8.

4 Perbedaan Gene Expression Antara Prokariota dan Eukariota

Proses transkripsi dan translasi pada eukariota dan prokariota adalah serupa dalam banyak cara,
tetapi juga dipengaruhi oleh perbedaan tertentu, termasuk (1) kehadiran membran nuklir di
eukariota, (2) variasi dalam cara di mana penerjemahan dimulai, dan (3) kebutuhan untuk
pemrosesan transkrip tambahan pada eukariota.

Pada eukariota, membran nuklir mencegah kopling transkripsi dan translasi

Dalam E. coli dan prokariota lainnya, transkripsi terjadi di sebuah Buka intraseluler ruang penuh oleh
Sebuah nuklir mem brane; terjemahan terjadi di ruang terbuka yang sama dan kadang-kadang
digabungkan secara langsung dengan transkripsi ( Tabel 8.1 ). Kopling ini dimungkinkan karena
transkripsi memanjang mRNA dalam arah 5 9 -to-3 9 yang sama dengan ribosom bergerak sepanjang
mRNA. Akibatnya, ribosom dapat mulai menerjemahkan sebagian mRNA bahwa RNA polimerase
masih di itu proses dari mentranskripsikan dari itu DNA.

Penggabungan iption dan terjemahan transkrip telah signifikan konsekuensi untuk itu peraturan dari
gen ekspresi dalam prokariota. Misalnya, dalam mekanisme pengaturan penting yang disebut
atenuasi, yang kami jelaskan di Bab 15, itu menilai dari terjemahan dari beberapa mRNA langsung
menentukan tingkat di mana gen yang sesuai ditranskripsikan menjadi ini mRNA .

Penggabungan tersebut tidak dapat terjadi pada eukariota karena amplop nuklir secara fisik
memisahkan tempat transkripsi dan pengolahan RNA dalam nukleus dari situs penerjemahan di
sitoplasma. Akibatnya, terjemahan dalam eukariota dapat mempengaruhi tingkat di mana gen
ditranskripsi hanya dengan cara yang lebih tidak langsung.

Prokariota dan eukariota memulai terjemahan berbeda

Dalam prokariota, terjemahan dimulai pada situs pengikatan ribosom pada mRNA, yang didefinisikan
oleh pendek, urutan karakteristik nukleotida disebut Shine- Dalgarno kotak yang berdekatan dengan
kodon AUG inisiasi (lihat Gambar. 8.25a). Tidak ada yang mencegah mRNA dari memiliki lebih dari
satu ribosom situs mengikat, dan, pada kenyataannya, banyak pesan prokariotik adalah polisistronik:
Mereka berisi informasi dari beberapa gen (kadang-kadang disebut sebagai cistron ; lihat Bab 7),
yang masing-masing dapat diterjemahkan secara independen mulai dari situs pengikatan
ribosomnya sendiri (Tabel 8.1). Pada eukariota, oleh co n trast, sub ribosomal kecil unit pertama
berikatan dengan topi bermetilasi pada ujung 5 9 dari mRNA matang dan kemudian bermigrasi ke
situs inisiasi.

Situs ini hampir alw Mandy kodon Agustus pertama encoun berfluktuasi terus- menerus oleh itu
ribosom subunit sebagai saya t bergerak sepanjang, atau scan, mRNA dalam arah 5 9 hingga 3 9
(lihat Gambar 8.25a dan Tabel 8.1). Itu mRNA wilayah antara itu 5 9 topi dan kodon inisiasi kadang-
kadang disebut sebagai wilayah 5 ' -untranslated (5 ' UTR) atau pemimpin 5 'yang diterjemahkan.
Karena dari ini pemindaian mekanisme, inisiasi pada eukariota dibutuhkan tempat di hanya Sebuah
tunggal situs di itu mRNA, dan setiap mRNA mengandung itu informasi untuk hanya menerjemahkan
satu jenis polipeptida.

Perbedaan translasi lain antara prokariota dan eukariota dalam komposisi tRNA memulai. Dalam
prokariota, sebagaimana telah disebutkan, tRNA ini membawa a dimodifikasi bentuk metionin yang
dikenal sebagai N - formilmetionin, sementara pada eukariota, ia membawa sebuah metionin yang
tidak dimodifikasi (lihat Tabel 8.1). Dengan demikian, immedia tely setelah terjemahan, otic
polipeptida eukary semua memiliki Met (bukan fMet) di N mereka termini. Posttranslasional
pembelahan acara di kedua otak prokary dan eukariota sering membuat protein matang yang tidak
lagi memiliki N-terminal fMet atau Bertemu (Lihat Ara. 8.26a).

MRNA Eukariotik membutuhkan lebih banyak proses daripada prokariotik mRNA

Tabel 8.1 mengulas perbedaan penting lainnya dalam ekspresi gen dan ekspresi antara prokariota
dan eukariota. Secara khusus, introns interru pt eukariotik, tetapi tidak otik prokari , gen seperti
yang membelah lapisan transkrip primer diperlukan untuk ekspresi gen eukariotik. Jenis lain dari
pengolahan RNA yang terjadi pada eukariota tetapi tidak prokariota menambahkan topi alkohol dan
ekor poli-A, masing-masing, untuk itu 5 9 dan 3 9 berakhir dari itu mRNA.
Karena mRNA pada eukariota harus meninggalkan inti untuk translasi, transkripsi dan terjemahan
tidak bisa digabungkan, sebagai di prokariota. Eukariotik mRNA juga memulai terjemahan pada
Sebuah tunggal situs, agak dari di banyak ribosom mengikat situs. Akhirnya, dalam eukariota
langkah-langkah pemrosesan tambahan termasuk splicing diperlukan untuk membentuk matang
mRNA.

8,5 Sebuah Contoh Komprehensif: Analisis Komputerisasi Ekspresi Gen di C. elegans

Caenorhabditis elegans adalah cacing tanah yang hidup sekitar 1 mm. Memberi makan pada bakteri,
tumbuh dari telur yang telah dibuahi hingga dewasa — baik hermaphrodite atau jantan — hanya
dalam tiga hari. Setiap banci menghasilkan antara 250 dan 1000 keturunan. Karena ukurannya yang
kecil, siklus hidup yang pendek , dan kapasitas untuk reproduksi produktif, C. elegans adalah subjek
ideal untuk genetik analisis.

Ketika Anda membaca di awal bab ini, ahli genetika telah menentukan urutan yang tepat dari hampir
semua dari 100 juta pasang basa dalam genom haploid dari kecil nematoda C. elegans. Dengan
menggunakan pengetahuan mereka tentang struktur gen dan ekspresi gen, mereka juga
memprogram komputer untuk menemukan urutan genom yang mungkin merupakan gen. Program
mereka termasuk instruksi untuk mencari kemungkinan ekson dengan mencari open reading frames
(ORFs): string asam amino-encoding nukleus otida triplet yang tidak terganggu oleh kodon in-fram e
nense (berhenti). Lain al gorithms ig nore intron potensial, identi fied sebagai urutan berbaring
antara kemungkinan sambatan-donor dan situs sambatan-akseptor.

Setelah komputer mendapatkan wilayah yang mungkin merupakan gen, para peneliti meminta untuk
menggunakan kode genetik untuk memproyeksikan urutan asam amino dari polipeptida yang
dikodekan oleh gen-gen ini. Akhirnya, mereka memindai database terkomputerisasi untuk sekuens
asam amino serupa dalam peptida poli dari lain organisme. Jika mereka menemukan Sebuah serupa
urutan dalam polipeptida fungsi yang dikenal dalam organisme lain, mereka dapat menyimpulkan
bahwa C. elegans versi peptida poli mungkin punya Sebuah paralel fungsi.
Para ahli genetika sekarang mengetahui banyak karakteristik dari C. elegans genom

Peneliti telah menemukan bahwa C. elegans genom mengandung sekitar 20.000 gen, yang kira-kira
sekitar 15% menyandikan komponen dari mesin ekspresi gen cacing . Banyak dari komponen
ekspresi gen ini adalah protein. Sebagai contoh, lebih dari 60 gen menyandikan protein yang
berfungsi sebagai bagian dari meja kerja ribosom, sementara lebih dari 300 gen menyandi faktor
transkripsi: DNA mengikat protein yang mengatur transkripsi.

Sebaliknya, kontingen besar gen terkait ekspresi menghasilkan RNA yang tidak diterjemahkan ke
dalam protein. Ada 659 gen tRNA di C. elegans genom, sekitar 100 gen rRNA , dan 72 gen untuk RNA
spliceosomal . Jumlah gen penyandi RNA yang relatif tinggi mencerminkan fakta bahwa genom
mengandung beberapa salinan identik atau hampir identik dari gen yang tidak diterjemahkan ini .
Sebagai contoh, meskipun ada 72 spliceo somal RNA gen, hanya ada 5 jenis RNA spliceosomal yang
berbeda .

Prediksi komputerisasi berdasarkan sekuens DNA genom saja adalah alat yang berharga tetapi tidak
sempurna. Program komputer saat ini sangat bagus dalam memprediksi intron dan ekson dan itu
utama amino AC id urutan gen pengkodean protein yang terkonservasi dengan baik di evo lution.
Tetapi rincian tertentu dari transkripsi dan transla tion gen ini tidak dapat ditentukan tanpa
mengisolasi dan mengkarakterisasi mRNA yang sesuai. Sebagai contoh, meskipun komputer dapat
secara akurat menemukan exon protein-coding dari gen, gen tersebut mungkin mengandung ekson
dan intron tambahan pada ujungnya 5 9 atau 3 9 yang lebih sulit untuk ditemukan oleh komputer.
Demikian pula, tanpa analisis biokimia dari produk RNA gen, tidak mungkin untuk mengetahui
apakah splicing alternatif dari transkrip utama gen menghasilkan berbeda mRNA.

A C. elegans gen kolagen menggambarkan prinsip-prinsip struktur gen

Menggunakan teknik dijelaskan di Bab 9 dan 10, ers penelitian- telah memperoleh baik DNA
genomik dan urutan mRNA bagi banyak C. elegans gen. Data ini memungkinkan pemeriksaan
struktur gen ini dalam detail nukleotida-nukleotida. Salah satu gen ini mengkodekan tipe tertentu
dari protein kolagen. Protein polipeptida tunggal ini adalah komponen dari kutikula keras yang
mengelilingi dan melindungi cacing. Bentuk kolagen terkait terjadi pada semua hewan multisel. Pada
vertebrata, kolagen adalah protein yang paling melimpah, ditemukan di tulang, gigi, tulang rawan,
tendon, dan lainnya jaringan. Angka 8.27 pertunjukan Sebuah diagram dari itu kolagen gen sebagai
serta urutan lengkap gen, transkrip RNA utama, mRNA matang, dan produk polipeptida. Seperti yang
Anda lihat, fitur struktural gen meliputi tiga ekson dan intron dua, serta sinyal yang memungkinkan
transkripsi, pengolahan RNA, dan terjemahan ke dalam kolagen. Perhatikan bahwa kerangka
membaca ATG-diprakarsai untuk protein dimulai hanya dalam ekson kedua. Alasannya adalah
bahwa seluruh pertama ekson dan empat nukleotida pertama dari ekson kedua sesuai untuk itu 5 9 -
diterjemahkan wilayah (5 9 -UTR). Demikian pula, ekson ketiga berisi kedua amino kodon asam-
menentukan, serta urutan ditranskripsi menjadi diterjemahkan wilayah dekat 3 9 akhir mRNA
matang (3 9 -UTR) hanya hulu dari poli-A ekor.

Struktur umum gen kolagen mirip dengan struktur sebagian besar gen eukariotik. Ini karena pola
dasar ekspresi gen tetap substansial sama sepanjang evolusi, meskipun rinciannya, seperti panjang
gen, jumlah ekson, dan jarak atau ukuran ujung yang tidak diterjemahkan 5 9 dan 3 9 , bervariasi dari
gen. untuk gen dan dari organisme untuk organisme.

Gambar 8.27 Ekspresi dari C. elegans gen untuk kolagen. (A) Tengara di gen kolagen. (b)
Perbandingan urutan DNA gen kolagen dengan urutan nukleotida dalam mRNA matang (ungu) titik-
titik awal transkripsi, lokasi ekson (merah) dan intron (hijau), dan posisi poli AAUAAA -Sebuah sinyal
tambahan ( digarisbawahi dalam warna ungu ). Terjemahan dari mRNA sesuai dengan kode genetik
menentukan itu amino asam dari itu protein produk.

Ekspresi gen dalam C. elegans melibatkan t rans-splicing dan polycistronic transkrip

sequencing dari 100 juta nukleotida di itu C. elegans genom tidak hanya LED untuk itu identifikasi
dari 20.000 gen tetapi juga membantu mengungkapkan beberapa luar biasa fitur di itu cara itu
cacing mengekspresikan -nya gen. Di langka contoh, cacing menggunakan trans-splicing untuk
membuat sebuah mRNA dari itu utama transkrip dari dua berbeda gen (ulasan Gambar 8.18b pada
hal. 265); sebelum melakukan trans-splicing di nematoda, peneliti punya terlihat saya t terutama di
trypanosomes, itu protozoa bersel satu yang menyebabkan sedang tidur penyakit. Seperti bakteri, C.
elegans mentranskripsi beberapa kelompok gen yang berdekatan sebagai satu polikistronik panjang
utama salinan; saya t aku s satu dari itu sangat beberapa eukariotik organisme di yang peneliti telah
amati ini terutama fenomena prokariotik . Polikistronik transkrip adalah diizinkan di C. elegans
karena mereka adalah diproses oleh trans-splicing menjadi mRNA dewasa untuk gen individu. Para
peneliti akan dapat menerapkan wawasan mengklarifikasi anisms mech C. elegans 'ekspresi gen
studi pertumbuhan dan perkembangan cacing (lihat potret genetik C. elegans pada kami
situs web : www.mhhe.com/hartwell4
Perbedaan Antara Prokariota dan Eukariota dalam Rincian Ekspresi Gen
Ikhtisar

Tidak ada nukleus. Transkripsi dan terjemahan mengambil tempat di itu sama
seluler kompartemen, dan terjemahan sering digabungkan ke transkripsi.

Gen tidak dibagi menjadi ekson dan intron

Nukleus dipisahkan dari sitoplasma oleh membran nuklir. Transkripsi terjadi di nukleus, sementara
terjemahan terjadi di sitoplasma. Langsung kopling transkripsi dan terjemahan tidak mungkin.

DNA dari gen terdiri dari ekson yang dipisahkan oleh intron; itu ekson adalah
terdefinisi oleh splicing posttranscriptional, yang menghapus intron

Transkripsi

Satu RNA polimerase yang terdiri dari lima subunit

Transkrip primer adalah mRNA aktual; mereka memiliki trifosfat mulai dari 59
ujung dan tidak ada ekor di ujung 39.

Beberapa macam-macam dari RNA polimerase, setiap mengandung 10 atau lebih subunit;
berbeda polimerase menuliskan gen yang berbeda.

Transkrip utama diproses menjadi menghasilkan mRNA dewasa yang memiliki topi alkohol
pada 59 akhir dan Sebuah poli-A ekor di itu 39 akhir
Terjemahan

Inisiator unik tRNA membawa formilmetionin

mRNA memiliki beberapa situs pengikatan ribosom dan dengan demikian dapat
mengarahkan sintesis beberapa polipeptida yang berbeda

Kecil ribosom subunit segera mengikat untuk itu ribosom mengikat mRNA situs

Inisiator tRNA membawa metionin

mRNA hanya memiliki satu situs awal dan dengan demikian dapat mengarahkan sintesis
hanya satu jenis polipeptida

Subunit ribosom kecil berikatan pertama dengan kap metilasi pada akhir 59 mRNA matang dan
kemudian memindai mRNA untuk menemukan situs pengikatan ribosom.