En los ecosistemas, la energía entra como energía luminosa o química (por oxidación de

moléculas orgánicas o inorgánicas reducidas) y fluye unidireccionalmente de nivel en nivel

trófico hasta disiparse en forma de calor.
Por el contrario, la materia se mantiene prácticamente constante en la Tierra: los
bioelementos circulan cíclicamente dentro de la biosfera, de los seres vivos a la materia
mineral, y viceversa, constituyendo los ciclos biogeoquímicos.
Los microorganismos tienen un papel destacado en los ciclos biogeoquímicos. En algunos
casos son los únicos capaces de reciclar formas de un bioelemento, por lo que sin su
intervención la vida no sería posible.
Nos referiremos únicamente a la intervención de los microorganismos en los ciclos del C y
del N.

Ciclo del Carbono

Es necesario diferenciar los procesos que ocurren en un medio aerobio de los que ocurren
en un medio anaerobio.
En un medio aerobio:
1. El C en forma de CO2 es absorbido de la atmósfera y utilizado para la síntesis de
moléculas orgánicas, mediante los procesos de fotosíntesis (realizado por algas, plantas
verdes y Cianobacterias) y quimiosíntesis (bacterias quimiautótrofas).
2. Los compuestos orgánicos son oxidados en el proceso de respiración celular, realizado
tanto por plantas, como animales y microorganismos; como sabemos, en la respiración el C
se libera como CO2, que se reintegra así a la atmósfera.
En un medio anaerobio:
A. Las bacterias fotosintéticas transforman el CO2 en compuestos orgánicos; éstos son
degradados por los procesos de respiración
anaerobia y fermentación, llevados a cabo por microorganismos. Estos procesos también
liberan CO2, que es devuelto al medio.
B. Como sabemos, en la fermentación se produce una degradación incompleta de los
compuestos orgánicos, liberándose ácidos orgánicos y alcoholes. Estas moléculas pueden
ser transformados en metano (CH4) por las llamadas bacterias metanógenas3.
C. Si el metano pasa a ambientes aerobios es oxidado a CO2 por las bacterias
metanotróficas, bacterias quimiosintéticas que viven en el suelo y realizan esta oxidación
para obtener energía.

Puesto que la desnitrificación supone pérdida de N para el suelo, es necesario que no se

produzca en los suelos de cultivo. Esta es una de las
razones por la que se ara el suelo, pues al removerlo se airea y se evita que se produzcan
condiciones anaeróbicas que favorezcan este
proceso.

Ciclo del Nitrógeno

La principal reserva de N es la atmósfera, donde se encuentra como N2 gaseoso (constituye

el 78% del aire). Como sabemos, es un componente esencial de las proteínas y de los ácidos
nucleicos. Los microorganismos desempeñan un papel fundamental en el ciclo del N, ya
que son los únicos que pueden realizar algunas de sus etapas.
1. Sólo ciertas bacterias fotosintéticas, como las del género Rhizobium (viven en las raíces
de las leguminosas), Azotobacter y algunas Cianobacterias (viven en el suelo), pueden
absorber directamente el N del aire y reducirlo a NH3. Éste es asimilado por estas bacterias
que lo utilizan para formar los grupos -NH2 de los aa; este proceso se conoce como fijación
del N2
2. El NH3 que hay en el suelo es oxidado por bacterias quimiosintéticas conocidas como
nitrificantes: las del G. Nitrosomonas oxidan el NH3 a nitritos (NO2 -); las del G.
Nitrobacter oxidan los nitritos a nitratos (NO3 -). Estos últimos son absorbidos por las
raíces de las plantas que los reducen
para formar los grupos -NH2. Estos grupos pasarán posteriormente a los animales. Este
proceso se conoce como nitrificación
3. Por descomposición bacteriana de animales y plantas muertas, los grupos -NH2 se
liberan como NH3, que se reintegra así al suelo.
4. Ciertas bacterias que viven en zonas profundas del suelo, realizan respiración anaerobia,
utilizando los NO3- del suelo como último aceptor de los e-, liberando N2; este proceso se
conoce como desnitrificación. El N2 se reincorpora a la atmósfera, aunque parte del mismo
es fijado por bacterias
fotosintéticas anaeróbicas (Clostridium) que lo reducen a NH3, a partir del cual forman los
grupos -NH2.

La mayor parte de las plantas superiores, animales y microorganismos necesitan el

nitrógeno, bien sea en forma de nitrato o bien en forma de amoniaco. Tanto los nitratos
como el amoniaco e incluso el nitrógeno organico se encuentran en baja concentración en el
suelo.

Distinguimos en el desarrollo del ciclo del nitrógeno: Fijación del nitrogeno gaseoso,
amonificación del nitrogeno celular, nitrosación y nitratación. En todos estos procesos se
produce de forma continua la oxidación y reducción del nitrogeno.

Fijación del nitrogeno. Mediante este mecanismo el nitrógeno libre se combina con otros
elementos. Muchos microorganismos del suelo utilizan el nitrogeno de la atmósfera como
fuente de nitrogeno. En función de como lleven a cabo esta fijación tenemos fijadores de
nitrógeno no simbiotico: transforman el nitrógeno molecular en nitrógeno celular; fijadores
de nitrógeno simbioticos fijan el nitrogeno a través de las raices de leguminosas. También
se puede producir la fijación del nitrógeno en la atmosfera durante las descargas electricas
en las tormentas, de esta forma el nitrogeno llega al suelo por la lluvia. También mediante
el proceso de Haber se puede fijar el nitrógeno quimicamente, se sintetiza amoniaco a partir
del nitrógeno.

Amonificación. Las proteínas, ácidos nucleicos sufren hidrolisis y se transforman en

estructuras más sencillas bien aminoacidos bien nucleotidos. Sus grupos amino son
liberados en forma de amoniaco, al conjunto de reacciones que producen el amoniaco se
denominan amonificación, procesos que tienen lugar en aerobiosis, si las condiciones
fueran de anaerobiosis hablaríamos de putrefacción.

En el suelo, las nitrobacterias oxidan el amoniaco a nitratos haciéndolo en varias etapas: 1.

Oxidación del amoníaco a nitrito: es la nitrosación. Lo llevan a cabo las bacterias del
genero nitrosomonas y nitrosolobus, son quimioautotrofas. Estas bacterias contienen
citocromos y sistemas de transporte de electrones a través de membranas. 2.- Oxidación del
nitrito a nitrato: es la nitratación. Muchas plantas no pueden usar los nitritos siendo en
ocasiones tóxicos, es necesario transformarlo en nitrato, los generos nitrobacter,
nitrococcus y nitrospira oxidan el nitrito a nitrato. 3. Reducción del nitrato. Otras bacterias
reducen el nitrato a nitrito en situacion de anaerobiosis. La encima es la nitrato reductasa, el
nitrato se convierte en el aceptor final de electrones. El producto de la reacción, el nitrito,
es muy tóxico y solo determinadas especies pueden soportarlo. Los nitratos son
transformados en nitritos y estos en amoniaco o nitrogeno gas. Esta reducción se denomina
reducción asimiladora del nitrato. Las bacterias aerobias Pseudomonas y Bacillus reducen
el nitrato hasta nitrógeno.

El carbono es un elemento importantisimo para el desarrollo de la vida, los seres vivos son
carbono. Este puede encontrarse bien como carbono en forma de compuesto orgánico o
bien como anhidrido carbónico. El anhidrido carbónico supone del orden de 300 ppm del
volumen total de la atmósfera. El carbono que se encuentra tambien bajo la forma de CO2
disuelto en el agua en forma de CO3= de mares y ríos se encuentra en mucho mayor
concentración que en el aire. La mayor proporción en elagua posibilita a los seres vivos
acuaticos una mayor facilidad a la hora de obtenerlo. De igual forma a los seres autotrofos
de vida terrestre puede ser escaso los niveles de anhidrido carbónico del aire.

La transformación del carbono se produce de forma continuada a lo largo de toda la

biosfera y su incorporación se hace en su mayor estado de oxidación C02, reduciendose
mediante la fotosíntesis, aunque en menor cantidad puede ser fijado por individuos
quimioautotrofos. Las plantas verdes con el CO2 incorporado pueden transformarlo
en glucidos (metabolismo) o bien el carbono pasa a formar parte de protéinas, ácidos
nucléicos; como carbono orgánico. Los productos resultantes del metabolismo tras la
descomposición celular (alcoholes o diversos ácidos orgánicos) se convertirán en fuente
de energía o sustrato para otros individuos.

En el ciclo del carbono, mediante la fotosíntesis los productores principales suponen el

principio de la cadena de la cual dependerán el resto de seres heterótrofos. La materia
orgánica formada será usada por los consumidores primarios bien formando parte del
material de la célula bien liberándolo a la atmósfera tras la respiración. Con la muerte del
individuo y tras su descomposición el CO2 y el agua de nuevo retornan a la atmosfera
(proceso aeróbico) o bien acumulados como carbonatos.

Por otro lado la descomposición en condiciones de anaerobiosis produce entre otras cosas
metano, hidrógeno y anhidrido carbónico. En este sentido, seres vivos capaces de producir
metano en estas condiciones son las especies Methanobacterium Methanococcus y algunas
especies del género Clostridium.

Para el desarrollo y continuidad de la vida es necesario que todo el carbono que se

encontraba en la atmosfera en su máximo estado de oxidación y posteriormente es
reducido, vuelva de nuevo a ella adquiriendo de nuevo dicho estado. Otras formas de
devolver el carbono a la atmosfera como CO2 es mediante la combustión del carbón,
actividad volcánica.
El fósforo interviene en la composición del ATP, ácidos nucleicos y fosfolipidos. Durante
el ciclo del fosforo se produce la mineralización del fósforo, se solubilizan las formas
insolubles así como la asimilación de los fosfatos inorganicos.

Muchos de los fosfatos de la corteza terrestre son insolubles en agua lo que hace que su
disponibilidad no sea la más óptima. Los fosfatos solubles pasan de la tierra al mar por los
fenomenos de lixiviación que sufre el suelo, este proceso se produce en la dirección de la
tierra al mar y no al reves (porcentaje mínimo). Se hace necesario que el fosforo que se
encuentra insoluble pase a soluble.

Mineralización. Los seres vivos tienen fosforo inorganico. El proceso de mineralización se

encuentra en relación con la degradación de la materia orgánica por los microorganismos.
Las situaciones que favorecen esta degradación: un sustrato carbonado degradable y la
presencia de nitrogeno.

Solubilización: El fósforo se encuentra en continuo movimiento desde su forma soluble a

deposito de fósforo. Muchas bacterias autótrofas se encargan de llevar a cabo la
solubilización. Las mismas bacterias que intervienen en el paso de ion amonio a ácido
nitrico y el paso de azufre reducido a ácido sulfurico intervienen también en la solubilidad
del fósforo.

Inmovilización: El fósforo inorgánico se transforma en fósforo orgánico a través de

diferentes seres vivos (en el agua las algas llevan a cabo se absorcion, en el suelo las
bacterias se encargan de su fijación)

El azufre es un elemento abundante a lo largo de la corteza terrestre. Se encuentra

disponible como sulfato soluble o en compuestos orgánicos. En la biosfera se produce la
reducción del azufre a SH2 por obra de microorganismos. Salvo en la situaciones de
anaerobiosis se oxida rapidamente de forma espontanea.

El azufre lo asimilan las plantas y microorganismos, el sulfato los absorben del suelo
reduciendolo y asimilandolo como SH. Los animales no pueden realizar esta operación y ya
deben recibir el azufre en su forma reducida (aminoacidos azufrados).

La bacteria Desulfovibrio reduce el sulfato a SH2 para obtener energía y llevar a cabo la
oxidación de otras sustancias. Las bacterias fotosinteticas no utilizan el agua como fuente
de electrones, utilizan el SH2 liberando azufre en vez del oxigeno que liberan las plantas
durante durante la fotosintesis. Las Chlorobacteriaceae y Thiorhodaceae realizan los
procesos anteriores. Son bacterias que se encuentran en lugares de anaerobiosis pero que
tienen acceso a la luz solar.

La reacción de oxidación de la forma reducida a sulfato es usada por bacterias anaerobicas

para el metabolismo.