Tinkering Inside the Organelle EVOLUTION Felicity Alcock, Abigail Clements, Chaille Webb, Trevor

Lithgow Debate about eukaryote evolution includes alternate views on the processes that gave rise to
mitochondria. Among the questions about the evolution of eukaryotes is the debate over how they
acquired the membranebound organelle, mitochondria. Mitochondria produce energy in nearly all
eukaryotic cells ( 1) and regulate cell metabolism by controlling the fl ow of factors such as ions, amino
acids, and carbohydrates between themselves and the cytoplasm. Mitochondria evolved from a bacterial
endosymbiont (an α-proteobacterium), and this process depended on the establishment of new
pathways that facilitated the import of proteins into and across the double membrane (inner and outer)
of the ancestral endosymbiont. Herein lies a debate: How did the process of protein import in
mitochondria—which facilitated the evolution of this organelle, and thus, eukaryotic cell evolution—
arise? Was the process driven by the ancestral host cell or by the prokaryotic endosymbiont, or by both?
Recently, Gross and Bhattacharya discussed the possibility that evolution of protein import into
mitochondria was driven by the host cell (see the fi gure) ( 2). In this paradigm, to capitalize on energy
production by the ancestral endosymbiont, a protein sorting and importing mechanism was necessary to
relocate host cell proteins to the endosymbiont. Thus, in the earliest evolutionary stages of
mitochondria, host proteins were “imposed” on the ancestral endosymbiont. It was argued that because
the endosymbiont’s outer membrane had greatest access to host factors in the cytoplasm, evolution of
mitochondrial protein import began at the outer membrane ( 2). Once established there, host proteins
could then gain access to the intermembrane space and the inner membrane in an “outsideto-inside”
trajectory of evolution. In support of this view, some characteristics of host cell proteins appear to have
served as “preadaptations” for mitochondrial protein import. For example, positively charged amino acid
sequences in proteins that are imported into the mitochondria by the transporter in the outer
membrane (TOM complex) are thought to be preadaptive characteristics in the ancestral host cell ( 3, 4).
These protein “passengers” of the host cell could thereby provide selective pressure once an ancestral
TOM-type complex was constituted in the outer membrane of the endosymbiont. This, however, does
not require that the protein transport machinery was “designed” by the host cell, nor that the transport
machinery evolved from the outside to the inside. An alternative viewpoint favors an active role of the
endosymbiont in establishing key elements of the protein import pathway (see the fi gure). We suggest
that both the TOM complex in the outer membrane and the transporter in the inner membrane (TIM
complex) were derived from ancestral bacterial proteins—that is, proteins originally encoded by the
bacterial endosymbiont’s genome. This evolutionary tinkering—constructing a new molecular machine
from existing parts— inside the ancestral bacterium is in line with Jacob’s proposition for the evolution
of new cellular functions ( 5), which states that new pieces of cellular machinery arise ad hoc, often
cobbled together from pieces (proteins) already available in other guises. Establishing the ancestry of the
TOM component Tom 40 (a channel) and the innermembrane TIM channel (Tim23) has been particularly
controversial. Some evidence sugTwo views of mitochondrial evolution. The “Inside” view of the
transition from intracellular bacterium to mitochondrion acknowledges that the ancestral
endosymbiont’s genome encoded protein complexes (SecYEG and YidC) that facilitated the assembly of
bacterial proteins into its inner membrane (e.g., metabolite carriers) and outer membrane (the bacterial
β-barrel protein BAM). An early outer-membrane protein of the TOM complex (Tom40) may have arisen
from a bacterial β-barrel protein with affi nity for basic, amphipathic amino acid sequences on host cell
proteins. Progenitors of modern protein import components (TIM) were also encoded by the
endosymbiont’s genome. The “Outside” view proposes that proteins of the ancestral host cell were
imported into the endosymbiont. It assumes that the endosymbiont’s genome is reduced (and unable to
encode progenitor proteins of the import machinery). In this case, some host cell β-barrel protein is
imposed into the endosymbiont’s outer membrane. It then facilitates the import of other protein import
machinery components from the host cell. Department of Biochemistry and Molecular Biology, Monash
University, Clayton Campus, Melbourne 3800, Australia. E-mail: trevor.lithgow@med.monash.edu.au
Published byAAAS on June 7, 2011 www.sciencemag.org Downloaded from 650 5 FEBRUARY 2010 VOL
327 SCIENCE www.sciencemag.org PERSPECTIVES gests that the amino acid sequence of Tom40 family
members resembles that of YdeK, a bacterial protein export channel. Also, the β-barrel structure of
Tom40 is characteristic of bacterial outer-membrane proteins ( 6, 7). Stronger lines of evidence suggest
that LivH, a bacterial amino acid transporter, represents a living link to the ancestral Tim23 progenitor
because a conserved region of Tim23 family proteins retains a signature PRAT (preprotein and amino
acid transporters) motif also found in LivH ( 8). Three other subunits of the TIM complex—mHsp70 ( 9),
Tim44 ( 10, 11), and Pam18/Tim14 ( 11, 12)—also have bacterial homologs. The bacterial homologs of
the latter two function distinctly from LivH in the bacterial inner membrane ( 11). A high degree of amino
acid sequence similarity, and identical topology with respect to the inner membrane, mean that
relatively little evolutionary tinkering would be required to derive a core TIM complex from components
already present in the ancestral endosymbiont. A metamorphosis of the inner membrane transformed
the metabolic fl ux between the host cell and endosymbiont ( 2, 13), and could represent the selection
by which mitochondria evolved. The fi rst mitochondrial metabolite carrier proteins arose after
endosymbiosis ( 14), but did the genes that encode these carriers fi rst appear in the host nuclear
genome or in the ancestral endosymbiont’s genome? The former scenario requires that the
mitochondrial protein import machinery be established before the carriers can localize to the ancestral
endosymbiont and function. In the latter scenario, acquisition of the carrier from within the
endosymbiont has a major advantage in that there would have been preexisting protein transport
machinery (the SecYEG and YidC bacterial machines) to assemble these carriers in the inner membrane.
Biochemical analyses on carrier proteins from animals and plants show that they can be expressed in the
model bacterium Escherichia coli, thereby rendering the recombinant bacteria newly permeable to
nucleotides, ions, and other metabolites ( 15, 16). This suggests that bacterial transport complexes, such
as SecYEG and/or YidC, are competent to assemble carrier proteins. Both of these translocases would
have been present in the ancestral endosymbiont. Evolution simply selects a feature because it provides
an advantageous phenotype. Through time, very complex phenotypes can evolve. Even at the molecular
level, the rules of the game are the same. It matters, therefore, that models for the evolution of complex
molecular structures, like protein transport machines, take into account preexisting, simple components
from which such a machine could be cobbled. Finding the answer to the prokaryote-to-organelle
transition will also require continued weighing of evidence from different sides. References 1. C. Zimmer,
Science 325, 666 (2009). 2. J. Gross, D. Bhattacharya, Nat. Rev. Genet. 10, 495 (2009). 3. A. Baker, G.
Schatz, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 84, 3117 (1987). 4. R. Lucattini, V. A. Likic, T. Lithgow, Mol. Biol. Evol.
21, 652 (2004). 5. F. Jacob, Science 196, 1161 (1977). 6. T. Cavalier-Smith, Proc. Biol. Sci. 273, 1943
(2006). 7. J. M. Herrmann, Trends Microbiol. 11, 74 (2003). 8. J. Rassow, P. J. Dekker, S. van Wilpe, M.
Meijer, J. Soll, J. Mol. Biol. 286, 105 (1999). 9. W. R. Boorstein, T. Ziegelhoffer, E. A. Craig, J. Mol. Evol. 38,
1 (1994). 10. P. Dolezal, V. Likic, J. Tachezy, T. Lithgow, Science 313, 314 (2006). 11. A. Clements et al.,
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 106, 15791 (2009). 12. D. Mokranjac, M. Sichting, W. Neupert, K. Hell, EMBO
J. 22, 4945 (2003). 13. T. Cavalier-Smith, Biol. Direct 1, 19 (2006). 14. C. G. Kurland, S. G. Andersson,
Microbiol. Mol. Biol. Rev. 64, 786 (2000). 15. I. Haferkamp, J. H. Hackstei
Bermain-main di Dalam Organel EVOLUSI Felicity Alcock, Abigail Clements, Chaillé Webb,
Trevor Lithgow Perdebatan tentang evolusi eukariota meliputi pandangan alternatif pada proses
yang memunculkan untuk mitokondria. Di antara pertanyaan-pertanyaan tentang evolusi dari
eukariota adalah perdebatan bagaimana mereka memperoleh membran-terikat organel,
mitokondria. Mitokondria menghasilkan energi dalam hampir semua eukariotik sel-sel ( 1) dan
mengatur metabolisme sel dengan mengendalikan fl ow dari faktor-faktor seperti ion, asam
amino, dan karbohidrat antara diri mereka sendiri dan sitoplasma. Mitokondria berevolusi dari
bakteri endosymbiont (α-proteobacterium), dan proses ini tergantung pada pembentukan jalur
baru yang difasilitasi impor dari protein ke dalam dan melintasi membran ganda (batin dan luar)
dari leluhur endosymbiont. Kebohongan debat: Bagaimana proses protein impor di mitokondria
—yang memfasilitasi evolusi dari organel ini, dan dengan demikian, sel eukariotik evolusi—
timbul? Apa proses yang didorong oleh leluhur sel inang atau oleh prokariotik endosymbiont,
atau oleh keduanya? Baru-baru ini, Kotor dan Bhattacharya membahas kemungkinan bahwa
evolusi protein impor ke mitokondria yang didorong oleh sel inang (lihat fi gure) ( 2). Dalam
paradigma ini, untuk memanfaatkan produksi energi oleh leluhur endosymbiont, protein sorting
dan mengimpor mekanisme apa yang diperlukan untuk pindah host protein sel untuk
endosymbiont. Dengan demikian, di awal evolusi tahap mitokondria, protein host yang
"dipaksakan" pada leluhur endosymbiont. Ia berpendapat bahwa karena endosymbiont
membran luar memiliki terbesar akses ke host faktor-faktor dalam sitoplasma, evolusi
mitokondria protein impor dimulai pada membran luar ( 2). Setelah menetap di sana, protein
host kemudian bisa mendapatkan akses ke ruang antarmembran dan membran dalam dalam
"outsideto-dalam" lintasan evolusi. Dalam mendukung pandangan ini, beberapa karakteristik
dari sel inang protein tampaknya telah menjabat sebagai "preadaptations" untuk mitokondria
protein impor. Misalnya, bermuatan positif urutan asam amino dalam protein yang diimpor ke
dalam mitokondria oleh transporter pada membran luar (TOM kompleks) dianggap preadaptive
karakteristik leluhur sel inang ( 3, 4). Protein ini "penumpang" dari sel inang dengan demikian
bisa memberikan tekanan selektif sekali leluhur TOM-jenis kompleks yang dibentuk di luar
membran endosymbiont. Ini, bagaimanapun, tidak mengharuskan protein transport mesin apa
yang "dirancang" oleh sel inang, atau mesin transportasi berevolusi dari luar ke dalam. Sudut
pandang alternatif nikmat untuk aktif peran endosymbiont dalam membangun kunci unsur-unsur
dari protein impor jalur (lihat fi gure). Kami menyarankan bahwa kedua TOM kompleks ke dalam
membran luar dan transporter di membran dalam (TIM kompleks) berasal dari leluhur protein
bakteri—yang adalah, protein awalnya dikodekan oleh bakteri endosymbiont genom. Ini evolusi
bermain-main—membangun baru mesin molekuler dari bagian-bagian yang ada— dalam
leluhur bakteri ini sejalan dengan Yakub proposisi untuk evolusi baru fungsi selular ( 5), yang
menyatakan bahwa baru potongan-potongan dari mesin seluler timbul atas dasar ad hoc sering
dirakit dari potongan-potongan (protein) sudah tersedia dalam samaran lainnya. Membangun
keturunan dari TOM komponen Tom 40 (saluran) dan membran dalam TIM channel (Tim23)
telah sangat kontroversial. Beberapa bukti sugTwo dilihat dari mitokondria evolusi. "Dalam"
melihat transisi dari intraseluler bakteri-untuk-mitokondria mengakui bahwa leluhur
endosymbiont genom dikodekan protein kompleks (SecYEG dan YidC) yang difasilitasi
perakitan protein bakteri ke dalam membran dalam (e. g., metabolit, mobil keluarga) dan
membran luar (bakteri β-barel protein BAM). Dini outer-membran protein dari TOM kompleks
(Tom40) mungkin muncul dari bakteri β-laras protein dengan affi nity dasar, amphipathic urutan
asam amino pada protein sel inang. Nenek moyang modern protein impor komponen (TIM) juga
dikodekan oleh endosymbiont genom. "Luar" lihat mengusulkan bahwa protein dari leluhur tuan
rumah sel yang diimpor ke endosymbiont. Ini mengasumsikan bahwa endosymbiont genom
berkurang (dan tidak mampu mengkodekan nenek moyang protein dari mesin impor). Dalam
hal ini, beberapa sel inang β-laras protein yang dikenakan ke endosymbiont luar membran.
Kemudian memfasilitasi impor protein lainnya mesin impor komponen dari sel inang.
Departemen Biokimia dan Molekuler Biologi, Monash University, Clayton Campus, Melbourne
3800, Australia. E-mail: trevor.lithgow@med.monash.edu.au Diterbitkan byAAAS pada juni 7,
2011 www.sciencemag.org Diunduh dari 650 5 FEBRUARI 2010 VOL 327 ILMU
www.sciencemag.org PERSPEKTIF gests bahwa urutan asam amino dari Tom40 anggota
keluarga menyerupai YdeK, protein bakteri ekspor channel. Jadi, β-laras struktur Tom40 adalah
karakteristik bakteri outer membran protein ( 6, 7). Kuat baris bukti menunjukkan bahwa LivH,
bakteri transporter asam amino, merupakan hidup link ke leluhur nenek moyang Tim23 karena
wilayah dilestarikan dari Tim23 keluarga protein mempertahankan tanda tangan PRAT
(preprotein dan Transporter asam amino) motif juga ditemukan di LivH ( 8). Tiga lainnya subunit
dari TIM kompleks—mHsp70 ( 9), Tim44 ( 10, 11), dan Pam18/Tim14 ( 11, 12)—juga memiliki
bakteri homolog. Bakteri homolog dari yang terakhir dua fungsi yang jelas dari LivH di bakteri
membran dalam ( 11). Tingkat tinggi dari urutan asam amino kesamaan, dan identik topologi
sehubungan dengan membran dalam, berarti bahwa relatif sedikit evolusi bermain-main akan
diperlukan untuk memperoleh inti TIM kompleks dari komponen-komponen yang sudah hadir di
leluhur endosymbiont. Metamorfosis dari membran dalam mengubah metabolisme fl ux antara
sel inang dan endosymbiont ( 2, 13), dan bisa mewakili seleksi oleh mitokondria yang
berevolusi. Fi rst mitokondria metabolit protein pembawa muncul setelah endosymbiosis ( 14),
tetapi gen-gen yang menyandikan ini mobil keluarga fi rst muncul di host nuklir genom atau di
leluhur endosymbiont genom? Yang mantan skenario mengharuskan mitokondria protein impor
mesin-mesin yang akan didirikan sebelum operator dapat melokalisasi untuk leluhur
endosymbiont dan fungsi. Dalam skenario kedua, akuisisi operator dari dalam yang
endosymbiont memiliki keuntungan besar di bahwa akan ada protein yang sudah ada
sebelumnya mesin transportasi (SecYEG dan YidC bakteri mesin) untuk merakit mobil keluarga
ini di bagian dalam membran. Biokimia analisis pada carrier protein dari hewan dan tumbuhan
menunjukkan bahwa mereka dapat dinyatakan dalam model bakteri Escherichia coli, sehingga
rendering rekombinan bakteri adalah baru permeabel untuk nukleotida, ion-ion dan metabolit
lainnya ( 15, 16). Hal ini menunjukkan bahwa bakteri transportasi kompleks, seperti SecYEG
dan/atau YidC, kompeten untuk merakit protein pembawa. Kedua ini translocases akan hadir di
leluhur endosymbiont. Evolusi hanya memilih tidur karena ini memberikan sebuah fenotipe.
Melalui waktu, sangat kompleks fenotipe dapat berkembang. Bahkan pada tingkat molekuler,
aturan dari permainan yang sama. Itu penting, karena itu, bahwa model evolusi kompleks
struktur molekul, seperti protein transport mesin-mesin, mengambil ke account yang sudah ada
sebelumnya, sederhana komponen-komponen dari mesin tersebut bisa berbatu. Mencari
jawaban untuk prokariotik-untuk-organel transisi untuk memerlukan terus menimbang bukti dari
sisi yang berbeda. Referensi 1. C. Kamar, Ilmu 325, 666 (2009). 2. J. Kotor, D. Bhattacharya,
Nat. Rev. Genet. 10, 495 (2009). 3. A. Baker, G. Schatz, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 84, 3117
(1987). 4. R. Lucattini, V. A. Likic, Dan T. Lithgow, Mol. Biol. Evol. 21, 652 (2004). 5. F. Yakub,
Ilmu Pengetahuan 196, 1161 (1977). 6. T. Cavalier-Smith, Proc. Biol. Sci. 273, 1943 (tahun
2006). 7. J. M. Herrmann, Tren Microbiol. 11, 74 (2003). 8. J. Rassow, P. J. Dekker, S. van
Wilpe, dan M. Meijer, J., J. Mol. Biol. 286, 105 (1999). 9. W. R. Boorstein, T. Bata Hoffer, E. A.
Craig, J. Mol. Evol. 38, 1 (1994). 10. P. Dolezal, V. Likic, J. Tachezy, T. Lithgow, Ilmu
Pengetahuan, 313, 314 (2006). 11. A. Clements et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 106, 15791
(2009). 12. D. Mokranjac, M. Sichting, W. Neupert, K. Neraka, EMBO J. 22, 4945 (2003). 13. T.
Cavalier-Smith, Biol. Langsung 1, 19 (2006). 14. C. G. Kurland, S. G. Andersson, Microbiol. Mol.
Biol. Rev. 64, 786 (2000). 15. I. Haferkamp, J. H. Hackstei