Biol.

 201  –  2015/2016W  

Biology  201  Course  Syllabus  

Cell  Biology  II:    Introduction  to  Biochemistry  
Sections  201  &  204  
 
Professors:       Dr.  Reinhard  Jetter       Dr.  Jeffrey  Richards  
 
Contact  Information:     Depts.  of  Botany/Chemistry     Dept.  of  Zoology  
        Biosciences  Building  Room  2229     Biosciences  Building  Room  4315  
        Phone:  604  822  2477       Phone:  604  822  2381  
        Email:  reinhard.jetter@botany.ubc.ca   Email:  jrichard@zoology.ubc.ca  
     
 
Lectures:     Section  201:    Monday,  Wednesday  &  Friday,  1000  to  1100  in  Wesbrook  100  
Section  204:  Monday,  Wednesday  &  Friday,  1500  to  1600  in  Wesbrook  100  
 
Office  Hours:   To  be  determined.    See  course  Connect  site.  
 
EMAIL  CORRESPONDENCE  
We  can  be  reached  at  our  email  addresses  above,  but  we  do  not  answer  content-­‐related  questions  over  email.  
Please  take  advantage  of  our  office  hours  for  all  content  related  questions.  
 
COURSE  PREREQUISITES  
Successful  completion  of  Biol  200  and  one  of  Chem  233,  203  or  260  is  required.  Students  unsure  of  their  
prerequisite  status  (especially  returning,  transfer,  unclassified,  visiting  or  exchange  students)  should  contact  
the  registration  coordinator,  Dr.  Chowrira,  in  person  in  BioSci  3536.    Students  without  the  prerequisites  will  be  
deregistered  during  the  first  week  of  class.    Any  student  who  still  has  to  write  a  deferred  exam  for  Biol  200,  
Chem  233  or  Chem  203  should  inform  us  immediately.  
 
REQUIRED  COURSE  MATERIAL  
Textbook:       Nelson  DL,  Cox  MM  2013.  Lehninger  Principles  of  Biochemistry,  Sixth  Edition.    WH  
Freeman  and  Company,  New  York.    
LaunchPad:   LaunchPad  is  the  online  companion  to  the  textbook  and  is  required  for  the  course.    The  
weekly  pre-­‐reading  quizzes,  worth  9%  of  the  course  grade,  will  be  administered  
through  LaunchPad.  In  addition  to  the  e-­‐textbook  and  the  weekly  pre-­‐reading  quizzes,  
LaunchPad  houses  the  weekly  targeted  pre-­‐reading  documents,  videos  and  other  
supplemental  materials  for  the  course.  The  textbook  and  LaunchPad  can  be  purchased  
at  the  UBC  bookstore  in  the  following  formats  (choose  one  option).  
a) LaunchPad  Access  Code,  which  gives  three  months  access  to  the  e-­‐textbook.  $85  
b) Loose-­‐leaf  textbook  with  study  guide  and  solutions  manual  +  LaunchPad  Access  
Code.  $100  
c) Hardcover  textbook  with  study  guide  and  solutions  manual  +  LaunchPad  Access  
Code.  $125  
 
To  register  for  and  access  LaunchPad,  please  use  your  section  specific  website.  
If  you  are  enrolled  in  section  201  (MWF  at  1000),  please  go  to  
http://www.macmillanhighered.com/launchpad/lehninger6e/2829875  
 
If  you  are  enrolled  in  section  204  (MWF  at  1500),  please  go  to  
http://www.macmillanhighered.com/launchpad/lehninger6e/2829867  

  Page  1
 Biol.  201  –  2015/2016W  

 
Always  access  LaunchPad  using  the  website  assigned  to  your  course  section.      To  
register  for  LaunchPad,  use  one  of  the  following  options:  
a) If  you  have  an  access  code  (purchased  from  UBC  bookstore),  select  “I  have  a  
student  access  code”  and  enter  the  code  exactly  as  it  appears  on  the  card,  then  
click  “Submit”.  
b) If  you  do  not  have  an  access  code,  either  purchase  a  text  package  from  the  UBC  
bookstore  that  includes  one  or  select  “I  want  to  purchase  access”  from  the  
LaunchPad  website  and  follow  the  instructions.    You  will  have  access  to  Launchpad  
and  the  e-­‐textbook.  
c) If  you  need  to  start  working  but  cannot  purchase  LaunchPad  right  away,  select  “I  
want  temporary  access”  and  follow  the  instructions.  
If  you  have  problems  registering,  purchasing  or  logging  in,  please  contact  Customer  
Support  through  the  online  form  or  via  chat.    You  can  reach  a  representative  24  hours  
a  day,  7  days  a  week.    You  can  also  contact  a  representative  by  phone  from  900  to  
1500  EST,  7  days  a  week  at  1  800  936  6899.  
 
Problem  sets:     Problem  sets  associated  with  each  unit  of  the  course  will  be  posted  on  the  Connect  
site.        
 
iClicker:       iClickers  will  be  used  to  evaluate  your  current  level  of  understanding,  comprehension  
of  reading  assignments,  and  to  gauge  concept  understanding.    Please  note  that  
iClickers  are  registered  to  individual  student  ID  numbers.    Do  not  ask  another  person  to  
use  your  iClicker  in  class  and  do  not  use  another  person’s  iClicker.    Misuse  will  result  in  
a  grade  of  0  on  that  assignment  and  you  will  be  reported  for  academic  misconduct  
(please  refer  to  the  Calendar,  Chapter  V,  Student  Behaviour  and  Discipline).  
 
Course  Website:     Students  can  access  the  site  at  http://resources.connect.ubc.ca  using  their  Campus-­‐
Wide-­‐Login.  The  Biol.  201  Connect  site  is  an  important  learning  resource.    Lecture  
power  point  slides,  graphics,  links,  announcements,  references,  problem  sets,  and  
answers  will  be  posted  on  this  site.      Students  are  expected  to  consult  the  course  site  
on  a  regular  basis.  For  help  with  the  Connect  website,  please  contact  the  IT  Service  
Centre  (http://www.it.ubc.ca/contact/helpdesk.html  )  or  Angela  Lam  
(ang.dms@gmail.com).    You  may  also  find  help  at:  
http://learningcommons.ubc.ca/about-­‐us/chapman-­‐learning-­‐commons/  
 
 
PEER  TUTORS  
There  are  3  peer  tutors  for  the  course,  one  for  each  lecture  section.    These  are  third  or  fourth  year  students  
who  have  done  well  in  the  course  in  the  past.    They  will  sit  in  your  lecture  section  and  will  be  available  to  help  
you  with  lecture  material.    The  peer  tutor  help  desk  is  in  Biological  Sciences  Room  0502A.    You  can  make  an  
appointment  with  your  peer  tutor  by  Connect  email  or  you  can  come  by  the  help  desk  during  regular  hours.    
The  peer  tutor  is  also  responsible  for  monitoring  the  Connect  discussion  group.  
   

  Page  2
 Biol.  201  –  2015/2016W  

 
COURSE  OUTLINE    
Dates   Unit   Lecture  Topic   Problem  Set   Professor  
Jan  4     Introduction   Introduction  to  Biochemistry     Drs.  Jetter  &  
Lecture  1   Richards    
Jan  6  -­‐  11   Unit  I     Ionization  Tendencies   #1   Dr.  Jetter  
Ionization   Lectures  2  to  4  
Jan  13  -­‐  18   Unit  II   Proteins  I:    Aspects  of  Globular  Protein   #2   Dr.  Jetter  
Proteins   Structure  
  Lectures  5  to  7  
Jan  20  -­‐  29     Proteins  II:    Polypeptide  folding  &   #3   Dr.  Jetter  
Oligomerization  
Lectures  8  to  12      
Feb  1  -­‐  10   Unit  III   Enzymes  I:    Catalytic  Mechanism   #4   Dr.  Jetter  
Enzymes   Lectures  13  to  16  
Feb  11       Mid-­‐term  Exam  (1900  to  2100)      
Feb  12   Unit  III     Enzymes  II:  Quantitative  Enzymology     #5   Dr.  Richards  
Enzymes   Lectures  17  
Feb  15  -­‐  19     Mid-­‐term  Break      
Feb  22  &  24   Unit  III     Enzymes  II  (con’t):    Quantitative   #5   Dr.  Richards  
Enzymes   Enzymology    
(con’t)   Lectures  18  to  19  
Feb  26  to  Mar  7     Unit  IV   Energy  Transfer  I:    The  basics  &  ATP  in   #6   Dr.  Richards  
Energy   Biosynthesis  
Transfer   Lectures  20  to  24  
Mar  9  -­‐  16     Energy  Transfer  II:    ATP  synthesis   #7   Dr.  Richards  
Lectures  25  to  28  
Mar  18  -­‐  23   Unit  V   Metabolism  I:    Animals   #8   Dr.  Richards  
Metabolism   Lectures  29  to  31  
Mar  30  &  Apl  1     Metabolism  II:    Plants   #9   Dr.  Jetter  
Lectures  32  &  33  
Apl  4  -­‐  8     Metabolism  III:    Enzyme  Inhibition  &   #10   Dr.  Richards  
Metabolic  Regulation  
Lectures  34  to  36  
 
 
TUTORIALS  
The  purpose  of  the  Biol.  201  tutorial  is  to  provide  students  with  the  opportunity  to  get  help  with  the  problem  
sets  and  to  help  students  visualize  some  laboratory  methods  used  in  biochemistry.    As  such,  there  are  two  
types  of  tutorials  run  in  Biol.  201:  
 
Scheduled  Tutorials.    Students  attend  their  regularly  scheduled  tutorial  time  (ie.  the  tutorial  section  they  are  
registered  in)  and  participate  in  hands-­‐on  activities  that  are  meant  to  supplement  lecture  material.      Scheduled  
tutorials  are  held  in  Biological  Sciences  Room  0505.  
 
Drop-­‐in  Tutorials.    Students  can  drop-­‐in  to  any  tutorial  section  to  get  help  with  the  course  Problem  Sets.  Drop-­‐
in  tutorials  will  be  held  in  Biological  Sciences  Room  0505,  Mondays  through  Thursdays  from  900  to  1700.      

  Page  3
 Biol.  201  –  2015/2016W  

TUTORIAL  SCHEDULE  
Tutorial   Type   Week   Comments  
1.     Drop-­‐in     Jan  6  &  7     Get  help  with  Problem  Set  1    
2.   Drop-­‐in   Jan  11  to  14   Get  help  with  Problem  Sets  1  &  2  

3.   Scheduled   Jan  18  to  21   Protein  Separation  &  Characterization  I    

Tutorial  I   Read  p89  to  92  in  text  before  tutorial.  
Worksheets  completed  during  the  tutorial  will  be  graded  
(0.5%  of  final  grade).  
4.     Scheduled   Jan  25  to  28   Protein  Separation  &  Characterization  II    
Tutorial  II   Read  p92  to  95  in  text  before  tutorial.  
Worksheets  completed  during  the  tutorial  will  be  graded  
(0.5%  of  final  grade).  
5.     Drop-­‐in     Feb  1  to  4   Get  help  with  Problem  Sets  1  to  3    
6.   Drop-­‐in     Feb  8  to  11   Get  help  with  Problem  Sets  1  to  4  &  Sample  Exam  I  
Note:  Drop-­‐in  sessions  on  Thurs.  Feb  11  run  from  900  to  1200  only  –  Evening  Exam  
Reading  Week  (Feb.  15  to  19)  
7.   Scheduled   Feb  22  to  25   Quantitative  Enzymology  –  Part  1  
Tutorial  III   Read  p200  to  206  in  text  before  tutorial.  
Worksheets  showing  the  v0  vs.  [S]  curve  will  be  graded  
(0.5%  of  final  grade).  
8.   Scheduled   Feb  29  to  Mar  3   Quantitative  Enzymology  –  Part  2  
Tutorial  IV   Worksheets  will  be  graded  and  participation  marks  will  be  
given  (0.5%  of  final  grade).  
9.     Drop-­‐in   Mar  7  to  10     Get  help  with  Problem  Sets  5  &  6  
10.     Drop-­‐in     Mar  14  to  17     Get  help  with  Problem  Sets  5  to  7  
11.     Drop-­‐in   Mar  21  to  24     Get  help  with  Problem  Sets  6  to  8  
12.     Drop-­‐in     Mar  28  to  31   Get  help  with  Problem  Sets  6  to  9  
13.     Drop-­‐in     Apl  4  to  7   Get  help  with  Problem  Sets  8  to  10  plus  Practice  Exam  II  

  Page  4
 Biol.  201  –  2015/2016W  

COURSE  EVALUATION  &  GRADING  

Component   %  of  Final  Grade     Content     Date/Time/Location  
Exam  I   35%     Water/Ionization,     Date:  Thursday  Feb  11  
Proteins,  Enzyme  I     Time:    1900  to  2100  
Problem  sets  1  to  4   Location:  TBA  
 
Exam  II   50%     Quantitative  Enzymology   TBD  by  Registrar  
Energy  Transfer  
Metabolism    
Problem  sets  5  to  11  
 
Pre-­‐reading  Quiz  on   9%     Material  every  week     Due  on  Monday  before  
LaunchPad   (9  best  marks  of  the  11   1000.  
weekly  quizzes)    
Participation     4%   Lecture  material  &   In  class  and  homework  
(iClicker,  worksheets,   assigned  readings   assignments  
homework,  etc)    
Tutorial  Exercises     2%   See  above   See  above  
 
IMPORTANT  NOTES  ON  EXAMS  
Exams  I  and  II  test  different  content,  which  means  each  exam  is  essentially  a  final  exam  and  will  not  be  
returned  to  the  student.    An  exam  viewing  time  will  be  scheduled.  
 
Students  must  achieve  an  aggregated  passing  grade  on  both  exams  (ie.  on  Exam  I  and  II  the  cumulative  grade  
must  be  >42.5/85)  to  pass  the  course.    Marks  for  the  assignments,  iClicker  responses  and  tutorial  exercises  will  
be  included  in  the  calculation  of  a  student’s  overall  course  grade  only  if  the  exam  component  is  passed.  
   

  Page  5