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in silico análisis de unión de veneno neurotóxico ligandos con la acetilcolinesterasa

para el uso terapéutico en el tratamiento de Alzheimer ' enfermedad de s

Maleeha Waqar, Sidra Batool norte

Departamento de Biociencias, Instituto de Tecnología de la Información COMSATS, Park Road, Chak Shahzad, Islamabad-44000, Pakistán

REFLEJOS

Acetilcolinesterasa han surgido como dianas terapéuticas para el tratamiento de deterioros cognitivos asociados con la enfermedad de Alzheimer ' s. En este estudio hemos analizado la proteína - interacciones
de proteína entre receptor de la acetilcolinesterasa y toxinas veneno. Se recogió información residuo sitio de unión y en el análisis de detalle de sus interacciones de unión con ligandos de veneno se realizó
utilizando enfoques y herramientas computacionales.

información del artículo abstracto

Historia del artículo: Acetilcolinesterasas (AChE) son enzimas que funcionan en hidrolizar el neurotransmisor acetilcolina. niveles disminuidos de acetilcolina se han
Recibido el 1 de de noviembre de 2 014 reportado para varias enfermedades neurodegenerativas, especialmente la enfermedad de Alzheimer ' s. Por lo tanto, inhibidores de la
recibida en forma de 22 revisión febrero de
acetilcolinesterasa están siendo considerados bastante eficaz en el tratamiento de estas enfermedades. Fasciculin 2 es una toxina aislada de
2 015
mamba verde oriental que había sido reportado como un inhibidor de la acetilcolinesterasa reversible. En este estudio, hemos informado de la in
Accepted 25 de febrero de el año 2015 Disponible en
silico análisis de toxinas de veneno a través de varias herramientas de cálculo utilizado para el diseño de drogas, a fi nd cabo la proteína - la
Internet el 6 de marzo de el año 2015
interacción de proteínas de estas toxinas en el complejo con la enzima acetilcolinesterasa. En total 15 toxinas se han seleccionado a partir de los
Palabras clave: venenos de varias especies como conjunto de datos ligando, para estudiar sus interacciones de unión con la enzima acetilcolinesterasa.
in silico

acetylcholinesterases Venom

y 2015 Elsevier Ltd. Todos los derechos reservados.

neurotransmisor
acetilcolina
Las enfermedades neurodegenerativas
Alzheimer ' s Fasciculin 2

mamba verde oriental

1. Introducción
Acetilcolinesterasas, también conocidos como acetil-hidrolasas y comúnmente abreviado como
AChE son enzimas hidrolasa que funcionan de hidrolizar el neurotransmisor acetilcolina. Debido a su
función que se encuentran predominantemente en la sinapsis colinérgicas del cerebro y en la
sinapsis que sirven de unión entre el sistema muscular y el sistema nervioso ( Tripathi y Srivastava,
2008 ). Una vez que una señal se pasa a través del neurotransmisor acetilcolina, la
acetilcolinesterasa descompone la acetilcolina en sus dos partes componentes, ácido acético y
colina. Como resultado, este modo de acción detiene el
proceso de señalización ( Dvir et al., 2010 ). Esto permite que los componentes a ser reciclados de
nuevo en nuevos neurotransmisores que funcionarán en el procesamiento siguiente señal ( Jolkkonen,
1996 ). La actividad de la acetilcolina se ha relacionado con diversas enfermedades
neurodegenerativas; principalmente Alzheimer ' s pero también otros como el Parkinson ' s, Huntington ' s
y la esquizofrenia ( Rolinski et al., 2012 ). La actividad de disminución de los niveles del
neurotransmisor acetilcolina puede resultar en el deterioro cognitivo, como la memoria de fi déficits
asociados con la enfermedad de Alzheimer ' enfermedad s ( McGleenon et al., 1999 ). Mediante la
administración de un fármaco que inhibe la actividad de la acetilcolinesterasa, los niveles de
neurotransmisor se pueden aumentar a la normalidad. Por lo tanto inhibidores de la
acetilcolinesterasa se han hecho populares para el tratamiento de los problemas cognitivos
asociados con la enfermedad de Alzheimer ' s, inhibiendo la acción de esta enzima. Esto a su vez
prevenir la degradación de la acetilcolina, para aliviar su pérdida que fue causado por la muerte de

norte Autor correspondiente.

Dirección de correo electrónico: sidra.batool@comsats.edu.pk (S. Batool).

http://dx.doi.org/10.1016/j.jtbi.2015.02.028
0022-5193 / y 2015 Elsevier Ltd. Todos los derechos reservados.
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las neuronas colinérgicas. el EF fi cacia de este mecanismo ha sido evidente en los pacientes con
Alzheimer de leve a moderada ' s enfermedad y algo para su uso en pacientes con estadios
avanzados de la enfermedad de Alzheimer ' s también ( Winblad y Jelic, 2004 ).
Recientemente, las capacidades terapéuticas de los venenos y toxinas de diversos reptiles e
insectos han surgido. Varios péptidos de veneno de neurotóxicos se han convertido en un tema de
especial interés debido a su uso potencial en trastornos neurológicos. Tal toxina veneno es la
Fasciculin (FAS), que es un polipéptido de 61 residuos que se ha extraído y purificado con éxito fi ed
del veneno de mamba verde oriental, Dendroaspis angusticeps. Es un período de tres
fi toxina ngered y es un potente inhibidor reversible de la enzima acetilcolinesterasa ( Harel et al., 1995 ).
Esta actividad de esta toxina de serpiente altamente potente ha hecho que farmacológicamente
importante ya que puede ser utilizado para tratar los problemas cognitivos asociados con la
enfermedad de Alzheimer ' s ( Taylor, 1996 ). Un numero de in silico Se han reportado estudios que han
investigado diversos métodos de cálculo para el tratamiento de la enfermedad de Alzheimer ' s. Estos
estudios incluyen la construcción de modelos estructurales para comprender muchos de los
receptores de la proteína críticos implicados en la enfermedad de Alzheimer ' s ( Carter, 1998; Howe,
2002; Chou, 2005; Jones y Heinrikson, 1997 ) Y para investigar y fi nd candidatos potenciales
fármacos para el tratamiento de la enfermedad de Alzheimer ' s ( Wei et al., 2005; Chu et al, 2014.; Gu
et al., 2009; Zheng et al., 2007 ). Después de hacer una amplia investigación literaria en Fasciculin y
su importancia farmacológica, se estudiaron las toxinas del veneno similares in silico para identificar
sus residuos de unión con la enzima acetilcolinesterasa. Este estudio cubrió diversos procedimientos
de análisis de la bioinformática básicas para identificar los residuos de unión de la acetilcolinesterasa
con los ligandos de veneno. Los resultados ayudaron a demostrar e informar de la capacidad
farmacológica de estos veneno de ligandos similares a los de Fasciculin y su uso potencial en el
desarrollo de fármacos para el Alzheimer ' s y otras enfermedades neurodegenerativas.
Figura 1. ( A) superposición de especies cruzadas de las estructuras de la acetilcolinesterasa de humano (de color pardo pálido), ratón (azul) y Paci fi c raya eléctrica (rosa). (B) Los residuos conservados se muestran en amarillo en el zoom a la
vista. (Para la interpretación de las referencias de color en este fi leyenda figura, se remite al lector a la versión web de este artículo).
2. Materiales y métodos
2.1. colección conjunto de datos del receptor
banco de datos de proteínas relevantes (PDB) entradas para la acetilcolinesterasa Se hicieron
búsquedas en el RSCB ( Berman et al., 2000 ) Banco de datos de proteínas. AP entradas relevantes
se identificaron fi ed para humanos, de ratón Mus musculus ( Bourne et al., 2003 ) Y paci fi c raya
eléctrica californica Torpedo ( Harel et al., 1995 ) también. Los tres de las estructuras se
superpusieron y alineadas en Chimera ( Pettersen et al., 2004 ) Y sus residuos se comprobó la
conservación entre las tres especies, como se muestra en Figura 1 . Una alineación de secuencias
para la acetilcolinesterasa de las tres especies también se realizó usando la caja de herramientas
PRALINE alineación de secuencias múltiples ( Simossis y Heringa de 2005 ) como se muestra en Figura
2 . la identi fi cación del bolsillo de unión es crucial en la comprensión de la interacción de unión entre
el receptor y un ligando. identi éxito fi catión del receptor ' s bolsillo de unión hace que sea un objetivo
importante para el diseño de fármacos ( Chou, 2004 ). Los residuos del bolsillo de unión observados
para la acetilcolinesterasa humana se muestran en la tabla 1 . Las estructuras para ratón y humanos
mostraron una mayor conservación que aquellos con la raya eléctrica.
La estructura de la acetilcolinesterasa en humano en complejo con Fasciculin 2, con id pdb:
4BDT ( Nachon et al., 2013 ) Fue seleccionado como el receptor para los enlaces de ligando y
dockings como se muestra en Fig. 3 .
2.2. conjunto de recopilación de datos de ligandos
Un conjunto de datos de 15 toxinas de veneno de múltiples especies de serpientes y escorpiones,
incluyendo la toxina Fasciculin 2 se tomaron para estudiar interacciones de unión con el receptor
seleccionado. Las toxinas seleccionados se muestran en
Tabla 2 son todas las neurotoxinas que se han reportado tener potenciales capacidades terapéuticas
hacia las enfermedades neurodegenerativas ( Essack et al, 2012.; Petricevich et al, 2013.; Anderson y
Harvey, 1988 ).
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Figura 2. Alineación de secuencias múltiples para la acetilcolinesterasa en humanos, de ratón y fi sh, residuos del sitio de unión están resaltados.

El Fasciculin-2 es un potente inhibidor de la acetilcolinesterasa y es el péptido que ocurre sólo toxina. Dendrotoxina también son toxinas mamba llevan propiedades neurotóxicas similares, que es por
naturalmente a ser informado con esta calidad. Fasciculin-2 pertenece a la 3- fi dedo familia de toxinas eso que se tomaron como parte del conjunto de datos ligando. El Haditoxin es una toxina de cobra, que
y es una mamba también pertenece a la 3- fi La toxina dedo
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tabla 1
Residuos reportados para la cavidad de unión de la acetilcolinesterasa humana.

residuos de la acetilcolinesterasa de enlaces de hidrógeno Tyr 72, Trp286, Tyr341, Ser293, Leu289, Gln279, Leu76, Thr75, Val73

residuos hidrofóbicos-bonos acetilcolinesterasa Gly342, Glu292, Tyr77, Asp74, Tyr70, Asn283, His287, Gln71, Val282

Fig. 3. residuos de unión reportados para Fasciculin complejo 2-acetilcolinesterasa en humanos.

Tabla 2
Toxinas seleccionados para el conjunto de datos ligando con los organismos que se encuentran en, junto con sus respectivas funciones / mecanismos en el sistema nervioso central.

AP ID La toxina de veneno Organismo de origen Mecanismo / función

1MII conotoxina alfa Caracol cónico Particularmente, un bloqueador de receptor nicotínico en nervios y músculos ( Nicke et al., 2004 )
2EW4 conotoxina chi Caracol cónico Afecta el transportador adrenérgico neuronal ( Nilsson et al., 2005 )
1G1P conotoxina Delta Caracol cónico Inhibe la inactivación rápida de los canales de sodio dependientes de voltaje ( Leipold et al., 2005 )
3HH7 Haditoxin king Cobra Principalmente actúa sobre los receptores para los neurotransmisores que actúan en la regulación de la comunicación entre las células
nerviosas o entre los nervios y los músculos ( Roy et al., 2010 )
1AV3 kappa conotoxina Caracol cónico Antagonista de los canales de potasio cerrada. Interfiere con la repolarización ( Shon y col., 1998 )
2JU conotoxina Iota Caracol cónico Agonista en los canales de sodio cerrada ( Fiedler et al., 2008 )
1FSC Fasciculin 2 mamba verde oriental Bloqueador de pequeña conductancia Ca 2 TH gen K þ canales ( Harel et al., 1995 )
1WCT conotoxina Epsilon Caracol cónico Afecta a los canales de calcio presinápticos ( Rigby et al., 1999 )
1SCO OSK1 escorpión asiático bloqueador de pequeña conductancia Ca 2 TH gen K þ canales ( Jaravine et al., 1997 )
scrobiculosus Orthochirus
2LR9 conotoxina Rho Caracol cónico receptores alfa-adrenal Impactos que afectan a la presión arterial y del músculo liso ( Chen et al., 2004 )

1GiB conotoxina mu Caracol cónico Antagonista de los canales de sodio cerrada ( Li y Tomaselli, 2004 )
1DEM dendrotoxin 1 serpiente mamba Ellos actúan como bloqueadores de determinados subtipos de canales de potasio dependientes de voltaje presentes en las
1DTX dendrotoxina alfa neuronas, y por lo tanto mejoran la liberación de acetilcolina en las uniones neuromusculares ( Harvey y Robertson, 2004 )

2VLW dendrotoxin 7
1DTK dendrotoxin K

familia, una calidad que comparte con Fasciculin 2. conotoxinas son fuertes neurotoxinas de
caracoles cono que son ef fi ciente bloqueadores de los canales, pero también se han reportado para
bloquear ciertos receptores de acetilcolina. OSK1 es una neurotoxina que se desgajó de veneno de
escorpión que también es un bloqueador de los canales, pero se ha informado de sus propiedades
de bloqueo de canales interesantes. Estas toxinas particulares se han reportado en raras ocasiones in
silico estudios y han sido un tema de interés por sus cualidades y su uso en la enfermedad de
Alzheimer ' s.
2.3. estudios de acoplamiento
estudios de acoplamiento se llevan a cabo para una predicción de simulación de la estructura
3D de complejo formado entre dos macromoléculas de interés
y para poner de relieve su respectivo patrón de unión y también para proporcionar información para la
identificación de candidatos a fármacos y para el diseño de nuevos o más eficaces medicamentos ( Mondal
et al, 2014.; Godbole et al., 2014 ). gama Awide de fascinantes funciones biológicas que se producen
en las proteínas y el ADN y sus propiedades dinámicas complejas se puede entender mediante el
estudio de los movimientos internos que se producen en estos bio-macromoléculas ( Chou, 1988 ).
Estas propiedades dinámicas incluyen molécula ' s capacidad de cambiar entre su estado activo e
inactivo ( Wang, 2009; Wang et al., 2009 ), La comprensión de sus fijaciones de cooperación con
ligandos ( Chou, 1989 ), Transiciones estructurales debido a las regulaciones alostéricos ( Chou, 1987;
Wang, 2010 ), La facilidad de intercalación de las drogas en el ADN debido a los efectos de
movimiento colectivo en el ADN ( Mao, 1988 ) Y el movimiento interno que se produce durante el
ensamblaje de microtúbulos ( Zhang y Maggiora, 1994 ). Para un mejor
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comprensión de la interacción del receptor con su ligando, y su mecanismo de unión, las estructuras
también se pueden estudiar en su forma dinámica y no sólo su formwhich estática es algo que hacer
esfuerzos en el futuro con respecto a este estudio. Teniendo en cuenta el objetivo de este estudio, el
tipo de acoplamiento realizado era de acoplamiento rígido, como el receptor en estudio se estudió en
su forma estática en lugar de la forma dinámica. Con el fin de predecir el modo de unión de cada
ligando toxina con la acetilcolinesterasa, se realizaron los estudios de acoplamiento usando
AutoDock 4,2 ( Morris et al., 2009 ). El número de total de carreras de conexión se establece en 50, lo
que significa que el receptor -
complejo de ligando se formó en 50 conformaciones diferentes que permiten al ligando para unirse
libremente en cualquier lugar en el receptor para cada conformación. El tamaño de la rejilla era para
cubrir todo el receptor a fi nd un sitio de unión potencial para cada ligando, preferiblemente similar a la
de Fasciculin 2, lo que sugeriría un probable complejo unido con éxito cuando el ligando habría
ocupado el sitio sobre el receptor que es crítica para sus actividades catalíticas. Parámetros
detallados utilizados para el atraque y la rejilla se muestran en la Tabla 3 . Todos los demás
parámetros se dan valores por defecto. Los resultados de acoplamiento se visualizaron y se
analizaron usando Chimera y AutoDock 4.2. interacciones proteína-proteína eran más verificación fi ed
usando LIGPLOT þ ( Wallace et al., 1995 ) Whichmakes 2D esquemas sobre la base de enlaces de
3. Resultados y discusión
3.1. Encuadernación identi residuos fi catión
Después de dockings de cada ligando toxina con la acetilcolinesterasa, se analizó entonces
cada experimento de acoplamiento en AutoDock 4,2, para identificar los residuos de unión implicados
para cada ligando en la interacción con el receptor. Las conformaciones para cada acoplamiento se
jugaron calificadas por la energía dando así la carrera con la menor cantidad de energía en fi en
primer lugar. A continuación, cada complejo se analizó adicionalmente en LIGPLOT þ para la
identificación fi cación de los residuos implicados en la interacción entre cada ligando y el receptor.
información de residuos para cada complejo incluyendo las distancias H-bonos y los átomos se han
mostrado en Tabla 4 . Esta información dio penetración en la interacción de unión de cada toxina con
la acetilcolinesterasa y en última instancia fi nd el bolsillo de unión para cada toxina.
3.2. Los valores de energía

hidrógeno e interacciones hidrófobas. imágenes en 3D se generaron utilizando PyMOL (PyMOL 1.3)

para resaltar los residuos que participan en cada ligando ' s interacción con la acetilcolinesterasa.
Sobre la base de los respectivos valores de energía obtenidos de dockings, el receptor -
la unión del ligando fue con fi confirmado y volver fi Ned que después se utilizó para el análisis y la
discusión de los resultados.
Dado que los valores de energía de los complejos se asocian directamente a la estabilidad del
complejo formado, por lo tanto disminuir la energía libre, más fuerte será la unión af fi nidad entre el
receptor y el ligando. Estudios anteriores han sugerido un signi fi importancia no puede entre la
correlación del complejo ' S Energía libre y la zona de la interfaz de unión, por lo tanto, es de
importancia sustancial en este estudio para analizar cada ligando ' S Energía libre, mientras que en el
complejo con la acetilcolinesterasa y su relación con el área del ligando ' s interfaz de unión con la
acetilcolinesterasa y es un tema de interés para las futuras exploraciones en este estudio. Los
valores de energía sucesivos para el ligando - complejo receptor formado por cada toxina con la
acetilcolinesterasa se muestran en la Tabla 5 mientras Fig. 4 es una representación gráfica del
trazado entre los ligandos y sus energías de enlace. La energía libre más bajo se observó para

Tabla 3 Fasciculin 2, mientras que Haditoxin forma un complejo con la acetilcolinesterasa con el valor de
respectivos parámetros seleccionados para la realización de acoplamiento. energía libre de segundo más bajo. Dendrotoxina exhibió valores de energía similares, con
dendrotoxina alfa que tiene el más bajo de ellos. Para conotoxinas, se alcanzó el valor más bajo para
parámetros de la red parámetros de conexión
la energía libre Mu conotoxina mientras que OSK1 exhibió valor de energía libre en algún lugar entre

Espaciado 0.375 Å Las evaluaciones energéticas 2,5 10 6

las conotoxinas y dendrotoxina.
centro de la rejilla 80X Å iteraciones 27000
Å 80Y tasa de mutación 0.02
80Z Å tasa de cruce 0.80
valor elitismo 1
Tolerancia RMS 1,0 Å

Tabla 4
información de residuos de cada péptido de la toxina con la enzima acetilcolinesterasa incluyendo distancias de enlace y los átomos implicados en cada uno restos de unión.

ligandos Enlaces de hidrógeno enlaces hidrofóbicos

receptor de los Ligando residuos de distancia (a) Los átomos receptor de los residuos residuos de ligandos
residuos

Alfa conotoxina Ser293 Gly1 2.84 O - norte Tyr72, Gly342, His287, Leu76 His12, Cys2, Cys8, Leu15, Asn14

Tyr341 Ser4, Gly1 2,91, 2,60 O - OG, O - norte

conotoxina chi Trp286 Tyr7 2.89 OD2 - OH Glu292, His287, Leu9, Gly6, Cys4
Asp74 His11 2.61 jefe - NE2 Leu289, Leu76, Cys13
Ser293 Cys5 2.96 norte - O Gly342
Tyr341 Lys8 2.97 O - norte

Delta conotoxina His287 Gly23 2.88 O - norte His284, Tyr72, Gln279, Val282 Cys20, Cys21
Asn283 Ser11, Ser11 2,7, 2,06 O - ND2, N - DO1 Asp74, Thr75, Gly18, Leu19
Trp286 Gly23 3.01 O Tyr341, Leu76 Val26, Lys16
Ser293 Leu23, Leu23 2,57, 2,52 OG, O Pro13, Ile4
Asp31, Phe9
Haditoxin Ser293 Cys58, Cys24 2,08, 3,02 HG - O, HG - norte Trp286, Val282 Arg39, Glu38
Tyr341 Gln65 1.25 O - norte Leu289, Tyr72 Lys62, Tyr25
Gln71 Thr49 1.51 O - norte His287, Val73 Cys63, THR9
Glu292 Asp61 2.45 OH - OH Asp74, Leu76 Phe23, Pro46
Asn283 Gln7, Arg36 2,81, 3,19 DO1 - NE2, DO1 - NH2 Thr75 Ser8, Ile37
Ser27, Asn5
Kappa Thr75 His11 3.12 norte - OG1 Tyr341, Gly342 Asn5, Phe23
conotoxina
Asp74 Lys19 3.14 Nueva Zelanda - OD2 Glu292, Leu289 Cys26, Arg22
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Tabla 4 ( Continuará)

ligandos Enlaces de hidrógeno enlaces hidrofóbicos

receptor de los Ligando residuos de distancia (a) Los átomos receptor de los residuos residuos de ligandos
residuos

Ser293 Arg18 2.17 NN - O Tyr77, Val73 Asn24, Phe9

His287 Hyp4 1.93 DO1 - ND1 Tyr72 Asp13, Gln10
Trp286 Val27 2.42 OXT - norte Leu12, Ser17
Leu76 Cys20, Lys25 3.11, 2.85 O - N, N - O
Iota conotoxina Asp74 Cys19 2.86 O - norte His447, Leu76 Cys18, Asp17
Val282 Gly1 2.08 O - norte Thr75, Tyr124 Asn20, Lys6
Asn283 Hyp2 1.89 DO1 - norte Glu81, Asn283, Pro36, Ala16
Glu84 Tyr14,
cys22, 2.68, 3.19, norte - EN - SG, O - Val73, Asp74, Tyr77 pHE4
norte

Cys12 2.42 Val73, Tyr341, Thr75, Leu76, Trp286, Tyr72

Fasciculin Leu76 Lys25 2.29 O - norte Trp286, Tyr77 Lys32, Cys59

Thr75 Arg24 1.88 O - NH1 Tyr341 Val34, Leu48
Asn283 Asn47 2.57 O - norte Tyr72, His287 Ser26, Gly36
Val73 Pro43 3.20 norte - O Val282, Gln279 Thr15, Asn20
Asp74 Leu35 2.00 norte - DO1

Epsilon Ser125 Ala12 3.07 do - norte Tyr341, Trp86

conotoxina
Gly120 Ala11 2.63 OG - norte Leu289, Tyr124, Gly121 Gly126

OSK1 Val282 Lys7 3.11 O - norte Asp74, Trp286 Val6, Cys33

His287 Gln13 2.20 NE2 - NE2 Tyr72, Leu289 Asn5, Met23
Glu292 Thr36 3.04 O - norte Tyr341 Ile3, Pro37, Lys20
Ser293 Cys35 2.84 OG - norte Ala21, Gly26
Rho conotoxina Tyr72 His15, Asn14 2,94, 2,55 OH - NE2, OH - DO1 Trp286, His287 Arg13, Pro9
Asp74, Tyr341 Cys11, Phe18
Thr75 Cys5 3.23 OG1 - SG Gly342, Tyr77 Phe1, Ala10
Ser293 Lys17, 2.60 O - Nueva Zelanda

Leu76 Asn2 2.76 O - norte

Mu conotoxina Val73 arg1 1.79 O - norte Asp74, Trp286 Asp12, Lys19

Gln71 arg1 2.74 OE1 - NH1 His287, Glu292 Cys4, THR5
Ser293 Hyp7, Hyp6, Hyp6 1.45, 2.86, 3.22 O - N, N - O, OG - norte His284, Tyr341 Asp2, Cys20
Asn283 Met18
Thr75 3.02 OG1 - nordeste

Tyr72 Arg14 2,86, 2,74 O - NH2, OH - SG

Arg1, Cys3
Dendrotoxina 1 His287 Gln18 2.21 O - NE2 Leu289, Asn283 Ile20, Ala22
Asn87 Arg54 2.86 O - ND2 Thr75, Val73 PR021, Thr36
Leu76 Cys57 1.92 norte - SG His284, Gln71 Trp37, Lys19
Glu292 Gly42 3.15 OE1 - norte Tyr24, Lys60
Tyr77 Leu3, Cys7 1,83, 2,23 O - N, N - SG Glu42, Pro13
Trp286 Glu33 2.88 CD1 - O
Asp74 Cys57, Asn45 3,04, 2,62 O - N, OD2 - ND2
Tyr72 Phe47, Ans45 2,90, 3,19 OH - NO H - O
Tyr341 Asn 43 2.80 O - norte

dendrotoxin Leu76 Lys48 2.78 O - norte Val282, Tyr72 Arg52, Phe21

alfa
Tyr77 Arg46 1.69 norte - O His287, Gln71 Ala27, Trp25
Asp74 Asn 43, Arg46, 3,08, 3,28, 2,76 OD2 - N, OD2 - NH2, OD2 - Thr75, Glu292 Pro8, Leu7, Asn87
Trp37 NE1
Val73, Leu289 Tyr22, Lys26
Trp286 Asp36 2.81
NE1 - O
Dendrotoxin K Tyr341 Arg44 3.22 O - norte Val282, Tyr72 Arg52, Phe21
Asn283 Lys46 3.15 O - Nueva Zelanda His287, Gln71 Ala27, Trp25
Asp74 Asn 43 2.49 DO1 - ND2 Glu292, Val73 Pro8, Leu7
Ser293 Gly12, Gly12 1,82, 1,53 O - N, N - O Leu289 Lys26, Tyr22
Trp286 Leu31, Ile18, 3,23, 2,45, NE1 - O, O - NO - norte Cys55
Tyr35 2.50
Dendrotoxin 7 Leu76 Thr60 3.26 O - norte His287, Val153 Cys58, Pro12
Tyr77 Thr2, Thr2, Cys24 3.32, 3.35, 2.14 O - N, N - EN - SG Pro440, Leu289 Tyr36, PHE11
Ala204, Glu450 Val54, Ile31
Ser293 Gln29 2.90 OG - norte Glu292 Lys5
Tyr341 Asn64 2.71 OH - ND2
Asp74 Glu15 2.78 norte - OE1

Tyr72 Gly41, Phe25 2,40, 2,88 OH - O, OH - norte

Thr75 Gly41, Leu23 2,83, 2,72 norte - EN - O
Val73 Gln21 1.89 norte - OE1
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Como se observa claramente a partir de la gráfica de la Fig. 4 , La energía libre de por lo menos 3.3. Encuadernación identificación de bolsillo fi catión

los valores se encuentran en el rango negativo. Esto sugiere la formación de complejos relativamente
estables entre acetilcolinesterasa y todos los ligandos de toxina. Dado que la presencia de residuos
de unión reportados se encontraron resultados para todas las toxinas, sin embargo el af fi nidad de
cada toxina para estos residuos de unión variaba de manera diferente como se muestra claramente
en Tabla 4 que algunas toxinas mostraron más de los restos de unión en el enlace de hidrógeno y
relativamente menor número de residuos de unión en las interacciones hidrófobas. Una tendencia
opuesta a esto también se observó para unos ligandos de toxina como más de los residuos de unión
reportados estaban presentes en las interacciones hidrofóbicas que el enlace de hidrógeno. Es
imperativo conocer que los complejos de menos energías libres que implican toxinas tales como
Fasciculin, Haditoxin, dendrotoxina alfa y conotoxina Mu eran relativamente más estable que los
ligandos, en comparación con los complejos con energías libres ligeramente más altos que
implicaban toxinas tales como Iota conotoxina, Alpha conotoxina , Epsilon conotoxina, Chi
conotoxina, Delta conotoxina. Complejos que implican toxinas tales como las dendrotoxina 1, 7 y K,
conotoxinas kappa y Rho, y OSK1 mostraron una tendencia general de energías libres moderadas
que van desde 2,0 a 3,5 sugiriendo complejos moderadamente estables.
Tabla 5
Encuadernación valores de energía para cada toxina en el complejo con la
acetilcolinesterasa.
la identi fi cación del bolsillo de unión es crucial en la comprensión de la interacción de unión
entre el receptor y un ligando. identi éxito fi catión del receptor ' s bolsillo de unión hace que sea un
objetivo importante para el diseño de fármacos ( Chou, 2004 ). La información residuo tabulado en Tabla
4 entonces fue Veri fi ed en PyMOL que permitió la rotación 3D del complejo en varias
configuraciones. Un en receptor profundidad - análisis ligando del complejo se realiza dando ambas
cadenas diferentes colores. Esto permitió la identificación exitosa fi cación del bolsillo de unión de
cada toxina en el complejo con la acetilcolinesterasa. Las imágenes extraídas de cada sesión para
los complejos en PyMOL se combinaron en Fig. 5 . Este análisis mostró que los residuos implicados
en el bolsillo de unión son similares como los que han sido ya reportado ( tabla 1 ).
Después de recuperar el bolsillo ocupado por cada toxina en la unión al receptor individual,
todos los complejos se superponen a quimera para recuperar el patrón de unión de ligandos en el
sitio de unión del receptor y para
fi nd si todos ellos ocuparon el mismo bolsillo de unión, como se muestra en Fig. 6 . Para obtener una
comprensión más clara del modo de unión de cada ligando toxina a la acetilcolinesterasa, todos los
complejos se analizaron individualmente en Chimera y los residuos implicados en los enlaces de
hidrógeno se pusieron de relieve como se muestra en Fig. 7 .
3.4. Comparación de los residuos notificados de Fasciculin a nuestros resultados de acoplamiento

ligando valor energético

Haditoxin 7.21
conotoxina alfa 0.51
Para entender si los restos de unión obtenidos a través de los estudios de acoplamiento
conotoxina chi 0.86
realizadas con Fasciculin 2 eran, de hecho, similar a las que ya reportado para el complejo de
conotoxina Delta 0.98
Dendrotoxin1 3.23 Fasciculin 2 con acetilcolinesterasa; Se realizó un análisis comparativo de ambos los complejos. La
Dendrotoxin7 3.35 comparación de los restos de unión del complejo informado de Fasciculin 2 y la acetilcolinesterasa
dendrotoxina alfa 5.24
con el complejo atracado de Fasciculin 2 con la acetilcolinesterasa se muestra en la Tabla 6 . La
dendrotoxin K 3.44
comparación muestra que tanto los resultados son de alguna manera igual.
conotoxina Epsilon 0.56
conotoxina Iota 0.11
conotoxina kappa 2.02
conotoxina mu 4.62
OSK1 2.39
técnicas wSince de conexión se utilizan para predecir la orientación de unión de los fármacos
conotoxina Rho 2.61
candidatos de moléculas pequeñas a sus dianas de proteínas con el fin de, a su vez predecir el af fi nidad
Fasciculin 11.55
y la actividad de la pequeña

Fig. 4. representación gráfica de energías de enlace vs. los ligandos toxina.

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Fig. 5. interacciones de la acetilcolinesterasa con, (1) alfa conotoxina (2) Chi conotoxina (3) Delta conotoxina (4) dendrotoxina 1 (5) dendrotoxina alfa (6) dendrotoxina 7 (7) dendrotoxina K (8) Epsilon conotoxina (9) Fasciculin (10 ) Haditoxin (11)
Iota conotoxina (12) Kappa conotoxina (13) Mu conotoxina (14) OSK1 (15) Rho conotoxina. péptidos toxina se muestran en color rojo mientras que la cadena verde representa el bolsillo de unión de la enzima acetilcolinesterasa. La cinta de color
amarillo muestra la superficie receptor. (Para la interpretación de las referencias de color en este fi leyenda figura, se remite al lector a la versión web de este artículo).

molécula y para identificar moléculas que tienen más probabilidades de unirse a la proteína objetivo de el experimento de acoplamiento permite que las moléculas se unen en todas las orientaciones
interés, por lo tanto, hay posibilidades de que los resultados del experimento de acoplamiento “ puede posibles, como en el caso de nuestro experimento nos fijamos el acoplamiento se ejecuta a 50. Por
variar ” a partir de los resultados adquiridos usando estructuras cristalográficas reales en unos pocos lo tanto, había posiblemente 50 modos de unión diferentes en las que el receptor y el ligando se unen
residuos. Además de esto, entre sí. A partir de estos
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Fig. 6. interacciones de la acetilcolinesterasa, marrón pálido-alfa conotoxina, azul cian-Chi conotoxina, rosa-Delta conotoxina, luz verde-Dendrotoxin1, rojo anaranjado-dendrotoxin Alfa, gris-Dendrotoxin7, caliente rosa-dendrotoxin K, de color
amarillo oscuro-Epsilon conotoxina, azul-Fasciculin , púrpura-Haditoxin, azul oscuro-Iota conotoxina, verde oscuro-Kappa conotoxina, de color morado oscuro-Mu conotoxina, de color verde pálido-OSK1, magenta púrpura oscuro-Rho
conotoxina. Los residuos se resaltan en color amarillo.

Fig. 7. ( A) Todos los ligandos de toxina (azul) superpuestos en el bolsillo de unión de la acetilcolinesterasa (rojo). (B) La acetilcolinesterasa (rojo) en el complejo con (1) alfa conotoxina (2) Chi conotoxina (3) Delta conotoxina (4) dendrotoxina 1
(5) dendrotoxina Alfa (6) dendrotoxina 7 (7) dendrotoxina K (8) conotoxina Epsilon (9) Fasciculin (10) Haditoxin (11) Iota conotoxina (12) Kappa conotoxina (13) Mu conotoxina (14) OSK1 (15) Rho conotoxina, que se muestra en azul. Los
residuos implicados en la unión de hidrógeno están resaltados en amarillo. (Para la interpretación de las referencias de color en este fi leyenda figura, se remite al lector a la versión web de este artículo).
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Tabla 6
Comparación de los residuos de reportado complejo y atracado complejo Fasciculin Fasciculin unión con la
acetilcolinesterasa. residuos del sitio de unión similares están subrayados y en negrita.
Berman, HM, Westbrook, J., Feng, Z., Gilliland, G., Bhat, TN, Weissig, H.,
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Informó Fasciculin 2 - complejo de la Atracado Fasciculin 2 - complejo de la

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libres, ya que eran los más estables. Un análisis más detallado de estos complejos dio los resultados
Gu, RX, Gu, H., Xie, ZY, Wang, JF, Arias, recursos humanos, 2009. fármacos candidatos posibles para
como se menciona en Tabla 4 . Se observa que los residuos difieren, sin embargo, también hay que
Alzheimer ' enfermedad de s deduce del estudio de sus interacciones de unión con el receptor nicotínico de la
señalar que en el caso del receptor, todos los residuos que se encuentran en la estructura acetilcolina alfa7. Medicina. Chem. 5, 250 - 262 .

cristalográfica se han observado con éxito en el experimento de acoplamiento así. esto de fi definitivamente Harel, M., Kleywegt, GJ, Ravelli, RB, Silman, I., Sussman, JL, 1995. Crystal
estructura de un complejo de la acetilcolinesterasa-fasciculin: interacción de un período de tres fi ngered toxina de
sugiere que nuestro experimento de acoplamiento predice que Fasciculin y otras toxinas de hecho
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ocupan el mismo sitio de unión a partir de la estructura cristalográfica informado de la Harvey, AL, Robertson, B., 2004. dendrotoxina: estructura - relaciones de actividad
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los receptores de proteínas en el cuerpo humano que están involucrados en la fisiopatología de
varias enfermedades. Acetilcolinesterasa, una enzima implicada en la degradación de la acetilcolina,
ha sido objeto de interés para el tratamiento de alteraciones cognitivas asociadas con la enfermedad
de Alzheimer ' s mediante el uso de inhibidores de esta enzima. Una toxina de veneno de serpiente
Fasciculin 2 Se ha informado de actuar como un inhibidor reversible potente de la acetilcolinesterasa.
Hemos diseñado nuestro estudio sobre in silico análisis de la interacción de unión de determinadas
toxinas veneno similar a Fasciculin 2, con la acetilcolinesterasa. Se llevaron a cabo estudios de
acoplamiento para identificar los residuos de unión implicados en la interacción de estas toxinas de
veneno con la acetilcolinesterasa y el bolsillo de unión ocupado por cada toxina en la
acetilcolinesterasa. El modo de unión de cada toxina con la acetilcolinesterasa fue similar a la
reportada para Fasciculin 2. Por lo tanto, existe un potencial para el uso prospectivo de estas toxinas
para estudiar la inhibición de la acetilcolinesterasa o como inhibidores reversibles de la
acetilcolinesterasa para el uso en el tratamiento de síntomas cognitivos de Alzheimer ' s.
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