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1.

Unité du vivant
1.1. La vie, le vivant, une introduction

1.2. Les molécules du vivant

1.3. La cellule, unité fonctionnelle de base du vivant

1.4. Le génome, structure et fonction

1.5. Nutrition et métabolismes

1.6. Reproduction

1.7. L’évolution du vivant


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1.2. Les molécules du vivant = biomolécules =
composés carbonés (1)

Hydrogène (H)
+ de 99% des atomes
Oxygène (O)
des cellules du corps humain
Carbone (C)
Azote (N)
 La plus grande partie de O et H … sous forme d’H2O

 Propriété commune à H, O, C et N:
capacité à former des liaisons covalentes par mise en
commun des paires d’électrons

 2 autres éléments jouent un rôle important dans les


biomolécules: le phosphore et le soufre 2
1.2. Les molécules du vivant (2)

ions minéraux 4%
phospholipides 2% LIPIDES

ACIDES
NUCLEIQUES

protéines : 15%
(eucaryotes animaux et
procaryotes) – 2%
PROTEINES
(eucaryotes végétaux)

polysaccharides : 2 à
15% (végétaux) GLUCIDES

biomolécules 3
I. L’eau solvant de la vie : propriétés de
solvatation

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Les composés hydrophobes et l’eau

5
Les composés amphiphiles (1)

6
Les composés amphiphiles (2)

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L’importance biologique des liaisons de faible énergie :
liaisons hydrogène, hydrophobes, de Van der Waals, …

 Énergétiquement faibles mais à effet cumulatif

 Elles permettent une souplesse des associations et


une dynamique conformationnelle

 Elles assurent une capacité de reconnaissance


entre les macromolécules

 Les liaisons faibles permettent de brefs contacts

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sélectives

9
10
II. Orientation des biomolécules
-NH2-----> -COOH
ACIDE AMINE ACIDE AMINE POLYPEPTIDE
Polarité structurale

Porteuses d’information (séquence)


OSE SIMPLE OSE SIMPLE POLYOSIDE

liaison C1 ---> C4

NUCLEOTIDE NUCLEOTIDE ACIDE NUCLEIQUE

5’-℗ ----> 3’-OH

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III. Les Acides Nucléiques : ADN / ARN

ADN = support de l’information génétique (chromosome)


- transmission (réplication)

- expression (transcription)

ARN = forme d’expression de l’information génétique


- ARNm codant, intermédiaire entre ADN et protéine
(traduction)
- ARN non codants (ARNr ; ARNt ; ARN régulateurs (µARN,
sARN, …)

Protéine = « acteur/catalyseur » de toutes les fonctions biologiques

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Acide nucléique (ADN ou ARN) = polynucléotide =
polymère de nucléotides
7 6
5 6 1
8
2
4
9 3

C 5’ -phosphate numérotation de 1 à 6 (ou 1 à 9) pour base


numérotation de 1’ à 5’ pour sucre

charge négative
=> ↘ sensibilité
à l’hydrolyse =>
maintien
intégrité
information

C2’-H résistant à l’hydrolyse


=> plus grande stabilité ADN/
ARN

C 3’ -OH 13
Les bases azotées : rappels

bases pyrimidiques / bases puriques OU pyrimidines / purines 14


polymère de nucléotides
=> polymérisation par liaison entre les groupements C-5’-P et C-3’-OH

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 Notation abrégée: pApCpGpT

Extrémité 5’ est le plus souvent phosphatée (5’-P)

 Chaîne d’ADN a une polarité:

Extrémité possède un 5’-P libre et l’autre un 3’OH libre

Convention: la séquence s’écrit de 5’ 3’

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"Nous souhaitons
suggérer une
structure pour le sel
de l'acide
désoxyribonucléique
(ADN). Cette
structure présente
de nouvelles
caractéristiques qui
sont d'un intérêt
biologique
considérable. »
Francis Crick et
James Watson,
Nature - VOL 171,
page 737, 1953 - 2
Avril 1953

ADN = 2 chaines complémentaires et antiparallèles => double hélice


Rq : ARN monocaténaire ou bicaténaire partiel

Unité de taille de l’ADN : paires de bases (pb) 17


ARN: structure et conformation
Divers ARN jouent des rôles clé dans l’expression des gènes:

1. ARN messager (ARNm) = matrice pour la synthèse des


protéines (traduction)

2. ARN de transfert (ARNt) se lient aux AA et les apportent au


niveau du ribosome où les liaisons peptidiques se forment. Ils
assurent la correspondance entre l'information génétique portée
par l'ARNm et les 20 AA qui sont les blocs élémentaires de la
protéine codée par cet ARNm. Chaque ARNt possède une
spécificité pour un AA donné.

3. ARN ribosomique (ARNr) = constituant majeur des


ribosomes
 rôle catalytique et structural dans la synthèse des
protéines 18
3’
5’
ARN de TRANSFERT

 ARNt = molécule adaptatrice

- AA ne reconnaît pas lui-même le codon  AA lié à un ARNt


spécifique au niveau de l’extrémité 3’-OH

- Reconnaissance du codon par appariement avec anticodon


(complémentaire)
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ARN RIBOSOMIQUES

 Participent avec des protéines aux


assemblages moléculaires responsables de
la synthèse des protéines: ribosomes

 Se reploient pour former des structures IIaires


caractéristiques  nombreuses liaisons H intramoléculaires

 Différentes espèces d’ARNr définies par leur coefficient de


sédimentation (mesure de taille relative, en Svedberg)

 Comparaison phylogénétique  similitude des structures


IIaires (archées, bactéries, eucaryotes)

 Ribosomes sont construits et fonctionnent de la même façon


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IV. Les Protéines

 Macromolécules biologiques les plus abondantes des


cellules vivantes eucaryotes animales et procaryotes :
=> dans toutes les cellules et compartiments
cellulaires
de nombreuses fonctions:
=> rôle mécanique (structural), transport,
stockage, défense, catalytique, communication,

 Pour l’ensemble de ces fonctions:  constituées


d’acides aminés liés (par liaisons amides ou liaisons
peptidiques) en séquences caractéristiques.
21
Protéine = polymère d’acides aminés

22
21 acides aminés différents (R)

AA acides

AA basiques

AA polaires

AA apolaires 23
polymère d’acides aminés
=> polymérisation par liaison entre les groupements –COOH et –NH2

extrémité N-terminale extrémité C-terminale

Convention: écriture des peptides de l’AA N-terminal à l’AA C-terminal 24


La liaison peptidique

 Liaison rigide et plane : pas de rotation possible autour de l’axe

=> conformations adoptées par les chaînes polypeptidiques limitées :


hélice a, feuillet-b, coude et boucle.

 Structure Iaire : enchaînement linéaire des AA / spécifique de chaque


protéine

 Structure IIaire: repliement de segments de la chaîne polypeptidique en


structures singulières (ex: hélices a et les feuillets b)

 Structure IIIaire: façon dont la molécule entière s’enroule ou s’organise


forme tridimensionnelle (protéine globulaire)

 Structure IVaire: concerne les protéines oligomériques


Oligomère résulte de l’association de plusieurs chaînes polypeptidiques
ou sous-unités. 25
IV. Les Glucides
Constituent la plus grande partie de la matière organique :

 réservoir d’énergie de molécules énergétiques et

d’intermédiaires métaboliques

 Ribose et désoxyribose: structure de l’ARN et de l’ADN

 Polysaccharides: principaux constituants de paroi cellulaire

 Liaison aux protéines ou aux lipides  rôle dans la

médiation des interactions entre cellules et environnement


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glucides = polymère d’oses ou monosaccharides
(hydrates de C) = (C-H2O)n

orientation α

orientation β

représentation : chaîne ouverte ou forme cyclique

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PENTOSES

ACIDES
NUCLEIQUES

HEXOSES
PAROIS
CELLULAIRES

28
La liaison glycosidique : orientation α ou β

liaisons de type α (plus labiles)


=> glucides de réserve

liaisons de type β (plus stables)


=> glucides de structure (parois)
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Les glucides majeurs du Vivant

Nom de la Type de Monomère(s) Liaisons Fonction /


molécule polysaccharide Localisation

Amidon Homopolysaccharide a Glucose a 14 Réserve énergie /


cytoplasme
Glycogène Homopolysaccharide a Glucose a 14 et Réserve énergie /
a 16 cytoplasme
Cellulose Homopolysaccharide b Glucose b14 Structure /
paroi
Chitine Homopolysaccharide Glucosamine b14 Structure /
paroi
Peptidoglycane Hétéropolysaccharide Glucosamine b1  4 Structure /
Acide muramique Liaison paroi
Oligopeptide interpeptidique

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IV. Les Lipides
• Propriété biologique significative des lipides : hydrophobie

 insolubles dans l’eau et très solubles dans les solvants organiques (CHCl3)

• Propriété essentiellement assumée par les ACIDES GRAS

Lipides ont de nombreux rôles:

 molécules énergétiques (réserves d’énergie très concentrées)

 molécules signal (transduction du signal)

 constituants des membranes : phospholipides / stérols

Nomenclature des acides gras

Chaînes hydrocarbonées de longueur et degré d’insaturation variés qui se


terminent par un groupe COO- 31
Propriétés des Acides Gras

Propriétés des AG et des lipides qui en dérivent dépendent :


 longueur de leur chaîne

 degré de saturation

• AG insaturés ont un point de fusion plus bas que les AG saturés de même
longueur

ex: point de fusion de l’acide stéarique = 69,6°C

acide oléique (double liaison cis) = 13,4°C

• Longueur de la chaîne affecte aussi le point de fusion

ex: T°Cfusion acide palmitique (C16) < 6,5°C / acide stéarique (C18)

Longueur de chaîne courte et insaturation  fluidité des AG


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Les phospholipides : composant majeur des membranes biologiques

1 phospholipide = 1 glycérol (3 C) + 1 phosphate + 2 chaines carbonées

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Le phospholipide : une molécule amphiphile

acides gras glycérol (3 C)

X = radical R
(choline, serine
,ethanolamine, ...

liaison ester groupement phosphate

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Les phospholipides : 2 grands types dans les 3 domaines du Vivant

plus résistantes à l’hydrolyse /


plus résistants à l’oxydation 35
Le phospholipide : une molécule amphiphile

bicouche phospholipidique => membrane = mosaïque fluide 36


Les stérols : rôle dans le maintien de l’intégrité structurale et fonctionnelle
des membranes cellulaires

Stérols = lipides contenant des molécules terpéniques avec un motif structural


commun: 3 noyaux à 6C et un noyau à 5C accolés
les stérols (ou équivalents)
servent de tampon de
fluidité (très important en
absence de paroi) et
servent également à
rigidifier certaines zones
de la membrane (solidité
de la membrane).

- Hopanoïdes ou Stérols chez les


Bactéries
- Stérols absents chez les Archées
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Précurseurs minéraux
CO2, eau, ammoniac, azote (N2), nitrate (NO3-)…

Métabolites
pyruvate, citrate, succinate, glycéraldéhyde 3 P, fructose 1,6 bis P…

Unités de construction
acides aminés, nucléotides, oses simples, acides gras, glycérol

Macromolécules
Protéines, acides nucléiques, polyosides, lipides

Complexes supramoléculaires
ribosomes, cytosquelette, complexes multienzymatiques

Organites
noyau, mitochondries, RE, appareil de Golgi

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