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Les Archaea - le troisième domaine du vivant

Les Archaea - le troisième domaine du vivant cours de Guennadi SEZONOV BMC429 guennadi.sezonov@pasteur.fr - 2009

cours de Guennadi SEZONOV

BMC429
BMC429

- 2009 -

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3
3
3

3

La lecture conseillée

BMC429

La lecture conseillée B M C 4 2 9 « Microbes de l’enfer » Belin ;

« Microbes de l’enfer » Belin; Patrick Forterre

BMC429 et 421

de l’enfer » Belin ; Patrick Forterre BMC429 et 421 « Biologie et génétique d’ E.

« Biologie et génétique d’E. coli » belin, Richard d’Ari et Guennadi Sezonov

44

Elles s’appellent…

archéobactéries (jusqu'a 1990)

archaeon archaea

archée archées

Les notions à retenir à la fin du cours

(minimum syndical)

-les Archées sont des procaryotes unicellulaires

-les Archées ne sont pas des bactéries

-les trois principales phyla d’Archées sont :

- Crenarchaea (Crenarcheota)

- Euryarchaea (Euryarcheota)

- Thaumarchaea (Thaumarcheota)

-les Archées ne sont pas que des bêtes exotiques vivant dans des conditions extrêmes dans des endroits inaccessibles et uniques (sources chaudes, fond d’océan)

- elles sont partout et représentent jusqu’à 20% des procaryotes en biomasse

6

Le plan du cours

Partie I. La découverte des Archaea

Partie II. A la recherche du monde perdu…. des archées

Partie III. Organisation de la cellule chez les Archaea

Partie IV. Les archées mésophiles cultivables et non-cultivables

Partie V. Virus des Archaea hyperthermophiles

Partie Vl. Epiloque et les archées sur Mars

Partie I

La découverte des Archaea

Partie I La découverte des Archaea 100-120 ° C 300 ° C 8

100-120°C

300°C

La vision traditionnelle du vivant (avant 1977)

eucaryotes

procaryotes

traditionnelle du vivant (avant 1977) eucaryotes procaryotes = = bactéries supérieurs eucaryotes eucaryotes «
=
=
= bactéries
= bactéries

supérieurs

eucaryotes

eucaryotes « inférieurs »

(avant 1977) eucaryotes procaryotes = = bactéries supérieurs eucaryotes eucaryotes « inférieurs » pro caryotes 9

procaryotes

9

Robert Whittaker: 5 domaines les critères morphologiques

Robert Whittaker: 5 domaines – les critères morphologiques 10

Reconstitution de l’évolutionles critères morphologiques

Reconstitution de l’évolution – les critères morphologiques 11

Reconstitution de l’évolutionles critères morphologiques

Reconstitution de l’évolution – les critères morphologiques 12

Question de taille

Question de taille

La taxonomie classique des microorganismes est difficile et inexacte…

classique des microorganismes est difficile et inexacte… Escherichia coli Staphylococcus Streptomyces Bacillus … et
classique des microorganismes est difficile et inexacte… Escherichia coli Staphylococcus Streptomyces Bacillus … et

Escherichia coli

est difficile et inexacte… Escherichia coli Staphylococcus Streptomyces Bacillus … et ne reflète pas
est difficile et inexacte… Escherichia coli Staphylococcus Streptomyces Bacillus … et ne reflète pas

Staphylococcus

difficile et inexacte… Escherichia coli Staphylococcus Streptomyces Bacillus … et ne reflète pas l’évolution

Streptomyces

et inexacte… Escherichia coli Staphylococcus Streptomyces Bacillus … et ne reflète pas l’évolution réelle du

Bacillus

… et ne reflète pas l’évolution réelle du monde des procaryotes

Les macromolécules, témoins de l’évolution

Les macromolécules, témoins de l’évolution 1965 (Emile Zuckerkandl , Linus Pauling) nouvelle approche – la
1965
1965

(Emile Zuckerkandl, Linus Pauling)

nouvelle approche – la phylogénie moléculaire basées sur l’analyse et la comparaison de séquences des
nouvelle approche –
la phylogénie moléculaire
basées sur l’analyse
et la comparaison
de séquences des gènes

Linus Pauling et macromolécules

Pauling fut lauréat à la fois du prix Nobel de chimie en 1954 et du prix Nobel de la paix en 1962

fut lauréat à la fois du prix Nobel de chimie en 1954 et du prix Nobel

ADN

fut lauréat à la fois du prix Nobel de chimie en 1954 et du prix Nobel

protéines

fut lauréat à la fois du prix Nobel de chimie en 1954 et du prix Nobel
Le principe de la phylogénie moléculaire
Le principe de la phylogénie moléculaire
Le principe de la phylogénie moléculaire temps= nombre de copies les erreurs s'accumulent à une vitesse

temps= nombre de copies

les erreurs s'accumulent à une vitesse globalement proportionnelle au nombre de copies du manuscrite réalisées et donc au temps si on copie ce livre à une vitesse constante

Le principe de la phylogénie moléculaire par Françoise Sagan
Le principe de la phylogénie moléculaire par Françoise Sagan
principe de la phylogénie moléculaire par Françoise Sagan « Bonjour tristesse » établir les liens de
principe de la phylogénie moléculaire par Françoise Sagan « Bonjour tristesse » établir les liens de

« Bonjour tristesse »

moléculaire par Françoise Sagan « Bonjour tristesse » établir les liens de parenté entre ces différents

établir les liens de parenté entre ces différents titres

Le principe de la phylogénie moléculaire par Françoise Sagan
Le principe de la phylogénie moléculaire par Françoise Sagan
principe de la phylogénie moléculaire par Françoise Sagan Bon… triste Bon… tristesse Sans stress Bon… stress
principe de la phylogénie moléculaire par Françoise Sagan Bon… triste Bon… tristesse Sans stress Bon… stress

Bon… triste

Bon… tristesse
Bon… tristesse
par Françoise Sagan Bon… triste Bon… tristesse Sans stress Bon… stress Bonjour tristesse Fort stress

Sans stress

Sagan Bon… triste Bon… tristesse Sans stress Bon… stress Bonjour tristesse Fort stress …jour
Sagan Bon… triste Bon… tristesse Sans stress Bon… stress Bonjour tristesse Fort stress …jour
Sagan Bon… triste Bon… tristesse Sans stress Bon… stress Bonjour tristesse Fort stress …jour
Sagan Bon… triste Bon… tristesse Sans stress Bon… stress Bonjour tristesse Fort stress …jour
Sagan Bon… triste Bon… tristesse Sans stress Bon… stress Bonjour tristesse Fort stress …jour

Bon… stress

Sagan Bon… triste Bon… tristesse Sans stress Bon… stress Bonjour tristesse Fort stress …jour tristesse

Bonjour tristesse

Sagan Bon… triste Bon… tristesse Sans stress Bon… stress Bonjour tristesse Fort stress …jour tristesse

Fort stress

…jour tristesse

Les macromolécules, témoins de l’évolution

Temps

ancêtre commun

témoins de l’évolution Temps ancêtre commun ACTAGCTGA histoire évolutive mouse AC c A GCT A A
ACTAGCTGA
ACTAGCTGA

histoire

évolutive

mouse

ACc A GCT A A

rat

ACTAGCT A A

rabbit

A gTAGCT A A

Selon l'hypothèse de l'horloge

moléculaire, les mutations génétiques

s'accumulent dans un génome à une vitesse globalement proportionnelle au temps géologique écoulé après la séparation d’espèces issues du même ancêtre commun

man

gorilla

ACTTGt TGA

ACT T Ga TGA

séquences actuelles

Phylogénie moléculaire une machine à remonter le temps

Temps

moléculaire – une machine à remonter le temps Temps ACTAGCTAA mouse rat rabbit man gorilla séquences
ACTAGCTAA
ACTAGCTAA

mouse

rat

rabbit

man

gorilla

séquences actuelles

Arbre

phylogénique

rabbit man gorilla séquences actuelles Arbre phylogénique Reconstruction L’arbre phylogénique construit même avec
rabbit man gorilla séquences actuelles Arbre phylogénique Reconstruction L’arbre phylogénique construit même avec

Reconstruction

L’arbre phylogénique construit même avec un seul gène reflète

l’histoire naturelle des espèces

Evolution des hominides échelle

immunologique (Science 1967)

Evolution des hominides – échelle immunologique (Science 1967) 22
Gibbon Siamang Orang-outan Chimpanzé
Gibbon
Siamang
Orang-outan
Chimpanzé

ancêtre commun 5 millions d’années

Origine du virus du SIDA

Origine du virus du SIDA 24
Science 2000 ancêtre commun 1920-1940
Science 2000
ancêtre commun
1920-1940

gp160 arbre phylogénétique

Phylogénie moléculaire des grands groupes avec quel(s) gène(s)?

les ARN ribosomaux - ubiquitaires (toutes les cellules possèdent des ribosomes) - essentiels (message non saturé) - et longs (contiennent suffisamment d’information)

procaryotes

longs (contiennent suffisamment d’information) procaryotes eucaryotes 80S ribosome 60S subunit 40S subunit 5S
longs (contiennent suffisamment d’information) procaryotes eucaryotes 80S ribosome 60S subunit 40S subunit 5S

eucaryotes

80S ribosome 60S subunit 40S subunit
80S
ribosome
60S
subunit
40S subunit

5S

18S

28S

~120nt

~1900 nt

~4700 nt

ARN 16S (ou 18S) le choix idéal

ARN 16S (ou 18S) – le choix idéal Pour comparer il faut connaître les séquences de
ARN 16S (ou 18S) – le choix idéal Pour comparer il faut connaître les séquences de

Pour comparer il faut connaître les séquences de ARN 16S venant de plusieurs espèces

« Il existe trois grands types d’ARN 16S (et donc 3 type de ribosomes) sur Terre »

d’ARN 16S (et donc 3 type de ribosomes) sur Terre » Carl Woese, 1977 ??? E
d’ARN 16S (et donc 3 type de ribosomes) sur Terre » Carl Woese, 1977 ??? E

Carl Woese, 1977

??? E B
???
E
B

1 - E eucaryotes 2 - B procaryotes (bactéries) 3 - ?????

28

1977 la technique employée par C. Woese pour séquencer l’ARN 16S

1977 – la technique employée par C. Woese pour séquencer l’ARN 16S 29

Production d’un catalogue d ’oligonucléotides

digérés par la RNAse T1

les oligos assez spécifiques à partir de 5-6 nt

RNAse T1 les oligos assez spécifiques à partir de 5-6 nt trop courtes pour être spécifiques

trop courtes pour être spécifiques

à partir de 5-6 nt trop courtes pour être spécifiques coupure sur G par l’ RNase

coupure sur G

par l’RNase T1

bibliothèque des oligos

Les bibliothèques d’oligonucléotides
Les bibliothèques d’oligonucléotides
Les bibliothèques d’oligonucléotides diapo 31
Les bibliothèques d’oligonucléotides diapo 31

diapo

Les bibliothèques d’oligonucléotides
Les bibliothèques d’oligonucléotides
élution et séquençage
élution et
séquençage

La comparaison des bibliothèques d’oligonucléotides

espèce a

des bibliothèques d’ oligonucléotides espèce a espèce b Sab – la coefficient de similarité (ou

espèce b

bibliothèques d’ oligonucléotides espèce a espèce b Sab – la coefficient de similarité (ou coefficient
Sab – la coefficient de similarité (ou coefficient d'association)
Sab – la coefficient de similarité
(ou coefficient d'association)
33
33

Les premiers résultats de Woese

les bactéries sont éloignées des eucaryotes

premiers résultats de Woese – les bactéries sont éloignées des eucaryotes proches éloignés éloignés proches 34

proches

éloignés

éloignés

proches

premiers résultats de Woese – les bactéries sont éloignées des eucaryotes proches éloignés éloignés proches 34

Les premiers résultats de Woese

les chloroplastes sont des ex- bactéries

Les premiers résultats de Woese – les chloroplastes sont des ex- bactéries proches éloignés 35

proches

éloignés

Carl Woese entreprend alors l’analyse des « bactéries bizarres »:

- les méthanogènes

- les halophiles

- les hyper thermoacidophiles (Sulfolobus)

3 groupes de procaryotes connus depuis longtemps et mal classifiés
3 groupes de procaryotes connus depuis longtemps et mal classifiés
de procaryotes connus depuis longtemps et mal classifiés les méthanogènes les halophiles Methanobrevibacter
les méthanogènes les halophiles Methanobrevibacter Halococcus Halobacterium
les méthanogènes
les halophiles
Methanobrevibacter
Halococcus
Halobacterium
les hyperthermophiles acidophiles Sulfolobus acidocaldarius
les hyperthermophiles
acidophiles
Sulfolobus acidocaldarius
Au microscope ces organismes ont l’apparence des bactéries typiques
Au microscope ces organismes ont l’apparence des bactéries typiques
ces organismes ont l’apparence des bactéries typiques une « bactérie » méthanogène une « bactérie »

une « bactérie » méthanogène

des bactéries typiques une « bactérie » méthanogène une « bactérie » halophile une bactérie

une « bactérie » halophile

une bactérie hyperthermophile, Sulfolobus solfataricus

La découverte du méthane – gaz combustible – par Alessandro Volta en 1776 – Lac
La découverte du méthane – gaz combustible – par Alessandro Volta
en 1776 – Lac Majeur
combustible – par Alessandro Volta en 1776 – Lac Majeur le gaz est produit par une
le gaz est produit par une « bactérie » appelée méthanogène et habitant dans les
le gaz est produit par une « bactérie » appelée méthanogène et habitant dans les marais
Les méthanogènes: une biodiversité extraordinaire
Les méthanogènes: une biodiversité extraordinaire
Les méthanogènes: une biodiversité extraordinaire 40
Les méthanogènes: comme leur nom l’indique…
Les méthanogènes: comme leur nom l’indique…
Les méthanogènes: comme leur nom l’indique… 41
Conclusion
Conclusion

l’étude phénotypique et métabolique des méthanogènes ne permettait pas

de mettre en évidence leur différence par rapport aux autres bactéries

Alors – les méthanogènes, sont elles tout simplement des bactéries bizarres?
Alors – les méthanogènes, sont elles tout
simplement des bactéries bizarres?
Les halophiles sont parmi les premiers extrêmophiles connus
Les halophiles sont parmi les premiers extrêmophiles connus
Les halophiles sont parmi les premiers extrêmophiles connus 43
Les halophiles sont parmi les premiers extrêmophiles connus 43
Les extrêmes halophiles - habitat
Les extrêmes halophiles - habitat
Na+ K+ Mg2+ Cl-
Na+
K+
Mg2+
Cl-
Les extrêmes halophiles - habitat Na+ K+ Mg2+ Cl- Great Salt Lake, Utah, USA La Mer

Great Salt Lake, Utah, USA

Les extrêmes halophiles - habitat Na+ K+ Mg2+ Cl- Great Salt Lake, Utah, USA La Mer

La Mer morte

Les procaryotes extrêmes halophiles – mode de vie
Les procaryotes extrêmes halophiles – mode de vie
Les procaryotes extrêmes halophiles – mode de vie Haloferax sulfurifontis H a l o b a
Les procaryotes extrêmes halophiles – mode de vie Haloferax sulfurifontis H a l o b a

Haloferax sulfurifontis

Les procaryotes extrêmes halophiles – mode de vie Haloferax sulfurifontis H a l o b a

Halobacterium

Conclusion
Conclusion

les études phénotypiques et métaboliques de certains halophiles ne permettaient pas de mettre en évidence leur différence par rapport aux autres bactéries

Alors – tous les procaryotes halophiles, sont elles tout simplement des bactéries bizarres?
Alors – tous les procaryotes halophiles, sont
elles tout simplement des bactéries bizarres?
Sulfolobus acidocaldarius un hyperthermophile et acidophile 80-95°C pH 1-5
Sulfolobus acidocaldarius
un hyperthermophile et acidophile 80-95°C pH 1-5
Sulfolobus acidocaldarius un hyperthermophile et acidophile 80-95°C pH 1-5 USA, Yellowstone Park 47
USA, Yellowstone Park
USA, Yellowstone Park
Sulfolobus acidocaldarius un hyperthermophile et acidophile 80-95°C pH 1-5 USA, Yellowstone Park 47
Sulfolobus acidocaldarius un hyperthermophile et acidophile 80-95°C pH 1-5 USA, Yellowstone Park 47

Sulfolobales : je me nourris au soufre pur

Sulfolobales : je me nourris au soufre pur sulfur oxygenase reductase (SOR) 48

sulfur oxygenase reductase (SOR)

Conclusion
Conclusion

les études phénotypiques et métaboliques de

Sulfolobus acidocaldarius

ne permettaient pas

de mettre en évidence leur différence par rapport aux autres bactéries

Alors – tous les hyperthermophiles , sont elles tout simplement des bactéries bizarres?
Alors – tous les hyperthermophiles , sont elles
tout simplement des bactéries bizarres?

La découverte extraordinaire de Carl Woese

élution et séquençage
élution et
séquençage

Les méthanogènes ne sont pas des eucaryotes

Les méthanogènes ne sont pas des eucaryotes - les méthanogènes sont aussi éloignés de l’homme que

- les méthanogènes sont aussi éloignés de l’homme que des bactéries

Les méthanogènes ne sont ni des eucaryotes … ni des bactéries !!!!!

ne sont ni des eucaryotes … ni des bactéries !!!!! - les méthanogènes sont aussi éloignés

- les méthanogènes sont aussi éloignés de l’homme que des bactéries

- les méthanogènes sont également très éloignés des

bactéries (alors, ils ne sont pas des bactéries?!!)

Conclusion géniale de Carl Woese: trois formes de vie

Conclusion géniale de Carl Woese: trois formes de vie Nicolas Copernic 53

Nicolas Copernic

Conclusion géniale de Carl Woese: trois formes de vie Nicolas Copernic 53
Conclusion géniale de Carl Woese: trois formes de vie Nicolas Copernic 53
Conclusion géniale de Carl Woese: trois formes de vie Nicolas Copernic 53

53

Ni un eucaryote, ni une bactérie – alors c’est quoi cette troisième forme de vie???
Ni un eucaryote, ni une bactérie – alors
c’est quoi cette troisième forme de vie???
Ni un eucaryote, ni une bactérie – alors c’est quoi cette troisième forme de vie??? 54
Ni un eucaryote, ni une bactérie – alors c’est quoi cette troisième forme de vie???
Ni un eucaryote, ni une bactérie – alors
c’est quoi cette troisième forme de vie???
Ni un eucaryote, ni une bactérie – alors c’est quoi cette troisième forme de vie??? 55

il faut leur donner un nom ARCHEOBACTERIES

très mauvais choix ils ne sont ni ARCHEO ni BACTERIES

Conclusion: les archéobactéries forment une groupe à part - UN DOMAINE
Conclusion: les archéobactéries forment une
groupe à part - UN DOMAINE
archéobactéries forment une groupe à part - UN DOMAINE alors le monde vivant est constitué de
archéobactéries forment une groupe à part - UN DOMAINE alors le monde vivant est constitué de

alors le monde vivant est constitué de 3 domaines correspondant aux 3 ribosomes

03 Novembre 1977

03 Novembre 1977 58
03 Novembre 1977 58

1977-1990 Arbre phylogénétique universel raciné

1977-1990 Arbre phylogénétique universel raciné procaryotes eucaryotes « last LUCA diversification sur Archaea et

procaryotes

eucaryotes

phylogénétique universel raciné procaryotes eucaryotes « last LUCA diversification sur Archaea et Eucarya
« last LUCA diversification sur Archaea et Eucarya universal
« last
LUCA
diversification
sur Archaea et Eucarya
universal

common

ancestor »

eucaryotes « last LUCA diversification sur Archaea et Eucarya universal common ancestor » origine de la

origine de la vie

Les trois domaines du vivant de Carl Woese - « The Woesian Revolution » 1977-1990

de Carl Woese - « The Woesian Revolution » 1977-1990 procaryotes Bacteria Archaea Eucarya ancêtre commun

procaryotes

de Carl Woese - « The Woesian Revolution » 1977-1990 procaryotes Bacteria Archaea Eucarya ancêtre commun
de Carl Woese - « The Woesian Revolution » 1977-1990 procaryotes Bacteria Archaea Eucarya ancêtre commun

Bacteria

Archaea Eucarya

ancêtre commun universel

de Carl Woese - « The Woesian Revolution » 1977-1990 procaryotes Bacteria Archaea Eucarya ancêtre commun

Une question de terminologie

avant les travaux de Carl Woese

bactéries=procaryotes

entre 1977 et 1990

eubactéries + archéobactéries = procaryotes

à partir de 1990

bactéries + archées = procaryotes

les archées ne sont pas des bactéries

Chronologie de la vie sur Terre

archées/eucaryotes LUCA bactéries les archées ne sont pas plus vielles que les bactéries
archées/eucaryotes
LUCA
bactéries
les archées ne sont pas plus vielles
que les bactéries

2008 – comment déterminer la séquence de l’ARN 16S d’une espèce?

on séquence le gène codant cet ARN (rADN)

ou

(mieux)

on séquence le génome en entier et

on cherche des gènes codant pour les ARNr

2008 - comment déterminer la séquencer de l’ARN 16S d’une espèce?
2008 - comment déterminer la séquencer de l’ARN 16S d’une espèce?
déterminer la séquencer de l’ARN 16S d’une espèce? Nitrosomonas europaea complete genome sequence and

Nitrosomonas europaea complete genome sequence and annotation.

la séquencer de l’ARN 16S d’une espèce? Nitrosomonas europaea complete genome sequence and annotation. 64
la séquencer de l’ARN 16S d’une espèce? Nitrosomonas europaea complete genome sequence and annotation. 64
la séquencer de l’ARN 16S d’une espèce? Nitrosomonas europaea complete genome sequence and annotation. 64

On séquence 1 génome bactérien tous les 3 jours

le nombre de génome bactériens séquencés s’éleve à

2006 340

2007 446

2008 576

2009 - 640

jours le nombre de génome bactériens séquencés s’ éleve à 2006 – 340 2007 – 446
Nouvel arbre phylogénétique du vivant basé sur l’analyse complète des génomes 66

Nouvel arbre phylogénétique du vivant basé sur l’analyse complète des génomes

En 2003 Carl Woese reçoit le Prix Crafoord à Stockholm
En 2003 Carl Woese reçoit le Prix Crafoord à Stockholm
En 2003 Carl Woese reçoit le Prix Crafoord à Stockholm 67

Partie II

A la recherche du monde perdu…. des archées

Partie II A la recherche du monde perdu…. des archées Identifier les nouvelles archées – où
Identifier les nouvelles archées – où et comment?
Identifier les nouvelles archées – où et comment?
Cherchons les extrêmophiles… dans les endroits extrêmes: - lacs hyper salés - sources chaudes géothermales
Cherchons les extrêmophiles… dans les endroits extrêmes: - lacs hyper salés - sources chaudes géothermales

Cherchons les extrêmophiles…

Cherchons les extrêmophiles… dans les endroits extrêmes: - lacs hyper salés - sources chaudes géothermales 69

dans les endroits extrêmes:

- lacs hyper salés

- sources chaudes géothermales

Hyperthermophiles et acidophiles définir les termes

archaea
archaea

taux de

croissance

Hyperthermophiles et acidophiles – définir les termes archaea taux de croissance 70

70

Les deux grands explorateur du monde des Archaea extrêmophiles

Wolfram Zillig Karl Stetter
Wolfram Zillig
Karl Stetter

Pyrococcus furiosus producteur de la polymérase - Pfu

71

Italie, Sicile
Italie, Sicile
Italie, Sicile 72

Taq et Pfu

Pyrococcus furiosus kokkos -coque, puros - le feu, furiosus - furieuse. Euryarchaeota. Karl Stetter 1986. Plage Vulcano, Italie. 95°C-105°C Hyperthermophile le plus étudié. Polymérase Pfu

° C Hyperthermophile le plus étudié. Polymérase Pfu pour comparer Thermus aquaticus – une bactérie. 1969,

pour comparer Thermus aquaticus une bactérie. 1969, Thomas Brock, Yellowstone. Taq polymérase. 55°C-70°C. Les bactéries du genre Thermus sont répandues dans les eaux chaudes de nos installations de chauffage.

° C-70 ° C. Les bactéries du genre Thermus sont répandues dans les eaux chaudes de
Yellowstone – source de plusieurs archées hypertermophiles
Yellowstone – source de plusieurs archées hypertermophiles
Yellowstone
Yellowstone
Yellowstone – source de plusieurs archées hypertermophiles Yellowstone
Yellowstone – source de plusieurs archées hypertermophiles Yellowstone
Yellowstone – source de plusieurs archées hypertermophiles Yellowstone
Yellowstone – source de plusieurs archées hypertermophiles Yellowstone
Les principales sources chaudes géothermales sur Terre
Les principales sources chaudes géothermales sur Terre
Italie
Italie
« Hot spots »- explication des géologues
« Hot spots »- explication des géologues
manteau 2900 km noyau
manteau
2900 km
noyau

Geologists have identified some 40-50 such hotspots around the globe, with Hawaii, Réunion, Yellowstone, Galápagos, and Iceland

plaque tectonique

plume

76

Islande « fumeurs noir », fond d’océan
Islande « fumeurs noir », fond d’océan
Islande « fumeurs noir », fond d’océan
Islande
Islande
« fumeurs noir », fond d’océan
« fumeurs noir », fond d’océan
Islande « fumeurs noir », fond d’océan
L’étonnante richesse morphologique et métabolique des Archées hyperthermophiles et acidophiles
L’étonnante richesse morphologique et métabolique
des Archées hyperthermophiles et acidophiles
L’étonnante richesse morphologique et métabolique des Archées hyperthermophiles et acidophiles 78
L’étonnante richesse morphologique et métabolique des Archées hyperthermophiles et acidophiles 78
L’étonnante richesse morphologique et métabolique des Archées hyperthermophiles et acidophiles 78
L’étonnante richesse morphologique et métabolique des Archées hyperthermophiles et acidophiles 78
Phylogénie classique des Archaea – 1990-2008
Phylogénie classique des Archaea – 1990-2008
Euryarchaeota Crenarchaeota
Euryarchaeota
Crenarchaeota

Korarchaeota

Nouvelle taxonomie des Archaea (2008) – trois phila Cenarchaeum symbiosum Nitrosopumilus maritimus Thaumarchaeota
Nouvelle taxonomie des Archaea (2008) – trois phila
Cenarchaeum symbiosum
Nitrosopumilus maritimus
Thaumarchaeota
Brochier-Armanet et al.,
Nat Rev Microbiol.
2008 Mar;6(3):245-52.
Halophiles
Euryarchaeota
Méthanogénes
Phyla
Nanoarchées
Sulfolobus islandicus
Sulfolobales
Crenarchaeota
Korarchées
Nouvelle taxonomie des Archaea (2008) – trois phila Cenarchaeum symbiosum Nitrosopumilus maritimus Thaumarchaeota
Nouvelle taxonomie des Archaea (2008) – trois phila
Cenarchaeum symbiosum
Nitrosopumilus maritimus
Thaumarchaeota
Brochier-Armanet et al.,
Nat Rev Microbiol.
2008 Mar;6(3):245-52.
Halophiles
Euryarchaeota
Méthanogénes
Phyla
Nanoarchées
Sulfolobus islandicus
Sulfolobales
Crenarchaeota
Korarchées
82
82
82
Trent ans après…
Trent ans après…
Trent ans après… 83
Crenarchaeota – la liste des espèces dont les génomes sont séquencés
Crenarchaeota – la liste des espèces dont les génomes sont séquencés

Marine Mesophiles Cenarchaeum symbiosum [P]

Nanoarchaeota Nanoarchaeum equitans [H]

Korarchaeota Korarchaeum criptofilum

[H] Hyperthermophile; [T] Thermophile;[P] Psychrophile; [A] Acidophile;

Les archées halophiles sont les mieux adaptées aux milieux riches en sels
Les archées halophiles sont les mieux adaptées aux milieux riches en sels

bactéries

algues

archées

aux milieux riches en sels bactéries algues archées - minimum de NaCl – 1,5 M; optimum

- minimum de NaCl 1,5 M; optimum 3-4 M - tous sont chimioorganotrophes

- la majorité sont des aérobes

-certains sont photosynthétiques

grâce à la -bactériorhodopsine ou à l’halorhodopsine

Halobacterium salinarum

certains sont photosynthétiques grâce à la - bactériorhodopsine ou à l’ halorhodopsine Halobacterium salinarum 86

86

Flux des ions et des molécules au travers de la membrane chez les archées halophiles
Flux des ions et des molécules au travers de la membrane chez les archées halophiles
bactériorhodopsine sodium / proton antiport 5,3 M de K + potassium uniport
bactériorhodopsine
sodium / proton
antiport
5,3 M de K +
potassium uniport

sodium / calcium antiport

3,3 M de Na +

sodium / AA symport

Les Archaea hyperthermophiles du phylum Crenarchaeota

Quelques photos de la famille Sulfolobales
Quelques photos de la
famille Sulfolobales
Crenarchaeota Quelques photos de la famille Sulfolobales Sulfolobus solfataricus Sulfolobus solfataricus infecté

Sulfolobus solfataricus

Sulfolobus solfataricus infecté par le virus STSV1

Sulfolobus solfataricus Sulfolobus solfataricus infecté par le virus STSV1 Sulfolobus tokodaii S. acidocaldarius 88

Sulfolobus tokodaii

Sulfolobus solfataricus Sulfolobus solfataricus infecté par le virus STSV1 Sulfolobus tokodaii S. acidocaldarius 88

S. acidocaldarius

88

Les gourmandises des archaea hyperthermophiles - le soufre et l’acide sulfurique, l’acide nitrique et l’hydrogène
Les gourmandises des archaea hyperthermophiles - le soufre et l’acide sulfurique,
l’acide nitrique et l’hydrogène - tout ce que donne un volcan en éruption
l’acide nitrique et l’hydrogène - tout ce que donne un volcan en éruption sulfure d hydrogène
l’acide nitrique et l’hydrogène - tout ce que donne un volcan en éruption sulfure d hydrogène
l’acide nitrique et l’hydrogène - tout ce que donne un volcan en éruption sulfure d hydrogène
l’acide nitrique et l’hydrogène - tout ce que donne un volcan en éruption sulfure d hydrogène
l’acide nitrique et l’hydrogène - tout ce que donne un volcan en éruption sulfure d hydrogène
sulfure d hydrogène
sulfure d hydrogène

T C°

pH

89

Ignicoccus islandicus kokkos coque et ignis feu Islande 2000. Crenarchaeota

La seule archée avec deux membranes et l’espace périplasmique. 95°C-98°C

1 mm
1 mm
et l’espace périplasmique. 95 ° C- 98 ° C 1 mm Fluorescence light micrograph fluorescence staining.
et l’espace périplasmique. 95 ° C- 98 ° C 1 mm Fluorescence light micrograph fluorescence staining.

Fluorescence light micrograph

fluorescence staining. Confocal laser micrograph.

Nanoarchaeum equitans nano miniature, equus cheval. Euryarchaeota 2000, Islande. Vit en symbiose avec Ignicoccus islandicus

Nanoarchaeum equitans - la plus petite cellule procaryotique - et le seul parasite connu chez
Nanoarchaeum equitans
- la plus petite cellule procaryotique
- et le seul parasite connu chez les Archaea
equitans - la plus petite cellule procaryotique - et le seul parasite connu chez les Archaea
equitans - la plus petite cellule procaryotique - et le seul parasite connu chez les Archaea
equitans - la plus petite cellule procaryotique - et le seul parasite connu chez les Archaea
equitans - la plus petite cellule procaryotique - et le seul parasite connu chez les Archaea

symbiote

equitans - la plus petite cellule procaryotique - et le seul parasite connu chez les Archaea

91

hôte

equitans - la plus petite cellule procaryotique - et le seul parasite connu chez les Archaea
Nanoarchaeum equitans – le plus petit génome procaryotique connu - 487 gènes
Nanoarchaeum equitans – le plus petit génome procaryotique connu - 487 gènes
bactérie archaea
bactérie
archaea
Nanoarchaeum equitans – le plus petit génome procaryotique connu - 487 gènes bactérie archaea 92
Nanoarchaeum equitans – le plus petit génome procaryotique connu - 487 gènes bactérie archaea 92

Partie III

Organisation de la cellule chez les Archaea

Partie III Organisation de la cellule chez les Archaea A r c h a e a
Partie III Organisation de la cellule chez les Archaea A r c h a e a

Archaea

Partie III Organisation de la cellule chez les Archaea A r c h a e a

Bacteria

Organisation de la cellule chez les Archaea

2 grandes questions:

1 les principaux protéines impliquées dans les processus informationnels

- réplication de l’ADN

- transcription

- traduction

sont-ils du type « bactérien »,?« eucaryotique »? « archaean »???

2 – les principaux mécanismes d’adaptation aux conditions extrêmes surtout la haute température

Les Archaea ressemblent à la fois aux bactéries et aux eucaryotes Transcription Translation DNA replication
Les Archaea ressemblent à la fois aux bactéries et aux eucaryotes
Transcription
Translation
DNA replication
DNA reparation
mais elles portent également un certain nombre de gènes uniques

Les archées sont les champions de la thermorésistance

50°C 80°C hyperthermophiles thermophile s 0 113°C EUCARYOTES 60°C BACTERIA 90°C 113°C ARCHAEA Pyrolobus
50°C
80°C
hyperthermophiles
thermophile
s
0
113°C
EUCARYOTES
60°C
BACTERIA
90°C
113°C
ARCHAEA
Pyrolobus fumarii

Pyrolobus fumarii - une résistance extraordinaire à la chaleur

Pyrolobus fumarii lobus lobe, puros feu, fumarii fumeurs. 1993. Le organisme le plus hyperthermophile connu sur Terre. Euryarchaeota 106-113°C. Isolé dans les cheminées hydrothermales (les fumeurs noirs).

maximum minimum 113°C 90°C optimum
maximum
minimum
113°C
90°C
optimum

la paroi chez les archées

Rappelle: la paroi chez les bactéries

Rappelle: la paroi chez les bactéries

le peptidoglycane bactérien

le peptidoglycane bactérien N-acetylglucosamine (blue) + acide N-acetylmuramique (vert) The tetrapeptides linked to NAM

N-acetylglucosamine (blue) + acide N-acetylmuramique (vert)

The tetrapeptides linked to NAM are cross- linked by a pentaglycine peptide, shown as red lines linking the D-glutamine (L) to the D-alanine (A).]

La paroi: bactéries vs archées

Bactéries – peptidoglycane
Bactéries – peptidoglycane
Archées – S layer
Archées – S layer
S layer
S layer
La paroi: bactéries vs archées Bactéries – peptidoglycane Archées – S layer S layer
La paroi: bactéries vs archées Bactéries – peptidoglycane Archées – S layer S layer
La paroi: bactéries vs archées Bactéries – peptidoglycane Archées – S layer S layer
Archées – S layer S layer
Archées – S layer
S layer
Archées – S layer S layer
Archées – S layer S layer

Methanothermobacter thermautotrophicus une archée méthanogène. Euryarchaeota 1972

.

Thermophile modéré. 55°C-65°C. Son ARN 16S a été analysé par C.Woese. Possède une paroi épaisse contenant de la pseudomuréine, Gram positive.

épaisse contenant de la pseudomuréine, Gram positive. majorité des archées – S layer certaines
majorité des archées – S layer
majorité des archées
– S layer
la pseudomuréine, Gram positive. majorité des archées – S layer certaines méthanogénès – pseudopeptidoglycane
certaines méthanogénès – pseudopeptidoglycane
certaines méthanogénès –
pseudopeptidoglycane

La membrane:

les phospholipides bactériens/eucaryotiques vs archées

Bacteria

Eukarya

diéster phosphoglycerol acides gras non saturé, non ramifiés

D-glycérol-3-phosphate

gras non saturé, non ramifiés D -glycérol-3-phosphate Archaea de 20 à 40 carbones L -glycérol-1-phosphate
gras non saturé, non ramifiés D -glycérol-3-phosphate Archaea de 20 à 40 carbones L -glycérol-1-phosphate

Archaea

non saturé, non ramifiés D -glycérol-3-phosphate Archaea de 20 à 40 carbones L -glycérol-1-phosphate diéther

de 20 à 40 carbones

L-glycérol-1-phosphate

diéther phosphoglycerol chaines isoprène saturées ramifiées

Un peu de chimie
Un peu de chimie

Liaison ester Liaison entre un groupe alcool (-OH) et un groupe acide carboxylique (-COOH), formée par élimination d'une molécule d'eau (H 2 O).

(-OH) et un groupe acide carboxylique (-COOH), formée par élimination d'une molécule d'eau (H 2 O).
(-OH) et un groupe acide carboxylique (-COOH), formée par élimination d'une molécule d'eau (H 2 O).
La membrane plasmiques : bi- et mono couches polaire non polaire lipide mono polaire non
La membrane plasmiques : bi- et mono couches
polaire
non polaire
lipide mono polaire
non polaire
caldarchaeol
lipide bipolaire

bactéries

non polaire caldarchaeol lipide bipolaire bactéries a r c h é e s membrane membrane bi-couche

archées

lipide bipolaire bactéries a r c h é e s membrane membrane bi-couche partiellement

membrane

membrane

bi-couche

partiellement mono-couche

membrane

mixte contenant de 1 à 95% de lipides bipolaires

hyperthermophiles

thermoacidophiles

Membrane classique H+ H+ H+ Pompe protéique H+ H+ H+ H+ 100°C membrane perméable dépolarisée

Membrane classique

H+ H+ H+ Pompe protéique H+ H+ H+ H+
H+
H+
H+
Pompe
protéique
H+
H+
H+
H+

100°C

membrane perméable dépolarisée

H+

Membrane formées

de glycérides géants

dépolarisée H+ Membrane formées de glycérides géants H + H+ H+ H+ H+ H+ H+ H+

H+

H+ Membrane formées de glycérides géants H + H+ H+ H+ H+ H+ H+ H+ H+

H+

H+ Membrane formées de glycérides géants H + H+ H+ H+ H+ H+ H+ H+ H+

H+

H+
H+

H+

H+

H+

formées de glycérides géants H + H+ H+ H+ H+ H+ H+ H+ H+ H+ H+

H+

H+

H+

H+

H+

H+

H+

100°C

Bacteria/

Eukarya

Archaea
Archaea

100°C

membrane non perméable toujours polarisée

107

Temperature dependence of the proton permeability

Temperature dependence of the proton permeability The maximum growth temperature of any species is that temperature

The maximum growth temperature of any species is that temperature at which the membrane becomes permeable and looses its ability to maintain a proton gradient

van Vossenberg et al. Extremophiles, 1998

Conclusions 1:

a membrane cytoplasmique: bactéries /eucaryotes vs archées

3 points principaux qui distinguent la membrane des archées:

- chiralité du glycérol D chez les Bactéries / L chez les Archées

- liaison ester chez les Bactéries / ether chez les Archées entre le glycérol et les chaîne des acides gras

- acides gras non saturés et non ramifiés chez les Bactéries / chaînes isopréniques saturées et ramifiées chez les Archées

Conclusions 2:

a membrane cytoplasmique: bactéries /eucaryotes vs archées

La membrane atypiques des archées leur permet de mieux résister aux conditions extrêmes, surtout à la température extrême.

Quels sont d’autres facteurs permettant aux archées de mieux s’adapter aux conditions extrêmes?

G+C percentage in genomes of hyperthermophiles does not correlate with growth temperatures
G+C percentage in genomes of hyperthermophiles
does not correlate with growth temperatures

G+C percent of DNA

100

 
100   90 80 70 60 50   40 30   20     10 0

90

100   90 80 70 60 50   40 30   20     10 0

80

100   90 80 70 60 50   40 30   20     10 0

70

60

60
60
60
60
60
60
60

50

 
50  
50  
50  
50  

40

40
40
40

30

30  
 
20

20

 
 
 

10

0

     

2020

40

60

80

100

Optimal growth temperature (°C)

Hyperthermophiles possess efficient DNA repair mechanisms
Hyperthermophiles possess efficient DNA repair mechanisms

Many are highly resistant to gamma-irradiation

Thermococcus gammatolerans
Thermococcus gammatolerans

La viabilité de la bactérie D. radiodurans n’est pas affectée si elle est soumise à une irradiation γ provoquant environ 200 cassures double- brins, 3000 cassures simple-brins et plus de 1000 bases endommagées par équivalent génome (survie de 100 % pour une exposition à une dose

de 6000 Gy de rayonnement γ) et sa survie reste très significative à des

doses supérieures à 10000 Gy (Figure 1). A titre de comparaison, des doses 250 fois inférieures suffisent pour stériliser la majorité des cultures bactériennes (exemple : Escherichia coli)

la majorité des cultures bactériennes (exemple : Escherichia coli) Cinétique de réparation des cassures de l’ADN

Cinétique de réparation des cassures de l’ADN

113

Chez les hyperthermophiles, les ARNt sont stabilisés par des modifications chimiques
Chez les hyperthermophiles, les ARNt sont stabilisés par des modifications chimiques

nucléotides modifié spécifiques aux Archaea

les ARNt sont stabilisés par des modifications chimiques nucléotides modifié spécifiques aux Archaea 114
les ARNt sont stabilisés par des modifications chimiques nucléotides modifié spécifiques aux Archaea 114
les ARNt sont stabilisés par des modifications chimiques nucléotides modifié spécifiques aux Archaea 114

Reverse gyrase une marque déposée des hyperthermophiles

présence de la reverse gyrase 50°C 80°C thermophiles hyperthermophiles 0 113°C EUCARYOTES 60°C BACTERIA
présence de la reverse gyrase
50°C
80°C
thermophiles
hyperthermophiles
0
113°C
EUCARYOTES
60°C
BACTERIA
90°C
113°C
ARCHAEA

Rappel : le rôle de l’ADN gyrase chez les bactéries

Gyrase une topoisomérase II capable d’introduire des super-tours négatifs dans l’ADN.

d’introduire des super-tours négatifs dans l’ADN. topoisomérase surenroulé négativement par GYRASE pas
d’introduire des super-tours négatifs dans l’ADN. topoisomérase surenroulé négativement par GYRASE pas

topoisomérase

des super-tours négatifs dans l’ADN. topoisomérase surenroulé négativement par GYRASE pas d’ADN enroulé

surenroulé négativement par GYRASE

pas d’ADN enroulé positivement

La reverse gyrase des hyperthermophiles

Reverse gyrase – une topoisomérase capable d’introduire des supertours positifs

capable d’introduire des supertours positifs (-) état normal de l’ADN (+) reverse gyrase l’ADN chez

(-)

état normal de l’ADN

des supertours positifs (-) état normal de l’ADN (+) reverse gyrase l’ADN chez les archées
des supertours positifs (-) état normal de l’ADN (+) reverse gyrase l’ADN chez les archées

(+)

reverse gyrase
reverse gyrase

l’ADN chez les archées hyperthermophiles est relâché ou surenroulé positivement

gyrase
gyrase

X

absente dans la majorité des archées hyperthermophiles

Reverse gyrase est la seule(!) protéine présente chez chez tous les hyperthemophiles, bactéries comme archées,
Reverse gyrase est la seule(!) protéine présente chez
chez tous les hyperthemophiles, bactéries comme archées,
elle est absente chez non hyperthermophiles
hyperT
hyperT
les hyperthemophiles, bactéries comme archées, elle est absente chez non hyperthermophiles hyperT reverse gyrase 118

reverse gyrase

les hyperthemophiles, bactéries comme archées, elle est absente chez non hyperthermophiles hyperT reverse gyrase 118
Le rôle exact de la reverse gyrase est incertain 1990
Le rôle exact de la reverse gyrase est incertain
1990
2004
2004
Hyper thermorésistance des Archées – les protéines
Hyper thermorésistance des Archées – les protéines

Les protéines des hyperthermophiles sont stabilisées par une augmentation du

nombre d’interactions ioniques entre acides-aminés

Les protéines hyperthermophiles sont enrichies en acides-aminés chargés - diminution des résidus thermo instables : Asn, Gln, Cys

Certaines protéines hyperthermophiles peuvent fonctionner jusqu'à 140°C !

archée

malate déshydrogénase

bactérie

140 ° C ! archée malate déshydrogénase bactérie en rouge, aminoacides acides (aspartate, glutamate) ; en
140 ° C ! archée malate déshydrogénase bactérie en rouge, aminoacides acides (aspartate, glutamate) ; en

en rouge, aminoacides acides (aspartate, glutamate); en bleu - basiques

Les protéines des halophiles et des hyperthermophiles sont adaptées aux études structurales
Les protéines des halophiles et des hyperthermophiles sont adaptées aux
études structurales

28 protéines

sont adaptées aux études structurales 28 protéines - facilité de purification - facilité de cristallisation
- facilité de purification - facilité de cristallisation
- facilité de purification
- facilité de cristallisation
- facilité de purification - facilité de cristallisation 23S ARNr la structure 3D de la sous

23S ARNr

la structure 3D de la sous unité 50S

du ribosome de Haloarcula marismortui,

Science 2000

Les processus informationnels chez les Archaea

réplication

Les processus informationnels chez les Archaea réplication transcription traduction 122

transcription

Les processus informationnels chez les Archaea réplication transcription traduction 122

traduction

Les processus informationnels chez les Archaea réplication transcription traduction 122

Initiation de la réplication en 5 étapes

Initiation de la réplication en 5 étapes 123

123

Réplication de l’ADN chez Archaea
Réplication de l’ADN chez Archaea
bactéries ori - unique site ori - réplication bidirectionnelle
bactéries
ori
- unique site ori
- réplication bidirectionnelle
eucaryotes - multiples sites ori - réplication bidirectionnelle sur toutes les ori
eucaryotes
- multiples sites ori
- réplication bidirectionnelle
sur toutes les ori
archées ?
archées
?
Origines de réplication
Origines de réplication

le nombre de sites ori

cdc6-1 ori1 cdc6-2 ori2 ori3 cdc6-3 bactéries eucaryotes archées 1 multiples de 1 (Pyrococcus abyssi)
cdc6-1
ori1
cdc6-2
ori2
ori3
cdc6-3
bactéries
eucaryotes
archées
1
multiples
de 1 (Pyrococcus abyssi)
à 3 (Sulfolobus solfataricus)
ou plus ?

Initiation de réplication

bactéries
bactéries

(2)

DnaC hélicase loader

(3)

DnaB

hélicase

DnaA (1) initiation
DnaA
(1)
initiation

(2)

eucaryotes
eucaryotes

(3)

Mcm(2-7)

hélicase 6 sous unités

Cdc6

hélicase loader

(3) Mcm(2-7) hélicase 6 sous unités Cdc6 hélicase loader (1) ORC « origin recognition complexe» 6

(1)

ORC « origin recognition complexe» 6 protéines Orc (1-6)

archées
archées

(3)

Mcm(6)

hélicase

recognition complexe» 6 protéines Orc (1-6) archées (3) Mcm(6) hélicase (1+2) ORC/ Cdc6 plusieurs protéines 126

(1+2)

ORC/ Cdc6 plusieurs protéines

La distribution des familles des ADN polymérases

bacteries/

eucaryotes

communes

unique

unique

Bacteria

Euryarchaea

communes

communes

Cren/Eury Euryarchaea A B C D X Y Archaea Bacteria Eucarya Viruses
Cren/Eury
Euryarchaea
A
B
C
D
X
Y
Archaea
Bacteria
Eucarya
Viruses
La vitesse de réplication
La vitesse de réplication
bacteries eucaryotes archées P. abyssi vitesse de réplication kb/min 50 2 15-20 taille de fragments
bacteries
eucaryotes
archées
P. abyssi
vitesse de
réplication kb/min
50
2
15-20
taille de fragments
d’Okazaki
~ 2000
~120
~120

Euryarchaea (1 ori)

Pyrococcus abyssi

DNA pol. 300nt s -1 Genome: 1765kb Est. repl n time: 49 min

Crenarchaea (3 oris)

Sulfolobus solfataricus

DNA pol. 80-110nt s -1 Genome: 2992kb Est. repl n time: 76 min

Sulfolobus acidocaldaricus

DNA pol. 80-100nt s -1 Genome: 1900kb Est. repl n time: 52 min

REPLICATION Conclusions 1:

Les archées répliquent leurs chromosomes aussi vite que les bactéries tout en utilisant les protéines d’initiation de la réplication eucaryotiques

Chromatine et les histones chez les Eucaryotes
Chromatine et les histones chez les Eucaryotes

acétylation = régulation

Chromatine et les protéines histone-like chez Euryarchaeota
Chromatine et les protéines histone-like chez Euryarchaeota
H4 H3 H3
H4
H3
H3
et les protéines histone-like chez Euryarchaeota H4 H3 H3 -pas de modification des histones chez les

-pas de modification des histones chez les archées

-pas de histones chez les crénarchées

Transcription:

archées vs bactéries vs eucaryotes

Il existe seulement 2 types des ARN polymérase

Deux classes d’ARN polymérases ADN-dépendantes:

- ARN Pol du bactériophage T7 (une seule sous unité)

- toutes les autres ARN pol (bactéries, archées, eucaryotes) composées de plusieurs sous unités.

L’ ARN pol du bactériophage T7

L’ ARN pol du bactériophage T7 un seul polypeptide, et ça fonctionne!! 134

un seul polypeptide, et ça fonctionne!!

L’ ARN pol du bactériophage T7 un seul polypeptide, et ça fonctionne!! 134

ARNPol famille T7 un seul polypeptide

ARNPol – famille T7 – un seul polypeptide transcription des gènes mitochondriaux 135

transcription des gènes mitochondriaux

ARNPol – famille d’ ARNPol composées de plusieurs sous-unités

12 12 - 17
12
12
- 17
ARNPol – famille d’ ARNPol composées de plusieurs sous-unités 12 12 - 17 N de sous-unités
ARNPol – famille d’ ARNPol composées de plusieurs sous-unités 12 12 - 17 N de sous-unités
ARNPol – famille d’ ARNPol composées de plusieurs sous-unités 12 12 - 17 N de sous-unités

N de sous-unités 5

holoenzyme

La transcription chez les bactéries: ARN polymérase

La transcription chez les bactéries: ARN polymérase core – 5 sous unités α I α I

core 5 sous unités

α I α II - liaison à l’ADN . β β′ - catalyse . ω – stabilisation de β′.

. β β′ - catalyse . ω – stabilisation de β′ . σ – reconnaissances des

σ – reconnaissances des promoteurs

. β β′ - catalyse . ω – stabilisation de β′ . σ – reconnaissances des
. β β′ - catalyse . ω – stabilisation de β′ . σ – reconnaissances des

5 sous-unités

. β β′ - catalyse . ω – stabilisation de β′ . σ – reconnaissances des

ARN polymérases des eucaryotes

Eucaryotes ont trois ARN polymérases:

rRNA - RNA polymérase I mRNA -RNA polymérase II tRNA - RNA polymérase III

(2005 heterochromatine « silencing » chez

les plantes RNA pol IV et polV)

heterochromatine « silencing » chez les plantes – RNA pol IV et polV) ARN Pol des

ARN Pol des eucaryotes

12-17 sous-unités

heterochromatine « silencing » chez les plantes – RNA pol IV et polV) ARN Pol des

Archaea: ARN polymérase, 2008

Sous unités

Structure

Archaea: ARN polymérase, 2008 Sous unités Structure 139
Archaea: ARN polymérase, 2008 Sous unités Structure 139
Archaea: ARN polymérase, 2008 Sous unités Structure 139

Eucaryotes : initiation de la transcription

TATA box position -25

TBP TFIIB TFIIF
TBP
TFIIB
TFIIF
initiation de la transcription TATA box position -25 TBP TFIIB TFIIF Recrutement TFIIE TFIIH complexe d’initiation

Recrutement

TFIIE
TFIIE

TFIIH

initiation de la transcription TATA box position -25 TBP TFIIB TFIIF Recrutement TFIIE TFIIH complexe d’initiation

complexe d’initiation

et les Archaea??

La transcription chez les Archées

séquences régulatrices en aval et en amont

les Archées séquences régulatrices en aval et en amont R Promoter R les gènes forment des

R

R Promoter R

Promoter

R

les gènes forment des opérons

Gene 1 Gene 2 Gene 3
Gene 1
Gene 2
Gene 3
Terminator
Terminator

Terminator

Terminator

mRNA

5‘-

RNApol.des opérons Gene 1 Gene 2 Gene 3 Terminator mRNA 5‘ - La transcription chez les

La transcription chez les Archées
La transcription chez les Archées

ribosome

protéines

Protein 1

Protein 2

Protein 3

-3‘

promoteur typique des eucaryotes promoteur typique des archées
promoteur typique des eucaryotes
promoteur typique des archées
Initiation de la transcription chez les archées
Initiation de la transcription chez les archées
TFE TBP TFB
TFE
TBP
TFB

seulement 2 facteurs d’initiation TBP (TATA box binding protéine) et TFB (transcription facteur B)

un grand nombre de facteurs TBP et TFB inclus

La régulation transcriptionnelle chez les archées par des DNA binding protéines du type « bactérien »

activateur? compétition compétition répresseurs répresseurs
activateur?
compétition
compétition
répresseurs
répresseurs

Traduction chez les Archaea

Traduction chez les Archaea
Traduction chez les Archaea

en partie comme chez les bactéries

bactéries archées eucaryotes ribosomes 70S=30S+50S 70S=30S+50S 80S=40S+60S rARN 16S/5S+23S 16S/5S+23S
bactéries
archées
eucaryotes
ribosomes
70S=30S+50S
70S=30S+50S
80S=40S+60S
rARN
16S/5S+23S
16S/5S+23S
18S/5S+5,8S+28S
~1400nt
~130nt
~3000nt
opérons
de 1 à 7 (E. coli)
ou plus
1 seul r opéron
beaucoup
ribosomaux:
le nombre
sauf méthanogènes et
halophiles
codons
ATG, GUG, UUG
ATG, GUG, UUG
ATG
d’initiation
ribosome binding
site
(RBS)
de type Shine-
Dalgarno
de type Shine-Dalgarno
autre
Traduction chez les Archaea
Traduction chez les Archaea

en partie comme chez les archées

bactéries archées eucaryotes ribosomes 70S=30S+50S 70S=30S+50S 80S=40S+60S rARN 16S/5S+23S 16S/5S+23S
bactéries
archées
eucaryotes
ribosomes
70S=30S+50S
70S=30S+50S
80S=40S+60S
rARN
16S/5S+23S
16S/5S+23S
18S/5S+5,8S+28S
~1400nt
~130nt
~3000nt
opérons ribosomaux:
le nombre
de 1 à 7 (E. coli)
ou plus
1 seul r opéron
sauf méthanogènes et halophiles
beaucoup
opéron r:
16S—tARN—23S —5S—tARN
16S—tARN—23S
les gènes
et 5S à part
18S—5,8S—28S et 5S
à part
codons d’initiation
ATG, GUG, UUG
ATG, GUG, UUG
ATG
ribosome binding site
(RBS)
de type Shine-Dalgarno
de type Shine-Dalgarno
autre
initiation de la
traduction
f-méthionine
méthionine
méthionine
facteurs
d’initiation IF
3 facteurs IF
bactériens
beaucoup d’IF
type -eucaryotiqiue
beaucoup d’IF
sensibilité à la
toxine diphtérique
insensible
sensible
sensible
148

La traduction chez les archées est sensible à la toxine diphtérique

Corynebacterium diphtheriae
Corynebacterium diphtheriae

en agissant sur le facteur de traduction EF2 la toxine bloque la synthèse protéique provoquant la mort cellulaire

Les ribosomes des archées sont insensibles aux antibiotiques habituels bloquant la traduction chez les bactéries

Les ribosomes des archées sont insensibles aux antibiotiques habituels bloquant la traduction chez les bactéries 150
Les ribosomes des archées sont insensibles aux antibiotiques habituels bloquant la traduction chez les bactéries 150
Les archées sont résistantes à la majorité des antibiotiques utilisés couramment comme les agents de
Les archées sont résistantes à la majorité des antibiotiques utilisés
couramment comme les agents de sélection chez les bactéries
antibiotique
bactéries
archées
utilisés couramment comme les agents de sélection chez les bactéries antibiotique bactéries archées 151
utilisés couramment comme les agents de sélection chez les bactéries antibiotique bactéries archées 151
Le métabolisme chez les Archées
Le métabolisme chez les Archées

les voies

   

métaboliques

proches chez les Archées et les Bactéries

et la

conversion de

 

l’énergie

 

Nutritional type

Source of energy

Source of carbon

Examples

 
   

Organic

 

152

Sunlight

compounds

 

Inorganic

Organic compounds or carbon fixation

 

compounds

Organic

Organic

compounds

 

compounds

or carbon

 

Partie IV

Les archées mésophiles cultivables et non-cultivables

archées mésophiles – cultivables et non-cultivables Archaea exist in a broad range of habitats are a

Archaea

exist in a broad range of habitats are a major part of global ecosystems, contribute up to 20% of the total biomass on Earth

Le rumen est riche en méthanogènes

Methanobrevibacter 400 litres CH 4 /jour la méthanogénèse CO 2 + 4H 2 = CH
Methanobrevibacter
400 litres CH 4 /jour
la méthanogénèse
CO 2 + 4H 2 = CH 4 + 2H 2 O

Interactions archées/ autres organismes

Interactions archées/ autres organismes - relations mutualistes - relation commensales Aucune archées pathogènes ou

-relations mutualistes

-relation commensales

Aucune archées pathogènes ou parasite (sauf archée/archée) n’est connue

mutualism is the interaction between protozoa

and methanogenic archaea in the digestive tracts of

animals that digest cellulose, such as ruminants and termites.

marine archaean Cenarchaeum symbiosum lives within (it is an endosymbiont of) the sponge Axinella mexicana

les archées sont partout ????

Une archée méthanogène, Methanobrevibacter smithii, est un composant majeur de l’intestin humain

10 13 – 10 14 microorganismes -72 types de bactéries (83% non cultivables) -1 seule
10 13 – 10 14 microorganismes
-72 types de bactéries (83% non cultivables)
-1 seule archaea Methanobrevibacter smithii
-(10% de biomasse)

son rôle n’est absolument pas connu

Des archées pathogènes??

Inconnues……. pour le moment

Des archées pathogènes?? Inconnues……. pour le moment 157

Archaea à l’époque de la metagénomique

Archaea à l’époque de la metagénomique 99% de procaryotes ne sont pas cultivables 158

99% de procaryotes ne sont pas cultivables

L’approche métagénomique pour les études environnementales des Archaea
L’approche métagénomique pour les études
environnementales des Archaea
Séquençage
Séquençage
L’approche métagénomique pour les études environnementales des Archaea Séquençage 159

The Institute for Genomic Research

The Institute for Genomic Research Craig Venter 160
The Institute for Genomic Research Craig Venter 160
The Institute for Genomic Research Craig Venter 160
The Institute for Genomic Research Craig Venter 160

Craig Venter

The Institute for Genomic Research Craig Venter 160
Global Ocean Sampling expedition
Global Ocean Sampling expedition
- 200 litres d’eau de mer - extraction d’ADN - clonage des fragments de 2
- 200 litres d’eau de mer
- extraction d’ADN
- clonage des fragments de 2 à 6 kb
- séquence et analyse
Résultat: - 1,66 millions de fragments lus - 1,36 Gb d’ADN séquencées
Résultat:
- 1,66 millions de fragments lus
- 1,36 Gb d’ADN séquencées
2004
2004
de fragments lus - 1,36 Gb d’ADN séquencées 2004 Craig Venter and crew aboard the Sorcerer

Craig Venter and crew aboard the Sorcerer II during the Global Ocean Sampling expedition.

Des représentants non-extrêmophiles de deux phyla d’Archaea sont abondants dans l’eau de mer
Des représentants non-extrêmophiles
de deux phyla d’Archaea sont abondants dans l’eau de mer
Archaea mésophiles non cultivables 6% de population
Archaea mésophiles
non cultivables
6% de population

162

Les méthanogènes mésophiles non cultivables sont abondants dans les champs de riz
Les méthanogènes mésophiles non cultivables sont abondants dans les champs de riz

-les archées méthanogènes sont abondantes dans les champs de riz - elles produisent du méthane en grande quantité - ces archées ne peuvent pas être cultivées

quantité - ces archées ne peuvent pas être cultivées de 10 à 25% du méthane est
quantité - ces archées ne peuvent pas être cultivées de 10 à 25% du méthane est
quantité - ces archées ne peuvent pas être cultivées de 10 à 25% du méthane est

de 10 à 25% du méthane est produit par des archées méthanogènes

Nature - 2006
Nature - 2006

- 99% de microorganismes du sol ne sont pas cultivables

- jusqu’à 3000 fois plus d’Archaea que des bactéries dans des sols non agricoles

- dans le cycle d’azote sur Terre, l’oxydation de l’ammonium est

en grande partie assurée par les archées crenarchaeota

est en grande partie assurée par les archées crenarchaeota 2,3x10 28 cellules d’archées dans le milieu
2,3x10 28 cellules d’archées dans le milieu marin et dans le sol 20% de biomasse
2,3x10 28 cellules d’archées dans
le milieu marin et dans le sol
20% de biomasse
Le cycle de l’azote ammonium NH4 nitrification ammonium NO2 oxydase 165
Le cycle de l’azote ammonium NH4 nitrification ammonium NO2 oxydase
Le cycle de l’azote
ammonium
NH4
nitrification
ammonium
NO2
oxydase

165

on commence à étudier les archées mésophiles CULTIVABLES

Cenarchaeum symbiosum - 1996
Cenarchaeum symbiosum - 1996

Cenarchaeum symbiosum une archée mésophile, non-cultivable symbionte de l’éponge marine Axinella mexicana; 10°C

séquençage du génome - 2006
séquençage du génome - 2006
L’énigme du « Shedd Aquarium » à Chicago
L’énigme du « Shedd Aquarium » à Chicago

Il y a des poissons dans l’aquarium.

Il y a des poissons dans l’aquarium. L’eau du Shedd Aquarium à Chicago ne contient pas

L’eau du Shedd Aquarium à Chicago ne contient pas de NH 4 .

Absence de bactéries de nitrification . Quel organisme est responsable de cette transformation?

Absence de bactéries de nitrification . Quel organisme est responsable de cette transformation? 170
Absence de bactéries de nitrification . Quel organisme est responsable de cette transformation? 170

170

La coloration par DAPI indique la présences des cellules viables

La coloration par DAPI indique la présences des cellules viables 171
Crenarchaeota Nitrosopumilus maritumus
Crenarchaeota Nitrosopumilus maritumus
Crenarchaeota Nitrosopumilus maritumus . La première archée mésophile cultivable. Genome 1.645.259 bp séquençage du

.

La première archée mésophile cultivable. Genome 1.645.259 bp

séquençage du génome - 2007
séquençage du génome - 2007

172

Cenarchaeum symbiosum Nitrosopumilus maritimus Thaumarchaeota Brochier-Armanet et al., Nat Rev Microbiol. 2008
Cenarchaeum symbiosum
Nitrosopumilus maritimus
Thaumarchaeota
Brochier-Armanet et al.,
Nat Rev Microbiol.
2008 Mar;6(3):245-52.
Halophiles
Euryarchaeota
Méthanogénes
Phyla
Nanoarchées
Sulfolobus islandicus
Sulfolobales
Crenarchaeota
Korarchées

Tous les mésophiles non-Eury sont ils Taumarchaea???

Partie V

Virus des archées hyperthermophiles

Les virus représentent un composant majeur de tous les écosystèmes - 10 5 – 10
Les virus représentent un composant majeur de tous les écosystèmes
- 10 5 – 10 6 particules par ml dans l’eau de mer;
- ~ 20% des cellules procaryotiques sont infectées et lysées quotidiennement ;
- les virus participent à l’échange génétique par transduction
Les virus d’Archaea - existent-ils; comment sont-ils?
Les virus d’Archaea - existent-ils; comment sont-ils?
Les virus d’Archaea - existent-ils; comment sont-ils? ? 176
Les virus d’Archaea - existent-ils; comment sont-ils? ? 176

?

Les virus d’Archaea - existent-ils; comment sont-ils? ? 176

176

Virus des Archaea hyperthermophiles – les points principaux à retenir
Virus des Archaea hyperthermophiles –
les points principaux à retenir
Virus des Archaea hyperthermophiles – les points principaux à retenir 178

Acidianus Bottle-shaped Virus, ABV

family: Ampullaviridae

100 nm
100 nm

Häring, Rachel, Peng, Garrett, Prangishvili, J. Virol. 2005 Peng, Basta, Garrett, Prangishvili, Virology 2007

Acidianus Bottle-shaped Virus, ABV

family: Ampullaviridae

Acidianus Bottle-shaped Virus, ABV family: Ampullaviridae Häring, Rachel, Peng, Garrett, Prangishvili, J. Virol. 2005

Häring, Rachel, Peng, Garrett, Prangishvili, J. Virol. 2005 Peng, Basta, Garrett, Prangishvili, Virology 2007

Acidianus Two-tailed Virus, ATV

family: Bicaudaviridae

Acidianus Two-tailed Virus, ATV family: Bicaudaviridae

Acidianus Two-tailed Virus, ATV

family: Bicaudaviridae

Acidianus Two-tailed Virus, ATV family: Bicaudaviridae
Acidianus Two-tailed Virus, ATV family: Bicaudaviridae

Acidianus Two-tailed Virus, ATV

family: Bicaudaviridae

Acidianus Two-tailed Virus, ATV family: Bicaudaviridae
Acidianus Two-tailed Virus, ATV family: Bicaudaviridae

Acidianus Two-tailed Virus, ATV

purifie

d

Acidianus Two-tailed Virus, ATV purifie d virions family: Bicaudaviridae incubation at 10 ° C, 6 months

virions

family: Bicaudaviridae

incubation at 10°C, 6 months

Acidianus Two-tailed Virus, ATV purifie d virions family: Bicaudaviridae incubation at 10 ° C, 6 months
Acidianus Two-tailed Virus, ATV purifie d virions family: Bicaudaviridae incubation at 10 ° C, 6 months
Acidianus Two-tailed Virus, ATV purifie d virions family: Bicaudaviridae incubation at 10 ° C, 6 months

Acidianus Two-tailed Virus, ATV

family: Bicaudaviridae

Acidianus Two-tailed Virus, ATV family: Bicaudaviridae incubation at 90 ° C, 1 hr incubation at 75

incubation at 90°C, 1 hr

ATV family: Bicaudaviridae incubation at 90 ° C, 1 hr incubation at 75 ° C, 6

incubation at 75°C, 6 days

purifie

d

Bicaudaviridae incubation at 90 ° C, 1 hr incubation at 75 ° C, 6 days purifie

virions

incubation at 10°C, 6 months

Bicaudaviridae incubation at 90 ° C, 1 hr incubation at 75 ° C, 6 days purifie
Bicaudaviridae incubation at 90 ° C, 1 hr incubation at 75 ° C, 6 days purifie
Bicaudaviridae incubation at 90 ° C, 1 hr incubation at 75 ° C, 6 days purifie
Bicaudaviridae incubation at 90 ° C, 1 hr incubation at 75 ° C, 6 days purifie

Acidianus Two-tailed Virus, ATV

family: Bicaudaviridae

Acidianus Two-tailed Virus, ATV family: Bicaudaviridae

Acidianus Filamentous Virus 1, AFV1

family: Lipothrixviridae

Filamentous Virus 1, AFV1 family: Lipothrixviridae micro pinces – outil de nano technologie de demain?

micro pinces outil de nano technologie de demain?

Bettstetter , Peng, Garrett, Prangishvili, Virology 2003

Acidianus Filamentous Virus 1, AFV1

Nucleosome-like organisation of the virion core

1, AFV1 Nucleosome-like organisation of the virion core DNA is wound into a left-handed helix with
1, AFV1 Nucleosome-like organisation of the virion core DNA is wound into a left-handed helix with

DNA is wound into a left-handed helix with parameters similar to those in the Xenopus laevis nucleosome.

Kostyushenko, Pehau-Arnaudet , Basta, Bowman, Cambillau, Prangishvili, Rossmann, in preparation

Acidianus Filamentous Virus 1, AFV1

family: Lipothrixviridae

Filamentous Virus 1, AFV1 family: Lipothrixviridae Kostyushenko, Pehau-Arnaudet , Basta, Bowman, Cambillau,

Kostyushenko, Pehau-Arnaudet , Basta, Bowman, Cambillau, Prangishvili, Rossmann, in preparation

Sulfolobus Icosahedral Turreted Virus (STIV)
Sulfolobus Icosahedral Turreted Virus (STIV)
Sulfolobus Icosahedral Turreted Virus (STIV) Thermal Viruses in Yellowstone National Park 190
Sulfolobus Icosahedral Turreted Virus (STIV) Thermal Viruses in Yellowstone National Park 190
Sulfolobus Icosahedral Turreted Virus (STIV) Thermal Viruses in Yellowstone National Park 190

Thermal Viruses in Yellowstone National Park

190

Rudiviridae: SIRV1

Rudiviridae: SIRV1 Vestergaard, Haring, Peng, Rachel, Garrett, Prangishvili, Virology 2005

Vestergaard, Haring, Peng, Rachel, Garrett, Prangishvili, Virology 2005

Partie VI

Epilogue et les archées sur Mars

Partie VI Epilogue et les archées sur Mars 192
Partie VI Epilogue et les archées sur Mars 192
Ecologie des Archaea – deux points de vue
Ecologie des Archaea – deux points de vue
années 70-90 -les Archaea sont des créatures bizarres habitant dans des environnements marginaux et extrêmes
années 70-90
-les Archaea sont des créatures bizarres habitant dans
des environnements marginaux et extrêmes (très chauds, très salés,
fond de l’océan etc)
(sauf quelques exceptions comme les méthanogènes)

-

extrêmes (très chauds, très salés, fond de l’océan etc) (sauf quelques exceptions comme les méthanogènes) -

-années 2000

- les Archaea sont un composant ubiquitaire de tous les écosystèmes - les Archaea mésophiles
- les Archaea sont un composant ubiquitaire de tous les écosystèmes
- les Archaea mésophiles (Cren- comme Euryarchaeota) représentent 20%
de la biomasse sur Terre
- leur rôle dans le cycle de l’azote sur Terre est prédominant
archées marines méthanogènes archées du sol Les majorité des Archaea ne sont pas des extrêmophiles
archées marines
méthanogènes
archées du sol
Les majorité des Archaea ne sont pas des extrêmophiles

archées extrêmophiles

194

Les archées et la question de l’origine de la vie

Les archées et la question de l’origine de la vie Black smokers support a variety of
Les archées et la question de l’origine de la vie Black smokers support a variety of

Black smokers support a variety of archaea. The discovery of the archaea in extreme environments suggests that life evolved under hellish conditions.

Les premières formes de vie ont été hyperthermophiles?

Eucarya
Eucarya
Bacteria LUCA
Bacteria
LUCA
Les premières formes de vie ont été hyperthermophiles? Eucarya Bacteria LUCA 196
Les premières formes de vie ont été hyperthermophiles? Eucarya Bacteria LUCA 196

196

Les archées et la question de l’origine de la vie

Les archées et la question de l’origine de la vie Origin of the three domains from
Les archées et la question de l’origine de la vie Origin of the three domains from

Origin of the three domains from volcanic smokers.

197

Astrobiologie: les archées sont bien adaptées aux conditions extrêmes existant sur certaines planètes 198

Astrobiologie:

les archées sont bien adaptées aux conditions extrêmes existant sur certaines planètes

Les archées venues du Mars?

Mars rock, 1984
Mars rock, 1984

The size of the rod- and spherically-shaped objects are similar in size to archaean bacteria.

Archaea et astrobiologie : les extrêmophiles peuvent ressembler aux formes de vie extraterrestre
Archaea et astrobiologie :
les extrêmophiles peuvent ressembler aux formes de vie extraterrestre
peuvent ressembler aux formes de vie extraterrestre méthane volcan eau Les archées méthanogène sur Mars? 200
peuvent ressembler aux formes de vie extraterrestre méthane volcan eau Les archées méthanogène sur Mars? 200
méthane
méthane
peuvent ressembler aux formes de vie extraterrestre méthane volcan eau Les archées méthanogène sur Mars? 200
volcan
volcan
peuvent ressembler aux formes de vie extraterrestre méthane volcan eau Les archées méthanogène sur Mars? 200
eau
eau
Les archées méthanogène sur Mars?
Les archées méthanogène sur Mars?

200

201
201
201
… et un jour Mars-archaeota???
… et un jour Mars-archaeota???
… et un jour Mars-archaeota??? 203
205