¨Año del Diálogo y la Reconciliación Nacional¨

UNIVERSIDAD NACIONAL DE UCAYALI

FACULTAD DE MEDICINA HUMANA
ESCUELA PROFESIONAL DE MEDICINA HUMANA

CAP. 22: GENÓMICA Y

PROTEÓMICA
TRABAJO DE EXPOSICIÓN

CURSO : Laboratorio Clínico

DOCENTE : Dr. Arturo Rafael Heredia

ALUMNA : Pinedo Hidalgo, Pierina Marité

CICLO : VI

SEMESTRE : 2018 - II

PUCALLPA – PERU
2018
 I. INTRODUCCIÓN
Thomas Roderick introdujo la palabra genómica para referirse al estudio de la estructura,
secuenciación y análisis de genomas completos. Coincidiendo con el 50 aniversario del
descubrimiento de la estructura del ADN por JD Watson y FHC Crick, como resultado
de un esfuerzo internacional conocido como el «Proyecto Genoma Humano» (PGH), en
el año 2003 se completó la secuenciación del genoma humano. El PGH ha permitido
conocer la existencia de aproximadamente 30.000 genes distribuidos en pares de bases de
manera irregular en el genoma, de forma que hay regiones «ricas» y regiones «pobres»
en genes y que solo un 2% del ADN genómico codifica para proteínas.
El proyecto ENCODE en el año 2007 publicó sus hallazgos más llamativos está la
demostración de que hasta el 75% de los nucleótidos del genoma humano son transcritos
a ARN, en su mayoría a ARN no codificantes. Esta complejidad se ve a su vez
incrementada por dos factores adicionales: variabilidad estructural y diferencia de
expresión. Una de las observaciones más significativas es la gran variabilidad
interindividual apreciada. Esta variabilidad puede ser de diferente magnitud estructural,
e incluye inserciones, deleciones, conversiones, amplificaciones y duplicaciones. Sin
embargo, especialmente significativo ha sido el hallazgo de que polimorfismos
(variaciones) de un solo nucleótido (single nucleotide polymorphisms, SNP). Los SNP
son las variaciones estructurales más frecuentes en el genoma.
Las técnicas genómicas permiten la identificación de mutaciones, o alteraciones en la
secuencia de los genes, que son responsables de cambios en la expresión génica y/o en la
función de las proteínas y que están en el origen de muchas enfermedades. El
conocimiento derivado de la genómica, así como la aplicación de las nuevas herramientas
tecnológicas, sin duda modificarán la práctica médica y son la base de la denominada
medicina genómica o medicina personalizada.
La proteómica se define como el estudio del proteoma, término análogo a genoma, que
se refiere al conjunto de proteínas de un orgánulo, una célula, un tejido o un organismo
completo. La descripción del proteoma humano es clave para resolver las cuestiones no
resueltas por la información contenida en el genoma, y es, de hecho, el segundo gran reto
que nos hemos planteado para definir nuestra propia biología.
El desarrollo de la genómica y proteómica descansan sobre los descubrimientos
fundamentales que constituyen hitos históricos sin los cuales no hubiera sido posible el
hallazgo de nuevos paradigmas, teorías, tecnología, que han cambiado drásticamente el
enfoque de la ciencia médica. El descubrimiento de la estructura del ADN y sus funciones
básicas nos llevaron a la ingeniería genética, el develamiento del genoma humano, la
creación de nuevas herramientas para el estudio y diagnóstico de las enfermedades, como
el PCR (reacción en cadena de la polimerasa), microarray, y al mejor entendimiento
acerca del comportamiento de nuestro organismo frente a los medicamentos
(farmacogenómica).
 II. GENÓMICA

 TÉCNICAS GENÓMICAS CON APLICACIÓN CLÍNICA

¿Qué es un marcador genético?
Son polimorfismos en genes o con mayor precisión, en secuencias de ADN que permiten
diferenciar individuos, poblaciones o especies, estos deben ser variables.
Cuyos USOS son: Variabilidad génica, flujo génico, sistema de apareamiento, selección
asistida, paternidad, identificación de individuos, mejoramiento, historia evolutiva,
detección de secuencias, deriva génica.
 PCR (REACCIÓN EN CADENA DE LA POLIMERASA): Su objetivo es obtener
un gran número de copias de un fragmento de ADN particular, partiendo de un
mínimo; en teoría basta partir de una única copia de ese fragmento original, o molde.
Esta técnica sirve para amplificar un fragmento de ADN; su utilidad es que tras la
amplificación resulta mucho más fácil identificar con una muy alta
probabilidad, virus o bacterias causantes de una enfermedad, identificar personas
(cadáveres) o hacer investigación científica sobre el ADN amplificado. Esta técnica
se fundamenta en la propiedad natural de los ADN polimerasas para replicar hebras
de ADN, para lo cual se emplean ciclos de altas y bajas temperaturas alternadas para
separar las hebras de ADN recién formadas entre sí tras cada fase de replicación y, a
continuación, dejar que las hebras de ADN vuelvan a unirse para poder duplicarlas
nuevamente. La reacción en cadena de la polimerasa fue perfeccionada por Kary
Mullis perteneciente a la Cetus Corporation en California, en la década de 1980.
Inicialmente la técnica era lenta, ya que las polimerasas se desnaturalizaban al realizar
los cambios de temperatura y era necesario agregar nuevas polimerasas en cada ciclo.
Hoy, todo el proceso de la PCR está automatizado mediante un aparato
llamado termociclador, que permite calentar y enfriar los tubos de reacción para
controlar la temperatura necesaria para cada etapa de la reacción.
Muchos termocicladores modernos hacen uso del efecto Peltier, que permite tanto
calentar como enfriar los tubos simplemente invirtiendo la corriente eléctrica. Los
tubos usados para PCR tienen una pared muy fina, lo que favorece una
buena conductividad térmica, permitiendo que se alcance rápidamente el equilibrio
térmico. Casi todos los termocicladores tienen un sistema que calienta la tapa de cierre
con el fin de evitar la condensación sobre los tubos de reacción. Por lo general, la
PCR es una técnica común y normalmente indispensable en laboratorios de
investigación médica y biológica para una gran variedad de aplicaciones. Entre ellas
se incluyen la clonación de ADN para la secuenciación, la filogenia basada en ADN,
el análisis funcional de genes, el diagnóstico de trastornos hereditarios, la
identificación de huellas genéticas (usada en técnicas forenses y test de paternidad) y
la detección y diagnóstico de enfermedades infecciosas.

 RFLP (POLIMORFISMO EN LA LONGITUD DE FRAGMENTOS DE

RESTRICCIÓN): En la técnica de RFLP el ADN genómico a analizar es digerido
con enzimas de restricción, y los fragmentos generados son resueltos mediante
electroforesis y transferidos a una membrana. Por tanto, la longitud y, eventualmente,
 el número de los fragmentos de restricción serán diferentes cuando se analicen
mediante Southern blot, empleando una sonda que cubra la región del gen a analizar.
La hibridación de Southern en el análisis de RFLP se puede sustituir por un paso de
amplificación mediante PCR. En 1985, Sir Alec Jeffreys descubrió los polimorfismos
en la longitud de los fragmentos de restricción que en biología molecular, el
término RFLP. se refiere a secuencias específicas de nucleótidos en el ADN que son
reconocidas y cortadas por las enzimas de restricción (también
llamadas endonucleasas de restricción) y que varían entre individuos. En un
cromosoma humano, una enzima de restricción puede producir un gran número de
cortes en los lugares donde reconozca la secuencia específica para hacerlo. Las
secuencias de restricción presentan usualmente patrones de distancia, longitud y
disposición diferentes en el ADN de diferentes individuos de una población. La
técnica RFLP se usa como marcador para identificar grupos particulares de personas
con riesgo a contraer ciertas enfermedades genéticas, en ciencia forense, en pruebas
de paternidad y en otros campos, ya que puede mostrar la relación genética entre
individuos. Cuando un RFLP normalmente se asocia con una enfermedad de origen
genético, la presencia o ausencia de éste puede usarse a modo de consejo sobre el
riesgo de desarrollar o transmitir la enfermedad. La suposición es que el gen en el que
los investigadores están realmente interesados está localizado tan cerca del RFLP que
su presencia puede servir como indicador de la alteración en el gen. A veces, un RFLP
en particular puede estar asociado con el alelo sano. Por esto es esencial examinar no
sólo al paciente, sino a todos los miembros de la familia que sea posible.

 TÉCNICAS GENÓMICAS DE ANÁLISIS MASIVO O DE ALTO

RENDIMIENTO

 MICRORRAYS: o microdispositivos de ADN es un laboratorio múltiple en un chip.

Es una matriz bidimensional en un sustrato sólido que analiza grandes cantidades de
material biológico utilizando métodos de detección y procesamiento miniaturizado,
multiplexado y paralelo de cribado de alto rendimiento. también se fundamentan en
el principio de la capacidad del ADN de cadena sencilla de hibridar específicamente
con su secuencia complementaria. Esta tecnología puede emplearse para realizar
estudios de genómica a nivel estructural y funcional. Básicamente, un microarray
consiste en una superficie de nailon o vidrio sobre la que se depositan de forma
ordenada las sondas representando a los genes que se van a estudiar, y que pueden ser
oligonucleótidos o ADN complementarios (ADNc). El nombre de tecnología
microarray; en un solo proceso se pueden evaluar miles de genes y es una herramienta
flexible para medir la expresión genética en cualquier tejido del cual pueda aislarle el
ARN. Las aplicaciones inmediatas de esta tecnología han sido básicamente en
investigación y desarrollo, enfermedad y respuesta a drogas. Uno de los campos
donde esta técnica puede colaborar es la patología; existen muchas neoplasias que
difícilmente pueden tener un diagnóstico patológico seguro, mediante el uso del
microarray podría hacerse un diagnóstico más fino, incluyendo la posibilidad de
agrupar subtipos de cáncer dentro de una misma neoplasia (predicción de clase).
Asimismo, el pronóstico de otras enfermedades en el campo oncológico podrían
variar, como en el cáncer de próstata, en el cual muchas veces existen incrementos
del antígeno prostático específico asociado a un proceso inflamatorio al que pueden
 diagnosticar como neoplasia sin serlo, e incluso, la evaluación de la agresividad en
caso de neoplasia y la correlación con el tratamiento respectivo. Hay dos tipos
principales de microrrays comercializados, de expresión y genotipaje.

- Microrrays de expresión.- En los chips de oligonucleótidos de ADN o

micromatrices de canal único, las sondas se diseñan a partir de una secuencia
conocida o un ARNm predicho. Estos chips de ADNs dan estimaciones del nivel
de expresión, pero en una misma matriz no pueden observarse distintas
condiciones, por lo que por cada condición se debe utilizar un chip. Idea principal:
las sondas se sintetizan in situ (en el chip). No están basadas en la hibridación
competitiva. Esto quiere decir: un chip, una muestra. Las secuencias se construyen
en la superficie del chip mediante el elongamiento secuencial de una cadena en
crecimiento con un solo nucleótido utilizando fotolitografía.
- Microrrays de genotipaje.- Los chips de ADN pueden utilizarse para "leer" las
secuencias de un genoma particular en determinadas posiciones. Los SNP arrays
son un tipo particular de matrices que se utilizan para identificar variaciones
individuales y a través de poblaciones. Los oligonucleótidos pequeños son
capaces de identificar polimorfismos de un sólo nucleótido (SNP) que podrían ser
los responsables de variaciones genéticas dentro de una población, la fuente de
susceptibilidad a distintas enfermedades genéticas e incluso a ciertos tipos de
cáncer. En general, la aplicación de estas técnicas de genotipado es forense, ya
que son rápidas en descubrir o medir la predisposición de enfermedades o incluso
permitir el uso de ciertos medicamentos para tratar ciertas enfermedades según
sea el ADN del enfermo o donante. Los chips de ADN de SNPs también se utilizan
para la identificación de mutaciones somáticas en cáncer, sobre todo la pérdida
de heterocigosis, la amplificación o la deleción de regiones de ADN en el genoma
individual de pacientes afectados, es decir, la detección de aberraciones
cromosómicas.

 APLICACIONES:
Los chips de ADN se han aplicado al estudio de casi cualquier tipo de problema biológico.
El número de publicaciones anuales es muy alto y continúa creciendo. Algunas de sus
aplicaciones más frecuentes son:
- Estudio de genes, que se expresan diferencialmente en condiciones diversas
(sanos/enfermos, mutantes/salvajes, tratados/no tratados).
- Clasificación molecular en enfermedades complejas. Identificación de genes
característicos de una patología (firma o signature).
- Predicción de respuesta a un tratamiento.
- Detección de mutaciones y polimorfismos de un único gen (SNP).

 TÉCNICA DE LA SECUENCIACIÓN DEL ADN: Permite conocer de forma

directa la secuencia de nucleótidos presente en un gen o región del ADN, es decir, la
información genética. Es un conjunto de métodos y técnicas bioquímicas cuya
finalidad es la determinación del orden de los nucleótidos (A, C, G y T) en
un oligonucleótido de ADN. La secuencia de ADN constituye la información
genética heredable que forman la base de los programas de desarrollo de los seres
 vivos (de procariotas, de eucariotas en el núcleo celular, y en los plásmidos, en
la mitocondria y en cloroplastos de las plantas). Así pues, determinar la secuencia de
ADN es útil en el estudio de la investigación básica de los procesos biológicos
fundamentales, así como en campos aplicados, como la investigación forense.
Además, se puede utilizar la secuenciación del ADN para conocer las mutaciones
somáticas, como las sustituciones de bases, generadas entre distintos organismos. El
desarrollo de la secuenciación del ADN ha acelerado significativamente la
investigación y los descubrimientos en biología. Las técnicas actuales permiten
realizar esta secuenciación a gran velocidad, lo cual ha sido de gran importancia para
proyectos de secuenciación a gran escala como el Proyecto Genoma Humano.

 LIMITACIONES:

- Lo que en realidad se necesita obtener es información relativa a la función o funciones

de cada gen y cómo esta se relaciona con otros procesos o rutas biológicas y síndromes
clínicos y, en definitiva, cómo se puede relacionar esta información con los datos
clínicos del paciente y la posible respuesta a los tratamientos. Este problema del
análisis de los datos generados por los microarrays es, en definitiva, uno de los retos
más importantes que los separan de su uso en la clínica.
- Una de las mayores limitaciones de estas tecnologías de alto rendimiento es su propio
éxito en la potencia de análisis. En otras palabras, cómo seleccionar entre un
numeroso y complejo conjunto de datos aquellos que son esenciales a la hora de
informarnos tempranamente sobre la presencia de la enfermedad, sus mecanismos, su
pronóstico, el tratamiento más efectivo para un paciente concreto o incluso la dosis
del fármaco.

La disciplina conocida como farmacogenética tiene como objetivo definir los

determinantes genéticos individuales que condicionan los efectos de los fármacos. Sin
embargo, en la mayoría de los casos la respuesta a un tratamiento farmacológico depende
de la interacción entre múltiples genes. Ante esta nueva perspectiva se necesita una
aproximación global, que integre el análisis de un gran número de genes con los datos
clínicos de la respuesta a los fármacos. Esta situación ha dado lugar al nacimiento de la
farmacogenómica, permitiendo la identificación de pacientes no respondedores o con
mayor riesgo de presentar toxicidad ante un determinado fármaco, o la selección de
tratamientos dirigidos. La farmacogenómica también puede contribuir a identificar y
desarrollar nuevos y más seguros fármacos a través del análisis del programa
transcripcional de las células resistentes frente a las sensibles a un fármaco.
El rastreo en la población sana de marcadores de riesgo, o susceptibilidad a enfermedades,
es una de las áreas de aplicación de la secuenciación masiva que más debate suscita, sobre
todo en el caso de enfermedades para las que no existen tratamientos. Sin embargo, en
muchos casos, la detección presintomática de portadores de mutaciones responsables de
enfermedades hereditarias con alta penetrancia puede permitir la adopción de medidas
profilácticas o terapéuticas tempranas que alteren de forma favorable el desarrollo de la
enfermedad.
 III. PROTEÓMICA
La proteómica se define como el estudio del proteoma, término análogo a genoma, que
se refiere al conjunto de proteínas de un orgánulo, una célula, un tejido o un organismo
completo. La descripción del proteoma humano es clave para resolver las cuestiones no
resueltas por la información contenida en el genoma, y es, de hecho, el segundo gran reto
que nos hemos planteado para definir nuestra propia biología. Es el estudio sistemático
de las diversas propiedades de las proteínas para proveer detallada descripción de la
estructura, función y control de los sistemas biológicos, esto incluye: secuencia, cantidad,
modificaciones, interacciones con otras proteínas, etc. tanto en salud como en la
enfermedad.
Si el proteoma se define como el conjunto de proteínas expresadas por un genoma, sería
relativamente sencillo deducir la secuencia de todas las proteínas a partir de la secuencia
del genoma, pero este trabajo dejaría sin asignación funcional aproximadamente al 30%
de las proteínas codificadas. Además, la caracterización del proteoma humano presenta
varios niveles adicionales de complejidad. El proteoma es tremendamente dinámico, no
es posible hablar de un proteoma único, a menos que la definición inicial se complemente
con parámetros tanto genéticos como ambientales, que condicionan en gran medida el
repertorio de especies proteicas que lo constituyen. La plasticidad del proteoma es
esencial para regular con precisión las funciones celulares mediante mecanismos de
control complementarios a los meramente transcripcionales, que permitan reacciones
rápidas y eficaces a estímulos externos y, así, asegurar respuestas adaptativas que
garanticen la supervivencia. La caracterización del proteoma humano requiere, por lo
tanto, identificar el repertorio de proteínas específico de cada tipo celular, su rango de
concentración, sus modificaciones postraduccionales, sus interacciones con otras
proteínas, su localización subcelular, su estructura y su función, así como las alteraciones
inducidas por estímulos externos, bien sean fisiológicos o asociados a patologías. Uno de
los pilares en los que se sustenta la proteómica y, en general, todas las tecnologías de alto
rendimiento es la bioinformática, ya que proporciona herramientas esenciales para
interpretar e integrar la información generada en formatos útiles en biomedicina, además
de contribuir al avance de disciplinas emergentes como la biología de sistemas.

 APLICACIONES EN BIOMEDICINA
La proteómica está especialmente "capacitada" para el estudio de la enfermedad porque
se puede aplicar a las células, tejidos y líquidos biológicos. La aplicación clínica de la
proteómica implica el uso de las tecnologías proteómicas para todos aquellos aspectos
que puedan beneficiar a los pacientes, desde la búsqueda de nuevos marcadores de
enfermedad o de perfiles proteicos diagnósticos, hasta la descripción de factores
predictivos y preventivos que permitan un tratamiento y seguimiento terapéutico
personalizado.
La proteómica clínica se ocupa de la identificación sistemática y exhaustiva, a gran escala,
de patrones proteicos de enfermedad y de la aplicación de esos datos a los pacientes
(estudio de la enfermedad, susceptibilidad, prevención, selección de terapias, seguimiento
de los tratamientos, etc.).
Uno de los mayores retos de la medicina del siglo XXI es la identificación de
biomarcadores que permitan el diagnóstico precoz de enfermedades y faciliten la
intervención clínica apropiada o predecir respuestas a tratamientos farmacológicos. En
este sentido, la proteómica clínica está generando enormes expectativas y, en
consecuencia, las plataformas proteómicas, en todas sus modalidades, se están aplicando
cada vez más en la investigación del cáncer, enfermedades cardiovasculares,
neurodegenerativas, etc.
Por lo tanto, la validación de posibles biomarcadores requiere el análisis de un número
elevado de muestras mediante técnicas más selectivas y dirigidas, entre las que destaca la
monitorización selectiva de iones (selected reaction monitoring, SRM). El SRM permite
la selección y cuantificación de proteínas en matrices complejas, midiendo el ion
precursor y las transiciones de sus péptidos proteotípicos, es decir, específicos de la
proteína de interés. El monitoreo de reacción seleccionado ( SRM ) es un método
utilizado en espectrometría de masas en tándem en el que se selecciona un ión de una
masa particular en la primera etapa de un espectrómetro de masas en tándem y en la
segunda se selecciona un producto iónico de una reacción de fragmentación del ión
precursor. Espectrómetro de masas para la detección.
En ocasiones, los análisis proteómicos proporcionan una avalancha de datos de difícil
evaluación. Una de las funciones esenciales de los equipos multidisciplinares es la
priorización de patrones candidatos que han de ser validados. La fiabilidad de los datos,
avalados en las bases de datos, su potencial valor clínico y un riguroso análisis
bioinformático, son algunos de los criterios que deben seguirse en la priorización.
 IV. BIBLIOGRAFÍA

1. Jesús M. Prieto Valtueña, José R. Yuste Ara. BALCELLS LA CLÍNICA Y EL

LABORATORIO. 22a edición. España: Elsevier 2015.
2. F. J. Corrales, C. Berasain, L. Odriozola, M. A. Ávila. GENÓMICA Y
PROTEÓMICA. BALCELLS LA CLÍNICA Y EL LABORATORIO. 22 a
edición. España: Elsevier 2015. Págs. 467-485.