PERSPECTIVA

A dónde va microbioma de Investigación?

MatthewK. Waldor 1 *, Gene Tyson 2, Elhanan Borenstein 3,4,5, Howard Ochman 6,
AndrewMoeller 7, B. Brett Finlay 8, Heidi H. Kong 9, Jeffrey I. Gordon 10, Karen E. Nelson 11,
KarimDabbagh 12, Hamilton Smith 13

1 División de Enfermedades Infecciosas, Brigham andWomen ' s hospital, Departamento de Microbiología e Inmunología Harvard Medical
School y del HHMI, Boston, Massachusetts, Estados Unidos de América
2 Australian Centre for Management Center AdvancedWater, la Universidad de Queensland y ecogenomics, Brisbane, Australia, 3 Departamento de
Ciencias del Genoma de la Universidad de Washington, Seattle, Washington, Estados Unidos de América, 4 Departamento de Ciencias de la
Computación e Ingeniería de la Universidad de Washington, Seattle, Washington, Estados Unidos de América, 5 Instituto de Santa Fe, Santa Fe,
NewMexico, Estados Unidos de América, 6 Departamento de Biología Integrativa de la Universidad de Texas, Austin, Texas, Estados Unidos de
América, 7 Departamento de Ecología y Biología Evolutiva de la Universidad de Yale, New Haven, Connecticut, Estados Unidos de América, 8 Michael
Smith Laboratories, Universidad de British Columbia, Vancouver, Canadá, 9 Dermatología Branch, Centro para la Investigación del Cáncer, Instituto
Nacional del Cáncer de los Institutos Nacionales de Salud, Bethesda, Maryland, Estados Unidos de América, 10 Centro de Ciencias del Genoma y
Biología de Sistemas, Facultad de Medicina, St. Louis, Missouri, Estados Unidos de América de la Universidad de Washington,

11 J. Craig Venter Institute, Rockville, Maryland, Estados Unidos de América, 12 En segundo lugar Genome, Inc., South San Francisco, California,
Estados Unidos de América, 13 J. Craig Venter Institute, La Jolla, California, Estados Unidos de América

* mwaldor@research.bwh.harvard.edu

Abstracto

El desarrollo de las tecnologías de secuenciación de alto rendimiento ha transformado nuestra capacidad para investigar la

a11111 composición y dinámica de las comunidades microbianas que pueblan diversos hábitats. Durante la última década, estos avances

han producido una avalancha de datos de metagenómica. La etapa actual de “ van Leeuwenhoek “- como la catalogación, así como los

análisis funcionales, es probable que acelerar como ADN y la secuenciación de ARN, además de proteína y las capacidades de

perfiles metabólicos y herramientas computacionales, seguir mejorando. Sin embargo, es el momento de considerar: ¿qué ' sigue

para la investigación microbioma? Las piezas cortas incluyen aquí brevemente consideran los desafíos y oportunidades a la espera

de la investigación microbioma.

ACCESO ABIERTO

Citación: Waldor MK, Tyson G, Borenstein E, Ochman H, Moeller A,

Finlay BB, et al. (2015) ¿Dónde vamos ahora para microbioma

Investigación ?. PLoS Biol 13 (1): e1002050. doi: 10.1371 /

journal.pbio.1002050

Publicado: 20 de enero de, el año 2015 Esta perspectiva es parte de la “ ¿Y ahora? ” Serie.

Derechos de autor: Este es un artículo de acceso abierto, libre de todos los

Pronto, vamos a entrar en una era en la “ el número de genomas de población depositados en bases de datos públicas superarán con
derechos de autor, y puede ser reproducido libremente, distribuido, transmitido,

modificado, construido sobre, o de otra forma utilizado por cualquier persona

mucho las de los aislados y células individuales ”( Gene Tyson). Es evidente que, como todos los autores observaron en la siguiente,

para cualquier propósito legal. El trabajo está disponible bajo la Creative nuestro enfoque se moverá desde la descripción de la composición de las comunidades microbianas de esclarecer plenamente los
Commons A0 dedicación de dominio público. principios que rigen su montaje, la dinámica y funciones. ¿Cómo se descubrieron estos principios? Elhanan Borenstein propone que la

biología de sistemas - enfoque basado, en particular el desarrollo de modelos matemáticos y computacionales de las interacciones

Fondos: Los autores no recibieron financiación específica para este trabajo. entre los componentes específicos de la comunidad, será fundamental para la comprensión de la función y la dinámica del

microbioma. Los biólogos evolutivos Howard Ochman y Andrew Moeller quieren descifrar asambleas howmicrobial evolucionar pero

Conflicto de intereses: Los autores han declarado que no existen nos desafían a considerar también la

conflictos de intereses.

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 papel de las comunidades microbianas en evolución del organismo, y hacen que la predicción emocionante que los microbios serán

implicados en la evolución de la eusocialidad y la cooperación. Brett Finlay pone de relieve la necesidad de descifrar las bases

mecanicistas - en particular las señales químicas / de metabolitos - las interacciones entre los miembros de las comunidades

microbianas y sus anfitriones. Se hace hincapié en cómo este conocimiento permitirá la creación de nuevas herramientas para

manipular la microbiota, un desafío clave para la investigación futura. Heidi Kong también anima a descifrar los mecanismos que

subyacen a las asociaciones entre las superficies y los trastornos de la piel particulares y su respectivo microbiota. Jeffrey Gordon

considera varias oportunidades interesantes, así como los retos que la manipulación de la microbiota intestinal presenta para

mejorar la nutrición y la salud humana. Por último, Karen Nelson, KarimDabbagh y Hamilton Smith sugieren que el uso de genomas

sintéticos para crear nuevos microbios o incluso microbioma sintético ofrece una nueva manera de diseñar la microbiota. En general,

las investigaciones futuras microbioma con respecto a las moléculas y mecanismos que median las interacciones entre los miembros

de las comunidades microbianas y sus anfitriones debería conducir al descubrimiento de la emocionante nueva biología y la

terapéutica de transformación.

AGenome-Centric Vista del microbioma

Gene Tyson
Durante la última década, la metagenómica ha tenido un gran impacto en la forma en que estudiamos las microbioma de los hábitats

ambientales, clínicos y de ingeniería. A través de escopeta secuenciación del ADN extraído comunidades frommicrobial,

metagenómica no pasa por los prejuicios tradicionales de cultivo dependiente y mantiene la promesa de ideas basadas en el genoma

en el mundo microbiano mayormente desconocido. Hasta hace muy poco, no ha sido posible obtener cerca de genomas completos

de estos datos, ya que el rendimiento de secuenciación limitado combina con la complejidad de las comunidades microbianas bajo

consideración montaje impedido, la única excepción de las comunidades de baja complejidad donde reconstrucción genoma de

poblaciones dominantes ha sido posible . Por lo tanto, la forma principal de la extracción de información biológicamente significativo

de conjuntos de datos metagenomic en gran medida sin montar ha sido utilizar enfoques de genes centrada que exploran la

distribución y la abundancia de los genes y las familias de genes entre diferentes entornos. Sin embargo, tales análisis normalmente

sólo utilizan una pequeña fracción de todo el conjunto de datos.

Los recientes avances en la secuenciación de alto rendimiento y nuevas herramientas para el análisis de los datos de metagenómica

están impulsando la rápida evolución de este campo. Uno de los mayores cambios es la mayor efectividad de costos y el rendimiento de la

secuenciación, que ahora hace que sea factible ir más allá de metagenomes de instantáneas individuales a la serie biológicamente replicado

de metagenomes relacionados [ 1 , 2 ]. la cobertura diferencial - enfoques basados ​en el análisis de datos de metagenómica están dando como

resultado la recuperación masiva de decenas a cientos de genomas de población frommany diferentes entornos, incluidas las poblaciones

raras de las comunidades de alta complejidad. En concierto, de una sola copia enfoques de genes marcadores específicos de linaje se están

desarrollando que permiten la integridad y la contaminación de los genomas de población extraídos que deben evaluarse rápidamente.

Cuando se combina con nuevos enfoques para refinar o cerca genomas de población, las inferencias biológicos se pueden hacer con mayor

confianza.

genómica de células individuales también una gran promesa para la obtención de genomas de la mayoría microbiana sin cultivar [ 3 ],

Aunque la naturaleza técnicamente exigente del enfoque y la necesidad de equipo especializado puede restringir el acceso a esta

tecnología. Por el contrario, la tecnología y las herramientas necesarias para obtener genomas de población conjuntos de datos

frommetagenomic está al alcance de la mayoría de los laboratorios y llegar a ser ampliamente adoptado. Es razonable prever, entonces,

que el número de genomas de población depositados en bases de datos públicas superarán con mucho los de los aislamientos y las

células individuales en un futuro próximo. Más importante aún, estos desarrollos recientes

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 en metagenómica están llevando a una genome- en lugar de vista genocéntrica de las comunidades microbianas que permite a

desarrollar modelos de red metabólica basada en organismo. Por primera vez, somos capaces de examinar el papel de las

poblaciones microbianas individuales en el contexto del resto de la comunidad en el genoma, transcriptoma y proteoma nivel. La

capacidad de sacar la mayor parte de los genomas en un hábitat determinado (con la excepción quizás del suelo), en

combinación con los metadatos ambiental pertinente, significa que ahora tenemos la información clave necesaria para entender y

predecir la funcionalidad del ecosistema.

Biología de sistemas y análisis integrador de la microbioma humano

Elhanan Borenstein
La última década ha sido claramente una edad de oro para la investigación microbioma. Extensos esfuerzos para caracterizar el

microbioma humano, junto con los avances en las tecnologías de secuenciación emocionantes y en las técnicas computacionales, han

aumentado enormemente nuestro conocimiento sobre la diversidad de la microbiota y sobre su composición en la salud y en la

enfermedad. Podría decirse, sin embargo, gran parte de estos esfuerzos recientes para mapear el microbioma y para identificar los

cambios asociados con la enfermedad son conceptualmente no es diferente de los descritos por Antony van Leeuwenhoek, el padre de la

microbiología, hace más de tres siglos. De hecho, van Leeuwenhoek ' s meticulosa representación de la “ animales ” Observó que crece en

la costra de sus dientes y su riguroso (aunque en los estándares del siglo 17) intenta comparar estos animales a los que se encontró en

los dientes de las mujeres, niños y personas de edad avanzada, difieren en gran medida en la escala de nuestra moderna microbioma,

sequencingbased encuestas de manera similar, pero se centran en la catalogación de los componentes del microbioma y en el análisis

comparativo. Estos estudios detallados son absolutamente esenciales cuando se estudia un sistema complejo como el microbioma

humano, sin embargo, este enfoque reduccionista rara vez resulta en una comprensión de principios del sistema en estudio. Por el

contrario, para revelar verdaderamente los principios subyacentes que gobiernan el microbioma humano ' s montaje, la función y la

dinámica requiere en última instancia, va más allá de la caracterización de la composición de la microbiota y pide que el desarrollo del

pensamiento y el análisis a nivel de sistemas.

Por consiguiente, la aplicación de un enfoque de biología de sistemas a los datos metagenomic microbioma derivado es
un paso natural y crítica para la investigación microbioma. El desarrollo de tal
Sistemas Metagenomic Biología marco ya está en marcha, y los estudios que se aplican un análisis basado en sistemas para

caracterizar el conjunto, la organización, y la actividad del microbioma Recientemente se han introducido [ 4 , 5 ]. Siguiendo el

paradigma tradicional de la biología de sistemas, tales estudios hacen hincapié en el desarrollo de modelos matemáticos y

computacionales del microbioma con un enfoque en los análisis basados ​en la red de las interacciones entre el microbioma ' componentes

S (ya sean genes o especies) [ 6 ]. Los modelos mecanicistas y fenomenológicos que podrían proporcionar una comprensión

predictiva del microbioma ' s función y dinámica es una ruta especialmente prometedores, allanando el camino para el diseño

microbioma racional y basada en microbioma personalizado intervención [ 7 ]. Sin embargo, los sistemas de la biología

metagenómica se encuentra todavía en su infancia, y todavía mucho trabajo se requiere para superar los muchos desafíos

implicados en el modelado de un sistema tan multifacética como el microbioma humano y la contabilidad de la compleja interacción

entre el microbioma y su huésped humano.

Es importante destacar que los sistemas de pensamiento, análisis y modelado no se limitan al estudio de las interacciones entre los

diversos componentes en el microbioma sino que también deben aplicarse al estudio de los vínculos entre las diferentes facetas y medidas

del microbioma. Es evidente que gran parte del esfuerzo en los próximos años es probable que se centran en la generación de múltiples tipos

de ' ómicas de datos para caracterizar el microbioma, incluyendo, en particular, metatranscriptomics, metaproteomics y metametabolomics [ 8 ].

La integración de estos conjuntos de datos de los meta-micos y, en concreto, que va más allá de la

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 identificación de asociaciones estadísticas y proponer un marco a nivel de sistemas que une dichos datos a través de un
modelo mecánico integral del microbioma es probablemente el mayor desafío que enfrenta la investigación microbioma en los
próximos años.
En última instancia, sin embargo, al igual que la investigación de biología de sistemas tiene la genómica revolucionado, estos esfuerzos

para desarrollar un marco de la biología de sistemas multi-meta-OMIC integrador y para construir modelos predictivos sistemas de nivel del

microbioma están obligados a revolucionar la investigación microbioma humano y nuestra comprensión de este ecosistema magníficamente

compleja.

Evolución microbioma

Howard Ochman y AndrewMoeller

Las primeras descripciones de alto rendimiento de las comunidades microbianas proporcionan instantáneas de la diversidad

bacteriana que ocurren en un solo lugar en una sola vez (y típicamente reconocido con un único gen), pero produjo poca información

directa acerca de lo que estas bacterias estaban haciendo, o incluso si fueran viva. Hemos llegado a un punto donde podemos hacer

encuestas casi exhaustiva de las bacterias que habitan en las comunidades naturales; pero hasta ahora, poco se sabe acerca de su

persistencia, sus patrones de diversificación o de sus episodios de la evolución adaptativa - básicamente, por qué esas bacterias

particulares que están allí están ahí. Dentro de las comunidades, en particular ascenso y la caída taxones en abundancia, y las causas

y consecuencias de estas fluctuaciones están lejos de ser clara. Pronto, veremos a largo plazo, analiza en profundidad que emplean

genómica de una sola célula, en lugar de simplemente tasar los lumbering secuencias de ADNr 16S, para realizar un seguimiento de la

evolución y el destino de los linajes bacterianos individuales dentro del complejo entorno de sus anfitriones. Estos estudios revelan

cómo las diferentes fuerzas evolutivas - mutación, la selección, la migración, y la deriva - dar forma a los contenidos, y en última

instancia, las capacidades metabólicas, de las comunidades microbianas. El conocimiento de estos procesos nos permitirá determinar

si la presencia y persistencia de una estirpe bacteriana en un microbioma están habilitadas por el anfitrión o por los otros miembros de

la comunidad microbiana. Además, quedará claro que los linajes son funcionalmente relevante para la comunidad y / o el huésped y

que son simplemente microbios carro.

Al considerar microbioma y la evolución, en realidad hay dos tipos de preguntas para reflexionar. A pesar de que tenemos que

entender cómo las fuerzas de la evolución operan en ensambles microbianos, los misterios mayores se refieren a aquellos

acontecimientos sorprendentes a través del cual las comunidades y asociaciones microbianas se balancearon el curso de la evolución

del organismo. Los microbios han impulsado algunos de los cambios más profundos en la evolución de la vida, y su gran número y

amplia distribución implicar la ocurrencia de varios eventos improbables. Aunque la evolución trabaja en formas que son difíciles de

predecir, anticipamos que los microbios pronto estarán implicados en la evolución de la eusocialidad y cooperación - aclamado como

uno de los principales transiciones en la evolución -

se hayan derivado de demandas para transferir esos microbios muy necesarias entre los miembros de una sociedad.

Los humanos y los microbios

B. Brett Finlay
En los últimos años se ha producido una notable racha de resultados que correlacionan la microbiota y su impacto en muchos aspectos

diversos de la biología humana. Sin embargo, hay relativamente pocos ejemplos que definen los mecanismos por los cuales se producen

estas interacciones, y menos aún que luego explotar este conocimiento. Ni siquiera sabemos todavía lo que define una microbiota sana [ 9 ].

La mayoría de los estudios sobre la microbiota y la enfermedad se han basado en perfiles o metagenómica comunidad, pero éstos no han

sido particularmente útil en la definición de los mecanismos implicados. Dos áreas relacionadas de la investigación en el futuro

directamente van a abordar estas deficiencias.

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 La primera zona, ya en marcha, es la aplicación de la metabolómica a los estudios de la microbiota. Un maravilloso ejemplo de

esto es la demostración de que el ácido graso de cadena corta (SCFA) butirato, producida por ciertas especies clostridiales, interactúa

con G receptores acoplados a proteínas (GPR41 y GPR43) para modular las células T reguladoras (Treg) de producción [ 10 ]. Es

fácilmente evidente cómo un enfoque de este tipo puede entonces ser explotado para mejorar la salud o alterar enfermedad. Sin

embargo, sabemos prácticamente nada acerca de los metabolitos más microbiota que se producen in vivo, a pesar de que éstas son

las moléculas clave que los microbios utilizan para conversar entre sí y el anfitrión. La capacidad de crecer microbios particulares e

incluso comunidades microbianas en cultivo permitirá la identificación de tales moléculas. Este conocimiento, combinado con

experimentos biológicos en modelos animales mejoradas (tales como microbiota humanos trasplantados en ratones que expresan un

sistema inmunológico humano) proporcionará herramientas novedosas para estudiar interrupción de la comunicación microbiano entre

los microbios y entre los microbios y el anfitrión.

La otra área importante de la investigación que se necesita con urgencia es la capacidad de modular los microbios particulares dentro de

una comunidad microbiota. La mayoría de los estudios encuentran asociación con determinadas especies microbianas, pero esto no prueba

su participación. Actualmente herramientas para modular microbios particulares no están disponibles, aunque se han propuesto la

vacunación y la terapia de fagos. Se necesitan nuevos métodos para etiquetar especie en particular y / o identificar moléculas que pueden

tener un impacto sobre las especies específicas. La industria farmacéutica antibiótico tiene grandes colecciones de moléculas que fueron

diseñados originalmente para matar microbios, y la reutilización de algunas de estas moléculas, en combinación con otros enfoques

creativos, pueden proporcionar este tipo de nuevas herramientas. Como complemento de esto será nuevas maneras de cambiar las

poblaciones de la microbiota. conocimiento metabolómica, así como la capacidad de hacer crecer las poblaciones microbianas definidas en

la cultura, sin duda proporcionar pistas sobre las posibles formas de hacer esto. En los últimos años se ha producido una notable

demostración del papel de la microbiota en los seres humanos, pero lo que se necesita ahora es una buena comprensión de las moléculas y

mecanismos que impulsan este papel y luego sacar provecho de este conocimiento para mejorar la salud y reducir la enfermedad.

Variada Biogeografía de las comunidades microbianas de la piel en Salud y Enfermedad

Heidi H. Kong
Las comunidades microbianas de la piel humana incluye la firma taxones que son distinguibles de otros sitios epiteliales (mucosa oral,

mucosa vaginal, intestino), destacando algunas de las características únicas de la microbioma piel [ 11 ]. Estudios recientes de varios sitios

de la piel en individuos sanos han demostrado la diversidad espacial de las comunidades microbianas de la piel: topográficamente diversos

microambientes de sitios aceitosos en la cabeza y el tronco; pliegues y arrugas húmedo; y superficies planas anchas secos pueden albergar

comunidades bacterianas distintas. Por el contrario, las comunidades de hongos de la piel se definen principalmente por el predominio del

género Malassezia sobre la mayor parte de la superficie de la piel en la muestra, a excepción de los pies, que albergan una composición

fúngica más diversa [ 12 ]. La metagenómica permite la investigación sobre el potencial funcional de las comunidades microbianas de la piel y

demuestra cómo las especies cepas pueden variar biogeográficamente e individualmente, probablemente como resultado de las diferencias

funcionales que contribuyen a la salud y la enfermedad [ 13 ].

Las características distintivas de microbiota de la piel también se reflejan en la compartimentación de respuestas inmunitarias del

huésped a las bacterias locales, por ejemplo, asociación tópica de commensal Staphylococcus epidermidis puede provocar respuestas de

IL-17A en la piel, pero no en el intestino [ 14 ]. Muchos factores del huésped, incluyendo la fisiología, la edad, el metabolismo, el medio

ambiente, las exposiciones, y la inmunidad, pueden tener efectos significativos sobre las comunidades microbianas de la piel residentes. La

investigación adicional que incorpora muchas áreas de la ciencia, por ejemplo, otra ' omics enfoques, microbiología, biología molecular e

inmunología, será esencial para descubrir las complejidades de las comunidades microbianas de la piel y de acogida -

interacciones microbianas.

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 Un aspecto interesante de muchas enfermedades de la piel es la tendencia a que estos trastornos afectan a característicamente sitios

de la piel en particular. Por ejemplo, dermatitis atópica - comúnmente conocida como eczema - erupciones de la piel selectiva de sitio

exposiciones, a menudo afectan a ciertas regiones de los pacientes ' brazos y piernas. En estudios microbioma piel de pacientes con

dermatitis atópica, la asociación de Staphylococcus aureus y S. epidermidis en los sitios de brotes de la enfermedad plantea preguntas

adicionales sobre el papel de estas bacterias en esta condición inflamatoria de la piel.

El entusiasmo generado por estudios microbioma ha alimentado un gran interés en la aplicación de los conocimientos resultantes de los

estudios microbioma piel. Sin embargo, los estudios microbioma de la piel hasta la fecha muchos de ellos basados ​genómica-son

asociativos, y determinar los mecanismos subyacentes responsables de estas importantes observaciones sobre las comunidades

microbianas de la piel en última instancia, será crucial. esfuerzos prematuros para manipular anfitrión - homeostasis microbiana podría crear

resultados adversos imprevistos, a la luz de la patogenicidad potencial de muchos microbios comensales y la capacidad de interespecies

interacciones para potenciar enfermedad. Otras investigaciones se centran en la piel específica de sitio - interacciones microbianas

conducirán a una mejor comprensión de los trastornos de la salud y de la piel y, posteriormente, identificar posibles intervenciones basadas

en el microbioma a mejorar la enfermedad.

El nexo de Alimentación, Agricultura, Nutrición Humana y el microbioma intestinal

Jeffrey I. Gordon
Estamos en presencia de alteraciones dramáticas en la forma y lo que comemos. Los ejemplos incluyen el movimiento de los mercados

tradicionales hacia la marca minorista, alimentos procesados ​de vida más prolongada, más

“ listo para comer ” artículos, el dominio en evolución de los refrigerios, y el descenso de la familia a cenar con el consiguiente aumento en la

alimentación individual. Al mismo tiempo, estamos experimentando una rápida expansión de la población humana y grandes desafíos

relacionados con la agricultura sostenible. La coalescencia de estas fuerzas está creando una necesidad de innovación sostenida en la

identificación de nuevas fuentes de alimentos asequibles y nuevos alimentos de alto valor nutritivo.

Los estudios sobre el microbioma intestinal humana están empezando a tener un efecto perjudicial sobre la visión actual de la nutrición

humana, y podrían catalizar los esfuerzos para integrar las políticas agrícolas y la práctica, la producción y distribución de alimentos, y las

recomendaciones nutricionales para los consumidores que representan diferentes edades, estilos de vida, geografías, y estados de salud.

plataformas de investigación se están implementando para determinar los efectos de los alimentos existentes, o los que nos imaginamos

crear en el futuro, en la microbiota intestinal y sus huéspedes humanos [ 15 ]. Un conocimiento más profundo de la interrelación entre los

alimentos que consumimos y las propiedades de las comunidades microbianas del intestino debería informar mejor a la forma en que

definimos nuestras necesidades y el estado nutricional, poniendo así de relieve de nuevas maneras cómo los alimentos están directamente

vinculados a la salud humana. Este conocimiento proporcionará un impulso para caracterizar mejor los patrones de consumo de alimentos

en los países emergentes que representan diferentes tradiciones culturales, etapas de desarrollo económico y los recursos de la tierra /

agua. Se va a crear una oportunidad para diferenciar los alimentos en función de sus efectos en diferentes poblaciones de consumidores

con fisiológica distinta, metabólicos y fenotipos inmunológicos, y diferentes configuraciones de la comunidad microbiana intestinal. Los

resultados podrían ser precursoras de una nueva época de la nutrición de precisión, donde la determinación personal del estado de salud

(por ejemplo, a través de dispositivos de telefonía ligado inteligentes o nuevos diagnósticos de un solo uso) unidades de mayor

concentración en los alimentos como medio para la prevención de enfermedades, así como el tratamiento.

Agrícola, las empresas de alimentos y farmacéuticos deben participar para aplicar con eficacia y responsabilidad este nuevo

conocimiento. Las agencias gubernamentales deben proporcionar marcos conceptuales aplicables a los regímenes de regulación

eficientes y sensibles, y las maneras de interpretar la propiedad intelectual que incluya incentivos adecuados para la inversión privada al

mismo tiempo proteger el bien público.

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 La capacidad de mejorar el estado nutricional mediante la producción y la administración de consorcios de, miembros cultivadas de

origen natural de la microbiota intestinal de donantes humanos, que pueden o no estar relacionados con los receptores potenciales de

tratamiento por la biología o entornos de vida compartidos, se centrará la atención en una serie de cuestiones; que incluyen la propiedad de

microbios (y conceptos de uno mismo) y el tipo de paquetes de datos preclínicos y diseños de ensayos requeridos para la aprobación de los

estudios en humanos. La posibilidad de “ inoculador ” lactantes y niños desnutridos con consorcios de microbios intestinales cultivadas para

efectuar la reparación duradera de su defectuosa intestinal microbiana maduración Comunidad y restaurar el crecimiento saludable [ dieciséis ,

17 ] Pone de relieve la necesidad de abordar las cuestiones de cuidado a corto, así como la seguridad a largo plazo y la eficacia y posibles

respuestas de la sociedad a las intervenciones que producen cambios duraderos en la biología humana.

Detrás de estos esfuerzos es la necesidad de desarrollar una extensión educativa con una narrativa y un vocabulario comprensible

para una población amplia y variada representación de los consumidores diferentes tradiciones culturales y ampliamente que van grados

de alfabetización científica para que puedan tomar decisiones informadas. Es fundamental que estos retos científicos, sociales, culturales,

éticos, normativos y educativos se abordan ahora, especialmente en el caso de los países de bajos ingresos, donde la carga de la

enfermedad es grande y donde la aplicación de los descubrimientos relacionados con el microbioma intestinal humana son propensos a

tener alto impacto.

Biología sintética y el microbioma humano

Karen E. Nelson, KarimDabbagh, Hamilton Smith

El campo de la investigación microbioma humano se ha disparado desde la primera publicación de un estudio metagenómica

humana en el año 2006 [ 18 ]. Las estimaciones actuales son que los microbios asociados con el cuerpo humano incluyen miles de

cepas y especies, y contribuyen significativamente más genes de nuestro genoma (host). Con el advenimiento de la secuenciación

de próxima generación (NGS) y el desarrollo de nuevos enfoques de la bioinformática, hemos ganado una comprensión más

profunda del microbioma y su impacto en la salud y la enfermedad en los trastornos de la piel (psoriasis, acné), el intestino (Crohn ' s,

cáncer de colon, colitis), el tracto vaginal, y la cavidad oral (caries). Es probable que la investigación sobre el microbioma humano

seguirá demostrando otras correlaciones tales como una relación con el aumento de la prevalencia de enfermedades autoinmunes,

incluyendo diabetes tipo 1.

Mientras que ha habido varias vías prometedoras para el desarrollo de la microbioma como un diagnóstico (enfoques basados

​en PCR, por ejemplo, para la detección de patógenos), los enfoques iniciales para el desarrollo como agente terapéutico son

relativamente limitados. Los probióticos que contienen Lactobacillus, Bifidobacterium, y Saccharomyces están disponibles en forma

de píldora para el tratamiento de viajero ' s diarrea y diarrea inducida por antibióticos. Enfoques para otras enfermedades intestinales

son mucho más cruda. El ejemplo más popular - Terapia de Reemplazo fecal - se basa en la sustitución de la microbiota

gastrointestinal en individuos enfermos con el material fecal de una “ saludable ” individual. Estudios recientes han sugerido que esta

población fecal puede ser reducido a un pequeño número de especies, y se podría esperar que, finalmente, los productos

microbianos que son responsables de aliviar la condición se convertirá en un producto terapéutico. Las terapias de reemplazo

microbianas probablemente se convierta en una práctica habitual tal como la entendemos aún más las posibilidades, limitaciones e

implicaciones de la microbioma.

El desarrollo paralelo y la expansión del campo de la genómica sintética crea nuevas oportunidades para microbiomas humanos

sintéticos o sus productos sintéticos, que pueden ser utilizados para la modulación de la salud humana. La biología sintética ya ha

demostrado su eficacia en aplicaciones a la terapéutica de la malaria y para la producción de vacuna contra la influenza. La biología

sintética se acerca a crear una gran oportunidad para desarrollar especies modificadas que se pueden introducir en el cuerpo

humano y controlados (mediante el uso de una marca de agua u otro biomarcador). cepas probióticas o de ingeniería se pueden

mejorar la eficiencia - vías que alteran que pueden resultar en una mayor

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 producción de compuestos secundarios tales como vitaminas o la entrega de cargas útiles bioactivos. Uno puede imaginar levadura,

pequeñas eucariotas, o bacterias productoras de compuestos bioactivos a sitios de la enfermedad, tales como el intestino o la piel, actuando

como un sistema de entrega. También se podrían utilizar para producir medicamentos-productos naturales sintéticos [ 19 ]. fagos sintéticos

ofrecen la promesa de la modulación de las poblaciones de bacterias que tienen efectos negativos sobre la salud humana [ 20 ].

Si bien desde un punto de vista comercial, ingeniería de microorganismos vivos crea nueva propiedad intelectual y productos

diferenciados de los medicamentos existentes y los enfoques terapéuticos, sería de esperar que habrá desafíos significativos con la

fusión de los campos de la biología sintética y la investigación microbioma humano desde el punto de vista regulatorio, especialmente

con respecto a la introducción de especies alteradas en el microbioma humano sano y el medio ambiente natural en general. Es un

tema oportuno, garantizando un mayor debate y la sensibilización del público a medida que exploramos el uso de nuestra flora

microbiana natural para beneficiar aún más nuestra salud.

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