Académique Documents
Professionnel Documents
Culture Documents
Tabung yang berisi DNA plasmid disimpan pada suhu -20°C. Penyimpanan
DNA plasmid pada suhu -20°C bertujuan untuk melindunginya dari kontaminan
sehingga DNA plasmid dapat bertahan selama 3 bulan sedangkan pada suhu -70°C
DNA plasmid dapat bertahan selama 1 tahun.
Berikut merupakan gambar peta plasmid pD861 yang diisolasi dari bakteri E.coli:
Selain itu dalam bakteri E. coli terdapat suatu enzim yang bekerja untuk
memotong fragmen DNA pada situs spesifik, enzim tersebut disebut enzim
restriksi. Enzim restriksi yang ditemukan pada bakteri Escherichia coli adalah
EcoRI. Sekuen pengenalan merupakan sekuen DNA yang menjadi tempat
menempelnya enzim restriksi dan melakukan pemotongan pada sekuen tersebut.
Setiap enzim mempunyai sekuens pengenalan yang unik pada utas DNA, biasanya
sepanjang 4-6 pasang basa. Situs pengenalan bersifat palindrome, merupakan
daerah yang memiliki urutan basa yang sama dengan utas pasangannya jika dibaca
dari arah yang sama yaitu 5’ – 3’ . Enzim ini termasuk subtipe ortodoks, yang
memotong pada situs pengenalan urutan heksanukleotida 5’- GAATTC-3’.
Selanjutnya pada peta plasmid pD861 tersebut juga terdapat titik strong RBS.
RBS yaitu ribosome binding site atau dikenal juga dengan situs pengikatan ribosom
merupakan urutan mRNA yang terikat oleh ribosom selama translasi protein. Situs
yang terikat tersebut bisa jadi cap 5 ' dari mRNA di eukariot, wilayah 6-7
nukleotida di bagian ujung kodon awal AUG di prokariot (disebut urutan Shine-
Dalgarno), atau situs masuk ribosom internal (IRES) dalam virus. Ribosom
prokariotik mengenali RBS terutama melalui pasangan dasar antara RBS dan ujung
yang tidak terstruktur dari molekul rRNA 16s yang membentuk bagian ribosom.
Tingkat inisiasi translasi mRNA tertentu dapat diatur oleh urutan RBS, yang
menghasilkan berbagai ikatan (strengths-strong, medium, weak).