“Año del Diálogo y la Reconciliación Nacional”

E.AP:
Biotecnología

CICLO:
VI

CURSO:
Bioinformática

TEMA:

ANÁLISIS FILOGENÉTICO

INTEGRANTES:
● Zavaleta Reyes Ivan

2018
 ANÁLISIS FILOGENÉTICO

I. INTRODUCCIÓN

La filogenia estudia las relaciones evolutivas. Un análisis filogenético además de indicar

relaciones evolutivas entre secuencias o especies, los cuales descienden de ancestros
comunes, también indican cuales son las distancias entre ellas. Los métodos de
reconstrucción filogenética más habituales asumen que todas las secuencias o especies
provienen de partir un ancestro común mediante bifurcaciones.

Los árboles filogenéticos se pueden construir a partir de alineamientos múltiples de

secuencias. Asumiendo que cada posición en el alineamiento es homóloga. Por lo tanto,
construir un buen alineamiento es esencial para la resolución del árbol.
La edición manual de los alineamientos es habitual para conseguir el mejor posible. La
mayoría de los programas de alineamiento nos dan una solución subóptima (la mejor posible
utilizando pocos recursos del sistema), por lo tanto resulta conveniente revisar los
alineamientos antes de realizar los árboles.

Existen múltiples programas para la reconstrucción de árboles filogenéticos a partir de

alineamientos de secuencias como :
★ Chromas es un visor de seguimiento libre para proyectos de secuenciación de ADN
simples que no requieren el montaje de múltiples secuencias. Chromas tiene las
siguientes características:
➢ Abre archivos de cromatograma “.ab1” de Applied Biosystems secuenciadores de
ADN.
➢ Abre archivos de formato cromatograma de SCF y ZTR creados por otros
secuenciadores o recuperados de bases de datos.
➢ Imprimir un cromatograma con opciones de zoom o Ajustar a una página, eliminación
automática de secuencia de baja calidad (cuando los datos de calidad está disponible)
o secuencias del vector.
➢ Secuencias de exportación en texto sin formato, formatos FASTA, FASTQ, EMBL,
GenBank o GCG, o formateados con numeración de base para la presentación.
➢ Copiar la secuencia en el portapapeles como texto sin formato, formato FASTA o
FASTQ para pegar en otras aplicaciones.

★ MEGA es una herramienta integrada para la alineación de secuencia automática y

manual, inferir los árboles filogenéticos, bases de datos basadas en la Web de
minería, la estimación de las tasas de evolución molecular, y prueba de hipótesis
evolutivas.

★ Bioedit es un editor de alineación de secuencias biológicas. Una interfaz de múltiples

documentos intuitiva con características convenientes hace que la alineación y la
manipulación de secuencias relativamente fácil en su ordenador de sobremesa.
Varias opciones de manipulación y análisis de secuencias y enlaces a programas de
 análisis externos facilitan un entorno de trabajo que le permite ver y manipular
secuencias con simples operaciones.

II. PROCEDIMIENTO

1. Descargar las secuencias (6F y 6R) y abrir en el programa Chromas, de ambas

secuencias borrar de los extremos los nucleótidos N y aquellos que tengan un menor
a 30% quality

2. Con la secuencia 6R sacar el inverso complementario.

3. Ir a File, clic en “export” y guardar las secuencias en formato FASTA

4. Abrir las secuencias en el programa Bioedit (File-> Open->archivo)

5. Y luego alinear

6. Seleccionar modo “edit”, luego suprimir los gaps de los extremos y editar los
nucleótidos N (reemplazar por un nucleótido complementario)
7. Seleccionar una de las secuencias e ir a Edit, clic en copy sequences to clipboard,
abrir un bloc de notas y pegar la secuencia y guardar

8. Blastear la secuencia anterior, seleccionar y descargar 3 secuencias que tengan

mayor % de identidad (mismo género y diferente especie), descargar también las
secuencias de Mytilus californianus (KF643953) y Mytilus coruscus (FJ495279.1)
9. Guardar las 5 secuencias en un sólo bloc de notas, y alinear en el programa Bioedit
(repetir el paso 5)

10. En el programa Mega, convertir el archivo exportado de Bioedit a formato MEGA

11. Al finalizar de la conversión aparecerá la siguiente ventana:

12. Seguir los siguientes pasos en el programa Mega, para obtener un árbol filogenético por
el método de distancia
III. RESULTADOS
- Análisis filogenético de la secuencia parcial del gen COI. El árbol fue generado por él
método Neighbor Joining (NJ) utilizando el programa MEGA 6.06, las distancias
evolutivas se calcularon utilizando el método de máxima probabilidad compuesta.
 Figura. Árbol Neighbor Joining

IV. DISCUSIÓN

El género Mytilus se agrupa dentro de la familia Mytilidae, que pertenece al orden Mytiloidea.
Todas ellas son especies de moluscos cosmopolitas y se conocen popularmente con el
nombre de mejillones (Crego P, V., 2013). Los mejillones pertenecientes al género Mytilus
son uno de los moluscos marinos más estudiados a nivel ecológico, fisiológico y genético,
aunque su origen y su estado taxonómico siguen siendo poco claros.

Mytilus edulis, Mytilus galloprovincialis y Mytilus trossulus son morfológicamente similares y

pueden hibridar de forma cruzada en las áreas donde coexisten, se engloban dentro de un
grupo denominado complejo de Mytilus edulis debido a su similitud en la morfología de la
concha, a veces influenciada por el ambiente en el que crecen (Martínez et. al, 2002; Crego
P, V., 2013). En el árbol Neighbor Joining se puede apreciar éste complejo, por lo que están
más próximas entre sí que el resto de las especies del género Mytilus.

El análisis de ADN mitocondrial ha demostrado que M. californianus es el más divergente

entre Mytilus edulis, Mytilus galloprovincialis y Mytilus trossulus , mientras que M. edulis y M.
galloprovincialis son las más similares (Martinez et. al, 2002).

El género Mytilus, según lo definido por Linneo (1758), consiste en dos tipos de especies: las
que son de cáscara dura para las cuales se han definido dos especies, Mytilus californianus
y Mytilus coruscus; Y aquellos que son de cáscara lisa para los cuales se han reconocido tres
especies: Mytilus edulis, Mytilus galloprovincialis y Mytilus trossulus. (Astorga M.,et al, 2015)
La mayoría de los especialistas concuerda en que COI es un excelente marcador para
identificar «Molecular Operational Taxonomic Units» (MOTU), término que alude a grupos de
individuos con secuencias similares (Floyd et al., 2002; Blaxter, 2004; Blaxter et al., 2005). La
identificación de MOTU puede ser útil, tanto en estudios taxonómicos como en estudios
ecológicos o de especiación. COI es útil como “códigos de barras de ADN”, porque en general
muestran poca variación entre los miembros de la misma especie, y al mismo tiempo la
variación es suficiente como para distinguir a miembros de especies diferentes. Por lo tanto,
estas secuencias proporcionan un “sello” único para cada especie y son adecuadas para
determinar relaciones filogenéticas.

V. CONCLUSIONES :

Un análisis filogenético no sólo nos indica las relaciones evolutivas entre las secuencias o
especies, cuales descienden de ancestros comunes, también puede indicarnos cuales son
las distancias entre ellas, hay tres tipos de métodos de construcción: distancia, verosimilitud
y parsimonia.
Las relaciones filogenéticas del gen citocromo oxidasa I (COI) ), pone de manifiesto las
relaciones filogenéticas entre las especies del género Mytilus: M. trossulus, M
galloprovincialis, M. californianus, M. coruscus y M. Edulis. Se muestran como especies
hermanas: M. trossulus, M. Edulis y M galloprovincialis; M californianus, M coruscus son
especies hermanas pero ya alejadas genéticamente.
Los alineamientos múltiples constituyen el primer paso para una cuantificación precisa de
grados de parentesco, ya que permiten obtener una matriz de distancias entre cada par de
secuencias, medidas en número de sustituciones. A partir de la matriz de distancias se
obtienen las longitudes de las ramas que definen el árbol filogenético, por los métodos de
distancias.

VI. REFERENCIAS BIBLIOGRÁFICAS:

★ José Gonzales (2014)El mejillón, un buen modelo para el estudio de la fecundación y

entender la infertilidad . Cientificos de la Universidad de Vigo
★ La variedad de la vida, de Colin Tudge (2001)
★ .Li, W-H (1997) “Molecular Evolution”. Sinauer Associates, Inc., Publishers
★ FLOYD, R., E. ABEBE, A. PAPERA & M. BLAXTER. 2002. Molecular barcodes for soil
nematode identification. Mol. Ecol. 11: 839-850.
★ Crego Prieto Victor (2013) Efecto de los impactos antropogénicos en las relaciones
entre especies de ecosistemas marinos. Oviedo: Universidad de Oviedo, Servicio de
Publicaciones de la universidad de Oviedo.
★ Astorga Marcela, Cardenas Leyla, Vargas Jaime. (2015) Phylogenetic Approaches To
Delimit Genetic Lineages Of The Mytilus Complex Of South America: How Many
Species Are There?. Chile.
★ http://en.bio-soft.net/tree/MEGA.html
★ https://bioinf.comav.upv.es/courses/intro_bioinf/filogenias.html
★ http://biologia.uab.es/biocomputacio/tutorial/sessio6/tutorialdnamit.htm