ASPEK METABOLOMIK DALAM PROSES STANDARISASI

Metabolomik adalah salah satu teknik baru, setelah genomik,

transkriptomik, dan proteomik yang muncul dan berkembang dengan cepat sebagai
suatu ilmu yang bekerja dalam tataran pemahaman sistem biologi secara global.
Metabolomik berasal dari dua kata: “Metabolom” dan “Omik”. Metabolomik yang
disebut sebagai kelompok Molekul Kecil (Small Molecule inventory atau SMI)
dapat didefenisikan sebagai keseluruhan metabolit non-peptida dengan berat
molekul kecil yang ada di dalam suatu sel atau organisme pada kondisi fisiologi
tertentu yang dibutuhkan untuk pemeliharaan, pertumbuhan, dan fungsi normal
suatu sel. Metabolit merupakan hasil interaksi sistem genom dengan lingkungannya
dan tidaklah merupakan produk akhir dari ekspresi gen tapi juga berasal dari bagian
sistem regulasi dalam suatu cara yang terintegrasi dan dengan demikian
menentukan sifat biokimia dan fenotip suatu sel atau jaringan.
Ada dua kelas metabolit yaitu:
a. Metabolit primer atau dasar adalah sumber prekursor sebagai kerangka dasar
produksi metabolit sekunder. Misalnya karbohidrat, asam amino, dan lipid.
b. Metabolit sekunder: senyawa yang tidak dibutuhkan untuk betahan hidup dan
pertumbuhan, tapi dianggap berperan penting dalam kelangsungan hidup dan
adaptasi terhadap perubahan kondisi lingkungan. Molekul-molekul Kecil
terbentuk sebagian bagian dari jalur normal perkembangan tanaman dan juga
atas stimulus yang berbeda secara endogen dan oleh lingkungan. "Omik"
merupakan skrining efesiensi tinggi (high-throughput screening) berbasis
biokimia dan karakterisasi molekuler sel, jaringan maupun organ.

A. Pengertian Aspek Metabolomik

Metabolomik adalah proses penentuan metabolit sekunder atau
mikromolekul BM antara 50-5000. Sinonim dari metabolomik adalah
metabolite profiling atau penentuan metabolit-metabolit dengan karakter
tertentu terkait dengan penyakit, respon pengobatan, metabolisme obat,
 perlakuan kimiawi dll. Dikarenakan ketidakmungkinan “memotret” semua
komponen dalam satu waktu, jadi senyawa-senyawa yang dipentingkan saja.
Dewasa ini metabolomik dikembangkan kea rah analisis kuantitatif metabolit
sekunder total yang berperan dalam aktivitas biologis-farmakologis tertentu
dalam suatu sampel obat herbal yang disebut metabonomics.
Metabolomik dapat diartikan sebagai suatu analisis kuantitatif dan
kualitatif secara menyeluruh terhadap semua molekul kecil yang ada di dalam
suatu sel, jaringan, atau organisme tertentu. Molekul kecil artinya molekul
dengan ukuran sama dengan atau kurang dari 1500 dalton (Da). Dengan
demikian, polimer asam amino tidak masuk ke dalam studi metabolomik
Metabolomik memiliki keterkaitan dengan kuantifikasi semua atau pecahan
besar dari semua metabolit di dalam suatu sampel biologi dan secara simultan
mengidentifikasi serta mengkuantifikasi kelas biomolekulnya secara berturut-
turut-mRNA, protein, dan metabolit, Pengukuran metabolit memberikan
informasi dasar tentang respon biologi terhadap perubahan fisiologi dan
lingkungan dan dengan demikian meningkatkan pemahaman biokimia seluler
sebagai jaringan arus balik metabolit yang mengatur ekspresi gen dan protein
serta memediasi sinyal antar organisme.

B. Teknik yang Digunakan dalam Analisis Metabolom

Analisis metabolom dapat dibagi mejadi empat kategori utama yaitu:
1. Fingerprinting (Sidik Jari) Metabolik
Analisis ini digunakan untuk mengklasifikasikan sampel berdasarkan
hubungan dan asal usul biologisnya. Pendekatan efesiensi tinggi ini
normalnya digunakan dalam analisis perbandingan dan pembedaan
jaringan.
2. Metabonomik
Metabonomik adalah pengukuran kuantitatif respon metabolit terkait
waktu dan multi-parametrik sistem hidup terhadap stimulus patofisiologi
atau modifikasi genetik. Pendekatan ini umumnya terbatas pada studi
mikrobiologi dan non-botani lainnya.
 3. Profiling Metabolit
Profiling metabolit adalah metode ilmiah yang digunakan untuk menganilis
berbagai reaksi kimia yang terjadi dalam tubuh organisme. Metode ini
merupakan kuantifikasi multiparalel yang bersifat relatif berbagai macam
senyawa kelompok senyawa menggunakan kromatografi dan teknologi
deteksi universal (GC-MS, LC-MS).
4. Analisis Metabolit Target
Studi terhadap pengaruh berbagai macam perubahan. analisis dapat dibatasi
pada metabolit atau enzim khusus yang dapat dpengaruhi secara langsung
oleh gangguan biotik maunpun abiotik, utamanya digunakan untuk tujuan
skrining.

C. Manfaat Metabolomik
Ukuran genom, transkriptom, dan proteom diperkirakan sedikit lebih
besar dibandingkan metabolom dan sangat konservatif pada berbagai
organisme. diduga ada kurang lebih 25.000 gen, 100.000 transkrip dan lebih
dari satu juta protein pada manusia, akan tetapi hanya sekitar 2.500 metabolit
dalam metabolom manusia. Tidak seperti transkrip dan proteom, metabolit
tidaklah terkait langsung dengan kode genetik taoi merupakan produk dari
kerja bersama banyak jaringan reaksi enzim di dalam sel dan jaringan.

D. Permasalahan yang ditemui pada Proses Analisis Metabolomik

Analisis metabolomik tidak membutuhkan preparasi yang rumit,
sampel yang dibutuhkan sangat kecil, kurang dari 0,1 gram atau bahkan cukup
1 mg, hasil lebih objektif karena menghindari berbagai partisi berkali-kali dan
secepat mungkin sampel dianalisis sehingga sangat menguntungkan.
Metabolomik adalah profiling (analisis kualitatif) senyawa-senyawa
yang ada di dalam urin pasien penderita penyakit tertentu setelah pemberian
obat. Tantangan utama yang dihadapi oleh metabolomik adalah tidak
mampunya memprofilkan semua metabolit secara penuh dan analisis
metabolom sulit karena pembedaan struktur, kelompok fungsional, sifat
psikokimia dan konsentrasi metabolit secara luas. Variasi biologi merupakan
sifat alami semua organisme dan menangkap serangkaian
pendekatan instrumen dinamik ini tidaklah cukup.
Pada proses analisis metabolomik terdapat beberapa masalah yang
kerap di temui, antara lain :
1. Pentingnya database yang akurat
2. Penentuan metode penyarian yang efisien dan menarik semua senyawa dan
terkait dengan aktivitas farmakologi.
3. Pemisahan metabolit yang terkandung dalam sampel.
4. Metode deteksi terpilih yang tepat.
5. Identifikasi dan kuantifikasi analit yang tepat.
6. Analisis statistic yang sesuai untuk menggambarkan komponen-komponen
dalam ekstrak yang berperan.

1. Pentingnya Database
Analisis metabolomik sangat ditentukan oleh keakuratan
pengetahuan kita terhadap berbagai senyawa metabolit sekunder yang
terkandung dalam tanaman yang hendak dianalisis.
Pengumpulan data berbasis kemotaksonomi juga bisa dilakukan
untuk melengkapi data yang ada karena seringkali banyak senyawa terkait.
Konfirmasi senyawa/pemastian senyawa bisa dilakukan dengan detektor
yang tepat. Dengan demikian analisis metabolomik juga bisa digunakan
untuk penentuan kandungan senyawa kimia tanpa melakukan isolasi.

2. Metode analisis dan detekksi yang tepat

Metabolomik bagaikan proses memotret keberadaan berbagai objek
dalam suatu target sehingga berbagai senyawa yang ada disitu dari yang
pendek-tinggi, gemuk-kurus, harus terekam secara Accurate (teliti) dan
Precise (tepat). Maka harus di pilih metode instrumentasi yang sesuai
kriteria sensitivitas dan selektivitas dan dapat mengakomodasi dan deteksi
berbagai senyawa dengan ranger BM rendah ke tinggi sesuai dengan tujuan
analisis.
Analisis metabolomik harus dipastikan senyawa kimia yang ada di
dalam tanaman, organ, herba, bahkan jaringan objek analisis. Maka BM
(Berat Molekul) harus bisa diungkap oleh metode terpilih itu. Pengetahuan
tentang berat molekul tidak cukup karena beberapa senyawa memiliki BM
yang sama, maka analisis yang kita pilih selain dapat menggambarkan BM
juga harus dapat memberikan gambaran strukturnya. Dan analisis
spektroskopi massa paling sesuai untuk tujuan ini karena deteksi ini akan
memberikan pola fragmentasi, sehingga dapat mengkonstruksi suatu
molekul berdasarkan fragmen yang terdeteksi. Dan analisis lain yang
reliable adalah NMR (Nuclear Magnetic Resonance) karena senyawa
apapun akan memiliki geseran kimia (Chemical Shift) yang khas tidak
memiliki oleh senyawa lain, seperti sidik jari pada manusia.
Untuk analisis metabolomik yang paling memenuhi syarat ketentuan
maka metode tandem/hyphenated method yang memenuhi ketentuan
seperti GC-MS, LC-MS, dan NMR.
a) Metabolomik berbasis GC-MS
Keunggulan metode ini adalah resolusi yang sangat baik dan
mudah dilakukan pemisahan antar komponen, sampel yang dibuthkan
hanya kurang dari 10 µl. objek untuk metabolomik berbasis GC-MS
adalah senyawa volatile atau derivate yang fase diam untuk kolom GC
untuk analisis metabolomik adalah yang terlapisi dari fenil 5 % dan
siloksan 95 %.
Keunggulan dari metode GC-MS adalah resolusi yang sangat
baik dari komponen senyawa dalam analit. Metode ini sangat baik
untuk melakukan riset aspek farmakologi yang terkait komponen
terpenoid dan beberapa fenil propanoid missal, aromaterapi, komponen
herbal yang terkait obat syaraf.
Untuk melakukan analisis ini sampel ditimbang beberapa mg
kemudian dilarutkan kedalam solven yang cukup volatile. Untuk
 analisis mutu minyak atsiri harus dilakukan ekstraksi terlebih dahulu
melalui destilasi terlebih dahulu.
b) Metabolomik berbasis LC-MS
Metode LC-MS memiliki ring kadar yang lebih lebar
dibandingkan GC-MS, dan mencakup hampir semua golongan
metabolit sekunder. Untuk analisis metabolit mikromolekul dibutuhkan
system terbalik yakni fase diam nonpolar. Adapun fase gerak umumnya
yakni fase gerak polar : air, asetonitril, methanol, pengasaman dengan
asam formiat dan asam fosfat untuk menaikkan pemisahan.
Informasi yang diperoleh seperti GC-MS yakni puncak-puncak
dengan luas area tertentu beserta Rt dan BM informasi fragmentasi.
Keuntungan dari metode LC-MS adalah luas jumlah sampel yang
sangat kecil dan cukup dilarutkan dalam solven organic tertentu.
Optimasi pemisahan yang terbaik adalah pekerjaan paling
awaldari system ini, sehingga fase diam isokratik sangatlah tidak cukup
apalagi kita tahu terdapat puluhan bahkan ratusan senyawa di dalam
suatu sampel obat herbal. Ini bisa ditanggulangi dengan
mengoperasikan LC dengan kombinasi system gradient-isokratik-
gradien dan seterusnya seringkali dilakukan sehingga setiap komponen
akan keluar dari kolom saling terpisah dan masuk ke MS model klasik
cukup memungkinkan diakukan system ini sehingga pengoperasian
yang optimal sangatlah menentukan keakuratan data yang diperoleh.
c) Metabolomik berbasis NMR
Chemical shift adalah suatu senyawa kimia yang khas dan tidak
bisa disamai oleh senyawa lain. Senyawa apapun yang terekam geseran
kimia antara 0-15 ppm bisa kita identifikasi tanpa melakukan
pemurnian cukup melihat geseran kimia yang terekam dan kadang
NMR dua dimensi dilibatkan untuk lebih mempertajam interpretasi.
Kemudian disamakan antara senyawa-senyawa didalam database
dengan berbagai nilai geseran kimia yang kita peroleh. Biasanya dalam
 analisis ini chemical shift H1 dan C13 yang digunakan untuk analisis
ini. Sedangkan konstanta kopling hanya untuk H1.
Kelemahan metabolomik basis NMR adalah adanya deteksi
(Limit Of Detection, LOD) yang rendah biasanya sekitar 0,5 mg. untuk
itu preparasi sedemikian sehingga mampu menarik berbagai komponen
penting dengan jumlah yang cukup memenuhi batas deteksi.
d) Metabolomik berbasis elektroforesis kapiler-MS
Elektroforesis adalah metode pemisahan berdasarkan sifat
elektrik dari analit. Senyawa dengan BM besar biasanya akan lebih
lambat bergerak sehingga timbulpemisahan diantara senyawa dalam
analit kemudian dengan kopling spekstroskopi massa akan bisa
ditentukan senyawa-senyawa yang terpisah berdasarkan BM dan pola
fragmentasi. Hingga kini analisis metabolomik elektroforesis sangat
terbatas dan tidak banyak laporan penelitian yang terkait.
e) Kini terdapat beberapa database metabolomik berbasis MS dan
NMR
BioMagResBank (BMRB) terdiri dari 270 spektra berbasis
NMR. Madison Consortium Database (MCD) menyediakan data NMR
dan MS dari 10.000 metabolit massBank.jp dan Golm Metabolome
Database (GMD) spesifik untuk tanaman dan memfokuskan GC-MS.

3. Penyari yang sesuai

Penyari yang kita gunakan harus mampu menarik semua senyawa
metabolit sekunder atau sebanyak mungkin senyawa. Studi bioaktivitas
harus sejalan dengan proses ekstraksi secara komprehensif dengan
melibatkan berbagai penyari sehingga bisa ditentukan solven yang paling
baik untuk menyari komponen aktif terkait aktivitas farmakologis. Penyari
yang digunakan memprioritaskan aktivitas.
Untuk HPLC, GC, elektroforesis solven-solven organic lazin
digunakan, untuk metabolomik berbasis NMR diperlukan solven
terdeutronasi sehingga spectra yang dihasilkan hanya merepresentasikan
 senyawa-senyawa yang ada dan tidak terganggu spectra hydrogen/karbon
dari solven yang meruah. Meskipun unsure proton (H) diganti oleh
deuteron (H2) daya ekstraksi solven-solven bisa dikatakan sama.

Etanol adalah pelarut yang paling sering digunakan sebagai pelarut

penyari. Namun saat ini penggunaan pelarut etanol sebagai penyari telah
berakhir. Meskipun etanol adalah pelarut yang dikenal universal dan
mampu mengekstraksi mulai senyawa non-polar hingga senyawa polar
namun extractability (kemampuan menyari) etanol tentu terbatas jika
dikaitkan dosis atau senyawa target pada golongan metabolit tertentu yang
bertanggung jawab terhadap aktivitas. Jika dipaksakan sedangkan
kemapuan menarik senyawa golongan tertentu terbatas tentu saja akan
berpengaruh pada kadar ekstrak dalam sediaan, artinya bentuk sediaan jauh
lebih besar secara bobot tentu ini tidak efisien secara teknologi farmasetika.
Studi farmakologis dari suatu obatherbal kini tak lagi perlu
membatasi solven etanol tapi harus dengan pertimbangan logic-accuntable
harus mengaitkan penyari yang optimal untuk tujuan aktivitas tertentu.
Sedangkan residu solven yang cukup toksik atau tidak mudahnya pelarut
diuapkan seperti penyari berair bisa ditanggulangi dengan berbagai alat
modern saat ini seperti pengering vakum, freeze, dryer, freeze bulk dryer
atau bahkan cukup penangas air modifikasi yang menghasilkan temperatur
rendah. Residu solven bisa dipastikan dengan alat-alat analisis maju yakni
HPLC, atau GC. Dengan demikian solven etanol tetap bisa digunakan dan
bukan berarti tidak bisa digunakan sama sekali selama memberikan
ekstratibilitas yang memuaskan sesuai dengan tujuan analisis.

4. Proses Data
Analisis statistic multivariate
Dalam metabolomik diperlukan metode statistic yang mengkover
ratusan-ribuan data. Informasi nilai chemical shift, berat molekul tertentu
(BM) dan intensitas puncak tidak bermakna jika tidak dilakukan integrasi
 dengan data lain dan sangat sulit jika menganalisis perbedaan antarsampel
dengan mengobservasi range data dan perdata. Untuk itu statistic harus
dilibatkan.
Statistik multivariate yang sering digunakan adalah PCA (Principal
Component Analysis) yang menghasilkan luaran pemisahan data tanpa
supervise namun langsung karena sampel masing-masing. Kemudian
dilanjutkan dengan metode supervise PLS (Partial Least Square) yang akan
memperlihatkan kontribusi dari komponen dalam sampel (senyawa).

E. Aplikasi Metabolomik
Metabolomik, baik strategi profiling metabolit target maupun global,
menjadi pendekatan dari pilihan dari semua ilmu termasuk sistem biologi,
eksplorasi obat, diagnosis, toksikologi, obat herbal biologi molekuler dan
biologi sel, serta ilmu kesehatan dan pertanian lainnya.
Aplikasi Metabolomik dalam Ilmu Tanaman adalah:
- Strategi metabolomik tanaman memberikan wawasan yang baru dan
penting bagi penelitian tanaman obat sebagai kontrol kualitas tanaman obat
atau produk herbal dan menghubungkan bioaktifitas putatif/terduga dengan
kandungan nabati utama obat herbal.
- Bermanfaat dalam pengembangan metabolit sekunder aktif dari tanaman
obat sebagai angen fitoterapi baru atau yang dikembangkan.
- Dimanfaatkan dalam kajian terkait akumulasi biomassa, resistensi terhadap
stres dan produksi metabolit sekunder.
- Metabolomik merupakam komponen penting pendekatan sistem biologi,
dimana teknik ini pada satu sisi mencerminkan dan menghubungkan
genotif dengan keragaman serta fenotip tertentu baik pada sel, jaringan,
atau organ.
- Perkawinan tanaman resisten atau tanaman hasil rekayasa genetik dapat
menjadi tugas yang mengambil waktu yang panjang, Analisis metabolit
memungkinkan untuk memberi indikasi awal untuk meningkatkan manfaat
di lapangan melalui kehadiran biomarker berupa metabolit.
- Menawarkan cara yang cepat untuk mengungkap fungsi gen yang belum
diketahui, mutasi genetik dilakukan di dalam sistem dengan menganalisa
efek fenotipik dari berbagai mutasi dengan menganalisa fungsi metabolom
mungkin ditugaskan oleh masing-masing gen.
- Dasar metabolik perbandingan adalah pelibatan ke dalam teknologi baru
untuk memonitor perkembangan penyakit, metabolisme obat dan
toksikologi kimia.
 DAFTAR PUSTAKA

Kumar, Vinay., 2014, Metabolomic and Its Application In Plant Sciences,

http://www.biotecharticles.com/Agriculture-Article/Metabolomics-and-its-
Applications-in-Plant-Sciences-3192.html, Biotech Articles.