Plasmid Inca / C Mediated penyebaran dari CMY-2 di Multidrug yang

resisten terhadap Escherichia coli dari Makanan Hewan di China

Abstrak

Tujuan: Untuk mendapatkan karakter epidemiologi molekuler yang luas dari plasmid-media
AmpC b-lactamase CMY-2 di Isolat Escherichia coli dari makanan hewan di China.

Metode: Sebanyak 1083 isolat E. coli dari kotoran, visera, darah, air minum, dan tanah di bawah
permukaan diperiksa untuk adanya CMY-2 b-laktamase. Isolat penghasil CMY-2 dicirikan
sebagai berikut: genotipe blaCMY-2 ditentukan dengan menggunakan PCR dan sequencing,
karakterisasi lingkungan genetika blaCMY-2, ukuran plasmid medan denyut nadi (PFGE)
menggunakan S1 gel elektroforesis, pengetikan replika berbasis PCR, pengelompokan
filogenetik, XbaI-PFGE, dan multilokus urutan pengetikan (MLST).

Hasil: Semua 31 produsen CMY-2 hanya terdeteksi dalam tinja, dan disajikan dengan fenotipe
tahan multidrug. Semua Strain CMY-2 juga menggabungkan gen yang memberi perlawanan
terhadap antimikroba lainnya, termasuk spektrum b-laktamase gen (blaCTX-M-14 atau blaCTX-
M-55), faktor penentu resistensi kuinolon yang dimediasi plasmid (qnr, oqxA, dan aac- (69) -Ib-
cr), floR dan rmtB. Pengalihan bersama blaCMY-2 dengan qnrS1 dan floR (sendiri dan bersama-
sama) terutama didorong oleh tipe A / C Inc plasmid, dengan ukuran 160 atau 200 kb. Susunan
kaset gen yang dimasukkan ke kelas 1 atau kelas 2 diamplifikasi di antara 12 Produsen CMY-2.
Produsen CMY-2 termasuk dalam kelompok avirulen B1 (n = 12) dan A (n = 11), dan kelompok
virulen D (n = 8). Ada korelasi yang baik antara kelompok filogenetik dan tipe urut (ST). Dua
puluh empat ST diidentifikasi, dari ST kompleks (STC) 101 / B1 (n = 6), STC10 / A (n = 5), dan
STC155 / B1 (n = 3) yang dominan.

Kesimpulan: CMY-2 adalah AmpC b-laktamase yang dominan pada makanan hewan dan
dikaitkan dengan replika replika Inca / C plasmid pada strain STC101, STC10, dan STC155.
Introduction

Prevalensi dari plasmid-dikodekan AmpC (pAmpC) b-laktamase yang resistensi terhadap

perluasan sefalosporin spectrum, Pada basil Gram-negatif telah meningkat no kedua pada
manusia dan isolat ternak di seluruh dunia, dan ini merupakan masalah global [1]. CMY-2 adalah
pAmpC yang paling umum di E. coli dari wilayah yang berbeda geografis termasuk Asia,
Amerika Utara, dan Eropa[2-5], dan sekarang telah dilaporkan di Salmonella dan Escherichia coli
isolat dari berbagai jenis hewan dan produk makanan pada semua benua kecuali Australia [6]
Beberapa penelitian melaporkan bahwa peningkatan insiden infeksi pada manusia dengan S.
enterica serovar, di Amerika Utara memiliki CMY-2 yang dikaitkan dengan paparan ternak sapi
perah serta konsumsi susu mentah, daging cincang mentah atau tidak dimasak dengan benar, dan
kontaminasi silang daging mentah dengan makanan lain [7,8]. Plasmid CMY-2 Sebagian besar
jenis replika A / C, I1, atau K / B [9,10], adalah mudah dipindahkan antara Salmonella dan E.
coli dari makanan hewan dan manusia [10,11] Karena itu, peternakan terkait plasmid CMY-2
telah menimbulkan kekhawatiran meningkat ke public kesehatan di seluruh dunia.

E. coli adalah salah satu patogen nosokomial yang paling umum, terkait kesehatan, dan
infeksi masyarakat [12]. Menurut CHINET (jaringan pengawasan resistensi antimikroba di
Indonesia China), bakteri terisolasi dari berbagai sampel dari 14 rumah sakit di Indonesia 10
daerah atau provinsi didominasi E. coli, terdiri dari 61,8% dari total isolat [13]. CMY-2 AmpC
dalam bahasa Cina. Pasien anak dideteksi pertama kali terdapat E.coli antara tahun 2003 dan
2005; terjadinya AmpC b-laktamase pada E. coli dan K. Pneumonia memiliki prevalensi
tertinggi [13]. Resistensi terhadap beberapa obat, termasuk sefalosporin generasi ketiga dan
pengangkutan kedua pAmpC serta spektrum b-laktamase yang diperluas (ESBL) pada isolat E.
coli dari hewan makanan meningkat cepat [14-17]. Tingkat deteksi blaCMY-2 pada isolat dari
Ayam, yang muncul antara tahun 2000 dan 2003, meningkat cepat dari tahun 2004-2007 [16]
Namun, informasi yang terbatas adalah tersedia mengenai karakteristik dari jenis plasmid CMY-
2 atau penyebaran klonal CMY-2 pada E.coli makanan hewan asal di China. Tujuan dari
penelitian ini adalah untuk menilai molekul epidemiologi dan karakteristik produksi plasmid
CMY-2 E. coli pada hewan makanan termasuk babi, ayam, itik, dan angsa.

Bahan dan metode

Isolat bakteri dan kerentanan antimikroba

Sebanyak 1083 isolat E. coli unik dari berbagai makanan spesies hewan (babi, n = 424; ayam, n
= 306; bebek, n = 175; angsa, n = 178) ditemukan antara Oktober 2010 dan Januari 2012 dari 58
peternakan tetap yang telah dijelaskan sebelumnya [15]. Dari 1083 Isolat E. coli, 587 dikultur
dari tinja, 456 dari jeroan,14 dari sampel darah, dan 26 dari air minum dan permukaan bawah
tanah peternakan itik. Isolat ini dikumpulkan sebagian dari Program Surveilans Provinsi
Guangdong, pada antibiotik yang resisten pada bakteri yang diisolasi dari hewan. Programnya
adalah dilakukan oleh Laboratorium Mikrobiologi Klinik, Veteriner Lembaga Penelitian,
Akademi Pertanian Guangdong Ilmu Pengetahuan. Metode pengumpulan sampel dan isolasi
bakteri dijelaskan sebelumnya [18] Pengujian kerentanan sudah ditentukan untuk semua isolat
dengan metode pengenceran agar standar Agar Mueller-Hinton sesuai dengan Klinik dan
Laboratorium Pedoman Standar Institut (CLSI) [19,20] Ke 13 antimikroba yang diuji adalah
ampisilin (Amp), ceftiofur (Cft), sefotaksim (Ctx), ceftazidime (Caz), cefoxitin (Cxt),
ceftriaxone (Ctr), gentamicin (Gen), kanamisin (Kan), amikasin (Ami), florfenicol (Flf),
tetrasiklin (Tet), ciprofloxacin (Cip), dan olaquindox (Oqx). Cefoxitinresistant strain (MIC $ 8
mg / L) digunakan untuk memilih CMY-2- menghasilkan strain melalui amplifikasi PCR gen
blaCMY dan Sekuensing DNA, karakterisasi molekuler resistansi obat, dan epidemiologi strain
blaCMY-2-harboring. E. coli ATCC 25922 digunakan sebagai strain kontrol.

Karakterisasi molekuler resistansi obat

Di antara strain pembawa yang mengandung blaCMY, gen b-laktamase(blaCTX-M, blaOXA,

blaSHV, blaTEM) dan plasmid-media quinolone resistensi (PMQR) gen (qnrABCDS, aac (69) -
Ib-cr, qepA, oqxA) dideteksi dengan amplifikasi PCR menggunakan primer yang kondisinya
spesifik (Tabel S1). Gen 16 rRNA metilase rmtB dan gen resistensi florfenicol plasmid, floR,
serupa yang terdeteksi menggunakan primer yang tercantum pada Tabel S1.

Genetika lingkungan gen blaCMY-2 dan deteksi integrons

Lingkungan genetik gen blaCMY-2 diselidiki menggunakan PCR dan sequencing. Primer utama ISEcp1
dan CMY-2 reverse primer digunakan untuk menginvestigasi daerah hulu dari gen blaCMY-2. Proyektor
maju CMY-2 dan sebaliknya primer untuk IS903, IS26, orf447, mucA, atau orf513 digunakan untuk ciri
daerah hilir gen blaCMY-2 Integrons dari pita kaset kelas 1 atau kelas 2 yang juga disisipkan bias
terdeteksi. Urutan primer di atas tercantum dalam Tabel S2 dan S3.

Konjugasi dan analisis plasmid

Percobaan konjugasi dilakukan pada blaCMY-2-mengandung Strain menggunakan E. coli C600

yang reseptif terhadap reseptor [4]. Transconjugan dipilih pada piring agar MacConkey
ditambah dengan streptomisin (1000 mg / L) dan cefoxitin (8 mg / L). Transconjugan diuji
untuk mengetahui adanya obat resistensi gen dan kerentanan antimikroba, seperti yang dijelaskan
atas. Plasmid diketik dengan menggunakan PCR berbasis replica typing (PBRT) [21]. PFGE
dengan S1 nuclease (Bioteknologi TakaRa, Dalian, Cina). pencernaan seluruh DNA genom
dilakukan untuk semua 15 strain donor dan transkonjugan, seperti yang dijelaskan sebelumnya
[22]. Setelah transfer ke Selatan Hybond-N +membran (GE Healthcare, Little Chalfont, Inggris),
plasmidnya ada diselidiki dengan gen blaCMY-2 dan masing-masing replika (DIG High
Pelabelan dan Deteksi DNA Primer Pertama, Roche Terapan Sains, Mannheim, Jerman).

Analisis struktur populasi

Semua isolat E. coli yang memproduksi CMY-2 diklasifikasikan menurut E. coli kelompok filogenetik A,
B1, B2, dan D menggunakan PCR multipleks [23]. Pola elektroforesis gel XbaI-pulsed-field (PFGE)
diketik menggunakan Sistem CHEF-MAPPER (Laboratorium Bio-Rad, Hercules, CA) seperti yang
dijelaskan sebelumnya [15]. Untuk multi lokus urutan pengetikan (MLST) analisis, tujuh rumah tangga
dilestarikan gen (adk, fumC, gyrB, icd, purA, mdh, dan recA) dianalisis dengan Amplifikasi PCR
menggunakan primer spesifik (Tabel S4) dan pengurutan. Semua profil allelic dan penentuan tipe urutan
(ST) dilakukan menurut situs MLST E. coli (http: // mlst.ucc.ie/mlst/dbs/E.coli).