A pesar de los problemas en España con la ocupación napoleónica la situación
del Perú era bastante estable, los movimientos de juntas que se sucedieron en muchas ciudades americanas para ocupar el vacío de poder dejado por los reyes españoles Carlos IV y Fernando VII no tuvieron reflejo en Lima, es más, desde la capital peruana se enviaron tropas para someter a las juntas revolucionarias de La Paz y de Quito. Las élites peruanas, a pesar de que las reformas borbónicas no les favorecieron, continuaban lucrándose con el sistema español por lo que no tuvieron ningún interés en levantarse contra él. El virreinato aceptó las órdenes del Consejo de Regencia de instaurar la libertad de prensa y de reemplazar los cabildos tradicionales por organismos elegidos y la elección de representantes de Hispanoamérica ante las Cortes de España. El virrey José Fernando de Abascal era contrario a estas órdenes pero obedeció sin rechistar. Los indígenas en el virreinato
Los indígenas apenas participaron en los conflictos de la independencia porque
los criollos y las élites les tenían miedo por su capacidad destructiva, visto lo visto con las numerosas rebeliones indígenas que tuvieron lugar durante el siglo XVIII, por lo que evitaron inmiscuirles en los mismos. Dichas protestas nativas fueron de carácter económico más que independentista, al contrario de lo que tratan de hacernos creer muchos historiadores, que las muestran como los prolegómenos de una independencia que el pueblo peruano ni sentía ni pedía. Para que esta se ejecutase tuvieron que llegar del exterior ejércitos extranjeros como las tropas chilenas de San Martín desde el sur y las colombianas de Simón Bolívar desde el norte a darles, sin haberlo pedido, esa independencia. De hecho, en la historiografía peruana, hay un intento de “peruanizar” la independencia remarcando fuertemente el peso de elementos peruanos y rebajando los extranjeros. En 1823 las fuerzas patriotas estaban formadas por 3.000 colombianos, 1.000 argentinos y 1.000 peruanos. Es el indicio de la naturaleza puramente política, sin mayor significación social, de las guerras de la Independencia, y del abismo que existía entre los criollos y las masas de la sociedad colonial. Las masas populares, y con razón, no acudieron al llamado para la liberación, hecho por y para las capas altas de la sociedad colonial. Los primeros peruanos que realmente lucharon por la revolución política, y derivado de ella la independencia, fueron los conspiradores masónicos que intentaron desestabilizar el virreinato mediante algunos intentos de rebelión como el movimiento de Huarochirí en 1782 y la conspiración del Cuzco de José Gabriel Aguilar y Manuel Ubalde en 1805. Ambos movimientos originados en las reuniones conspiratorias masónicas que fueron fácilmente reducidos y aniquilados por las tropas virreinales.