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SYNTHÈSE

médecine/sciences 1997; 13 : 927-33

Dissémination
de la résistance
aux antibiotiques :
le génie génétique
à l'œuvre chez les bactéries

L'émergence de la résistance bactérienne à de multiples


Paul H. Roy antibiotiques nous conduit à parler de la« tm du miracle».
Plusieurs mécanismes de résistance ont été décrits parmi
lesquels on trouve la dégradation enzymatique des antibio­
tiques, l'altération des cibles auxquelles se lient les antibio­
tiques et l'expulsion de l'antibiotique par la bactérie.
L'accumulation de mutations ponctuelles peut altérer de
façon significative l'enzyme ou sa cible : des �lactamases
(enzymes dégradant les pénicillines) , mutées, peuvent
désormais hydrolyser des céphalosporines de troisième
génération. Les gènes de résistance, s'ils provenaient vrai­
semblablement autrefois des bactéries productrices d'anti­
biotiques, ont pu être acquis, plus récemment, par transfert
horizontal par les bactéries pathogènes. Les transposons
peuvent comporter des séquences de gènes de résistance,
voire coder pour toute une voie métabolique entraînant la
résistance. Récemment, on a décrit des éléments d'ADN,
les intégrons, dans lesquels les gènes de résistance existent
sous la forme de cassettes mobiles qui sont réarrangées par
une sorte de génie génétique naturel et forment des opé­
rons de résistance fortement exprimés.

ADRESSE
0 n a considéré la décou­
verte et l 'utilisation cli­
nique des sulfamides puis
encore de << l'apocalypse , car les anti­
biotiques deviennent souven t ineffi­
caces en raison de la résistance bacté­
P.H. Roy: professeur titulaire au département de de la pénicilline comme rienne [ 1-3] . L'utilisation croissante
biochimie, Faculté des sciences et de génie, Uni­ le << miracle , qui allait des antibiotiques, non seulement en
versité Laval et chercheur senior, Cent1·e de
recherche en infectiologie, CHUL (centre hospita­ sonner le glas des maladies infec­ médecine humaine et vétérinaire
lie·r de l'u niversité Laval). Centre de tieuses d'origine bactérienne. Cepen­ mais aussi comme supplément ali­
recherche du centre hospitalier de l'univer­ dant, la riposte des bactéries a été mentaire pour stimuler la croissance
sité Laval et département de biochimie,
Université Laval, 2705, boulevard Laurier, sans équivoque : auj o u rd ' hu i , o n des animaux (application controver-
Sainte-Foy, Québec, GlV 4G2 Canada. parle de la « fi n du m iracle ,, o u sée ) , a contribué à l a sélection d e ---

m/s n' 8-9, vol. 13, août-seplem!n-e 97


927
bactéries res1stan tes aux an ti bio­
tiques. Les gènes de résistance que Réplication de l'ADN: Assemblage de la Transcription de
l'on retrouve aujourd'hui, s'ils n'ont acide nalidixique membrane cytoplasmique : l'ADN : rifamycines
pas toujours été présents chez les quinolones (ADN gyrase) gramicidines (ARN polymérase)
bactéries pathogènes, ne sont pas
non plus nécessairement apparus de
nova depuis l 'ère des antibiotiques. Biosynthèse de la
Ces gènes proviennent plutôt des thymidine:
m i c robes produc teurs d ' an tibio­ triméthoprime (DHFR)
tiques ou de ceux qui cohabitent
avec eux dans l'environnement. Ces
gènes, qui ont évolué depuis -des mil­ Biosynthèse des
lions d'années, étaient prêts à être purines: sulfamides
recrutés par des éléments génétiques (DHPS)
mobiles et à être transférés chez des
organismes ayant maintenant besoin
des gènes de résistance pour survivre. Synthèse du peptidoglycane et assemblage de
Comme nous le verrons, les moyens la membrane externe : Traduction de I'ARN messager:
naturels de dissémination de la résis­
tance ressemblent parfois étrange­ P-lactamines, y-lactamines aminosides-aminocyclitols
ment aux méthodes de génie géné­ (PLP : transpeptidases et carboxypeptidases) tétracyclines
tique développées au laboratoire. (sous-unité ribosomale 30S)

1
glycopeptides
lipoglycopeptides macrolides-lincosamides
Les mécanismes bacitracines chloramphénicol
de la résistance fosfomycine acide fusidique
cyclosérine (sous-unité ribosomale SOS)
Résistance à médiation enzymatique

Les bactéries produisent des enzymes Fig u re 1 . Divers agents antimicrobiens et leur action sur le métabolisme bac­
qui altèrent chimiquement les antibio­ térien. Les cibles des molécules sont indiquées entre parenthèses. ADHF:
tiques et les rendent ainsi inactifs : c'est acide dihydrofolique; ADHP: acide dihydroptéroïque; A THF : acide tétrahy­
le cas des �-lactamases hydrolysan t drofolique; APA B : acide para-aminobenzoïque; DHFR : dihydrofolate réduc­
l'anneau !3-lactame des pénicillines et tase ; DHPS : dihydroptéroate synthase; PLP: protéines liant la pénicilline.
des céphalosporines, mécanisme le (Adapté de Neu [3 1].)
plus répandu de résistance à la pénicil­
Line [ 4] . D'autres enzymes inactivent l'altération de la PLP (protéine liant la mettant d'expulser un antibiotique à
des molécules d'antibiotiques en y pénicilline) produite par des staphylo­ l ' extérieur de la cellule. C 'est le
ajoutant des groupements chimiques : coques résistants à la méthicilline. Ces mécanisme principal de la résistance
par exemple, les aminosides peuvent protéines PLP mutées permettent aux à la tétracycline, chez les bactéries
être inactivés par phosphorylation, bactéries de synthétiser normalement Gram positives et Gram négatives. Il
adénylylation ou acétylation [ 5]. Les leurs parois cellulaires, même en pré­ existe aussi de telles pompes spéci­
chloramphénicol-acétyltransférases sence d'antibiotiques de la classe des fiques de la résistance au chloram­
modifient le chloramphénicol pour le !3-lactamines. Chez les staphylocoques, phénicol chez les bactéries Gram
rendre inactif. La découverte récente le gène de cette protéine PLP a proba­ négatives et de la résistance aux qui­
d'une nouvelle classe de chloramphé­ blement été acquis par transfert hori­ n olones c hez les staphylocoques.
nicol-acétyltransférases [6, 7] , sans zontal mais, chez les pneumocoques, D'autres pompes, comme le produit
aucune identité de séquence avec les la résistance à la pénicilline serait plu­ du gène emrE de E. coli, ont moins de
précédentes est une démonstration tôt due à l'accumulation de mutations s p é c ifi c i t é de substrat e t s o n t
probante d'évolution convergente. ponctuelles des gènes codant pour capables d e transporter des antibio­
L'analyse de leurs séquences a conduit leurs PLP [9, 10] . D'autres résistances, tiques variés. Ces pompes appartien­
à la découverte d 'acétyltransférases plutôt des contournements de la cible nent à une grande famille de pro­
similaires, chez les bactéries Gram posi­ que des altérations de celle-ci, sont téines transmembranaires incluant les
tif, modifiant une autre classe d'anti­ dues à la synthèse d'une dihydrofolate­ transporteurs de sucres [ 1 2 ] ; il est
biotiques, les macrolides [8] . réductase résistante au triméthoprime possible que les transporteurs d'anti­
et d'une dihydroptéroate-synthase biotiques aient évolué à partir des
Altération de la cible résistante aux sulfamides [ I l ] . transporteurs de sucres.

Des bactéries peuvent produire des


protéines structurales ou des enzymes
Expulsion des antibiotiques 1 Mutations des gènes
de résistance
se substituant aux protéines qui sont Les bactéries produisent souvent des
les cibles normales des antibiotiques protéines membranaires agissa n t En raison de la pression de sélection
(figure 1). Citons comme exemple comme pompes moléculaires per- continuelle imposée par l'utilisation
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des antibiotiques, plusieurs mutations Tableau 1
nouvelles peuvent s'établir dans une
population bactérienne. Les �-lacta­ EXEMPLES DE M UTATIO N S PONCTU E LLES
mases à spec tre é largi [ 4 ] s o n t AFFECTANT LA SPÉCIFI CITÉ DES E NZVMES DE RÉS ISTANCE
capables d'hydrolyser les céphalospo­
rines de troisième génération, telles Gène Acide aminé Commentaire Références
que la ceftazidime, la céfotaxime et le
ceftriaxone (Tableau !). Ces enzymes b/a(TEM-3) E 1 04K Résistance à la ceftazid ime [32]
résultent de mutations ponctuelles + G238S et à la céfotaxime
des gènes de �-lactamases de type b/a(TE M- 1 2 ) R 1 64S Résistance à la ceftazidi me [33]
TEM-1 ou SHV- 1 , mutations qui altè­ b/a(TE M-33) M69L Résistance aux i n h i biteurs [34]
rent la structure du site actif de de la 13-lactamase
l'enzyme permettant ainsi l'hydrolyse b/a(SHV-2) G238S Affecte la structure [35]
de nouveaux substrats. Con traire­ de la fente du site actif
ment à l'évolution des gènes com­ b/a(SHV-8) D 1 79 N Affecte la structure [36]
plets, ces mutations ponctuelles sont de la boucle oméga
récentes. Avec l'acquisition de leur b/a(OXY- 1 ) * GATAGT -> Résistance a u x cépha lospori nes due [37]
TATAGT à la su rprod uction de la 13-lactamase
capacité d'hydrolyser les céphalospo­
aacA4 L 1 1 9S Devient sensible à l ' a m i kacine mais [51
rines de troisième génération, les j)­
en même tem ps résistante
lactamases à spectre élargi perdent à la genta m icine
un peu de leur efficacité vis-à-vis des gyrB S464T Résistance a u x q u i nolones [38]
pénicillines : c'est pourquoi ces muta­
tions n ' ont pu s'établir de façon Mutation dans le promoteur affectant la boïte - 10.
*

stable avant l'ère des antibiotiques.


Un autre cas d'évolution récente par
mutation ponctuelle est celui des �­ sible à l'action des quinolones, affec­ d'importance clinique sont conjuga­
lactamases IRT (inhibitor resistant ten t tout de m ê m e l ' activité de tifs*. Ils possèdent des gènes pour les
TEM) [ 1 3] résistantes aux inhibiteurs l'enzyme et les bactéries mutantes pili** et pour un mécanisme spécia­
de �-lactamases. Ces composés sont sont éliminées de la population bac­ lisé de réplication de l 'ADN. Les
utilisés depuis quelques années en térienne lorsque le traitement par gènes de résistance peuvent s'asso­
combinaison avec des pénicillines l'antibiotique est terminé. Le gène cier aux plasmides, soit par le sys­
pour préserver l'efficacité des pénicil­ reste au niveau du chromosome et ne tème de recombinaison homologue
lines même vis-à-vis des bactéries pro­ se retrouve pas sur les p lasmides de la cellule, soit encore par des
ductrices de j)-lactamases. Leur effica­ puisque la surproduction de l'ADN­ mécanismes spécialisés tels que les
cité est maintenant compromise. gyrase serait nuisible à la cellule. La transposons et les intégrons. Une fois
Une multiplicité de protéines sont dissémination de la résistance aux le gène de résistance présent sur le
impliquées dans la résistance aux quinolones se fait donc par dissémi­ plasmide, il peut ê tre transmis à
aminosides, chacune ayant sa propre nation clonale des mutants ponc­ toutes les espèces faisant partie de la
spécificité vis-à-vis des divers antibio­ tuels, ce qui p e u t en traî n e r des gamme des cellules hôtes du plas­
tiques de cette famille. Des mutations petites épidémies d'infections noso­ mide.
ponctuelles peuvent con tribuer à comiales et communautaires.
l'évolution de ces enzymes. Les ami­
nosides-6'-acétyltransférases AAC (6')­
Ib et AAC (6')-II diffèrent par plu­
1
La dissémination
de la résistance
Transposons

Les transposons sont des éléments


sieurs acides aminés ; cependant, le mobiles d'ADN ( << gènes sauteurs , )
changement d'un seul acide aminé Plasmides capables d e se transférer entre un
détermine la préférence de AAC (6')­ c h ro mosome et u n plasmide ou
Ib pour l'amikacine comme substrat, Les gènes de resistance aux antibio­ encore entre deux plasmides. Le
et de AAC (6' )-II pour la gentamicine tiques peuvent être transmis d'une transposon simple, TnJ ifigure 2)
[5] . espèce à l'autre par des plasmides, code pour un seul gène de résis­
On croyait, à tort, qu'avec l'utilisa­ é l é m e n ts d 'ADN extrach romoso­ tance, celui de la �-lactamase TEM-1 ,
tion des quinolones ayant pour cible miques capables de réplication indé­ ainsi que pour deux autres gènes
l'ADN-gyrase, enzyme-clé de la répli­ pendante du chromosome. Le méca­
cation de l'ADN, le développement nisme de réplication d'un plasmide
de la résistance serait pratiquement donné détermine sa gamme de cel­ * La conjugaison bactérien ne est te tmnsje1t gPné­
tique entre une bactérie mâte donatrice et une bacté­
impossible. Cependant, des mutants lules-hôtes : quelques plasmides sont rie Jemelle 1"éceptrice, par un pont cytoplasmique
d'ADN-gyrases toujours fonctionnels capables de se répliquer uniquement inteTbaclérien ou par l'intermédiai·re de pili sexuels.
mais résistants aux quinolones sont chez des bacilles entériques, d'au tres Les éléments génétiqurs ainsi transférés peuvent être
décrits avec une fréquence inquié­ uniquement chez les Pseudomonas chromosomiques ou extrachmmosomiques, en pani­
culier plasmidiques.
tante dans de nombreuses espèces alors que certains se retrouvent dans ** Les pili sexuels sont des af>pendices filamenteux
bactériennes. Ces mutations ponc­ plusieurs espèces ou dans plusieurs qui intemiendraienl dans la conjugaison bacté­
tuelles, rendant l'ADN-gyrase insen- genres. La plupart des plasmides nenne.
m/s n • B-9, vol. 13, aoûl-seplem/Jre 97 929
tnsR temt
thétisée en tout temps, ce qui n 'est
- - pas le cas ; de fait, l'opéron est sous le
Tn3 contrôle d'un << système à deux com­
tnsA
posantes , codé par les gènes vanR et
kan
-
ble
-
str
-
vanS i n duisan t l ' expressio n des
Tn5 autres gènes van en présence d'un
stimulus extérieur, probablement la
dhfrt sai aadA
vancomycine elle-même. Tn 1546 est
- - - donc un système très complexe qui
Tn7
- - - - - - permet à l'entérocoque de bâtir une
int tnsE tnsD tnsC tnsB tnsA
paroi alternative résistante à la vanco­
mycine, en réponse à la présence de
F i g u re 2. Quelques transposons communs. Le transposon Tn3 code pour la l'antibiotique [ 1 5, 1 6] .
f3-lactamase TEM- 1. Le transposon Tn5 code pour la résistance à quelques
vieux aminosides, tandis que la résistance aux aminosides plus récents Intégrons
(comme la gentamicine et l'amikacine) se trouve principalement dans les
intégrons. kan, ble, str : gènes de résistance aux vieux aminosides, kanamy­ Au cours des années 1 980, nous
cine, bléomycine, streptomycine. Le transposon Tn l a été le donateur de la avons trouvé que plusieurs gènes de
cassette d hfr1 (résistance au triméthoprime) qui se trouve maintenant dans résistance différents étaient regrou­
un intégron en compagnie du gène s u l 1 codant pour la résistance aux sulfa­ pés sur des plasmides faisant souvent
mides. i nt : gène de l'intégrase ; sat : gène de la streptotricine acétyltransfé­ partie des transposons apparentés à
rase; a a dA : gène de l'aminoside N-adénylyltransférase, conférant, respecti­ Tn21. Des études par cartographie
vement, la résistance à la streptomycine et à la spectinomycine. Les gènes avec des enzymes de restriction et par
tns sont nécessaires à la transposition. microscopie électronique des hétéro­
duplex entre deux transposons appa­
nécessaires à la transposition . Le un plasmide ne contenant que 40 % rentés, ont permis de voir que ces
gène terni étant présent sur TnJ , la de TnJ, c'est-à-dire un transposon éléments ne différaient souvent que
protéine TEM-1 est la (3-lactamase la délesté de son gène de transposase. par une région d'ADN de la taille
plus répandue c h ez les bactéries On retrouve le même plasmide chez d'un gène. Des études ultérieures de
Gram négatifs. Les médecins ont dû H. ducreyi. Ce << délestage , aurait séquençage ont mon tré que plu­
apprendre à soigner malgré la résis­ donc eu lieu chez H. d:ucreyi avant le sieurs gènes codant, par exemple,
tance à la pénicilline ( relayée par tran sfert de ce plasmide vers H. pour des �-lactamases, des gènes de
TEM- 1 ) , mais il ne faut pas perdre de parainjluenzae et N. gonorrhoeae. Ces résistance aux aminosides, des dihy­
vue que les gènes des �-lactamases à plasmides n'étant pas conjugatifs, les drofolate-réductases résistantes au tri­
spectre élargi résident également sur transferts ont probablement eu lieu méthoprime et des résistances au
ce transposon et risquent donc de se par transformation. Par conséquent, chloramphénicol, possèdent en effet
répandre aussi efficacement. le gène perdu de la transposase n 'est tous des cassettes ayant à leur extré­
U n des m e i l l e u r s e x e m p l e s de pas indispensable. On peut facile­ mité 3' une courte séquence palin­
l'importance de la transposition dans ment imaginer l'environnement des dromique [ 1 7-20] . Ces cassettes sont
la dissémination de la résistance est sites de ces transferts. toutes intégrées, seules ou en tandem
l ' apparition, au début des années Si TnJ ne porte qu'un seul gène de avec d'autres cassettes, à un site spé­
1 970, de la résistance des Haemophi­ r é s i s tan c e , d ' au tres, tel Tn 1 5 4 6 cifique situé e n tre deux régions
lus et Neisseria aux pénicillines [ 1 4] . trouvé chez les entérocoques, codent conservées. L'une de ces régions
Ces bactéries étaient auparavant uni­ pour une voie métabqlique complète code pour une intégrase similaire
formément sensibles aux pénicillines. conférant la résistance à la vancomy­ aux intégrases des bactériophages
Les souches de H. ducreyi résistantes à cine. Le gène vanA code pour une lysogèn e s comme À [ 2 1 ] , l ' au tre
la pénicilline contiennent un plas­ enzyme qui, aux extrémités des pen­ contien t deux gènes de résistance,
mide portant le transposon TnJ en tapeptides de la paroi, interpose un l'un pour les antiseptiques et l'autre
entier. Ce plasmide serait dû à l'arri­ D-Ala-D-lactate (résistant à la vanco­ pour les sulfamides.
vée, probablement par transforma­ mycine) au lieu d ' u n D-Ala-D-Ala Maintenant, on appelle ces éléments
tion, d'un plasmide portant TnJ en (sensible à la vancomycine ) . Le gène des intégrons [22, 23] (figure 3), qui
proven a n c e d ' un e bactérie e n té­ vanA est flanqué par le gène vanH sont en quelque sorte le génie géné­
rique. Le plasmide étant incapable qui code pour une déshydrogénase tique effectué par la bactérie. L'exci­
de se répliquer c h ez Haemophilus, produisant le substrat de vanA, et par sion et l ' in tégration des cassettes, par
avan t q u ' i l ne soit dégradé , TnJ le gène vanX dont le produit hydro­ un mécanisme de recombinaison
aurait transposé sur u n plasmide lyse le D-Ala-D-Ala. Ces trois gènes spécifique de site relayé par l'inté­
cryptique endogène. H. ducreyi est sont suivis de deux gènes auxiliaires, grase, ont été démontrées et la carto­
donc l ' in termédiaire probable dans van Y (codant pour une DD-carboxy­ graphie par PCR a permis de trouver
la dissémination de TEM-1 puisqu'on peptidase) et vanZ (impliqué dans la de nouveaux arrangements de cas­
y retrouve le plasmide portant le TnJ résistance à la téicoplanine ) . Si cet settes [24] . Les cassettes sont expri­
complet, alors que chez H. parain- opéron était exprimé de façon consti­ mées ensemble comme opéron à par­
---• fluenzae et N. gonorrhoeae, on retrouve tutive, la paroi alternative serait syn- tir de deux promoteurs localisés juste
930 m/s no 8-9, vol. 13, août-septem!Jre 97
élargi. On peut se demander pour­
P1 P2 quoi Haemophilus et Neisseria produi­
sen t. toujours la même P.Iactamase,
TEM- 1 , acquise dans les années 1 970.
Les ADN-polymérases de ces orga­
nismes sont-elles plus fidèles que
celles d'E. coli, ou leurs systèmes de
réparation d'ADN sont-ils plus effi­
P GTTRRRY GTTRRRY
caces ? Il n'y a aucune raison, a p·riori,
pour que les mutations ponctuelles
Segment 5'-conservé Cassette insérée Segment 3'-conservé entraînant la production de P.lacta­
mases TEM à spectre élargi ne se
Fig u re 3. Structure générale des intégrons. Les flèches indiquent la direction retrouvent pas chez Haemophilus et
de la transcription. L 'emplacement et l'orientation des promoteurs sont indi­ Neisseria. Il est même étonnant que
qués. Les séquences G TTRRRY indiquent les points de crossi ng-over pour cela n 'ait pas encore été observé.
l'intégration spécifique de site des cassettes. Les courtes flèches 5'-CS et 3'­ Avec l'augmentation de la propor­
CS indiquent les oligonucléotides utilisés pour la cartographie des intégrons tion de gonocoques résistants à la
par PCR. On indique ici une cassette insérée avec sa séquence palindromique pénicilline, le traitement de premier
en aval; il peut y avoir plusieurs cassettes intégrées en tandem. qacEb. 1 : choix des gonorrhées est maintenant
résistance aux composés aminés quaternaires (faible, gène tronqué). la ceftriaxone, une céphalosporine
de troisième génération. La pression
de sélection est donc présente, et il
en amont du site d'intégration des Tn 7, qui possède un intégron diffé­ faut trouver une alternative au cas où
cassettes. L'analyse de ces promo­ rent de celui trouvé dans Tn21. La des bacilles Haemophilus ou Neisseria
teurs a révélé que l'intégron est en cassette de dhfrl a maintenant été producteurs de P-lactamase à spectre
effet un vecteur d'expression natu­ retrouvée dans des intégrons en asso­ élargi apparaîtraient. Il est peu pro­
rel ; certaines versions des promo­ ciation avec le gène responsable de la bable que les anciens antibiotiques,
teurs de l'intégron sont plus fortes résistance alix sulfamides [27] . Cette comme la tétracycline, soient d'une
que le promoteur tac souven t utilisé association dhfrl-sul trouvée chez des grande utilité. En effet, son utilisa­
dans les vecteurs d'expression du shigelles isolées au Sri Lanka, rend tion dans le tiers-monde est associée
laboratoire [ 25] . Quant aux gènes inutile la combinaison triméthoprime­ à une augmentation de la proportion
inclus dans les cassettes, l'analyse de sulfamide, thérapie efficace et peu de gonocoques résistants à la tétracy­
leur utilisation de codons permet de coûteuse [ 1 1 ] . D'autres gènes dhfr, cline.
déterminer leurs origines diverses. comme dhfrXII résistant à des concen­
Aucun de ces gènes n'a encore été trations élevées de triméthoprime, .ont Staphylocoques résistants
trouvé dans son contexte « originel » récemment été décrits. D'autres gènes à la vancomycine
chromosomique. La façon dont un associés pour la première fois aux
gène s'associe pour la première fois à intégrons incluent ceux d'une P.lacta­ Le transposon Tn 1546 porte tous les
sa séquence palindromique pour for­ mase à spectre élargi (OXA-1 1 ) et gènes nécessaires à la synthèse d'une
mer une cassette reste inconnue. d'une métallo-P-lactamase (bla-IMP) paroi « alternative , où les liens D­
Les plasmides portant les intégrons se codant pour la résistance aux carba­ Aia-D-Aia sont remplacés par les D­
retrouvent chez les entérobactéries et pénèmes [28] . Aia-D-lactates insensibles à l 'action
les pseudomonades. Non seulement de la vancomycine. L'acquisition de
les intégrons accumulent les cassettes 1 Que nous réserve l'avenir 7 ce mode de résistance est-il spéci­
de résistance, mais ce sont aussi des fique des en térocoques ? Probable­
éléments mobiles [26] . Ils fon t parfois Il est, bien sûr, impossible de prévoir ment pas, car il a été montré que le
partie d'autres transposons, comme exactement la façon dont le pro­ plasmide portant ce transposon peut
Tn21, mais ils se retrouvent aussi dans blème de la résistance aux antibio­ être introduit in vitro chez S. aureus et
des plasmides de plusieurs groupes tiques évoluera dans les prochaines conférer la résistance à la vancomy­
d'incompatibilité (correspondant aux années. Nous pouvons néanmoins cine. Si ce transfert peut se produire
gammes de cellules hôtes) . Parmi les t i r e r des l e ç o n s d e l ' évol u t i o n in vitro, alors pourquoi pas in vivo?
gènes de résistance cliniquement récente et considérer quelques scéna­ Les conditions dans l'environnement
importants portés par les intégrons, rios plausibles à partir des méca­ son t loin d ' ê tre aussi idéales que
notons la présence de gènes confé­ nismes de dissémination connus. dans le laboratoire, mais le passage
rant la résistance aux aminosides tels du plasmide portant Tn 1 546 d'un
que la gentamicine, la nétilmicine, la Haemophilus et Neisseria en térocoque à un staphylocoque
tobramycine et l'amikacine ainsi que résistantes aux céphalosporines demeure possible. Même si le plas­
les gènes de P-lactamases de type de troisième génération mide entier est incapable de se répli­
OXA- et CARB- et plusieurs gènes res­ quer, le transposon pourrait se dépla­
ponsables de la résistance au trimé­ Nous savons comment les entérobac­ cer dans l'ADN chromosomique, par
thoprime. Parmi ces derniers, le gène téries ont développé, par mutation exemple au niveau de la région du
dhfrl a été initialement trouvé dans ponctuelle, des P-Iactamases à spectre gène mec, lieu de prédilection pour
m/s n • 8-9, vol. 13, août-septcm/Jre 97 93 1
l'insertion des séquences d'insertion 8. Alli gnetJ, Londe V, Simenel C, Delpierre 2 1 . Ouellette M, Roy PH. Homology of
M, El Solh . Sequence of a staphylococcal ORFs from Tn2603 and from R46 to site­
et des transposons, comme Tn 4001
gene, vat, encoding an acetyftransferase specifie recombinases. Nucleic A cids Res
codant pour la résistance aux amino­ mactivating the A-type comp ounds of virgi­ 1 987 ; 1 5 : 1 0055.
sides [29] . Le développement de la niamycin-like antibiotics. Gene 1993 ; 1 3D :
9 1 -8. 22. Stokes HW, Hall RM. A novel family of
résistance à la vancomycine chez les potentially mobile D 1A elements encoding
staphylocoques résistants à la méthi­ 9. S p ratt BG. Resistance to antibiotics site-specifie gene-integration fun etions :
cilline, pour lesquels la vancomycine med1ated by target alterations. Science 1 994 ; integrons. Mol Micmbio/ 1989 ; 3 : 1 669-83.
est le seul antibiotique utile, pourrait 264 : 388-93.
23. Bissonnette L, Roy PH. Characterization
alors nous ramener à l'ère préanti­ 1 0 . Dowson CG, Coffey TJ, Spratt BG. Ori­ of InO of Pseudomonas aeruginosa plasmid
biotique. gin and molecular epidemiology of penicil­ pYS!, an ancestor of integrons of multire­
D'autres scénarios sont plus difficiles fin-binding-protein-mediated resistance to sistance plasmids and transposons. j Bacte­
[3-lactam antibiotics. Trends Microbiol 1 994 ; rio/ 1992 ; 1 74 : 1 248-57.
à prévoir. On ne peut pas exclure
2 : 361-6.
l 'arrivée d 'une nouvelle résistance 24. Lévesque C, Piché L, Larose C, Roy PH.
chez une espèce auparavant unifor­ 1 1 . Huovinen P, Sundstrôm L, Swedberg G, PCR mapping of integrons reveals severa!
mément sensible. La leçon des Hae­ Skôld O. Trimethoprim and sulfonamide novel combinations of resistance genes.
resistance. A n limicrob Agents Chemother 1995 ; A ntimicrob Agents Chemother 1995 ; 39 : 185-
mophilus e t des Neisseria n o u s 39 : 279-89. 91.
apprend que rien n 'est impossible. I l
e s t également difficile de prévoir 1 2. Nikaido H. Prevention of drug access to 25. Lévesque C , Brassard S , LapointeJ , Roy
quand et comment d'autres gènes bac te rial targets : permeability barri ers and PH. Diversi ty and relative strengù1 of tan­
active efflux. Science 1994 ; 264 : 382-8. dem promoters for the antibiotic-resistance
chromosomiques (pas seulement des genes of severa! integrons. Gene 1994 ; 1 42 :
gènes de résistance - peut-être aussi 1 3. Blazquez J, Baquero MR, Canton R, Alos 49-54.
les facteurs de viru l e n c e ) seront 1, Baquero F' . Characterization of a new
TEM-type �-lactamase resistant to clavula­ 26. Radstrôm P, Skôld 0, Swedberg G,
recrutés par les intégrons. Les com­
nate, sulbactam, and tazobactam in a clini­ Flensburg J, Roy PH, Sundstrôm L. Trans­
pagnies p harmaceutiques rech e r­ cal isolate of EscheTichia coli. A ntimicrob poson Tn 5090 of plasmid R75 1 , which car­
chent activement de nouvelles cibles, Agents Chemother 1 993 ; 37 : 2059-63. ries an integron, is related to Tn 7, Mu, and
the retroelements. ] Bacteriol 1 994 ; 1 76 :
mais il y a très peu de développement 3257-68.
de nouveaux antibiotiques et il n'y a 1 4. Bmnton J, Meier M, Ehrman N, Clare
D, Almawy ]{. Origin of small [3-lactamase 27. Sundstrôm L, Skôld O. The dhfrl trime­
pas de solution miracle à l ' horizon. Il plasmids in Haemophilus sp ecies and Neisse­
reste donc à utiliser prudemment ria gonorrhoeae. J Baclerio/ 1 986 ; 1 68 : 3 74-9.
thoprim resistance gene can be found at
specifie sites in other genetic surroundings.
un arsenal thérapeutique en diminu­ A n tirnicrob Agents Chernother 1 990 ; 34 : 642-
tion [30] • 1 5 . Arthur M, Molinas C, Depardieu F, 50.
Courvalin P. Characterization of Tn 1 546, a
Tn3-related transposon conferring glyco­ 28. Osano E, Arakawa Y, Wacharotayankun
peptide resistance ny synthesis of depsipep­ R, Ohta M, Horii T, lto H, Yoshimura F,
tide p e p tidoglycan precursors in Enterococ­ Kato . Molecular characterization of an
_
cus jaeaum BM4 1 47. j Bacleriol 1993 ; 1 75 : enterobacterial metallo �-lactamase found
1 1 7-27. in a clinical isolate of Serratia marcescens that
shows imi penem resistance. A ntimicrob
1 6. Shlaes DM, Rice LB. Bacterial resistance Agents Chernother 1994 ; 38 : 71-8.
RÉFÉRENCES ------ to the c�clic glycopeptides. T'rends Microbiol
1 994 ' 2 . 385-8. 29. Archer GL, Niemeyer DM. Origin and
l. Davies J. Inactivation of antibiotics and
the dissemination of resistance genes. evolution of DNA associated with resistance
Science 1994 ; 264 : 375-82. 1 7. Cameron FF, Groot Obbink DJ, Acker­ to methicillin in staphylococci. Trends Micro­
man VP, Hall RM . Nucleotide sequence of bio/ 1 994 ; 2 : 343-7.
2. Cohen ML. Epidemiology of dmg resis­ the AAD (2") aminoglycoside adenylyltrans­
tance : implications for a post-antimicrobial ferase determinant aadB. Evolutionary rela­ 30. Cohen ML. Antimicrobial resistance :
era. Science 1992 ; 257 : 1 050-5. tionship of this region with those surroun­ p rog� os_is for public health. T'rends Microbiol
ding aadA in R538-1 and dh{11! in R388. 1 994 ' 2 . 422-5.
3. Neu HG. The cns1s m antibiotic resis­ Nuc1eic Acids Res 1 986 ; 1 4 : 862!i-35.
tance. Science 1 992 ; 257 : 1 064-73. 3 1 . Neu HG. The biochemical basis of anti­
1 8. Hall RM , Vockler C. The region of the microbial and bacterial resistance. Bull New
4. Jacoby GA. Exu·achromosomal resistance IncN plasmid R46 coding for resistance to York Acad Med 1987 ; 63 : 295-3 1 7.
in Gram-negative organisms : the evolution [3-lactam antibiotics, streptomycin/spectino­
of �-lactamase. T'rends Microbiol 1 994 ; 2 : mycin and sulphonamides is closely related 32. Sougakoff W, Goussard S, Courvalin P.
357-60. to antibiotic resistance segments found in The TEM-3 �-lactamase, which hydrolyzes
lncW plasmids and in Tn2J-Iike transp o­ broad-spectrum cephalosporins, is denved
5. Shaw KJ, Rather PN, Hare RS, Miller GH. sons. Nucleic Acids Res 1987 ; 1 5 : 749 1-501. from the TEM-2 penicillinase by two amino
Molecular genetics of aminoglycoside resis­ acid substitutions. FEMS Microbiol Leu 1 988 ;
tance genes and familial relauonships of the 19. Ouellette M, Bissonnette L, Roy PH. Pre­ 56 : 343-8.
aminoglycoside-modifying enzymes. Micro­ cise insertion of antibiotic resistance detenni­
biol Rev 1993 ; 57 : 1 38-63. . nants into Tn2J-like transJ:>osons : nucleotide 33. Chanal C, Sirot D, Malaure H, Poupart
sequence of the OXA-1 [3-lactamase gene. MC, Sirotj. Sequences of CAZ-3 and CTX-2
6. Tennigkeit J, Matzura H. Nucleotide Proc Nat/ Acad Sei USA 1987 ; 84 : 7378-82. extended-spectrum [3-iactamase genes. A nti­
sequence analysis of a chloramphenicol­ microb Agents Chemother 1994 ; 38 : 2452-3.
reslstance determinant from Agrobacter tume­ 20. Sundstrôm L, Radstrôm P, Swedberg G,
faciens and identification of 1ts gene pro­ Skôld O. Site-specifie recombination pro­ 34. Zhou XY, Bordon F, Sirot D, Kitzis MD,
duel. Gene 1991 ; 98 : 1 1 3-6. mates linkage between trimethop rim and Gutrnann L. Emergence of clinical isolates
sulfonamide resistance genes. Seguence of Escherichia coli producing TEM-1 deriva­
7. Parent R, Roy PH. The chloramp henicol characterization of dhfrV and sul! and a tives or an OXA-1 [3-lactamase conferring
acetyltransferase gene of Tn 2424: a new recombination active focus in Tn21 . Mol resistance to [3-iactamase inhibitors. A ntimz­
breed of cal. J Bacterio/ 1992 ; 1 74 : 2891-7. Gen Genet 1988 ; 2 1 3 : 1 91-201 . crob Agents Chemother 1994 ; 38 : 1 085-9.
932 m/s n" 8-9, vol. 1 3, août.-SefJ/embre 97
RÉFÉRENCES -------
Summary
35. Huletsky A, Couture F, Levesque RC.
Nucleotide sequence and phylogeny of Dissemination of antibiotic resistance
SHV-2 1}-lactamase. Antimicrob Agents Chemo­
ther 1 990 ; 34 : 1 725-32.
While antibiotics have, for the past fifty years, been << miracle drugs » , we are
36. Rasheed K, Jay C,
Metchock B, Berko­ presently facing the << end of the miracle ». The increasing use of antibiotics
J
witz F, Weige L, Crellin J, Steward C, Hill B, has led to the selection of bacteria resistant to multiple antibiotics. Diverse
Medeiros AA, Tenover FC. Evolution of mechanisms of resistance are found in resistant bacteria. Among these are
extended-spectrum �-lactam resistance
(SHV-8) in a strain of Escherichia coli durin g enzymatic degradation or alteration of antibiotic molecules ( e.g. �-lacta­
multiple episodes of bacteremia. Antimicrob mases and aminoglycoside modifying enzymes) , altered targets ( e.g. peni­
Agents Chemother 1 997 ; 4 1 : 647-53. cillin-binding proteins and dihydrofolate reductase) , and drug efflux
37. Fournier B, Lagrange PH, Philippon A. ( e.g. of tetracycline) . Often point mutations can drastically alter the enzyme
1)-lactamase gene promoters of 71 clinical or the target : �-lactamases be come able to digest third-generation cephalo­
strains of Klebsiella oxytoca. Antimicrob Agents sporins, dihydrofolate reductase becomes resistant to trimethoprim, and
Chemother 1 996 ; 40 : 460-3.
DNA gyrase becomes resistant to quinolones. Resistance genes have not
38. Gensberg K, Jin YF, Piddock LJ. A novel always been presen t in common pathogenic bacteria, but have been evol­
gyrB mutation in a fluoroquinolone-resistant ving in antibiotic producing bacteria or in those cohabiting with them in
clinical isolate of Salmonella typhimurium.
the environment, and have recently been acquired by horizontal transfer.
.FEMS Micmbiol Lett 1 995 ; 1 32 : 57-60.
Many resistance genes are on conjugative plasmids of wide host range,
often as part of transposons. Examples are the TEM 1}-lactamase, whose
gene can mutare to yield resistance to third-generation cephalosporins, and
vancomycin resistance in enterococci, where a complete metabolic pathway
for an altered cell wall is encoded by a transposon. In addition, a novel
DNA element called an integron bas been described, in which individual
resistance genes exist as mobile cassettes and are rearranged by site-specifie
recombination, in a sort of natural genetic engineering, to form strongly
expressed multiresistance operons. Knowledge of the mechanisms of resis­
tance gene evolution and dissemination and of antibiotic usage patterns
leads to the prediction, in a more or less immediate future, of the emer­
gence of vancomycin-resistant staphylococci, of multiresistant pneumo­
TIRÉS À PART ------- cocci, and of third-generation-cephalosporin-resistant Haemophilus and
Neisseria, for which the medical community must be prepared.
P.H. Roy .

.------ GENATLAS en LIGNE --------�


La base de données GENATLAS est m a i ntenant accessible s u r le Web, par l ' i nterméd i a i re du serve u r I N FOBIOGEN, à l'adresse
suiva nte :
http://www.infobiogen.fr
GENATLAS collige les informations se rapportant à la cartog raphie des gènes, ma lad ies et m a rq ue u rs. Des i nformati ons com­
plémentaires sont fournies s u r la catégorie à l a q u e l l e les gènes appartiennent, par exemple celle des facteurs de croissance, leur
structure, leur polymorphisme et leur fonction, leur expression différenti elle dans le temps et l'espace o u selon le pa rent trans­
mette u r a i nsi que s u r les ma ladies q u i leur sont associées.

Ces caractéristiques confèrent sa spécifité à G E N ATLAS avec, notamment, le fort accent qui est mis sur les maladies génétiques.
Cel les-ci sont classées selon l'organe, le tissu o u le système atteint. Outre les ma l a dies mendélien nes, i l s'agit des gènes de pré­
disposition à des caractères m u ltifacto riels, des rem a n iements chromosom i q u es ou des poi nts de cassure observés d a n s des
anomalies congénitales constituti o n n el l es ou dans des affections m a l i g nes.

Les i nformations relatives aux gènes, ma ladies et m a rq u e u rs sont assorties de réfé rences, a i n s i que d'i nformations sur les l i a i ­
s o n s génétiques, de cartes e t de données de cartogra p h i e comparée, c e s dern ières coll igées par J o h n H . Edwards. Enfin,
G E NATLAS est en interaction avec d'autres bases de données, comme la Location Data Base de Newton E . Morton, OMIM de
V.A. Mckusick, M E D L I N E et les bases de séq uences nucléotidiques.

Les personnes i ntéressées sont i nvitées à consulter, en l i g ne, l ' i ntrodl!ction qui leur permettra de mieux connaître GENATLAS,
et à faire con naître l e u rs avis et commentaires au Professeur Jean FREZAL, éditeur, à l'adresse su ivante :

Pr Jean FR ÉZAL, Service de Génétique Médicale, Hôpita l des Enfants M a lades, 1 49, rue de Sèvres, 757 43 Paris Cedex 1 5, France.
Tél . : 0 1 44 49 5 1 54 - Télécopie : 01 40 56 34 97 - E mail : frezalj@necker.fr

N . B . G E N ATLAS est a ussi disponible, en versions PC et Macintosh, sur le CD-ROM :


GID, Genome Interactive Databases
G I D regroupe GENATLAS et les bases de d o n n ées du CEPH ( i n d ex, lod, YACs), la base de données du G E NETHON sur les micro­
satell ites et la Location Data Base (LDB) d e Newton E . Morton. Prochaine éditio n : septem bre 1 997.

Éditeur : John Libbey E u rotext, 1 27, avenue de la Républiq ue, 921 20 M o ntrouge, France. Té l . : 00 (0) 1 46 73 06 60 -
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mis n° 8-9, vol. J3, août-septembre 97 933