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Biodiversité des

Bactéries et Archéobactéries

Diversité phylogénétique
Procaryotes
Eubactéries Archéobactéries Eucaryotes

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Classification

Š Les bactéries peuvent être classées selon leurs caractères :


„ biochimiques (classification en biotypes ou biovars)
„ antigéniques (classification en sérotypes ou sérovars)
„ pathogéniques (classification en pathotypes ou pathovars)
„ enzymatiques (classification en zymotypes ou zymovars)
„ de sensibilité aux antibiotiques (classification en antibiotypes)
„ de sensibilité aux bactériophages (classification en lysotypes ou
lysovars)
„ moléculaires : identification de l’ADN par ribotypie, hybridation
ADN-ADN, hybridation ADN-ARN,séquençage de l’ARN
ribosomique, etc

Classification

Š Les bactéries peuvent aussi être classées selon :


„ la coloration de Gram
„ la morphologie
„ la mobilité
„ la capacité à sporuler
„ la température de croissance
„ les besoins nutritionnels
„ le mode respiratoire
„ la capacité de photosynthèse
„ l’utilisation des différentes sources de carbone ou d’azote
„ le G+C% du génome.

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Classification

Š Les Archæbactéries (du grec archaios, ancien et


backterion, bâton)
„ membrane plasmique composée de lipides de types éthers, adaptées
aux fortes températures. Paroi sans peptidoglycane. Bactéries
présentes dans des milieux extrêmes
Š Les bactéries méthanogènes, produisent du méthane en réduisant le CO2 à
partir de l'hydrogène moléculaire. dans les marais, bactéries symbiotiques du
tube digestif (ruminants, termites...). Bactéries anaérobies strictes sensibles à
la présence d‘O2.
Š Les bactéries halophiles extrêmes, milieux hypersalins.
Š Les bactéries thermoacidophiles, milieux chauds et acides.

Classification

Š Les Eubactéries : lipides membranaires de types esters, mieux adaptés


aux températures faibles que les lipides éthers. Présence de
peptidoglycane.
„ Les bactéries à Gram positif : paroi riche en peptidoglycane.
z Les coques : Bactéries non sporulées, immobiles produisant une coque qui les
protège. Peuvent être pathogènes (Staphylococcus, streptococcus, entérococcus)
ou non (micrococcus).
z les bacilles asporogènes : forme rectiligne (bacilles), ne produisent pas de
spores. Certains pathogènes (Listeria) mais beaucoup sont utiles (lactobacillus).
z les bacilles sporogènes : bactéries peuvent résister à des conditions défavorables.
(anthrax, botulisme, tétanos).
z les Actinomycètes : formes irrégulière (à base rectiligne). On y trouve les
Corynebacterium responsable entre autres de la diphtérie et les Mycobactéries
(lèpre, tuberculose). bifidobacterium des yaourts.

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Classification
.

„ Les bactéries à Gram négatif : paroi pauvre en


peptidoglycane

z bacilles aéro-anaérobies facultatives : entérobactéries (tubes digestifs des


animaux) Escherichia coli, Enterobacter, klebsiella, salmonella ou
yersinia (peste).
z bactéries aérobies strictes : bactéries fixatrices d'azote (Rhizobium,
Azotobacter) et les bactéries du sol (Nitrobacter, Nitrosomonas) ou
d'autres, pathogènes, comme Legionella.
z bactéries microaérophiles : besoin d'une faible présence d’O2.
z Chlamydia et Rickettsia : bactéries parasites intracellulaires

Classification

„ Les Mycoplasmes : pas de paroi, max 1µm. Beaucoup de


pathogènes.
„ Les Spirochètes : forme hélicoïdale, caractérisés par
flagelles internes.
„ Les Cyanobactéries : procaryotes phototrophes. Présence
de chlorophylle, et d’autres pigments

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Diversité bactérienne

Morphologie : coque, bacille, formes spiralées


Types : eubacteria, archaeabacteria, Gram positive, Gram
négative, cyanobacteria
Anatomie : paroi cellulaire, membrane cytoplasmique,
structures facultatives
Mobilité bactérienne
Matériel génétique
Formes de résistance : endospores
Croissance et nutrition : fission binaire, modes de nutrition

Morphologie

Diplocoque Streptocoque Staphylocoque

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Diversité des formes

• Formes :
o Sphères ou coque (du grecque = berry)
o Division sur un axe = diplocoque (Neisseria gonnorrhoeae, N. meningitidis),
o Plusieurs axes = chaine (Streptococcus pyogenes),
o Divisions régulière sur 2 plans perpendiculaires = cube de cellules,
o Divisions sur 2 plans avec des angles différents = groupe de cellules (Staphyloccus
aureus)
o Cylindres : rods ou bacille (Latin bacillus = )
o Formes spiralée (Grecque spirillum = little coil)

• Avantage des différentes formes :


o Coque : plus résistant à la dessication que les rods
o Rods : surfaces plus importantes meilleure récupération des nutriments dilués dans
l’environnement
o Spirale : meilleure résistance aux mouvements (tire-bouchon)
o Carré : meilleure résistance aux salinités extrêmes

Taille

Š Nutriments et déchets sont transportés à travers la


membrane plasmique
Š Le taux de transport détermine le niveau de
métabolisme et par conséquent le taux de croissance
des cellules
Š Plus la taille est petite et plus le rapport entre la
surface de la membrane plasmique et le volume de
la cellule est grand, et plus le potentiel de
croissance est rapide

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Taille

rayon (r) de la cellule rayon (r) de la cellule


A = 1µm B = 2µm

Surface (SA) de la
12.6µm2 50.3µm2
cellule = 4.π.r2

Volume (V) de la
4.2µm3 33.5µm3
cellule = 4/3.π.r3

Ratio SA / V 3 1.5

Anatomie

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Š Electron micrograph of a thin-section of strain PER-K23,
showing the cytoplasmic membrane (cm), the peptidoglycan
layer (p), and the surface layer (s). From Holliger et al.

Paroi cellulaire

Š Tous les représentants des bactéries ont une paroi cellulaire


Š Les parois cellulaires sont constituées de peptidoglycanes :
peptides et glycanes (sucres) (structure importante pour la taxonomie des bactéries)
z Glycanes :
Š Sucres modifiés : acide N-acétylmuramique (NAM or M) & N-
acétylglucosamine (NAG or G) (chaînes de 20 à 100 résidus)
Š M et G sont reliés par une liaison beta 1, 4 glycosidique
z Peptides :
Š Peptides courts (4 acides aminés, tétrapeptides) attaché à M.
Š Chaînes de tétrapeptides interconnectées par des ponts peptidiques
(le groupe carboxyl d’un tétrapeptide avec le groupe amine d’un
tértrapeptide adjacent (interconnection directe) ou une autre chaîne
de tétrapeptides (interconnection indirecte).

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Comparaison Gram+ / Gram-

Paroi archéobactéries

Š nombreuses variations dans la chimie des parois cellulaires,


certaines archéo n’ont pas de paroi cellulaire (ex Thermoplasma)
Š Methanobacterium sp. ont des glycanes et des peptides dans leur
paroi cellulaire :
„ Glycanes:
z Sucres modifiés, acide N-acétyle talosaminouronique (NAT ou T) & N-
acétylglucosamine (NAG or G)
z T et G associés par une liaison beta 1, 3 glycosidique.
„ Peptides :
z Peptides courts attachés à T.
z les acides aminés sont seulement du type L
z Pénicilline n’a pas d’effet sur la formation de la paroi cellulaire.

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Généralités sur la
membrane cytoplasmique
Š Impliquée dans le transport des molécules : régulation des flux entrant et sortant
Š épaisseur 4-5nm
Š constitue une barrière perméable différentielle – mouvements à travers la mb =
processus sélectif restrictif.
Š Les petites molécules de charge neutre (H2O, O2 & CO2) sont facilement
transportables mais les molécules plus grosses (glucose) et les ions ou bien les
atomes chargés (protons, H+) nécessitent des systèmes de transports
spécifiques.
Š Le ratio surface/volume est très important pour les petites cellules.
Š La double couche de phospholipides (bactéries & eucaryotes seulement) sépare
l’eau à l’intérieur de la cellule de l’eau extérieure.

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Généralités sur la
membrane cytoplasmique
Š Modèle de mosaïque fluide : les protéines sont intégrées dans une couche
lipidique dans un état dynamique.
Š Protéines périphériques: confinées à la surface de la membrane.
Š Protéines intégrées : partiellement / complètement enfoncées dans la membrane
& pouvant traverser la membrane.
Š Distribution et propriétés des protéines de chaque côté de la mb sont différentes =
fonctions différentes des 2 couches.
Š La structure et les propriétés chimiques des membranes chez les bactéries, les
archéobactéries et les eucaryotes sont phylogénétiquement distinctes.

Membrane cytoplasmique
bactéries
Š (a) Phospholipides: (structure, fonctions & utilité)
„ Phospholipides – groupement phosphate attaché à 2 acides gras par le glycérol (glycérol
diester)
z Le groupe phosphate hydrophile ("aime l’eau")- en contact avec la paroi et le
cytoplasme
z Le groupe acide gras est non polaire et donc hydrophobe : côté interne de la matrice
membranaire

Š Double couche lipidique due aux interactions hydrophobe / hydrophile contribue au flux des
molécules.
Š La composition en phospholipides varie selon les espèces et les conditions environnementales
„ Psychrophiles : grandes proportions d’acides gras insaturés qui augmentent la fluidité de la
membrane (les AG saturés forment des agrégats qui augmentent la rigidité de la membrane)
„ Les bactéries peuvent être identifiées à partir de leur composition en phospholipides
(banques de données informatiques) mais les cellules doivent être cultivées dans des
conditions spécifiques

Š (b) Protéines :
„ Etat dynamique : distribution en fonction du model en mosaïque

Š Pas de stérol

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Membrane cytoplasmique
archéobactéries
Structure fondamentalement différente de celles des eubactéries
Š (a) Lipides:
„ Des molécules de glycérol peuvent être liées à :
z groupe phosphate (comme chez les eubactéries) = phospholipides et/ou

z groupement sulfate et carbohydrates (différent des eubactéries) qui ne


constituent plus alors des phospholipides de structuration
„ Les lipides sont des hydrocarbones (isoprenoid) et pas des acides gras, sont
branched (chaîne chez les bactéries) et associées au glycérol par des liaisons
éther (liaisons ester chez les bactéries).
„ Lipides ont des structures variées :
z Glycérol diéther (Glycérol + C
20 hydrocarbones) - membrane double
couche
z Glycérol tétraéther (Glycerol + C
40 hydrocarbones) - membrane
monocouche
z Tétraéthers cycliques (Glycérol + > C ) - maintien de l’épaisseur de la
40
membrane 4-5nm

Membrane cytoplasmique
archéobactéries
Š La diversité des types de membranes vient des
différents habitats dans lesquels vivent les
archéobactéries.

„ Sulfolobus (90oC, pH 2)- chaînes C40 hydrocarbones augmentent la


fluidité de la membrane (acides gras saturés limitent le glissement
des molécules les unes par rapport aux autres) - structures requises
pour croître à de très hautes températures (jusqu’à 110oC, bactéries
hyperthermophiles)
„ Thermoplasma haute température, archéo sans paroi cellulaire

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Structures facultatives

Š Glycolcalyx : polysaccharides de surface = couche muqueuse assurant


une protection supplémentaire à la cellule.
Š Capsule : polysaccharides localisés autour des acides téchoïques chez
les bactéries Gram + et des lippopolysaccharides chez les Gram - = joue
un rôle important dans le pouvoir pathogène de la bactérie en empêchant
la phagocytose.

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Structures facultatives

Š Glycolcalyx : polysaccharides de surface = couche muqueuse assurant


une protection supplémentaire à la cellule.
Š Capsule : polysaccharides localisés autour des acides téchoïques chez
les bactéries Gram + et des lippopolysaccharides chez les Gram - = joue
un rôle important dans le pouvoir pathogène de la bactérie en empêchant
la phagocytose.
Š Slime : les polysaccharides de surfaces peuvent être libérés dans le
milieu et constituer une couche gélatineuse dans laquelle les bactéries
vont se développer
Š Couche de surface cristalline ou couche S : protéines ou
glycoprotéines = squelette externe, adhésion, résistance aux protéases
des macrophages.

Mobilité bactérienne

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Mobilité bactérienne

Š Types de déplacements
z Principalement chez les bacilles
z Différents selon les conditions du milieu

ƒ Glissement sur des surfaces solides : bacilles Gram –


mécanisme inconnu
ƒ Nage : le plus fréquent en milieu liquide ou semi-solides.
Présence de flagelles
ƒ Essaimage : modification morphologique des bactéries.
Allongement des bactéries et nombreux flagelles permettant une
colonisation rapide du milieu.

Mobilité bactérienne

Š Ciliature polaire monotriche


(Aeromonas sp., Vibrio sp.,
Pseudomonas aeruginosa …)

Š Ciliature bipolaire multitriche


(Pseudomonas fluorescens)

Š Ciliature amphitriche et multitriche =


lophotriche (Helicobacter sp.)

Š Ciliature péritriche (Entérobactéries


mobiles)

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Flagelle
Flagelle

Filament hélicoïdal

Paroi cellulaire Crochet

Corpuscule basal

Membrane
plasmique

Pili et fimbriae

Š Structures filiformes différentes des flagelles.


Pas impliqués dans la mobilité
z Pili : impliqués dans la conjugaison (échange de matériel
génétique entre 2 bactéries)

z Fimbriae impliqués dans l’adhésion (surtout chez


Gram -)
ƒ Bâtonnets rigides 5/7 nm de diam
ƒ Filaments flexibles 2/3 nm de diam

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Matériel génétique

Š 1. chromosome bactérie et archéobactérie


„ En général 1 chromosome circulaire unique (Streptomyces & Borrelia =
linéaire, Rhodobacter sphaeroides = 2 chromosomes séparés).
„ "ADN nu" – non lié à la membrane (région nucléaire) – appareil
nucléaire/nucléoïde. Enroulé ou déroulé (1mm).
„ Pas associé à des histones comme chez les eucaryotes (ADN enroulé) mais
des protéines similaires sont trouvées.
„ Taille du génome très variable.
„ G+C varie entre 28% to 72%.
„ La division cellulaire (fission binaire) et la duplication de l’ADN sont
synchronisés. La duplication de l’ADN est plus lente que la division cellulaire.
Plusieurs copies de l’ADN sont lancés avant que la copie précédente soit
complètement répliquée. Une cellule peut comporter une copie complète et
plusieurs copies partielles.

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Matériel génétique

Š 2. Plasmides

„ Éléments génétiques extra-chromosomiques de petite taille, circulaires - auto


réplication.
„ information génétique en complément de l’information génétique
chromosomique.
„ Résistance aux antibiotiques.
„ Tolérance à certains métaux toxiques.
„ Production de toxines.
„ L’information génétique des plasmides = 1 à 5% de l’information de l’ADN
chromosomique (mais peut se traduire par 0% ou 100% de survie de la
cellule ex : résistance aux antibiotiques).

Formes de résistance

Š En général, les microorganismes ne survivent pas à


des stress mineurs comme la chaleur, les
antibiotiques, désinfectants … mais certaines
cellules ont développé des systèmes de résistance :
endospores et kystes. Dans la plupart des cas, les
bactéries produisant ce genre de structures sont des
bactéries du sol, ou des bactéries vivant dans des
environnements avec des fluctuations importantes
des conditions.

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Les spores sont formées pendant des conditions de
croissance défavorables et germent lorsque les
conditions sont à nouveau favorables.

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Taille
grande taille (agrandissement
de la cellule) ou plus petite que
la cellule

Forme
Cylindrique
Ellipsoïdale
Sphérique

Localisation
Centrale
Terminale
Sub-terminale

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Formes de résistance

Time required to kill a suspension in


Endospore-forming cell
boiling water (100oC)
B. anthracis 1-2 min (not very heat ressistant)
C. botulinum 2-6 hours
C. tetani 1-3 hours
E. coli & S. aureus (non-
30 minutes at 70o C
endospore formers)

Croissance bactérienne et
nutrition

Les cellules bactériennes donnent deux individus par


fission binaire. La croissance bactérienne n’est pas
définie par rapport à la taille de la cellule mais par
rapport à l’augmentation du nombre de cellules, par
division cellulaire.

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Fission binaire

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Septum en formation

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Š Parts a–g show fluorescence micrographs of M. polyspora cells that have been stained with FM 1-43, which is specific for the cell membranes
and spore coats. a | Cells divide at both poles. b | Forespores are engulfed by the mother cell. c | Forespores are capable of binary fission (the
arrow indicates a newly formed division septum that is bisecting a forespore). d | Forespores continue to divide and grow. e | Forespores mature
into endospores. f | A large M. polyspora with seven forespores. g | A cell emerging from its spore coat has divided at both poles and begun to
sporulate. h | Nomarski differential interference contrast micrograph of M. polyspora undergoing binary fission, which is a rare event. Scale bar
in a applies to all panels except c. Reproduced with permission from Ref. 45 © (1998) National Academy of Sciences, USA.

Modes de nutrition

Différentes stratégies d’acquisition du C et de l’énergie


•2 mécanismes d’utilisation de l’énergie
•Phototrophes : énergie des photons, cad de la lumière
•Chimiotrophes : énergie de la réduction de liaisons chimiques

•2 mécanismes d’utilisation du CO2


•Autotrophes : énergie du carbone du CO2 = producteurs primaires
•Hétérotrophes : carbone de sources organiques cad provenant d’autres
organismes = consommateurs

•4 combinaisons chez les microorganismes


•Photoautotrophes : lumière et le carbone du CO2 + production d’O2
•Photohétérotrophes : photosynthèse + autres sources
•Chimioautotrophes : carbone du CO2 + énergie par réd des liaisons
chimiques. C et E de sources différentes
•Chimiohétérotrophes : C et E de même origine. Ex : glucose

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Bactéries autotrophes

Bactéries hétérotrophes

Sécrétion d'enzymes digestives

Digestion
Absorption

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Archéobactéries

Les Archaebactéries vivent en général dans des


environnements peu familiers et sont particulières du fait des
substrats qu’elles consomment et des produits qu’elle
rejettent

Š Méthanogènes, relarguent du méthane au cours de leur


cycle métabolique chez les organismes qui consomment de
la cellulose par ex termites)
Š Halophiles extrêmes, vivent dans des environnement
hypersalins comme les mers intérieures
Š Thermophiles extrêmes, vivent dans des environnements
extrêmement chauds comme les sources chaudes ou les Natrococcus
sources hydrothermales
Lac salé
Š Métabolisme des sulfures

On trouve aussi les Archaebacteria dans des environnements


plus cléments

Archéobactéries thermophiles

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A large channel draining from a hot pool,
limestone terraces formed by precipitation
containing carotenoid-rich microorganisms. The
from calcium-rich water flowing from a raised
temperature of this channel in the foreground is
hot pool. Pink, green and brown-coloured
about 60 oC. Layers of white-coloured limestone
microorganisms occupy the thermal gradients
(forming a rock deposit known as travertine) can
in the flowing water (60-100oC)
also be seen. Note the footprints of buffalo in the
foreground. These animals often seek the warmth
of thermal areas in the winter months.

Bactéries chimiotrophes

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Cycle de l’azote

Besoins en oxygène

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Symbioses

ƒ Symbiose (hôte, symbiote)


ƒ Les bactéries sont souvent impliquées dans les symbioses, c’est
à dire des échanges avec d’autres organismes bénéfiques pour
les deux
ƒ Symbiose = relation entre 2 ou plusieurs organismes nécessaire à
la survie d’au moins 1 des 2 organismes impliqués
ƒ Bactérie = symbionte
ƒ organisme plus grand = hôte
ƒ Plusieurs degrés
ƒ Mutualisme
ƒ Commensalisme
ƒ Paratisme

Š Mutualisme
„ les bénéfices sont pour le symbiote et l’hôte

Š Commensalisme
„ la symbiose bénéficie à l’un des organismes impliqué mais
n’apporte rien à l’hôte

Š Parasitisme
„ Parasitisme = symbiose dans laquelle un organisme souffre
de la relation avec le symbionte

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Nodules sur racines
de légumineuse

Rhizobium

Bactéries et maladies

Cocci
• Streptococcus pyogenes : pharyngites, otites, sinusites
• Clostridium tetani : tétanos
• Clostridium perfringens (et autres) : gangrène gazeuses
• Neisseria gonorrhae : gonorrhée

Bacilles
• Salmonella sp. : thyphoïde
• Pasteurella pestis : peste
• Vibrio cholerae : choléra
• Mycobacterium leprae : lèpre

Spirilles
• Treponema palidum : syphilis

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Comparaisons Bact Arché

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