Unidad 4

ESTRUCTURA GENÉTICA
FLUJO GÉNICO
(2da parte)
La deriva genética
aumenta la varianza en
frecuencias alélicas entre
poblaciones

p1=0.83
q1=0.17 
 p4=1
p2=0.6 q4=0
q2=0.4

m



 


p5=0.42
q5=0.58 El flujo génico disminuye
p3=0.02
 la varianza en frecuencias
alélicas entre poblaciones
q3=0.98

+
interacción con
sistema de ESTRUCTURA GENÉTICA
apareamiento
 ESTRUCTURA GENÉTICA

¿ Cómo la cuantificamos?

Estructura genética = balance Ne / m

¡¡Depende de cuál de los efectos de la deriva

genética consideremos!!

 Efecto sobre la identidad por descendencia

 Efecto sobre la varianza en frecuencias alélicas entre
poblaciones
 Efecto sobre la disminución de la heterocigosis
 EFECTO SOBRE LA IDENTIDAD POR DESCENDENCIA

Población ideal N

2N

PID = 0 gametas ¿Cuál es la PID?

1
F= 2𝑵 Si suponemos que
en los parentales F = 0

1 1
𝐹= + 1− 𝐹0
N 2𝑁 2𝑁
 1 1
𝐹𝑡 = + 1− 𝐹𝑡−1
2𝑁𝑒𝑓 2𝑁𝑒𝑓
¿Qué pasa con Ft y Nef si no se cumple el supuesto de que las
poblaciones son cerradas?

1-m
m
Efecto del flujo génico
1 1 2
𝐹𝑡 = + 1− 𝐹𝑡−1 1−𝑚
2𝑁𝑒𝑓 2𝑁𝑒𝑓
PID
Efecto de la deriva genética
Modelo de Islas (Wright, 1931)
La especie se distribuye en un número infinito de poblaciones
Las poblaciones consisten de N individuos diploides (N constante)
La migración entre poblaciones es la misma (m constante)
No hay selección natural ni mutación
Cada población persiste indefinidamente
Las poblaciones deben haber existido el tiempo suficiente para alcanzar un equilibrio entre la
variabilidad que se pierde dentro de cada población por deriva genética y la que se
reintroduce por flujo génico (EQUILIBRIO DERIVA-FLUJO GÉNICO)

1 1 2
𝐹𝑡 = + 1− 𝐹 1−𝑚
2𝑁𝑒𝑓 2𝑁𝑒𝑓 𝑡−1

Número efectivo
de migrantes
1 entre poblaciones
Feq  por generación
4Nefm  1
Indica el grado en que m
afecta a Ne
 Y es
“st” indica que este F inversamente
1
es la identidad por
descendencia en los Fˆst  proporcional a la

individuos de la 4 N ef m  1 deriva genética

y al flujo génico
subpoblación con
respecto a la
población total

Bajo los supuestos del modelo de islas

Fst aumenta rápidamente

Fst disminuye muy lentamente

 Demo 1 Demo 2 Demo A Demo B
Ne = 1.000.000 Ne = 1.000.000 Ne = 100 Ne = 100

m = 0.000001 m = 0.01
Nem = 1 Nem = 1
FST = 0.20 FST = 0.20
¡Tasas de flujo génico muy diferentes tienen el
mismo impacto!

m = 0.01 m = 0.01
FST = 2.5 x 10-5  0 FST = 0.20

¡Tasas de flujo génico iguales tienen un impacto

muy diferente!
  EFECTO SOBRE LAS FRECUENCIAS ALÉLICAS ENTRE DEMOS
p4
p1

q1
q4
• N demos discretos de igual tamaño
 p en la
población total:
• Un locus autosómico con dos
alelos: A y B
p2
 
• Organismos diploides de
q2
   𝑝=
𝑝𝑖
reproducción sexual y  
    p5
𝑁
apareamientos al azar (por ahora)
p3
q3
q5

p 1 = p2 = … = p n  p = p i p1 ≠ p2 ≠ … ≠ pn  p ≠ pi
s2p = 0 s2p > 0

Frecuencia esperada de genotipos en

la población total:
AA p2 p12 p22 pi2
AB 2pq = 2p1q1 = 2p2q2 = 2p2 iqi
BB q2 q12 q22 qi
p1 ≠ p2 ≠ … ≠ pn  p ≠ pi 𝑝𝑖 − 𝑝 2
s2p > 0 𝜎𝑝2 =
𝑘 k = nº subpoblaciones

2 2
𝑝 𝑖 𝑝𝑖
𝜎𝑝2 = −
𝑘 𝑘
Promedio de los
homocigotas AA El cuadrado del promedio
observados en las de la frecuencia de A
poblaciones
AA esperados para la
AA observados población total

Es decir 𝜎𝑝2 = 𝑝𝑖2 − 𝑝2

Despejamos los homocigotas

observados 𝑝𝑖2 = 𝑝2 + 𝜎𝑝2
 Entonces, la frecuencia observada promedio de los homocigotas en
la población total es la frecuencia esperada más una cierta varianza:

AA  p  s 2
2

BB  q  s 2
2

En el caso de los heterocigotas:

AB  1  frec. homocigotas
AB  1  [( p 2  s 2 )  (q 2  s 2 )]
AB  1  ( p 2  q 2  2s 2 )
Si sacamos AB  1  p 2  q 2  2s 2
factor común
2pq AB  2 pq  2s 2 Varianza estandarizada
de las frecuencias
 s2 
AB  2 pq 1 
 p q

 FST alélicas entre demos

  Como es una varianza

solo toma valores
positivos
Podemos escribir las frecuencias s2
FST 
genotípicas observadas en la población pq
total en función de FST
s 2  pq FST

Reemplazamos s2 en las fórmulas anteriores: Frec. AA  p 2  pq FST

Frec. AB  2 pq (1  FST )
Frec. BB  q 2  pq FST
La subdivisión de la población en demos con frecuencias alélicas
diferentes provoca una desviación de las frecuencias genotípicas
esperadas según HW en la población total,
similar a la endogamia

EFECTO WAHLUND

La desviación de las frecuencias genotípicas

observadas de la población total, respecto a las
esperadas según EHW, debido a que existe
varianza en las frecuencias alélicas entre
subpoblaciones
 • ¿cómo son los apareamientos dentro de demos?
AL AZAR  EHW
• ¿cómo son los apareamientos entre demos?
NO AL AZAR  los individuos tienen
mayor probabilidad
de aparearse con
Wright (1951, 1965) desarrolló el
los de su propio
concepto de la estadística F para
demo (depende de
describir la estructura genética de las
m)
poblaciones

Correlación entre gametas que forman

un individuo en una subpoblación con
Correlación entre gametas respecto a la población total
que forman un individuo con
respecto a la subpoblación 1 1 2
𝐹𝑠𝑡 = + 1− 𝐹 1−𝑚
(depende del sistema de 2𝑁𝑒𝑓 2𝑁𝑒𝑓 𝑡−1
apareamiento)
Varianza en las frecuencias alélicas
f FIS entre demos 𝜎2
𝐹𝑆𝑇 =
𝑝𝑞
Dependen del balance entre Ne y m
 Wright Peeerooo…. La realidad…
• un locus • múltiples loci
• dos alelos • cada uno con un número n de alelos
• número infinito de subpoblaciones, • número finito de poblaciones, de
• todas de igual tamaño diferentes tamaños

• “Particiona”La diversidad genética total de la población

en sus componentes
Nei (1973) • Los coeficientes F de Wright se expresan en términos de la
Heterocigosis observada y esperada a diferentes niveles
de la estructura
• Permite extender el análisis de la estructura a múltiples
niveles

HS  HI HT  HS
FIS  FST 
HS HT [0; 1]
[-1; 1]

HI 
 h o
HS 
 h e HT  2  p  q
N N
La heterocigosis se define en base a las frecuencias alélicas y genotípicas de la
generación presente, sin ningún supuesto acerca del pedigree de los individuos, o de
la procedencia de las gametas
 Subpoblación 2
Subpoblación 1
Locus
122/122 = 12
122/124 = 23 Mp-1
124/124 = 11
122/122 = 21 N = 46
122/124 = 25
124/124 = 7 Subpoblación 3
N = 53
122/122 = 13
122/124 = 21
124/124 = 9
N = 43

Subpoblación 4
122/122 = 10
122/124 = 27
124/124 = 18
122/126 = 4
124/126 = 5
• Toma de muestras N = 64
• Extracción de ADN
• Amplificación de loci de microsatélites
 HI 
 h o
HS 
 h e HT  2  p  q
N N
𝑯𝑻 = 𝟏 − (𝒑𝟐 + 𝒒𝟐 + 𝒓𝟐 )
Promedio de la Promedio de la
heterocigosis heterocigosis
observada entre esperada entre
poblaciones poblaciones

Subpob. ho Subpob Frec. he

. alélicas
1
25/53 = 0.472 1 122 = 0.63 2x0.63x0.37 = 0.466
2 124 = 0.37
23/46 = 0.5
2 122 = 0.51 2x0.51x0.49 = 0.50
3
21/43 = 0.488 124 = 0.49
3 122 = 0.55 2x0.55x0.45 = 0.495
4 (27+4+5)/64 = 0.562 124 = 0.45
4 122 = 0.40 1-(0.402+0.532+0.072) =
124 = 0.53 0.554
126 = 0.07
0.472 + 0.5 + 0.488 + 0.562
𝐻𝐼 = = 0.506 0.466 + 0.5 + 0.495 + 0.554
4 𝐻𝑆 = = 0.504
4
 𝑯𝑻 = 𝟏 − (𝒑𝟐 + 𝒒𝟐 + 𝒓𝟐 )

La heterocigosis esperada para la población total,

cuyas frecuencias alélicas son el promedio de las
frecuencias alélicas de las subpoblaciones

Alelo Frecuencia media

𝐻𝑇 = 1 − 0.5222 + 0.462 + 0.0182
122 (0.63 + 0.51 + 0.55 + 0.4)/4 = 0.522 = 0.516
124 (0.37 + 0.49 + 0.45 + 0.53)/4 = 0.46
126 (0 + 0 + 0 + 0.07)/4 = 0.018

HI = 0.506 HS = 0.504 HT = 0.516

HS  HI 0.504−0.506
FIS  𝐹𝐼𝑆 =
0.504
= - 0.004
HS

HT  HS 0.516−0.504
FST  𝐹𝑆𝑇 = = 0.023
HT 0.516

 Significación estadística
 Otros loci
 Podemos considerar el efecto del
agrupamiento de las poblaciones en
regiones geográficas

HT  H R HR  HS
FRT  FSR 
HT HR

Y así a cualquier nivel, hacia arriba o hacia abajo en la

organización de las poblaciones
 Modelo de islas de Wright
Poco realista!!

Stepping Stone (“piedras de paso”; Kimura & Weiss, 1964)

1
FˆST 
1  4 N e 2m1m
m1
m∞
m∞ << m1

m1

m1 • Bajo un modelo de islas:

Si Ne = 100 y m = 0.1  FST = 0.024

Si Ne = 100 y m = 0.01  FST = 0.2

• Pero bajo un modelo de Stepping Stone:

m1 = 0.1 y m∞ = 0.01  FST = 0.053
Aislamiento por distancia con distribución continua de los individuos

UNIDIMENSIONAL (Malécot 1950)

1
FˆST 
1  4s 2m

Ne m1
 1
BIDIMENSIONAL FˆST 
1  8s
2

 ln(2m )

Ne
Tamaño de vecindario
“subregión dentro de la
distribución continua de la
población que rodea un punto
en el espacio del cual los
padres de los individuos
nacidos cerca de ese punto
pueden ser considerados
como tomados al azar”

Tamaño de Vecindario (unidimensional) = 2σ 𝜋

Análogos de Ne
Tamaño de Vecindario (bidimensional) = 4πσ2
Implicaciones del modelo de aislamiento por distancia….

1 1 1
FˆST  FˆST  FˆST 
1  4 N e 2m1m 1  8s
2
1  4s 2m
 ln(2m )

 Estabilidad demográfica
 Estabilidad en las tasas de migración
 TIEMPO!

Se observa una
correlación

Pero…
positiva y significativa
entre FST y la distancia
geográfica entre pares
de poblaciones (o de
individuos)
Test de Mantel
 Expansión reciente de rango
 Vicarianza
 Inestabilidad demográfica
 Extinción – recolonización
 Etc
• Hutchison D. W. & Templeton A. R. (1999). Correlation of
pairwise genetic and geographic distance measures:
inferring the relative influences of gene flow and drift on the
distribution of genetic variability. Evolution, 53(6), 1898-1914.
• Kimura M. & Weiss G. H. (1964). The stepping stone model of
population structure and the decrease of genetic
correlation with distance. Genetics, 49(4), 561.
• Freeman S., Herron J.C. (2014)
• Malecot, G. 1950. Quelques sch´ emas probabilistes sur la Evolutionary Analysis. Fifth edition.
variabiliti´ e des populations naturelles. Annales de
L’universite de Lyon, Sciences A 13:37–60
Pearson.
• Wright, S. (1931) Evolution in Mendelian populations. • Templeton A. R. 2006. “Population
Genetics 16:97-159.
• Wright, S. (1951) The genetical structure of populations.
Genetics and Microevolutionary
Ann. Eugen. 15: 323-354 Theory”. John Wiley & Sons
• Wright, S. (1965) The interpretation of population structure
by F-statistics with special regards to systems of mating.
Evolution 19: 395-420