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N

p
W

cesos resulta varios órdenes de magnitud confianza tal, que la probabilidad de que
menor que la de otros procesos, lo que q
los sucesos observados se deban a una
complica sobremanera su observación. fluctuación estadística del fondo es me-
En particular, los científicos del CDF nor de 4 por cada 100 millones de su-
se han centrado en aquellos procesos don- p W/Z cesos. Queda así probada la existencia
q
de un bosón W se desintegra en un elec- del proceso.
trón o muon y un neutrino, y el otro Una vez seguros de la presencia de
bosón W o Z se desintegra en un par de este tipo de sucesos, se ha medido la sec-
quarks (véase la figura 2), que, al interac- 2. Este esquema, o “diagrama de Feyn- ción eficaz de la producción de bosones
cionar con la materia del calorímetro, ge- man”, representa lo que ocurre cuando WW/WZ. La sección eficaz es una mag-
neran dos chorros de partículas. −
la colisión de un protón p y un antiprotón p nitud, medida en unidades de superfi-
El primer paso del análisis consiste en crea una pareja de bosones W y W, o W y Z: cie, a menudo el picobarn, que expresa
identificar la presencia de ese estado fi- se desintegran en un neutrino ν y un leptón la probabilidad de que un suceso del tipo
nal tras una colisión. Para ello se utiliza (un electrón o muon, ℓ), y en un quark q y un de que se trate se produzca por cada co-
el detector CDF. Gracias al sistema de antiquark q −. En el diagrama no se repre- lisión protón-antiprotón. El valor obte-
trazas, podemos identificar las partículas senta la hadronización de los quarks, que nido es de 17,7 ± 3,9 pb (picobarn), va-
cargadas, como son los electrones o muo- genera dos chorros de partículas. lor compatible con la predicción teórica
nes, y gracias al calorímetro, reconstruir de 15,1 ± 0,8 pb.
los chorros de partículas producto de la contiene no sólo los sucesos interesan- Se trata de una observación del máxi-
interacción de los quarks con la materia tes, los correspondientes a esa señal, sino mo interés. No ya porque coloque una
del calorímetro. también los sucesos de fondo. Y aquí ra- pieza más en el rompecabezas del mode-
Una vez identificado el estado final dica la segunda gran complejidad de este lo estándar, sino también porque se re-
como estado que se produciría en la de- análisis: cómo separarlos. fiere a un proceso de producción muy
sintegración del par WW o WZ, hay que Para ello, los investigadores de CDF parecido al del bosón de Higgs, partícu-
determinar qué otros sucesos producirían aplican una técnica que proporciona la la necesaria para explicar que el resto de
también ese estado final: un electrón o probabilidad de que un suceso sea señal las partículas que conocemos tengan
muon, una falta de energía transversal o fondo. Para calcular tales probabilida- masa, pero que, a día de hoy, aún no se
(se la lleva el neutrino, que, debido a su des, se requiere conocer la energía y mo- ha observado. Por lo tanto, se puede de-
escasa capacidad de interacción, no se de- mento de los chorros y del electrón o cir que los científicos de CDF han dado
tecta) y dos chorros. Y, desafortunada- muon del suceso, medidos por el detec- un paso más en la carrera hacia el des-
mente, no sólo existen otros procesos fí- tor. Una vez calculadas las probabilida- cubrimiento del bosón de Higgs al pro-
sicos cuyo estado final resulta compatible des, se define una variable discriminante bar que en el Tevatrón se pueden iden-
con el de la desintegración de los boso- por suceso: el cociente de la probabili- tificar sucesos muy poco frecuentes y muy
nes WW/WZ; además, suceden con mu- dad de la señal y la suma de la proba- similares a la producción del Higgs.
cha mayor probabilidad. bilidad de la señal más las probabilida-
Por lo tanto, tras la selección de los des de fondo. Bárbara Alvarez González
sucesos con un estado final como el que Con esa variable, los científicos del y Enrique Palencia Cortezón
se seguiría de la desintegración de los CDF han podido determinar la existen- Fermilab
bosones WW/WZ, la muestra de datos cia de sucesos WW/WZ con un nivel de Batavia, Illinois

Del genoma al filoma


La evolución de un genoma vista a través de todos sus genes

L a comparación de secuencias de ADN


o proteínas de organismos distintos
permite reconstruir la historia evolutiva
biología moderna. Quizá la más conoci-
da sea la inferencia de parentesco evolu-
tivo entre especies, pero hay otras. El
mo, el análisis filogenético arroja luz so-
bre eventos pasados de duplicación o
pérdida de genes. Una información que
de esas macromoléculas. Dicha historia análisis filogenético de una familia de puede utilizarse para descubrir genes con
suele representarse en forma de árbol fi- genes de especies distintas nos permite historias evolutivas semejantes, lo que
logenético. Lo mismo que un árbol ge- detectar qué genes derivaron de un mis- podría sugerir una interacción funcional
nealógico informa sobre las relaciones de mo gen en una especie ancestral. Esos conservada entre ellos.
parentesco entre los miembros de una genes ortólogos tienden a conservar fun- Tamaño potencial nos ha llevado a
familia, un árbol filogenético establece ciones similares en especies distintas. Su proponernos la reconstrucción de las his-
relaciones entre moléculas emparentadas conocimiento nos ayuda a decidir, por torias evolutivas de todos los genes co-
en el curso de la evolución. ejemplo, en qué gen debemos centrar el dificados por un genoma. La obtención
La obtención de filogenias molecula- estudio de una especie modelo para com- de tal colección de árboles filogenéticos,
res tiene numerosas aplicaciones en la prender una patología humana. Asimis- o filoma, entraña numerosos retos técni-

INVESTIGACION Y CIENCIA, abril, 2010 7


Ciona intestinalis (Ascidia solitaria)
Arbol filogenético de la proteína supresora de tumores p53 y sus homó- Ciona intestinalis (Ascidia solitaria)
logos. La longitud de cada rama (líneas horizontales) es proporcional a la Gallus gallus (gallo) P63
Rattus norvegicus (rata)
divergencia entre las secuencias que une. Los nodos internos del árbol se
Canis familiaris (perro)
han coloreado para indicar eventos de especiación ocurridos en el pasa- Mus musculus (ratón)
do (rojo) o duplicación (azul). Dos eventos de duplicación que ocurrieron Monodelphis domestica (zarigüella gris)
en la base de los vertebrados definen las subfamilias p53, p73 y p63. Macaca mulatta (macaco rhesus)
Las proteínas dentro de cada recuadro serían ortólo- Pan troglodytes (chimpancé)
Homo sapiens (humano)
gas entre sí; las de recuadros distintos, parálogas.
Tetraodon nigroviridis (pez globo moteado)
Se observa también una duplicación independiente Fugu rubripes (pez globo)
en la ascidia intestinal (urocordado). La mosca Dro- Danio rerio (pez cebra)
sophila melanogaster posee sólo un miembro de esta Xenopus tropicalis (rana)
P73
familia, ya que el linaje no sufrió ninguna duplicación. Canis familiaris (perro)
Puede consultarse este árbol y el de otras familias Bos taurus (vaca)
Rattus norvegicus (rata)
de genes humanos en www.phylomedb.org.
Mus musculus (ratón)
Homo sapiens (humano)
cos y conceptuales. Implica un gran nú- Gallus gallus (gallo)
mero de pasos, que van desde la búsque- Tetraodon nigroviridis (pez globo moteado)
Fugu rubripes (pez globo)
da y comparación de secuencias similares
Danio rerio (pez cebra)
hasta la creación de modelos matemáti-
Fugu rubripes (pez globo)
cos refinados para hallar el camino evo- P53
Danio rerio (pez cebra)
lutivo más probable que explique las di- Bos taurus (vaca)
ferencias observadas en las secuencias. Canis familiaris (perro)
Mus musculus (ratón)
Filogenética automatizada Rattus norvegicus (rata)
Macaca mulatta (macaco rhesus)
A finales de 2005 acometimos la recons- Homo sapiens (humano)
trucción del filoma humano. Se automa- Pan troglodytes (chimpancé)
tizó el proceso al máximo, sin compro- Drosophila melanogaster (mosca)
meter por ello la calidad del resultado. El
diseño implicó la selección de los algorit- resultados para responder a ciertas pre- pecies, incluidos numerosos organismos
mos evolutivos más veloces, fiables y fá- guntas sobre nuestra evolución. Uno de modelo como la levadura Saccharomyces
cilmente integrables en una cadena de los retos más interesantes fue estudiar el cerevisiae o la bacteria Escherichia coli.
procesos automatizada. Requirió también modo en que las familias génicas habían La base de datos es utilizada por inves-
la programación de nuevos algoritmos incrementado su tamaño a través de su- tigadores de todo el mundo para buscar
para el procesado y análisis de datos filo- cesivas rondas de duplicación ocurridas relaciones de ortología entre genes o para
genéticos a escalas genómicas. Por fin, a lo largo de la evolución. Nuestros da- obtener un marco evolutivo en el cual
aplicamos técnicas heurísticas que permi- tos avalaban la hipótesis de que, tras la interpretar la evolución de un proceso.
tiesen decidir de forma automática qué separación de cordados y vertebrados, los En fecha reciente hemos aplicado la
modelos debían aplicarse en función de segundos sufrieron al menos una ronda reconstrucción de filomas a las fases ini-
las características de la familia génica en completa de duplicación de todo su ge- ciales de anotación de genomas tras su
cuestión. En resumen, automatizamos el noma (poliploidización). Otras duplica- secuenciación. La obtención de un filo-
proceso que un filogenetista seguiría para ciones a menor escala habrían afectado ma permite anotar los genes del nuevo
obtener la historia evolutiva de un gen y a otras familias génicas. genoma a partir de sus relaciones de or-
lo aplicamos sobre los más de 20.000 ge- Asimismo, las familias duplicadas en tología con especies modelo. Además, se
nes codificados en el genoma humano. los mismos períodos evolutivos mostra- obtiene una valiosa información filoge-
El trabajo culminó en 2007 con la re- ban cierta coherencia funcional que nética que podría ayudar a plantear hi-
construcción completa del filoma huma- guardaba relación con las innovaciones pótesis contrastables sobre la evolución
no. Su obtención requirió un enorme po- evolutivas de cada período. El perfec- y biología de la especie en cuestión.
der de cálculo, equivalente a 23 años de cionamiento del sistema nervioso en cor- El primer proyecto de secuenciación
cómputo en un procesador. Gracias al dados, por ejemplo, se asoció a la ex- genómica que ha utilizado una aproxi-
uso en paralelo de cientos de procesado- pansión de familias génicas implicadas mación filogenómica en el proceso de
res (entre ellos algunos de la supercom- en desarrollo neuronal. anotación de los genes ha sido el del in-
putadora Mare Nostrum del centro de su- El filoma humano nos permitió tam- secto Acyrtosiphon pisum. A partir de las
percomputación de Barcelona), obtuvimos bién esclarecer el parentesco evolutivo relaciones de ortología con el insecto mo-
resultados en pocos meses. con genes de otros 38 organismos. Para delo por excelencia, la mosca Drosophi-
facilitar el acceso a los resultados de la melanogaster, se ha determinado la fun-
Evolución genética nuestra investigación, desarrollamos la ción de 4000 genes.
Con los datos en la mano, disponíamos base de datos www.phylomeDB.org, que
de una visión privilegiada sobre la evo- recopila todas las historias evolutivas. Toni Gabaldón y Jaime Huerta-Cepas
lución de nuestro genoma, a través de En la actualidad, la base contiene infor- Centro de Regulación Genómica
cada uno de sus genes. Analizamos los mación de los filomas de más de 15 es- Barcelona

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