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liliS SYNTHÈSE

médecine!sciences 1990 ; 6 : 46-54

Les antibiotiques inhibiteurs


de la synthèse protéique
L'analyse du mode d'action des antibiotiques inhibiteurs de la
synthèse protéique a permis de préciser le fonctionnement du
ribosome dans la réalisation des différentes étapes : initiation de
la traduction, élongation de la chaîne protéique et terminaison.
De nombreuses résistances aux antibiotiques sont dues à des
mutations des gènes chromosomiques, notamment ceux codant
pour les ARN ribosomiques 16S et 23S. Cela renforce l'idée que
les ARN pourraient participer en tant que tels à la catalyse de
diverses réactions du processus de traduction.

es antibiotiques ont (d) l'effet protecteur, exercé par cer­

L
connu un grand essor vers tains antibiotiques, sur les séquences
Carlo Cocito
la moitié de notre siècle, de l'ARNr exposées à des réactifs
Mario Di Giambattista suite à leur emploi dans la chimiques. Signalons qu'un article
thérapie des maladies publié dans cette même revue [4]
infectieuses. D'autre part, l'utilisa­ décrit en détail l'enchaînement des
tion des antibiotiques pour élucider acides aminés en polypeptides sur la
des fonctions cellulaires et les bases matrice d'ARNm, la molécule vec­
de la résistance bactérienne, a gran­ trice de l'information génétique.
dement contribué aux progrès de la Une série de facteurs de nature pro­
biologie moléculaire. Certains anti­ téique, catalysant l'initiation (IF),
biotiques sont en fait devenus des l'élongation (EF) et la terminaison
réactifs précieux pour suivre des acti­ (RF), ainsi que les aminoacyl-ARNt
vités enzymatiques et disséquer cer­ et les ribosomes 70S participent à
taines voies métaboliques [ 1 -3]. Les cette biosynthèse. Ces derniers sont
antibiotiques les plus étudiés sont constitués de deux sous-unités, 30S et
ceux qui interfèrent avec les réac­ 50S, se dissociant lors de la terminai­

1
tions d'édification des macro-molé­ son et se réassociant lors de l'initia­
cules (ADN, ARN, protéines) ou l'as­ tion [5].
semblage des membranes et des
parois cellulaires. Notre article se Antibiotiques inhibiteurs
portera sur les études récentes, visant de la petite sous-unité
à éclaircir le mécanisme d'action des ribosomique
principaux inhibiteurs de la synthèse
des protéines et les relations entre la La sous-unité 30S, impliquée dans le
structure et les fonctions de leur démarrage des chaînes polypeptidi­
cible, le ribosome (Tableau 1). Les ques [6], participe également, en

ADRESSE
différentes approches expérimentales union avec la sous-unité 50S, à
-------•
peuvent se résumer comme suit : l'élongation. Elle intervient à trois
C. Cocito : professeur ordinaire à l'université (a) les systèmes acellulaires de syn­ niveaux : (a) la liaison de l'ARNm
de Louvain. M. Di Giambattista : chercheur thèse protéique ; (b) le marquage des par l'intermédiaire de sa séquence
du Fonds national de la recherche scientifique. sites de fixation à l'aide d'antibioti­ « Shine-Dalgarno ». Cette liaison est
Unité de microbiologie générale et de géné­
tique moléculaire, faculté de médecine, ICP­
ques modifiés ; (c) l'analyse des dirigée par le facteur d'initiation
UCL 7449, avenue Hippocrate 75, B l 200 modifications ribosomales qui sont IF3 [6] ; (b) l'attachement de l'antico­
- Bruxelles, Belgique. responsables de la résistance ; .et don de l'aminoacyl-ARNt initiateur
46 mls n• 1 vol. 6, janvier 90
(fMet-ARNtF) au codon d'initiation
Tableau 1
AUG de l'ARNm, catalysé par le
facteur IF2 ; et (c) la fixation de SPÉCIFICITÉ R IBOSOMIOUE DES PRINCIPAUX
l'anticodon d'un deuxième aminoa­ INHIBITEURS DE LA TRADUCTION
cyl-ARNt (AA-ARNt) au codon cor­
respondant. Divers antibiotiques, 305 405 305/405
dont le site de liaison est localisé sur
la petite sous-unité, peuvent interfé­ Streptomycine Émétine Pactamycine
rer avec une ou plusieurs fonctions Spectinomycine Tubulosine Édéine
de celle-ci : les aminoglycosides, les Kasugamycine Tylophorine
tétracyclines, l'édéine et la colicine B Colicine E3
( Tableau II). 50S/60S
50S 60S
Les aminoglycosides. Les membres
les plus connus de cette famille sont : Chloramphénicol Cycloheximide Puromycine
(a) la néomycine et la paromomy­ Macrolides Anisomycine Sparsomycine
Érythromycine Abri ne Acide fusidique
cine ; (b) les kanamycines, les genta­
Carbomycine Ricine Amicétine
micines et la tobramycine ; (c) la Spiramycine Sarcine alpha B lasticidine S
streptomycine, la kasugamycine, Tylosine Bottromycine
l'hygromycine et la spectinomycine.
Les aminoglycosides produisent Lincosamides
essentiellement trois types d'effet Li ncomycine 30S/50S 30S/50S
toxique s u r l a cel l u l e m i c r o ­ Clindamycine 40S/60S
bienne [7] : (a) une altération de la
Streptogram ines
membrane, qui se traduit par une Pristinamycines 1
modification de la perméabilité ; (b) Pristinamycines Il Aminoglycosides Tétracyclines
une inhibition du métabolisme des Vernamycines Gentamycine
acides nucléiques (ADN et ARN) ; et Staphylomycines Kanamycine
(c) un effet sur la synthèse des pro­ Virginiamycines Néomycine
téines (arrêt complet ou formation de M ikamycines
protéines erronées). La streptomy­ Thiostreptone Viomyci ne
cine, remède antituberculeux bien
Les principaux inhibiteurs de la biosyn­
thèse des protéines sont classés selon
Tablea u I l la nature de la cible. Un grand nombre
montre une action très sélective, dans
MODE D'ACTION DES PRINCIPAUX INHIBITEU RS la mesure où ils agissent exclusivement
DE LA TRADUCTION CHEZ LES PROCARYOTES sur les ribosomes des procaryotes ou
eucaryotes ; par contre, d'autres peu­
I nhibiteur Étape Mode d'action vent interférer avec les différents types
de ribosome. D'après la référence [2]
Streptomycine Initiation Erreur de lecture
Kasugamycine Initiation Déstabilise la liaison du fMet-ARNt
Colicine E3 Initiation Clive l 'extrémité 3 ' de I'A RNr 1 6S
Édéine Élongation I n hibe la liaison des substrats aux
sites A et P
connu, induit dans la cellule micro-
Tétracyclines Élongation I nhibe la liaison de I'AA M-ARNt au bienne ces trois types d'effet. La
site A
forma t i o n d ' u n compl exe 3 0 S .
Puromycine Élongation (DPT) Agit comme u n analogue de I'AA- streptomycine empêche l a fixation
AR Nt d'ARNm et de fMet-ARNt et bloque
Chloramphénicol Élongation (DPn Influence la cinétique de formation ainsi l'initiation de la traduction.
du lien peptidique
L'induction d'erreurs de lecture a été
Érythromycine et Élongation (DPn Influencent la formation du l ien pep- attribuée à la fixation de l 'antibioti-
Streptogramines B tidique via le site P que sur la protéine S l 2 de la sous-
Streptogramines A Élongation (DPT) Interfèrent avec la liaison des subs- unité 30S, laquelle contrôle la fidé-
trats aux 2 sites du DPT
lité d'appariement codon-anticodon.
Acide fusidique Élongation B loque le facteur EF-G sur le ribo- L'acheminement vers la membrane
sorne . des faux peptides ainsi produits aug­
Thiostreptone Élongation Empêche la liaison du facteur EF-G menterait sa perméabilité et entraîne-
Kirromycine Élongation Bloque le facteur EF-Tu sur le ribo- rait un blocage de tous les ribosomes,
sorne via un processus autocatalytique [7].
DPT est J'abréviation de « domaine de la peptidyl-transférase " qui englobe le site de liaison Ni la kasugamycine, un inhibiteur
de /'aminoacyi-ARNt, celui du peptidyi-ARNt ainsi que le centre catalytique. spécifique de l ' initiation, ni la -

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RÉFÉRENCES ------• spectinomycine, un inhibiteur de la tinomycine ( C l 063), de la néomy­
translocation, n'induisent l 'accumu­ cine, paromomycine, gentamycine et
lation de polypeptides erronés, alors kanamycine (Al 408 et G l494) ont
l . Vazquez D. Inhibitors of proteins synthe­
sis. Molecular biology biochemistry and bio­
que la néomycine cause des erreurs ainsi été identifiés ( Tableau Ill). Il est
physics, vol. 30. Berlin, Heidelberg, New de lecture et bloque la transloca­ opportun de noter que les bases
York : Springer Verlag, 1979 : 3 1 2 . tion [2]. Lorsque des bactéries sensi­ A l 408 et G 1494, également protégées
bles sont cultivées en présence de par l'ARNm dans l 'approche suivie
2. Gale EF, Cundliffe E, Reynolds PE, Rich­
mond MH, Waring MJ. The molecular basis
streptomycine, on peut observer l'ap­ par NoUer, semblent faire partie du
of antibiotic action, 2nd ed. London, New parition de mutants dépendants et de site A (site de décodage).
York, Sydney, Toronto : Wiley, 1981 : 646. mutants résistants à l'antibiotique. Ces conclusions se voient confirmées
La plupart des mutants résistants par les résultats du marquage d'affi­
3. Pestka S. lnsights into protein biosynthesis
and ribosome function through inhibitors.
aux aminoglycosides contiennent nité du ribosome à l'aide de la strep­
Progr Nucleic A cid Res Mol Biol 1 976 ; 1 7 : des plasmides codant pour des tomycine [ 1 4] et de l 'analyse des
2 1 7-45. enzymes de phosphorylation, d'acé­ mutants de résistance aux aminogly­
tylation ou d'adénylation [8]. Dans cosides [15).
4. Di Giambattista M, Cocito C. Le ribosome
bactérien : structure et fonctions. médecine1
les cas de résistance chromosomi­ Les tétracyclines. Les tétracyclines,
sciences 1 989 ; 5 : 662-9. que*, des mutations au niveau des de large emploi thérapeutique, se
gènes codant pour les composants fixent aux sous-unités 30S et sont
5. Moore PB. The ribosome returns. Nature ribosomaux, ARNr 1 6S et protéines considérées comme des inhibiteurs
1 988 ; 331 : 223-7.
S, ont été décrites. En effet, des modi­ du site A [ 1 ]_ En fait, la liaison du
6. Steiu JA, jakes K. How ribosomes select fications dans les protéines S5 (spec­ complexe a m i noacy l - A R N t . E F­
initiator regions in mRNA : base pair forma­ tinomycine), S6 (kanamycine), S l 2 Tu.GTP aux ribosomes programmés
tion between the 3' terminus of 1 6S rRNA (strepLOmycine), S l 2 e t S l 7 (néa­ (70S-ARNm), est inhibée par les
and the mRNA during initiation of protein
synthesis in E. coli. Proc Nat/ Acad Sei USA
mine) et L6 (gentamycine) ont été tétracyclines_ Ces mêmes antibioti­
1975 ; 72 : 4734-8. mises en évidence. Moazed et Nol- ques interfèrent aussi avec la termi­
1er [13] ont analysé les effets protec­ naison, une étape se déroulant éga­
7. Davis BD. Mechanism of bactericidal teurs exercés par certains aminogly­ lement au niveau du site A. Des
action of aminoglycosides. Microbiol Rro
1987 ; 5 1 : 341-50.
c o s i de s s u r l e s mod i f i c a t i o n s expériences récentes ont identifié la
chimiques de l 'ARNr 16S. Les sites base A892 de l'ARNr 1 6S comme
8. Davies J, Smith Di. Plasmid-determined de fixation de la streptomycine (bases faisant partie du site de liaison de ces
resistance to antimicrobial agents. Ann Rro A9 13-915 de l'ARNr 1 6S), de la spec- antibiotiques [1 3]. Cela implique une
Microbiol 1978 ; 32 : 469-518.

9. Cannon M, Cabezon T, Bollen A. Map­


ping of neamine resistance : identification to Tableau Ill
two genetic loci, nea A and nea B. Molec.
Gen. Genet. 1974 ; 130 : 321 -324. SITES DE LIAISON DES ANTIBIOTIQUES ET FONCTIONS
RIBOSOMIQUES ASSOCIÉES
10. Bückel P, Bucheberg A, Bock A, Witt­
mann MG. Alteration of ribosomal protein Antibiotique ARNr M utation Protection Fonction
L6 in mutants of E. coli resistant to genta­
mycin. Molec. Gen. Genet. 1 977 ; 1 58 : 47-54. Streptomycine 1 6S C91 2 9 1 1 -9 1 5 Décodage
l l . Ozaki M, Mizushima S, Nomura M. Iden­ Hygromycine 1 6S U 1 495 1 494, 1 498 Décodage
tification and functional characterization of Paromomycine 1 6S C 1 409 1 408, 1 494 Translocation
the protein controlled by the streptomycin­ C1 49 1
resistant locus in E. coli. Nature 1 969 ; 222 :
Tétracyclines 1 6S 1 052-1 054 Site A (lia ison de
333-339.
892 I'AA-ARNt)
12. Bollen A, Davies J, Ozaki M, Mizushima Édéine 1 6S 693, 926 Site P (liaison du
S. Ribosomal protein conferring sensitivity to 794-795 peptidyi-ARNt)
antibiotic spectinomycin in E. coli. Science
Spectinomycine 1 6S C 1 1 92 1 063-1 064 Translocation
1 969 ; 1 65 : 85-86.
Colicine E3 1 6S cl ive entre A 1 493 et G 1 494 Liaison de I'ARNm
13. Moazed D, Noller HF. Interaction of anti­
biotics with functional sites in 1 6S ribosomal Macrolides 23S Domaine de
RNA. Nature 1987 ; 327 : 389-94. Érythromycine A2Œ8,G2œ7 2059, 2058
Spiramycine A2Œ8,C261 1 la
Carbomycine 2058-2062
Lincosamides 23S A2058 peptidyl-
Streptogramines 23S A2058 752,2062
C hloramphénicol 23S A2057,2504 2059-245 1 transférase
* La résistance est plasmidique lorsqu'elle est

due à l'expression d'un gène porté par un


plasmide, élément génétique extrachromoso­ Thiostreptone 23S A1 067 2505,2062 Centre d'hydrolyse
mique à réplication autonome ; elle est dite du GTP
chromosomique lorsqu'elle est expliquée par
l'action ou la mutation d'un gène localisé Les différentes mutations ainsi que les résultats de protection qui ne sont pas repris dans
- dans le chromosome bactérien. ce Tableau se trouvent sur la figure 2.
48 ml s n• 1 vol. 6, janvier 90
proximité des régions 890 et 1492 au synergimycines, ou streptogramines synthèse et utilisé en thérapeutique,
sein de la structure tridimensionnelle et chloramphénicol) inhibent la for­ est considéré comme l'inhibiteur de
de l'ARNr l6S ( Tableau Ill). Il est mation du l ien peptidique référence de la peptidyl-transférase.
opportun, toutefois, de citer le cas ( Tableau Il). On pourrait les classer Cet antibiotique inhibe, dans les sys­
d'une mutation dans la protéine S l O, en inhibiteurs du site accepteur, du tèmes acellulaires, la synthèse protéi­
laquelle serait responsable de la résis­ site donneur ou du centre catalytique que dirigée par des messagers natu­
tance chromosomiale aux tétracy­ de l'enzyme, mais il est opportun, à rels ou synthétiques, et, dans la
clines [2]. ce stade, de mentionner que certains « réaction du fragment >�, la forma­
L'édéine. Cet antibiotique inhibe antibiotiques interfèrent avec les tion de la liaison peptidique [2 1 ]. Un
l 'attachement du fMet-ARN t au deux sites à la fois. Ce comportement certain nombre de protéines de la
complexe 30S.ARNm : l'initiation peut s'expliquer à l 'aide d'un nou­ sous-unité SOS (L2, L4, L I S, L I 6,
est ainsi bloquée. Comme les tétracy­ veau modèle de la peptidyl-transfé­ LIS et L27) ont été localisées dans le
clines, l'édéine interfère avec l 'élon­ rase qui prévoit un échange alterna­ domaine présumé de la peptidyl­
gation des chaînes peptidiques, mais tif des positions et fonctions des sites transférase. Les protéines identifiées
au niveau du site P. Elle est de ce fait d o n n e u r e t accepteur de l ' en­ par marquage d'affinité à l 'aide de
considérée comme un inhibiteur spé­ zyme [ 1 9]. divers analogues du chloramphéni­
cifique de la fonction de ce site [ 1 6]. col ont été : L2, L6, L I 6, L24 et
La puromycine. Cet antibiotique est
S i gnalons enfin que les bases L27 [2]. Des recherches récentes [22]
devenu un outil essentiel en biologie
A794/C79S et G926 font partie du montrent un effet protecteur exercé
moléculaire. En tant qu'analogue
s i te de fixation de l ' édéine par le chloramphénicol sur les
structural du phénylalanyl-ARNt, il
( Tableau Ill) et donc du site P des nucléotides A24S l et G2SOS de
se lie au site A ; la réaction de pep­
ribosomes. l'ARNr 23S. De nombreuses muta­
tidisation qui s'ensuit aboutit à la
La colicine E3. Contrairement à la
tions, conférant la résistance au chlo­
formation de peptidyl -puromy­
ramphénicol (G2447, A24S l , C24S2,
plupart des antibiotiques, qui sont cine [20]. Le détachement des chaînes
A2S03 et U2S04) ou aux antibioti­
de petites molécules agissant de polypeptidiques incomplètes expli­
ques du groupe MLS (figure 2) lais­
façon stœchiométrique, les colicines que l 'inhibition de la synthèse pro­
sent penser que la boucle de la
sont des protéines de haut poids téique se produisant in vivo en pré­
région V de l 'ARN 23S (bases 24S0-
moléculaire dont l 'action est cataly­ sence de l 'antibiotique. Dès lors, la
2 6 1 0 ) fai t partie i n tégrante du
tique. La colicine E3 doit être consi­ puromycine est considérée comme
domaine de la peptidyl-transférase,
dérée comme une ·endoribonucléase un réactif de choix de la réaction de
dont le centre catalytique constitue­
spécifique, clivant l 'ARNr l 6S à transfert de peptidyles et de l'identi­
rait le site de fixation du chloram­
proximité de son extrémité 3'-termi­ fication des sites A et P. En effet, un
phénicol.
nale [ l 7, 1 8] (jigure l ). Rappelons peptidyl-ARNt confiné au site A ne
que l'hypothèse d'un appariement peut réagir avec la puromycine : cette
Les macrolides. Les macrolides, cou­
entre l'ARNr l 6S et la séquence réaction devient en revanche possible
ramment utilisés en médecine, se
Shine-Dalgarno de l 'ARNm a été à la suite de l'addition de EF-G et du
c o m po s e n t de p l u s i e u r s s o u s ­

1
vérifiée grâce à l'utilisation de la GTP, qui produisent la transloca­
groupes selon le nombre d'atomes de
colicine E3 [6]. tion de peptidyl-ARNt au site P.
leur macrocycle lactonique : 1 2 (M1 2,
Dans le modèle appelé « réaction du
méthymycine), 14 (M 14, érythromy­
fragment ��. un oligonucléotide por­
Antibiotiques inhibiteurs cine, oléandomycine) ou à 1 6 atomes
teur d'un acide aminé acylé (tel le
de la grande sous-unité (M 1 6, carbomycines, leucomycines,
CCA-fMet représentant l 'extrémité
ribosomique spiramycines, tylosines). Seuls les
3' OH de l'ARNt initiateur) réagit
dérivés M16 inhibent la synthèse pro­
avec la puromycine en présence de la
téique dans le système acellulaire de
sous-unité ribosomique SOS et donne
Au cours de la synthèse protéique, la Nirenberg, la réaction à la puromy­
lieu à la formation de la fMet-puro­
sous-unité SOS se lie au complexe cine et la réaction du fragment [2 1 ].
mycine [2 1 ]. Le chloramphénicol et
d ' initiation ( A R N m . 30S. fMet­ Des travaux récents ont montré, tou­
certains antibiotiques du groupe
ARNt) : les facteurs d'initiation sont tefois, que l 'érythromycine (dont le
MLS (voir glossaire, p. 54), qui blo­
recyclés et la phase d'élongation mécanisme d'action est semblable à
celui des synergimycines B) produit
quent la synthèse de peptidyl-puro­
débute. Celle-ci comporte trois
mycine et la réaction du fragment,
étapes : (a) l'attachement de l 'amino­ in vitro une nette inhibition de la
sont considérés comme des inhibi­
cyl-ARNt (AA-ARNt) au site A, synthèse protéique dirigée par des
teurs de la peptidyl-transférase [21 ].
dirigé par le facteur EF-Tu ; (b) la copolymères et un détachement pré­
Les protéines L l l , L23 et S l 4 ainsi
formation du lien peptidique entre maturé des chaînes peptidiques en
q u ' u n s e g m e n t de l 'A R N r 2 3 S
le fMet-ARNt au site P et l'AA-ARNt formation (voir les synergimycines
de type B) [23, 24]. Les macrolides
feraient partie d u site d'attachement
au site A, catalysée par la peptidyl­
de la puromycine sur le ribosome
transférase ; et (c) la translocation du s o n t d o n c d e s i n h i b i te u r s d u
70S [2].
peptidyl-ARNt, du site A au site P, domaine de la peptidyl-transférase.
grâce au facteur EF-G. La majorité Le chloramphénicol. Le chloram­ Un type commun de résistance aux
des antibio tiques agissant à ce phénicol, qui fut le premier antibio­ macrolides, lincosamides et synergis-
niveau (macrolides, lincosamides, tique à large spectre produit par tines de type B est très répandu au ---

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Figure 1 . Modèle de la structure secondaire de I'ARN 16S de E. coli[44]. Les mutations conférant à divers organismes
la résistance aux inhibiteurs de la petite sous-unité ribosomique sont signalées par une flèche grasse. Les bases, dont la
réactivité vis-à-vis de certains agents chimiques est modifiée par la présence de divers antibiotiques sur le ribosome, sont
signalées par une flèche fine (Tableau Ill). Ede = édéine ; Spc = spectinomycine ; Sm = streptomycine ; Neo = néomycine ;
Pm = paromomycine ; Hm = hygromycine ; Tet = tétracycline. L'indice supérieur () indique la résistance à l'antibiotique.
50 mls n• 1 vol. 6, janvier 90
sein des procaryotes (phénotype
C-G 2450
MLS ��). La résistance à ces trois
CAR 2060 C-G C-G
A mU 1
«

CAM
1A G ®
familles, lorsque sélectionnée au
laboratoire, peut être due à la modi­ ERY A®
r
fication des protéines ribosomales L4
ou L22 [25] ou de l'ARNr 235 (voir
ERY
L fi:'. 1
CAM 1 C
CAM A 2460
CAR

tableau III) [26-29].
A CAR -®i e::: G 1
Cette analyse génétique est confir­ GC AGA C GG 0_ l u GCU GAU
1 1 1
VER
mée par la protection des bases CAM
CGG UUG
1 1

U
A2058/59 et G2505 de l'ARNr 235,
exercée par l'érythromycine, et celle A
des bases A2058/59/62 et G2505 du Cm
même ARNr, par la carbomycine c
[22] : ces bases appartiennent à la
cu l
2500
boucle de la région V de l'ARNr 235,
que l'on situe dans le domaine de la
peptidyl-transférase). En revanche, la
résistance naturelle (souches isolées
en milieu hospitalier, organismes
producteurs des MLS) est souvent
associée à la diméthylation de
l'A2058 de l'ARN 235 [30, 3 1 ]. Ce
type de résistance, ses mécanismes de
C-G 2450
2060 C-G
régulation et son évolution ont été

A C-@] A m A1
très largement décrits [32, 33, 34].
1 R
MLS R
G
1CAM R u ooC ___jCAM
Les lincosamides ont un mécanisme
A
GL
d'action semblable aux macrolides et
2050 A CAM R @A 2460
L
partagent la même cible (compéti­
tion entre les MLS lors de la liaison
1A @ ERY R G 1
au ribosome). Divers mutants de E.
G C A G A C G@] G C U G A U
R
C G U C U A C@]- ERY
coli, résistants à la lincomycine ont
CGG UUG
1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1

� c 1ERY R
été isolés. La résistance est liée à la
modification des protéines riboso­ A u
males 57, L4 et LIS [35] ou, comme 1
2610 G
U SPM R C m
déjà mentionné plus haut dans le cas C
des macrolides, à des modifications G
cu l
U eG
dans l'ARN 23$.
U G 2500
Les synergimycines. Les antibioti­
C AA A U _Œl-, R
ques de cette famille (mikamycines, G
1 U U l!!J=
- cAM
pristinamycines, synergistines, strep­ a G-U G
togramines, vernamycines, virginia­ 2590 G-C
mycines) contiennent deux types de 2580 - U-G
composés, A et B, qui agissent en
Figure 2. Portion (boucle V) de la structure secondaire de I'ARN 23S de
synergie. Séparément, A et B possè­
E. coli [44]. Les bases, dont la réactivité, vis-à-vis de divers agents chimiques, est
dent un pouvoir bactériostatique,
alors que le mélange A + B est
modifiée, sont répertoriées dans la partie A. Les mutations conférant la résistance
à divers inhibiteurs du domaine de la peptidyl-transférase (chloramphénicol et MLS)
jusqu'à cent fois plus actif que ses sont reprises dans partie 8 (Tableau I ll). une portion de la région Il de f'ARN 235
composants séparés et peut se révéler (730 à 760) est également représentée en A. Les séquences encadrées semblent,
bactéricide [36]. Quelles sont les bases en effet, se situer à proximité, au sein de la structure du ribosome, comme
moléculaires du synergisme des com­ l'indiquent les résultats de divers pontages et la présence de la base A 752, protégée
posés A et B ? On sait que les ribo­ par la vernamycine B. MLS = macro/ides, lincosamides et streptogramines 8 ; CAM
somes, incubés avec les dérivés A, = chloramphénicol ; ERY = érythromycine; CAR = carbomycine ; VER = verna­
mycine 8 ; SPM = spiramycine. L'indice supérieur () indique la résistance à
fixent les composés B avec une l'antibiotique.
constante d'affinité augmentée envi­
ron 10 fois [36]. Des expériences de considérées comme des inhibiteurs Elles favorisent aussi l'éjection du
cinétique rapide ont permis d'expli­ de la peptidyl-transférase, dont l'ac­ peptidyl-ARNt du site P par le biais
quer ce phénomène en postulant un tion se situe tant au site A qu'au site de la translocation. En l'absence
changement conformationnel du P [37]. Tout en n ' ayant aucune d'inhibi teurs, les dérivés acylés .
ribosome induit par la liaison des influence sur la liaison enzymatique d'ARNt se lient normalement de
dérivés du type A [4 1 ]. Les synergi­ de l'AA-ARNt au site A, elles indui­ façon stable aux sites donneur et
mycines du type A peuvent être sent en revanche son décrochage. accepteur de la peptidyl-transférase
mls n• 1 vol. 6, janvier 90 51
RÉFÉRENCES ------•

Polysomes
14. Grave! M, Melançon P, Brakier-Gingras
L. Crosslinking of streptomycin to the 1 6S
�&M?��)
��- Protéines
ribosomal RNA of Escherichia coli. Bioche­
mistry 1987 ; 26 : 6227-32.
l5l50000l5'
ARNm + ARNt
v
15. Thompson J, Skeggs PA, Cundliffe E.
Methylation of 16S ribosomal RNA and resis­
�-• ARNt
tance to the aminoglycoside antibiotics gen­ + GDP + P1
EFG + GTP
tamicin and kanamycin determined by DNA
from the gentamicin-producer Micromonos­
pora purpurea. Mol Gen Genet 1985 ; 201 :
1 68-73.

16. Szer W, Kurylo-Borowska Z. Effect of


edeine on aminoacyl-tARN binding to ribo­
. somes and its relationship to ribosomal bin­
ding site. Biochem Biophys Acta 1970 ; 224 :
477-86.

1 7. Bowmann CM, Dahlberg JE, Ikemura T,


Konisky J, Nomura M. Specifie inactivation
of 16S rRNA induced by co!E3 in vivo. Proc

GDP + Pi
Natl Acad Sei USA 1 97 1 ; 68 : 964-8.

1 8. Senior BW, Holland lB. Effect of co!E3


upon the 30S ribosomal subunit. Proc Natl
Acad Sei USA 1971 ; 68 : 959-63.

19. Chinali G, Di Giambattista M, Cocito C. Le cycle ribosomal et les principaux inhibiteurs de la biosyn­
Figure 3.
Ribosome protection by tRNA derivatives thèse des protéines. L 'action des principaux antibiotiques, interférant avec la
against inactivation by virginiamycin M. Evi­ biosynthèse des protéines, est schématisée par les flèches rouges. Col E3 =
dence for 2 types of interaction of tRNA with colicine E3 ; Ami = aminoglycosides ; Pur p:.Jromycine ; Ede = édéine ; Kir
= =

the donor site of the peptidyltransferase. Bio­ kirromycine ; Tet= tétracycline ; MLS8 = macro/ides, lincosamides et streptogra­
chemistry 1 987 ; 26 : 1592-7.
mines du type 8 ; SA = streptogramines du type A ; Cam chloramphénicol; Thi
=

= thiostreptone ; Fus = acide fusidique.


20. Traut RR, Monro RE. The puromycin
reaction and its relation to protein synthesis.
] Mol Biol 1964 ; 10 : 63-72.

2 1 . Monro RE, Vazquez D. Ribosome-cataly­


zed peptidyl-transfer : effect of sorne inhibi­
tors of protein synthesis. ] Mol Biol 1967 ; 28 :
alors que cette liaison est défavorisée
en présence des synergimycines
A [38, 39].
1 Antibiotiques inhibiteurs
des facteurs d'élongation
1 6 1 -5. Selon des études récentes, les syner­
gimycines de type B doivent aussi Certains antibiotiques interfèrent
22. Moazed D, Noller H F. Chloramphenicol, avec les étapes d'élongation en se
erythromycin, carbomycin and vernamycin B être considérées comme des inhibi­
teurs de la peptidyl-transférase [23]. liant soit aux facteurs d'élongation
protect overlapping sites in the peptidyl
transferase region of �JS ribosomal RNA. De plus, ces antibiotiques stimulent (la kirromycine, par exemple), soit à
Biochimie 1987 ; 69 : 879-84. le relâchement des chaînes peptidi­ proximité des sites de EF-Tu et de
ques en formation au niveau d'acides EF-G sur la sous-unité ribosomique
23. Chinali G, Nyssen E, Di Giambattista M, 50S (acide fusidique et thiostreptone)
Coccito C. Inhibition of polypeptide synthe­
aminés basiques [23]. Le site d'atta­
chement des synergimycines B a été ( Tableau III).
sis in cell-free systems by virginiamycin S and
erythromycin. Evidence for a common mode localisé à la base de la protubérance La kirromycine, inhibiteur spécifi­
of action of type B synergimycins and 1 4- centrale, l'emplacement présumé de que de l'EF-Tu, interfère avec la liai­
membered macrolides. Biochim Biophys Acta la peptidyl-transférase [40]. Cette son de l ' aminoacyl-ARNt (AA­
1 989 ; 949 : 7 1 -8. observation a été confirmée par les ARNt) au site A, qui comporte plu­
résultats d'expériences de protection sieurs étapes : (a) liaison du com­
24. Menninger JF, Otto D.P. Erythromycin,
carbomycin and spiramycin inhibit protein exercée par la vernamycine B sur les plexe AA-ARNt. EF-Tu.GTP au site
synthesis by stimulating the dissociation of bases A752, A2062 et G2505 de A ; (b) hydrolyse du GTP ; (c) déta­
peptidyl-tRNA from ribosomes. Anti. Agents l'ARNt 23S vis-à-vis de l'action de chement de EF-Tu.GDP ; et (d) fixa­
and Chemo. 1 982 ; 2 1 : 8 1 1 -8 1 8. divers agents chimiques [22]. Ces tion stable de l'AA-ARNt au site
bases sont situées dans les boucles II accepteur de la peptidyl-transférase.
25. Wittrnan MG et al. Biochemical and
genetic studies on two different types of ery­
et V de l'ARNr 23S. Des mutations En présence de kirromycine (Kir), il
thromycin resistant mutants of E. coli with conférant une résistance à ces anti­ y a formation d'un complexe AA­
altered ribosomal protein . Molec. Gen. Genet. biotiques ont été repérées dans la ARNt.GTP. EF-Tu.Kir qui se lie au
- 1974 ; 127 : 1 75- 1 89. boucle de la région V [26] (figure 2). site A et induit l'hydrolyse du GTP.
52 mls n° 1 vol. 6, janvil!f 90
RÉFÉRENCES ------- La séquence de réactions s'arrête à ce protéines présentent, non seulement
niveau ; le complexe étant bloqué sur un intérêt thérapeutique évident,
le ribosome, l'AA-ARNt ne peut mais leur utilisation dans les sys­
prendre part à la formation de la tèmes acellulaires de synthèse protéi­
liaison peptidique [42]. que a contribué à l'élucidation des
L'acide fusidique, un des rares anti­ mécanismes de la traduction.
26. Cundliffe E. On the nature of antibiotic
biotiques à structure stéroïdique, Au travers des diverses spécificités
binding sites in ribosomes. Biochimie 1987 ; d'action (nature de la cible, étape de
69 : 863-9. interfère avec la translocation qui
dépend de l'EF-G. Dans des condi­ la traduction, influence de la fidélité
27. Skinner R, Cundliffe E, Schmidt FJ. Site ions physiologiques, la réaction de ou de l'efficience de la traduction),
of action of a ribosomal RNA methylase
peptidisation aboutit à un com�lexe on peut constater qu'il existe autant
responsible for resistance to erythromycin de familles d'inhibiteurs que de réac­
and other antibiotics. ] Biol Chem 1983 ; 258 : d'élongation porteur d'un pepudyl­
1 2702-6. ARNt au site A et d'un ARNt déacylé tions clefs dans le processus de tra­
au site P. La fixation de EF-G.GTP duction.
28. Ettayebi M, Prasad SM, Morgan EA. Les antibiotiques, que l'on peut
Chloramphenicol-erythromycin resistance au site A entraîne l'hydrolyse du
GTP et la translocation du peptidyl­ considérer comme autant d'inhibi­
mutations in a 23S rRNA gene of E. col1. ]
Bacteriol 1985 ; 162 : 551 -7. ARNt du site A au site P, avec éjec­ teurs enzymatiques, se sont avérés
tion simultanée de l'ARNt déacylé. d'excellents outils, afin d'étudier les
29. Sigmund CD, Morgan EA. Erythromycin différents centres actifs du ribosome.
resistance due to a mutation in a ribosomal En se liant au ribosome, à proximité
du site A, l'acide fusidique empêche Dans ce contexte, l'analyse des modi­
RNA operon of E. coli. Proc Natl Acad Sei
USA 1 97 1 ; 68 : 856-860. la répétition de ces réactions néces­ fications ribosomales, rencontrées
saires pour l'insertion de chaque chez divers mutants résistants, s'est
30. Lai CJ, Weisblum B. Altered methylation révélée très précieuse. En effet, de
of ribosomal RNA in an erythromycin-resis­
acide aminé dans la chaîne peptidi­
que en croissance [2]. nombreuses mutations, conférant la
tant strain of Staphylococcus aureus. Proc
Natl Acad Sei 1971 ; 68 : 856-860. résistance aux inhibiteurs de la tra­
La thiostreptone inhibe les fonctions
duction, se localisent au niveau des
3 1 . Lai CJ, Weisblum B, Fannestock S R, des deux facteurs d'élongation EF­ ARNr, alors que le rôle de ces der­
Nomura M. Alterations of 23S ribosomal Tu et EF-G. Ce double effet s'expli­ niers au sein du ribosome avait long­
RNA and erythromycin induced resistance to que par une impossibilité de liaison
Iincomycin and rifampicin in S. aureus. ] temps été réduit à un rôle strictement
Mol Biol 1973 ; 74 : 67-72.
simultanée des facteurs EF-Tu et EF­ structural, les protéines ribosomales
G au ribosome. Le recouvrement assurant, seules, les fonctions enzy­
32. Weisblum B. Inducible resistance to partiel de leurs sites de fixation matiques.
macrolides, Iincosamides and streptogramin explique qu'ils puissent subir des
type B antibiotics : the resistance phenotype, De même, les résultats de protection
its biological diversity and structural ele­
changemen ts con forma tionnels (vis-à-vis de divers agents chimiques)
ments that regulate expression. 1983 In Gene conjoints à la suite de la liaison de de certaines bases nucléotidiques des
function in prokaryotes (ed. J. Deckwitter et la thiostreptone. Cet antibiotique a ARNr, en présence des antibiotiques,
al), p. 91 Cold Spring Harbor Laboratory, permis, notamment, de mettre en évi­
Cold Spring Harbor, New York. confirment les résultats génétiques et
dence un centre unique d'hydrolyse suggèrent fortement que l'ARN ribo­
du GTP à la surface de la sous-unité
50S. La protéine L l l se localiserait
33. Dubnau D. Translational alternation : somal serait la cible essentielle de ces
the regulation of bacterial resistance to the
. inhibiteurs. Rappelons enfin que les
MLS antibiotics. CRC Crit. Rev. Bwchem à proximité du site de fixation de
1984 ; 1 6 : 103- 1 32. nucléo t ides , désignés par les
l'antibiotique. En effet, des sous-uni­ approches génétiques et biochimi­
34. Dubnau D, Monod M. The regulation tés 50S dépourvues de Ll l ne recou­ ques, se localisent dans les régions
and evolution of MLS resistance p. 369-387. vrent la capacité de lier l'antibioti­ des ARNr fortement conservées au
In K. P. Novick and S. B. Levy (ed) Evolution que que si on leur aj oute cette
que certaines molécu�e� ?'ARN pe� ­
and environmental spread of antibiotic resis­ cours de l'évolution. La découverte
tance genes. Cold S. Harbor Labor. Cold
protéine. Des recherches récentes
Spring Harbor, New York. montrent que la thiostreptone inter­ vent être dotées d'activites enzymati­
agit avec une région de l'ARNr 23S que (autoreplication) et les résultats
35. Hummel M, Piepersberg W, Bock A. dont des mutations confèrent une
Analysis of lincomycin resistance in E. coli. présentés dans cette synthèse suggè­
Mol Gen Genet 1979 ; 169 : 345-347.
résistance à cet antibiotique [43]. rent que l'ARNr jouerait un rôle
L'organisme qui produit la thios­ fondamental dans l a traduc­
36. Cocito C. Antibiotics of the virginiamy­ treptone (Streptomyces azureus) pos­ tion [26] •
cin family, inhibitors which contain synergis­ sède une enzyme capable de méthyler
tic components. Microbiol Revs 1979 ; 43 :
145-98.
certains pentoses de l'ARNr 23S. Les
particules ribosomiques correspon­
37. Chinali G, Moureau P, Cocito C. The dantes ne fixent plus l'antibiotique
action of virginiamycin M on the acceptor, et deviennent de ce fait insensibles à
donor and catalytic sites of peptidyl-transfe­
rase. ]. Biol Chem 1 984 ; 259 : 9563-9.
son action [26].

38. Parfai t R, Cocito c. Lasting damage to


bacterial ribosomes by reversibly-bound virgi- 1 Conclusions
TIRÉS A PART ·-----
niamycin M. Proc Natl Acad Sei USA I 980 ;
77 : 5492-6. Les inhibiteurs de la biosynthèse des C. Cocito. -

mls n° 1 vol. 6, janvier 90 53


RËFËRENCES ------·
Summary
Antibiotics inhibiting protein
synthesis
Recent works on : ( 1 ) the mecha­
nisms of action of protein synthe­
sis inhibitors, (2) the bases of
microbial resis tance to these
39. Cocito C, China1i G. Mo1ecu1ar mecha­
drugs, and (3) the use of antibio­
nisms of virginiamycin-1ike antibiotics on tics as tools for probing structure
bacteria1 cell-free systems for protein synthe­ and functions of ribosomes are
sis. ] Antimier Chemother 1985 ; 16 supp A : reviewed. Three groups of inhibi­
35-52.
tors of the large (50S), the small
40. Di Giambattista M, Thielen A, Maassen (30S) ribosomal subunits, and the
J, Müller W, Cocito C. Loca1isaùon of virgi­ elongation factors (EF-Tu, EF-G)
niamycin S binding site on bacteria1 ribo­ were considered. The 30S subunit
some by fluorescence energy transfer. Bioche­
mistry 1986 ; 25 : 35440-7.
controls initiation (by binding
mRNA) but also elongation (fide­
4 1 . Di Giambauista M, Nyssen E, Engel­ lity of codon-anticodon pairing) ;
. borghs Y, Cocito C. Kinetics of binding of hence, the black of initiation and
macro1ides, 1incosamides and synergimycins
to ribosomes. ] Biol Chem 1987 ; 262 : 859 1 -
the misstranslation occurring in
7. the presence of aminoglycosides.
In addition, the occurrence of the
42. Panneggiani A, Swart GWM. Mechanism A and P sites at the in terface
of action of kirromycin-1ike antibiotics. Ann
Reu Microbiol 1 985 ; 39 : 557-77.
b e t ween t h e two s u b u n i t s
explains the interference of tetra­
43. Thompson J, Cundliffe E, S tark M. cyclines and edeine (both binding
Binding of thiostrepton to a comp1ex of 235- to 30S) with the functions of the
rRNA with ribosoma1 protein L l l . Eur ]
Biochem 1979 ; 98 : 261 -5.
former and latter site, respectively.
The large subunit controls elon­
44. Guttel RR, Weiser B, Woese CR, Noller gation : binding of AA-tRNA to
HF. Progr Nucleic Acid Res Mol Biol 1985 ; A site, peptide bond formation
32 : 155-216.
between peptidyl-tRNA at P site
and AA-tRNA at A site, and trans­
loca tion. Most 50S inhibi tors
* GLOSSAIRE * (chl oramphenicol, macrol ides,
S : protéine ribosomique de la lincosamides and synergimycins)
petite sous-unité. inhibit the peptidization reaction,
L : protéine ribosomique de la by binding to the peptidyltransfe­
grande sous-unité. rase domain (at the base of the
MLS : macrolides, lincosamides et central protuberance). Puromy­
streptogramines ou synergimy­ cin, as an AA-tRNA analog, binds
cines du type B. to the A site : the ensuing pepti­
Boucle V : portion de la structure dyl transfer reaction yields pepti­
secondaire de l'A RN 23S. dylpuromycim. A madel of this
EF- Tu : facteur d'élongation Tu. process (fragment reaction), used
EF-G : facteur d'élongation G. to probe peptidyltransferase func­
Site A : site accepteur du ribosome. tion, is inhibited by sorne antibio­
Site P : site donneur du ribosome. tics listed above. Antibiotics may
Réaction du fragment : modèle act either on elongation factors
expérimental de la réaction de for­ (formation of a kirromycin.EF­
mation de la liaison peptidique. Tu complex), and still others by
Domaine de la peptidyl-transfé­ binding to the ribosomal site for
rase : domaine situé sur la grande EF-G attachment (thiostrepton
sous-unité ribosomique et englo­ and fusidic acid, translocational
bant le site A, site P et le centre inhibitors). Chromosomal resis­
catalytique de l'enzyme. Lance to antibiotics, previously
M12! M1� M16 : macrolides dont le attributed to alterations of rPro­
cycle lactonzque est constitué de teins, is frequently referred to
12, 14 ou 16 chaînons. muLations of the genes for l 6S
G TP : guanosine triphosphate. and 23S rRNAs.
..... �------�
54 mls n• 1 IJOI. 6, janvitrr 90