Virología

Integrantes: Chile Sebastián, Ortiz Sharon

NRC: 2995
Fecha: 2017-11-09

TEMA: Universo de virus: se puede construir a partir de un número limitado de arquitecturas virales.

1. Introducción
Los virus procarióticos sobrepasan significativamente la población de procariotas en el mundo, cuyos genomas
son bastante dinámicos y en muchos casos residen integrados en el genoma de hospederos o se replican como
plásmidos, estando implicados en su evolución y control de la estructura de la población anfitriona.

1.1. ¿Qué es un virus?

Los virus son parásitos incapaces de ser funcionales y de reproducirse sin su huésped, salvo por la excepción
del virus Acidianus de dos colas. Los virus pueden ser simples y en casos más complejos y grandes que algunas
células. Con un diámetro de ~20nm el virus circovirus porcino 1 (PCV1) está constituido de pocos genes,
necesarios para su ciclo de vida, replicación y formación de la cápside, mientras el mimivirus, presenta un
diámetro de ~0.75µm, cuya capacidad de codificación masiva supera las 900 proteínas. Lo que distingue a los
virus de otras entidades genéticas es la capacidad de formar una partícula infecciosa, el virión, que generan su
cápside a través de genes codificadores y en ella conservan su información genética.

1.2. Hipótesis
La transferencia horizontal de genes fue y es de gran impacto en la historia evolutiva delos virus, por lo que el
espacio de secuencia viral es enorme y complejo, pero el espacio de pliegues de proteínas es limitado debido
a las restricciones estructurales funcionales. La hipótesis subyace en que al analizar bases de datos de
secuencias del genoma viral es posible llegar a organizar a los virus con un principio de arquitectura del virión,
donde el pliegue de proteínas es limitado

2. Morfotipos del virus procarióticos

Los virus tienen variedad de formas y tamaños, los viriones presentan una cápside que alberga el material
genético, en algunos casos presentan lípidos. En los últimos años se ha logrado avances en el aislamiento de
virus, en especial los que infectan a arqueas halófilas o hepertermófilas, ampliando el número de virus
procarioticos estudiados. Según la morfología del virión, se clasifican en cabeza-cola, icosaédricamente
simétricos, helicoidales, fusiformes y pleomórficos. Los demás virus procarioticos se clasifican según la
arquitectura de cápsides inusuales. La mayoría de morfotipos estructurales virales podrían tener lípidos, ARN
o ADN, mono o bicatenario, lineal, circular o segmentado. Los virus de ARN de Archaea aún no son descritos.

3. Linajes virales basados en estructuras

Estudios entre el virus PRD1 y el adenovirus humano muestran que se vinculan en estructura, pero infectan a
huéspedes distintos. Se han identificado linajes estructurales que agrupan virus con arquitectura común y un
pliegue MCP, que infectan por igual a eucariotas y procariotas indicando que el origen arquitectónico de los
virus es bastante antiguo, incluso previo a la separación de los tres dominios de vida celular.

 Virus parecidos a PRD1, HK91, φ X174, φ-6, MS2 helicoidales fusiformes y pleomórficos.
El grupo de virus parecidos a PRD1 presentan una arquitectura compleja que es ajustable para virus con
variables tamaños de cápsides y longitudes de genoma. Este grupo presenta características como una cápside
icosaédrica compuesta por capsómeros con bases hexamétricas o pseudohexamétricas, comparten ATPasas de
empaquetamiento homólogo putativo homólogo que alberga los motifs canónicos Walker A y B y el motif
específico P9 / A32 que se encuentra solo en las proteínas de empaquetamiento de virus icosahédicos que
contienen membranas sin cola. Este grupo incluye a virus PRD1, adenovirus, bacteriófago marino PM2, virus
de Paramecium bursaria Chlorella, virus de Archaeas hipertermófilas y virus Sulfolobus icosaédricos con
torre, para los cuales se han determinado estructuras de MCP de alta resolución. Donde el modelado de la
homología del MCP viral indica que puede extenderse el linaje, incluyendo a otros virus como el virus de las
algasPpV01, el fago Bam 35, Minivirus, entre otros. Estudios actuales sugieren que los virus parecidos a PRD1
pueden subdividirse en dos grupos, un grupo que tiene una proteína de una sola cubierta, mientras el otro
presenta virus con dos MCP.
El análisis estructural en virus bacterianos de cola craneal ha demostrado que comparten un MCP
estructuralmente relacionado, que originalmente se determinó para el bacteriófago HK97. Posteriores estudios
muestran que otros virus poseen el pliegue canónico de HK97 y siguen la misma ruta de ensamblaje de la
procápside, empaquetamiento del genoma (ATPasas homólogas) y maduración del virión. Esto sugiere que
estos virus están estrechamente relacionados y comparten un ancestro en común. El modelado de homología
del MCP indica que HK97 también guarda relación con virus de cola de Archaea.
Fago φX174 es el único virus procariótico con estructura similar a picornavirus. La cápside icosaédrica sin
cola de φX174 se compone de proteínas con un pliegue de 8 barriles β antiparalelos. El eje de los barriles β de
los MCP de barril β simple suele ser tangencial a la superficie de envoltura de la cápside (picornavirus),
mientras en los MCP de barril β doble tienen las barras β verticales (fago φX174).
Todos los virus dsRNA procarióticos como fago φ-6 y otros cistovirus tienen una cápside proteica de doble
capa, la capa interna se llama complejo polimerasa (icosaédricamente simétrico compuesto de 60 copias de
dímeros asimétricos) que encierra el genoma viral. La estructura de la cápside es única para dsRNA, por lo
que hay similitudes arquitectónicas del virión entre virus dsRNA eucarióticos y procarioticos, indicando un
origen común.
Varios morfotipos de virus procarióticos no se encuentran dentro de ninguno de los linajes virales bien
establecidos. Un grupo es el pequeño virus σSARN icosaédrico que incluye el MS2 bacteriano cuyo MCP a
veces divergente de otros MCP de los linajes virales identificados (virus similares a MS2). Los virus
procariotas helicoidales incluyen virus similares a M13 bacterianos y virus parecidos a virus de la cebada
Aridial Acidianus 1 (AFV1). Las estructuras arcaicas de MCP en AFV1, virus Sulfolobus islandicus (SIRV) y
el virus Acidianus de dos colas (ATV) muestran una fuerte similitud estructural, sugiriendo que los virus
helicoidales arqueales junto con el ATV podrían formar un linaje de virus separado en base a la estructura del
MCP con un pliegue de hélice-haz.

4. Probando la hipótesis
Se han descrito virus como STIV que exhiben una morfología similar a los virus bacterianos y eucariotas, que
revelan la unidad estructural entre grupos de virus que infectan a los huéspedes de los tres dominios de la vida.
La mayoría de los virus arqueales conocidos infectan a los hipertermófilos de crenarchaeal o halófilos extremos
de euryarchaeal. Diferentes muestras acuáticas derivadas de tales ambientes extremos han sido estudiadas por
microscopía electrónica y parecen incluir grandes cantidades de partículas en forma de huso y pleomórficas
que se presume que son virus. Para probar la hipótesis, realizamos un muestreo global de nueve ambientes
hipersalinos espacialmente distantes para aislar los huéspedes procariotas y sus virus. Estudiamos muestras
acuáticas y cristales de sal utilizando un enfoque dependiente del cultivo con el objetivo de expandir el número
de virus de archaeas descritos y descubrir nuevas morfologías de virus.

4.1. Entorno hipersalino

En ambientes hipersalinos, la concentración de sal excede la salinidad del agua de mar y puede extenderse
hasta la saturación. Los extremófilos de las arqueas dominan los ambientes hipersalinos, aunque las bacterias
halófilas e incluso halotolerantes, así como algunos tipos de algas, a menudo pertenecen a la microbiota de
este nicho ecológico. En estas condiciones extremas, los virus parecen ser los principales depredadores.

4.2. Búsqueda de nuevos virus

El estudio también destacó la naturaleza uniforme de los ambientes hipersalinos en todo el mundo al presentar
un gran número de interacciones de virus-huésped que ocurren entre ambientes espacialmente distantes. La
mayoría de estos virus representaban morfotipos de cabeza-cola icosaédricos. Los virus icosaédricos sin cola
HHIV-2 y SSIP-1 representan la amplia arquitectura del virión tipo PRD1. Parece que los morfotipos de virus
obtenidos no son tan diversos como se pensaba, ya que se adquirieron cerca de 50 virus únicos, pero solo se
descubrió un nuevo tipo de morfotipo de virus archaeal. Estos nuevos virus son arqueos pleomórficos que
contienen lípidos que exhiben arquitectura de virión simple y conservada.

5. virus pleomórficos
Hasta el momento, se han aislado siete virus pleomórficos con envoltura, desde ubicaciones geográficamente
distantes en Europa, Asia y Australia, designados también como pleolipovirus, que infectan arqueas halófilas
pertenecientes a los géneros Halorubrum, Halogeometricum y Haloarcula.
Además, se han identificado varios provirus pleomórficos similares a virus en una gama de genomas
haloarqueales que sugieren que este tipo de virus está muy extendido en la naturaleza. Los virus arquetónicos
pleomórficos representan un nuevo diseño de virión minimalista que tiene una envoltura de membrana flexible
que rodea el genoma viral. Además de la información estructural, los datos genómicos sobre los virus
pleomórficos muestran que están relacionados. Durante su ciclo de vida, los viriones de la progenie se liberan
de las células infectadas de forma continua, retardando de alguna manera el crecimiento del huésped.

5.1. Virus relacionados con diferentes tipos de genoma

Los principios arquitectónicos del virión pueden revelar ancestros comunes de virus lejanos, el análisis del
genoma puede proporcionar una comparación de los virus que comparten una identidad significativa a nivel
de secuencia de nucleótidos o aminoácidos. Las secuencias de nucleótidos genómicas de los virus pleomórficos
haloarqueales comparten solo una identidad limitada. Varias proteínas virales pueden designarse como
homólogos putativos basándose en su similitud de secuencia de aminoácidos, estructura secundaria y funciones
predichas, así como el contexto genómico del gen codificador. Todos los virus pleomórficos haloarqueales
descritos comparten un grupo conservado de marcos de lectura abiertos homólogos consecutivos que codifican
la proteína spike, dos proteínas putativas con dominios transmembrana y una ATPasa putativa. Además, todos
los virus, excepto (His2), comparten otra proteína estructural principal, que está codificada justo aguas arriba
del gen que codifica la proteína de pico.
Los virus pleomórficos haloarqueales tienen al menos cuatro tipos de genomas diferentes y utilizan al menos
dos estrategias diferentes para la replicación de su genoma.
En los genomas del virus pleomórfico de haloarquea, el módulo responsable de la replicación no está acoplado
al módulo que codifica las proteínas estructurales virales como también se ha visto en el caso de, p. phage PM2
y fagos de cabeza-cola.

5.2. Arquitectura del virus pleomórfico

La arquitectura del virión pleomórfico se ha abordado usando la disociación del virión controlada, es decir,
un enfoque bioquímico que revela interacciones entre diferentes componentes del virión. El tipo de virus de
los virus pleomórficos de archaeal es HRPV-1. Solo se han encontrado dos especies principales de proteínas
estructurales en todos estos virus y ambas están asociadas a la membrana. La más grande forma estructuras de
punta en la superficie del virión y el más pequeño se ubica en la superficie interna que mira al genoma. El
genoma reside dentro de la vesícula sin ninguna nucleoproteína asociada
Se demostró que la infección de HRPV-1 se inhibía parcialmente usando ácido N-acetil neuramínico, una
estructura de glucano estrechamente relacionada que sugiere que la estructura de glucano caracterizada
participa en el reconocimiento de la célula huésped durante la infección. La microscopía crioelectrónica mostró
que los virus pleomórficos son más o menos esféricos con picos de decoración en la superficie del virión. El
tamaño de los viriones aumenta con el aumento del tamaño del genoma (desde HRPV-1 ~ 40 nm a His2 70
nm). La proteína de membrana interna está mayormente incrustada en la membrana. Parece que los virus
pleomórficos no tienen una matriz clara debajo de la membrana comparable con virus como la gripe o los
retrovirus. La distribución aleatoria del pico y la membrana viral son responsables de la naturaleza asimétrica
de estos virus. Los virus pleomórficos contienen las mismas especies de fosfolípidos principales que sus
células. Los virus pleomórficos adquieren sus lípidos de forma no selectiva de la membrana de la célula
huésped. Esto contrasta con los virus procariotas icosaédricos sin cola. Hay una serie de similitudes entre los
virus pleomórficos que infectan las arqueas y las bacterias que apoyan la propuesta de linaje. Este linaje sería
el primero en incluir viriones compuestos únicamente de vesículas de membrana.

6. Conclusión
Los virus son los depredadores obligatorios más numerosos en el planeta con rápida velocidad de reproducción.
Los virus procarioticos son la mayoría. Puede esperarse una velocidad rápida de cambio genético en forma de
sustituciones de nucleótidos únicos, así como recombinación homóloga y no homóloga. Esto se ve en la
diversidad de las secuencias genómicas encontradas tanto en los estudios de secuenciación ambiental como en
los genomas de nuevos aislamientos de virus. En esta revisión, presentamos datos que sugieren que los virus
que infectan diferentes huéspedes de diferentes dominios de la vida pueden compartir no solo la arquitectura
del virión común sino también un pliegue común para la principal proteína estructural del virión.
En los casos en que los orígenes de dos proteínas no pueden rastrearse hasta un ancestro común, no se puede
descartar la evolución convergente. Sin embargo, para muchas proteínas víricas de la cápside mayor, parece
haber un antecedente viral y en tales casos también se ha conservado la función de la proteína.
Dado que la manifestación de un virus es una partícula viral infecciosa, el virión, la organización de virus en
linajes virales requiere su caracterización estructural y funcional. Parece que, entre todas las estructuras de
proteínas, solo se puede encontrar un bajo número de pliegues únicos de proteína y el número de aquellos que
pueden ensamblarse en una cápside viral funcional debe ser solo una fracción de estos. Las conclusiones
actuales sugieren que los descubrimientos de nuevas arquitecturas virales son raros, lo que respaldan nuestra
hipótesis.