LA GENÉTICA DEL HUÉSPED DE RESPUESTA A PORCINO SÍNDROME RESPIRATORIO Y

REPRODUCTIVO EN CERDOS DESTETADOS

Abstracto
PRRS es la enfermedad más costosa en la industria porcina estadounidense. Si
bien la vacunación, bioseguridad y el esfuerzo de erradicación han tenido cierto
éxito, la variabilidad y capacidad de infección de cepas de virus de PRRS han
obstaculizado la eficacia de estas medidas. Proponemos el uso de la selección
genética de los cerdos como un esfuerzo adicional y complementaria. Varios
estudios han demostrado que la respuesta del huésped a la infección de PRRS
tiene un componente genético importante y los recientes avances en la genómica
proporcionar oportunidades para sacar provecho de estas diferencias genéticas y
mejorar nuestra comprensión de la respuesta del huésped a PRRS. Mientras se
está trabajando también para entender la base genética de la respuesta del
huésped a PRRS reproductivos, el objetivo de esta revisión es en la investigación
realizada en la respuesta del huésped a PRRS en el vivero y en fase de
crecimiento-engorde como parte del PRRS anfitrión Genética Consorcio. Uso de la
infección experimental de un gran número de cerdos de cría comerciales,
combinados con profunda fenotipificación y la genómica, esta investigación ha
identificado un gen importante que está asociado con respuesta del huésped a
PRRS. genómica funcional adicional de trabajo identificadas gen GBP5 como
portadoras de la mutación causante putativo. GBP5 se asocia con la respuesta
inmune innata. El trabajo posterior ha validado el efecto de esta región genómica
en respuesta del huésped a una segunda cepa de PRRSV y a la vacunación
PRRS y co-infección de los cerdos de cría con PRRSV y PCV2b. Un marcador
genético cerca GBP5 está a disposición de la industria para su uso en la
selección. Las diferencias genéticas en respuesta del huésped más allá de GBP5
parecen ser altamente poligénica, es decir, controlado por muchos genes en todo
el genoma, cada uno con un pequeño efecto. Tales efectos pueden por
capitalizado en un programa de selección a través de la predicción genómico en
un gran número de marcadores genéticos en todo el genoma. El trabajo adicional
también ha identificado la base genética de la respuesta de anticuerpos a PRRS,
lo que podría dar lugar a la utilización de respuesta a la vacuna como un rasgo
indicador para seleccionar de respuesta del huésped a PRRS. Otros análisis
genómico, incluyendo la expresión de genes análisis, han genes y módulos de
genes que están asociados con diferencias en la respuesta del huésped a PRRS y
identificados se pueden utilizar para comprender mejor y utilizar las diferencias en
la respuesta del huésped. En conjunto, estos resultados demuestran que la
selección genética puede ser una herramienta adicional y complementario para
combatir PRRS en la industria porcina.

Palabras clave
 cerdos ;
 La genética del huésped ;
 PRRS
1. Introducción
Síndrome reproductivo y respiratorio porcino (PRRS) es la enfermedad viral más
costoso en los EE.UU. y en todo el mundo ( Holtkamp et al., 2013 ). PRRS afecta
tanto a los sectores reproductivos y de crecimiento-finalización de la industria
porcina a través de una disminución en la salud reproductiva, un aumento en la
mortalidad y la morbilidad, y la reducción de la velocidad y eficiencia del
crecimiento ( Zimmerman et al., 2012 ). Virus PRRS (PRRSV) también funciona
como un cofactor en otros síndromes de enfermedades, tales como complejo
respiratorio porcino (CRP) y la enfermedad PCV-asociado (PCVAD)
( 0095 ; 0110 ). Holtkamp et al. (2013) estima que el costo anual de las pérdidas
relacionadas con la producción de PRRS en los EE.UU. en $ 664 millones ($ 1.8
millones de euros / día), que fue del 18% mayores que los costos estimados en
2005 ( Neumann et al., 2005 ), a pesar de grandes esfuerzos a controlar la
enfermedad a través de mejoras en la gestión veterinaria salud, la bioseguridad, la
eliminación de la enfermedad, y la vacunación ( 0060 ; 0140 ; 0045 ). Los costos
adicionales atribuidas a PRRS para uso veterinario, la bioseguridad y otros gastos
relacionados con el brote se estimaron en $ 478 millones ( Holtkamp et al., 2013 ),
sugiere que el coste acumulado más de $ 1 mil millones por año. Cincuenta y
cinco por ciento de los costos se atribuyeron al sector porcino creciente ( Holtkamp
et al., 2013 ). La vacunación para la protección contra la infección por PRRSV ha
sido generalmente un fracaso, debido principalmente al alto grado de deriva
antigénica y genética en proteínas estructurales y no estructurales virales y la
capacidad del virus PRRS de subvertir principios de la respuesta inmune innata
( 0090 ; 0155 ; 0205 ; 0220 ; 0225 ; 0195 ). Por lo tanto, los métodos distintos de
la vacunación deben ser exploradas para ayudar en la lucha contra esta
pandemia; mejora genética del huésped es uno de estos métodos ( Lewis et al.,
2007 ).
Durante las últimas décadas, la selección genética ha sido muy eficaz en el
desarrollo y mejora de líneas de cerdos que producen carne magra de cerdo de
alta calidad de una manera eficiente ( Dekkers et al., 2010 ). Esto se ha logrado
mediante una selección sistemática de las estimaciones del valor genético de los
padres potenciales de la base de una amplia grabación fenotipo de la tasa de
crecimiento, la grasa dorsal, calidad de la carne, y la reproducción. En principio,
estos mismos métodos de selección se pueden aplicar para identificar y
seleccionar los cerdos que son más resistentes, tolerante, o resistentes a
enfermedades, siempre que éstos se determina al menos parcialmente por la
genética del cerdo (es decir, los rasgos son hereditarias) y fenotipos relacionados
para la resistencia a enfermedades, tolerancia o la resistencia puede ser recogido
en animales de cría. Aquí, la resistencia se refiere a la capacidad de un animal
para prevenir la infección cuando se exponen a un patógeno o para limitar la
replicación del patógeno cuando se infectan ( Bishop, 2012 ). Tolerancia se refiere
a la capacidad de un animal para mantener el rendimiento a un nivel dado de
infección o de la carga de patógenos ( Bishop, 2012 ). Por lo tanto, a un nivel dado
de la viremia, el crecimiento y el rendimiento de los animales tolerantes es menos
afectado que la de los animales menos tolerantes. Mientras que la tolerancia se
refiere al impacto en el rendimiento de una carga patógeno dado que está
presente en el animal, los conceptos de resistencia y robustez se refieren a la
capacidad de un animal para mantener el rendimiento tras la exposición a un
patógeno. Por lo tanto, la capacidad de recuperación combina resistencia y
tolerancia ( Doeschl-Wilson et al., 2012 ).
Los primeros trabajos que investigó un componente genético huésped a respuesta
a PRRS reveló lesiones pulmonares más brutas en PRRSV infectan cerdos
Hampshire comparación con los cerdos Duroc y Meishan ( Halbur et al.,
1998 ). Con un modelo de cerda, Lowe et al. (2005) encontraron que la genética
puede afectar la tasa de abortos PRRSV inducida, posiblemente debido a los
niveles circulantes de células IFN-secretoras. 0305 ; 0310 encontraron que las
respuestas de los macrófagos fueron parcialmente predictivo de asociaciones de
razas y de línea con resistencia a PRRSV. Petry et al. (2005) encontró que una
línea sintética Large White / Landrace tenía bajas temperaturas rectales y menos
viremia cuando están infectadas con PRRSV en comparación con una línea
sintética Hampshire / Duroc. Petry et al. (2007) encontró que, pre-infección, los
cerdos que eran menos susceptibles a PRRSV tenían mayores niveles de IL-8 en
suero. Las estimaciones de heredabilidad de la resistencia a PRRSV o resiliencia
han sido escasos, pero las estimaciones para los números de nacidos vivos,
nacidos muertos y momias de cerdas infectadas con PRRSV rango 0,12 a 0,15
( Lewis et al., 2009 ). Rashidi et al. (2014) mostraron cómo reproductiva se podrían
utilizar los datos de rendimiento recogidos en granjas comerciales para identificar
los brotes de la enfermedad, específicamente de PRRS, que fue utilizado
por Mathur et al. (2014) para obtener una medida cuantitativa de la carga de
interrogación. Herrero-Medrano et al. (2015) mostraron cómo estos datos podrían
ser utilizados para estimar los parámetros genéticos para el rendimiento
reproductivo bajo diferentes niveles de desafío, que se pueden incorporar en los
programas de cría para seleccionar la capacidad de recuperación de la
enfermedad.
Aunque esta investigación demuestra que la respuesta de acogida a PRRS tiene
un importante componente genético, la recolección de datos fenotípicos sobre los
efectos de la infección por PRRSV en pie de cría es problemática debido a la
necesidad de mantener un excelente estado de salud y en la cría de rebaños
multiplicadores núcleo. Sin embargo, si los genes o marcadores genéticos ligados
a genes que están asociados con la resistencia o susceptibilidad de los cerdos a la
infección por PRRSV pueden ser identificados, esto puede proporcionar
oportunidades para seleccionar cerdos utilizando selección asistida por
marcadores o selección genómica. Oportunidades para investigar el papel de la
genética del huésped sobre la resistencia a la enfermedad han expandido en la
última década a través de los rápidos avances que se han producido en la
genómica y en la tecnología genómica. Estos desarrollos permiten ahora a los
animales a ser genotipados para miles de marcadores genéticos (polimorfismos de
un solo nucleótido o SNP) en todo el genoma, lo que permite SNPs que están
asociados con los rasgos de interés para ser identificados por los estudios de
asociación en todo el genoma ( Goddard y Hayes, 2009 ).
El propósito de esta revisión es describir los esfuerzos en curso para investigar
oportunidades de usar la genética del cerdo como una herramienta más en la
lucha contra el PRRS, como parte del PRRS anfitrión Genética Consortium
(PHGC). El PHGC se estableció en 2007 con fondos de la National Pork Board
para investigar la base genética de la respuesta del huésped a la infección por
PRRSV, después de una amplia participación de los interesados (NC229 PRRS
investigadores de la enfermedad, los investigadores del genoma NC1037 /
NRSP8, National Pork Board porcina Comité de Salud y Ciencia Animal miembros,
veterinarios, la Asociación Americana de veterinarios Porcinos, productores y
socios comerciales que representan a los criadores, la salud animal, alimentación,
y las compañías de diagnóstico) ( 0190 ; 0260 ). El uso novedoso de genotipado
y enfoques de fenotipo profundas que combinan estado de la genómica de arte
con el estado de la virología arte, el objetivo final de estos esfuerzos es el
desarrollo de herramientas y criterios de selección que se pueden utilizar en los
programas de cría de cerdos para disminuir el impacto de PRRS en el industria
porcina. Aunque el trabajo sustancial También está en marcha sobre la base
genética de PRRS reproductivos (resumidos en Dekkers et al., 2014 y Harding et
al., 2016 ), el objetivo principal de esta revisión es en la investigación terminados y
en curso de PRRS durante la fase de crecimiento como parte de la PHGC. Los
principales resultados de estos estudios se resumen en la Tabla 1 y se describirán
con más detalle en el resto de esta revisión.
Tabla 1.
Resumen de los principales resultados de las investigaciones sobre la base genética de la
respuesta del huésped a la infección por el virus de síndrome reproductivo y respiratorio en
cerdos destetados.
# #
ensayo cerdo Resultados
Experimentar s s principales referencias
Generación La infección 9 1499 respuesta del 0030 ; 0035 ; 0040
1 de experimental huésped a
pruebas con NVSL 97 PRRS es
PHGC moderadament
e heredable
Identificación
de un gen
importante para
la resistencia y
capacidad de
recuperación
en SSC4
Generación La infección 5 845 Confirmación Hess et al. (2016)
2 ensayos experimental del efecto
PHGC con KS- SSC4 para una
2.006-72.109 segunda cepa
Generación 14 2344 correlaciones
1 y 2 PHGC genéticas altas
ensayos entre respuesta
del huésped a
cepas
heterólogas
 # #
ensayo cerdo Resultados
Experimentar s s principales referencias
Anfitrión Waide et al. (2017)
respuesta a
PRRS es
altamente
poligénica, más
allá del efecto
SSC4
predicción Waide (2015)
genómico de
respuesta del
huésped dentro
ya través de las
cepas
Generación vacunación 4 660 Confirmación Dunkelberger et
3 ensayos PRRS y co- del efecto al. (2017)
PHGC infección SSC4 en
experimental respuesta a la
con PCV2b vacuna y la
coinfección
El impacto
negativo de la
vacuna del
PRRS en la
respuesta
PCV2b
Pruebas de cerdos 4 ~ 800 En progreso
campo limpios en
establos reto
naturales
La respuesta PRRSV IgG 4 1189 MHC Hess et al. (2016)
de específica de identificado
anticuerpos los ensayos como principal
de infección gen para IgG
de PRRS
experimento Micro-array y Identificación Koltes et al. (2015)
s de RNAseq de de GBP5 como
expresión cerdos la mutación
génica seleccionado causal de los
s a partir de principales
los ensayos genes SSC4
de infección Identificación Arceo et
de PRRS de genes y las al. (2013) ; Schroye
vías asociada n et al. (2015) ; Bao
con alta y baja et al. (2016)
viremia y el gen
importante
SSC4
opciones de la tabla
El objetivo de esta revisión es sobre las oportunidades para sacar provecho de la
variación genética que ya está presente en las poblaciones porcinas a través de la
selección genética, en lugar de oportunidades para generar nueva variación a
través de métodos tales como la edición de genes. Este último ha, sin embargo, se
ha demostrado recientemente para proporcionar oportunidades para generar
cerdos que demuestran una resistencia completa a la infección por PRRSV
( Whitworth et al., 2016 ). El uso de estos métodos para la producción porcina
comercial es, sin embargo, dependen de la aprobación por las agencias
gubernamentales pertinentes, que es en el momento incierto.

2. Ensayos de infección de PRRS genómica anfitrionas consorcio

PRRSV
El diseño experimental para los ensayos PHGC consiste en recoger fenotípica
completa, inmunológicos, y los datos genómicos en gran número de cerdos
comerciales bajo un modelo de desafío porcino vivero. En este modelo, grupos de
200 lechones destetados de una fuente genética comercial son desafiados con
una cepa específica del PRRSV en instalaciones biológicamente seguras en la
Universidad del Estado de Kansas, y seguidos durante 42 días post-infección (dpi)
(para detalles ver Lunney et al. 2011 y Boddicker et al., 2012 ). El propósito de los
ensayos PHGC no es comparar diferentes productos genéticos, sino para evaluar
las diferencias en la respuesta del huésped entre los cerdos de la misma cruce
genético. De hecho, debido a la confusión total entre el juicio y la línea genética, el
diseño PHGC no permite comparaciones entre las fuentes genéticas que se
hagan.
En los ensayos PHGC, todos los cerdos se infectan y todas están genotipados
para> 60.000 polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) utilizando el porcino
SNP60 BeadChip ( Ramos et al., 2009 ). Los datos se almacenan y disposición de
los miembros PHGC a través de una base de datos relacional segura
( http://www.animalgenome.org/lunney/index.php ), con acceso controlado por un
Acuerdo de Transferencia de Investigación Cooperativa y acuerdo de desarrollo de
materiales que se mantiene por el USDA ARS . Todos los resultados de la
investigación son públicos de dicho Acuerdo y, previa solicitud, los datos y las
muestras recogidas a través de la PHGC puede ser utilizado por investigadores
calificados para realizar nuevas investigaciones.
En la primera generación de ensayos PHGC, 9 grupos de cerdos de destete
mestizas comerciales de 6 fuentes genéticas se infectaron experimentalmente con
la cepa NVSL 97 del virus ( Truong et al., 2004 ). Una segunda generación de 5
ensayos PHGC involucrado infección experimental de líneas similares de cerdos
con la más reciente cepa KS-2006-72109 PRRSV, que es 89% idéntica a la cepa
NVSL 97 en el nivel de secuencia de péptido GP5 viral ( Ladinig et al., 2015 ).

3. parámetros fenotípicos y genéticos para la respuesta del huésped a la

infección experimental PRRSV
Anfitrión respuesta a la infección se caracteriza por el aumento de peso (WG) de 0
a 42 dpi, una medida de la capacidad de recuperación, y por la carga viral (VL),
cuantificada como el área bajo la curva de la viremia log-transformado (base 10)
en la sangre basa en PCR cuantitativa de 0 a 21 dpi ( Boddicker et al., 2012 ), que
es una medida de resistencia. La viremia después de 21 dpi se caracterizó por 17
y 6% de los cerdos que muestran rebote viremia para las infecciones NVSL y
KS06, respectivamente ( Hess et al., 2016 ), caracterizado por la evidencia
estadística de un aumento en el nivel de viremia del suero, siguiendo Islam et al
. (2013) . Esto probablemente refleja escape del PRRSV de la respuesta inmune
del huésped. Se encontró Genética del huésped tener poco impacto sobre si o no
un cerdo particular mostró rebote, como la heredabilidad de rebote fue cercana a
cero (0,03 ± 0,08) ( Boddicker et al., 2012 ). La cepa NVSL se encontró que era
más virulento que KS06 porque alcanzó mayor viremia pico más rápidamente y
resultó en un 16% mayor VL y 19% más lento el crecimiento de los cerdos ( Hess
et al., 2016 ). Sin embargo, KS06 dio lugar a una infección más persistente en el
tiempo. La correlación fenotípica entre VL y WG era pequeña negativo: -0,33 para
NVSL y -0,23 para KS06 ( Hess et al, 2016. ).
Sin embargo, las estimaciones de heredabilidad fueron moderadamente alta para
los dos aislados de PRRSV para VL (0,31 ± 0,06 para NVSL y 0,51 ± 0,09 para
KS06) y para WG (NVSL: 0,33 ± 0,06 para NVSL y 0,31 ± 0,09 para KS06),
indicando que 30 50% de la variación en la respuesta de acogida de los cerdos de
cría de la misma cruz después de la infección experimental PRRSV es debido a
diferencias en la genética del huésped ( Hess et al., 2016 ). Las correlaciones
genéticas entre VL y WG fueron sustanciales y negativa tanto para NVSL (-0,74 ±
0,10) y KS06 (-0,52 ± 0,17), lo que sugiere que los genes que hacen que los
cerdos más resistentes (inferior VL) también tienden a permitir que los cerdos a
crecer más rápido siguiente PRRSV infección ( Hess et al., 2016 ).
Algunos cruces genéticos se utilizaron en ensayos de infección con ambas cepas
de PRRSV, lo que permitió la similitud genética de respuesta del huésped a dos
cepas de PRRSV diferentes para ser evaluados. Usando estos datos, la
correlación genética de VL después de la infección NVLS con VL después de la
infección con KS06 se estimó en 0,86 (± 0,19) y se obtuvo una estimación similar
para WG (0,86 ± 0,27) ( Hess et al., 2016). En conjunto, estos resultados
demostraron que la respuesta de huésped a la infección experimental con el
PRRSV tiene un componente genético importante y que el control genético de esta
respuesta es muy similar entre las cepas de PRRSV.

4. El descubrimiento de un gen importante para la respuesta del huésped

a PRRSV
Para identificar marcadores y regiones del genoma que están asociados con la
carga viral o la tasa de crecimiento después de la infección PRRSV genéticos,
todos los cerdos fueron genotipo con el panel de SNP 60k y evaluados en los
estudios de asociación del genoma completo (GWAS). Los análisis de los ensayos
NVSL identificado una región en porcina cromosoma 4 (SSC4) de
aproximadamente ½ Mb de longitud que estaba asociado tanto con VL y WG
( 0030 ; 0035 ; 0040 ). Esta región SSC4 explicó aproximadamente el 15% de la
varianza genética para la VL y 11% de la varianza genética para WG, indicando la
presencia de un gen importante para la respuesta del huésped a PRRS en esa
región. Se encontró que la región de ½ Mb siendo en gran desequilibrio de
ligamiento en todas las razas y líneas investigadas, lo que significa que se trata de
una región con muy poca recombinación. Un SNP en la región, WUR10000125, se
encontró que para capturar los efectos completos de la región en VL y WG y este
SNP (WUR abreviado) se utilizó en los análisis posteriores. El WUR SNP se
encontró que tienen efectos significativos en todos los ensayos, con los individuos
con el genotipo AB que tiene de 5% menor VL y 14% mayor WG que los cerdos
con el genotipo AA en este SNP. Aunque la frecuencia de cerdos BB era baja, el
genotipo BB tuvo efectos similares como el genotipo AB, lo que sugiere que el
alelo B a ser dominante sobre el alelo A. Se encontró que el alelo B de estar
presente en todas las razas y líneas que contribuyeron a los ensayos PHGC pero
a una baja frecuencia (2-40%) ( Boddicker et al., 2014 ).
El WUR SNP también tuvo un efecto significativo sobre VL después de la infección
con la cepa KS06, lo que indica que los efectos de esta región pueden estar
presentes a través de múltiples cepas del PRRSV. Las estimaciones del efecto
fueron, sin embargo, menor que el observado para la cepa NVSL 97,
aproximadamente el 82% del efecto para VL y aproximadamente el 19% del efecto
sobre WG; el efecto sobre WG no fue significativa ( Hess et al., 2016 ). Los efectos
más pequeños de este gen principal para la cepa KS06, en particular para WG,
pueden reflejar la patogenicidad inferior de la cepa KS06, consistente con el VL
inferior y superior WG observado para que la cepa en comparación con la cepa
NVSL.
Abella et al. (2016) mostraron recientemente que el genotipo en WUR también se
asoció con la tasa de crecimiento después de la vacunación con una cepa
europea atenuada del PRRSV. Sin embargo, cuando los cerdos fueron desafiados
con una cepa de VSRRP europeo de tipo salvaje, genotipo en WUR no se asoció
significativamente con VL, aunque los cerdos con el genotipo AB tenían
numéricamente inferior VL ( Abella et al., 2016 ). Tanto estos estudios fueron, sin
embargo, en base a números pequeños (n = 40 y 80).
En general, estos resultados muestran que la región SSC4 puede conferir algún
nivel de resistencia y resiliencia a la infección través de las cepas de PRRSV y
podría ser utilizado para seleccionar cerdos para aumentar la resistencia y la
resistencia seleccionando para el alelo B en el SNP WUR o mediante la
producción de cerdos cruzados comerciales que tienen el genotipo AB. Abella et
al. (2016) , sin embargo, también se encuentran los cerdos con el genotipo AB en
el WUR SNP tener menor tasa de crecimiento durante el período de crecimiento-
acabado en ausencia de PRRS, lo que plantea preocupaciones acerca de la
selección de los cerdos en base a AB genotipo en la WUR SNP. En el trabajo en
curso, hemos, sin embargo, no han sido capaces de replicar este hallazgo en otras
líneas comerciales que crecen en ambientes limpios y se mantuvo hasta que el
peso de mercado ( Dunkelberger et al., 2017 ).
La región ½ Mb SSC4 incluye múltiples genes candidatos que se sabe que están
asociados con la respuesta inmune innata, incluyendo miembros de la proteína de
unión a guanilato (GBP) familia (GBP1, GBP2, GBP4, GBP5, y GBP6), CCBL2,
GTF2B, y PKN2 ( Boddicker et al., 2012 ). Debido a la alta vinculación
desequilibrio en la región SSC4, mapeo fino de la mutación causante del efecto
SSC4 por los enfoques de mapeo genético era problemático. En su lugar, se
utilizó un enfoque de la genómica funcional, que implica la evaluación y análisis de
la expresión de genes en la región. Para este propósito, las muestras de sangre a
los 5 puntos de tiempo de 8 pares de hermanos de camada de uno de los ensayos
PHGC, con un lechón siendo AA y un lechón siendo AB para el WUR SNP, se
sometieron a análisis de ARN de la secuencia. Resultados identificaron un gen
candidato en la región SSC4 que mostraron significativamente mayor expresión en
AB frente a AA lechones a través de múltiples puntos de tiempo durante el ensayo
( Koltes et al., 2015 ). Además, se identificó la expresión específica de alelos de
este gen en los lechones AB, con el alelo B se expresa más frecuentemente que el
alelo A a través de múltiples puntos de tiempo. Los análisis posteriores de los
datos de secuencia identificado una variante del sitio de empalme en uno de los
intrones de este gen, que resulta en un codón de parada prematuro en las
transcripciones producidas por el alelo A, y por lo tanto en la producción de una
proteína incompleta ( Koltes et al., 2015 ). Teniendo en cuenta los datos de RNA-
secuenciación de todo el genoma completo de este experimento, Schroyen et
al. (2016) identificaron diferencias adicionales en los patrones de expresión de
genes en todo el genoma en el tiempo entre AA y AB animales, en particular para
varios módulos de genes que se identificaron usando análisis de gen ponderado
red co-expresión. Se observaron diferencias menores entre AA y los animales AB
en genes asociados con la respuesta inmune y la respuesta al daño del ADN, pero
una diferencia altamente significativa en la expresión se identificó en los genes
asociados con el transporte de iones / homeostasis y la participación de los
receptores acoplados a proteína-G, que fue reforzado por resultados de factor de
impacto regulatorio y fenotípica entre el análisis de los genotipos AA y
BB. Basándose en estos resultados, Schroyen et al. (2016) la hipótesis de que
estas diferencias de expresión génica son el resultado de una disminución de la
capacidad de la GBP5 truncada de los cerdos del genotipo AA para inhibir la
entrada y replicación viral tan rápido como la proteína intacta GBP5 de los cerdos
AB genotipo.
Proteínas de unión a guanilato (Gbps) son bien conocidos por tener actividad de
interferón-inducible contra las bacterias intracelulares y parásitos ( Kim et al.,
2012 ). Un estudio reciente de Krapp et al. (2016) concluyeron que GBP5 deteriora
la infectividad del virus VIH mediante la demostración de que los niveles de GBP5
en macrófagos determinan e inversamente se correlacionan con infecciosa
rendimiento VIH-1. También mostraron que las proteínas GBP5 mutantes que
están truncados en una región similar a los transcritos producidos por el alelo
WUR A en nuestros estudios, pierden su actividad anti-VIH, así potencialmente la
contabilidad de los niveles más altos de PRRSV encontradas en cerdos
AA. Aunque no tenemos una prueba funcional del impacto de la variante GBP5
sitio de empalme de PRRSV, estos resultados para el VIH son prometedores. Otro
estudio en cerdos, sin embargo, se encontró que un polimorfismo en el exón 2 de
GBP1, que también se encuentra en la región SSC4, se asoció con los niveles de
viremia y la ganancia de peso en los cerdos infectados con PRRSV ( Niu et al.,
2016 ). En ese estudio de 38 cerdos PRRSV infectado, el WUR SNP no mostró
una asociación significativa con la viremia o aumento de peso.

5. Selección de respuesta del huésped a PRRS por la predicción de todo

el genoma
Aunque el principal gen descrito en la sección anterior se puede utilizar para
seleccionar los cerdos que son más resistentes o resistentes a PRRS, sólo se
explica una parte (10-15%) de las diferencias genéticas en respuesta del huésped
a la infección por PRRSV. A GWAS completa de respuesta del huésped utilizando
los datos de los ensayos PHGC no reveló otras regiones genómicas con efectos
sustanciales ( Waide et al., 2017 ). En cambio, más allá de la región SSC4, se
encontró que la base genética de la respuesta del huésped a ser altamente
poligénica, lo que significa que las diferencias genéticas en respuesta del huésped
se determinan por muchos genes en todo el genoma, cada uno con un efecto
relativamente pequeño, pero la adición de hasta un efecto heredable sustancial
. Además, a parte de la región SSC4, hubo poco o ningún solapamiento de
regiones importantes para la respuesta del huésped a la NVSL contra el virus
KS06. Sin embargo, los genes cerca de SNPs asociados fueron enriquecidos para
los mismos términos ontología de genes a través de aislados de PRRSV, lo que
sugiere respuestas del huésped a estos dos aislados se ven afectados por
procesos biológicos similares ( Waide et al., 2017 ), que es consistente con la alta
correlación genética de anfitrión respuesta a estos dos aislados ( Hess et al.,
2016 ).
Estos resultados sugieren que puede que no sea posible identificar un número
limitado de marcadores que junto a explicar una gran proporción de las diferencias
genéticas en respuesta del huésped a PRRS para su uso en la selección asistida
por marcadores. Este es un hallazgo común en la genética cuantitativa y se ha
referido como la heredabilidad perdida en genética humana ( Manolio et al.,
2009 ). Una solución a este problema es utilizar todo el genoma o predicción
genómico, que utiliza decenas de miles de marcadores en todo el genoma de
predecir el valor de cría de un individuo para un rasgo, en lugar de sólo los
marcadores que se han encontrado para ser significativo en un GWAS. La
predicción genómica y selección implican la estimación de los efectos de todos los
marcadores en el panel de genotipado (> 40.000 en nuestro caso después del
control de calidad), utilizando una población de entrenamiento que consiste en
animales que han sido genotipo y phenotyped, y luego aplicar las estimaciones del
efecto de SNP resultantes para predecir el valor genético de otros animales que
han sido genotipo, pero no tienen fenotipo ( Meuwissen et al., 2001 ). La
predicción genómica ha sido implementado con éxito en el ganado lechero, que
permite la selección de los toros a una edad temprana, antes de que ellos haber
completado su prueba de progenie, basándose únicamente en sus genotipos SNP
en todo el genoma ( Hayes et al., 2009 ). Esto ha resultado en una casi
duplicación de la tasa de progreso genético en el ganado lechero a través de una
reducción del intervalo de generación ( 0265 ; 0270 ). Predicción genómico
también se ha implementado en otras especies de ganado, incluyendo cerdos
( Van Eenennaam et al., 2014 ). Aunque las oportunidades para reducir los
intervalos de generación están limitados en cerdos, porque verracos y cerdas
jóvenes para producir la siguiente generación se seleccionan típicamente antes de
la madurez sexual, la predicción genómico sí permite un aumento en la exactitud
de los valores genéticos estimados en el punto de selección. Esto es
particularmente beneficioso para la reproducción y calidad de la carne rasgos,
para lo cual los registros fenotípicos no están disponibles en los candidatos de
selección en el punto de selección ( Van Eenennaam et al., 2014 ).
La predicción genómica también ofrece soluciones para la selección de rasgos
que no se pueden medir en animales que se están seleccionadas en un programa
de cría, ya que deben ser mantenidos en instalaciones con alta seguridad
biológica (núcleo y rebaños multiplicadores), que incluye la resistencia de salud o
enfermedad. Por lo tanto, los datos de respuesta de acogida que se ha recogido
en los ensayos PHGC podrían ser utilizados como una población de
entrenamiento para la predicción genómica de respuesta del huésped de animales
en los programas de cría núcleo cerdo. Para evaluar el potencial de una estrategia
de predicción y selección tales genómico, se utilizaron los datos de los ensayos
PHGC en un análisis de validación cruzada de predicción genómica. Esta división
de los datos involucrados PHGC en la validación de datos y conjuntos de
formación, lo que permite predicciones genómicas que se desarrollarán basa en
los datos de entrenamiento y se aplica a los datos de validación. Se evaluó
entonces la exactitud de las predicciones genómicas basado en la correlación
entre las predicciones y fenotipos host-respuesta en los datos de validación. Para
convertir esta correlación a la exactitud de la predicción del valor genético de
respuesta del huésped, la correlación fue dividida por la raíz cuadrada de la
heredabilidad del rasgo. Debido a que las cepas de PRRSV que los cerdos se
enfrentan en el campo serán diferentes de las cepas utilizadas en los ensayos
PHGC, nos centramos en otro lado de la cepa predicción genómica de respuesta
del huésped por la formación en ensayos PHGC que utilizaron una cepa (NVSL o
KS06) y validado en ensayos PHGC que utilizan la otra cepa. La precisión
resultante de la predicción genómica de VL fue de 0,45 cuando se entrena en los
datos KS06 y validación de los datos NVLS y 0,34 cuando se entrena en los datos
NVSL y validación de los datos KS06 ( Waide, 2015 ). A modo de comparación, la
exactitud de la predicción del valor genético de un animal para un rasgo basado en
la propia fenotipo del animal es la raíz cuadrada de la heredabilidad ( Falconer y
Mackay, 1996 ), lo que equivale a 0,56 y 0,71 para NVSL para KS06. Por lo tanto,
las predicciones genómicas eran más de la mitad tan precisa como respuesta del
huésped grabación directamente sobre los candidatos de selección. Esto último,
sin embargo, requieren cerdos en rebaños núcleo para ser desafiados con
PRRSV, que es, por supuesto, no es factible en un programa de cría. Por lo tanto,
estos resultados muestran que la predicción genómica puede ser una herramienta
útil para seleccionar para mejorar la respuesta del huésped a la infección por
PRRSV través de las cepas. Sin embargo, los datos sustancial establece con son
necesarios fenotipos y genotipos de los individuos con discapacidades. Además,
una gran proporción de esta capacidad predictiva vino de la región GBP5; cuando
la región GBP5 fue excluido del modelo de predicción, precisiones bajó a 0,12
para ambos conjuntos de datos de entrenamiento / validación, lo que refleja la
base altamente poligénica de los efectos de que el resto del genoma de respuesta
del huésped.

respuesta 6. Anticuerpo
Se evaluó la respuesta de anticuerpos a la infección por PRRSV en varios
ensayos PHGC usando fluorescente microesferas de Inmunoensayo, evaluada
como la muestra a la relación positiva (S: P) de PRRSV N-proteína IgG específico
en suero a 42 dpi ( Hess et al, 2016. ). Se encontró relación de P a ser
moderadamente heredable para ambas cepas (0,31 ± 0,09 para NVSL y 0,40 ±
0,10 para KS06), pero no tienen una relación clara con VL o WG después de la
infección, ya sea en el fenotípica o nivel genético (: El S Hess et al., 2016 ). Sin
embargo, GWAS identificó fuertes asociaciones de SNPs en el Complejo Mayor de
Histocompatibilidad con respuesta de anticuerpos, lo que explica ~ 10 y 45% de la
varianza genética de S: P para NVSL y KS06, respectivamente. El WUR SNP no
se asoció con la respuesta de anticuerpos, confirmando que el modo de acción de
los principales genes en esta región probablemente no es a través de las
respuestas inmunes mediadas por anticuerpos de adaptación.
En conjunto, estos hallazgos sugieren que la respuesta de anticuerpos a la
infección por PRRSV podría ser un posible rasgo indicador para la selección de
cerdos con aumento de la resistencia a la infección por PRRSV. Esta proposición
se ve reforzada por los resultados de un brote en una manada cerda reproductora
informado por Serão et al. (2014) , que encontraron correlaciones altas favorables
genéticos de S: relación P medidos por ELISA ~ 46 días después del brote con el
rendimiento reproductivo (tamaño de la camada, número de nacidos muertos,
momias número) durante el brote. De hecho, otros estudios indican precisión de la
predicción genómicas moderadas para PRRS S: P utilizando SNPs situados
dentro de dos regiones genómicas en SSC7 que tenían grandes efectos sobre S:
P, mientras que el resto del genoma mostró capacidad predictiva limitada ( . Serão
et al, 2016 ). Se necesita más trabajo para confirmar estas asociaciones, así como
la relación de S: P después de la vacunación con respuesta del huésped y el
rendimiento durante la infección de PRRS. Sería necesario Este último con el fin
de implementar S: P como un rasgo indicador en programas de selección.

7. expresión génica adicional y análisis de la respuesta inmune

Para investigar más a fondo la dinámica de la respuesta del huésped a la infección
PRRRV e inmunológica y vías genéticas que están implicados en esta respuesta,
varios genes y la expresión de la proteína análisis se han completado o están en
curso. De trabajo utilizando microarrays iniciales mostraron un número de genes
que son expresados diferencialmente entre los animales con respuesta alta y baja
anfitrión de PRRS ( Arceo et al., 2013 ). El uso de perfiles de expresión génica de
microarrays, Schroyen et al. (2015) identificaron diferencias en los patrones de
ARN de sangre en los primeros respuestas a la infección por PRRSV entre cerdos
con fenotipos extremos o con un genotipo WUR diferente. Las diferencias fueron,
sin embargo, sutil pero podrían ser revelados a través de análisis de red de genes
y co-expresión. El patrón de expresión de uno de estos grupo de genes se asoció
con WG y con WUR genotipo y contenía numerosos genes de respuesta inmune,
tales como citocinas, quimiocinas, interferón de tipo I estimuladas genes, genes
apoptóticos y los genes que regulan la activación del complemento ( Schroyen et
al. (2015) ).
Más detallada RNA-secuenciación análisis de globina empobrecida en RNA
sangre centrado en la expresión de genes cambios en el tiempo y entre los cerdos
que muestran diferentes respuestas anti-virales ( 0055 ; 0020 ). Se evaluaron las
diferencias interindividuales en la expresión de genes en cada día y resultaron en
evidencia de cis -actuando expresión de rasgos cuantitativos loci ( cis -eQTL)
durante aproximadamente 900 genes. Las asociaciones entre cis -eQTL
marcadores y fenotipos utilizando 383 cerdos indicaron anfitrión genotipo
dependiente de la reducción de expresión de varios genes, entre ellos GBP5,
como se esperaba a partir de nuestros resultados de los mapas anteriores. Estos
alelos contribuyen a los niveles de viremia más altos o menor ganancia de peso en
respuesta a la infección por PRRSV. Estos estudios han ampliado nuestra
comprensión de los mecanismos de control de enfermedades y proporcionar a los
posibles nuevos biomarcadores que pueden medirse en la sangre como rasgos de
indicadores para la enfermedad. Se necesitan más estudios para definir las
mutaciones causales que regulan la expresión de estos genes de susceptibilidad
candidato.
Suero de citocinas y quimiocinas evaluaciones han puesto de manifiesto además
la importancia de los niveles de interferón-a temprana. Todos los cerdos
infectados con PRRSV tenían 4 dpi niveles séricos elevados de interferón-alfa; sin
embargo, los cerdos con cargas virales más altas continuaron expresando
interferón-α, mientras que aquellos con cargas virales más bajas rápidamente
volver a los niveles pre-infección ( Choi et al., 2013 ).

8. ensayos Co-infección
En la práctica, PRRS se encuentra a menudo para aumentar la incidencia de
infecciones secundarias, resultando en complejo por ejemplo, porcino respiratorio
enfermedad (CRP) y la enfermedad asociada circovirus porcino (PCVAD)
( Baekbo et al., 2012 ). Para investigar la base genética de la respuesta del
huésped a co-infección, cuatro ensayos de co-infección se llevaron a cabo en la
Universidad del Estado de Kansas, en la que los cerdos de cría fueron infectados
con cepas de campo del PRRSV y PCV2b. Para evaluar la respuesta del huésped
a la vacunación de PRRS, la mitad de los cerdos en cada ensayo fueron
vacunados con un PRRSV vivo modificado 28 días antes de co-infección. Los
detalles del diseño de estos experimentos, junto con los resultados para la
patogénesis y los efectos de la vacunación PRRSV están en Niederwerder et
al. (2015) . Los resultados mostraron que la vacunación a PRRS aumentó el
impacto de la exposición posterior a PCV2b, consistente con los hallazgos
anteriores de que la infección por PRRSV debilita el sistema inmunológico y
aumenta la susceptible de cerdos a otros patógenos ( Yin et al., 2013 ). Los
análisis genéticos de los dos primeros ensayos por Dunkelberger et
al. (2017) demostraron una baja a moderada base genética para la respuesta del
huésped a la vacunación PRRS (PRRS VL y WG) y para co-infección (PRRS y
PCV2b VL y WG con o sin vacunación previa), con heredabilidades que van ,07-
,57. Genotipo en el WUR SNP tenía una asociación significativa con la respuesta
del huésped, tanto después de la vacunación y post co-infección: después de la
vacunación, los cerdos AB tenido inferior virus de la vacuna VL y más rápido ganar
que los cerdos de AA, lo que confirma los resultados por Abella et al. (2016) para
la vacunación con una cepa europea atenuada del PRRSV. Mensaje co-infección,
los cerdos tuvieron una menor AB PRRSV LV, pero no difirieron significativamente
de los cerdos de AA en la tasa de crecimiento. Para PCV2b VL, se detectó
evidencia sugerente de una interacción entre la vacunación y el genotipo WUR,
donde los cerdos AB tenían significativamente menor PCV2b VL cuando
vacunados pero PCV2b similares VL cuando no estaban vacunados. Esto
demuestra que el principal gen de resistencia PRRS en SSC4 no sólo proporciona
un cierto nivel de resistencia contra la infección por PRRS pero también reduce el
nivel de co-infección con o después de la infección por PRRSV.

9. Los estudios de campo

Mientras que los ensayos de infección experimental ofrecen grandes
oportunidades para investigar la base genética de la respuesta del huésped bajo
condiciones controladas, estos hallazgos deben ser validados en el campo. Los
estudios de campo también permiten a los efectos adicionales que deben
observarse e investigados. Múltiples estudios de campo están en marcha para
evaluar la respuesta de acogida a la enfermedad en cerdos en crecimiento en el
campo. Estos estudios implican la introducción de 200 cerdos de cría limpias con
conocida genotipo WUR en graneros 'salud-desafió' de acabado. Los cerdos se
pesaron en varias ocasiones y se desangraron y siguieron todo el camino al
mercado.

10. Conclusiones
se encontró respuesta Host de cerdos de destete a la infección por PRRSV a tener
un componente genético considerable bajo estudios de desafío experimental
controladas. En particular, un gen importante para la respuesta del huésped a
PRRS se identificó en SSC4. Una mutación causante putativo fue identificado en
el gen GBP5, que está implicado en la respuesta inmune innata. Los cerdos con el
genotipo favorable para este gen se han demostrado tener una mejor respuesta
del huésped a dos cepas del PRRSV I Tipo diferente, así como para las cepas de
vacuna de virus vivos II tanto modificados Tipo I y Tipo. El SNP WUR en esta
región se puede utilizar para seleccionar a los cerdos que son más resistentes y
resistentes a PRRS. Si bien este amplio conjunto de estudios es poco probable
para identificar los cerdos que son completamente resistentes a PRRS, que están
empezando a desentrañar la base genética de la respuesta del huésped a PRRS,
dando lugar a la posibilidad de seleccionar los cerdos que son menos susceptibles
a la infección por PRRSV y para los efectos de PRRS en el rendimiento. Este
trabajo demuestra que, a pesar de la selección genética no ofrecerá una solución
única 'bala mágica', es decir, una resistencia completa, especialmente teniendo en
cuenta la complejidad y variabilidad del virus del PRRS, la genética del huésped
puede ser un enfoque adicional y complementaria para combatir el impacto de
PRRS en la producción de carne de cerdo. Además, penetración en respuesta a la
infección con PRRSV puede conducir a nuevas vías para el desarrollo de vacunas
y terapias más eficaces.
Expresiones de gratitud
Los proyectos descritos en este documento son apoyados por la Junta Nacional
de cerdo subvenciones, USDA NIFA (premios 2008-55620-19132 , 2010-65205-
20433 y 2013-68004-20362 ), Genoma Canadá , Genoma Alberta y la Alberta
Ganado y Carne de la Agencia , PigGen Canadá , Asociación de Criadores de
cerdos canadienses , Canadian Centre for porcina mejora , los proyectos NRSP-8
porcina Genoma Humano y de coordinación de Bioinformática y el PRRS anfitrión
Genética Consorcio formado por la USDA ARS, la Universidad del Estado de
Kansas, Universidad del Estado de Iowa, Michigan State University, del estado de
Washington universitaria de la Universidad de Purdue, la Universidad de
Nebraska-Lincoln, Universidad de Saskatchewan, Universidad de Alberta, PIC /
Género, Choice Genetics, Genética Fast, Genesus, Inc., TOPIGS, PigGen
Canada, Inc., IDEXX Laboratories, y Tetracore, Inc.
Autor correspondiente.

Copyright © 2017 Elsevier o sus licenciatarios o colaboradores. ScienceDirect ® es una marca

registrada de Elsevier