The Generation of Random Directed Networks With Prescribed 1 Node and 2 Node Degree Correlations 2008 Converted - En.es

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La generación de redes dirigidas aleatorias con correlaciones de grado 1-nodo y 2-
nodo prescritos
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IOP PUBLISHING JOURNAL DE PAGHYSICS A: MATHEMATICAL Y
THEORETICAL J. Phys. A: Matemáticas. Theor. 41 (2008) 224006(15pp) doi: 10,1088 / 1751-8113 /

41/22/224006
La generación de redes dirigidas aleatorias con

correlaciones de grado 1-nodo y 2-nodo prescritos
Gorkoun Zamora-Lo'pez1, Changsong Zhou2, Vinko Zlatic'3
unre Ju¨ RGEnorte Kurths1
1 Instituto de Física de la Universidad de Potsdam, PO Box 601553, 14415 Potsdam, Alemania
2 Departamento de Física, Universidad Bautista de Hong Kong, Kowloon Tong, Hong Kong
3 Instituto Rudjer Boškovic', PO Box 180, HR-10002 Zagreb, Croacia
Recibido el 18 de octubre de 2007, en forma de 12 finales de diciembre de de 2007

Publicado 21 de May 2008
en línea en stacks.iop.org/JPhysA/41/224006
Abstracto
La generación aleatoria de redes es un problema muy común en la
investigación compleja red. En el presente trabajo, hemos estudiado la
naturaleza de correlación de varias redes reales y se encontró que, por lo
general, un gran número de enlaces son deterministas, es decir, que no
pueden ser asignados al azar. Este hallazgo permite la generación rápida de
conjuntos de redes máximamente al azar con correlaciones de grado 1-nodo y
2-nodo prescritos. Cuando no se desea la introducción de la libre bucles o-
múltiples enlaces, métodos de generación aleatoria de red suelen alcanzar
estados bloqueados. Aquí, se propone un mecanismo, el método de 'fuerza y
soltar', para superar tales estados. Nuestro algoritmo puede simplificarse
fácilmente para gráficos no dirigidos y redujo para dar cuenta de cualquier
subclase de las correlaciones de grado 2-nodo.
números PACS: 87.18.Sn, 89.75.Da, 89.75.Hc, 05.45.Xt

(Algunas cifras de este artículo son de color sólo en la versión electrónica)
1. Introducción
redes aleatorias juegan un papel fundamental en el desarrollo de sus aplicaciones en la vida

real de la teoría de redes y. Tanto si se trata de pruebas de significación del análisis de datos
reales o corroboración numérica de los resultados teóricos, los investigadores a menudo
tienen que enfrentarse al problema práctico de generar redes aleatorias. El azar gráfico es
probablemente el modelo de red más estudiado nunca. Se compone de una red inicialmente
vacío de N nodos inconexos donde un total de enlaces L se introducen aleatoriamente uno
por uno, para que todos los pares de nodos están conectados con la misma probabilidad [1-
3]. Muy a menudo es deseable generar redes que, si bien tienen propiedades básicas
especificadas, son máximamente aleatorio. redes al azar con secuencia grado prescrito se
consideran comúnmente en la literatura como una forma para probar la importancia de las
propiedades medidas. asortatividad Grado, una medida de correlaciones de grado 2-nodo,
representa
1751-8113 / 08/224006 + 15 $ 30,00 © 2008 IOP Publishing Ltd Impreso en el UK1

J. Phys. A: Matemáticas. Theor. 41 (2008) GRAMO Zamora-
224006 López et Alabama
(a) (segundo)
(d (re
o) )
Figura 1. 2-nodo correlaciones 2 grados de los nodos vecinos en las redes de las
indicaciones. Enlaces correspondientes a los grados correlacionados son de color negro.
la tendencia de los nodos para conectarse a otros nodos de (des) grado similar. Una red se
denomina selectivo cuando los nodos de grado similar están conectados uno con el otro, y
disassortative cuando los nodos de bajo grado preferentemente enlazan a los alto grado y no
entre ellas. Como se resume en [3], Las redes sociales tienden a ser selectivo, mientras que
otras clases de red reales tienden a ser disassortative, por ejemplo, las redes biológicas y
tecnológica.
Cuando la red está dirigida, el ki (s) grado de entrada y el grado de salida ko (s) de un
nodo s individuo no son necesariamente iguales, dando lugar a diferentes condiciones de
correlaciones 1-nodo. Las correlaciones 2-nodo convertirse también en formas dividido en
→ clases. Imagine un enlace st apuntando desde un nodo fuente s con grados de
diferentes
entrada y salida (ki, ko) a un nodo de destino t con grados (qi, qo). Cuando todos los cuatro
valores (ki, ko, qi, qo) están correlacionados, tanto 1-nodo y correlaciones de grado de 4
puntos 2-nodo están presentes. Por simplicidad de notación, vamos a { llamar} a este caso
general como{ la clase
} de correlación 1n2n. Si sólo uno de la ki grados, ko se correlaciona
con uno de los qi, qo entonces diferentes clases especiales de correlaciones de grado 2 de
punto 2-nodo puede suceder como se representa en la figura1.
En nuestro artículo reciente [4], La reciprocidad esperada de redes dirigidas en
diferentes clases de correlaciones de grado 1-nodo y 2-nodo se ha estudiado. Los resultados
muestran claramente que tanto el 1-nodo y las correlaciones de grado 2-nodo influir en el
resultado de las medidas del gráfico. Con el fin de corroborar nuestros resultados teóricos
numéricamente, varios algoritmos se han presentado para aleatorizar las redes reales,
conservando sólo la clase deseada de correlaciones. Sin embargo, esos métodos se
diferencian entre sí y esto hace que su aplicación confuso. En este trabajo, se presenta un
marco general para la generación de redes dirigidas aleatorias con correlaciones grado 1n2n.
El algoritmo se simplifica muy fácilmente para dar cuenta de cualquiera de las clases de
correlación de 2 puntos 2-nodo. En primer lugar, se presentará un algoritmo generalque
permite la introducción de la libre bucles (enlaces de conexión de un nodo a sí mismo) y-
múltiples enlaces (más de un enlace entre dos nodos). En la sección3, La naturaleza de
correlación de las redes reales se explora en busca de consejos para mejorar el método.
Como resultado principal, en las secciones4 y 5 estrategias para evitar la auto-bucles y-
múltiples enlaces se presentan junto con la implementación algorítmica general.
2. Generación de redes aleatorias con correlaciones 1n2n prescritos
Dado una red de N nodos y enlaces L se caracterizan las correlaciones de grado 1-nodo por
el número de nodos N (k) = N (ki, ko) que tiene ki en grados y fuera grados ko. Vamos a
2
224006 2-nodo por el número de enlaces
caracterizar las correlaciones de grado LLópez
(k →et Alabama
q) apunta
desde nodos con grados k = (ki, ko) a los nodos con grados q = (qi, qo). Todas estas
cantidades son fáciles
3
para el cálculo de las redes reales y contienen toda la información necesaria acerca de las
correlaciones de grado. Para aplicaciones teóricas, se puede definir la estructura de
correlación deseado teniendo en cuenta que las siguientes normas de conservación no tienen
necesariamente:
norte =. NORTE(kj ) y L =. L (kj →
qj), (1)
kj kj,qj
.
Kon (k) =. L (k → q j ) y L (kj → q) = Qin (q). (2)
qj kj
qj kj
Las ecuaciones (1) Son simplemente la conservación de los nodos y enlaces, y las
ecuaciones (2)n Surgir del hecho de que el conjunto (k) de nodos con grados k
necesariamenteoproyectar Kon) bordes k (. De manera equivalente, el mismo conjunto de
r
nodos recibe necesariamente Kin bordes (k).
t
e
Nosotros recuerdan ahora que una red con correlaciones grado 1n2n prescritas se
considera como máximo aleatorio cuando cualquiera de los nodos s en el conjunto
norte (K) igualmente probable está conectado a cualquiera de los nodos t en el conjunto
norte (Q). Esta probabilidad se expresa por,
L (k → q)
→ q) =
pag(k , (3)
N (k) N (q)
donde N (k) N (q) es el número total de posibles enlaces de nodos con k a los nodos con q.
Cuando la red está dirigida, L (k ← q) no es necesariamente igual L (k → q). Remitimos al
lector en el anexo A. consejos computacionales sobre la aplicación de N (k) y L (k → q).
2.1. algoritmo básico

Una vez que N (k) y L→(KQ) se han calculado de una red real o arbitrariamente especificado,
se crea una red de vacío de N nodos. Siguiendo N (k), todos los nodos se asignan sus
últimos grados k. A continuación, los enlaces L se introducen de la siguiente manera:
(1) Un nodo se elige al azar para actuar como la fuente s. A medida que los grados finales
han sido asignados previamente, sabemos que s tendrán grados kJ.
(2) Una lista de los posibles nodos de destino, tlist, se construye que contiene todos los nodos en los
conjuntos
norte(qj) tal que L (kj → qj)> 0.
(3) De tlist un nodo de destino se elige al azar, tj, y se crea la conexión sj → tj.
El algoritmo necesita para realizar un seguimiento de los nodos que no pueden aceptar
más conexiones y de esos (k, q) combinaciones→ para las cuales ya se han introducido
todos los enlaces kq. Por lo tanto, definimos la libre FKI en grados como el número
restante de enlaces entrantes que una cabecearmi Californianorte Still recimi unre ºmi
fremi grado de salidas Fko uns→→ ºmi number oF esos permanecer engramo saliente campo de
4
golf . De manera equivalente, f L (KQ) cuenta el número de enlaces kq que aún no se
han introducido. Con estas cantidades en la mano, s se selecciona en el paso-1 de
aquellos nodos con FKO (s) > 0. En la etapa-2, sólo aquellos qj se consideran para el que
f L (kj → qj)> 0, y a partir de N (qj), sólo los nodos con FKI (tj)> 0 se incluyen en tlist.
2.2. Actuación y la optimización del algoritmo básico
4
224006
Hasta el momento, un algoritmo implementado siguiendo estas Lópezgenera
reglas et Alabama
redes
aleatorias con las correlaciones 1n2n prescritos en L iteraciones. Cada iteración, sin
embargo, se compone de tres pasos y la etapa-2 es el más lento de ellos. Para construir tlist
toda la estructura
4 Nosotros
utilizar el término libre porque f ki y f ko son el número de restante 'puñaladas libres' en analogía
con el modelo de configuración.
5
f L → (KQ), la estructura más grande de todo, necesita ser totalmente iterada
búsqueda de esos→qj para los que L f (qj kj)> 0. Ser kJ los grados del nodo elegido s,
uno típicamente codificar el paso 2 como:
tlist = vacío
para cada uno (kjj, qjj) combinación en f L (k → q) :
si kjj == kj:
si f L (kj → qjj) > 0 :
para el nodo en
norte(qjj):
si FKI (nodo)> 0:
incluir nodo en tlist.
Como veremos más adelante discutir, → el tamaño de L (KQ) depende en gran medida de la
estructura de correlación 2-nodo preciso de la red real. Por lo tanto, la complejidad de cada
iteración es distinta para diferentes redes. En la peor→situación
= posible, cuando L (KQ) 1
para todos los (k, q) combinaciones, a continuación, su tamaño es igual a L y el proceso de
O
generación, que se describe como es, tiene una complejidad de la orden (L2). La
introducción de las siguientes estructuras adicionales en gran medida ayuda a mejorar el
rendimiento de paso 2:
fqlist = {k : {Qj tal que f L (k → qj> 0)}}
Para cada uno de los grados k presente en la red, fqlist (k) contiene la lista de grados qj para
el que el proceso aleatorio todavía necesita introducir enlaces de tipo k → qj.
F norte (K) = {k: {Tj ∈ norte (K) de tal manera que FKI (TJ)> 0}}
n
contiene los conjuntos actualizados (k) de los nodos con grados K que aún tienen lugar libre
para los enlaces entrantes.o
La introducción dertestas tablas de consulta nos permite simplificar el paso 2 y
sustituir la iteración muye caros a la F L (k → q) por unos operaciones de acceso a la
memoria:
tlist = vacía
para qjen fqlist (kj):
para el nodo en f norte (q j) :
incluir nodo en tlist.
Por otra parte, si estas tablas de consulta se actualizan correctamente, que son más pequeños
después de cada iteración y paso 2 se acelera a medida que avanza el proceso.
Generación de un conjunto de redes aleatorias requiere una preparación inicial que
necesita ser realizado una sola vez. Dada una red en forma de lista de adyacencia, los grados
de entrada y salida pueden O ser obtenidos en (N), y las correlaciones de grado 2-nodo L (KQ)
se EN
obtienen en (L), véase el Apéndice A. Creación de las tablas de consulta fqlist yOf (k)
requiere también (L), véase→ el apéndice B.
El algoritmo básico que aquí se presenta es trivialmente reducida para generar redes no
dirigidos con correlaciones de grado 2-nodo prescritos. En un ki tal = caso (s) ko (s) para todo
nodo s y el grado 1-nodo correlaciones desaparecen. La cantidad N (k) se convierte en el
grado de distribución típico N (k). El único inconveniente es que, descrito como que es, el
algoritmo actual permite la introducción de la auto-bucles y-múltiples enlaces. Para muchas
aplicaciones esto no es un problema en absoluto, pero muy a menudo uno tiene que evitar
estos tipos de conexiones. En la sección5, Vamos a introducir un algoritmo extendido que
6
224006
también evita la formación de bucles de auto-and-múltiples enlaces. AntesLópez et Alabama
de eso, primero
vamos a centrar nuestra atención en la estructura de correlación de las redes reales.
7
Mesa 1. Las redes reales analizados en este documento son muy diferentes en tamaños N, enlace
densidades ρ y estructuras de correlación grado. El número de enlaces incrustados deterministas
Ldet también se muestra para
comparación.
Red nort L ρ Ldet Ldet / L
e
redes corticales gato
[5] 53 826 0,300 654 0,792
Macaco [6] 70 747 0,155 569 0,762
Las redes
alimentarias 45 224 0.1131 139 0,621
[7] San
Martín Isl.
mar de San Marcos. 49 223 0,0948 146 0,655
Pradera 88 137 0,0179 9 0,0657
ría de Ythan 135 597 0,0330 267 0,447
Silwood Parque 154 365 0,0155 33 0,315
Pequeño lago de la 183 2476 0,0743 2149 0,868
roca
World-comerciales-
webs [8] 82 2539 0,382 2433 0,958
año 1948
año 2000 190 20 105 0,560 19 138 0,952
Wikipedia Sitio web

[9]
chino 18 089 332 434 0,0010 96 611 0,291
portugués 30 374 373 215 0,0004 78 152 0,209
Español 39 562 655 615 0,0004 166 073 0,253
3. Explorar la naturaleza correlación de redes reales
En esta sección, vamos a estudiar las correlaciones de varias redes reales que se resumen en
la tabla 1. Representan una amplia gama de clases de red: existen dos redes pequeñas con
gran densidad y de baja densidad de enlaces. La densidad de enlaces ρ = L es laN (N-1)
fracción entre L y el número total de posibles enlaces, N (N - 1) . Los tres Wikipedia
redes muestran las características típicas de muchas redes grandes: muy baja densidad y
distribución de grado libre de escala.
Tenemos medido N (k) de todas estas redes reales (Apéndice A). En general, se observa
que la mayoría de los nodos poseen un kj grado único = (kij, koj) que ningún otro nodo tiene.
Estasignifica que para la mayor parte de la (ki, ko) combinaciones
= de N (k) 1 como se
observa en los histogramas de
figura 2 (columna izquierda). De la figura2(A) vemos que en ambas redes corticales más del
70% de lalos nodos tienen una combinación única de grados (KIJ, koj) y sólo muy pocos
nodos comparten la misma combinación con = otro nodo, es decir, N (kj) 2. Esta observación
tiene un impacto muy grande en la estructura de correlación 2-nodo de las redes . Como N
(k) N (q) es el número total de posibles k → q enlaces, cuando cualquiera de las siguientes
condiciones se cumplen,
L (k → q) = N (k) N (q) Si k / = q, (4)
L (k → q) = N (k)[N (k) - 1] Si k = q, (5)
8
entonces todos los nodos s (k) están conectados a todos
∈ norte ∈ los nodos t (q). Nos referimos a este
conexiones locales nortede todo-a-todo como enlaces deterministas. Cuando la mayor = parte del
grados k, N (k) 1, es evidente que muchos enlaces conectan combinaciones (k, q) que son
únicas
J. subida
Phys. A: dar a Theor.
Matemáticas. los enlaces
41 (2008)deterministas. Véase, por ejemplo, la figura2(B) para las
GRAMO Zamora-
redes corticales. Tenga
224006 = en cuenta que cuando todos los nodos tienen títulos únicos,
López et es decir,
Alabama
N (k) 1 para todo k, a continuación, todos los enlaces son necesariamente determinista. En
general, cuanto menor es la N (k) son, cuanto mayor es la oportunidad para enlaces
deterministas. En todas las redes reales
9
(a) (segundo)
(do) ( re)
(mi) ( F)
Figura 2. (Columna izquierda) Número de veces que cualquier combinación de entradas = yk

fuera grados (ki, ko) es utilizado por 1 nodo, 2 nodos, etc. (columna derecha) el número de veces
que cualquier clase dada de enlaces k → q está representado por 1 enlace, 2 enlaces, etc.
analizado aquí existe una clara tendencia para valores bajos de N (k), aunque en diferente
medida. Figuras 2(C) y (d) muestran los histogramas tanto para el comercio-webs mundo.
La mayoría de los nodos tienen también una combinación única de grados. Sólo = hay 10
combinaciones grado k (ki, ko) que
= dos nodos tienen, es decir, N (k) 2. Se produce sólo una
vez que tres o cuatro nodos
= tienen los= mismos grados, es decir, N (k) 3 o N (k) 4. Las
Figuras2(E) y (f) muestran los histogramas de la red española de Wikipedia. Las
distribuciones son mucho más amplias en este caso, pero aún así, los bajos valores de N (k)
y L (k → q) dominan.
3.1. redes deterministas incrustados

Estos resultados son fundamentales para nuestro objetivo de obtener un algoritmo generador
de red aleatoria eficiente, ya que simplemente puede obviar los enlaces deterministas. Para
todas las redes reales en la tabla1 hemos extraído sus redes deterministas incrustados, decir,
la subred compuesta únicamente de esos enlaces que son deterministas después de
condiciones (4) Y (5). Deje Ldet sea el número de enlaces deterministas y Ndet el tamaño
de la red determinista, es decir, el número de nodos que envían o reciben al menos un enlace
determinista. En figura3(A) los tamaños relativos de las redes incrustadas se representan
gráficamente para comparación. En algunos casos más bien un pequeño parte de las
conexiones originales es determinista, por ejemplo 20% -30% en los Wikipedias. En otros
casos la fracción es mucho más grande. En ambas redes corticales cerca de 70% de los
enlaces son deterministas, mientras que, en el mundo del comercio-webs que aún
representan el 95% de la conectividad!
No es trivial para predecir el número de enlaces determinista Ldet. Parece que depender
de las distribuciones dentro y fuera de grado, el 1-nodo y las correlaciones de grado 2-nodo.
Vamos a tratar de ganar un poco de comprensión intuitiva. En una red de tamaño N un nodo
puede.conectarse
norte - al . máximo a otrosN1 nodos.Ifandare los grado .
N (ki) distribuciones de entrada y
= (ko)
salida = entonces = =
norte kyo N (ki) ko N (ko) debe poseer. De manera equivalentenorte kyo , ko N (ki, ko)
10
224006
N (k). Esta regla implica que la conservación, Lópezel
los nodos N se distribuyen entre et espacio
Alabama de
todos
posibles (ki, ko) combinaciones. Cuando las distribuciones de grado son muy amplio, kmin
→ 0 y kmax → N - 1, entonces el espacio de posibles (ki, ko) combinaciones es muy grande
y es muy
11
(a) (segundo)
(do) ( re)
Figura 3. Redes determinista. (A) El tamaño relativo de las redes deterministas embebidos por
varias redes reales. La línea de puntos es sólo una referencia. (B) La dependencia de la cantidad
de enlaces deterministas Ldet en la varianza de los en grados. (C) y (d) acumulativos
distribuciones en grados.
poco probable que dos nodos comparten la misma combinación grado. Por lo tanto, el
número medio de nodos con un grado dado tiende a ser () muy→ baja, N (k) 1. En tal situación,
el número medio de enlaces entre los nodos con k y nodos con q también es muy pequeña y
(→)
L (KQ) 1. En→el límite, cuando todos los nodos tienen títulos únicos, todos los enlaces son
necesariamente determinista. Por otra parte, si el grado de distribución
|- es estrecha,
| - kmax
kmin N 1, el espacio de posibles (ki, ko) combinaciones es mucho más pequeña y hay una
mayor probabilidad de que dos o más nodos tienen los mismos grados.→ Entonces, el número
de posibles kq enlaza N (k) N (q) crece significativamente y hay una menor probabilidad
para los enlaces deterministas que se produzca.
A probar este argumento, la variación del grado de entrada se ha calculado para todas
las redes reales. Su relación con Ldet se presenta en la figura3(segundo). La varianza se ha
normalizado por el tamaño de la red N, por razones comparativas. Existe una tendencia
clara de que, cuanto mayor sea la varianza, la más grande es la red determinista incrustado.
Esto indica la validez del argumento anterior, sin embargo, la relación no es ni existen
factores perfectos ni lineales y más.
en cifras 3(C) y (d) se muestran las distribuciones de grado de entrada acumulativos de
tres redes reales. Las distribuciones de grado de salida muestran un comportamiento similar
en todos los casos. El mundial el comercio en la web del año 2000 posee una distribución
extremadamente amplio=grado de = entrada, algunos nodos que tienen grados hacia arriba a ki
→ distribución muy uniforme. Estos dos
183 (N 190). La decadencia casi constante ()indica una
factores implican que N (k) 1, ≈lo que resulta en un muy gran número de enlaces
deterministas, de hecho Ldet / L 0,95. La red cortical del gato tiene también una distribución
muy amplia
= grado
= con nodos de recibir conexiones de hasta 66% de otros nodos (ki, max
35, n 53). Sin embargo, su distribución decae mucho más rápido que el del mundo del
comercio en la web el año 2000. De hecho, exhibe una larga cola similar a la de las redes
libres de escala similar. La gama ki / N> 0.4 en la figura3(C) muestra que ( sólo) muy pocos
de todos los nodos tienen alto grado. Esta condensación de nodos hacia bajos grados resulta
12
224006
en un aumento de N (k) y, por tanto, una menor probabilidad para los López
enlaces et Alabama
deterministas.
13
La Wikipedia español posee una distribución de grado libre de escala-como con un
exponente
≈ γ 2,2, lo que significa que hay una condensación extrema de nodos hacia bajos
grados, figura 3(re). Hasta el 98% . de los nodos tienen ki <100 y sólo el resto 2% de los
nodos tienen grados más grandes.= Además, como senorte kyo N (ki), el grado máximo es
necesariamente muy baja (kmax N). El nodo con el mayor grado = de entrada tiene ki 2987,
= () posible (N 29 196). Estas observaciones indican que N (k)
que es sólo el 10% de la máxima
1 y luego condiciones (4) Y (5) Rara vez se mantenga, lo que demuestra por qué las
Wikipedias son las redescon la más pequeña fracción de Ldet de todas las redes estudiadas
aquí. De todos modos, ¿dónde el 20% de los enlaces deterministas en la Wikipedia en
español viene? Para grados ki> 100 y ko> 100, N (k) es muy a menudo 1 o 2 dando lugar a
enlaces deterministas. De todos los enlaces→deterministas, el 65% de ellos corresponden a
los enlaces KQ donde todos ki, ko, qi, qo> 100. Al contrario de lo que sucede en el
comercio mundial-webs, los enlaces deterministas en las Wikipedias surgen principalmente
de la cola larga debido a los efectos tamaño limitado de la distribución libre de escala.
3.2. implicaciones computacionales

Hasta ahora, las observaciones anteriores demuestran que un gran número de enlaces son
deterministas una veztodas las correlaciones 1-nodo y 2-nodo han sido asignados. El
proceso de generación aleatoria puede ignorar ellos y que sólo necesita = introducir
- los
restantes enlaces lfree L Ldet. Con el fin de generar un conjunto de redes aleatorias, si cada
realización se inicia desde la red determinista, hay una reducción muy relevante de tiempo
de cálculo. Para las redes reales analizados, el peor de los casos corresponde a la Wikipedias
cuyo 20% de los enlaces son deterministas. Incluso en este caso, el beneficio de cálculo es
muy importante.
4. evitando libre bucles y múltiples-bordes
Por diferentes razones, la libre bucles y-múltiples enlaces con frecuencia no son deseados.
Si el método en el apartado2 se modifica directamente para ese propósito, el proceso será
más probable final hasta bloqueado en un estado donde la única posibilidad de continuar es
o bien introducir un auto-bucle o un enlace múltiple. Dependiendo de las propiedades
específicas prescritas y la historia pasada del proceso de generación, existen muchas
posibles estados bloqueados. Vamos a ilustrar sólo unos pocos de ellos.
Considere la situación en la figura 4(un). Imagine que el proceso se ejecuta durante
varias iteraciones sin problemas. En algún momento el s3 nodo se elige como fuente,
que ha sido asignado grados finales kj. Para todos los nodos s ∈ N (kj), FKO (s) = FKI
(s) = 0 excepto para s3. Imagínese también que a partir de todas las posibles kJ → q enlaces,
.
el enlace único que queda para ser introducido es del tipo q = kj:
k →q =
1if q = kj
f L ( j ) (6)
0 de otra manera.
En estas circunstancias, la única opción posible para el proceso aleatorio de continuar es
introducir el s3 auto-loop → s3.
Otra posible situación bloqueada se representa en la figura 4(segundo). Supongamos
→→→
que durante el proceso aleatorio se introducen los enlaces s1 t1, t2 t3 S3 y S3. Algunos
iteraciones más tarde se selecciona de nuevo s3. Luego tenemos el siguiente escenario: el
nodo s2 ha hecho todas sus posibles enlaces, FKO (s2) = 0. Sólo hay tres enlaces restantes
que se harán del tipo kJ → q: ⎧ ⎨
2 Si q = q1
14
f L (kj → q) 1if q = q2 (7)
= ⎩
0otherwise.
Nodos t1 , t4 unre t5 Cannot accept mormi Incomingramo conexións F equipo==
J. Phys. A: Matemáticas. Theor. 41 (2008) 1 ) F equipo4 )
GRAMO Zamora-
=
224006 F equipo
López et Alabama 0.
5 )
Los nodos T2 y T3 tienen FKI> 0 y por lo tanto son libres de aceptar conexiones
incomming,
15
(a) (segundo)
Figura 4. estados bloqueados del proceso de generación aleatoria. (A) La elección solamente
restante para conectar s3 es introducir un auto-bucle s3 → s3. (B) s3 sólo se puede conectar de
nuevo la introducción de un múltiple enlace s3 → t2 o s3 → t3.
pero ambos →→ t2 y t3 s3 s3 ya existen. La única posibilidad de conectar de nuevo S3 es

introducir un múltiplo de vínculos con T2 o T3. Por lo tanto, el proceso está bloqueado.
Por lo tanto, lo que debe hacer cada vez que el proceso se cierra en un estado donde no
hay más configuraciones¿es posible? Tenemos que 're-abierto' de manera aleatoria el
espacio de posibles configuraciones a las que se puede mover por delante. El proceso
continuará entonces para llevar a cabo su propósito: la generación de una red que pertenece
al espacio de todas las posibles redes máximamente al azar con las propiedades deseadas.
Además, todos los miembros de ese espacio debe salir con la misma probabilidad. Podemos
imagen de dos estrategias diferentes para dejar escapar el proceso de configuraciones
bloqueadas.
4.1. El método de 'comercio justo'

Cuando un nodo sj no tiene opciones para formar nuevas conexiones distintas de hacer una
auto-lazo o un enlace múltiple, que podría intentar 'negociar' un nuevo enlacencon cualquiera
de sus compañeros
∈ de viaje en (kJ). Debemos esperar a otro SJJ (kJ)o que no tiene
conexiones nor al menos uno de los nodos de destino que quedan libres,→ rtfree. Entonces,
{} todavía t
te
uno de esos objetivos se elige al azar y se crea el enlace tfree
= - SJJ. Por lo general, termina
e
SJJ más conexiones que permite, FKO (SJJ) 1. A cambio, SJJ da uno de sus propios enlaces
a sj.
sjj → tfree, sjj ~ t j, sj → t j.
El comercio realizado por sj consiste en tomar uno de los enlaces de SJJ con el fin de
escapar del estado de bloqueo y, a cambio, buscamos un nuevo enlace para SJJ. Tenga en
cuenta que esto no es un paso → de conmutación, porque uno de los enlaces, tfree SJJ, no
existe previamente.
Vamos a ilustrar esto con el ejemplo de la figura 4(segundo). s3 nodo está bloqueado.
Es ya está conectado a t2 y t3, los nodos que quedanen NN (q1) y (q2)
que están libres para recibir conexiones. Sin embargo, los nodos S1 y S2 no están { }
conectados a ninguna de ellas. Uno de los s1, s2 nodos se toma { al} azar, dicen s2. Uno de los
objetivos t2 libre, T3 también → se elige de forma aleatoria, por ejemplo T3, y el enlace s2
→ {}gIVmi enmi oF
= - tSe crea 3. Ahora, como s2 tiene más conexiones de lo que debería, FKO (s2) 1, yot Will
esos enlazars to s3 . fr o metro →el SEt oF nodos s2 t , un t j yos seleccionado al azar para que s3
t j no lo hace previamente existe, de lo contrario→ un enlace múltiple se introduciría. El enlace s2~ t j se
retira y s3 t j creado.
Si es necesario, un 'comercio justo' también puede ocurrir entre los nodos de destino. Si,
por ejemplo = ∈ N (kj) 1, la única sj nodo (kj) no tiene acompañantes. A continuación, los nodos
de destino norte
podrían intercambiar sus fuentes de una manera equivalente. Hemos explorado en
gran medida este tipo de estrategias y construido algoritmos muy satisfactorios que
16 = -
224006
generarían las redes aleatorias deseados LLópez
Ldetet(aAlabama
en pocos pasos de iteración lfree partir
de
la red determinista). Sin embargo, el resultado de una realización exitosa no siempre está
garantizada. Las situaciones bloqueados se muestran en la figura4 son sólo dos ejemplos. En
realidad, existe una miríada de posibles estados bloqueados y,
17
Por desgracia, la búsqueda de un comercio no siempre está garantizada. En la siguiente
sección, se presenta una estrategia alternativa que funciona en todas las situaciones.
4.2. El método de 'fuerza y soltar'

Consideremos de nuevo la situación bloqueada en la figura 4(B) con s3 nodo como la fuente
elegida. De los restantes grados de destino libre {Q1, Q2} uno se elige al azar, por ejemplo
→→ s1 s3 t1 y t2 ya están
Q1. Existen N (kj) N (q1) =6 posibles enlaces de la q1 tipo kj. Enlaces
→
presentes en la red aleatoria. De las restantes cuatro enlaces posibles: (s1 T2), (t1 s2), (s2 t2)
y{ (T1→→→→
s3) uno es elegido al azar, por ejemplo s2 t2. A priori, este enlace no es} posible
porque → FKO (s2) 0. Sin embargo, el enlace está= 'forzado' en la red. Ahora, S2 tiene más
enlaces salientes de los que debería, por lo que uno de sus viejos vínculos se 'cayó' al azar.
La eliminación de este enlace podría abrir nuevas configuraciones accesibles para el proceso
aleatorio. Esto no siempre es cierto, pero tratando suficientes veces, el proceso de
generación, siempre encontrará un camino para terminar.
Debido a la aleatoriedad del método, no es posible conocer con certeza el número
de iteraciones necesarias. Algunos enlaces caídos podrían no abrir el espacio de
posiblesconfiguraciones, mientras que otros lo → harán. Cuando un enlace TJ sj es
forzado, la iteración actual podría tener un gainorte oF +1 Si larva del moscardónh sj unre t j
= - = Fko (sj ) “ -0 unre Fequipoj ) “ 0. Si después de la forzando
finish ingenioh la licenciaturas
ya sea FKO (s ) j 1o FKI (tj) 1, entonces la iteración ha ganancia nula,
== es decir,- se
introduce un enlace y otro está - caído. Si tanto sj y tj terminan con FKO (SJ) FKI (tj) 1,
entonces la iteración tiene una ganancia de 1 porque un enlace se introduce pero dos se
descartan. Vamos ahora a describir adecuadamente el algoritmo completo.
5. Algoritmo para la generación de redes dirigidas aleatorias con correlaciones

1n2n prescritas, sin auto-bucles o-múltiples enlaces
Cuando la introducción de la auto-bucles o-múltiples enlaces no es un problema, el

algoritmo descrito en el apartado 2 es el algoritmo de elección. Si se desean varias
realizaciones, sólo recuerdo a calcular primero la red determinista (Apéndice→C),
actualizar el f ko, FKI y f L (KQ) cantidades, y proceder= - a introducir los restantes
enlaces lfree L Ldet. Para evitarlibre bucles y-múltiples enlaces, se aplica el mismo
método, solo que cada vez que el proceso se bloquea a continuación, se activa el método de
n
'fuerza y soltar'. Esto permite que el proceso continúe y terminar todas las realizaciones de
o
manera satisfactoria. Además, las estructuras fqlist y f (k) se pueden implementar para
acelerar el proceso de generación (sección2.2). Por razones de claridad, vamosrt a omitirlos
en la descripción [10]. e
Una vez que todas las estructuras de datos necesarias están listos la red determinista se
toma como el punto de partida. El número restante
= - de enlaces lfree L Ldet se introducen de
la siguiente manera:
(1) frometro Alabamal ºmi nodos ingenioh Fko (s) > 0 enmi yos eligiónorte unt
Randometro to C.At uns ºmi fuente, sj. Como grados han sido asignados previamente,
sabemos que sj necesita tener grados definitiva kJ.
(2) Una lista se construye, tlist, que contiene todos los nodos objetivo potencial
para sj nodo. Esto incluye todos los nodos T con FKI (t)> 0 que pertenezcan a
cualquiera de las clases de grado norte (Q) para los que L f (kj → q)> 0. Es
importante destacar que, como no se desean libre bucles ni-múltiples enlaces,
tlist puede no incluir sj sí mismo ni ninguno de los nodos para los que ya existe
18
224006un enlace sj → t. López et Alabama
Cuando el proceso llega a un estado bloqueado, tlist permanece vacío. Este es el signo
fundamental que nos permite decidir si el proceso normalmente puede continuar o, de lo
contrario, la secuencia de 'gota y--fuerza' se va a activar.
19
(3a) si tlist no vacía: a tj nodo de destino se elige al azar de tlist y el tj conexión sj está
→ Las estructuras de datos se actualizan: FKI (tj) 1, FKO
hecho. - =(SJ) 1 y f L- (kj
= qj) 1,
donde qj →son los
- = grados de t j.
La iteración ha finalizado satisfactoriamente. Volver a la etapa (1).
(3b) si tlist está vacío: el método de 'fuerza y soltar' necesita ser activado:
(3b.1) de todos los grados q para el que → f L (kj q) > 0, uno se elige al
azar, qj. ∈
(3b.2) Una lista se construye, posslinks, que contiene todos los enlaces posibles denor nodos s (kj)
te
∈ En principio existen N (kj) N (qj) tales conexiones, pero los enlaces
a nodos t (qj).
nor en la red aleatoria se ignoran a fin de evitar-múltiples enlaces. Si kJ
que ya existen
= → teel potencial libre bucles ss no figuran ni en posslinks.
qj, entonces
(3b.3) Forzar un enlace. Un eslabón de posslinks se elige al azar SJJ → t jj e introducido.
Actualizar la FKI estructuras de datos- = - =(tjj) 1, FKO (SJJ) → 1 y -f=L
(kj qj ) 1. (3b.4) Caída de enlaces
(sólo si es necesario):
• =si y sólo - si ki (tjj ) { } → 1: de todos los enlaces
entrantes ( S t elegir uno al azar y dropag=eso, Dakota del=Sur ~ t jj. u p d a t mi
jj)
Fko (sd)+ 1 y FKI (tjj) 0.

• =yoF Fko- (sjj) 1: lad o a→o tro
{} metro Alabamal ºmi
outgoingramo enlazars (sjj = t ) choosmi enmi= unt una al azarre
dropag eso, sjj ~ td. u p d a t mi Fko (sjj) 0 unre Fki (td)+ 1.
La iteración se termina. Volver a la etapa (1).
5.1. Actuación del algoritmo

La estimación de la complejidad precisa de este algoritmo es muy difícil. Su rendimiento
depende tanto de la estructura de correlación y de la naturaleza estocástica del método
'fuerza y soltar'. Como se discutió en la sección de2.2, La preparación de las estructuras de
OO un coste computacional de la orden (N + L). La creación de la red
datos requiere
determinista incluye un costo adicional de (L). Sin embargo, todas estas estructuras
necesitan ser creados solamente una vez.
Si se permite la libre bucles y-múltiples enlaces, a partir de la red determinista, nuestro
algoritmo genera una red máximo aleatoria de tamaño n y L eslabones de iteraciones = lfree
- L
Ldet, menor que L sí mismo! Como se muestra en la sección de3, Lfree depende no trivial
en la estructura de correlación, por lo tanto, una estimación precisa de la complejidad no es
posible. Cada iteración consta de tres pasos por su complejidad, no es ni posible estimar por
la misma razón. Sin embargo, en la sección2.2 explicamos cómo reducir en gran medida el
coste computacional de cada iteración mediante la introducción de tablas de consulta.
Gracias a la presencia de los enlaces deterministas, los requisitos temporales para generar un
conjunto de m redes aleatorias de tamaño N, enlaces L y escalas OO correlaciones grado 1n2n
prescritos como (mLfree), no como (ml). De acuerdo con nuestras observaciones en la
sección3, Lfree es típicamente mucho menor que L lo que se traduce en un gran beneficio
computacional para la generación de los conjuntos de redes aleatorias.
Cuando la libre bucles y-múltiples enlaces deben ser evitados, también es muy difícil
estimar con qué frecuencia se tiene que activar la secuencia de 'fuerza y soltar'. Por otra
parte, un 'soltar' enlace no tiene que volver a abrir el espacio de configuraciones accesibles
que permiten el proceso aleatorio para avanzar. Con el fin de investigar la influencia de la
parte estocástica en el rendimiento del algoritmo, hemos generado conjuntos de 100
realizaciones aleatorios usando la estructura de correlación de cada una de las redes reales
en la tabla1. La excepción son las Wikipedias para el que se han generado 30 realizaciones.
20
224006
El número de iteraciones necesarias para lograr cada realización se ha López etEn
contado. Alabama
general,
una realización raramente terminar en sólo iteraciones lfree, es decir, el proceso de acabado
sin el uso de la secuencia de 'fuerza y soltar'. Para algunos tipos de red, ninguna de las
realizaciones hizo. Sin embargo, como se muestra en la figura5(A) el número medio de
iteraciones necesarias para terminar todas las realizaciones es sólo ligeramente mayor que
lfree, lo que significa que, de hecho, la secuencia de 'fuerza y soltar' se activa sólo en pocas
ocasiones.
21
(a) (segundo)
Figura 5. Rendimiento del algoritmo. (A) Número medio de iteraciones necesarias para llevar a
cabo una realización aleatoria. Los promedios de 100 realizaciones. (B) la reciprocidad esperada
de redes debido a todas las correlaciones grado 1n2n. Teórico r1n2n expectativa y la media de la
reciprocidad medido en las redes aleatorias (r1n2n). Las barras de error son muy pequeñas en
ambas figuras.
5.2. Pruebas las propiedades estadísticas

En nuestro artículo reciente [4], Hemos presentado los resultados teóricos para la
reciprocidad esperada de redes dirigidas en diferentes condiciones de correlaciones grado.
Nuestro resultado más general predice que la reciprocidad esperada en una red aleatoria al
máximo con todas las correlaciones 1n2n es prescrito
1 . L (k → q) L (k ← q)
r1n2n = . (8)
L N (k) N
k,
q (q)
Los reciprocidades media de conjunto
( )r1n2n de las redes generadas se ha calculado y
comparado con el expectativas r1n2n teórico. La excelente concordancia entre la teoría y la
observación experimental se refleja en la figura5(B) hace hincapié en la validez del
algoritmo propuesto aquí.
6. Conclusiones y perspectivas
En el presente trabajo, hemos presentado un método para generar redes dirigidas

máximamente al azar con correlaciones de grado 1-nodo y 2-nodo prescritos. Para este fin
se ha analizado la naturaleza de correlación de las redes reales y se encontró que un gran
número de enlaces no están sujetos a ser aleatorios. Los enlaces que obedecen a las
condiciones (4) Y (5) Se conocen como enlaces deterministas. El número preciso de tales
enlaces, Ldet, depende de varios factores y es difícil de estimar. Se ha argumentado que, en
una red de N nodos, |más → la gama de grados de entrada y salida (kmax kmin N),
- amplia |será
mayor es la oportunidad para los enlaces deterministas sucedan. Varias observaciones
indican la validez de esta hipótesis, aunque es necesario seguir trabajando.
La red determinista incrustado se ha definido como la subred que contiene enlaces
única deterministas. Tomando como punto de partida del proceso de generación de red
aleatoria, redes máximamente aleatorias de tamaño N y enlaces L con el deseadas 1-nodo y
2-nodo correlaciones se obtienen en un número de iteraciones
= - lfree L Ldet, lo que es
típicamente mucho menor que L . Esto se traduce en un gran beneficio tiempo
computacional cuando se generan conjuntos de redes aleatorias. Si se permite la libre bucles
y-múltiples enlaces, el método descrito en el apartado2 es suficiente.
Si no se desean libre bucles y-múltiples enlaces, se sabe que los procesos de generación
de red aleatoria a caer en estados bloqueados. Esto sucede cuando la única oportunidad para
que el proceso continúe es o bien la introducción de un auto-lazo o un enlace múltiple. El
modelo de configuración ampliamente conocido [11, 12] Describe un método para obtener
22
224006
redes aleatorias con secuencias grado deseado. López et Alabama
23
Si el proceso llega a un estado bloqueado, se recomienda generalmente para descartar toda
la realización y empezar uno nuevo [12, 13]. En el presente trabajo, hemos hablado de
diferentes técnicas para superar estados bloqueados y permitirá que todas las realizaciones
para devolver una red aleatoria válida. Debido a su estabilidad, la 'fuerza y soltar' se
propone como el mecanismo preferido. Finalmente, un algoritmo completo se ha descrito en
el apartado5.
Los algoritmos propuestos en este documento pueden ser simplificadas muy fácilmente
para el caso degrafos no dirigidos. También se reducen muy fácilmente para generar redes
máximamente al azar con cualquiera de la combinación deseada de 2-nodo correlaciones de
2 puntos se representa en la figura1. Como se muestra en [4], Las distintas clases de
correlaciones grado influyen en el resultado de las medidas del gráfico en grados diferentes.
Por lo tanto, los métodos que aquí se presentan son herramientas útiles para la prueba de
significación de las medidas de la red. Ciertamente, los desarrollos teóricos también se
beneficiarán de la capacidad de generar redes aleatorias con las correlaciones grado de
elección.
Expresiones de gratitud
Este trabajo ha sido financiado por el Instituto Helmholtz de supercomputación Física (GZ-
L), por GOFORSYS (BMBF) (CZ y JK) y por el Ministerio croata de Ciencia, Educación y
Deportes con el número de proyectos 098-0352828-2863 (VZ)
A. estructuras de datos relativos al apéndice para manejar las correlaciones
Las distribuciones de grado bidimensionales podrían ser almacenados en una matriz cuyos
elementos (ki, ko) contendrá el valor N (k). Sin embargo, esta matriz será muy escasa y se
recomienda una estructura de diccionario-como (tabla hash):
n o r te k = {(Ki, ko): norte(Ki, ko)},
donde para cada elemento (ki, ko), Nk (ki, ko) almacena el valor escalar
N (k). Dada una red real G, N (k) se puede extraer con la
complejidadO(NORTE):
Nk = vacío
para s en G:
k = (Ki (s), ko (s))
si k en NK: a continuación,
Nk (k) = Nk (k) + 1. más:
Nk (k) = 1.
Las correlaciones de grado 2-nodo forman un espacio de cuatro dimensiones. También se
pueden almacenar fácilmente en una=estructura
{ → } similar. LKQ (k, q): L (KQ),
de diccionario
donde para cada combinación
= de grados (k, q) ((ki, ko), (qi, qo)), la estructura LKQ (k, q)
→ el valor escalar L (KQ).
contiene
Ser G la lista de adyacencia de una red real, donde G (s) contiene todos los nodos de destino
tj para el que existe un enlace s → tj, LKQ (k, q) se puede extraer en O (L):
LKQ = vacío
para s en G:
24
k = (Ki (s), ko (s))
para t j en G (s):
q = (Ki (tj), ko
(tj)) kq = (k, q)
25
Si en kq LKQ: a continuación, LKQ (KQ) = LKQ
(KQ) 1
más: LKQ (KQ) = 1.
Apéndice B. tablas de consulta para ayudar a mejorar el rendimiento
Ser G la lista de adyacencia de la red real, ambas tablas de consulta f n (k) y fqlist (k)
(ver sección 2.2) Se puede crear al mismo tiempo como estructuras de diccionario-como
en complejidad O (L):
fN = fqlist vacío
= vacío para s
en G:
k = (Ki (s), ko (s))
si k en fN: a
continuación, incluir s
en fN (k) otra cosa: fN
(K) = {S}
para t j en G (s):
q = (Ki (tj), ko (tj))
si q no en fqlist (k): a continuación, incluir q en fqlist (k).
Apéndice C. Extracción de la red determinista
Una vez Nk y LKQ se han calculado, la red determinista gdet se puede extraer con la
complejidad O (L) de una red real G de la siguiente manera:
GRAMOdet =
vacío para s en G:
k = (Ki (s), ko (s))

para t j en G (s):
q = (Ki (tj), ko
(tj)) kq = (K, q)
si k == q y LKQ (KQ) == Nk (k) * (Nk (k) -
1): incluir (s → t j ) yonorte Gdet.
yoF k / = q unre LKQ (KQ) == nk(K) *
Nk (q): includmi (s → t j ) yonorte
Gdet.
referencias
[1] Solomonoff R y Rapoport 1951 Un Bull. Mates. Biophys.13 107-117

[2] miRDOS PAG unDakota del NorteUn Re'nyi 1959 Publ. Mates. Debrecen 6 290-297
[3] Newman MEJ 2003 SIAM rev. 45 167
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224006
[4] Zamora-López GRAMO, Zlatic V unDakota del Norte Zhou do 2008 Reciprocidad de redes Lópezcon
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Alabama la
licenciatura correlaciones y grado arbitrario secuencias Phys. Rev. E en la prensa (impresión finalarXiv:
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potsdam. es / ~gorka
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[13] Milo R y Kashtan N 2004 Preprint cond-mat / 0312028 v2
28

The Generation of Random Directed Networks With Prescribed 1 Node and 2 Node Degree Correlations 2008 Converted - En.es

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La generación de redes dirigidas aleatorias con correlaciones de grado 1-nodo y 2-

ver el texto completo. 2008 J. Phys. A: Matemáticas. Theor. 41 224006

Dirección IP: 200.37.69.60

Tenga en cuenta que los términos y condiciones se aplican.

THEORETICAL J. Phys. A: Matemáticas. Theor. 41 (2008) 224006(15pp) doi: 10,1088 / 1751-8113 /

La generación de redes dirigidas aleatorias con

Recibido el 18 de octubre de 2007, en forma de 12 finales de diciembre de de 2007

números PACS: 87.18.Sn, 89.75.Da, 89.75.Hc, 05.45.Xt

redes aleatorias juegan un papel fundamental en el desarrollo de sus aplicaciones en la vida

1751-8113 / 08/224006 + 15 $ 30,00 © 2008 IOP Publishing Ltd Impreso en el UK1

2. Generación de redes aleatorias con correlaciones 1n2n prescritos

2.1. algoritmo básico

2.2. Actuación y la optimización del algoritmo básico

Wikipedia Sitio web

3. Explorar la naturaleza correlación de redes reales

Figura 2. (Columna izquierda) Número de veces que cualquier combinación de entradas = yk

3.1. redes deterministas incrustados

3.2. implicaciones computacionales

4. evitando libre bucles y múltiples-bordes

pero ambos →→ t2 y t3 s3 s3 ya existen. La única posibilidad de conectar de nuevo S3 es

4.1. El método de 'comercio justo'

4.2. El método de 'fuerza y soltar'

5. Algoritmo para la generación de redes dirigidas aleatorias con correlaciones

Cuando la introducción de la auto-bucles o-múltiples enlaces no es un problema, el

Fko (sd)+ 1 y FKI (tjj) 0.

5.1. Actuación del algoritmo

5.2. Pruebas las propiedades estadísticas

En el presente trabajo, hemos presentado un método para generar redes dirigidas

A. estructuras de datos relativos al apéndice para manejar las correlaciones

Apéndice B. tablas de consulta para ayudar a mejorar el rendimiento

Apéndice C. Extracción de la red determinista

k = (Ki (s), ko (s))

[1] Solomonoff R y Rapoport 1951 Un Bull. Mates. Biophys.13 107-117

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