Amezcua Martínez Cuauhtemoc

3OM2
Guía de estudio para el cuarto parcial de Biología Molecular

1.- Define los siguientes conceptos brevemente:

Ciclo celular: El ciclo celular es un conjunto ordenado de sucesos que conducen

al crecimiento de la célula y la división en dos células hijas. Las etapas, son G1-S-G2 y
M. El estado G1 quiere decir «GAP 1» (Intervalo 1). El estado S representa la «síntesis»,
en el que ocurre la replicación del DNA. El estado G2 representa «GAP 2» (Intervalo 2).
El estado M representa «la fase M», y agrupa a la mitosis o meiosis (reparto
de material genético nuclear) y la citocinesis (división del citoplasma).

Ciclinas: Son proteínas involucradas en la regulación del ciclo celular. Las ciclinas
forman complejos con enzimas quinasas dependientes de ciclinas (Cdks) activando en
estas últimas su función quinasa.

Cinasas dependientes de ciclinas: Son enzimas que regulan el correcto desarrollo

del ciclo celular, son heterodímeros constituidos por una subunidad quinasa y una
subunidad ciclina y permite la regulación de su actividad, fundamentalmente mediante
proteólisis dependiente de ubiquitinación y posterior traslado al proteasoma.

Puntos de control (checkpoints): Los puntos de control son pequeños retenes donde se
revisan distintas características del medio y de la célula misma, donde la célula debe
estar sana y el medio debe ser lo suficientemente bueno para que se continué el ciclo
celular. Pero además de ello, los controladores implicados en estos puntos tienen la
capacidad de “llamar” a otros a reparar.

Oncogenes: Es un gen anormal o activado que procede de la mutación de un alelo de

un gen normal llamado protooncogén, son los responsables de la transformación de
una célula normal en una maligna que desarrollará un determinado tipo de cáncer.

Genes supresores de tumores: Es un gen que reduce la probabilidad de que

una célula en un organismo multicelular se transforme en una célula cancerígena, se
encuentran en las células normales y generalmente inhiben la proliferación celular
excesiva.

Metástasis: Proceso de propagación de un foco canceroso a un órgano distinto de

aquel en que se inició, ocurre generalmente por vía sanguínea o linfática.

Mutación genética: Cambios que alteran la secuencia de nucleótidos del DNA.

Mutación genómica: Son cambios debido a un reparto desigual de cromosomas
durante la meiosis en la formación de gametos, de forma que unos gametos quedan
con cromosomas de más y otros con cromosomas de menos.

Mutación cromosómica: Son alteraciones en el número de genes o en el orden de

estos dentro de los cromosomas, se deben a errores durante la gametogénesis o de las
primeras divisiones del cigoto.

Transición: Es una mutación puntual del DNA, de una purina por una purina o pirimida
por una pirimida que puede afectar a la síntesis del RNAm y, posteriormente, a la
fabricación de proteínas.

Transversión: Son sustituciones de una purina por una pirimidina o viceversa, que
pueden ser causadas por la radiación ionizante y por agentes alquilantes.

Reversión: Se encarga de reparar alteraciones puntuales sin necesidad de alterar el

esqueleto de DNA.

Mutación supresora: Mutación que restablece parcial o totalmente la función perdida

por efecto de una mutación en otro sitio.

Mutación silenciosa: Mutación que provoca un cambio en el DNA donde hay una
sustitución de bases pero este cambio codifica para el mismo aminoácido.

Mutación equivalente: Mutación que provoca un cambio en el DNA donde hay una
sustitución de bases que codifica para un aminoácido diferente pero del mismo grupo
que el original.

Mutación con sentido equivocado: Mutación que provoca un cambio en el DNA donde
hay una sustitución de bases que codifica para un aminoácido de diferente grupo que
el aminoácido original.

Mutación sin sentido: Mutación que provoca un cambio en el DNA donde hay una
sustitución de bases que termina la codificación.

2.- Describe el papel de las ciclinas y de las cinasas dependientes de ciclina en la

regulación del ciclo celular.

Cuando las células se incorporan y avanzan a lo largo del ciclo celular son controladas
por variaciones en los niveles y grado de actividad de las ciclinas, algunas ciclinas (A, B
y E) alcanzan su máxima concentración en ciertas fases del ciclo celular y luego se
degradan rápidamente cuando las células pasan a la fase siguiente del ciclo, las ciclinas
realizan sus funciones formando complejos con proteínas estructurales denominadas
cinasas dependientes de las ciclinas (CDK), la ciclina B/CDK1 controla el paso de la fase
G2 a la fase M, cuando la célula entra en fase G2, se sintetiza ciclina B y se une a CDK1,
formándose el complejo ciclina B/CDKI, cuya actividad es indispensable para que las
células pasen a la fase M, este complejo se activa por fosforilación y la cinasa activa
fosforila a varias proteínas involucradas en mitosis, replicación del DNA,
despolimerización de la lámina nuclear y formación del huso mitótico. Después de la
mitosis, las ciclinas se degradan por la vía de la ubiquitina-proteasoma, además los
complejos activos de CDK son regulados por la unión a inhibidores de las CDK (p21 y
p27) y por otras cinasas y fosfatasas, los inhibidores controlan el ciclo celular
equilibrando la actividad de las CDK, las variaciones en la concentración de estos
inhibidores pueden alterar la secuencia normal del ciclo celular, es lo que sucede en
algunos tumores o en las células envejecidas, en la interfase G1-S la célula puede optar
por la replicación del genoma, o bien por entrar en estado quiescente o por
diferenciarse, uno de los principales controles que intervienen en este paso es el grado
de fosforilación de la proteína del retinoblastoma o Rb, una proteína mutante de
cánceres, el Rb secuestra a los miembros de la familia de los factores de transcripción
E2F inactivándolos durante G0 y G1. A lo largo de la fase G1, las ciclinas de la clase D se
acumulan y activan a determinadas CDK, las cuales fosforilizan a Rb y rompen la unión
con los E2E. A su vez, los E2F activados estimulan la transcripción de varios genes que
son necesarios para el paso a la fase S.

3.- ¿Cuáles son los principales factores genéticos relacionados con la aparición del
cáncer?

Cromosoma: Eliminación, Inversiones y translocaciones.

Genes codificantes: Proto-oncogenes, supresores de tumor, sistemas de reparación,

muerte celular programada (apoptosis).

Genes no codificantes: microRNA’s, ncRNA’s

4.- ¿Cuáles son los principales factores de tipo ambiental relacionados con la aparición
del cáncer?

Compuestos químicos, radiaciones y virus/ bacterias, geográficos, edad (>55 años),

peso, enfermedades previas (inflamación, regeneración), hábitos como el tabaquismo
y el alcohol, ocupaciones, estrés, depresión y angustia.

5.- Explica en qué consiste la predisposición genética al cáncer

La predisposición genética al cáncer implica que un gran número de personas tengan

un riesgo mayor a consecuencia de su historia familiar y/o personal.

6.- ¿Cuál es la relación de los RNAs reguladores con el desarrollo del cáncer?

Su participación como nuevos oncogenes o supresores tumorales ha sido demostrada

en linfomas, cáncer pulmonar y tumores del sistema nervioso central, entre otros, su
expresión alterada desempeña un papel importante en la transformación maligna de
las células humanas, están muy relacionados con la progresión del cáncer, que incluye
el crecimiento del tumor, la diferenciación, la adhesión, la apoptosis, la invasión y la
formación de metástasis.

7.- Haz un resumen de los tipos de mutaciones y sus consecuencias, que se pueden
presentar en una secuencia codificante o en una secuencia no codificante

Mutación supresora: Mutación que restablece parcial ó totalmente la función perdida

por efecto de una mutación en otro sitio.

Mutación silenciosa: Mutación que provoca un cambio en el DNA donde hay una
sustitución de bases pero este cambio codifica para el mismo aminoácido.

Mutación equivalente: Mutación que provoca un cambio en el DNA donde hay una
sustitución de bases que codifica para un aminoácido diferente pero del mismo grupo
que el original.

Mutación con sentido equivocado: Mutación que provoca un cambio en el DNA donde
hay una sustitución de bases que codifica para un aminoácido de diferente grupo que
el aminoácido original.

Mutación sin sentido: Mutación que provoca un cambio en el DNA donde hay una
sustitución de bases dando un codón de paro.

Mutaciones reversas exactas: Mutación que provoca un cambio en las bases de un

codón donde la primera mutación codifica un aminoácido diferente y la segunda
mutación regresa al codón origina.

Mutaciones reversas equivalentes: Mutación que provoca un cambio en las bases de

un codón donde la primera mutación codifica un aminoácido diferente y la segunda
mutación codifica a otro aminoácido.

Mutaciones supresoras: Anulan el efecto de una mutación directa actuando en el

mismo gene o en un locus diferente.

Mutación en el promotor: Puede aumentar o disminuir la tasa de transcripción.

Mutación en elementos de respuesta/ sitio operador: Puede eliminar la habilidad del

gene de ser regulado apropiadamente.

Mutación 5’UTR/3’UTR: Pueden alterar la habilidad del RNA de ser traducido; puede
alterar la estabilidad de mRNA.

Mutación en la secuencia de reconocimiento de intrones: Pueden alterar la habilidad

de eliminar correctamente los intrones del pre-mRNA.
Mutación de genes reguladores: Afectan la expresión correcta del gene al cual regulan
y por lo tanto a la vía en la que participa.

8.- Describe de manera breve como actúan los siguientes agentes mutagénicos:

Luz UV: Su efecto principal es originar dímeros de pirimidina dañando la cadena y

sufriendo una desconfiguración, como consecuencia del mecanismo postreplicativos
de reparación propenso a error.

Calor: Provoca una desnaturalización en las cadenas de DNA provocando una

desconfiguración en las bases nitrogenadas.

pH: A pH acido provoca que las bases nitrogenadas se desnaturalización resultando

una despurinización produciendo mutaciones.

Radicales libres del oxígeno: La molécula de DNA que es susceptible a ser dañado por
radicales libres es la desoxirribosa, la que al oxidarse puede inducir el rompimiento del
enlace entre este azúcar y el grupo fosfato del siguiente nucleótido, en las bases
también provocan un apareamiento erróneo.

Agentes intercalantes: Se introducen entre los pares de bases del ADN, dando origen
a pérdida o ganancia de nucleótidos (o sea, generan mutaciones de cambio de la pauta
de lectura del mensaje genético).

Análogos de bases: Son sustancias con una estructura similar a las bases de los ácidos
nucleicos, pero con propiedades químicas diferentes, estas moléculas entran a las
células y son convertidas a los correspondientes "dNTP" tautoméricos, de modo que su
estructura les permite ser incorporados durante la replicación del ADN.

9.- Cuál es el mecanismo de producción de mutaciones de las siguientes lesiones del

DNA si no son reparadas:

a) Desaminación de la 5-metil citosina: Si ocurre una desaminación la 5-metil citosina

pasa a ser una timina, si no es reconocida por la RNA pol y corregida en la replicación
la secuencia de la cadena complementaria pasaría a tener una A en lugar de un G
causando mutación.

b) Presencia de un sitio apurínico: La polimerasa encuentra dificultades para replicar

una zona donde hay un sitio AP, por lo que la polimerasa provoca una alteración en la
secuencia.

c) Presencia de un dímero de timinas adyacentes: La formación de un enlace entre

ambas bases distorsiona la doble hebra de tal forma que compromete la replicación o
la transcripción, por lo que han de ser reparados antes de que estas concluyan.
d) Hidroxilación de una Guanina: Los radicales OH actúan como fuertes oxidantes
capaces de reaccionar no sólo con las bases nitrogenadas, sino que pueden hacerlo,
aunque en menor grado, con otros elementos moleculares del dúplex, pudiendo
provocar con ello la rotura de una o ambas hebras del ADN.

e) Oxidación de una guanina en la posición 8 (8-oxoG): Se parea incorrectamente tanto

con la adenina como con la citosina, de este modo, si la célula se divide mientras está
llevando un “8-oxo Guanina", las células hijas resultantes tienen una posibilidad 50/50
de que aparezca con una adenina donde debiera estar la citosina.

10.- Elabora un cuadro sinóptico acerca de los tipos de lesiones reconocidos y

reparados por los siguientes sistemas de reparación:

11.- Discute brevemente si consideras que las mutaciones genéticas son o no al azar y
cuál es el efecto de la presión de selección en la frecuencia de la mutación

Simplemente se quiere decir que las mutaciones genéticas ocurren con un patrón
azaroso, por multitud de causas, como la radiación, agentes químicos, errores por
interferencias en el mecanismo de copia de los genes, y otras causas probablemente
desconocidas todavía. Hay partes que son más susceptibles de sufrir mutaciones, hay
codones de DNA que pueden mutar más fácilmente a otras por efecto de las fuerzas
que se generan entre las moléculas. Por lo tanto se podría decir que es un proceso
“aleatorio” y que no tiene una aleatoriedad completa. Pero este fenómeno de
mutación ha permitido que los organismos se adaptaran y divergieran en distintas
formas lo cual explica la diversidad de organismos que existen y han existido.

12.- En qué consisten las siguientes técnicas moleculares para evaluar la variación
genética:

RFLP (Polimorfismos en la longitud de los fragmentos de restricción): secuencias

específicas de nucleótidos en el DNA que son reconocidas y cortadas por las enzimas
de restricción (endonucleasas) y que varían entre individuos, en un cromosoma
humano, una enzima de restricción puede producir un gran número de cortes en los
lugares donde reconozca la secuencia específica para hacerlo.

AFLP (Polimorfismos en la longitud de fragmentos amplificados): Es un tipo

de marcador molecular que está basado en la restricción del DNA genómico
mediante enzimas de restricción y en la subsecuente amplificación de algunos de esos
fragmentos mediante la reacción en cadena de la polimerasa, poseen un alto poder de
detección de la variabilidad genética.

RAPD (amplificación aleatoria de DNA polimórfico): Es un tipo de marcador

molecular basado en la reacción en cadena de la polimerasa, los fragmentos
de DNA obtenidos por medio de esta técnica se amplifican en regiones aleatorias del
genoma ya que los iniciadores o cebadores de la reacción son secuencias arbitrarias de
DNA sintético.

Microarreglos de DNA: Son un conjunto ordenado de genes en una pequeña superficie

(10,000 individuos por cm2) que esta información puede ser utilizada de forma
práctica, permitiendo determinar simultáneamente si todos los genes de un organismo
se están expresando o no en una condición determinada.

Filogenias moleculares por comparación de secuencias: Analiza las diferencias

moleculares hereditarias, principalmente en las secuencias de DNA, para obtener
información sobre las relaciones evolutivas de un organismo, el resultado de un
análisis filogenético molecular se expresa en un árbol filogenético.

13.- Define qué es un alineamiento de secuencias y cuál es su utilidad

En bioinformática es una forma de representar y comparar dos o más secuencias o

cadenas de DNA, RNA, o estructuras primarias proteicas para resaltar sus zonas de
similitud, que podrían indicar relaciones funcionales o evolutivas entre los genes o
proteínas consultados, si dos secuencias en un alineamiento comparten un ancestro
común, las no coincidencias pueden interpretarse como mutaciones puntuales
(sustituciones), y los huecos como indels (mutaciones de inserción) introducidas en
uno o ambos linajes en el tiempo que transcurrió desde que divergieron.

14.- Discute brevemente las ventajas y desventajas de utilizar secuencias de DNA o de

proteínas para realizar un alineamiento.

Ventajas

Secuencias cortas o muy similares pueden alinearse manualmente

Permite revelar mucha más información biológica que un grupo de alineamientos de

pares

Asegurarse de que dos secuencias son similares y cuantificar su similitud.

Comparar un gen y su producto.

Buscar posiciones homólogas en las secuencias.

Las comparaciones de proteína conservan más información que las de ADN y pueden
detectar homología más remota

Desventajas

En secuencias largas, muy variables y extremadamente numerosas que no pueden ser

alineadas tan fácilmente.

15.- ¿Cuál es la diferencia entre un alineamiento global y uno local?

Los alineamientos globales, intentan alinear cada residuo de cada secuencia, son más
útiles cuando las secuencias problema iniciales son similares y aproximadamente del
mismo tamaño (no quiere decir que los alineamientos globales no puedan terminar en
huecos) y los alineamientos locales son más útiles para secuencias diferenciadas en las
que se sospecha que existen regiones muy similares o motivos de secuencias similares
dentro de un contexto mayor.

16.- ¿Por qué no es correcto utilizar únicamente la comparación de secuencias de

aminoácidos con fines filogenéticos?

Antes suponían que una secuencia de aminoácidos (proteína) se fija en toda la

población a una velocidad constante. El principal problema de este método es que la
constancia de la velocidad es una propiedad que no siempre se cumple. Cuando ocurre
esto, la misma proteína cambia más deprisa en una especie que en otra, puede haber
un conflicto importante pues una especie, o el grupo que representa podría quedar
muy deslocalizado de su posición filogenética real.
17.- ¿Qué es una matriz de puntuación para alineamientos de aminoácidos?

Las matrices de sustitución para el alineamiento de secuencias de aminoácidos, donde

la similitud entre secuencias depende del tiempo desde su divergencia y de los ritmos
de sustitución según se representan en la matriz, estas matrices se utilizan como
parámetros de los algoritmos de alineamiento, en los cuales cumplen el papel de
asignar una determinada puntuación a cada emparejamiento entre los aminoácidos de
las secuencias a alinear, contribuyendo así a la puntuación global del alineamiento.

18.- Describe brevemente cuáles son las consideraciones que se toman en cuenta
cuando se analizan los cambios tanto de nucleótidos como de aminoácidos en los
sistemas de puntuación de los apareamientos de secuencias

Si dos secuencias en un alineamiento comparten un ancestro común, las no

coincidencias pueden interpretarse como mutaciones puntuales (sustituciones), y los
huecos como indels (mutaciones de inserción o deleción) introducidas en uno o ambos
linajes en el tiempo que transcurrió desde que divergieron. El grado de similitud entre
los aminoácidos que ocupan una posición concreta en la secuencia puede
interpretarse como una medida aproximada de conservación en una región particular,
entre linajes. La ausencia de sustituciones, o la presencia de sustituciones muy
conservadas en una región particular de la secuencia indican que esta zona tiene
importancia estructural o funcional. Aunque las bases nucleotídicas del DNA y RNA son
más similares entre sí que con los aminoácidos, la conservación del emparejado de
bases podría indicar papeles funcionales o estructurales similares. El alineamiento de
secuencias puede utilizarse con secuencias no biológicas, como en la identificación de
similitudes en series de letras y palabras del lenguaje humano o en análisis de datos
financieros.