, y varias técnicas de imagen. 48 Los principales marcadores utilizados en el análisis bioquímico incluyen una
familia de dominio transmembrana 4, tetraspanins (CD63, CD81, CD82, CD53, y CD37). 48

La mayoría de los ensayos están desarrollando uso espectrofotometría de masas como el análisis de aguas abajo; sin
embargo, los ensayos basados ​en ácido nucleico se están convirtiendo rápidamente disponible porque su sensibilidad mejora
(es decir, PCR digital y NGS). Pero la principal ventaja de los vehículos eléctricos con respecto a otros tipos de biopsias de
líquidos es que las biomoléculas inmovilizadas parecen permanecer más estable, ya que están protegidos de ARNasas ubicuas,
evitando los problemas de manejo y envío de muestras. Además, se ha demostrado que los vehículos eléctricos sirven como
depósitos que contienen material enriquecido específica a célula origen. A pesar del conocimiento limitado EV biología, los
ensayos clínicos se están desarrollando rápidamente alrededor de los vehículos eléctricos ( Tabla 8 ). Exosome Diagnostics es a
la vanguardia, que tiene acuerdos de colaboración y distribución establecidos con Eli Lilly andQiagen. Además, en 2015 y 2016
que planean lanzar 2 pruebas LDT, para el CP-ExoIntelliScore de próstata y para el NSCLC-ExoDx Pulmón( ALK). También se
encuentran en las etapas iniciales de tratar de lograr la aprobación regulatoria de la FDA.

FUTURE DE PRECISION MEDICINE en oncología

La idea de utilizar biopsias líquidos es atractiva debido a varias limitaciones de biopsias de tejido:

Las biopsias son invasivas y no es práctico para la progresión de la supervisión y las horas extraordinarias recurrencia.

Tabla 8
Las empresas que utilizan vesículas extracelulares para llevar a cabo el interrogatorio biomarcador

Método Principio para la Detección Vendedor

extracción exosoma, ARN extracción exosoma, ARN Diagnóstico exosome

análisis mutacional análisis mutacional (Cambridge, MA)

Enzyme-linked-lectina específica ELISA Exosoma Sciences (Monmouth

ensayo (ELISA) Junction, NJ)

ELISA para la captura y el ensayo ELISA para la captura y el ensayo HansaBioMed OU (Tallin,
Estonia)

extracción exosome extracción exosome Sistema de Biociencias (Palo Alto, CA) Medicina
570

Fig. 3. Número de publicaciones que utilizan el término, biopsias líquidos, tal como se cuantifica en PubMed. Millner y Strotman

? tamaño de la muestra del tumor puede ser limitado debido a su tamaño y ubicación, limitación de la prueba molecular que
puede ser hecho.
El cáncer es una enfermedad heterogénea con firmas moleculares que difieren espacialmente y evolucionan con el
tiempo como la enfermedad progresa o debido a presiones selectivas de terapia.

Estas limitaciones en coche la emoción detrás de biopsias de líquidos que incluyen CTC, CFNA, y los vehículos
eléctricos, ya que son más baratos, menos laborioso, y menos invasivo para el paciente. La excitación es evidente
cuando se examina el número de publicaciones de biopsia líquidos que está aumentando cada año ( Fig. 3 ).

Con biopsias líquidos, la etapa se puede configurar para aplicaciones de diagnóstico que incluyen

detección temprana de enfermedades

Monitoreo de la respuesta al tratamiento y Evaluación de la resistencia molecular de la heterogeneidad

molecular y el seguimiento de la dinámica de tumores emergentes

Hasta la fecha, la única plataforma de biopsia líquida aprobada por la FDA es el sistema CellSearch para el aislamiento
de CTC, que sirve como un indicador pronóstico de cáncer de mama, próstata y cáncer colorrectal. A pesar de las CTC son
un poco por delante de la curva en el desarrollo tecnológico como una biopsia líquida, CFNA y EV están alcanzando
rápidamente. Para más biopsia líquido, sin embargo, la implementación en laboratorios clínicos requiere obstáculos que
deben superarse incluyendo:

La falta de estandarización de la recogida de muestras, el procesamiento y análisis de falta de grandes

validaciones de ensayos clínicos

Aunque el debate se centró en gran medida en torno a la utilidad clínica de las diferentes muestras de biopsia líquida, es
probable que se mantenga hasta que el campo y las tecnologías más maduras. No hay ninguna razón para decir, sin embargo, que
los diferentes tipos de biopsia líquida no serán complementarios. Por ejemplo, exosoma Diagnostics está utilizando tanto CFNA y
exosomas para aumentar la sensibilidad de la detección de la fusión de genes EML4-ALK en pacientes con cáncer de pulmón.
Cynvenio también está examinando CFNA y CTC de forma simultánea. Como preparación de la muestra de biopsia líquido y
detección se hacen más robusto y ensayos clínicos de mayor tamaño se llevan a cabo para demostrar la utilidad clínica, es
probable que el líquido biopsieswill comienzan a paradigmas de tratamiento transformoncology.

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