Curso de BIOLOGIA MOLECULAR Básica Do Portal Educação - MÓDULO II

Curso de
Biologia Molecular Básica
MÓDULO II
Atenção: O material deste módulo está disponível apenas como parâmetro de estudos para
este Programa de Educação Continuada. É proibida qualquer forma de comercialização do
mesmo. Os créditos do conteúdo aqui contido são dados aos seus respectivos autores
descritos nas Referências Bibliográficas.
MÓDULO II
ESTRUTURA DOS ÁCIDOS NUCLEICOS E REPLICAÇÃO
1. Estrutura primária do DNA
1.1. A descoberta da dupla hélice
O modelo de dupla hélice, atualmente aceito para descrever a estrutura da

molécula de DNA, é atribuído a James Watson e Francis Crick, por sua publicação
na Revista Nature, de 25 de abril de 1953. Passados mais de cinquenta anos desde
a descoberta, muito já se conhece sobre a molécula de DNA. Embora a publicação
da estrutura do DNA tenha ocorrido em 1953, às evidências do DNA como material
responsável pela informação genética surgiu muito antes. Em meados da década de
1880, já se falava no núcleo como sede da hereditariedade e que a cromatina (ou
cromossomos) constituía o material genético.
A descoberta do modelo de dupla hélice foi crucial para história da Biologia,
principalmente para biologia molecular, entretanto os eventos que envolveram tal
fato atraíram interesse e participação de muitos químicos e físicos, como Watson e
Hausmann.
O termo biologia molecular foi proposto por Warren Weaver, da Fundação
Rockefeller, em um relatório publicado na revista Science, de 1938, para descrever
como os fenômenos biológicos podem ser compreendidos fundamentalmente pelo
conhecimento das estruturas das moléculas e das interações e das alterações
destas, mas apenas em 1953 com a proposição da dupla hélice é que se percebeu
de forma dramática a importância da correlação estrutura-função da molécula.
Entretanto, desde a década de 1880 havia a ideia de que o núcleo poderia
ser a sede da hereditariedade, de que a cromatina (ou cromossomos) constituía o
29
Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores
material genético e, mais tarde, de que os genes poderiam ser moléculas, apesar de
não existir um consenso dentro da comunidade científica a respeito.
Em 1869, quando ainda não havia antibióticos e as infecções hospitalares
eram muito comuns, o médico, fisiólogo e químico orgânico suíço Friedrich Miescher
(1844-1895), trabalhando com células purulentas, extraiu uma substância, conhecida
hoje como o DNA, e chamou-a de nucleína. Contudo, a nucleína não era
considerada como portadora de informação genética, por isso seu trabalho foi pouco
relevante no meio científico da época. Na época, acreditava-se que a estrutura do
DNA era simples, e que as proteínas é que continham o material genético.
Apenas por volta de 1930 que se obteve o conhecimento de que todas as
células dos animais e das plantas possuíam tanto o DNA como o RNA, mas com
ideias ainda muito vagas sobre o papel dessas substâncias nas células.
Erwin Schrödinger, em 1944, sugeriu em seu livro What is Life? Que os
genes seriam formados por arranjos de diferentes elementos isômeros, ou seja,
nucleotídeos, em cujas variadas sequências seriam codificadas as diferentes
informações genéticas.
Três laboratórios trabalharam enfaticamente no entendimento de como o
grupo fosfato, o açúcar e a base nitrogenada se ligavam entre si. Eram eles: o do
Caltech (California Institute of Technology), em Pasadena, onde trabalhava Linus
Pauling; o do King´s College, de Londres, onde o grupo de Maurice Wilkins e seus
colaboradores – entre eles, destacando-se Rosalind Franklin – realizavam suas
pesquisas; e o Cavendish, na universidade de Cambridge, onde trabalhavam James
Watson e Francis Crick. Os pesquisadores dos três laboratórios buscavam a
proposição de um modelo para a estrutura do DNA, com o objetivo de entender sua
atuação biológica e merecer o reconhecimento da comunidade científica.
Watson e Crick, tiveram a percepção inventiva de que o emparelhamento
purina-pirimidina das bases nitrogenadas tinha sempre dimensões similares,
propondo a estrutura da molécula do DNA, publicada em um artigo de apenas 900
palavras e um diagrama simples, na Nature, em 25 de abril de 1953 (Figura 1).
30
Figura 1. Watson e Crick com o protótipo da dupla hélice do DNA.
1.2. Estrutura do DNA
O ácido desoxirribonucleico, o DNA, é um polímero não-ramificado,

composto de unidades de desoxirribonucleotídeos. Os desoxirribonucleotídeos são
compostos por um açúcar (pentose), a desoxirribose; por um grupo fosfato; e por
uma base nitrogenada. A base nitrogenada pode ser uma purina - adenina (A) e
guanina (G); ou uma pirimidina - timina (T) e citosina (C). A informação genética de
um organismo encontra-se na sequência das quatro bases (A, T, C e G); assim, a
sequência de aminoácidos de todas as proteínas é codificada a partir das
sequências dessas quatro bases.
O DNA tem a forma de uma dupla hélice, cujas fitas se enrolam em torno do
próprio eixo. O grupo fosfato e o açúcar (parte hidrofílica) localizam-se
externamente, como se fossem o corrimão de uma escada circular e as bases
31
nitrogenadas (parte hidrofóbica) ficam orientadas para o interior (Figura 2A). A
relação espacial entre as duas fitas cria um sulco principal e um sulco secundário.
As bases estão pareadas entre as duas fitas da molécula, mantendo sua
estrutura através de pontes de hidrogênio. O pareamento das bases de cada fita
sempre será entre uma purina e uma pirimidina, onde adenina sempre se ligará a
timina através de duas pontes de hidrogênio, e a citosina sempre se ligará a guanina
através de três pontes de hidrogênio (Figura 2B).
Esta característica de pareamento tem grande significância fisiológica e,
devido a ela, as duas fitas de DNA são ditas complementares. A complementaridade
garante a replicação precisa do DNA e a transmissão das informações genéticas via
transcrição, pois por meio do pareamento específico, o DNA serve como molde para
a síntese de novas moléculas complementares.
A B
Figura 2. (A) Modelo tridimensional da forma de dupla hélice da molécula de DNA, na qual o
grupo fosfato e o açúcar localizam-se externamente, como se fossem o corrimão de uma escada
circular e as bases nitrogenadas localizam-se internamente. (B) Pareamento das bases nitrogenadas
de cada fita, ilustrando a ligação entre adenina e timina através de duas pontes de hidrogênio, e entre
citosina e guanina através de três pontes de hidrogênio.
32
Um segmento de DNA que contém a informação necessária para a síntese
de proteína ou RNA é chamado de gene. Logo, um gene é um fragmento de DNA
responsável pela produção de uma proteína específica. Os genes se localizam nos
cromossomos, que são enormes moléculas de DNA que contêm além dos genes,
longos segmentos de DNA sem função específica. Em eucariotos, dentro dos genes
também existem regiões que não codificam a proteína e são chamados de íntrons.
As regiões dentro do gene que codificam a proteína são chamadas de exón.
O conjunto de genes de um organismo é denominado de genoma e o
conjunto de proteínas produzidas por um organismo é denominado proteoma.
Conhecer os genes e as proteínas que compõem um organismo permite o
desenvolvimento de métodos novos para o diagnóstico de doenças e também de
novas terapias para seu tratamento.
A dupla hélice é mantida unida por duas forças: pelas pontes de hidrogênio
formadas pelas bases complementares; e por interações hidrofóbicas, que
determinam a orientação interna das bases nitrogenadas na molécula.
2. Desnaturação e Renaturação
Desnaturação e renaturação são fenômenos físicos fundamentais para os

processos de replicação, transcrição e recombinação da molécula de DNA. A
desnaturação ocorre quando as pontes de hidrogênio entre as cadeias
complementares se rompem e as fitas se separam. O inverso é chamado de
renaturação, e permite que todas as propriedades originais da molécula sejam
restabelecidas.
Soluções de DNA, em pH = 7,0 e temperatura ambiente, são altamente
viscosas. A desnaturação da estrutura secundária do DNA pode ser obtida em
solução por aumento da temperatura, por titulação com ácidos ou álcalis e por
agentes desnaturantes, como a formamida e o dimetil-sulfóxido (DMSO).
Em altas temperaturas ou pH extremos o DNA sofre desnaturação, isto
porque ocorre ruptura das pontes de hidrogênio entre os pares de bases. Esta
desnaturação faz com que diminua a viscosidade da solução de DNA. Durante a
33
desnaturação nenhuma ligação covalente é desfeita, ficando, portanto as duas fitas
de DNA separadas.
Quando o pH e a temperatura voltam ao normal, as duas fitas de DNA
espontaneamente se enrolam formando novamente o DNA dupla fita. Este processo
envolve duas etapas: uma mais lenta, pois envolve o encontro casual das fitas
complementares de DNA, formando um curto segmento de dupla hélice; e outra
mais rápida, envolvendo a formação das pontes de hidrogênio entre as bases
complementares, reconstruindo a conformação tridimensional.
Os ácidos protonizam os anéis nitrogenados de A, G e C, enquanto os
álcalis desprotonizam os anéis nitrogenados de U e T. Esses tratamentos geram
grupos carregados no interior da hélice, rompendo as pontes de hidrogênio entre as
bases.
Por intermédio da medida da absorbância da luz ultravioleta no
espectrofotômetro, é possível acompanhar a desnaturação da molécula de DNA. A
medida de absorção da luz UV a 260nm é máxima, e ocorre quando as fitas da
dupla hélice estão completamente separadas e as bases expostas ao meio. A
absorbância também aumenta com o aumento da temperatura, desnaturando a
molécula.
Os agentes desnaturantes têm maior facilidade em romper as duas pontes
de hidrogênio que ligam as bases A e T, do que as três pontes de hidrogênio que
ligam as bases C e G. Portanto, são necessárias temperaturas mais elevadas, pH
mais alcalino e maiores concentrações de agentes desnaturantes para romper as
bases C e G, do que as bases A e T.
3. Tipos de DNA
O DNA apresenta diferentes conformações, são elas denominadas como A-

DNA, B-DNA e Z-DNA (Figura 3). Sendo que, nas duas primeiras formas, a hélice
gira para a direita, e a diferença entre elas está na distância necessária para fazer
uma volta completa da hélice e no ângulo que as bases fazem com o eixo da hélice.
O DNA do tipo A tem a forma mais curta e mais grossa, e para completar uma volta
34
na hélice são necessários 11 pares de bases; enquanto no DNA do tipo B são
necessários 10 pares de bases para completar uma volta na hélice, além disso, a
dupla hélice é mais longa e mais fina. Em solução, geralmente o DNA assume a
conformação B. Quando há pouca água disponível para interagir com a dupla hélice,
o DNA assume a conformação A-DNA.
A forma Z-DNA apresenta seu sentido de rotação para a esquerda. Esta
conformação é mais alongada e mais fina do que o B-DNA. Para completar uma
volta na hélice são necessários 12 pares de bases. O DNA, em solução com altas
concentrações de cátions, assume a conformação Z-DNA.
Em eucariotos o DNA tende a assumir a conformação Z-DNA devido à
metilação do DNA. Na dupla hélice as duas fitas de DNA estão em direção opostas,
isto significa que são antiparalelas. O termo antiparalelas deve-se ao fato de que
uma das fitas tem a direção exata da sua síntese (5'→3') enquanto que a outra está
invertida (3'→5'). Esta conformação em fitas antiparalelas levará à necessidade de
mecanismos especiais para a replicação do DNA.
Figura 3. Conformações mais comuns de DNA (B, A e Z). (a) Representação da estrutura
tridimensional da molécula de B-DNA, vista lateral e transversal, mostrando a posição das bases
nitrogenadas em relação ao eixo das hélices. (b) Representação da estrutura tridimensional da
molécula de A-DNA, vista lateral e transversal, mostrando a posição das bases nitrogenadas em
relação ao eixo das hélices. (c) Representação da estrutura tridimensional da molécula de Z-DNA,
vista lateral e transversal, mostrando a posição das bases nitrogenadas em relação ao eixo das
hélices.
35
4. Estrutura do RNA
O RNA é uma molécula intermediária na síntese de proteínas. Faz a

intermediação entre o DNA e as proteínas. O RNA é formado por uma fita simples,
seu açúcar (pentose) é a ribose, ao invés da desoxirribose do DNA; apresenta uma
Uracila (U) em vez de Timina (T) como base nitrogenada; além do grupo fosfato.
Os principais tipos de RNA são os RNAs mensageiros (mRNAs), os
transportadores (tRNAs) e os ribossomais (rRNAs) (Figura 4). Os RNAs
mensageiros codificam as proteínas e representam cerca de 4% do RNA celular
total; os RNAs ribossomais fazem parte da estrutura do ribossomo, junto com
diversas proteínas e são eles que permitem a ligação entre dois aminoácidos na
síntese de proteínas, correspondendo a 85 % do RNA total da célula; e os RNAs
transportadores carregam o aminoácido específico para complementar a sequência
de nucleotídeos do mRNA, quando este está ligado ao ribossomo e correspondem a
10% do RNA total da célula.
A
B C
Figura 4. Representação dos RNAs mensageiro (mRNA), transportador (tRNa) e ribossomal

(rRNA). (A) Representação da estrutura da fita simples do mRNA, que contêm a informação para a
síntese de proteínas. (B) Representação da estrutura tRNA, que transporta aminoácidos para que
36
ocorra a síntese de proteínas. (C) Representação da estrutura rRNA, que apresenta os componentes
da maquinaria de síntese de proteínas presente nos ribossomos.
A expressão gênica envolve a análise das regiões do DNA (genes) que são
ativadas para a produção de proteínas, bem como os mecanismos que controlam a
quantidade de proteína a ser produzida. O gene é expresso quando uma molécula
de mRNA usa este gene como molde e esta molécula de RNA serve como molde
para produção da proteína correspondente. As moléculas de RNA são sintetizadas
por um processo conhecido como transcrição, que é similar à replicação do DNA.
Todas as formas de RNA são sintetizadas por enzimas (RNA polimerases)
que obtêm informações em moldes de DNA. O rRNA é produzido pelo DNA da
região organizadora do nucléolo e, associado a proteínas, vai constituir os nucléolos.
Depois passa ao citoplasma para formar os ribossomos. O mRNA leva para o
citoplasma as informações para a síntese das proteínas. Existe um tipo de mRNA
para cada tipo de cadeia polipeptídica, que vai constituir uma proteína. O mRNA
transporta a informação genética na forma de códons, copiados do DNA; um códon
consiste em uma sequência de três nucleotídeos. O tRNA move-se do núcleo para o
citoplasma, onde se liga a aminoácidos, e deslocando-se até os ribossomos.
Apresenta regiões com pareamento de bases, que lhe conferem um aspecto de
trevo de três folhas (trinca). Cada molécula de tRNA apresenta uma extremidade
que se liga a diferentes tipos de aminoácidos e uma região com uma sequência de
três nucleotídeos, o anticódon, que pode parear com um dos códons do mRNA.
5. Replicação do DNA
O processo em que o DNA pode se replicar e dar origem a novas moléculas

de DNA; podendo ainda ser transcrito em RNA, e este por sua vez traduzido em
proteínas, é conhecido como o Dogma Central da Biologia (Figura 5).
37
Figura 5. Representação do Dogma Central da Biologia: replicação, transcrição e tradução
do DNA em proteínas.
A molécula de DNA transmite a informação genética e tem a capacidade de

se autoduplicar. Uma cópia do DNA é passada para a célula-filha durante a divisão
celular, de modo que as células filhas, no caso da mitose, tenham a mesma
informação genética que a célula mãe. Esse processo de autoduplicação do DNA é
chamado de replicação.
A replicação consiste na abertura de uma molécula de DNA parental e na
subsequente formação de duas novas moléculas filhas idênticas. Quando cada uma
das moléculas filhas contém 50% da molécula mãe, o processo é chamado de
semiconservativo, ou seja, cada molécula filha conserva metade da molécula mãe.
Os dois filamentos desenrolados da molécula mãe expõem suas bases, de modo
que cada um destes filamentos funcione como molde, e cada base exposta irão
parear com a sua base complementar da molécula filha, reconstruindo, assim, as
duas duplas hélices, na qual as duas moléculas filhas terão uma fita “antiga” e uma
fita “nova” (Figura 6). Este tipo de replicação é denominado de replicação
semiconservativa, pois cada dupla fita filha irá conter um filamento parental e outro
recém-sintetizado.
Existe ainda a teoria conservativa, sendo esta pouco aceita. Na teoria
conservativa cada fita do DNA sofre duplicação e as fitas formadas sofrem
pareamento resultando num novo DNA dupla fita, sem a participação das fitas
"parentais" (fita nova com fita nova forma uma dupla hélice e fita velha com fita velha
forma a outra dupla fita).
38
Figura 6. Representação da replicação semiconservativa, na qual a molécula mãe funciona
como molde e as bases expostas paream com as bases complementares da molécula filha.
Na replicação, a dupla hélice precisa girar e subsequentemente desenrolar-

se, já que os dois filamentos encontram-se entrelaçados. Nesta etapa atuam duas
enzimas, a DNA girase e a DNA helicase. A DNA girase provoca uma
superelicoidização do DNA, o que facilita o trabalho realizado pela DNA helicase,
que separa a dupla hélice de DNA a partir da forquilha de replicação. Com o
desenrolar da dupla hélice, os dois filamentos expostos estariam sujeitos a
degradação, se não fosse a ação de outra proteína, a SSB (single-strand binding
DNA proteína - proteína ligante de DNA), que se liga ao DNA e impede que as bases
da dupla fita voltem a formar as pontes de hidrogênio, mantendo, portanto, as fitas
separadas para que as enzimas de replicação possam agir.
Os dois filamentos da dupla hélice que estão separados, vão sofrer a ação
da DNA-polimerase, que irá sintetizar um novo filamento complementar para cada
filamento parental que se separou. Um dos filamentos será sintetizado de forma
contínua, enquanto o outro será sintetizado de maneira descontínua, permanecendo
alguns trechos deste filamento incompletos. Estas falhas, posteriormente, serão
39
reconstituídas pela ação da DNA-ligase. Durante este processo podem ocorrer,
também, alguns erros de inserção de bases; tais erros podem ser corrigidos pela
atuação da DNA-polimerase, que remove as bases mal pareadas. A ação da DNA-
polimerase, a enzima que refaz o novo filamento, só ocorre se existir, uma curta
região da dupla hélice que serve como iniciador ou primer.
6. Enzimas
No processo de replicação do DNA várias enzimas estão envolvidas, como a

DNA-polimerase, helicases, proteínas SSB, ligases, topoisomerases e primase.
As helicases são enzimas com função de quebrar as pontes de hidrogênio
entre as bases, para que as duas fitas de DNA se separem. Essa separação é
essencial para que a forquilha de replicação se movimente.
As SSB são proteínas que têm alta afinidade por DNA na forma de fita
simples, ocorrendo à ligação de forma cooperativa. Sua presença no processo de
replicação é de grande importância, pois ao se ligarem a fita simples do DNA,
impedem que a mesma sofra torções, induzindo a conformação do DNA ideal para o
pareamento das bases e consequentemente, a replicação.
A primase é a enzima que sintetiza os primers (iniciadores), que são
pequenas sequências de RNA, a partir de um molde de DNA. Em eucariotos, a
atividade da primase está localizada como componente da DNA-polimerase (Figura
7).
40
C
Figura 7. Modelo esquemático da ação da primase individualmente, e em conjunto com a DNA-

polimerase III. (A) Início da síntese primers de RNA, a partir de um molde de DNA, pela ação primase.
(B) A enzima primase promove a formação do primer de RNA. (C) O primer de RNA formado pareia
com o DNA molde permitindo a ação da DNA polimerase III, que adiciona os nucleotídeos para a
formação da fita de DNA. O fragmento formado primer de RNA + DNA pré-formado, é o fragmento de
Okazaki.
Também importante, as topoisomerases são enzimas que permitem as

alterações no grau de superenrolamento do DNA, promovendo a quebra transitória
de ligações fosfodiéster, gerando uma forma intermediária, na qual a proteína
continua ligada ao DNA, covalentemente, permitindo assim, que as fitas do DNA
passem umas sobre as outras, alterando o superenrolamento da molécula.
Essas enzimas são encontradas tanto em organismos procariotos, quanto
em eucariotos, e são essenciais nos processos de replicação, transcrição e
recombinação do DNA. Na transcrição e recombinação, as topoisomerases irão
separar temporariamente as fitas da dupla hélice de DNA, enquanto na replicação,
as fitas terão separação permanente. Durante a transcrição, a abertura das fitas de
DNA para síntese de RNA, induz a superenrolamentos do DNA, que precisa ser
relaxado para que o processo ocorra. Já na replicação, as duas moléculas geradas
são completamente separadas pelas topoisomerases para que possam segregar
para as células-filhas.
41
A DNA-polimerase é a enzima que faz a síntese de uma nova fita de DNA.
Ela possui a capacidade de adicionar nucleotídeos na extremidade 3’OH de uma
região pareada do DNA, fazendo com que a cadeia se estenda no sentido 5’→3’.
As células eucarióticas apresentam vários tipos de DNA-polimerases como:
α, δ, β, ε, e , sendo que α, δ, β e ε estão localizadas no núcleo, e está localizada
na mitocôndria.
A polimerase δ é responsável pela replicação do genoma nuclear, enquanto
a polimerase α está envolvida na síntese do primer para o início da replicação e na
formação dos Fragmentos de Okazaki. As polimerases β e ε participam dos
processos de síntese durante a reparação do DNA. E a polimerase é responsável
pela replicação de DNA mitocondrial.
Em bactérias existem três tipos de polimerases: DNA polimerase I, DNA
polimerase II e a DNA polimerase III. A DNA polimerase I, possui baixa capacidade
de polimerização 5’→3’ e é a única que possui atividade exonucleásica 5’→3’em
DNA dupla fita.
A DNA polimerase II, possui uma capacidade de polimerização baixíssima e
o seu papel na célula ainda não foi muito bem elucidado. Já a DNA polimerase III, é
a principal responsável pela síntese das fitas de DNA devido a sua alta capacidade
de polimerização.
Após a síntese do primer de RNA, a DNA polimerase III pode começar a
polimerização no sentido 5’→ 3’. Além da polimerização, a DNA polimerase III possui
atividade exonucleásica 3’→5’, essa atividade permite que logo após serem
adicionados, os nucleotídeos sejam retirados e é conferido se o seu pareamento
está correto (A com T e C com G).
A replicação em procariotos segue o mesmo padrão que em eucariotos, a
maior das diferenças está nas enzimas polimerases que são cinco nos eucariotos,
sendo uma exclusivamente mitocondrial e as outras quatro nucleares, enquanto que
os procariotos apresentam três enzimas polimerases.
7. Forquilha de replicação
42
A replicação do DNA começa de uma das extremidades da dupla fita de
DNA. A forquilha de replicação vai se abrindo à medida que, na frente, as duas fitas
antigas (molécula inicial) se desenovelam, enquanto que, mais embaixo, duas novas
fitas vão sendo sintetizadas e, por sua vez, se enovelam nas fitas antigas; formando
duas novas cadeias duplas de DNA, cada uma contendo uma fita nova e uma fita
velha (Figura 8).
Figura 8. Representação esquemática da forquilha de replicação, na qual duas novas

cadeias duplas de DNA são formadas, sendo que cada uma contém uma fita nova e uma fita velha.
A DNA polimerase só sintetiza uma nova fita de DNA no sentido 5’→3’. De

um lado, a fita nova pode ser feita de forma contínua, de fora para dentro (da
extremidade aberta para o fundo da forquilha), do outro lado a síntese tem que ser
feita de dentro para fora. Por isso a fita feita desta forma é chamada fita
descontínua. Ela é formada inicialmente por fragmentos de DNA, conhecidos como
fragmentos de Okazaki. Cada vez que um trecho suficientemente longo de DNA fita
simples está disponível, inicia-se a síntese de um novo fragmento de Okazaki, de
dentro para fora da forquilha (Figura 9).
43
Figura 9. Representação esquemática da síntese dos fragmentos de Okazaki, na fita
descontínua da molécula de fita dupla do DNA.
A enzima ligase é responsável por unir esses fragmentos de Okazaki,

ligando o fragmento recém-sintetizado ao fragmento sintetizado anteriormente.
Desta forma engenhosa a síntese das novas fitas de DNA é sempre feita no sentido
5’→3’. Para que a síntese das fitas novas progrida é necessária a adição de dois
primers: um na extremidade da fita molde que servirá para dirigir a síntese da fita
contínua, e outro mais para o interior da forquilha de replicação, pareado com a fita
que servirá de molde para a síntese da fita descontínua. Na verdade, para cada
fragmento de Okazaki a ser gerado será necessária a adição de um primer, no
sentido 5’→3’.
A DNA polimerase não consegue estender uma nova fita de DNA se não
houver um pequeno trecho de DNA ou RNA pareado na fita molde acima (ou 5’) do
44
segmento que será sintetizado. A consequência final deste mecanismo de adição de
primers antes da extensão das fitas novas é que haverá trechos de RNA entre
longos segmentos de DNA na fita descontínua. E mesmo na fita contínua haverá
pelo menos um primer de RNA seguido de toda a fita feita com DNA. Entretanto, os
primers precisam ser retirados da nova fita de DNA, e isso ocorre por meio da ação
corretora da enzima DNA polimerase I. A DNA polimerase I reconhece diversos
defeitos no DNA, inclusive a presença de RNA, mesmo que pareado ao DNA.
Através de uma atividade exonucleotídica 5’→3’, ela retira o primer, ao mesmo
tempo em que, empregando a hidroxila livre da extremidade 3’ do fragmento de
Okazaki já sintetizado e situado 5’ do sítio reparado, ressintetiza o espaço deixado,
desta vez com DNA. Então, a enzima ligase realiza a ligação entre os fragmentos de
Okazaki (Figura 10).
A primase não adiciona primers no início dos cromossomos lineares, então

as pontas dos cromossomos vão sendo encurtadas, porque não seria possível
replicá-las. Na verdade, isso ocorre na fita descontínua, sintetizada a partir do molde
de DNA fita simples parental. Um primer é adicionado um pouco antes do final do
molde (pela DNA primase), e após a síntese do fragmento de Okazaki
correspondente, o primer é retirado, sobrando um pequeno trecho a ser recomposto.
A enzima telomerase é responsável pela adição de uma sequência de bases
definida, repetindo muitas vezes esta operação, cada vez que detecta um
encurtamento significativo da extremidade de um cromossomo, garantindo desta
maneira a integridade do cromossomo.
Na natureza existem formas alternativas das quatro bases nitrogenadas que

formam o DNA, chamadas formas tautoméricas, de baixa ocorrência. Porém, cada
vez que uma dessas bases tautoméricas é empregada, provoca um erro de
pareamento, e precisa ser retirada antes da próxima replicação, caso contrário, uma
mutação será introduzida no DNA. As DNA polimerases têm a capacidade de rever,
imediatamente após a adição, se o pareamento da base adicionada com a base da
fita molde foi correto. Qualquer erro de pareamento altera a estrutura da dupla
hélice. Essa alteração faz com que a DNA polimerase pare, volte na direção 3’→5’
45
despolimerizando a cadeia recém-sintetizada e, após algumas dezenas ou até
centenas de bases, recomece o trabalho. O processo é pouco econômico, mas a
integridade da informação genética garante a conservação da espécie.
Figura 10. Representação geral do processo de replicação, onde estão mostradas as

principais enzimas e cofatores que formam o complexo de replicação: DNA polimerase III (DNA pol
lII), RNA primase e helicase. A helicase é uma topoisomerase, responsável pela abertura da forquilha.
As duas DNA polimerase III mostradas, trabalham juntas na mesma direção; para isto a fita de DNA
que é replicada descontinuamente forma uma alça e a DNA polimerase III nesta fita solta
periodicamente a fita e retoma o serviço num ponto mais interno.
46
8. Mecanismos de revisão das polimerases
A taxa de erro na replicação de DNA atinge a incrível marca de um erro a

cada bilhão de pares de bases de replicação. No entanto, uma visão química das
estruturas das bases nitrogenadas permite relatar que mudanças termodinâmicas no
meio poderiam levar à mudança na conformação das moléculas, alterando formação
de pontes de H, tornando possíveis interações que não A:T e G:C, em uma taxa de
um erro por 10.000 a 100.000 nucleotídeos incorporados. Isto representa um erro
esperado 10.000 vezes maior que a taxa observada.
Esta diferença levou à descoberta de mecanismos de revisão no qual a
própria enzima DNA polimerase (DNA pol.) que adiciona as bases na nova cadeia de
DNA execute simultaneamente uma revisão das bases adicionadas e efetue a
correção dos erros.
O processo de revisão envolve examinar as pontas das cadeias de DNA
nascentes quanto a erros e as corrigir. Este processo é efetuado pelas atividades de
exonuclease 3’--> 5’ das DNA pol., ou seja, a polimerase possui, além da atividade
de adição de bases, também a atividade de correção, que inclui a retirada da base,
equivocadamente adicionada por ela mesma, e a adição da base correta.
Além disso, quando um DNA primer molde tem um mau pareamento terminal
(um par de bases incorretamente ou não pareado, ou seqüências de bases na ponta
3’ do primer), a atividade de exonuclease 3’--> 5 da DNA pol. corta a base ou bases
não pareadas. Quando é produzido um terminal de pares de bases impróprio, a
atividade de polimerase 3’ --> 5’ da enzima começa a ressíntese adicionando
nucleotídeos à ponta 3’ do filamento primer.
9. Telômeros – as extremidades do DNA
Um pensamento interessante é que, se as bases têm afinidade química

complementar, o que as impede de fundir as extremidades de uma fita de DNA com
a outra?
As extremidades cromossomais são chamadas de telômeros (do grego telos
= parte e meros = ponta). Há décadas se sabe que os telômeros dos cromossomos
47
eucarióticos têm propriedades diferenciadas. Em 1938, Herman Muller, que
introduziu o termo telômero, demonstrou que os cromossomos da Drosophila sem as
pontas naturais - quebradas por raio X – não eram transmitidos à prole, sugerindo
que são dotados de propriedades especiais. De fato, estudos ainda na década de
1940 já mostravam que novas pontas de cromossomos quebrados são adesivas e
tendem a se fundir, enquanto as pontas naturais dos cromossomos normais não
quebrados são estáveis e sem tendência a se fundir com outras pontas produzidas
pela quebra de cromossomos.
Além disso, os mecanismos conhecidos de replicação das moléculas
lineares de DNA não permitem duplicação de ambos os filamentos de DNA até as
pontas das moléculas, pois faltaria local para inserir um primer e começar a
elongação.
Desta forma, estes telômeros devem fornecer ao menos três funções
importantes:
• Devem evitar que as desoxirribonucleases degradem as pontas das
moléculas lineares de DNA;
• Impedir a fusão das pontas com outras moléculas de DNA; e
• Facilitar a replicação das pontas das moléculas lineares de DNA sem
perda de material.
Hoje, sabe-se que os telômeros dos cromossomos eucarióticos têm

estruturas únicas que incluem seqüências curtas de nucleotídeos presentes em
repetições consecutivas. Nos vertebrados, a repetição TTAGGG é altamente
conservada. Ela foi identificada em mais de 100 espécies, incluindo mamíferos,
aves, répteis, anfíbios e peixes. A quantidade dessa seqüência básica de repetição
nos telômeros varia de espécie para espécie. Nas células somáticas normais de
humanos os telômeros contêm de 500 a 3.000 repetições TTAGGG, e gradualmente
se encurtam com a idade.
A maioria dos telômeros termina com uma região unifilamentar rica em G no
filamento de DNA com a ponta 3’ (chamada ponta 3’ saliente), no caso de humanos,
possuem entre 125 e 275 bases. Estas seqüências de guanina têm a habilidade de
48
formar estruturas tridimensionais variadas em virtude da possibilidade de formação
de pontes de H entre as várias G, diferentes do pareamento postulado por Watson-
Crick. Por exemplo, quatro G podem formar um quarteto por ligações tipo pontes de
H. Contudo, a estrutura real do telômero ainda é desconhecida.
As seqüências teloméricas, contudo, são conhecidas como sendo
adicionadas aos cromossomos por uma enzima contendo RNA chamada
telomerase, que atua como uma transcriptase reversa (enzima que, em alguns vírus,
converte RNA em DNA), pois leva uma pequena molécula de RNA, parte da qual
atua como um molde para a polimerização da unidade telomérica repetida que é
adicionada à ponta 3.
A observação que fibroblastos humanos em cultura mostram um progressivo
encurtamento dos telômeros até a sua morte final sugere correlação do telômero
com o envelhecimento.
Essa teoria parte do seguinte ponto:
¾ A maioria das células somáticas humanas não possui atividade de
telomerase. Assim, como esperado, à medida que a idade destas células aumenta, o
comprimento do telômero vai diminuindo.
¾ Quando cultivadas in vitro, se multiplicam apenas por um número
limitado de vezes (em geral de 20 a 70 gerações celulares) antes que ocorra
senescência e morte. As células com telômeros maiores passam por maior número
de multiplicações celulares.
¾ Ocasionalmente, células somáticas são observadas adquirindo
habilidade de proliferar em cultura indefinidamente, e estas células “imortais” têm
mostrado atividade de telomerase, ao contrário de suas genitoras.
Não existe, no entanto, comprovação direta que o encurtamento dos

telômeros cause envelhecimento, apesar da correlação marcante.
------ FIM DO MÓDULO II -----
49

Curso de BIOLOGIA MOLECULAR Básica Do Portal Educação - MÓDULO II

Transféré par

Informations du document

Titre original

Copyright

Formats disponibles

Partager ce document

Partager ou intégrer le document

Options de partage

Avez-vous trouvé ce document utile ?

Ce contenu est-il inapproprié ?

Droits d'auteur :

Formats disponibles

Curso de BIOLOGIA MOLECULAR Básica Do Portal Educação - MÓDULO II

Transféré par

Droits d'auteur :

Formats disponibles

Curso de

Biologia Molecular Básica

ESTRUTURA DOS ÁCIDOS NUCLEICOS E REPLICAÇÃO

1. Estrutura primária do DNA

1.1. A descoberta da dupla hélice

O modelo de dupla hélice, atualmente aceito para descrever a estrutura da

1.2. Estrutura do DNA

O ácido desoxirribonucleico, o DNA, é um polímero não-ramificado,

Desnaturação e renaturação são fenômenos físicos fundamentais para os

O DNA apresenta diferentes conformações, são elas denominadas como A-

O RNA é uma molécula intermediária na síntese de proteínas. Faz a

Figura 4. Representação dos RNAs mensageiro (mRNA), transportador (tRNa) e ribossomal

O processo em que o DNA pode se replicar e dar origem a novas moléculas

A molécula de DNA transmite a informação genética e tem a capacidade de

Na replicação, a dupla hélice precisa girar e subsequentemente desenrolar-

No processo de replicação do DNA várias enzimas estão envolvidas, como a

Figura 7. Modelo esquemático da ação da primase individualmente, e em conjunto com a DNA-

Também importante, as topoisomerases são enzimas que permitem as

Figura 8. Representação esquemática da forquilha de replicação, na qual duas novas

A DNA polimerase só sintetiza uma nova fita de DNA no sentido 5’→3’. De

A enzima ligase é responsável por unir esses fragmentos de Okazaki,

A primase não adiciona primers no início dos cromossomos lineares, então

Na natureza existem formas alternativas das quatro bases nitrogenadas que

Figura 10. Representação geral do processo de replicação, onde estão mostradas as

A taxa de erro na replicação de DNA atinge a incrível marca de um erro a

9. Telômeros – as extremidades do DNA

Um pensamento interessante é que, se as bases têm afinidade química

Hoje, sabe-se que os telômeros dos cromossomos eucarióticos têm

Não existe, no entanto, comprovação direta que o encurtamento dos

------ FIM DO MÓDULO II -----

Vous aimerez peut-être aussi