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Processus préanalytique en bactériologie

N. Hidri, M.-C. Ploy

Le processus préanalytique est critique en biologie médicale, avec différentes étapes, la prescription
médicale, le prélèvement, le transport et la réception, qui peuvent être diverses selon les structures.
Le biologiste, responsable de ce processus sur lequel il a souvent peu d’emprise, doit en définir les moda-
lités de réalisation et s’assurer de la formation des différents intervenants, pour un résultat optimal. En
bactériologie, ce processus s’intéresse à des organismes vivants, réagissant à leur environnement. Cette
discipline connaît quelques spécificités préanalytiques, du fait de la diversité des prélèvements et des
agents pathogènes, mais aussi de la difficulté potentielle de répétition du prélèvement. L’importance des
renseignements cliniques, et la diversité des situations infectieuses rencontrées mettent en exergue le
dialogue clinicobiologique.
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Mots-clés : Processus préanalytique ; Bactériologie ; Prélèvement bactériologique ; Transport bactériologique ;

Réception au laboratoire

Plan mais la diversité des prélèvements, la multiplicité potentielle des

■ Introduction
■ Processus préanalytique en biologie médicale
Prescription médicale
Prélèvement
Transport des échantillons
Réception au laboratoire
■ Particularités du processus préanalytique en bactériologie
Prescription médicale
Prélèvement
Transport des échantillons
Réception
■ Démarche qualité et processus préanalytique
■ Conclusion
 Introduction
La bactériologie est une discipline, avec la virologie et la
parasitologie–mycologie, qui s’intéresse à des organismes vivants,
facteur de variabilité pouvant être difficile à maîtriser.
Toutes les étapes de la prise en charge d’un prélève-
ment bactériologique doivent permettre une étude de la
population bactérienne pathogène, aussi bien qualitative (en
évitant les contaminations par le microbiote endogène) que
quantitative.
Les sites d’infection peuvent être très variés, entraînant donc
une diversité des matrices pour l’analyse bactériologique (sang,
liquides de ponction, urines, abcès, pièces anatomiques, etc.).
Pour un même échantillon biologique, les modes de prélèvement
peuvent varier (conditions aseptiques du bloc chirurgical ou pré-
levé au lit du patient, par exemple).
Le processus préanalytique, dont la responsabilité incombe au
biologiste, est critique dans la prise en charge d’un échantillon,
préleveurs peuvent conduire à une certaine difficulté de standardi-
1 sation des méthodes, mettant en lumière la nécessité du dialogue
clinicobiologiste.
1 Après avoir examiné les différentes étapes du processus pré-
1 analytique d’un examen biologique, nous mettrons en lumière
2 les particularités pour la discipline de bactériologie et aborderons
2 quelques aspects d’une démarche qualité concernant le processus
2 préanalytique.
3
3
3
4  Processus préanalytique
4
en biologie médicale
5
5 Les laboratoires de biologie médicale (LBM) sont inscrits
dans une démarche qualité avec obligation d’accréditation
depuis la parution de l’ordonnance du 13 janvier 2010. Les
référentiels opposables sont la norme NF EN ISO 15189 [1] et le
SH REF 02 [2] .
Le Guide de bonne exécution des analyses (GBEA) [3] reste oppo-
sable jusqu’à l’entrée effective du LBM dans l’accréditation.
Le processus préanalytique englobe les différentes étapes, de
la prescription médicale jusqu’à la prise en charge analytique au
laboratoire, avec le prélèvement, le transport et la réception de
l’échantillon. Ce processus préanalytique, ainsi que les proces-
sus analytique et postanalytique sont sous la responsabilité du
biologiste (Fig. 1).
Prescription médicale
Cette prescription peut être réalisée via une ordonnance,
un bon de demande ou une prescription informatisée (dite
connectée). Cette demande d’examen doit permettre, voire
inciter, le prescripteur à communiquer des renseignements cli-
niques, concernant les antécédents médicaux notables, la prise
d’antibiotiques et les hypothèses diagnostiques.

EMC - Biologie médicale 1

Volume 9 > n◦ 1 > mars 2014
http://dx.doi.org/10.1016/S2211-9698(13)56955-X
90-65-0087-A  Processus préanalytique en bactériologie
Figure 1. Principales étapes du préanalytique en biologie.
La prescription informatisée est une aide précieuse car elle éli-
mine certaines étapes de saisie par le LBM et peut contraindre le
clinicien à renseigner des champs obligatoires, à mentionner des
renseignements cliniques.
Le LBM doit mettre à disposition du prescripteur un cata-
logue des examens, recensant tous les examens réalisés in situ
et ceux externalisés, les conditions de prélèvement, les condi-
tions de transport, la fréquence de réalisation, le délai escompté
de rendu du résultat, la durée de conservation des échan-
tillons, avec une mention particulière pour les examens urgents.
Ce catalogue est un incontournable dans le cadre du contrat
clinicobiologique.
Le dialogue biologiste–clinicien est important d’autant plus que
la norme NF EN ISO 15189 et le SH REF 02 obligent le biologiste
à une prestation de conseils à la phase préanalytique comme
à la phase postanalytique. En effet, « le biologiste peut modi-
fier la prescription après accord du prescripteur, sauf urgence ou
indisponibilité, pour l’adapter aux recommandations de bonnes
pratiques » [2] . Ce dialogue peut être ponctuel, en rapport avec
une prescription, ou régulier via des rencontres clinicobiologiques
programmées. La traçabilité de ces échanges doit être effective
par le biologiste, via un archivage du résumé des conversations,
des notes d’information, ou des comptes rendus de réunion par
exemple.
Ce dialogue doit aussi permettre d’informer le clinicien de
toutes les modifications ou évolutions techniques, ayant un
impact sur le rendu des résultats. Une veille documentaire et tech-
nologique, via des abonnements à des revues scientifiques, des
participations à des congrès, etc., doit être enregistrée et s’inscrire
dans la formation continue et le maintien des compétences.
Prélèvement
Le prélèvement doit être réalisé par un personnel formé et
habilité, pouvant se référer à un manuel de prélèvement clair et
pédagogique décrivant les modalités de prélèvement, et disposant
de matériel adéquat.
2 EMC - Biologie médicale
Les préleveurs doivent respecter les précautions standards
d’hygiène.
Les échantillons doivent être identifiés avec le nom (nom mari-
tal et nom de naissance pour les femmes), prénom, date de
naissance et sexe du patient, ainsi que la date, l’heure de prélève-
ment, la nature et le site de prélèvement, l’identité du prescripteur
et du préleveur.
Deux situations coexistent dans le monde de la biologie :
• le prélèvement est réalisé par des préleveurs du LBM (sur son site
ou non). Le biologiste définit les modalités de prélèvement en
s’appuyant sur les recommandations. Le personnel préleveur
doit être habilité et les enregistrements de cette habilitation
doivent être archivés ;
• le prélèvement est réalisé par du personnel externe au LBM
(infirmière libérale ou d’un établissement hospitalier). Une
convention entre les différentes parties (clinicien, préleveur,
biologiste) doit être signée. Le personnel préleveur doit être
informé des modalités via la diffusion du catalogue des examens
et du manuel de prélèvement. Les preuves de cette diffusion
sont exigibles auprès du biologiste. Le matériel nécessaire aux
prélèvements doit être mis à disposition des préleveurs. Les
conditions de stockage de ce matériel doivent être établies (lieu,
durée, conditions de température, etc.).
Transport des échantillons
De manière générale, le délai d’acheminement doit être ren-
seigné (via l’heure de prélèvement et l’heure de réception au
laboratoire, par exemple). En effet, certaines analyses requièrent
un temps défini de réalisation depuis le prélèvement. Comme le
délai d’acheminement impacte le délai de rendu des résultats, il
doit être optimisé via un circuit organisé, particulièrement pour
les analyses urgentes.
Deux situations coexistent :
• le prélèvement est réalisé in situ dans les locaux du LBM. Le
délai de transport doit être négligeable ;
• le prélèvement est réalisé en dehors des locaux du LBM :
◦ le transport est réalisé par des coursiers dépendant du
LBM. Le biologiste définit les modalités de transport en
s’appuyant sur les recommandations, avec maîtrise du délai
d’acheminement, choix des conditionnements, traçabilité
des collectes, surveillance métrologique des températures de
transport (avec entretien des mallettes de transport, mainte-
nance des sondes de température),
◦ le transport est réalisé par du personnel externe au LBM.
Le LBM doit renseigner ses clients sur les conditions de
transport, et doit participer au choix des conditionnements
adaptés aux exigences biologiques.
Dans les structures hospitalières, un système de transport
des échantillons à type de pneumatique permet d’obtenir une
meilleure reproductibilité des durées de transport.
En cas de transport routier doivent être respectées les recom-
mandations du règlement « accord européen relatif au transport
international des marchandises dangereuses par route » (ADR).
Réception au laboratoire
La réception des prélèvements doit être accomplie par du
personnel formé et habilité. L’acceptation du prélèvement est
soumise au processus de gestion des non-conformités qui doit
être rigoureux, le biologiste engageant sa responsabilité lors de
l’acceptation d’un prélèvement.
Toute non-conformité doit être enregistrée. Les non-
conformités majeures (en particulier, les problèmes
d’identitovigilance) doivent motiver un refus du prélèvement ;
le prescripteur et/ou le préleveur en sont rapidement informés.
Une dérogation peut être acceptée par le biologiste devant un
prélèvement dit précieux (obtenu par des méthodes invasives par
exemple), dérogation qui doit être tracée.
Les non-conformités mineures ne remettent pas en ques-
tion la qualité du résultat analytique (par exemple, l’absence
d’identification du prescripteur, du préleveur, etc.).

Toutes ces non-conformités doivent être mentionnées dans le
compte rendu final.
La gestion des prélèvements est facilitée par les systèmes infor-
matiques des laboratoires (SIL).
L’enregistrement informatique peut être réalisé :
• par saisie manuelle – cette saisie doit alors être vérifiée par une
autre personne ;
• par saisie numérisée de la feuille de demande – cela doit per-
mettre de s’affranchir de la vérification de la saisie manuelle.
Les erreurs de saisie de coche par le clinicien sont difficilement
mises en évidence par le personnel du laboratoire, sauf en cas
d’incohérence de la demande ou de réclamation secondaire du
clinicien ;
• directement par le clinicien en cas de prescription connectée.
Dans le cadre d’analyses externalisées, un prétraitement du
prélèvement peut être réalisé pour respecter les préconisations
d’acheminement du laboratoire sous-traitant (aliquotage, centri-
fugation, conditionnement, etc.).
 Particularités du processus
préanalytique en bactériologie
Deux référentiels existent en bactériologie : le Référentiel en
microbiologie (REMIC) dont la dernière version française date
de 2010 [4] et la version européenne de 2012, et le Comité de
l’antibiogramme, Société française de microbiologie (CA-SFM) [5] ,
révisé tous les ans, pour la réalisation des antibiogrammes en
gélose.
Un groupe de travail de microbiologistes dénommé QUA-
MIC, sous l’impulsion de la SFM, établit un référentiel
pour l’accréditation en bactériologie et virologie, déclinant
les spécificités de ces disciplines pour tous les aspects de la
norme NF EN ISO 15189, référentiel soumis au Comité français
d’accréditation (Cofrac) [6] .
En bactériologie, il peut être difficile de renouveler le prélève-
ment en cas de non-conformités majeures. En effet, celui-ci peut
avoir été réalisé avant antibiothérapie, lors d’un geste invasif, pen-
dant une intervention chirurgicale...
La phase préanalytique est donc particulièrement critique,
nécessitant une vigilance du biologiste pour son bon déroule-
ment.
La biologie délocalisée est peu développée en bactériologie, et
ne fera pas l’objet de développement dans cet article.
Prescription médicale
Le dialogue clinicobiologique et/ou les renseignements cli-
niques sont importants lorsque certains germes de croissance
fastidieuse ou d’isolement peu fréquent (tels que les Nocardia spp.)
peuvent être impliqués, ou lorsque le patient a reçu des antibio-
tiques. Dans ces situations, le biologiste décidera des ajustements
pour la phase analytique : ensemencer des milieux nutritifs dif-
férents, supplémentaires ou particuliers, ou recourir à la biologie
moléculaire.
De même, pour les prélèvements précieux, obtenus par geste
invasif, la quantité recueillie peut être un facteur limitant
lorsqu’une recherche élargie est envisagée : cultures tradition-
nelles et/ou recherche de mycobactéries et/ou recherche par
biologie moléculaire. Le biologiste doit alors établir avec le cli-
nicien les objectifs de l’analyse, les priorités pour engager une
épargne de l’échantillon lors de la phase analytique.
L’exemple classique est la suspicion de méningite à méningo-
coque pour laquelle le patient a pu recevoir des antibiotiques dès
sa prise en charge médicale, avant même la ponction lombaire. La
recherche de méningocoque par biologie moléculaire directement
sur le liquide céphalorachidien (LCR) est alors souvent plus contri-
butive que la culture traditionnelle ou la recherche des antigènes
solubles.
Le positionnement des sérologies dans l’arsenal diagnostique
mérite d’être discuté entre le biologiste et le clinicien. En effet, le
diagnostic sérologique n’est souvent que rétrospectif, il nécessite
deux sérums à 15 jours d’intervalle (pour objectiver la séro-
conversion ou l’augmentation franche du titre des anticorps),
EMC - Biologie médicale
Processus préanalytique en bactériologie  90-65-0087-A
l’interprétation peut être difficile (exemples d’une sérologie de
Lyme positive dans une région de forte prévalence, d’une sérolo-
gie de coqueluche chez un patient vacciné, des réactions croisées),
les techniques analytiques évoluent. Récemment, la sérologie de
la coqueluche a été abandonnée au profit de la polymerase chain
reaction (PCR) dans la nomenclature des actes de biologie médicale
(NABM).
La biologie moléculaire est un outil diagnostique intéressant,
qui est largement promu auprès des cliniciens, qui doivent cepen-
dant être avertis des quelques limites analytiques :
• les PCR ciblées de bactéries sont plus sensibles que les PCR uni-
verselles 16S rDNA (échec de la PCR universelle sur un liquide
articulaire contrairement à la PCR ciblant Kingella kingae, échec
sur un LCR, contrairement à la PCR ciblant Listeria monocyto-
genes) ;
• toutes les matrices ne sont pas forcément candidates à
l’amplification moléculaire, comme le sang, les selles, en raison
de la présence possible d’inhibiteurs ;
• l’amplification ne distingue pas les cadavres bactériens des bac-
téries viables ; seule, la culture négative affirme l’efficacité d’un
traitement antibiotique.
Elle ne permet pas l’obtention d’un antibiogramme, requis
devant un échec thérapeutique notamment.
Le biologiste doit donc être partie prenante de la démarche
diagnostique lorsqu’il est question d’outils d’amplification molé-
culaire.
Prélèvement
Deux types d’échantillons peuvent être distingués en bactério-
logie.
Échantillons issus d’un milieu normalement stérile
Exemples : les ponctions (articulaire, pleurale, sanguine, du
LCR), l’examen cytobactériologique des urines (ECBU), etc.
La difficulté lors du prélèvement est de ne pas contaminer
l’échantillon par le microbiote bactérien endogène en respectant
des règles d’asepsie lors du prélèvement, en respectant un proto-
cole de prélèvement comme le recueil du deuxième jet urinaire
pour un ECBU (pour s’affranchir du microbiote urétral) ou en
utilisant des dispositifs de prélèvement protégeant l’échantillon,
comme les systèmes de double cathéter dans les prélèvements des
voies respiratoires basses.
Échantillons prélevés au sein du microbiote
commensal (cutané, respiratoire, digestif,
vaginal)
Les renseignements cliniques sont alors particulièrement appré-
ciés par le bactériologiste.
En effet, l’examen bactériologique a pour objectifs d’établir
une cartographie de la population bactérienne et de mettre en
évidence un pathogène reconnu, un déséquilibre du microbiote
(monomorphisme ? prédominance d’une espèce bactérienne ?).
Pour les prélèvements suppurés, deux situations sont à distin-
guer : collections fermées et plaies superficielles.
Dans les collections fermées, le recueil de pus par ponction doit
permettre une étude bactériologique satisfaisante.
Pour les plaies superficielles, logiquement contaminées,
l’intérêt d’un échantillon pour analyse bactériologique doit être
évalué. De même, les redons et autres matériels de drainage en
contact avec le microbiote cutané ne devraient pas être destinés à
une analyse bactériologique, après leur retrait.
Dans quelques situations, la répétition des prélèvements bacté-
riologiques est recommandée :
• lorsque la charge bactérienne est faible ou variable dans le
temps, comme pour la recherche de tuberculose (trois expec-
torations, ou trois tubages gastriques ou trois échantillons
urinaires) ou pour les hémocultures (trois paires d’hémocultures
permettent d’isoler 90 % des germes responsables du sepsis [7] ,
ou pour tout épisode infectieux, de 40 à 60 ml de sang doivent
être ensemencés [6] ) ;
• lorsque la pathogénicité des germes potentiels est faible, leur
isolement itératif peut être un argument pour affirmer leur rôle
3
90-65-0087-A  Processus préanalytique en bactériologie
Figure 2. Diagramme d’Ishikawa pour la phase préanalytique. REMIC : Référentiel en microbiologie ; CE : conformité européenne ; SIL : système informatique
des laboratoires ; PSM : poste de sécurité microbiologique.
infectieux. Dans les infections osseuses, pouvant impliquer des
germes commensaux, il est demandé au chirurgien de pratiquer
cinq prélèvements sur des sites différents lors de l’intervention
chirurgicale, et l’isolement du même germe (même identifica-
tion, même antibiogramme) sur au moins trois sites permet
de l’incriminer [4] . Pour un épisode infectieux, l’isolement du
même germe commensal ayant le même antibiogramme dans
au moins deux hémocultures est un argument important.
Certains examens bactériologiques s’adressant à des germes fra-
giles, comme le prélèvement urétral avec recherche de gonocoque,
exigent de mettre en place un circuit particulier de prélèvement,
qui doit être établi au préalable : réalisation au laboratoire pour
mise en culture immédiate ou transport au laboratoire dans un
système permettant sa survie (type Eswab) ou recherche exclusive
par biologie moléculaire.
Le matériel destiné au recueil des prélèvements bactériolo-
giques doit être stérile, à usage unique, avec marquage selon la
conformité européenne (CE). Le volume des contenants doit être
suffisant (notamment pour des biopsies), l’étanchéité doit être
satisfaisante (pot à coproculture pour le transport de selles diar-
rhéiques, pot à ECBU pour les urines, etc.), la péremption doit être
contrôlée, notamment pour les flacons d’hémoculture.
Transport des échantillons
Les conditionnements utilisés doivent permettre d’assurer
l’intégrité des échantillons pendant leur transport, les bactéries
étant sujettes aux conditions thermiques et atmosphériques.
Le temps de transport recommandé est inférieur à deux
heures [8] pour la majorité des prélèvements bactériologiques,
sinon des conditionnements adaptés doivent être instaurés pour
permettre la viabilité des germes et/ou l’inhibition de leur crois-
sance.
Les écouvillons simples ne permettent que la survie de bactéries
peu exigeantes (entérobactéries, Staphylococcus aureus, etc.). Les
écouvillons de type Eswab sont plus appropriés.
Dans la majorité des cas, le transport à température ambiante [4]
est suffisant.
Lorsque des conditions atmosphériques, de type anaérobiose,
sont requises, des conditionnements de type Portagerm ou
4 EMC - Biologie médicale
seringue sans bulle hermétiquement fermée sont recommandés.
Pour les ponctions, l’ensemencement du liquide directement en
flacons d’hémoculture par le préleveur, en parallèle à un échan-
tillon, peut être pratiqué. Pour les ponctions de liquide articulaire,
un échantillon transporté dans un tube contenant de l’héparinate
de sodium ou du citrate de sodium évite la coagulation et facilite
l’examen cytologique [9] .
Quant aux prélèvements pour lesquels une quantification bac-
térienne est nécessaire, l’inhibition de la croissance entre le
prélèvement et la mise en culture est essentielle, soit par trans-
port rapide au LBM (moins de deux heures), soit par utilisation
de milieux contenant des inhibiteurs (exemple des tubes boratés
pour les ECBU, ou des milieux spéciaux de type Amies).
Réception
Les locaux techniques du laboratoire de bactériologie doivent
répondre à des normes de sécurité, de type NSB II, avec poste
de sécurité microbiologique (PSM) de niveau II, accès limité aux
seuls travailleurs habilités, fenêtres fermées, portes verrouillables,
hublot de visualisation sur les portes [10] .
Le déballage des prélèvements à la réception doit être réalisé
dans un espace dédié, en portant des gants, à proximité d’un PSM
en cas de nécessité (emballage endommagé ?) [11] .
La réception dans un laboratoire de bactériologie demande
une formation spécifique du personnel, en raison de la grande
variété des natures d’échantillons (nécessitant des notions
certaines d’anatomie), la compréhension des renseignements
cliniques.
Du fait de la difficulté d’obtention de certains échantillons
(par voie invasive, au bloc opératoire, etc.) ou de la prise
d’antibiotiques dès le prélèvement, le biologiste est amené à
accepter un certain nombre de dérogations dans cette discipline.
Les renseignements cliniques sont importants pour la localisa-
tion de lésions telles qu’abcès, liquide de drain, etc. L’utilisation de
ces termes généraux n’est pas informative alors que la recherche
de bactéries, les milieux ensemencés dépendent du site de pré-
lèvement (normalement stérile ou contenant un microbiote
commensal).

 Démarche qualité et processus
préanalytique
La dynamique d’un système de management de la qualité tend
à l’amélioration continue via l’analyse des données (enregistre-
ments, contrôles de qualité, indicateurs), les actions correctives et
préventives, des audits internes et externes, la revue de direction.
Pour identifier les risques pouvant impacter le processus pré-
analytique, un diagramme dit d’Ishikawa ou méthode des cinq M
peut être utile (Fig. 2).
• Matière première : échantillons reçus pour analyse bactériolo-
gique.
• Main-d’œuvre : tout le personnel intervenant dans ce processus
préanalytique, appartenant ou non au LBM.
• Milieu : les différents endroits géographiques de ce processus
préanalytique, du patient à la réception au LBM, comprenant
le transport.
• Méthode : toutes les procédures mises en place s’appuyant sur
des recommandations, des référentiels.
• Matériel : tout le matériel destiné au prélèvement, à son trans-
port, sa réception, le SIL.
Comme dans toute démarche qualité, des évaluations for-
malisées et régulières doivent être instituées pour ce processus
préanalytique, avec, notamment, le suivi d’indicateurs, la réali-
sation d’audits (internes ou externes).
Les indicateurs qualité du processus préanalytique bactériolo-
gique peuvent concerner :
• les non-conformités majeures : nombre et services impliqués ;
• les non-conformités mineures : nombre et services impliqués ;
• les dérogations : nombre et services impliqués ;
• le délai de rendu de l’examen direct, particulièrement celui pour
les analyses urgentes, comme les ponctions lombaires, à corréler
au délai annoncé au clinicien ;
• la prestation de conseil via le nombre de demandes modifiées
par le biologiste au vu des renseignements cliniques ou après
entretien avec le clinicien ;
• le nombre de réclamations clients concernant ce processus ;
• les pratiques des préleveurs : taux de faux positifs diagnostiques
pour les hémocultures (nombre de flacons positifs avec des
germes commensaux cutanés considérés comme des contami-
nations).
 Conclusion
Comme pour toute la biologie médicale, le processus préana-
lytique est critique, mais particulièrement en bactériologie car
les prélèvements sont très divers et contiennent des organismes
vivants réagissant à leur environnement.
Les différentes étapes de ce processus doivent être maîtrisées
par les différents acteurs pour un résultat satisfaisant, d’autant
plus que la répétition du prélèvement est souvent impossible.
Les renseignements cliniques sont primordiaux pour aider le
microbiologiste à évaluer la population bactérienne potentielle-
ment responsable de l’infection et mettre à profit tout l’arsenal
analytique dont il dispose.
N. Hidri (nadia.hidri@chu-limoges.fr).
M.-C. Ploy.
Service de bactériologie, virologie, hygiène, CHU Limoges, 2, avenue Martin-Luther-King, 87042 Limoges cedex, France.
Toute référence à cet article doit porter la mention : Hidri N, Ploy MC. Processus préanalytique en bactériologie. EMC - Biologie médicale 2014;9(1):1-5
[Article 90-65-0087-A].
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Déclaration d’intérêts : les auteurs déclarent ne pas avoir de liens d’intérêts
en relation avec cet article.
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