UNIVERSIDAD DE LAS FUERZAS ARMADAS – ESPE

CÓDIGO: SGC.DI.505
VERSIÓN: 1.0
DEPARTAMENTO DE CIENCIAS DE LA VIDA Y LA AGRICULTURA FECHA ULTIMA
REVISIÓN: 26/10/16

CARRERA:

GUÍA PARA LAS PRÁCTICAS DE LABORATORIO, TALLER O CAMPO

PERIODO Octubre 2016-
ASIGNATURA: Bioinformática NIVEL: 6to
LECTIVO: Febrero 2017
DOCENTE: Cristian Peña NRC: 3271 PRÁCTICA N°: 4
LABORATORIO DONDE SE DESARROLLARÁ LA
G 206
PRÁCTICA:
TEMA DE LA MLST Tipificación multilocus de secuencias
PRÁCTICA:
INTRODUCCIÓN:

Las dificultades que representa el uso de características fenotípicas para la identificación de especies hace necesario el uso de
herramientas moleculares para este fin. Gracias a los avances tecnológicos dentro del campo de la secuenciación la técnica de
genotipaje MLST se ha convertido en uno de los métodos de elección para la identificación de cepas bacterianas patógenas. El
MLST consiste en identificar organismos utilizando varios fragmentos de genes conservados (house-keeping) cuyo perfil alélico
puede ser relacionado de forma inequívoca con una cepa bacteriana. Existen al momento bases de datos específicas de MLST
desarrollados en múltiples bacterias de interés. En esta práctica trabajaremos con MLSTs de la bacteria Salmonella enterica para
desarrollar un genotipaje basado en búsquedas BLAST para identificar la fuente bacteriana en un caso hipotético de
envenenamiento por comida.

OBJETIVOS:

 Usar BLAST para realizar un genotipaje simple (MLST) en un draft genome de un aislado bacteriano de S. enterica para
identificar la fuente bacteriana en un caso hipotético de envenenamiento por comida.

MATERIALES:

REACTIVOS: N/A INSUMOS: N/A

EQUIPOS: Computador

MUESTRA:
Genoma bacteriano (S. enterica) secuenciado y ensamblado de un paciente con gastroenteritis severa.
Perfiles MLST de bacterias aisladas de dos posibles fuentes candidatas de contaminación (S. enterica en huevos y salami).

INSTRUCCIONES:

 Ingrese a la base de datos de MLST http://www.mlst.net/databases/default.asp, y base de datos específica para MLST de
Salmonella enterica http://mlst.warwick.ac.uk/mlst/dbs/Senterica/
 Ingrese al programa BLAST (NCBI) https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

ACTIVIDADES POR DESARROLLAR:

1. Encontrar en la base de datos de NCBI el gen ARNr 16S para la especie estudiada y realizar una búsqueda con BLAST
en el genoma bacteriano del paciente.
2. Realizar un genotipaje MLST con la muestra del paciente y compararla con el MLST de las muestras de comida.
 UNIVERSIDAD DE LAS FUERZAS ARMADAS – ESPE
CÓDIGO: SGC.DI.505
VERSIÓN: 1.0
DEPARTAMENTO DE CIENCIAS DE LA VIDA Y LA AGRICULTURA FECHA ULTIMA
REVISIÓN: 26/10/16

CARRERA:

3. Identificar la fuente que contiene la cepa bacteriana causante de la infección basado en el perfil de MLST encontrado.

Consejo: seleccionar una de las secuencias para cada gen del MLST de S. enterica (base de datos) y realizar un BLAST
con respecto al genoma de la muestra del paciente.

Nota: El gen aroC tiene 770 alelos – ¿Con qué alelos intentaríamos primero el genotipaje?

RESULTADOS OBTENIDOS:
El estudiante debe ser capaz de responder las siguientes preguntas:

 ¿En qué contig se encuentra el gen de ARNr 16s?

 ¿Cuál es el tamaño del contig?
 ¿Cuántas bases contiene usualmente un gen de ARNr 16s en una bacteria? ¿Es el contig más largo o más corto que un
típico gen de ARNr 16s?
 ¿Cuál es la fuente que contiene la cepa bacteriana causante de la infección?
 ¿Cuál es su ST?
 Estimar la proporción con respecto al genoma completo de S. enterica usado en la identificación por MLST y comentar
posibles problemas con el uso de genotipaje por MLST.

CONCLUSIONES:

 Las búsquedas de BLAST pueden realizarse utilizando bases de datos locales.

 No todos los perfiles MLST sirven para diferenciar organismos a nivel de especies y cepas.
 Cada perfil MLST es susceptible de actualización y es específico para cada microrganismo.
 La base de datos de MLST es de gran utilidad, pero contiene una cantidad limitada de datos.

RECOMENDACIONES:

 Antes de hacer una identificación molecular por MLST, realizar una revisión bibliográfica para determinar si existen bases
de datos específicas para la especie en estudio.
 En caso de encontrar MLST idénticos recurrir a otras herramientas de identificación u otros perfiles (ej. cgMLST).
 Hacer búsquedas de BLAST más específicas usando base de datos locales (genomas individuales).

FIRMAS

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COORDINADOR DE ÁREA DE COORDINADOR DE LABORATORIOS
DOCENTE CONOCIMIENTO