Taxonomie bactérienne

d’après J.P. Euzéby, le Bergey’s Manual 2002 et le NCBI Taxonomy Browser

NOMENCLATURE DES FAMILLES, GENRES ET ESPECES UTILISES

CLASSIQUEMENT EN TRAVAUX PRATIQUES DE BTS BIOCHIMISTE

F. VIOLET - 1er juillet 2003

Il n'existe pas de classification officielle des bactéries et la classification "la plus officielle"
est celle adoptée par la majorité des bactériologistes. En revanche, il existe des règles
gouvernant la nomenclature bactérienne et dont le respect conduit au concept de
"nomenclature correcte".
(http://www.bacterio.cict.fr/bacdico/systematique/nomenclature.html)

Le Code de Nomenclature reconnaît les groupes taxonomiques suivants : classe (classis),

sous-classe (subclassis), ordre (ordo ; abréviation ord.), sous-ordre (subordo ; abréviation
subord.), famille (familia ; abréviation fam.), sous-famille (subfamilia ; abréviation subfam.),
tribu (tribus), sous-tribu (subtribus), genre (genus ; abréviation gen.), sous-genre (subgenus ;
abréviation subgen.), espèce (species ; abréviation sp.), sous-espèce (subspecies ; abréviation
subsp.).

Le classement des différents taxons connus repose donc sur les techniques analytiques
utilisées :
 biochimiques (classification en biotypes ou biovars)
 antigéniques (classification en sérotypes ou sérovars)
 pathogéniques (classification en pathotypes ou pathovars)
 enzymatiques (classification en zymotypes ou zymovars)
 de sensibilité aux antibiotiques (classification en antibiotypes)
 de sensibilité aux bactériophages (classification en lysotypes ou lysovars)
 moléculaires : identification de l’ADN par ribotypie, hybridation ADN-
ADN, hybridation ADN-ARN, séquençage de l’ARN ribosomique, etc.

Les bactéries peuvent aussi être classées selon :

 la coloration de Gram
 la morphologie
 la mobilité
 la capacité à sporuler
 la température de croissance
 les besoins nutritionnels
 le mode respiratoire
 la capacité de photosynthèse
 l’utilisation des différentes sources de carbone ou d’azote
  le G+C% du génome.

Sources internet :
http://www.bacterio.cict.fr/classification.html
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Eubacteria
http://www.springer-ny.com/bergeysoutline/outline/ ou directement bergey’s manual 2nd
editions

http://www.pasteur.fr/applications/CIP/

http://membres.lycos.fr/microbio/taxonomie/TaxonomieBergeys.html
http://www.123bio.net/cours/bacterio/taxonomie.html

CLASSEMENT ALPHABETIQUE DES FAMILLES ET DES

GENRES CORRESPONDANTS :

Aeromonadaceae

Aeromonas, Oceanimonas, Tolumonas.

Alcaligenaceae

Achromobacter, Alcaligenes, Bordetella, Brackiella, Pigmentiphaga.

Selon le Bergey's Manual of Systematic Bacteriology 2nd Edition, la famille Alcaligenaceae

renferme les genres Achromobacter, Alcaligenes, Bordetella, Pelistega, Sutterella, Taylorella.

Bacillaceae

Bacillus, Amphibacillus, Virgibacillus...

Selon NCBI Taxonomy Browser, Bacillaceae est synomyme du groupe des

Bacillus/Staphylococcus.

Groupe des Bacillus/Staphylococcus

Aerococcus,

Alicyclobacillus group: Alicyclobacillus, Pasteuria, Sulfobacillus, Amphibacillus,

Aneurinibacillus group: Ammoniphilus, Aneurinibacillus, Oxalophagus, Anoxybacillus,

Bacillus, Brevibacillus, Brochothrix, "Caldibacillus", Caryophanon, "Dehalobacterium",
Exiguobacterium, Facklamia, Filibacter, Filobacillus, Gemella, Geobacillus, Globicatella,
Gracilibacillus, Halobacillus, Ignavigranum, Jeotgalibacillus, Kurthia, Lentibacillus,
Listeria, Macrococcus, Marinibacillus, Marinococcus, Paenibacillus, Paraliobacillus,
Planococcus, Planomicrobium, "Pseudobacillus", Saccharococcus, Salinicoccus,
Sporolactobacillus, Sporosarcina, Staphylococcus, Thermicanus, Thermobacillus,
Ureibacillus, Virgibacillus.

Bacteroidaceae

Bacteroides

Bifidobacteriaceae

Bifidobacterium, Gardnerella, Parascardovia, Scardovia.

Selon le Bergey's Manual of Systematic Bacteriology 2nd Edition, la famille

Bifidobacteriaceae renferme également le genre Falcivibrio.

"Burkholderiaceae"

Burkholderia, Cupriavidus, Lautropia, Limnobacter, Thermothrix

Campylobacteraceae

Campylobacter

Clostridiaceae

Selon NCBI Taxonomy Browser, la famille Clostridiaceae renferme les genres suivants :
Acetitomaculum, Acetivibrio, Acetobacterium, Acidaminobacter, Alkaliphilus, Anaerobacter,
"Anaerocellum" group, Anaerofilum, Anaerostipes, "Arthromitus", Butyrivibrio,
"Caldoanaerobacter", Caloramator, Caloranaerobacter, Caminicella, Catonella,
Clostridium, Coprococcus, Cryptobacterium, Dethiosulfovibrio, Dorea, "Epulopiscium",
Eubacterium, Filifactor, Faecalibacterium, Fusibacter, Johnsonella, Lachnobacterium,
Lachnospira, "Metabacterium", Mogibacterium, "Natronoanaerobium", Oxobacter,
Papillibacter, Peptostreptococcus sensu lato (Peptostreptococcus, Anaerococcus, Gallicola,
Peptoniphilus), Pseudobutyrivibrio, Roseburia, Ruminococcus, Sarcina, Shuttleworthia,
Solobacterium, Sporanaerobacter, Sporobacterium, "Termitobacter", Thermohalobacter,
Tindallia, Tissierella.

Selon le Bergey's Manual of Systematic Bacteriology 2nd Edition, la famille Clostridiaceae

renferme les genres suivants : Acetivibrio, Acidaminobacter, Anaerobacter, Caloramator,
Clostridium, Natronincola, Oxobacter, Sarcina, Sporobacter, Thermobrachium, Tindallia.

Enterobacteriaceae

Alterococcus, Arsenophonus, Brenneria, Buchnera, Budvicia, Buttiauxella,

Calymmatobacterium, Cedecea, Citrobacter, Edwardsiella, Enterobacter, Erwinia,
Escherichia, Ewingella, Hafnia, Klebsiella, Kluyvera, Leclercia, Leminorella, Moellerella,
Morganella, Obesumbacterium, Pantoea, Pectobacterium, Photorhabdus, Plesiomonas,
Pragia, Proteus, Providencia, Rahnella, Raoultella, Saccharobacter, Salmonella, Samsonia,
Serratia, Shigella, Sodalis, Tatumella, Trabulsiella, Wigglesworthia, Xenorhabdus, Yersinia,
Yokenella.
"Enterococcaceae"

Enterococcus, Melissococcus, Tetragenococcus, Vagococcus.

Flavobacteriaceae

Aequorivita, Arenibacter, Aequorivita, Bergeyella, Capnocytophaga, Cellulophaga,

Chryseobacterium, Coenonia, Empedobacter, Flavobacterium, Gelidibacter, Muricauda,
Myroides, Ornithobacterium, Polaribacter, Psychroflexus, Psychroserpens, Riemerella,
Salegentibacter, Tenacibaculum, Weeksella, Zobellia.

Lactobacillaceae

Lactobacillus, Pediococcus...

"Leuconostocaceae"

Leuconostoc, Oenococcus, Weissella.

"Listeriaceae"

Brochothrix, Listeria.

Micrococcaceae

Arthrobacter, Citricoccus, Kocuria, Micrococcus, Nesterenkonia, Renibacterium, Rothia,

Stomatococcus.

Selon le Bergey's Manual of Systematic Bacteriology 2nd Edition, la famille Micrococcaceae

referme également les genres suivants : Bogoriella, Demetria, Leucobacter, Terracoccus.

Moraxellaceae

Acinetobacter, Moraxella (subgen. Branhamella), Moraxella (subgen. Moraxella),

Psychrobacter.

Mycobacteriaceae

Mycobacterium.

Neisseriaceae

Chromobacterium, Eikenella, Iodobacter, Kingella, Neisseria, Simonsiella, Vitreoscilla.

Selon Bergey's Manual of Systematic Bacteriology 2nd Edition, la famille Neisseriaceae

comprend les genres suivants : Alysiella, Aquaspirillum, Catenococcus, Chromobacterium,
Eikenella, Formivibrio, Iodobacter, Kingella, Laribacter, Microvirgula, Neisseria,
Prolinoborus, Simonsiella, Vitreoscilla, Vogesella.

Pseudomonadaceae
Azomonas, Azotobacter, Cellvibrio, Chryseomonas, Flavimonas, Lampropedia,
Mesophilobacter, Morococcus, Oleispira, Oligella, Pseudomonas, Rhizobacter, Rugamonas,
Serpens, Teredinibacter, Thermoleophilum, Xylophilus.

Staphylococcaceae

Staphylococcus, Gemella, Jeotgalicoccus, Macrococcus, Salinicoccus...

Streptococcaceae

Abiotrophia, Aerococcus, Atopobacter, Gemella, Helcococcus, Lactococcus, Lactosphaera,

Leuconostoc, Pediococcus, Streptococcus.

Selon le Bergey's Manual of Systematic Bacteriology 2nd Edition, la famille

Streptococcaceae renferme les genres Lactococcus and Streptococcus.

Vibrionaceae

Allomonas, Enhydrobacter, Enterovibrio, Listonella, Lucibacterium (reclassified as Vibrio),

Photobacterium, Plesiomonas, Salinivibrio, Vibrio.

Dans le Bergey's Manual of Systematic Bacteriology 2nd Edition la famille Vibrionaceae

comprend les genres suivants : Allomonas, Enhydrobacter, Listonella, Photobacterium,
Salinivibrio, Vibrio.

Dans le NCBI Taxonomy Browser la famille Vibrionaceae comprend les genres

Catenococcus, Listonella, "Photobacter", Photobacterium, Salinivibrio, et Vibrio.

Selon le Bergey's Manual of Systematic Bacteriology 2nd Edition, et NCBI Taxonomy

Browser, le genre Plesiomonas est inclu dans la famille des Enterobacteriaceae.

"Xanthomonadaceae"

Frateuria, Fulvimonas, Luteimonas, Lysobacter, Nevskia, Pseudoxanthomonas,

Rhodanobacter, Schineria, Stenotrophomonas, Xanthomonas, Xylella.
 CLASSEMENT DES FAMILLES, GENRES ET ESPECES
SELON LES CARACTERES MORPHOLOGIQUES ET
BIOCHIMIQUES DE BASES :

COQUES GRAM (+) AEROBIES CATALASE (+)

Staphylococcaceae (de l’ordre des Bacillales pour des coques ! )
Staphylococcus
Staphylococcus arlettae
Staphylococcus aureus
Staphylococcus aureus subsp. anaerobius
Staphylococcus aureus subsp. aureus
Staphylococcus auricularis
Staphylococcus capitis
Staphylococcus capitis subsp. capitis
Staphylococcus capitis subsp. urealyticus
Staphylococcus caprae
Staphylococcus epidermidis
Staphylococcus saprophyticus
Staphylococcus saprophyticus subsp. bovis
Staphylococcus saprophyticus subsp. saprophyticus…
Micrococcaceae
Micrococcus
Micrococcus antarcticus
Micrococcus luteus
Micrococcus lylae
Micrococcus roseus

COQUES GRAM (+) AEROBIES CATALASE (-)

Streptococcaceae
Lactococcus (lactic streptococci)
Lactococcus garvieae
Lactococcus lactis
Lactococcus lactis subsp. cremoris
Lactococcus lactis subsp. hordniae
Lactococcus lactis subsp. lactis
Lactococcus lactis subsp. lactis bv. diacetylactis
Lactococcus piscium
Lactococcus plantarum
Lactococcus raffinolactis …
Streptococcus
Streptococcus agalactiae
Streptococcus anginosus
Streptococcus bovis
Streptococcus entericus
Streptococcus equinus
 Streptococcus intermedius
Streptococcus milleri
Streptococcus mitis
Streptococcus mutans
Streptococcus oligofermentans
Streptococcus pneumoniae
Streptococcus pyogenes
Streptococcus salivarius
Streptococcus sanguinis
Streptococcus thermophilus
Streptococcus viridans…
Leuconostocaceae
Leuconostoc
Leuconostoc lactis
Leuconostoc mesenteroides
Leuconostoc pseudomesenteroides
Oenococcus
Oenococcus oeni
Lactobacillaceae
Pediococcus
Pediococcus acidilactici
Pediococcus claussenii
Pediococcus damnosus…
Enterococcaceae
Enterococcus
Enterococcus asini
Enterococcus dispar
Enterococcus durans
Enterococcus faecalis
Enterococcus faecium
Enterococcus flavescens
Enterococcus gallinarum…

COQUES GRAM (-) AEROBIES OXYDASE (+)

Neisseriaceae
Neisseria
Neisseria gonorrhoeae
Neisseria meningitidis
Neisseria meningitidis serogroup A
Neisseria meningitidis serogroup B
Neisseria meningitidis serogroup C
Neisseria mucosa
Neisseria sicca
Neisseria subflava
Moraxellaceae
Moraxella
Branhamella
Moraxella catarrhalis
Moraxella caviae
 Moraxella cuniculi
Moraxella ovis
Moraxella
Moraxella atlantae
Moraxella bovis
Moraxella canis
Moraxella caprae
Moraxella equi
Moraxella osloensis…
Acinetobacter
Acinetobacter baumannii
Acinetobacter baylyi
Acinetobacter bouvetii
Acinetobacter calcoaceticus
Acinetobacter lwoffii

BACILLES GRAM (-), AEROBIES, NON EXIGEANTS, OXYDASE (-),

FERMENTATIFS
Enterobacteriaceae
Citrobacter
Citrobacter amalonaticus
Citrobacter diversus
Citrobacter freundii
Citrobacter gillenii
Edwardsiella
Edwardsiella hoshinae
Edwardsiella tarda
Enterobacter
Enterobacter aerogenes
Enterobacter cloacae
Erwinia
Erwinia chrysantum
Erwinia carotovora
Escherichia
Escherichia coli
Escherichia coli 042
Escherichia coli B
Escherichia coli CFT073
Escherichia coli E2348
Escherichia coli K12
Escherichia coli O111:H-
Escherichia coli O127:H6
Escherichia coli O157:H-
Escherichia coli O157:H7
Escherichia coli O157:H7 EDL933
Escherichia coli O6
Hafnia
Hafnia alvei
Klebsiella
 Klebsiella oxytoca
Klebsiella pneumoniae
Klebsiella pneumoniae subsp. ozaenae
Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae
Klebsiella pneumoniae subsp. rhinoscleromatis
Morganella
Morganella morganii
Pantoea
Pantoea agglomerans
Plesiomonas
Plesiomonas shigelloides
Proteus
Proteus mirabilis
Proteus vulgaris

Providencia
Providencia alcalifaciens
Providencia rettgeri
Providencia stuartii
Salmonella
Salmonella bongori
Salmonella choleraesuis
Salmonella choleraesuis subsp. arizonae
Salmonella choleraesuis subsp. choleraesuis
Salmonella choleraesuis subsp. diarizonae
Salmonella choleraesuis subsp. houtenae
Salmonella choleraesuis subsp. indica
Salmonella choleraesuis subsp. salamae
Salmonella enterica
Salmonella enterica subsp. arizonae
Salmonella enterica subsp. diarizonae
Salmonella enterica subsp. enterica
…Salmonella enterica subsp. enterica serovar Liverpool
Salmonella enterica subsp. enterica serovar London
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Montevideo
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Moscow…
Salmonella enterica subsp. houtenae
Salmonella enterica subsp. indica
Salmonella enterica subsp. salamae
Salmonella enterica subsp. VII
Salmonella enteritidis
Salmonella paratyphi
Salmonella typhi
Salmonella typhimurium
Salmonella typhimurium DT104
Salmonella typhimurium LT2
Salmonella typhimurium SL1344
Salmonella typhimurium TR7095
Serratia
Serratia liquefaciens
 Serratia marcescens
Serratia marcescens subsp. marcescens
Serratia marcescens subsp. sakuensis
Shigella
Shigella boydii
Shigella dysenteriae
Shigella flexneri
Shigella sonnei…
Yersinia
Yersinia enterocolitica
Yersinia pestis
Yersinia pseudotuberculosis …

BACILLES GRAM (-), AEROBIES, NON EXIGEANTS, OXYDASE (+),

FERMENTATIFS
Vibrionaceae
Vibrio
Vibrio alginolyticus
Vibrio parahaemolyticus
Vibrio cholerae …

Aeromonadaceae
Aeromonas
Aeromonas hydrophila

BACILLES GRAM (-), AEROBIES, NON EXIGEANTS, OXYDASE (+/-), NON

FERMENTATIFS
Pseudomonadaceae
Pseudomonas
Pseudomonas aeruginosa
Pseudomonas fluorescens
Pseudomonas mendocina
Pseudomonas putida
Pseudomonas stutzeri
Burkholderiaceae
Burkholderia
Burkholderia cepacia
Burkholderia pseudomallei
Burkholderia mallei
Ralstonia
Ralstonia pickettii
Alcaligenaceae
Alcaligenes
Alcaligenes defragrans
Alcaligenes faecalis

Flavobacteriaceae
Flavobacterium
 Flavobacterium sp
Moraxellaceae
Acinetobacter
Acinetobacter baumannii
Acinetobacter baylyi
Acinetobacter bouvetii
Acinetobacter calcoaceticus
Acinetobacter lwoffii
Xanthomonadaceae
Stenotrophomonas
Stenotrophomonas africana
Stenotrophomonas maltophilia
Stenotrophomonas rhizophila…
Xanthomonas
Xanthomonas albilineans
Xanthomonas arboricola…
Campylobacteraceae
Campylobacter
Campylobacter jejuni

BACILLES GRAM (+), AÉROBIES, CATALASE (+)

Bacillaceae
Bacillus
Bacillus cereus
Bacillus anthracis
Bacillus thuringiensis
Bacillus coagulans
Bacillus licheniformis
Bacillus megaterium
Bacillus subtilis …
Listeriaceae
Listeria
Listeria innocua
Listeria ivanovii
Listeria monocytogenes …
Brochothrix
Brochothrix thermosphacta

BACILLES GRAM (+), AÉROBIES, CATALASE (-)

Lactobacillaceae
Lactobacillus
Lactobacillus acidophilus
Lactobacillus bifermentans
Lactobacillus brevis
Lactobacillus casei
Lactobacillus delbrueckii
Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus
Lactobacillus delbrueckii subsp. delbrueckii
Lactobacillus delbrueckii subsp. lactis
 Lactobacillus helveticus
Lactobacillus kefiri
Lactobacillus plantarum
Lactobacillus rhamnosus
Lactobacillus sakei
Lactobacillus salivarius

BACILLES GRAM (+) ANAÉROBIES STRICTS

Clostridiaceae
Clostridium
Clostridium aceticum
Clostridium bifermentans
Clostridium botulinum
Clostridium botulinum A
Clostridium botulinum B
Clostridium botulinum C
Clostridium botulinum D
Clostridium botulinum E
Clostridium botulinum F
Clostridium butyricum
Clostridium perfringens
Clostridium putrefaciens
Clostridium sporogenes
Clostridium tetani
Bacteroidaceae
Bacteroides
Bacteroides fragilis

BACILLES ACIDO-ALCOOLO-RESISTANTS
Mycobacteriaceae
Mycobacterium
Mycobacterium avium
Mycobacterium tuberculosis
Mycobacterium bovis
Mycobacterium bovis BCG
Mycobacterium tuberculosis