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Cours de Modélisation Moléculaire :

Introduction
Modélisation moléculaire = Description des molécules et de leurs interactions.
Expériences in vivo, in vitro et in silico.
BioInformatique (il n’existe pas de termes pour physico-informatique)
En fait, BioInformatique == biologie in silico
Champ d’applications : Analyse de séquence, Modélisation moléculaire.
Cherche à connaître la structure 3D des molécules et leurs interactions.
Le point de vue est ici « atomique ».
Chimie quantique :
C’est la théorie qui explique la liaison chimique et la réactivité chimique.
C’est seulement dans les années 1960 que la molécule d’hydrogène a été calculée
complètement (précision de 6 chiffres).
Mais les calculs de mécanique quantique sont applicables seulement sur des
systèmes de quelques dizaines d’atomes.
(Analogie avec le début du siècle : on ne peut résoudre des systèmes à grand
nombre de variables : thermodynamique statistique)
Mécanique moléculaire :
Utilisation de la mécanique newtonienne pour approcher les structures des
molécules. On va modifier les coordonnées des atomes afin d’avoir la
conformation de la molécule à l’état d’énergie minimum (en fait, un cliché de la
molécule dans des conditions statiques à 0°K). Le modèle représente les atomes
dans les molécules par des « boules de mousse électrifiées et reliées par des
ressorts ». L’ensemble des constantes de force et coefficients d’interactions pour
les forces s’exerçant est appelé champ de force : ses paramètres sont basés sur
des calculs de spectroscopies, de mécanique quantique et optimisés sur des
structures connues.
Pour trouver la géométrie optimum d’un ensemble d’atomes, il faut minimiser 3
coordonnées cartésiennes par atome (pour une protéine de 1000 atomes = 3000
coordonnées cartésiennes). Donc il faut trouver le minimum d’une fonction
(l’énergie) dans un espace à quelques milliers de variables. Toutes les méthodes
d’optimisation connues ne peuvent trouver qu’un minimum local (cf. “plateau
d’oeufs”). On ne sait pas trouver un minimum global d’énergie  : donc on n’est
jamais sur de trouver ce minimum global de l’énergie pour une molécule. Il
existe des méthodes (ex : Monte-Carlo) qui permettent d’approcher ce minimum
global.
Enfin, la modélisation moléculaire est utilisée pour le raffinement des structures
obtenues par diffraction des rayons X et RMN
Dynamique moléculaire :
On sait que les structures ne sont pas figées aux températures auxquelles on veut
les étudier. On va simuler le mouvement des atomes d'une molécule en intégrant
les équations de Newton F = ma (F vecteur force, a : vecteur accélération). Les
atomes sont alors modélisés par des « boules de mousse en mouvement
électrifiées et reliées par des ressorts ». Pour un système de milliers d’atomes, on
calcule les forces sur chaque atome, puis leur accélération, et enfin leur vitesse,
leurs nouvelles positions, et donc les nouvelles forces. Vu que les forces changent
suivant les positions des atomes, il faut calculer avec des pas petits (pas
d’intégration) : on prend des pas de 1 femtoseconde (10-15 seconde), si on prenait
des pas plus grands, la simulation serait plus fausse, car les forces auraient
réellement changé pendant le pas d’intégration, et ce changement n’aurait pas
été pris en compte. Exemple : modèle de Karplus : Hémoglobine, l’atomes
d’oxygène est piégé et ne peut pas sortir ou entrer dans le site de l’hème. Karplus
a trouvé par des calculs de dynamique moléculaire un canal par lequel l’oxygène
peut passer, ce canal est ouvert ou fermé.
Applications : Pharmacologie (drug design), enzymologie.

Considération préliminaires - Chimie quantique


Interactions, force et énergies.
Il est conventionnel de parler de classes différentes d'interactions agissant entre
les atomes comme des "forces" (exemple, force de van der Waals, donner une
équation pour l'énergie potentielle d’une interaction particulière. Les interactions
électromagnétiques dominent à l'échelle moléculaire (les interactions
gravitationnelles et nucléaires étant complètement négligeables à l'échelle de la
chimie). Le comportement d'une molécule peut être décrit complètement par
l'équation de Schrödinger : Hˆ Ψ(x1 , x2 , ...) = EΨ(x1 , x 2, ...)
où x sont les positions du noyau et des électrons de la molécule, Ψ est la fonction
d'onde qui contient toute l'information sur les propriétés dynamiques du
système et E est l'énergie pour l'état. L'opérateur Hamiltonien est donné par :
n
−h 2 n n ziz j e2
Hˆ = ∑ pi + ∑ ∑
i =1 2m i =1 j =i +1 4πε 0 x i − x j

• où n est le nombre de particules, mi est la masse de la particule i, zi sa charge


et les autres symboles ont leur signification conventionnelle (p : quantité de
mouvement, ε0 permittivité du vide, h constante de Planck / 2π). Le premier
terme correspond à l'énergie cinétique classique et le deuxième à l'énergie
électrostatique (Coulomb). Les propriétés de toutes les molécules sont
gouvernées par cette équation (en excluant les petits effets dus à des
considérations relativistes). La chimie quantique peut (théoriquement) traiter
toutes interactions moléculaires. Malencontreusement, la solution de cette
équation n'est pas possible analytiquement même pour la molécule la plus
simple H2+ (cad. deux protons et un électron), sans faire une approximation.

L'approximation de Born-Oppenheimer
Born et Oppenheimer (Ann. Phys. 84 :457-484, 1927) ont montré qu'une bonne
approximation était de traiter isolément les distributions nucléaires et
électroniques d'une molécule. La diffusion électronique peut être considérée
pour un certain ensemble de positions nucléaires fixées. L'approximation
s'appuie sur la grande différence de masse entre noyaux et électrons (un
électron voit un noyau « immobile »). Cette approximation permet la description
d'une configuration structurale moléculaire en termes de position nucléaire de
chaque atome : la description empirique - utilisée en mécanique moléculaire -
d'une molécule dans des termes d'angles ou de longueurs de liaison s'appuie sur
la validité de l'approximation de Born-Oppenheimer.
Sujette à cette approximation, l'énergie pour une molécule de N noyaux et n
électrons est donnée par :

où R sont les vecteurs de position du noyau et le Zi les charges. Le premier


terme représente la contribution à l'énergie potentielle due à des interactions
entraînant les électrons, le second est simplement un terme classique
Coulombien donnant l'interaction répulsive entre les noyaux chargés de la
molécule. La fonction d'onde électronique et l'énergie potentielle sont données
par :
Hˆ électronsΨ(r1 ,r2 ,...) = EélectronsΨ(r1 ,r2, ...)
L'opérateur Hamiltonien pour la contribution des électrons à l'énergie est
donnée par :
n_ elec
−h n_elec
zj e2 n_ elec n _elec
e2
Hˆ electrons = ∑ { pi2 − ∑ }+ ∑ ∑
i =1 2m j =1 4 πε 0 ri − Rj i =1 j = i+1 4 πε 0 ri − rj

où m est la masse de l'électron ri et rj sont les vecteurs de position pour les


électrons, Ri et Rj pour les protons. Le premier terme de la somme correspond à
l’énergie cinétique des électrons, le second à l'interaction entre les électrons et les
noyaux et le troisième les interactions électrons-électrons.
La solution des équations ci-dessus est la base du domaine d'étude de la chimie
quantique.
L'idée fondamentale des méthodes de chimie quantique est de trouver la
distribution des électrons pour un ensemble fixé de positions nucléaires
décrivant la molécule (voir ci-dessus l'approximation de Born-Oppenheimer). Par
l'application d'une procédure de minimisation d'énergie, la géométrie de la
molécule peut être optimisée. La chimie quantique ab initio part des principes
fondamentaux en n'utilisant rien d'autre. Cela permet la considération d'espèces
"exotiques" ainsi que de molécules plus conventionnelles. Les réactions chimiques
peuvent être suivies et ces méthodes sont très utiles dans la chimie organique.

La méthode LCAO
La méthode LCAO, communément employée, exprime une orbitale moléculaire
(MO) comme une Combinaison Linéaire des Orbitales individuelles Atomiques
pour la molécule :
atomes
Ψmoléculaire = ∑C Φ k k
k =1
Le principe de variation peut être exploité pour trouver des valeurs des
coefficients Ck . Le principe énonce que la valeur attendue <E(ρ)> de
l'Hamiltonien H calculé avec toute fonction ρ :
∫ ρ * Hˆ ρdτ
E (ρ ) =
∫ ρ*ρdτ
doit se trouver au-dessus de l'énergie vraie d'état fondamental (l'intégration est
sur tout espace). Autrement dit, si nous avons une fonction d'onde pour la
molécule et que nous faisons un changement qui abaisse l'énergie alors la
nouvelle fonction est une meilleure approximation de la vraie fonction d'onde du
système. Ainsi, la valeur optimale pour les coefficients Ck peut être trouvée en
ajustant les coefficients afin de minimiser l’énergie moyenne de la fonction
d’onde moléculaire E(Ψmoléculaire)
Une complication supplémentaire survient à cause du dernier terme de
l’Hamiltonien qui décrit la répulsion électron-électron. Sans ce terme, il serait
possible d'employer la méthode de séparation de variables pour résoudre
l'équation de Schrödinger indépendamment pour chaque électron, mais ce n'est
pas possible quand ce terme est pris en considération.
L'approximation standard, développée par Hartree et Fock, permet d'éviter ce
problème en supposant que chaque électron se déplace dans le champ moyen du
noyau et des autres électrons. Un ensemble initial de fonctions d'onde est
approché pour la molécule. Dans l'approche LCAO, une série de fonctions fixées,
appelée l'ensemble de base (basis set), est choisi (cet ensemble doit au moins
donner une représentation de chaque orbitale atomique de chaque atome) et la
configuration initiale est un ensemble de coefficients Ck (n.b. celui-ci doit
satisfaire le principe de Pauli et être antisymétrique). Le coefficient optimal pour
chaque orbitale atomique est trouvé chacun son tour tandis que les autres
orbitales sont figées. La procédure continue jusqu'à ce que tous les coefficients ne
varient plus et devient « self-consistent ». La méthode est connue sous le nom de
SCF (« self-consistent fields » ou « champs auto-consistant ».
Elle est connue sous le nom de calcul ab initio et a le grand avantage qu'une
molécule peut être traitée sans utiliser de paramètres dérivés empiriquement. La
précision est raisonnable - pourvu qu'une base de fonction d'une taille
raisonnable soit employée - et des méthodes existent pour réduire les erreurs de
l'approximation des SCF, en considérant la corrélation des électrons dans le
calcul. La géométrie d'un modèle peut être améliorée en calculant l'énergie pour
une série de positions nucléaires, et en utilisant une procédure de minimisation
d'énergie (par exemple, en variant Ri afin de minimiser l'énergie potentielle). Son
grand problème est dans son coût de calcul - proportionnel à n3.5 où n est le
nombre de fonctions de base employées pour le calcul. Donc, il est très coûteux à
améliorer l'exactitude d'une simulation pour une petite molécule, ou de
modéliser une molécule plus grande. La limite pratique du calcul est à peu près
de dix d'atomes (Weiner et al., 1984; Singh et Kollman, 1984). Des simulations
quantiques semi-empiriques (telles Qu’AMI : Dewar et al., 1985), dans lequel des
approximations et des données empiriques sont introduites des les calculs de SCF
permettent de pousser cette limite. Cependant les techniques sont de loin trop
coûteuses pour être appliquées à la plus petite protéine.
Supposons qu'on puisse résoudre les équations de Schrödinger pour tous les
noyaux et électrons dans le système d'intérêt (cad., un enzyme, son substrat et
un ensemble de molécules d'eau) pour toutes les positions nucléaires dans un
temps raisonnablement court : cette méthode alliée alors avec la dynamique
moléculaire (et d'autres techniques) rendrait possible la compréhension de la
dynamique structurale et des propriétés et réactions chimiques d'une protéine à
partir des principes de bases.

Il est impossible d'appliquer ces méthodes aux molécules de la taille d'une


protéine (même pour les méthodes quantiques semi-empiriques qui sont limitées
à la considération de systèmes de la taille de quelques aminoacides). Cependant,
malgré le problème de coût en temps calcul, la chimie quantique peut être
extrêmement utile :
1°) pour fournir des paramètres pour les fonctions énergétiques potentielles
utilisée dans les méthodes de mécanique moléculaire. Par exemple, des charges
atomiques partielles peuvent être ajustées pour reproduire le potentiel
électrostatique produit par des calculs ab initio sur des parties de la molécule
d'intérêt [Singh, 1984 #2144].
2°) pour suivre des réactions chimiques dans des protéines. Bash, Domaine et
Karplus (1987) ont combiné le traitement semi-empirique de mécanique
quantique (AM1) d'une petite partie d'une molécule (environ 20 atomes (non
hydrogènes)) avec une approche de mécanique moléculaire pour le restant de la
molécule, adaptant une méthode employée en premier par Warshel&Levitt
[Warshel, 1976 #6678]. Cela permet le traitement de réactions chimiques en
solution, et la méthode a depuis été appliquée à la réaction enzymatique de la
triose phosphate isomérase (Karplus et al. , 1992). Warshel et ses collègues (1991)
ont fait l'emploi extensif d'une procédure qui combine une méthode calculant les
liaisons de valence par mécanique quantique avec la mécanique moléculaire.
Les simulations de mécanique quantique peuvent aussi être faites sur une petite
partie de la protéine seulement. Cela permet la représentation de processus qui
ne pourraient pas être représentés par un potentiel de mécanique moléculaire,
tels que : réactions chimiques ou transitions spectroscopiques. Arad et coll.
(1990) emploient AM1 (un programme de mécanique quantique semi-empirique,
voir Dewar et coll., 1985) pour simuler un chemin de réaction pour l'attaque du
soufre dans le mécanisme de réaction de la papaïne. Le système est composé de
111 atomes, autour du site actif, pris à partir de conformations dérivées de
minimisation d'énergie avec un potentiel moléculaire de mécanique. Penfield et
coll. (1985) emploient des méthodes ab initio pour examiner la structure
électronique du site bleu de cuivre dans la plastocyanine et la structure hyperfine
du spectre de cuivre. Ils miment le site du métal en remplaçant l'histidine par
l'ammoniaque, la cystéine avec le methanethiolate et la méthionine avec le
dimethyl thioéther-- afin de représenter le site de coordination par 7 atomes (non
hydrogène).
Bajorath et coll. (1991) a montré comment une enzyme (dihydrofolate
réductase) perturbe la distribution spatiale électronique du substrat (le folate)
lors de la fixation. Une méthode de calcul ab initio de la structure électronique a
été employée qui permet de traiter par mécanique quantique les 49 atomes du
substrat dans le champ Coulombien du aux charges partielles attribuées à chaque
position atomique de l'enzyme, du coenzyme et des molécules du solvant.

Mécanique moléculaire

Modèle d’énergie
Les premiers logiciels de modélisation [Allinger, 1977 #1402; Ermer, 1973
#1614] traitaient des petites molécules et ont été utilisés en cristallographie pour
le raffinement de structures plus importantes comme celles des oligonucléotides
("linked-atom least squares method" [Arnott, 1969 #1413; Arnott, 1972 #1414;
Arnott, 1973 #1415; Arnott, 1973 #1416]). Le fondement de la mécanique et de la
dynamique moléculaire repose sur la prémisse qu'on peut approcher la surface
d'énergie de Born-Oppenheimer d'une molécule par une fonction
analytique [Weiner, 1981 #2230]. Cette fonction est de la forme  :
ENERGIE TOTALE =
∑ K r (r − req )2
liaisons
+ ∑Kθ (θ − θeq )2
angles_valences
3
Kn
+ ∑ ∑ 2
(1 + cos(nφ − ϕ n )
angles_dièdres n=1
qiq j
+ ∑
atomes 4πε 0 ε r rij
Aij Bij
+ ∑ 12 − 6
atomes_non_liés Rij Rij
Cij Dij
+ ∑ 12 − 10
liaisons_hydrogènes Rij Rij
Les trois premiers termes de cette équation interviennent entre atomes liés plus
ou moins directement le long de la molécule.
Les énergies d'élongations de liaison et de variations d'angle de valence sont
quadratiques (premier et deuxième termes de la fonction).

Energies de liaison :
∑ K r (r − req )2
liaisons
Pour l'énergie de liaison, Kr est analogue à une constante de raideur de ressort
(la liaison est assimilée à un ressort, énergie -k x2, si x est le déplacement par
rapport à l’équilibre). La forme de la fonction est quadratique car :
1) si on trace l'énergie de liaison entre deux atomes en fonction de la distance, la
position d'équilibre de la liaison se trouve évidemment au minimum énergétique
de la vraie fonction énergie de liaison, quelle que soit la forme de celle-ci.
coût énergétique

longueur de liaison
valeur d'équilibre
2) et toute fonction ayant un minimum peut être assez bien approché par une
parabole près du minimum (développement limité). En effet, soit f la fonction
potentielle ci-dessus, alors on peut l'exprimer en x0 en série de Taylor :
df ∂ x2 d 2 f ∂x 3 d 3 f
f (x0 + ∂x) = f (x0 ) + ∂x (x 0 ) + (x ) + (x )+...
dx 2 dx 2 0 3! dx 3 0
df
Si le minimum est x0, (x ) = 0 , de plus , ∂x est petit, donc ∂x2 est encore plus
dx 0
petit, et les puissances suivantes encore plus. Donc on peut négliger les termes en
puissances supérieures à 2 devant ∂x2. On a finalement :
∂x 2 d 2 f
f (x0 + ∂x) ≅ f (x0 ) + (x )
2 dx 2 0
et on peut donc considérer que la fonction f est une fonction quadratique de δx
(parabole) près du minimum, de la forme
f (x0 + ∂x) ≅ A + B∂ x 2 , avec A et B constantes.
Pour une fonction potentielle, on n'est pas intéressé par sa valeur dans l’absolu,
et donc on n'a pas besoin de la constante A, et on peut modéliser f comme f(r) =
Kr (r-req)2.
Exemples :
Atom pair req in Å Kr in kcal/(molÅ^2)
C =O 1.229 570
C - C2 1.522 317
C -N 1.335 490
C2 - N 1.449 337
N -H 1.010 434

Explication des types d'atomes :


O oxygène de type carbonyle
C carbone sp2
N azote sp2
H hydrogène lié à un N
C2 "united atom" group (CH2)

Cette expression simple ne demande qu'une constante par type de liaison, mais
ce n'est qu'une approximation : si on veut plus de précision, on peut prendre les
puissances supérieures de l'expression, ou bien un potentiel de Morse.
Potentiel de Morse :
Le potentiel de Morse est un modèle convenable pour l'énergie potentielle d'une
− a( r− req ) 2
molécule diatomique. La forme de ce potentiel est : V = Deq (1− e )
où req est l'énergie potentielle pour la formation d'une liaison et "a" un
paramètre contrôlant la largeur du puits.
Son tracé est de la forme :

Le minimum de ce potentiel est à req. La dérivée seconde du potentiel à


d 2V
l'équilibre est : 2 (req ) = 2a 2 Deq
dr

Angles de liaison :
∑ Kθ (θ − θeq )2
angles_valences

On trouve expérimentalement qu'ils varient autour d'une position d'équilibre et


on approche aussi leur potentiel par une fonction quadratique.
Angle θeq in degrees Keq in kcal/(mol.degré2 )
C-N-H 119.8 35.0
C2-N-C 121.9 50.0
C2-N-H 118.4 38.0
C-C2-N 110.3 80.0
C2-C-O 120.4 80.0
C2-C-N 116.6 70.0
O-C-N 122.9 80.0
Energies de torsion :
3
Kn
∑ ∑ 2
(1 + cos(nφ − ϕ n ) )
angles_dièdres n=1

Le troisième terme approche d'une manière plus précise l'énergie de torsion d'un
angle dièdre avec plusieurs valeurs de n [Allinger, 1977 #1402; Weiner, 1984
#2233] (série de Fourier, généralement limitée à 3). Cette valeur est indiquée
pour chaque type d'angle dièdre dans le champ de force. Par exemple, une
périodicité "mélangée" de n = 2 et n = 3 (resp. 180° et 120°) avec des phases et des
constantes Kn appropriées permet de favoriser une - ou deux - conformations
parmi les trois conformations minimales en énergie des angles dièdres ("gauche
plus","trans","gauche moins"). Si la périodicité était uniquement de 3 (120°), les
trois minimums seraient à la même énergie (figure 7). Cette périodicité
"mélangée" permet de simuler, par exemple, la tendance du groupe R-O-P-O à
adopter une conformation gauche plutôt que trans. A noter que les angles
dièdres sont aussi corrigés par les interactions de type "non bond" (non lié) des
atomes formant l'angle dièdre.
Energie
3

-1

-2
0 90 180 270 360

Potentiel crée par périodicité 3 Angle dièdre


Potentiel crée par périodicité 2
Potentiel crée par périodicité 2 et 3 (somme)

Figure 7 : Exemple de simulation de la préférence pour une


conformation donnée d'un angle dièdre par le choix de deux
périodicités (2 et 3) et phases (ici 0,0) dans l'expression de l'énergie de
cet angle.

Interaction électrostatiques :
qiq j

atomes 4πε 0 ε r rij

ε0 permittivité du vide, et pour simuler l'effet d'écran des charges par le solvant,
on prend une "constante diélectrique", εr, proportionnelle à rij, distance entre les
charges (souvent εr = 4 * rij). On peut aussi adopter pour la constante diélectrique
plus une fonction sigmoïde de rij  [Lavery, 1986 #1842]. On a là encore une
approximation, car l'interaction électrostatique ne dépend pas seulement de la
position des charges considérées mais aussi de leurs positions dans la molécule et
on ne prend pas en compte la polarisabilité des atomes (déformation du nuage
électronique et induction de dipôle induit par un dipôle permanent ou induit).
Des essais pour inclure dans le champ de force une simulation plus détaillée des
interactions électrostatiques ont été tentés [Sklenar et coll., 1990] et qui permettent
de simuler, par exemple, la transition B-Z de manière plus réaliste [Klement et coll.,
1990].
On peut simuler les effets des ions sur l'interaction électrostatique entre deux
κr
qiq j e ij
charges qi et qj avec la relation avec κ inverse de la longueur de Debye-
rij
Hückel pour les ions considérés.
En fait, le seul vrai" moyen de bien traiter l'énergie électrostatique serait de
considérer les électrons et les noyaux séparément, de les rentrer dans l'équation
de Schrödinger et d'appliquer
€ les méthodes de la mécanique quantique pour la
configuration spatiale donnée. Comme on l'a déjà dit, c'est impossible. La
méthode la plus simple serait de placer des charges entières sur les atomes
chargés, en fait, on utilise des charges partielles donnant le même potentiel à
distance que le potentiel de mécanique quantique précalculé sur des petites
molécules (par exemple, un acide aminé ou un nucléotide).

Liaisons de van der Waals :


A B
∑ R12ij − Rij6
atomes_ non _ liés ij ij
Les interactions van der Waals sont des interactions de type dipôle induit-dipôle
induit. Tant que la distance interatomique n'est pas inférieure au rayon de
van der Waals, la fonction en 6-12 simule de manière correcte l'interaction entre
€ atomes non liés ("non bonded").
potentiel 12-6 avec A=10,B=10 :

2A B2
minimum à x= 6(valeur de la fonction )
B 4A
Liaisons hydrogène :
Cij Dij
∑ 12 − 10
liaisons_hydrogènes Rij Rij
potentiel 12-10 avec C=1, D=1 :

6C −3125* B6
minimum à x= (valeur de la fonction )
5D 46656 * A 5

Assomptions de la mécanique moléculaire :


Une autre prémisse de la simulation moléculaire est qu'on cherche les propriétés
d'une molécule dans sa conformation la plus stable. Cependant, il est possible,
sans même parler d'entropie, qu'un ligand par exemple, ne soit pas à son
minimum d'énergie lors d'une réaction intermoléculaire, ni même que le
complexe formé soit d'énergie minimum pour peu qu'il s'agisse d'un complexe
de transition. Il suffit en fait que les produits de la réaction aient une énergie plus
basse que les réactifs.
De plus, la mécanique moléculaire permet seulement d'évaluer l'enthalpie.
L'entropie elle, peut être calculée par la dynamique moléculaire via l'énergie libre
("free energy perturbation", cf plus loin).
En fait, les résultats les plus probants de la MM sont des différences d’énergie
entre conformères.

Variantes sur les coordonnées :


Le choix des coordonnées - cartésiennes ou internes - à modifier pour minimiser
l'énergie est variable. Les coordonnées internes [Lavery, 1987; Noguti & Go, 1983a;
Noguti & Go, 1983b] sont plus parlantes quant aux paramètres moléculaires
pertinents. Par contre, pour éviter des calculs plus complexes qui peuvent limiter
la méthode, on supprime les variations de certains angles de valence. Les
coordonnées cartésiennes sont le plus généralement utilisées [Brooks et coll., 1983;
Weiner et coll., 1984].

Champs de Force :
Les champs de force sont un des ingrédients des logiciels de modélisation
moléculaire les plus délicats à mettre en oeuvre [Pearlman & Kollman, 1991b]. En
effet, ils contiennent tous les paramètres qui entrent en jeu dans la simulation
(minimisation d'énergie ou dynamique). Celle-ci utilise ces paramètres pour
calculer l'énergie moléculaire et les forces qui s’exercent sur chacun des atomes.
Les champs de force contiennent les valeurs d'équilibre pour les longueurs de
liaisons atomiques, les angles de liaison, les angles dièdres, les torsions hors du
plan ("improper torsions") pour des atomes liés à un cycle aromatique.
Dans les champs de force coexistent plusieurs types d'atomes pour chaque
élément de la table de Mendeleev, et d'autant plus que l'on retrouve l'atome en
question dans des configurations différentes en géométrie ou en énergie. Par
exemple, plusieurs types d'"atomes" sont nécessaires pour simuler un atome de
carbone dans ses états de liaisons sp1, sp2 ou sp3, de même qu'un carbone sp3
engagé dans un cycle à 3,4,5 ou 6 carbones ne peut pas être représenté par le
même atome dans le champ de force vu que ces différentes conformations n'ont
pas les mêmes caractéristiques structurales. Le but du jeu est évidemment de
décrire avec le moins de types d'"atomes" possibles toutes les configurations
possibles. Les premiers champs de force étaient plus spécifiques de certaines
classes de molécules (oléfines ou plus tard ADN [Levitt, 1978] et protéines [Gelin &
Karplus, 1979]…). Les champs de force actuels décrivent aussi bien les protéines
que les acides nucléiques [Brooks et coll., 1983; Weiner et coll., 1984; Weiner et coll., 1982].
L'optimisation d'un champ de force peut être accomplie en ajustant les
paramètres du potentiel de telle sorte que les fréquences de vibrations, la
conformation et les données thermodynamiques (enthalpie) calculées soient en
accord avec celles observées expérimentalement (optimisation par la méthode
des moindres carrés) [Dillen, 1992; Ermer & Lifson, 1973]. Lors de cette optimisation,
les paramètres superflus ou redondants sont éliminés ou confondus. Les champs
de force sont calculés, testés et affinés à partir  :

• de bases de données cristallographiques [Momany et coll., 1975;


Némethy et coll., 1983; Weiner et coll., 1984], et d'énergie d'empilement
dans les cristaux ("crystal packing" [Sippl et coll., 1984]),

• de calculs de chimie théorique  [Allinger, 1 9 7 7 ]   : rayons de


van der Waals, paramètres de barrières de rotation [Brunck &
Weinhold, 1979], stabilité des nucléotides cycliques [Marsh et coll., 1980],
calculs ab initio ou empiriques pour les charges [Momany et coll., 1975]
ou pour les champs de force de valence [Palmö et coll., 1991],

• de la comparaison énergétique des différentes conformations d'une


petite molécule [Allinger, 1977]  :énergie de transition chaise-bateau
du méthyl-cyclohexane, n-alcanes…,

• de différence d'énergie libre  [Cieplak & Kollman, 1991; Pearlman &


Kollman, 1991b],

• de thermodynamique  : chaleurs de sublimation, chaleurs de


formation [Allinger, 1977], chaleurs d'hydrogénation [Ermer & Lifson,
1973]…,
• de données spectroscopiques [Ermer & Lifson, 1973]  : vibrations dans
l'infrarouge, vibrations Raman…
Les premiers calculs ont aussi montré [Allinger, 1977] que les forces de
van der Waals sont des quantités importantes pour des simulations moléculaires
correctes.
Les paramètres des champs de force sont aussi testés, par exemple en contrôlant
le comportement d'une macromolécule en simulation de dynamique moléculaire
dans le champ de force [Nilsson & Karplus, 1986].
D'autre part, les calculs peuvent inclure le solvant, sa polarisabilité ou son rôle
d'écran. Le rôle électrique du solvant est mimé par la constante diélectrique
incluse dans la fonction énergie (voir plus haut).
Roterman et coll. [Roterman et coll., 1989a] ont effectué une comparaison des trois
champs de force utilisés dans les logiciels CHARMM [Brooks et coll., 1983],
AMBER [Weiner & Kollman, 1981] et ECEPP [Momany et coll., 1975; Némethy et coll., 1983;
Sippl et coll., 1984]. Pour ces trois potentiels, les trois conformations de plus basse
énergie d'un peptide de 36 acides aminés diffèrent d'un RMS de seulement
1,0-1,3 Å au niveau des Cα , bien que les trois structures initiales qui mènent à ces
conformations soit différentes. Sur un échantillon suffisamment large de
structures de départ, les auteurs considèrent que ces trois potentiels donnent des
structures semblables. Par contre, les trois potentiels divergent généralement
pour une structure donnée. D'autre part, des calculs effectués pour retrouver la
carte Φ−Ψ expérimentale de la poly-L-alanine montrent qu'aucun des trois
champs de force ne fait des prédictions complètement compatibles avec
l'expérience [Roterman et coll., 1989b], ce qui amène ces auteurs à penser qu'il
faudrait développer un champ de force plus précis pour les grosses protéines.
United atom model ≠ all atom model
Un champ de force peut être paramétrisé pour prédire les mouvements
vibrationnels ou les forces intermoléculaires.
AMBER : paramétrisé pour protéines et acides nucléiques – 5 bonding and non-
bonding + electrostatique
CHARMM : protéines et acides nucléiques
CFF : consistent force field : spectres vibrationnels, conformations protéines
EFF : empirical force field : modélisation des carbohydrates (sucres)
GROMOS : force field+program : populaire pour la dynamique moléculaire
MM1,MM2,MM3 et MM4 : successifs (nouvelles versions). Champs de force
généraux pour les molécules organiques. MM3 : un des plus adéquat pour les
sucres.
TRIPOS : (fait par une entreprise, Tripos) utilisé par Alchemy et SYBYL (appelé
quelquefois le champ de force de SYBYL).
La mécanique moléculaire est largement employée dans le domaine des acides
nucléiques classiques [Baleja et coll., 1990a; Keepers et coll., 1982; Kitzing & Diekmann,
1987; Kollman et coll., 1981; Lavery et coll., 1991; Suzuki et coll., 1986; Zhou et coll., 1987],
modifiés [Cognet et coll., 1990; Keepers et coll., 1984; Lancelot et coll., 1989; Pearlman et coll.,
1985] ou dans le champ des interactions drogues-ADN [Herman et coll., 1990; Lybrand
et coll., 1986a; Maroun et coll., 1989; Maroun & Gresh, 1989; Maroun & Roques, 1991; Rao &
Kollman, 1987].

Charges électrostatiques fixes


La distribution de charge d'une molécule est simulée par des charges ponctuelles
placées à l'endroit des noyaux atomiques. Ces charges atomiques, qui
interviennent dans le calcul des forces électrostatiques, sont évaluées à partir de
calculs de chimie quantique - calculs ab initio [Singh & Kollman, 1984] ou calculs semi-
empiriques - sur de petites structures de moins d'une centaine d'atomes.
(optionnel)
Les calculs ab initio donnent une approximation de la densité électronique de la
molécule. Dans l'approximation orbitale, chaque électron d'une molécule est
défini par une fonction ayant les mêmes caractéristiques de symétrie que les
fonctions d'onde de la molécule à un électron correspondante. On approche la
fonction d'onde multi-électronique (déterminant de Slater) de la molécule par
calcul itératif d'un ensemble de fonctions (spinorbitales), jusqu'à cohérence
interne du système (méthode du champ auto cohérent ou "self consistent
field"(SCF)). La structure mathématique des intégrales de répulsion entre
électrons (partie exponentielle en e-ζr) rend difficile la réduction des quantités
multi-centriques en termes à un ou deux centres. On contourne la difficulté en
développant ces intégrales sur une base de fonctions gaussiennes (e-ar2 )
("gaussian basis sets") qui peuvent, elles, facilement se réduire en gaussiennes sur
un centre [Binkley et coll., 1980]. La précision obtenue est fonction du nombre de
gaussiennes utilisées. Par exemple, la base dite STO-3G utilise une réduction des
intégrales sur 3 gaussiennes. Cette base STO-3G fournit des approximations
suffisamment précises [Chirlian & Francl, 1987].
D'un autre côté, les méthodes semi-empiriques (CNDO  : Completely Neglected
Differential Overlap [Pople & Beveridge, 1970], INDO, MINDO, MNDO [Dewar &
Thiel, 1977a; Dewar & Thiel, 1977b; Dewar et coll., 1985]…) réduisent le nombre
d'intégrales en les négligeant (intégrales de recouvrement, intégrales bi-
électroniques à plus de deux centres…). De plus, elles estiment les intégrales
mono- et bi-électronique à un centre à partir des données expérimentales des
spectres électroniques des atomes considérés, d'où la qualification de méthodes
semi-empiriques. La méthode CNDO qui est la plus simple des méthodes semi-
empiriques donne néanmoins de bons résultats sur les longueurs de liaisons, les
angles de valence et la répartition des charges dans la molécule, mais les énergies
calculées reproduisent mal les données expérimentales [Rivail, 1989]. Besler et
coll. [Besler et coll., 1990] montrent que les méthodes MNDO peuvent donner une
aussi bonne approximation pour les charges dérivées du potentiel électrostatique
("ESP") que les méthodes ab initio.
Tous ces calculs demandent une énorme capacité de stockage (mémoire vive et
mémoire disque) et des temps de calcul prohibitifs pour plus d'une cinquantaine
d'atomes. Le temps de calcul (relié au nombre d'intégrales à calculer) croît
comme la puissance quatrième du nombre d'orbitales atomiques. D'autres
méthodes basées sur les électronégativités atomiques ont été proposées pour les
nucléotides et les acides aminés [Mullay, 1988].
On essaie ensuite de reproduire le potentiel électrostatique calculé par ajustement
d'une répartition de charges partielles électrostatiques sur des points
représentant les noyaux des atomes de la structure.

Minimiseurs
La mécanique moléculaire a pour but de trouver le minimum de la fonction
énergie E(x) décrite au dessus (x  : vecteur des coordonnées du système par
rapport auxquelles est définie l'énergie). Pour avoir un minimum global de
l'énergie, il serait nécessaire de parcourir tout l'espace des variables
indépendantes, ce qui est impossible vu leur nombre. Toutes les méthodes de
minimisation ne permettent de trouver que des minimums locaux et la surface
d'énergie pour un tel nombre de variables est très accidentée. Les structures
trouvées par minimisation d'énergie sont donc toujours relativement proches de
la structure de départ.
Les méthodes de minimisation utilisées en simulation moléculaire sont dites "de
gradients", c'est à dire que la recherche du minimum en un point est faite dans la
dE
direction opposée au gradient (− ) de la fonction énergie par rapport aux
dx
coordonnées, c-à-d. dans le sens de la plus grande pente.

Méthodes de plus grande pente


Dans cette méthode, qui est utilisée dans les premiers pas du minimiseur MINM
d'AMBER, on part de x0 (vecteur des variables de la structure initiale).

dE(x i )
on calcule le vecteur gradient gi = au point xi,
dx
on effectue la recherche linéaire du scalaire t rendant E minimum dans
la direction -gi ("linear search"), soit  : xi+1 = xi-tigi

et on réitère en recalculant le gradient en ce point. On remarque que
la nouvelle direction de descente est perpendiculaire à la
précédente.
On peut arrêter les itérations arbitrairement dès que l'on atteint une valeur du
gradient suffisamment petite ("vallée" de la fonction énergie), que le nombre de
cycles est jugé assez grand, que les paramètres varient trop faiblement ou… que
le temps alloué pour le calcul est dépassé !

Newton-Raphson
La méthode de Newton-Raphson permet de trouver le minimum d'une fonction
en l'approchant par son développement de Taylor au deuxième degré
(approximation quadratique). On évalue alors non seulement le gradient, mais
d 2 E(x)
aussi la dérivée seconde (ou Hessien) de la fonction énergie, H(x) = , par
dx 2
rapport aux coordonnées. Si O est l’origine, on a (développement de Taylor) :
∂f 1 ∂2 f
f (x) = f (O) + ∑ xi + ∑ x x +...
i ∂ xi 2 ij ∂ xi ∂xj i j
∂f
Si on prend c=f(O), b=−∇f (gradient),[ A]ij = (Hessien), avec le gradient et
∂xi ∂ x j
1
le Hessien calculé au point O. La fonction s’écrit alors : f (x) = c + b. x + x T Ax+...
2
Si la fonction est effectivement quadratique, on a :
1
f (x) = c + b. x + x T Ax
2
et :
∂f
(x) = −b + A.x = −∇f (x), qui est nul à x=xmin donc − b + A. xmin = 0 ⇒ b = A.x min
∂x
et :
∂f
(x) = − A. xmin + A.x = −∇f (x) ⇒ x − x min = A−1∇f (x)
∂x
x-xmin est le pas Δx à faire à partir de x pour arriver au minimum en un coup.
Dans le cas général d'une fonction non quadratique, on peut réitérer le calcul
suivant  :

calcul du gradient gi et du Hessien H(xi) au point xi,

évaluation du pas à faire ∆xi = -H(xi)-1 gi

nouveau point xi+1 = xi + ∆xi,

itération jusqu'au point d'arrêt (voir plus haut).


Cette méthode est plus rapide que celle du gradient mais le calcul du Hessien
demande une capacité de stockage de N(N-1)/2 termes et le temps nécessaire à
la résolution du système d'équation varie en N3 (N  : nombre de variables à
minimiser). De plus, la méthode peut ne pas converger si le point de départ est
mauvais. On peut l'améliorer en chargeant la diagonale du Hessien si celui ci
n'est pas défini positif ou en effectuant une recherche linéaire (algorithme de
Marquardt). Comme dans le cas des méthodes de plus grande pente, on peut
utiliser ∆x non comme "pas" à faire, mais comme direction de recherche
(méthodes dites de quasi-Newton) [Adby & Dempster, 1974] soit  :
∆xi  = -ti  H(xi ) -1 gi.

Gradients conjugués
Dans les méthodes de gradients conjugués [Hestenes & Stiefel, 1952] (méthode de
Fletcher-Reeves [Fletcher & Reeves, 1964]), les directions de recherche successives
sont mutuellement conjuguées par rapport au Hessien (c-à-d. ∆xi T.H(x).∆xj = 0).
Ces directions sont par construction orthogonales à l'ensemble des différences
des gradients aux itérations successives. Ces méthodes convergent mieux que les
méthodes de plus grande pente et ne nécessitent pas le calcul du Hessien. Les
directions successives sont obtenues en conservant seulement les gradients des
deux itérations précédentes d'où une économie de stockage par rapport au
Hessien. On calcule la nouvelle direction (conjuguée) de recherche  :
gT g
Δxi = − gi −1 + Δx i−1 Ti −1 i −1
gi− 2 gi −2
Le minimiseur MINM d'AMBER est un minimiseur à gradients conjugués.

Minimiseurs à métrique variable


Ces méthodes tirent leurs noms du fait qu'on peut considérer la direction
-H(x)-1g(x) (Newton-Raphson) comme incorporant une correction du second
ordre du système de coordonnées. En effet, en multipliant -g(x) par H(x)-1, on
corrige la métrique de l'espace à N dimension (x est de dimension N) de manière
à ce que le gradient négatif -g(x) soit converti en l'incrément ∆x. Ainsi, le terme "à
métrique variable" qualifie les méthodes qui utilisent un incrément de la forme  :
∆xi  = - ti  Si  g(x)
et mettent à jour la transformation de "correction de la métrique" Si à chaque
itération. Si doit converger vers H-1 (inverse du Hessien). Ces méthodes sont
donc des méthodes quasi-Newton. La plus utilisée est dite de Davidon-Fletcher-
Powell [Fletcher & Powell, 1963]. La formule  :
SiSTi Si Si Δxi ΔxiT
Si +1 = Si − T +
Si SiSi Δx Ti Si

avec si  = gi+1-gi
sert à la mise à jour de H-1 (inverse du Hessien). La valeur de λi est fixée par
recherche linéaire.
On a donc ici non le Hessien (lourd à calculer) mais une estimation de celui-ci (en
fait de son inverse H-1) continûment tenue à jour à partir de l'information tirée
des variations successives ∆g(xi ) du gradient g(x). La matrice S0 de départ est en
général la matrice identité, donc le premier incrément est fait dans la direction de
plus grande pente.
Les minimiseurs utilisés dans le présent travail sont de ce type [Le Bret et coll., 1991;
Zimmermann, 1991].

Recherche linéaire approchée :


A ce niveau, il était sous entendu que la recherche linéaire du ti devait être
exacte. En fait, un grand progrès en vitesse d'exécution a été fait quand on s'est
aperçu qu'une recherche linéaire approximative suffisait. Les formules doivent
être légèrement modifiées. Le point xt   :
xt  = xi + t ∆xi
est accepté pour la valeur t si  :
E(xt ) < E(xi ) + r1 t gi  ∆xi
gt ∆xi > r2 gi  ∆xi
Les paramètres r1 et r2 peuvent être ajustés. r1 = 0,999 et r2 = 0,00001 semblent
être un bon choix.

Dynamique moléculaire
Une autre méthode très utilisée est la dynamique moléculaire. Il s'agit de
retrouver les paramètres de mouvements des atomes en simulant ceux-ci par
une intégration des équations du mouvement de Newton, F = mγ ou, plus
explicitement, pour chaque atome, dvi/dt = mi-1 Fi. Les forces appliquées Fi aux
atomes sont évidemment les dérivées du potentiel moléculaire, décrit au
paragraphe précédent, par rapport aux coordonnées cartésiennes [Ciccotti et coll.,
1982; Ryckaert et coll., 1977], éventuellement avec des contraintes en coordonnées
internes [Tobias & Brooks III, 1988].
Vitesses initiales
On donne à tous les atomes de la molécule une vitesse initiale calculée par une
répartition de Maxwell. Selon la température, le nombre moyen F(v)dv de
molécules par unité de volume ayant une vitesse comprise entre v et v+dv est :
2
m 3/ 2 − mv 2kT 2
F(v)dv = 4 πn( ) e v dv )
2πkT
avec v : module de la vitesse, n : nombre moyen de molécules par unité de
volume, m masse d’une molécule.
F(v)
0.6

0.5

0.4

0.3

0.2

0.1

1 2 3 4 5 v
La moyenne des vitesses est supérieure à la vitesse la plus probable (la courbe
n’est pas symétrique).
Si on considère les vitesses selon les trois axes, la probabilité est :
2
m 3/ 2 − mv
f (v)dv x dvy dvz = n( ) e 2 kT dvx dv y dvz
2 πkT
Et pour un axe :
mvx 2

g(v)dvx = Ce 2 kT dv x
ce qui représente une gaussienne centrée sur vx = 0.
Après cette répartition des vitesses sur les molécules, à intervalles de temps
réguliers (typiquement 1 à 10 femtosecondes), on calcule l'accélération de
chaque atome due aux forces, sa nouvelle vitesse et sa nouvelle position, et on
poursuit ces calculs jusqu'à des temps de l'ordre de plusieurs centaines de
picosecondes voire de la nanoseconde [van Gunsteren & Berendsen, 1990].
r(t + ∂t) = r(t) + ∂tv(t) + 12 ∂t 2 a(t) + 16 ∂t 3b(t) + 241 ∂t 4 c(t) + ...
v(t + ∂t) = v(t) + ∂ta(t) + 12 ∂t 2b(t) + 16 ∂t 3c(t) + ...
a(t + ∂t) = a(t) + ∂tb(t) + 12 ∂t 2c(t) + ...
€ b(t + ∂t) = b(t) + ∂tc(t) + ...
où v est la vitesse (1ère dérivée de la position par rapport au temps), a est
€ l’accélération (2nde dérivée), b est la troisième dérivée, etc…
€ L’accélération et la vitesse sont supposées constantes pendant le pas
€ d’intégration.
Algorithme Verlet (1967):
r(t + ∂t) = r(t) + ∂tv(t) + 12 ∂t 2 a(t) + ...
r(t − ∂t) = r(t) − ∂tv(t) + 12 ∂t 2 a(t) + ...
En additionnant ces deux équations, on obtient :
€ r(t + ∂t) = 2r(t) − r(t − ∂t) + ∂t 2 a(t)
Les vitesses n’apparaissent pas explicitement dans l’algorithme d’intégration de
€ Verlet. Elles peuvent être estimées facilement par
v(t) = [r(t + ∂t) − r(t − ∂t)]/2∂t
€ L’algorithme est simple et la quantité de mémoire demandée est modeste (il
suffit de stocker 2 ensembles de positions et les accélérations). Une des
contreparties négatives est que les positions sont obtenues en ajoutant un terme
€ petit ∂t2 a(t) à la différence de 2 grands termes r(t + ∂t) et r(t − ∂t).

€ €
Vu la puissance de calcul et la quantité de données stockées nécessaires, les
premiers calculs ont été réalisés sur de petites molécules organiques [Ryckaert et
coll., 1977], avec des contraintes qui réduisent le nombre de variables
inintéressantes en "gelant" ces dernières [van Gunsteren, 1980]. Les mouvements de
grande amplitude - les plus intéressants pour le biochimiste - se déroulent sur de
grandes échelles de temps (nanoseconde ou milliseconde) et sont donc les plus
difficiles à obtenir par la dynamique moléculaire à cause de temps de calcul d'une
longueur prohibitive. On cherche donc à limiter les mouvements rapides et à
avantager les mouvements lents. Ainsi, l'analyse des calculs par filtrage permet
d'éliminer les mouvements rapides [Levitt, 1991; Sessions et coll., 1988] et on essaie de
trouver le moyen de faire de la dynamique à une échelle de temps supérieure en
fixant ces mouvements rapides [Durup, 1991] ou en fixant certaines
coordonnées [Noguti & Go, 1983a; Noguti & Go, 1983b]. Pour accélérer les calculs, le
parallélisme a été appliqué aux algorithmes de dynamique moléculaire en vue de
leur implémentation sur des machines multiprocesseurs [Mertz et coll., 1991].
On peut aussi intégrer l'équation du mouvement de Langevin - dynamique
stochastique - càd. qu'on ajoute deux termes à l'équation Newtonienne du
mouvement  : une force stochastique (apport d'énergie) et un terme de friction
(perte d'énergie) [Levy et coll., 1981b]. On peut ainsi simuler une dynamique
couplée à un "bain" externe [Berendsen et coll., 1984].
Pour des revues sur le sujet, voir [Durup, 1990; Karplus & Petsko, 1990; Scheek et coll.,
1989; van Gunsteren & Berendsen, 1990]. La dynamique moléculaire, ainsi que la
méthode de Monte Carlo-Metropolis (voir plus loin) permettent aussi de calculer
l'énergie libre [Bash et coll., 1987a; Bash et coll., 1987b; Beveridge & DiCapua, 1990;
Cieplak et coll., 1987; Cieplak et coll., 1990; Lybrand et coll., 1986b; Pearlman & Kollman,
1989; Pearlman & Kollman, 1991b; Pearlman & Kollman, 1991c; Singh et coll., 1987; Torrie &
Valleau, 1977; van Gunsteren, 1990]. Néanmoins, la dynamique moléculaire n'est pas
une technique de routine. Des ajustements fins doivent être appliqués aux divers
paramètres et les phases de préparation sont délicates à mettre en oeuvre
(contraintes pour ne pas trop s'éloigner de la structure initiale, etc.…). Il faut
noter d'autre part que la longueur des calculs ne permet pas d'explorer d'autres
régions de l'espace conformationnel que les environs du minimum initial.

Dynamique moléculaire et RMN (optionnel)


La dynamique moléculaire est utile entre autre pour la modélisation des
mouvements qui influencent l'effet NOE (voir le paragraphe effet Overhauser
nucléaire) [Olejniczak et coll., 1984; Withka et coll., 1991]. Les dynamiques sont
réalisées sous les contraintes des distances interprotons extrapolées des NOEs
grâce à un potentiel supplémentaire de type K(r-r0)2, où r est la distance
instantanée et r0 la contrainte de distance. Vu que l'effet NOE est proportionnel à
r-6, la distance "NOE" moyenne est estimée à <r-6>-1/6 sur les conformations
obtenues à partir d'un calcul de dynamique moléculaire, ou à <r-3>-1/3 quand la
moyenne est faite sur un intervalle de temps plus petit que le temps de
corrélation de toute la molécule [Kessler et coll., 1988b; Tropp, 1980]. On peut noter
que ce type de moyenne en <r-6>-1/6 est aussi utilisé en mécanique moléculaire
dans le cas où l'on a plusieurs modèles ou dans le cas des méthyles, où la distance
NOE est comparée à cette moyenne pour les trois protons. Cette moyenne a en
effet été utilisée ici pour les protons des méthyles dans le complexe ActD-
d(CGCG)2.
Pour éviter un blocage des mouvements lors d'un calcul de dynamique sous
contrainte de distances, Torda et coll. [Torda et coll., 1989; Torda et coll., 1990] ont
proposé que le potentiel de contrainte soit de la forme K(− ,r -r0)2 où − ,r est une
moyenne de type <r-3>-1/3 mais pondérée en fonction du temps. Donc plus on
s'éloigne de l'instant calculé, moins la distance compte dans la moyenne (la
distance est multipliée par une exponentielle décroissante dans le temps passé).
La contrainte n'est plus "instantanée", mais devient plus souple, car ceci permet à
la distance de satisfaire la contrainte non à chaque instant mais sur un certain
temps, laissant les mouvements se développer [Pearlman & Kollman, 1991a]. De
nombreux auteurs ont utilisé la dynamique moléculaire sous contrainte de
distances NOE pour affiner la structure d'acides nucléiques standards [Baleja et
coll., 1990b; Clore et coll., 1985; Gochin & James, 1990; Kessler et coll., 1988b; Koning et coll.,
1991; Metzler et coll., 1990; Nilges et coll., 1987a; Nilges et coll., 1987b; Nilsson et coll., 1986;
Schmitz et coll., 1991] ou modifiés (mésappariements,etc…) [Cognet et coll., 1990;
Kerwood et coll., 1991; Nikonowicz & Gorenstein, 1990; Nikonowicz et coll., 1990; Nikonowicz
et coll., 1989; Powers & Gorenstein, 1990; Powers et coll., 1990; Roongta et coll., 1990], et en
complexes avec des drogues [Creighton et coll., 1989; Langley et coll., 1991; Liu et coll.,
1991; Zhang & Patel, 1990]. Aucun consensus n'existe encore vraiment pour traiter
ces contraintes de distances RMN.

Autres méthodes

Monte Carlo
Une autre méthode permettant d'échantillonner l'espace des conformations
moléculaires est l'algorithme de Monte Carlo-Metropolis [Metropolis et coll., 1953].
On part d'une configuration moléculaire donnée et une nouvelle configuration
est générée par des déplacements aléatoires des atomes (contenu dans une
certaine limite). La nouvelle conformation est acceptée si la différence d'énergie,
−Δ Ei

∆E, entre cette conformation et la précédente est négative, ou si e kT est


supérieure à un nombre aléatoire pris dans l'intervalle [0,1]. Dans ce cas la
nouvelle conformation sert de point de départ pour le prochain déplacement
aléatoire des atomes, sinon on reprend la première. Cet algorithme fournit une
population de molécules suivant une répartition de Maxwell-Boltzmann avec
différentes conformations moléculaires d'énergie Ei dont les proportions sont
−Δ Ei

e kT
. La méthode de Monte Carlo est utilisée  :

• pour la simulation de la fluctuation thermique des protéines [Noguti


& Go, 1985] et le calcul des fonctions d'autocorrélation des
mouvements internes [Genest, 1989],

• pour la recherche de minimum global d'énergie dans les protéines


par "sauts" par dessus les barrières des cols des minimums
locaux [Zhenqin & Sheraga, 1987],

• pour la recherche de l'emplacement des minimums d'énergie dans


les protéines qui seraient disposés en amas dans l'espace des
conformations [Noguti & Go, 1989a; Noguti & Go, 1989b; Noguti & Go, 1989c;
Noguti & Go, 1989d; Noguti & Go, 1989e]

• pour des modélisations de polypeptides [von Freyberg & Braun, 1991],

• pour la simulation de l'hydratation des protéines [Kweon et coll., 1991],

• pour l'évaluation de la distribution des ions autour de l'ADN [Le Bret


& Zimm, 1984] ou pour les estimations de paramètres de l'ADN [Le
Bret, 1980],
• pour la méthode de recuit simulé ("simulated annealing") [Kirkpatrick et coll.,
1983; Wilson et coll., 1991], utilisée avec la RMN dans la résolution de
structures [Driscoll et coll., 1989; Nilges et coll., 1988].

Méthode de "géométrie de distance" (optionnel)


Cette méthode s'applique à déterminer une structure moléculaire à partir d'un
sous ensemble de distances de cette structure, ce qui est le cas pour les distances
déterminées par effet NOE [Braun et coll., 1981; Crippen, 1977; Crippen, 1978; Crippen &
Havel, 1978; Havel et coll., 1979; Havel et coll., 1983; Havel & Wüthrich, 1984; Havel &
Wüthrich, 1985; Kuntz et coll., 1989; Nilges et coll., 1988; Oshiro et coll., 1991; Purisima &
Sheraga, 1987]. L'essentiel de cette méthode peut se résumer au calcul des valeurs
et vecteurs propres d'une matrice G, dite matrice métrique. Cette matrice est
construite à partir de la matrice initiale des distances D et ses éléments sont
calculés comme suit  :
1 N 1 N
Gii = ∑ Dij2 − 2 ∑ Djk2 ,
N j =1 N j, k ≠1
1
Gij = (Gii + Gjj − Dij2 )
2
Une fois la matrice G diagonalisée, la racine carrée d'une valeur propre
multipliée par son vecteur propre associé donne le vecteur projection des atomes
(points) sur l'axe du vecteur propre. Ces projections sont calculées sur les trois
axes des vecteurs propres associés aux trois plus grandes valeurs propres. Ces
trois axes sont donc ceux sur lesquels on a la conservation maximale des
distances, donc la reproduction la plus juste de la structure en terme de distances.
Connaissant leurs projections, on en déduit la position des atomes. En RMN
structurale, les méthodes basées sur la distance géométrie sont utilisées surtout
dans le domaine des protéines [Braun & Go, 1985; Driscoll et coll., 1989; Kline et coll.,
1986; Nilges et coll., 1988; Wagner et coll., 1987; Williamson et coll., 1985], mais on
l'emploie aussi pour les acides nucléiques [Banks et coll., 1989; Driscoll et coll., 1989;
Hare et coll., 1986a; Hare et coll., 1986b; Metzler et coll., 1990; Pardi et coll., 1988; Patel et
coll., 1987a; Patel et coll., 1987b].
RMN et modélisation

Couplages scalaires  :
La comparaison des couplages scalaires du modèle et des couplages
expérimentaux a été effectuée pour tous les modèles. Le calcul des couplages sur
le modèle a été programmé en se servant de l'équation de Haasnoot, De Leeuw
et Altona [Haasnoot et coll., 1980; Haasnoot et coll., 1981]. Cette équation affine la
formule de Karplus par la prise en compte de l'électronégativité des substituants
voisins immédiats et seconds voisins des hydrogènes couplés (H-C-C-H).
Comme on l'a vu plus haut, la formule de Karplus [Karplus, 1959] qui rapporte le
couplage en fonction de l'angle de torsion entre les deux hydrogènes est  :
3J = A cos2θ + B cos θ + C,

où θ est l'angle de torsion.


Haasnoot et coll. [Haasnoot et coll., 1980] montrent que la corrélation s'améliore
quand on prend l'équation;
3J = P  cos2θ + P  cos θ + P + - P ] [ P + P cos (θ + S P )2] )
1 2 3 7 4 5 i 6

• les coefficients P1 à P7 ont été affinés par Haasnoot et coll. pour les
cas à 1, 2, 3 ou 4 substituants (non hydrogène) portés par les deux
carbones portant les hydrogènes couplés. Il y a donc quatre séries
de coefficients P1 à P7,

• ∆Xi est la différence d'électronégativité du substituant i avec


l'hydrogène (échelle de Huggins [Huggins, 1953]), elle est corrigée par
P7 ∑∆Yj, ∆Yj est la somme des différences d'électronégativité
(toujours avec l'hydrogène) des voisins du substituant i, et Si le
signe du substituant i (+1 ou -1) attribué selon une convention de
sens par rapport à l'hydrogène voisin donnée par la figure 29.

Evidemment cette équation de Karplus améliorée n'est plus soluble


analytiquement. Dans le module, elle est résolue par la méthode de la
dichotomie, et cette équation fournit, comme l'ancienne, en général quatre
valeurs d'angle de torsion pour un couplage donné.
Les couplages existants dans l'ActD et dans d(CGCG)2 ont été mesurés. Ces
couplages sont de deux types  : couplages 3J 1H-1H et couplages 3J 31P-1H. Les
couplages 3J 1H-1H sont déterminés expérimentalement  :

• entre les Hα et Hβ des acides aminés des pentapeptides, ce qui


permet théoriquement de calculer l'angle χ1,

• et entre les protons H1', H2', H2" et H3' des désoxyriboses, ce qui
donne les informations sur la pseudorotation des sucres.
Les valeurs des couplages 3J 31P-1H sont déterminées entre les phosphores de la
chaîne phosphodiester et les H3' des désoxyriboses, ce qui permet d'accéder à
l'angle de torsion H3'-C3'-O-P de la chaîne sucre-phosphate, ε, qui est déphasé
de 120° par rapport à l'angle déterminé par le couplage.
L'interprétation en terme de torsion par l'équation de Karplus généralisée est
toutefois à prendre avec précaution, car à l'échelle de temps de la RMN (≈ms) les
mouvements des atomes (≈picoseconde) donnent à ces mesures des valeurs
moyennes. De plus, l'équation de Karplus - même généralisée - donne en
moyenne quatre solutions par couplage.

Figure 29  : Règle pour les signes appliqués aux substituants de


l'hydrogène dans l'équation de Haasnoot  [Haasnoot et coll., 1980]. Les
hydrogènes sont marqués 1 et 2, on attribue aux substituants les
signes indiqués. Cette règle revient à prendre le signe du cosinus de
l'angle entre  :

le vecteur défini entre le carbone porteur de l'hydrogène concerné et


le substituant

et le produit vectoriel  :

du vecteur défini entre le carbone porteur de l'hydrogène concerné


et le carbone porteur de l'hydrogène couplé

par le vecteur défini entre le carbone porteur de l'hydrogène


concerné et le carbone porteur de l'hydrogène couplé.
La variation théorique des couplages en fonction de l'angle de torsion χ1 (entre
Hα -Hβ) des acides aminés non standards de l'ActD est donnée sur la figure 30.
Les couplages pour la proline sont représentés figure 31 en fonction de l'angle de
torsion Hα -Cα -Cβ-Hβ1. Pour les prolines, le couplage de Hα -Hβ1 et celui de
Hα -Hβ2 sont liés puisque le dièdre Hα -Cα -Cβ-Hβ1 fait 120° de plus que
Hα -Cα -Cβ-Hβ2 à cause de l'angle de valence Hβ1-Hβ2. En outre, le domaine de
variation de Hβ1 est limité à environ [-60, +60] car la proline est un cycle.

Hertz
12

10

Degrés
00 90 180 270 360

Thréonine N-Méthyl-valine D-valine

Figure 30  : Evolution des couplages entre Hα et Hβ pour les acides


aminés non standards de l'Actinomycine D, en fonction de χ1, calculée
selon l'équation de Haasnott et coll. [Haasnoot et coll., 1980; Haasnoot et
coll., 1981].
Hertz
12

10

0
- - 0 90 180
180 90 χ1 Degrés
couplage H α-H β1 couplage H α-H β2

Figure 31  : Couplages entre Hα et Hβ1 et Hα et Hβ2 dans la proline


calculés en fonction de l'angle de torsion Hα -Hβ1. Seule la région entre
environ -60° et 60° est accessible puisque la proline est un cycle, et par
conséquent la variation de l'angle de torsion entre Hα et Hβ1Hα est
limitée.

Effet Overhauser nucléaire ( NOE )

Mécanismes de relaxation et NOE


La relaxation provient des variations locales du champ magnétique. Si la
fréquence d'oscillation d'un champ magnétique local est égale à la fréquence de
résonance d'un spin dans le champ de l'aimant, celui ci est perturbé et un
échange d'énergie peut intervenir (relaxation). La variation locale du champ
magnétique peut être due aux noyaux voisins (mouvements moléculaires
internes), à des ions paramagnétiques, aux moments magnétiques induits des
liaisons chimiques. On estime que la relaxation d'un proton dans une
macromolécule est essentiellement d'origine dipolaire homonucléaire (c-à-d. due
aux protons voisins).
Densités spectrales
L'amplitude du champ local Hloc(t) n'étant pas constante, on évalue sa
persistance par une fonction d'autocorrélation <Hloc(t).Hloc(t+τ)> généralement

estimée par une exponentielle en τc  , τc étant le temps de corrélation du
mouvement du vecteur joignant les différents spins. Seule donc les fluctuations à
une fréquence proche de la fréquence de Larmor ω0 du spin considéré peuvent
provoquer sa relaxation par résonance. La contribution du champ local variant à
une fréquence ω est obtenue par la transformée de Fourier J(ω) de la fonction
d'autocorrélation de ce champ local, et qu'on appelle densité spectrale. Dans le

cas où la fonction d'autocorrélation est une exponentielle en τc , on a
2τ c
J(ω) =   [Solomon, 1955]. Les temps de relaxation T1 et T2 peuvent être
1+ ω 2τ c 2
décrits par une relation entre les distances des spins et les fonctions de densités
spectrales.
Temps de corrélation des mouvements internes
€ Néanmoins, il faut garder à l'esprit que la forme exacte des densités spectrales
dépend du modèle du mouvement du vecteur inter-spins. Les densités spectrales
dans le cas d'un ellipsoïde possédant des temps de corrélation de rotation
différents pour les trois axes (ou pour deux seulement) ont été données par
Woessner [Woessner, 1962a; Woessner, 1962b]. De même, Tropp a évalué la relaxation
dans un modèle où les distances interprotons sautent aléatoirement entre
plusieurs états [Tropp, 1980] (cas de la relaxation entre un proton et un méthyle).
Howarth a de même explicité les densités spectrales avec un formalisme
s'appliquant à des mouvements internes [Howarth, 1979].
King et coll. [King & Jardetzky, 1978; King et coll., 1978] ont développé un formalisme,
basé sur la théorie des processus de Markov (processus probabilistes sans
mémoire), qui permet de calculer les densités spectrales dans un système où
siègent des mouvements moléculaires arbitraires. Ce formalisme a été appliqué à
l'analyse de la relaxation du 13C dans une petite protéine (BPTI) [Ribeiro et coll.,
1980]. Lipari et Szabo [Lipari & Szabo, 1981; Lipari & Szabo, 1982a] ont étendu et
simplifié ce formalisme, dans le cas des mouvements internes rapides. Ils
montrent que les densités spectrales peuvent être estimées à partir d'un
paramètre d'ordre généralisé, S, et d'un temps de corrélation effectif, τe, par
l'équation suivante  :
2 S 2τ M (1− S 2 )τ
J(ω) =  ( + )
5 1+ (τ M ω ) 2 1+ (τω ) 2

où τ -1 = τM-1 + τ e-1, et τ M est le temps de corrélation moléculaire


€ global.
La chose intéressante est que τe et S sont définis indépendamment du modèle de
mouvement ("model free") et peuvent toujours être obtenus des expériences de
relaxation. On peut, par surcroît, les associer subséquemment à un modèle de
mouvement. S mesure en fait le degré de restriction spatiale du mouvement et τe
mesure la vitesse de ce mouvement. Ce paramètre d'ordre généralisé a été utilisé
dans plusieurs études expérimentales [Baleja & Sykes, 1991; Koehl & Lefèvre, 1990;
Lipari & Szabo, 1982b].
Analyses basées sur la dynamique moléculaire
D'autres auteurs ont utilisé la dynamique moléculaire [Levy et coll., 1982; Levy et
coll., 1981a; Levy et coll., 1981b; Withka et coll., 1991] ou le Monte Carlo [Genest, 1989]
pour évaluer les fonctions d'autocorrélation des mouvements internes des
macromolécules et calculer les coefficients de relaxation obtenus
expérimentalement.
Orientation des vecteurs interprotons
Dans le domaine des acides nucléiques, Keepers et James ont développé un
modèle pour les mouvements du squelette sucres-phosphates d'une l'hélice
d'oligonucléotide afin d'interpréter les données de relaxation du 13C et 31P grâce
aux densités spectrales tirées des fonctions d'autocorrélation de ces
mouvements [Keepers & James, 1982]. Withka et coll. [Withka et coll., 1990] ont évalué
l'erreur faite sur le temps de corrélation effectif en supposant qu'un
oligonucléotide n'a qu'un temps de corrélation de rotation. Ils ont montré qu'à
partir de dix paires de bases, il faut tenir compte de deux temps de corrélation,
correspondant aux vecteurs inter-spins parallèle et perpendiculaire à l'axe
hélicoïdal. Les temps de corrélation des paires de protons dans l'ADN ont été
estimés expérimentalement [Baleja & Sykes, 1991; Clore & Gronenborn, 1984a; Koehl &
Lefèvre, 1990]. Les temps de corrélation semblent plus faibles pour les paires
H2'-H2" que pour H5(CH3)-H6, et pour H1'-H2' que pour H2'-H2".

Effet Overhauser nucléaire (NOE)


L'effet NOE ("Nuclear Overhauser Enhancement") est dû à la relaxation dipolaire
entre spins. Pour deux spins, les équations de Solomon [Solomon, 1955] décrivent la
contribution de la relaxation croisée sur la variation de la magnétisation
longitudinale Mi du spin i "relaxé" par le spin j  :
dMi
 = -ρi (Mi -Mi 0) - σij(Mj-Mj0)
dt

où  :

• Mi0 et Mj0 sont les magnétisations des spins i et j à l'équilibre

• σij = w2(ij) - w0(ij)

• ρi  =w0(ij) - 2w1(i) + w2(ij) (même chose pour j)

• w0, w1, w2 sont les probabilités de transitions zéro, un et deux


quanta dues à l'interaction dipôle-dipôle des deux spins étudiés, w0
est indépendant de la fréquence (il dépend de la différence de
fréquence des deux spins), alors que w1 et w2 en dépendent
fortement.
Les probabilités de transitions wi peuvent être exprimés en fonction des densités
spectrales et donc les coefficients σ et ρ aussi [Noggle & Schirmer, 1971; Solomon, 1955] 
:
γ 4h2 N 1
ρ i = •
2 j=1,i=
[ (0,1J(ω i ) + 0,3J(ω i − ω j ) + 0,6J(ω i + ω j ))] ,
4π j rij 6


γ 4h2 1
σij = (0,1J(ω i ) + 0,3J(ω i − ω j ) + 0,6J(ω i + ω j )).
4Π 2 rij 6
Dans le cas de plusieurs spins, on a [Kalk & Berendsen, 1976]  :
dM i
= −ρ i (M i − M i0 ) − ∑σ ij (M j − M j 0 ) .
dt j /i

Cette dernière relation est une approximation dans laquelle on néglige les effets
dus à la corrélation des mouvements de paires de protons différentes ("cross
correlation"). Elle est à la base des calculs de la matrice dite de relaxation, qui est
€ la matrice des coefficients de relaxation ρ et σ de tous les systèmes de
spins [Johnson, 1965].

Pratique
Kumar et coll. [Kumar et coll., 1981] ont montré qu'on pouvait mesurer l'effet NOE
par RMN bidimensionnelle (expérience NOESY).
Mesure des volumes
Les volumes des pics croisés dans les expériences bidimensionnelles NOESY
peuvent être mesurés de plusieurs manières. On peut sommer directement les
hauteurs de tous les points du pic. L'estimation du volume des pics peut aussi
être améliorée en approchant le pic expérimental par une fonction
Lorentzienne [Ferretti & Weiss, 1989]. La carte NOESY est en général plus précise
dans la dimension d'acquisition (F2) que dans la dimension des spectres (F1). La
mesure et le calibrage des NOEs pose quelques problèmes, à cause par exemple,
des variations des lignes de base du spectre 2D, et des stratégies existent pour
s'affranchir partiellement du problème [Marion & Bax, 1988a; Marion & Bax, 1988b].
Les NOESY effectuées ici sur les complexes du ditercalinium et de l'analogue
étaient de 2048 points (F2) sur 256 points (F1).

Méthodes d'analyse des NOEs


Approximation pour deux spins
L'approximation dite "à deux spins" [Clore & Gronenborn, 1985; Dobson et coll., 1982;
Landy & Rao, 1989b; Olejniczak et coll., 1986; Saulitis & Liepins, 1990] est utilisée en raison
de sa simplicité [Clore & Gronenborn, 1984b]. Le développement en série de Taylor
NOEij(t) = σijt +  ∑σ ik t 2  + … donne, pour t petit, NOE(t) ≈ σijt. Dans ce cas, on
k
essaie de négliger la diffusion de spin en tirant le coefficient de relaxation σ de
l'approximation linéaire de la courbe du NOE en fonction du temps de mélange
aux temps de mélange faibles. Le problème est qu'aux temps de mélanges
faibles, €les NOEs sont faibles aussi, d'où de grandes erreurs relatives.
Estimation par rapport à des distances de références
Dans le cas précédent, on cherche une distance entre deux protons connue et fixe
(rref) dans la structure et qui se manifeste par un NOE bien visible (H5-H6 ou
H2'-H2" généralement pour les oligonucléotides) et on tire la distance rij
cherchée de l'approximation  :
rij 6 σ ref
=  
rref 6 σ ij
où  :


• σij6  : constante de relaxation du couple de protons i,j;

• σref6  : constante de relaxation du couple de protons i,j


On suppose ici  :

• que le temps de corrélation τc du vecteur interproton est le même


que celui de la distance de référence

• que la diffusion de spin n'est pas suffisamment développée au


temps de mélange faibles et qu'elle peut être négligée.

Calcul de la matrice des NOEs

Nécessité d'une structure initiale


La matrice de relaxation peut être calculée à partir d'une structure dont on
connaît les coordonnées. En effet, les densités spectrales, comme nous l'avons
déjà vu, peuvent être calculées si on connait le temps de corrélation du vecteur
interproton. Les coefficients de relaxation sont calculés à partir de ces densités
spectrales et des distances inter-spins. Et l'équation de Solomon généralisée à
plusieurs spins [Kalk & Berendsen, 1976] donne la matrice des NOE à partir de celle
des coefficients de relaxation en fonction du temps de mélange par la relation :
= C(0)e-Γt,

où  :

• C(t) est la matrice des NOEs calculés au temps de mélange t,

• Γ est la matrice de relaxation.


On peut résoudre cette équation spin par spin par intégration numérique [Forster,
1991; Marion et coll., 1987]. On peut aussi la résoudre de manière matricielle. C'est la
méthode de la matrice de relaxation [Borgias & James, 1988a; Borgias & James, 1988b;
Borgias & James, 1989]. Pour calculer l'exponentielle de Γ, on doit diagonaliser cette
dernière. En effet, si Λ est la matrice des valeurs propres de Γ, et P la matrice de
ses vecteurs propres, on a e-Γ  = P e-Λ  P-1, et Λ étant diagonale, on peut calculer
directement son exponentielle.
Yip a aussi utilisé le calcul par perturbations pour calculer la matrice des
NOEs [Yip, 1989]. La méthode du calcul de la matrice de relaxation est largement
utilisée dans le champ de la RMN des acides nucléiques [Broido et coll., 1985; Gochin
& James, 1990; Kessler et coll., 1988b; Lancelot et coll., 1989; Massefki & Bolton, 1990;
Nikonowicz et coll., 1990; Powers et coll., 1990; Schmitz et coll., 1991; Suzuki et coll., 1986; Zhou
et coll., 1987]. On a aussi tenté de formaliser l'approche de la matrice de relaxation
par l'adjonction d'une matrice cinétique dans les systèmes sujets à des échanges
chimiques [Landy & Rao, 1989a]. L'échange et la relaxation sont intriqués dans l'effet
NOE et les études à ce sujet sont nombreuses [Lane, 1990; Lane, 1988; Lane & Forster,
1989; Lane et coll., 1986; Olejniczak et coll., 1984].

Méthode de la matrice "hybride"


La méthode de la matrice "hybride" [Bremer et coll., 1984; Olejniczak et coll., 1986; Perrin
& Gipe, 1984] est basée sur l'équation de Solomon généralisée à plusieurs spins. Il
s'agit d'utiliser la relation  :

-1 A(t m )
Γ = t  Ln[   ],
m A(0)

où  :

• A(tm) est la matrice des NOEs au temps de mélange tm,

• Γ est la matrice de relaxation.


Cette méthode est largement utilisée [Boelens et coll., 1988; Boelens et coll., 1989;
Borgias & James, 1988b; Gochin & James, 1990; Kaluarachchi et coll., 1991; Nikonowicz et coll.,
1990; Powers & Gorenstein, 1990; Powers et coll., 1990]. Il faudrait connaître la matrice
complète des NOEs pour résoudre cette équation. Etant donné qu'on ne connaît
jamais (dans le cas des macromolécules) la matrice complète, mais seulement une
partie de celle-ci, on complète les pics manquants par un calcul de matrice de
relaxation sur une structure de départ qu'on suppose être relativement voisine
de celle cherchée. La matrice est alors dite "hybride", puisqu'elle contient des
NOEs calculés (sur la structure de départ) et des NOEs expérimentaux. Pour
calculer son logarithme, on doit diagonaliser cette matrice. Dans cette
diagonalisation, des problèmes de valeurs propres négatives, dont on ne peut
calculer le logarithme, surgissent, auxquels chacun apporte une correction
différente  : augmentation de toutes les valeurs propres pour les rendre
positives [Borgias & James, 1988b], changement graduel dans la matrice "hybride"
des NOEs calculés en NOEs observés en ajoutant une petite fraction de la
différence NOE calculé - NOE observé au NOE calculé [Boelens et coll., 1989]. Dans
l'article III, nous montrons que, dans notre cas, les valeurs propres négatives
empêchent tout calcul dès que les NOEs expérimentaux sont un peu bruités.

Minimisation des NOEs par rapport aux coordonnées cartésiennes


Pour se débarrasser des problèmes liés à la matrice "hybride", on peut essayer de
minimiser l'écart entre les NOEs observés et les NOEs calculés sur une structure
de départ. Il faut pour utiliser cette méthode avoir le gradient de cet écart par
rapport aux coordonnées de la structure. Un minimiseur à métrique variable
utilise ce gradient dans la recherche du minimum de l'écart NOEs observés -
NOEs calculés (voir chapitre minimiseurs). Différentes études, basées sur le calcul
intermédiaire de la matrice de relaxation, calculent ce gradient
numériquement [Baleja, 1992; Baleja et coll., 1990a], ou analytiquement, par une
approximation [Koehl & Lefèvre, 1990] ou exactement [Yip & Case, 1989].
L'approximation dite à deux spins peut aussi être utilisé à la place de la matrice de
relaxation pour calculer ce gradient [Bonvin & Kaptein, 1991]. Une approche itérative
basée sur une minimisation par les gradients conjugués de la différence entre les
NOEs observés et les NOEs calculés sur un modèle, avec une estimation du
premier ordre pour le gradient, a été récemment publiée [Robinson & Wang, 1992].
Dans la méthode utilisée ici, il faut connaître analytiquement la dérivée de la
matrice des NOEs par rapport aux coefficients de relaxation de la matrice de
relaxation, puis la dérivée de cette matrice par rapport aux coordonnées. Il faut
donc calculer la dérivée de l'exponentielle d'une matrice par rapport à une
matrice. C'est un résultat connu [Graham, 1981], et on a ainsi  :
∂Cab
∂Γij  = Σ,mn PamPbnPimPjn f[t])
où  :

eγ n t − eγ m t
• f[t] =  , si m ≠ n, sinon f(t) = t e γ m t
γn − γm

• C est la matrice des NOEs calculés sur la structure,




• γn, γm sont les nième et mième valeurs propres de Γ,

• P est la matrice des vecteurs propres de Γ.


Il suffit de dériver les Γij (qui ne sont rien d'autre que les coefficients de
relaxation ρ et σ) par rapport aux coordonnées pour avoir la dérivée complète
cherchée. Comme il est montré dans l'article III, il faut choisir le facteur d'échelle
entre NOEs observés et NOEs calculés avec soin pour que le minimiseur
subséquemment utilisé ne s'exerce pas sur lui en le rendant nul.
Des calculs théoriques extensifs sur un octanucléotide sont développés dans
l'article III. Ainsi, la méthode semble beaucoup plus stable que la méthode de la
matrice "hybride" et elle donne des estimations meilleures au point de vue des
distances (voir article III). Il faut noter à ce point que les temps de corrélation
utilisés sont arbitraires, ils peuvent être différents pour différents vecteurs
interprotons ou bien avoir tous la même valeur. Le problème des mouvements
internes reste entier et une approche pour en tenir compte est donnée dans le
paragraphe suivant.

Minimisation des NOEs par rapport aux temps de corrélation


En effet, on peut aussi minimiser l'écart NOEs observés - NOEs calculés par
rapport aux temps de corrélation dont les coefficients de relaxation dépendent
aussi. La procédure est la même qu'au dessus pour la minimisation par rapport
aux coordonnées cartésiennes, sauf qu'on dérive cette fois les coefficients de
relaxation par rapport à des temps de diffusion atomiques τi . Les temps de
diffusion atomiques des protons i et j, τi et τj, sont définis par :
1 1 1
= +
τ ij τ i τ j
τij étant le temps de corrélation du vecteur interproton entre i et j.
Cette minimisation par rapport aux temps de diffusion a été tentée dans l'article
III. La procédure semble plus "fragile" que la minimisation par rapport aux
€ coordonnées cartésiennes, et il semble qu'elle devrait être appliquée après la
procédure de minimisation par rapport aux coordonnées cartésiennes et après
minimisation d'énergie de la structure, afin de résoudre les écarts encore
observés sur une structure jugée valide.

Minimisation généralisée des NOEs et de l'énergie


On peut évidemment minimiser à la fois les NOEs et l'énergie [article III]. Cette
procédure est toutefois complexe dans la mesure où il faut fixer les priorités
respectives des potentiels NOE et énergétique, et que les résultats obtenus en
dépendent évidemment.

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