6/13/2014

Tujuan
Mahasiswa dapat mamahami:
1. Tujuan program pemuliaan ikan.
RISTIAWAN A.N.
2. Peranan genetika dalam pemuliaan ikan.
Laboratorium Budidaya Perairan 3. Parameter genetik: Heritabilitas (koefisien
Program Studi Budidaya Perairan
Jurusan Perikanan – FPIK Pewarisan Sifat).
Universitas Diponegoro
2013 4. Metode Manipulasi Genetika:
a. Manipulasi kromosom (Ploidisasi, Gyno-Androgenesis)
GENETIC IN AQUACULTURE
b. Genetic engineering - Transgenetic

GENETIC MANIPULATION 5. Aplikasi dan Etika dalam Manipulasi Genetika.

Arti Penting Pemuliaan Ikan

referensi:
BENIH
 Beaumont , Andy R., Pierre Boudry and Kathrin Hoare. 2010.
BIOTECHNOLOGY AND GENETICS IN FISHERIES AND
AQUACULTURE (2nd ed). Blackwell Publishing -John Wiley & Sons
Ltd, UK
 Kapuscinski , Anne R. and Loren M. Miller. 2007. GENETIC
GUIDELINES for FISHERIES MANAGEMENT 2nd Edition. KESEHATAN LINGKUNGAN
University of Minnesota Sea Grant Program US.
 Lutz , C. Greg. 2001. PRACTICAL GENETICS FOR AQUACULTURE.
Fishing News Books - Blackwell Science Ltd, UK M
 Srivastava and Debmalya Barh. 2008. GENETICS FUNDAMENTALS A
AND APPLICATIONS. International Book Distributing Co. India. P N
 Sucipto, Adi. 2005. BROODSTOCK MANAGEMENT IKAN MAS A A
DAN NILA. Balai Budidaya Air Tawar Sukabumi-Dirjen Perikanan K J
Budidaya-DKP. A E
N M
PRODUKTIVITAS IKAN E
N

Problem Utama di Indonesia????

Kualitas Benih masih Rendah

 Produktivitas Ikan Rendah MUTU GENETIK RENDAH

 Populasi Rendah

Performans Produksi
Performans Reproduksi

1
 6/13/2014

Mengapa Pemuliaan Ikan Perlu Dilakukan ?

Pemuliaan Ikan akan MENINGKATKAN MUTU
GENETIK IKAN, sehingga dapat :

 Menghasilkan Benih Unggul

 Meningkatkan Produksi
 Memperbaiki Kualitas Produk
 Memperbaiki Reproduksi
 Meningkatkan Populasi
 Menambah Nilai Ekonomis Ikan
The effect of growth hormone in domesticated and non-
 Memperbaiki Efisiensi dan Konversi Pakan
domesticated trout and salmon.
 Meningkatkan Pendapatan Pairs of transgenic (upper) and non-transgenic (lower) rainbow trout
produced from wild (left)and domesticated (right) strains reared at 8◦C.

MATURE WILD-STRAIN
TROUT.
Phenotype of
From upper to lower: GROWTH-
• cultured transgenic HORMONE-treated
female (14 200 g), domestic and wild
• cultured transgenic strains of
male (8 200 g), rainbow trout
• wild female (171 g),
• wild male (220 g)

P : Fenotip
Mengapa mutu genetik ikan penting?  Tampilan luar atau sifat yang muncul sebagai
hasil ekspresi suatu gen.
 Tampilan produksi merupakan kerja bersama
(interaksi) antara faktor genetik dan lingkungan.
 Jika potensi gen (mutu genetik) ikan baik dan
didukung oleh lingkungan yang sesuai, maka
produksi optimal.
 Fenotip TIDAK PERNAH MELAMPAUI potensi
P : Fenotip/Produksi maksimal genotip.
G : Genotip/Genetik
E : Environment/Lingkungan

2
 6/13/2014

G : Genotip/Genetik Three Major Areas of Genetics

Classical Genetics Molecular Genetics Evolutionary

 Genotip merupakan susunan genetik yang (Transmission) Genetics
ada pada individu. Mendel’s Principles Genome Quantitative Genetics
 Susunan gen ini ada dalam setiap sel individu. Meiosis + mitosis DNA structure Population Genetics
Sex determination Chemistry of DNA Evolution
 Gen ada yang mudah dipengaruhi oleh
Sex linkage Transcription Speciation
linkungan dan ada pula yang sedikit
Chromosomal Translation
dipengaruhi linkungan dalam mapping
mengekspresikan suatu sifat/karakteristik. Cytogenetics Control of gene
expression
DNA cloning

A G T C C
T
G C A G G
C
DNA TANGGA NADA

GEN MELODI

KROMOSOM LAGU

GENOM ALBUM

Life is so “SIMPLE” Life is so “DYNAMIC”

WHY?? WHY??

3
 6/13/2014

Life is so “DYNAMIC”
...because of
Dynamical of Environments

1. Local Genetic Differences

a. Mutasi
b. Natural Selection – Adaptation
c. Gene Regulations
2. Local Genetic Homogenity
a. Gene flow
b. Restriction (check-point error)

The Ages of Telomere

Apa Penyebab Kematian atau

Penyakit pd Mahluk Hidup?

E : Environment/Lingkungan
 Semua faktor luar tubuh yang menentukan ekspresi
gen atau menentukan fenotip.
 Macam lingkungan : temporer dan permanen.
 Berinteraksi dengan genotip untuk memunculkan
suatu sifat.
 Lingkungan bisa bersifat alami dan buatan manusia
(manipulasi).

Kata Kunci:
KEMAMPUAN ADAPTASI thd LINGKUNGAN

4
 6/13/2014

Keys of Survival of Fitness

Bagaimana Meningkatkan
Kemampuan Adaptasi?

Bagaimana meningkatkan mutu

genetik????

MILESTONE PEMULIAAN TERNAK-IKAN

HISTORY OF GENETIC (HUMAN GENOME PROJECT)
SELEKSI

SISTEM PERKAWINAN

Perkembangan Pemuliaan Ternak/Ikan Robert Bakewell

Domestikasi Hewan 3400 SM Bgs Mesir (Th 1700an)
1350 SM
• Breeder Inggris :
Seleksi dan Evolusi Darwin, Landmark
Kuda Shire
Genetika Klasik 1800 M Mendel, dll. Domba Leicester
1918 M Wright, Haldane
Sapi Longhorn
Genetika Kuantitatif

Genetika Populasi 1919 M Hardy-Weinberg, Fisher

• Metode:
1. Inbreeding
Modern Breeding 1937 M Jay Lush
2. Uji Keturunan
Genetika Molekuler 1980 M Suzuki, dll.
Bioteknologi Modern 1985 M Ian Wilmuth

5
 6/13/2014

Charles Darwin
Gregor Mendel
• British naturalist • Peletak dasar-dasar
“Seleksi Alam Genetika
merupakan proses
evolusi”. • Selama hidup, konsep
genetika belum
diketahui.
• Karya :
Darwin, C. 1859. The Karya:
Origin of Species by Mendel, G. 1866. Experiments on
Plant Hybridization. Transactions
Means of Natural of the Brünn Natural History
Selection. Society.

Sewell Wright
zoologist Ronald Fisher
USDA Ahli Statistik Inggris
University of Chicago
University of Wisconsin “Menemukan dasar
Wright, S. 1916. An intensive study of the inheritance of
color and other coat characters in guinea pigs. Carnegie statistik pewarisan
Institution of Washington: Pub. No. 241:59
Evolution and the Genetics of Populations. Sewell Wright sifat”
Vol 1: Genetic and Biometric Foundations. (1968)
Vol 2: Theory of Gene Frequencies. (1969) R. A. Fisher. 1930. The
Vol 3: Experimental Results and Evolutionary Deductions. (1977
Vol 4: Variability Within and Among Natural Populations. (1978) genetical theory of natural
selection. Dover
Publications.

Jay Lush
“Pencetus Ilmu
Pemuliaan Ternak”
Iowa State University Bioekonomik
1930 - 1970
Pemuliaan Ikan
Lush, J.L. 1931. The number of daughters
necessary to prove a sire. J. Dairy. Sci 14:209
Lush, J.L. 1994. The Genetics of Populations.
(published after his death)

6
 6/13/2014

STRUKTUR INDUSTRI BUDIDAYA PERAIRAN

Perusahaan penghasil BENIH MURNI
(Pure Breed) sebagai sumber genetik
1 - 10%

10 - 40% Perusahaan Pembibit : penghasil

benih-benih komersial (hasil silangan).

50 - 80%
Pembudidaya komersial yang
memelihara ikan komersial (final Stock).

Aliran Informasi Genetik:

1. Kebanyakan dari atas

ke bawah

2. Perubahan genetik di
tingkat ternak ikan
komersial tergantung
perubahan elite.

3. Perubahan genetik
ternak ikan komersial
tidak pernah lebih
cepat dibanding elite.
.

Aspek Ekonomis Pemuliaan Ikan

Arti Praktis:
• Tujuan Pemuliaan Ikan : MENINGKATKAN
Perubahan genetik tergantung dari NILAI EKONOMIS IKAN.
perubahan di tingkat ternak elit.
• Beberapa sifat (trait/karakteristik)
Bagian kecil dari populasi dapat ditingkatkan KUANTITAS dan KUALITAS-
mempengaruhi perubahan genetik. nya, sehingga lebih tinggi nilai jualnya.
Pengukuran sifat-sifat yang bernilai
ekonomis mahal di elit perlu
dilakukan.

7
 6/13/2014

Analisis Bioekonomik:

• Penentuan sifat-sifat yang mempunyai

kontribusi terhadap efisiensi produksi
Tidak terpengaruh fluktasi
harga • Dibutuhkan untuk memasukkan input
dan output

Sangat terpengaruh • Dibutuhkan untuk memasukkan

fluktasi harga kuantitas dan kualitas

Pengertian Parameter Genetik

Besaran yang
PARAMETER GENETIK menggambarkan
kondisi genetik
organisme, sehingga
dapat dipredisksikan
dalam nilai tertentu.

 Parameter genetik untuk karakteristik tertentu Mengapa parameter genetik penting?

dapat diukur dan diprediksikan besarnya.
 Sangat terkait dengan seleksi untuk meningkatkan
mutu genetik ikan.
 Paling banyak diterapkan untuk sifat kuantitatif.
 Jika diterapkan pada sifat kualitatif, maka perlu
SCORING, yaitu : dari data kualitatif
dikuantitatifkan.
 Pendugaan parameter genetik mutlak diperlukan
untuk melakukan SELEKSI. Tanpa parameter
genetik, kita tidak dapat melakukan seleksi dengan
baik.

8
 6/13/2014

Parameter Genetik Yang Penting

 HERITABILITAS
Repitabilitas
 Korelasi Genetik
HERITABILITAS
 Nilai Pemuliaan (EBV)
 MPPA, dll.

Pengertian Heritabilitas
Arti Heritabilitas :

Arti Luas (H2)

Proporsi ragam genetik
Ada 2 arti
terhadap fenotip.
Berapa Tingkat
Pewarisan Sifat Pewarisan suatu Arti Sempit (h2)
Sifat??????? Proporsi ragam aditif
terhadap ragam fenotip.
HERITABILITAS
(Koefisien Pewarisan Sifat)

Kepentingan Heritabilitas :

A: Gen Aditif Heritabilitas memberikan gambaran bbrp hal sbb:

D : Gen Dominan • Berapa besar kemampuan mewariskan suatu

sifat.
• Bagaimana faktor genetik menentukan
produktivitas sifat yang dpt diukur.
I : Epistasi
• Berapa proporsi fenotipik yang disebabkan oleh
variasi Nilai Pemuliaan.

9
 6/13/2014

Nilai Heritabilitas (h2) Beberapa Nilai Heritabilitas

Nilai heritabilitas SUATU SIFAT berkisar antara :
Ternak Sifat h2
• 0 – 0.1 atau 0 – 10% : RENDAH rainbow trout (Oncorhynchus growth 0,402
mykiss)
Mercenaria mercenaria growth 0,42 - 0,43
• 0,1-0,3 atau 10-30% : SEDANG
atau the European oyster
Ostrea edulis
live weight and shell height 0,112 - 0,43
• > 0,3 atau >30% : TINGGI Macrobrachium rosenbergii larval tolerance of fresh water 0,24 ± 0,065
the golden shiner, growth in length 0,42
Notemigonus crysoleucas
common carp (Cyprinus carpio) ratio 0,42 ± 0,03
• Semakin mendekati 0 : suatu sifat makin ditentukan lingkungan. of body height to length.
antibody production 0,37 ± 0,36
• Semakin mendekati angka 1 atau 100% semakin ditentukan faktor
genetik.

Metode Penaksiran h2 Regresi Tetua-Anak

(Perent-Offspring Regression)

 Data karakteristik tertentu dari anak diregresikan

1. Metode Regresi Anak-Tetua terhadap tetua.
(Parent-Offspring Regression)  Metode yang banyak digunakan dan relatif
sederhana.
 Ketelitian cukup tinggi.
2. Korelasi Saudara Tiri Sebapak
 Secara teoritis anak memperoleh separoh gen dari
(Paternal halfsib correlation) kedua orang tuanya, oleh karena itu kovarian antara
tetua dan anak diharapkan untuk memasukkan
setengah dari ragam genetik aditif untuk suatu
3. Analisis Saudara Kandung sifat.
(Fullsib Analysis)  Apabila hubungan hanya terjadi pada satu dari
kedua orang tuanya , maka regresi harus dikalikan
dua untuk menghitung heritabilitas.

Rumus h2
 Data suatu karakteristik dikumpulkan dari
ANAK dan Salah satu Orangtua. h2 = 2 x b
 Data anak sebagai variabel Y, dan data
Orangtua sebagai variabel X. b : Koefisien Regresi
 Mengikuti persamaan garis regresi linier :
 xy   XY   N
X. Y

b
 xy
Y = a + bX x 2 ( X ) 2
x 2
 X2 
N

b : Koefisien Regresi

10
 6/13/2014

Data X dan Y Data BB Indukan jantan (F3) dan benih (F4) fase Belo

 Misalnya : Terdapat 10 indukan jantan ikan BB F3 (X) BL F4 (Y)

Nila Pandu (F3)
 (bersama-sama dengan indukan betina) tiap 3.6 3
indukan jantan menghasilkan benih 800 ekor 2.8 2.2
(F4). 3 2
 Data Berat saat fase Belo (ukuran 5-8 cm)
indukan jantan Pandu dan benih ditimbang 2.5 2.6
(gram) 2.9 2.3
 Data Berat fase Belo indukan jantan Pandu 3.4 3
sebagai variabel X dan Berat fase Belo benih
sebagai variabel Y. 3.2 2.9
 Hasil penimbangan sbb.: 3.1 2.4
2.7 2.7
3.4 2

X Y X2 Y2 XY

 xy   XY   N
3.6 3 12.96 9 10.8 X. Y
2.8 2.2 7.84 4.84 6.16
3 2 9 4 6 30.6 x 25.1 0.334
= 77,14 - b=
2.5 2.6 6.25 6.76 6.5 10 1.084
2.9 2.3 8.41 5.29 6.67 = 0.334
3.4 3 11.56 9 10.2 = 0.308
( X ) 2
3.2 2.9 10.24 8.41 9.28 x 2
 X2 
N
3.1 2.4 9.61 5.76 7.44
h2 = 2x0,308
2.7 2.7 7.29 7.29 7.29 (30.6)2
= 94.72 -
3.4 2 11.56 4 6.8 10 = 0.616
= 1.084
30.6 25.1 94.72 64.35 77.14 = 61.6%

Nilai Heritabilitas (h2)

Nilai heritabilitas SUATU SIFAT berkisar antara :
• 0 – 0.1 atau 0 – 10% : RENDAH

atau • 0,1-0,3 atau 10-30% : SEDANG

• > 0,3 atau >30% : TINGGI

• Semakin mendekati 0 : suatu sifat makin ditentukan lingkungan.

Metode Manipulasi Genetika
• Semakin mendekati angka 1 atau 100% semakin ditentukan faktor genetik.

Berdasarkan Data Berat saat fase Belo, nilai heritabilitas (koefisien pewarisan sifat)
dari F3 nila pandu adl 61,6%, ini berarti:
• F3 Nila pandu mempunyai kemampuan mewariskan suatu sifat secara genetis
sebesar 61,6% kepada keturunannya (F4)
• Terdapat (100% - 61,6% = 38,4%) pengaruh gen yang tidak diwariskan indukan
sebagai akibat proses adaptasi terhadap lingkungan pada benih F4 Nila
• Proses Selective Breeding pada F3 Nila Pandu relatif BERHASIL

11
 6/13/2014

Metode Manipulasi Genetika

1. MANIPULASI KROMOSOM
a) Polyploidy
b) Haploidy
c) Gynogenesis
d) Androgenesis
2. Genetic Engineering /Transgenesis
3. Other Applications

Techniques

 Temperature shock
 cold and warm temperature baths may be used,

MANIPULASI KROMOSOM temperature is usually near the lethal limit for that
species
 Pressure shock
 pressure chambers are used to apply pressure shocks,
lasts for several minutes at pressures ranging from 7000-
10000 psi
 Chemical shock
 endomitotics are commonly used as well as anaesthetics
like nitrous oxide and freon 22

1. MANIPULASI KROMOSOM
a. Triploidy
 Individuals with 3 sets of chromosomes
 accomplished by shocking the fertilized eggs
immediately after fertilization thus preventing the
second polar body from leaving the egg.
 fertilized egg will have three haploid nuclei, one each
from the egg, the sperm and the second polar body
 haploid nuclei will then fuse to form a triploid zygote
 triploids are sterile and have increased growth
 sterile individuals may be used for seeding

12
 6/13/2014

1. MANIPULASI KROMOSOM
b. Tetraploidy

 Individuals with 4 sets of chromosomes

 produced by shocking a diploid zygote while
undergoing first cleavage
 shock is applied after the chromosomes have
replicated and the zygote is about to divide into
two, thus preventing nuclear and cell division

1. MANIPULASI KROMOSOM
c. Haploidy
 Individuals with a single set of chromosomes
 use a sperm whose genetic material has been destroyed by
using x-ray, gamma ray or UV irradiation, TO ACTIVATE THE
EGG to undergo embryonic development, resulting zygote
having only the haploid egg nucleus
 destroy the genetic material of the egg and have it fertilized
by a normal sperm, resulting zygote will carry ONLY the
sperm's haploid nucleus
 haploids do not survive long because all recessive and
detrimental alleles are manifested in the individual, no
masking by a dominant allele
 MARKS THE FIRST STEP IN THE PRODUCTION OF
GYNOGENETIC AND ANDROGENETIC FISH.

1. MANIPULASI KROMOSOM Meiotic gynogens

d. Gynogenesis
1. activate eggs with sperms whose genetic
material has been destroyed
 creation of fish engineered to have both
sets of chromosomes come FROM THE 2. shock is then applied to prevent the second
polar body from leaving
MOTHER
3. resulting zygote will then have the egg
 methods used nucleus and the second polar body nucleus,
 meiotic gynogen both from the mother, which will then fuse to
 mitotic gynogen form a 2N individual
4. gynogens are inbred but may be
 useful in producing all-female populations
heterozygous.

13
 6/13/2014

MEIOTIC GYNOGENESIS Mitotic gynogens

 activate eggs with sperms whose genetic

material has been destroyed
 shock is applied just when the zygote
undergoes first cleavage thus preventing
cellular division
 resulting 2N zygote has an inbreeding of
100% and is homozygous at all loci.

MITOTIC GYNOGENESIS 1. MANIPULASI KROMOSOM

e. Androgenesis
 creation of fish engineered to have both sets of
chromosomes COME FROM THE PATERNAL PARENT
 Method :
 fertilize eggs whose genetic material has been destroyed,
with a normal sperm. When the haploid zygote undergoes
first cleavage, the zygote is shocked and the two haploid
nuclei will fuse to form a 2N androgen
 this androgen is highly inbred (100%) and is 100%
homozygous because only a single set of chromosomes
was allowed to replicate itself.
 this androgen is likely to die young

Uses of androgens

 if grown to sexual maturity, there is the

possibility of PRODUCING YY SUPERMALES
 used to conserve endangered species or to
recover extinct ones
 germ plasm centers could cryopreserve and store the
sperm from endangered species and then used to
fertilized irradiated eggs from closely related individuals.
 resulting offspring will be hybrids, containing the nuclear
DNA of the father and the mitochondrial DNA of the
mother.

14
 6/13/2014

Genetic Engineering

 Transgenesis

Genetic Engineering/  technique that involves the transfer of a novel

gene (cloned DNA) into a developing embryo

Transgenesis  aim is for such foreign DNA to integrate into the

genome of the animal so that every cell in the
organism will have the gene and that the gene will
be transmitted to subsequent generations
 long-term goal is to modify and improve the
genetic traits of the species.

2. Genetic Engineering/Transgenesis
 Recombinant DNA technology a. TRANSPLANTASI NUCLEUS
 Genetic engineering  Dikenal lebih dahulu pada breeding mamalia, amphibi,
 Gene cloning baru diaplikasikan di Ikan
 Prinsip: transfer nucleus diploid ke dalam sel telur
...are all ways to say essentially the same thing. enucleated (yang telah dihilangkan nukleus aslinya),
untuk kemudian diharapkan berkembang menjadi
They mean: embryo dengan materi genetik baru.
 Keuntungan:
1. isolating desired DNA fragments  Aseksual
2. joining them in new combinations and  Bisa digunakan lintas strain yang relatif jauh jarak taksonominya,
contoh: antar famili dan ordo
3. …..introducing the newly combined DNA into a  Kombinasi dan modifikasi karakter unggulan dapat lebih banyak
living organism. dan kompleks
 Lebih stabil, predictable dan singkat
Streamline Available

TRANSPLANTASI NUCLEUS(lanjutan)
b. TRANSFER GEN
Masalah dalam penerapan di dunia Perikanan:  Perkembangan biologi molekuler dan teknik-teknik
rekombinasi DNA, memungkinkan proses isolasi single
1. Nukleus asli pada sel telur ikan relatif lebih sulit gen, kemudian “menempel”kannya ke plasmid vektor,
dihilangkan dibandingkan pada mamalia atau amphibi; diperbanyak secara in vitro dan kemudian di”tanam”kan
ke organisme.
2. Pronukleusa atau nukleus zygote pada ikan sulit
 Perkembangan tersebut mendasari proses TRANSFER
diamati di bawah mikroskop untuk dilakukan GEN asing ke dalam sel atau telur ikan
mikromanipulasi, terutama pada fase Metaphase
 Proses transfer tersebut melalui beberapa teknik:
1. Micro-Injection
2. Electroporation
Perlu pengembangan teknik mikromanipulasi pada dunia
3. Sperm-carrier
Perikanan 4. Biolistic (particle bombardement)
5. Lipofection
6. Viral vectors

15
 6/13/2014

Micro Injection Electroporation

 Prinsip:
 jutaan copy konstruksi DNA dimasukkan ke dalam jarum kaca yang  Prinsip:
ujungnya berukuran mikro.  Dilakukan dengan cara merendam telur yang sudah
 Dengan bantuan mikromanipulator, copy DNA tersebut
dimasukkan ke dalam telur yang sudah dibuahi. dibuahi di dalam jutaan copy DNA.
 Idealnya, copy DNA tersebut nantinya akan menyatu dengan  Teknik ini juga menggunakan listrik dengan voltase
genome inang (telur) dan pelaksanaannya dilakukan sebelum tertentu yang kemudian dialirkan selama beberapa
pembelahan sel pertama (mitosis I)
 survival varies from 5 - 90%
saat. Harapannya adalah bahwa copy DNA tersebut
dapat melalui dinding sel telur (yang memiliki
 Aplikasi sampai saat ini:
permeabilitas tinggi).
 mikroinjeksi sekuen gen klon ke dalam telur ikan telah dicapai oleh
Maclean dan Talwar (1984) dengan menggunakan telur-telur  Cara lain yang dapat dilakukan untuk teknik ini, yakni
rainbow trout (Onchorynchus myskiss) dan Zhu, dkk. (1985) pada dengan cara mengalirkan listrik tepat melalui animal
telur-telur mas koki (Carassius auratus).
 Suksesnya integrasi transgene, ekspresi dan transmisinya pada
pole (microphyl) dari telur yang sudah dibuahi.
rainbow trout dan common carp (Cyprinus carpio); dilaporkan dalam
sebuah kerja sama publikasi tahun 1987 Maclean et al., 1987). Streamline Available Streamline Available
Streamline Available Zebra Electroporation In ovo Electroporation of Chicken

Sperm-carrier
Prinsip:
Sperma ikan dapat digunakan sebagai “DNA carrier”
untuk transfer gen

Contoh kasus:
 gene hGH telah dapat dibawa oleh sperma pada
common carp
 Khao et. al. (21) menggunakan sperma ikan zebra untuk
membawa plasmid DNA PUSVCAT dan pxGH5 ke dalam
fertilized eggsRecently, our group (51) reported that
goldfish Proses ICSI
 Sperm yang diinkubasi dengan gen antifreeze protein (Intracytoplasmic sperm injection)
(AFP) dapat membuahi telur dan menghasilkan ikan
goldfish transgenik.

Streamline Available

Biolistic (particle bombardement) Lipofection

Prinsip:
 Biolistik menerapkan konsep balistik dan
biology.
 Biolistik melibatkan tembakan partikel
mikroskopik (biasanya terbuat dari emas) yang
dilapisi dengan suatu konstruksi DNA dan
diarahkan secara langsung ke dalam sel.
 Beberapa partikel yang dapat digunakan untuk
teknik ini, memang masih sedang diteliti lebih
lanjut; termasuk ukuran, bentuk dan komposisi
kimianya.
Streamline Available
Prinsip:
 Lipofeksi telah secara luas digunakan dalam proses
transformasi kultur sel pada beberapa penelitian,
termasuk enkapsulasi konstruksi DNA di dalam vesikel
lemak (lipid vesicle) dan kemudian membawanya ke
dalam sel target. Dengan cara ini, diharapkan bahwa
akan terjadi fusi dengan membran plasma dan atau
endositosis.
 Proses lipofeksi atau liposome-mediated transfection,
mulai banyak digunakan dalam memproduksi organisme
akuatik transgenik

16
 6/13/2014

Viral vectors Ikan-ikan Model dalam Transfer Gen

1. Zebra Fish (Branchydanio rerio)
2. Medaka (Oryzias latipes)
Prinsip 3. Cichlid fish (Cichlasoma nigrofasciutum)
 Menggunakan metode aksi virus sebagai 4. Goldfish (Carassius auratus)

vektor yang kemudian “masuk” ke host (yaitu Syarat ikan Model dalam Transfer Gen

sel sasaran) melalui proses replikasi transgen. 1.

2.
Telah diketahui materi genetiknya secara lengkap
Umur pendek
 Beresiko pada penyebaran virus secara tidak 3.
4.
Mudah dipelihara di laboratorium
Dapat dipijahkan secara buatan
terkontrol 5. Oocyt mudah dipelihara secara in vitro
6. Oocyt dan telur toleran terhadap perlakuan micro-operasi
7. Oocyt dan telur transparan
8. Embryogenesis mudah dipantau dalam kondisi in vitro

Medaka (Oryzias latipes)

Zebra Fish (Branchydanio rerio)

Goldfish (Carassius auratus)

Cichlid fish (Cichlasoma nigrofasciutum)

17
 6/13/2014

Southern blot hybridization

3. Other Applications
-Detection Techniques-
 Southern blot hybridization
 where fragments of DNA generated by restriction
digestion is subjected to agarose gel
electrophoresis
 separated fragments are then transferred to a
mytocellular membrane using blotting technique
 the desired DNA may be detected by hybridizing
the membrane to a radioactive probe with the
same homology as the DNA of interest

 Northern blot method Western blot hybridization

 similar to southern blotting except that what is
measured here is the accumulation of RNA
transcripts

 Western blotting
 involves the transfer of protein from acylamide
gels to a vitrocellulose membrane by
electrophoresis
 the membrane is then probed with an antibody to
detect the desired protein
 this method is very useful in identifying and
characterizing specific gene products

 Polymerase chain reaction (PCR)
 based on repeated cycles of denaturation and
annealing of oligonucleotide primers
complimentary to the gene of interest.
 The amplified fragments are detected in a gel or
blot
Streamline Available
Other Applications
 Systematics
 Phylogenies of Onchorynchus constructed from
morphological and genetic data
 Establishment of ancestral genetic distance
 Paleobiogeography
 Intraspecific relationships
 Revelation of previously unknown population
structure in salmonid species
 Temporal changes in the populations structure of
mosquitofish in the Savannah river

18
 6/13/2014

Other Applications Other Applications

 Intraspecific relationships
 Conservation biology
 Spatial changes in the pop. structure of damselfish
 Detection of distinct native populations
 Strengthen inferences on gene dispersal
 Establishment of paternity  Detection of displacement and introgression of
exogenous species
 Stock enhancement
 Evaluation of the effectiveness of enhancement
programs  Mixed-stock fisheries
 Genetic marking to identify descendants of  Analysis of stock mixtures
enhancement populations

Other Applications Dalam menghasilkan Jenis Ikan baru,

metode-metode Breeding yang selama ini
digunakan adalah:`
 SELEKSI
 Population size  HIBRIDISASI BUATAN
 Estimates through allele frequency shifts between SEKSUAL
generations and gametic disequilibrium within  TRANSPLANTASI NUCLEAR
generations  TRANSFER GEN

 Legal applications
Manakah Cara yang Paling BAIK?
 Verification of putative origins or identities of
disputed catch
AMANKAH IKAN TRANSGENIK?

Keuntungan Kekurangan

 Menghasilkan strain ikan baru berkualitas
tinggi
 Menghasilkan produksi budidaya
(pembenihan) dengan kuantitas tinggi
 Meningkatkan efisiensi (ekonomi) usaha
breeding
 Meningkatnya teknologi pemuliaan ikan dan
eksplorasi sumberdaya Perikanan
 Hambatan dalam aplikasi produk transgenik
dalam kegiatan pembenihan budidaya:
1. Secara EKOLOGIS
2. Secara REGULASI
 Kekhawatiran RESIKO produk transgenik
dalam EKOSISTEM secara jangka panjang
1. Kompetisi dengan ikan-ikan alamiah
2. Modifikasi “natural gene pools”
 High-Cost for Pure Bio-Technology

19
 6/13/2014

Constraints!!!! Yang TERBAIK?

 the type of genes available for transfer is still
limited!!!!!!
 transfer of genes does not guarantee success
since each gene have its own regulators and
promoters so that transfer of the whole
complex is important
“KOMBINASI ANTAR METODE”
 Metode Tradisional + Bio-Teknologi
 Selective Breeding + Molecular Genetics
Karena faktor-faktor:
1. Ke-alamiah-an produk
2. Derajat pembentukan karakter
3. Efektifitas modifikasi karakter,
4. dll.

CONTOH
PROGRAM-PROGRAM
KOMBINASI BREEDING
UNGGULAN DALAM
DI AKUAKULTUR

SEX REVERSAL DAN TRIPLOIDISASI

Prinsip:
1. SEX REVERSAL DAN TRIPLOIDISASI  Produksi Ikan Monosex secara hormonal
 Pilih salah satu jenis kelamin yang pertumbuhannya lebih unggul
2. GENETIC ENGINEERING DAN CROSS-  Implikasi: steril
BREEDING  Produksi Ikan Triploid
3. GENETIC ENGINEERING, SELEKSI,  Agar pertumbuhannya lebih baik dari jenis normal (diploid)
CROSSBREEDING, STRAINS DAN HIBRIDISASI
Tujuan:
4. SELEKSI, CROSSBREEDING DAN SEX 1. Superior Growth rate
REVERSAL 2. Superior flesh quality
5. GINOGENESIS, SELEKSI DAN HIBRIDISASI
6. dll. Contoh:
• Rainbow Trout (♀)
• Nila Jantan Super (♂)

20
 6/13/2014

GENETIC ENGINEERING DAN CROSS-BREEDING SELEKSI, CROSSBREEDING DAN SEX REVERSAL

Prinsip:
 Transfer promoter (pemicu karakter genetik khusus) Prinsip:
 Transfer pada ikan yang berbeda strain  Penggunaan serangkaian metode yang lebih
 Memicu sifat unggul pada satu jenis ikan ke strain jenis ikan lain yang
juga memiliki keunggulan “double impact” baik dari single method
Tujuan:  Seleksi untuk memilih indukan unggulan
Tercipta keunggulan yang lebih baik daripada seleksi secara  Crossbreeding antar strain untuk membentuk
konvensional
 18 x lebih baik daripada breeding alami (di alam) benih-benih strain unggulan
 13 x lebih baik daripada breeding indukan dari alam dengan indukan dari  Sex-reversal untuk membentuk pertumbuhan
hatchery
 9 x lebih baik daripada breeding indukan dari hatchery
yang optimal
 2,5 x lebih baik daripada breeding indukan crossbreeding tanpa adanya
proses genetic engineering (Devlin et al.,2001)
Contoh: Contoh:
Penggunaan promoter Salmon metallothionein (MT) / Salmon Growth Genetically Male Tilapia (GMT)
hormone Complementary DNA (GH1 cDNA), (OnMTGH1) pada ikan
Raibow Trout (Devlin et al.,2001)
Document Available

Nila Betina ♀ Nila Jantan ♂

x
Normal (XX) Normal (XY)

XX; XX, XX, XY

Sex reversal (feminisasi)
XY
betina
Nila Betina ♀ x Nila Jantan ♂
Feminisasi (XY) Normal (XY)
(Progeny test 1)

XX; XY, XY, YY(super male) (Progeny Test 2)

Sex reversal
YY (feminisasi)
betina
Nila Betina ♀ x Nila Jantan ♂ Progeny Tes:
Feminisasi (YY) Supermale (YY) Tes/Uji Keturunan
(Progeny test 3)
YY; YY, YY, YY All Male

PROGENY TEST:

• Ambil sample ikan ukuran 10-12 cm

GINOGENESIS, SELEKSI DAN HIBRIDISASI
• Bedah, identifikasi gonadnya dengan mikroskop
dengan pewarna Aceto-carmine atau Gonad Squash
• Tentukan prosentase Jantan - Betina Prinsip:
 Seleksi:Pemilihan Induk unggulan
 Ginogenesis: Pemanfaatan karakter unggulan
dari induk betina
 Hibridisasi: Pembentukan benih hibrida
unggulan dari indukan beda strain
Contoh:
Histologi gonad ikan jantan Histologi gonad ikan betina Histologi gonad  Peningkatan persentase pembentukan sex jantan
Keterangan : ikan hermaprodite pada Nila
S : Spermatozoa N : Nukleus
 Peningatan respon imunitas pada Common carp
K : Sitoplasma A : Sel telur
B : Sel sperma

21
 6/13/2014

Areas of interest

 DISEASE RESISTANCE
 Genetically engineered viruses can be produced to
Masalah Lingkungan
contain the gene from disease-causing bacteria terkait Produk Transgenik
and these viruses will allow the fish to have
immunity against diseases
 NUTRITION
 a gene could one day be transferred that would
allow fish to digest and utilize even nutritionally
poor feedstuffs.

FAKTOR-FAKTOR YANG PERLU DIPERTIMBANGKAN DALAM

PENILAIAN RISIKO TERHADAP IKAN TRANSGENIK

1. Potensi untuk menjadi pemangsa yang sangat PEDOMAN

berlebihan, PELAKSANAAN PENGUJIAN KEAMANAN
2. Potensi untuk menjadi pesaing makanan, HAYATI PRODUK
3. Potensi berpindahnya gen (gene flow) secara
tidak terkontrol, BIOTEKNOLOGI PERTANIAN HASIL
4. Potensi berdampak negatif pada organisme REKAYASA GENETIK
bukan sasaran,
5. Potensi berdampak negatif pada
keanekaragaman hayati,
6. Potensi berdampak negatif terhadap kesehatan
manusia. Document Available

22