UNIVERSIDAD NACIONAL DE INGENIERÍA

FACULTAD DE INGENIERÍA MECÁNICA

Escuela Profesional de Ingeniería Mecatrónica

Systems Biology (MT-231)

SEMESTRE 2018-I
Paul Cardenas Lizana

Práctica No 1
1.- (5 puntos) Considere a GA(V, E) como la familia de grafos aleatorios no direccionados, donde
V es el numero de vértices y E es el numero de lados (edges). La familia GA(5,3) contiene
exactamente 4 clases de grafos isomorficos (isomorphic graph), que es ilustrado en Figura 1.

Figura 1

Por ejemplo figura 1 (a y b) consiste de en un vértice aislado (vertice 5) y una copia de P44 y
P43, respectivamente. (c) consiste de en dos vértice aislado (vertice 4 y 5) y una copia de P33 y (d)
de ningun vertice aislado y una copia de P32 y P22.

A) Calcular el numero total de gráficos distintos en la familia de GA(5, 3). Si autoregulación es

permitida en los vértices y también bidireccionalidad, re-calcular el numero de gráficos
distintos en la familia de GA(5, 3).
B) Calcular el valor esperado de X para cada caso en (A), si dejamos que X sea la variable
aleatoria que devuelve el número de vértices aislados suponiendo que tomamos un gráfico
de muestra al azar de la familia GA(5, 3).
C) Calcular el valor esperado de Y para cada caso en (A), si Y es definido como la variable
aleatoria que es “1” si y solo si hay una copia de P33 (como un subgrafo) de un gráfico
elegido al azar de GA(5, 3) y “0” en cualquier otro caso.
D) Si los vértices conectados son genes con propiedades similares y podrian ser considerados
intercambiables. ¿Qué gráfico se consideraría un network motif y qué no?
E) Brevemente, expliquar la diferencia entre “Scale-free network”, “Random network”, y
“Small-world network”. Dar un ejemplo real de cada una.

2.- (5 puntos) Resolver el problema 2.4 del capítulo 2 del libro “An Introduction to Systems
Biology: Design Principles of Biological Circuits” by Uri Alon.

3.- (5 puntos) Resolver el problema 2.5 del capítulo del libro “An Introduction to Systems
Biology: Design Principles of Biological Circuits” by Uri Alon.

4.- (5 puntos) Resolver el problema 2.6 del capítulo 2 del libro “An Introduction to Systems
Biology: Design Principles of Biological Circuits” by Uri Alon.