UJI DIAGNOSTIK POLYMERASE CHAIN REACTION-

RESTRICTION FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM

DALAM MENEGAKKAN DIAGNOSIS ONIKOMIKOSIS

TESIS

Oleh

NOVA ZAIRINA LUBIS

NIM 087105003

PROGRAM PENDIDIKAN DOKTER SPESIALIS

DEPARTEMEN ILMU KESEHATAN KULIT & KELAMIN
FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS SUMATERA UTARA
RUMAH SAKIT UMUM PUSAT H. ADAM MALIK MEDAN
2014

Universitas Sumatera Utara

UJI DIAGNOSTIK POLYMERASE CHAIN REACTION-
RESTRICTION FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM
DALAM MENEGAKKAN DIAGNOSIS ONIKOMIKOSIS

TESIS

Diajukan sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Dokter Spesialis
dalam Program Pendidikan Dokter Spesialis bidang
Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin

Oleh

NOVA ZAIRINA LUBIS

NIM 087105003

PROGRAM PENDIDIKAN DOKTER SPESIALIS

DEPARTEMEN ILMU KESEHATAN KULIT & KELAMIN
FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS SUMATERA UTARA
RUMAH SAKIT UMUM PUSAT H. ADAM MALIK MEDAN
2014

Universitas Sumatera Utara

 HALAMAN PERSETUJUAN

Judul Tesis : Uji Diagnostik Polymerase Chain Reaction –Restriction

Fragment Length Polymorphism Dalam Menegakkan

Diagnosis Onikomikosis.

Nama : Nova Zairina Lubis

Nomor Induk : 087105003

Program Studi : Pendidikan Dokter Spesialis

Bidang : Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin

Menyetujui :

Pembimbing I Pembimbing II

(dr. Kamaliah Muis, SpKK) (dr. Lukmanul Hakim Nasution SpKK,M.Kes)

Ketua Program Studi Ketua Departemen

(dr. Chairiyah TanjungSpKK(K)) (Prof. DR. dr. Irma D Roesyanto SpKK(K))

Tanggal lulus : 25 Juli 2014

Universitas Sumatera Utara

 HALAMAN PERNYATAAN ORISINILITAS

Tesis ini adalah hasil karya penulis sendiri,

dan semua sumber baik yang dikutip maupun dirujuk
telah penulis nyatakan dengan benar

Nama : Nova Zairina Lubis

NIM : 087105003

Tanda tangan :

Universitas Sumatera Utara

 UJI DIAGNOSTIK POLYMERASE CHAIN REACTION-
RESTRICTION FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM
DALAM MENEGAKKAN DIAGNOSIS ONIKOMIKOSIS
Nova Zairina Lubis, Kamaliah Muis, Lukmanul Hakim Nasution
Departemen Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin
Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara
RSUP. Haji Adam Malik Medan- Indonesia

Latar Belakang: Onikomikosis adalah infeksi jamur pada satu atau lebih unit
kuku yang disebabkan oleh dermatofita, nondermatofita atau mold dan yeast.
Pemeriksaan penunjang sangat diperlukan untuk menegakkan diagnosis
onikomikosis sebelum memulai pengobatan. Beberapa metode pemeriksaan
penunjang untuk mendiagnosis onikomikosis seperti pemeriksaan mikroskopis
dengan KOH 20%, kultur jamur, pemeriksaan histopatologi dengan pewarnaan
PAS (Periodic acid schiff) dan pemeriksaan PCR (Polymerase Chain Reaction) ,
untuk metode kultur membutuhkan waktu yang cukup lama sekitar 4 minggu
untuk mengidentifikasi jamur penyebab onikomikosis. Teknologi molekuler
seperti PCR merupakan tes yang sensitif dan spesifik untuk diagnosis berbagai
mikroorganisme termasuk jamur patogen. Polymerase Chain Reaction-Restriction
Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) merupakan metode PCR dengan
penambahan enzim setelah amplifikasi sehingga memungkinkan hasil yang lebih
spesifik.
Tujuan : Mengetahui nilai diagnostik Polymerase Chain Reaction-Restriction
Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) dalam menegakkan diagnosis
onikomikosis dengan menggunakan kultur jamur sebagai baku emas dan
mengetahui spesies jamur yang paling banyak menyebabkan onikomikosis.
Metode : Penelitian ini merupakan suatu uji diagnostik untuk mendiagnosis
onikomikosis dengan menggunakan kultur sebagai baku emas.
Subjek : Tiga puluh lima pasien yang diduga menderita onikomikosis dari
anamnesis dan pemeriksaan dermatologi.
Hasil : Pemeriksaan PCR-RFLP dalam mendiagnosis onikomikosis memiliki nilai
sensitivitas sebesar 85,71%, nilai spesifisitas sebesar 28,57%, nilai duga positif
(PPV) sebesar 82,76% dan nilai duga negatif (NPV) sebesar 33,33%. nilai RKP
1,20 dan nilai RKN 0,5 dan akurasi sebesar 74,29%. Spesies jamur penyebab
onikomikosis yang paling banyak adalah Candida albicans 42,8%
Kesimpulan : PCR-RFLP dapat dipertimbangkan untuk pemeriksaan alternatif
yang lebih cepat dan akurat dalam menegakkan diagnosis onikomikosis.

Kata kunci: Onikomikosis, kultur, uji diagnostik, PCR-RFLP

Universitas Sumatera Utara

 DIAGNOSTIC TEST-POLYMERASE CHAIN REACTION
RESTRICTION FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM
IN ESTABLISHING THE DIAGNOSIS OF ONYCHOMYCOSIS
Nova Zairina Lubis, Kamaliah Muis, Lukmanul Hakim Nasution
Department of Dermatovenereology
Faculty of Medicine, University of Sumatera Utara
Haji Adam Malik Hospital Medan-Indonesia

Background: Onychomycosis is a fungal infection of one or more units of the

nail caused by dermatophytes, or mold and nondermatophytes yeast.
Investigations are needed to establish the diagnosis of onychomycosis before
starting treatment. Several investigations methods for diagnosing onychomycosis
such as microscopic examination with 20% KOH, fungal culture, histopathology
examination with PAS staining (Periodic acid Schiff) and PCR (Polymerase Chain
Reaction), for culture methods require a long time about 4 weeks to identify
fungal that cause onychomycosis. A molecular technology such as PCR is a
sensitive and specific test for the diagnosis of a variety of microorganisms
including fungal pathogens. Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment
Length Polymorphism (PCR-RFLP) is a method with the addition of the enzyme
after PCR amplification allowing more specific results.
Objective: To determine the diagnostic value of Polymerase Chain Reaction-
Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) in the diagnosis of
onychomycosis using fungal culture as the gold standard and to find out the
majority fungal species that cause onychomycosis.
Methods: This study is a diagnostic test for the diagnosis of onychomycosis by
using culture as the gold standard.
Subjects: Thirty-five patients suspected of having onychomycosis from history
and dermatological examination.
Results: PCR-RFLP in the diagnosis of onychomycosis has a sensitivity of
85.71%, specificity of 28.57%, positive predictive value (PPV) of 82.76% and
negative predictive value (NPV) of 33.33%. RKP value of 1.20 and 0.5 RKN
value and accuracy of 74.29%. The majority fungal species that cause
onychomycosis is Candida albicans 42,8%.
Conclusions: PCR-RFLP may be considered for a faster and more accurate
alternative examination in the diagnosis of onychomycosis.

Keywords: onychomycosis, culture, diagnostic tests, PCR-RFLP

Universitas Sumatera Utara

 KATA PENGANTAR

Segala puji dan syukur saya panjatkan kehadirat Allah SWT karena hanya
atas rahmat dan hidayahNya saya dapat menyelesaikan tesis ini yang merupakan
persyaratan untuk memperoleh gelar keahlian dalam bidang Ilmu Kesehatan Kulit
dan Kelamin.
Dalam menjalani pendidikan spesialis ini, berbagai pihak yang telah turut
berperan serta sehingga terlaksana seluruh rangkaian kegiatan pendidikan ini.
Pada kesempatan yang berbahagia ini, saya sampaikan penghargaan dan terima
kasih yang sebesar-besarnya kepada yang terhormat :
1. dr. Kamaliah Muis, SpKK, selaku pembimbing utama tesis ini, yang telah
bersedia meluangkan waktu, pikiran dan tenaga serta dengan penuh kesabaran
selalu membimbing, memberikan nasehat, masukan dan koreksi kepada saya
selama proses penyusunan tesis ini.
2. dr. Lukmanul Hakim Nasution SpKK,M.Kes selaku pembimbing kedua tesis
ini yang telah bersedia meluangkan waktu, pikiran dan tenaga serta dengan
penuh kesabaran selalu membimbing, memberikan nasehat, masukan dan
koreksi kepada saya selama proses penyusunan tesis ini.
3. Prof. Dr. dr. Irma D.Roesyanto-Mahadi, SpKK(K), sebagai Ketua Departemen
Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera
Utara yang telah memberikan kesempatan kepada saya untuk mengikuti
pendidikan spesialis di bidang Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin Fakultas
Kedokteran Universitas Sumatera Utara.
4. dr. Chairiyah Tanjung, SpKK(K) sebagai Ketua Program Studi Departemen
Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera
Utara yang telah membimbing, memberikan nasehat, masukan dan motivasi
kepada saya selama menjalani pendidikan sehari-hari.
5. Prof. DR. Syahril Pasaribu, SpA(K), DTM&H, Bapak Rektor Universitas
Sumatera Utara, dan Prof. Dr. Chairuddin P. Lubis, SpA(K), DTM&H, Bapak
Rektor Universitas Sumatera Utara pada saat saya diterima sebagai peserta
program pendidikan dokter spesialis yang telah memberikan kesempatan
kepada saya untuk dapat melaksanakan studi pada Universitas yang Bapak
pimpin.
6. Prof. dr. Gontar A. Siregar, SpPD-KGEH, Bapak Dekan Fakultas Kedokteran
Universitas Sumatera Utara, yang telah memberikan kesempatan kepada saya
untuk mengikuti Program Pendidikan Dokter Spesialis di Departemen Ilmu
Kesehatan Kulit dan Kelamin Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera
Utara.
7. Prof dr Mansur A Nasution SpKK(K), DR dr Nelva K Jusuf SpKK(K) dan dr.
Mila Darmi, SpKK, sebagai anggota tim penguji, yang telah memberikan
bimbingan dan koreksi untuk penyempurnaan tesis ini.
8. Para guru besar serta seluruh staf pengajar di Departemen Ilmu Kesehatan
Kulit dan Kelamin FK USU, RSUP H.Adam Malik Medan dan RSUD Dr
Pirngadi Medan yang tidak dapat saya sebutkan satu persatu, yang telah
membantu dan membimbing saya selama mengikuti pendidikan ini.
9. Bapak Direktur RSUP H.Adam Malik Medan dan Direktur RSUD Dr.
Pirngadi Medan yang telah memberikan kesempatan dan fasilitas kepada saya
selama menjalani pendidikan keahlian

Universitas Sumatera Utara

10. Seluruh staf/pegawai dan perawat di Bagian Ilmu Kesehatan Kulit dan
Kelamin, di RSUP H.Adam Malik Medan dan RSUD Dr. Pirngadi Medan ,
terima kasih atas bantuan, dukungan, dan kerjasama yang baik selama ini.
11. Seluruh staf/pegawai Laboratorium Terpadu dan Laboratorium Mikrobiologi
FK USU terima kasih atas bantuan dan kerjasamanya yang baik dalam
penyelesaian tesis saya ini.
12. Kedua orangtua saya tercinta Prof. dr. Sjabaroeddin Loebis SpA(K) dan dr.
Yuniar Siregar SpKK yang dengan penuh cinta kasih, keikhlasan, doa,
kesabaran, dan pengorbanan yang luar biasa untuk mengasuh, mendidik, dan
membesarkan saya, serta tidak bosan-bosannya memotivasi saya untuk terus
melanjutkan pendidikan ke jenjang yang lebih tinggi. Kiranya hanya Allah
SWT yang dapat membalas segalanya.
13. Bapak dan Ibu mertua saya Alm Djenda Ginting dan P.Bangun terima kasih
atas doa dan dukungan yang telah diberikan kepada saya.
14. Suami dan anak saya tercinta dr M Yusuf Paska Ginting & M Raka Malik
Safa Ginting terima kasih yang setulus-tulusnya atas segala pengorbanan,
kesabaran, pengertian, dukungan, doa, semangat serta bantuan di setiap saat
hingga saya dapat menyelesaikan pendidikan ini.
15. Abang ,adik saya tercinta dan saudara ipar saya, terima kasih atas doa dan
dukungan yang telah diberikan kepada saya selama ini.
16. Teman seangkatan saya tersayang, dr. Wahyuni Widiyanti S, dr. Irina
Damayanti, dr Cut Putri H, dr. Rini Amanda C S, Mked(KK), SpKK, dan dr.
Ahmad Fajar, Mked(KK), SpKK, terima kasih untuk kerja sama,
kebersamaan, waktu dan kenangan yang tidak akan pernah terlupakan selama
menjalani pendidikan ini.
17. Semua teman-teman PPDS Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin Fakultas
Kedokteran Universitas Sumatera Utara yang tidak dapat saya sebutkan satu
persatu yang telah memberikan bantuan, dukungan, dan kerjasama kepada
saya selama menjalani masa pendidikan dan penyelesaian tesis ini, saya
ucapkan terima kasih yang sebesar-besarnya.
18. Seluruh keluarga dan handai tolan yang tidak dapat saya sebutkan satu
persatu, baik secara langsung maupun tidak langsung, yang telah banyak
memberikan bantuan, baik moril maupun materil, saya ucapkan terima kasih
yang sebesar-besarnya.

Saya menyadari bahwa tesis ini masih memiliki banyak kekurangan. Oleh
karena itu saya mengharapkan kritik dan saran yang membangun demi
kesempurnaan tesis ini. Kiranya tesis ini dapat memberikan manfaat bagi kita
semua.

Universitas Sumatera Utara

 Akhir kata, dengan penuh kerendahan hati, izinkanlah saya untuk
menyampaikan permohonan maaf yang setulus-tulusnya atas segala kesalahan,
kekhilafan dan kekurangan yang telah saya lakukan selama proses penyusunan
tesis dan selama saya menjalani pendidikan. Semoga segala bantuan, dorongan
dan petunjuk yang telah diberikan kepada saya selama menjalani pendidikan,
kiranya mendapat balasan yang berlipat ganda dari Allah SWT.

Medan, Agustus 2014

Penulis

dr Nova Zairina Lubis

Universitas Sumatera Utara

 DAFTAR ISI

Halaman

ABSTRAK ...................................................................................................... i
ABSTRACT ..................................................................................................... ii
KATA PENGANTAR… ................................................................................ iii
DAFTAR ISI .................................................................................................. vi
DAFTAR GAMBAR ..................................................................................... viii
DAFTAR TABEL .......................................................................................... ix
DAFTAR SINGKATAN ............................................................................... x
DAFTAR LAMPIRAN .................................................................................. xi

BAB I PENDAHULUAN ........................................................................ 1

1.1. Latar Belakang .................................................................... 1
1.2. Rumusan Masalah ............................................................... 5
1.3. Tujuan Penelitian ................................................................ 5
1.3.1. Tujuan Umum .......................................................... 5
1.3.2. Tujuan Khusus ......................................................... 6
1.4. Manfaat Penelitian .............................................................. 6

BAB II TINJAUAN PUSTAKA ............................................................. 7

2.1. Onikomikosis ...................................................................... 7
2.1.1. Definisi .................................................................... 7
2.1.2. Epidemiologi ............................................................ 7
2.1.3. Anatomi Kuku ......................................................... 7
2.1.4. Fisiologi Kuku ........................................................ 8
2.1.5. Etiologi .................................................................... 9
2.1.6. Gambaran Klinis ..................................................... 10
2.1.7. Diagnosis ................................................................. 13
2.1.8. Pemeriksaan Penunjang .......................................... 14
2.2. Kerangka Teori ................................................................... 23
2.3. Kerangka Konsep ................................................................ 24

BAB III METODE PENELITIAN .......................................................... 25

3.1. Desain Penelitian ................................................................ 25
3.2. Waktu dan Tempat Penelitian ............................................. 25
3.2.1. Waktu Penelitian ..................................................... 25
3.2.2. Tempat Penelitian ................................................... 25
3.3. Populasi dan Sampel ........................................................... 25
3.3.1. Populasi ................................................................... 25
3.3.2. Sampel ..................................................................... 26
3.4. Besar Sampel ...................................................................... 26
3.5. Cara Pengambilan Sampel Penelitian ................................. 27
3.6. Identifikasi Variabel ........................................................... 27
3.6.1. Variabel Bebas ......................................................... 27
3.6.2. Variabel Terikat ...................................................... 27

Universitas Sumatera Utara

 3.7. Kriteria Inklusi dan Eksklusi .............................................. 27
3.7.1. Kriteria Inklusi ........................................................ 27
3.7.2. Kriteria Eksklusi ..................................................... 28
3.8. Alat, Bahan dan Cara Kerja ................................................ 28
3.8.1. Alat dan Bahan ........................................................ 28
3.8.2. Cara Kerja ............................................................... 29
3.9. Definisi Operasional ........................................................... 32
3.10. Kerangka Operasional ........................................................ 36
3.11. Rencana Pengolahan dan Analisis Data .............................. 37
3.12. Ethical Clearance ............................................................... 37

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN .................................................. 38

4.1. Karakteristik Subjek Penelitian .......................................... 38
4.1.1. Karakteristik Subjek Penelitian Berdasarkan Jenis
Kelamin ................................................................... 38
4.1.2. Karakteristik Subjek Penelitian Berdasarkan Umur 39
4.1.3. Karakteristik Subjek Penelitian Berdasarkan
Pekerjaan ................................................................. 40
4.1.4. Karakteristik Subjek Penelitian Berdasarkan
Gambaran Klinis ..................................................... 41
4.1.5. Karakteristik Subjek Penelitian Berdasarkan
Lokasi Kuku ............................................................ 42
4.2. Distribusi Spesies Jamur Pada Kultur dan PCR-RFLP ....... 42
4.3. Sensitivitas, Spesifisitas, Positive Predictive Value,
Negative Predictive Value, Rasio Kemungkinan Positif,
Rasio Kemungkinan Negatif dan Akurasi .......................... 45

BAB V KESIMPULAN DAN SARAN .................................................. 50

5.1. Kesimpulan ......................................................................... 50
5.2. Saran ................................................................................... 50

DAFTAR PUSTAKA .................................................................................... 51

LAMPIRAN ................................................................................................... 55

Universitas Sumatera Utara

 DAFTAR GAMBAR

Nomor Judul Halaman

2.1. Anatomi Kuku ..................................................................................... 8

2.2. Onikomikosis Subungual Distal dan Lateral ....................................... 10

2.3. Onikomikosis Superfisial Putih ........................................................... 11

2.4. Onikomikosis Subungal Proksimal ..................................................... 12

2.5. Onikomikosis Distrofik Total .............................................................. 12

2.6. Onikomikosis Candida......................................................................... 13

2.7. Bagan Proses Tehnik PCR .................................................................. 19

2.8. Elektroforesis Gel Agarose untuk Amplifikasi Hasil PCR dalam

Menemukan Elemen Jamur pada Onikomikosis ................................. 20

2.9. Bentuk Elektroforesis ITS-RFLP untuk Identifikasi Jamur

Dermatofita .......................................................................................... 21

2.10. Strategi Pemeriksaan Agen Jamur Penyebab Infeksi .......................... 22

2.11. Diagram Kerangka Teori ..................................................................... 23

2.12. Diagram Kerangka Konsep .................................................................. 24

3.1. Diagram Kerangka Operasional .......................................................... 36

Universitas Sumatera Utara

 DAFTAR TABEL

Nomor Judul Halaman

4.1. Karakteristik Subjek Penelitian Berdasarkan Jenis Kelamin .............. 38

4.2. Karakteristik Subjek Penelitian Berdasarkan Umur ............................ 39

4.3. Karakteristik Subjek Penelitian Berdasarkan Pekerjaan ..................... 40

4.4. Karakteristik Subjek Penelitian Berdasarkan Gambaran Klinis ......... 41

4.5. Karakteristik Subjek Penelitian Berdasarkan Lokasi Kuku ................ 42

4.6. Distribusi Frekuensi Jenis Jamur Pada Kultur Penderita

Onikomikosis di Rumah Sakit H. Adam Malik Medan Tahun 2014 ... 43

4.7. Distribusi Frekuensi Jenis Jamur Pada PCR-RFLP Penderita

Onikomikosis di Rumah Sakit H. Adam Malik Medan Tahun
2014…………………………………………………………... ........... 43

4.8. Distribusi Subjek Penelitian pada Pemeriksaan PCR-RFLP

Dibandingkan dengan Pemeriksaan Kultur Jamur .............................. 45

Universitas Sumatera Utara

 DAFTAR SINGKATAN

dATP : Deoxyadenin triphosphates

dCTP : Deoxycystein triphosphates
dGTP : Deoxyguanin triphosphates
DNA : Deoxyribonucleic Acid
dNTPs : Deoxynucleotide triphosphates
dTTP : Deoxythymin triphosphates
FDA : Food and Drug Administration
ITS : Internal Transcribed Spacer
NPV : Negative Predictive Value
OK : Onikomikosis Kandida
OSD : Onikomikosis Subungual Distal
OSP : Onikomikosis Subungual Proksimal
OSPT : Onikomikosis Superfisial Putih
PAS : Periodic Acid Schiff
PCR : Polymerase Chain Reaction
PCR-RFLP : Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length
Polymorphism
PDA : Potato Dextrose Agar
PPV : Positive Predictive Value
RKN : Rasio Kemungkinan Negatif
RKP : Rasio Kemungkinan Positif
SDA : Sabouraud’s Dextrose Agar
TAPJ : Tidak ada pertumbuhan jamur

Universitas Sumatera Utara

 DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran 1. Lembar Penjelasan kepada Calon Subjek Penelitian

Lampiran 2. Lembar Persetujuan Setelah Penjelasan (Informed Consent)

Lampiran 3. Status Penelitian

Lampiran 4. Output SPSS

Lampiran 5. Foto-foto Sampel

Lampiran 6. Foto-foto Proses PCR

Lampiran 7. Master Tabel

Universitas Sumatera Utara