Unidad 3: Regulación

y expresión de la
información
genética
Transcripción del ácido
ribonucleico ARN
• La transcripción del ADN es el primer proceso de la expresión
genética, mediante el cual se transfiere la información contenida
en la secuencia del ADN hacia la secuencia de proteína utilizando
diversos ARN como intermediarios.

• Durante la transcripción genética, las secuencias de ADN son

copiadas a ARN mediante una enzima llamada ARN polimerasa la
cual sintetiza un ARN mensajero que mantiene la información de
la secuencia del ADN. De esta manera, la transcripción del ADN
también podría llamarse síntesis del ARN mensajero.
Definición de conceptos

La iniciación de la transcripción es crucial para determinar que genes

se pueden expresar, cuándo y dónde.
Es importante descifrar la iniciación de la transcripción por todas las
polimerasas de RNA a través de la identificación del sitio de inicio
para la transcripción.
En eucariontes, la regulación del inicio de la transcripción ocurre a
diferentes niveles:

• Nivel promotor
• Nivel estimulador
• Nivel de la dinámica del nucleosoma
• Nivel de condensación del cromosoma

Los primeros dos niveles son utilizados por los procariontes.

Promotor: son señales del DNA que le indican al aparato de
transcripción como debe iniciar una transcripción en un sitio
especifico cerca del promotor.

La actividad del promotor puede ser regulada por la unión de

factores auxiliares en sitios disponibles y estos a su vez se determinan
por el posicionamiento del nucleosoma dependiente de la
restructuración de la cromatina. La condensación de esta ultima
inhibe la transcripción.
La frecuencia del inicio transcripcional en un promotor determinado
depende de la eficiencia con la cual este se une y organiza el
complejo de iniciación transcripcional.
Los promotores con frecuente iniciación se llaman fuertes. Los
promotores débiles rara vez dirigen la iniciación transcripcional.
Todos los organismos tienen una
proteína que abarca o une
directamente la polimerasa de
RNA tipo I al DNA.
En procariontes es el factor σ
(sigma). En eucariontes, hay
diferentes complejos de
factores transcripcionales que
son los encargados para el
posicionamiento de las
polimerasas de RNA I, II y III.
 TIPOS Y ESTRUCTURA DE LAS POLIMERASAS DE RNA

Procariontes

• Tanto las polimerasas de DNA como las de RNA agregan

nucleótidos trifosfatos (NTP) sobre una cadena de ácidos nucleicos
preexistente. Sin embargo, una diferencia muy importante es que la
polimerasa de RNA sí es capaz de iniciar la síntesis de una cadena
nueva sobre una ya existente, en tanto que la de DNA no.

• La reacción catalizada por una polimerasa de RNA es la adición de

NTP en un sentido de 5′ a 3′ con eliminación de un difosfato al
medio; el primer NTP conserva los tres fosfatos, en tanto que en la
terminal del OH en 3′ es el lugar donde se agregara el resto de los
NTP con el extremo 5′. La velocidad de reacción en bacterias es del
orden de 40 nucleótidos; adicionados por segundo a 37°C es la
misma velocidad de traducción (15 aminoácidos/s).
• La estructura de la polimerasa de RNA de E. coli comprende cuatro
subunidades proteínicas [2α (37 kD), β (151 kD) y β′ (156 kD)] y una
accesoria denominada factor σ del cual existen varios tipos que
varían en su peso molecular desde 28 a 70 kD.

• Este factor es determinante en el reconocimiento del sitio de

iniciación en la transcripción; además, posee actividad de helicasa
que permite la abertura del DNA. La síntesis de nucleótidos la realizan
las otras cuatro proteínas que en su conjunto se conoce como
núcleo, en tanto que el conjunto de las cinco proteínas se denomina
holoenzima.
Eucariontes

En eucariontes, hay tres tipos de polimerasas de RNA, I, II y III. La

estructura de las polimerasas de RNA de eucariontes comprende
dos subunidades grandes equivalentes al β y β′ de procariontes,
además de 12 a 15 proteínas pequeñas adicionales.
• Sin embargo, estas polimerasas carecen de las proteínas
equivalentes al factor σ de procariontes, por lo que la iniciación
de la transcripción la debe realizar otro tipo de proteínas.

• La polimerasa II resulta ser la mas importante, debido a que es la

encargada de transcribir los genes que originan las proteínas y
algunos RNAnp, en tanto que las otras dos polimerasas
transcriben solo genes de RNA. La polimerasa I se localiza en el
nucléolo y transcribe genes de RNAr excepto RNA 5S, la III
también se localiza en el nucléolo y transcribe RNA 5S, RNAt, U6
RNAnp y algunos pequeños genes de RNA.
PROCESO DE TRANSCRIPCIÓN EN PROCARIONTES
Iniciación

El mecanismo de transcripción inicia cuando la polimerasa de

RNA se une a la cadena molde de DNA y reconoce la primera
base para copiarse. Según las reglas de apareamiento de bases,
la presencia de guanina en este sitio produce que dicha
polimerasa seleccione un CTP de la mezcla de los cuatro
diferentes tipos de nucleótidos de trifosfato existentes.
En tal polimerasa se produce un cambio conformacional, el cual
permite la lectura de la siguiente base expuesta sobre la cadena
molde del DNA, la cual es una adenina; así, la presencia de adenina
en esta segunda posición induce a que la enzima seleccione a un UTP
y la formación de un enlace fosfodiéster en el carbón de la posición
3′-terminal del primer nucleótido. Esta reacción permite eliminar un
pirofosfato del UTP con liberación de grandes cantidades de energía
necesarias para la formación del enlace fosfodiéster.
• El complejo de transcripción del que forma parte la polimerasa
de RNA necesita factores de iniciación que se unen a
secuencias especificas del DNA para reconocer el sitio donde
la transcripción ha de iniciar y se sintetice el nuevo RNA. Las
secuencias de DNA en las que se ensamblan los complejos de
transcripción se llaman promotores.

• Los promotores tienen secuencias de nucleótidos definidas,

donde las mas conocidas son la caja TATAAT y la caja
TTGACA. Los promotores se localizan en los extremos 5′-
terminales de los genes, es decir, por lo general en posiciones
antes de iniciar la transcripción.
La polimerasa de RNA se une a las secuencias promotoras que incluyen la caja
TATAAT y TTGACA
• La secuencia promotora esta
formada por unos 70 pares
de bases (pb) nitrogenadas,
que concuerda con el
tamaño de la holoenzima
polimerasa de RNA que es
una esfera de unos 20 nm de
diámetro.
• Es común ver en células
procariontes la participación
de una serie de proteínas
llamadas factores σ que
tienen como fin guiar a la
polimerasa de RNA al
promotor conveniente.
La polimerasa de RNA se une a una de las caras del DNA bicatenario y
este se enrolla en la enzima de forma similar a como lo hace con el
nucleosoma. La interacción entre la polimerasa de RNA y el DNA se
estabiliza por varios tipos de enlaces débiles como interacciones iónicas,
interacciones de van der Waals y enlaces de hidrogeno. La unión de
polimerasas de RNA a DNA se llama complejo cerrado.
• El reconocimiento del promotor por la polimerasa de RNA corre a
cargo de la subunidad σ. Aunque la búsqueda del promotor por
esta polimerasa es muy rápida, la formación de la burbuja de
transcripción o abertura del DNA y la síntesis del RNA es muy
lenta. La burbuja de transcripción es una abertura de DNA
desnaturalizado de 18 pares de bases, donde empieza a
sintetizarse el RNA a partir del nucleótido numero 10 del molde de
DNA en la burbuja de transcripción.

• La burbuja de transcripción se llama complejo abierto. Los

ribonucleótidos de trifosfato se van uniendo al molde del DNA
para formar el RNA. La subunidad σ abandona el complejo de
transcripción cuando el RNA alcanza una longitud de 10
ribonucleótidos.
Elongación o crecimiento

La polimerasa de RNA cataliza el crecimiento de la cadena del

RNA. Una cadena de RNA se une por apareamiento de bases a la
cadena de DNA, y para que se formen correctamente los enlaces
de hidrogeno que determina el siguiente nucleótido del molde de
DNA, el centro activo de esta polimerasa reconoce a los
ribonucleótidos trifosfato entrantes. Cuando el nucleótido entrante
forma los enlaces de hidrogeno idóneos, entonces la polimerasa
cataliza la formación del enlace fosfodiéster que corresponde. A
esto se le llama crecimiento, la segunda etapa de la transcripción
del RNA.
Terminación

Al finalizar la síntesis de RNA, esta molécula

ya se ha separado por completo del DNA
(que recupera su forma original) y también
de la polimerasa de RNA terminando la
transcripción. La terminación es otra etapa
distinta de esta ultima, porque justo cuando
el complejo de transcripción se ha
ensamblado activamente, debe
desensamblarse una vez que el crecimiento
se ha completado. La terminación esta
señalizada por la información contenida en
sitios de la secuencia del DNA que se esta
transcribiendo, por lo que la polimerasa de
RNA se detiene al transcribir algunas
secuencias especiales del DNA.
Estas secuencias son ricas en guanina y citosina, situadas en el
extremo 3′ de los genes, seguidas de secuencias ricas en timina,
formando secuencias palindrómicas, que cuando se transcriben
en el RNA recién sintetizado, adoptan una estructura en horquilla
que desestabiliza el complejo RNA-DNA, obligando a separarse
de la polimerasa de RNA, renaturalizandose la burbuja de
transcripción.
Algunas secuencias de DNA carecen de la secuencia de
terminación; poseen otra secuencia a la que se une una serie de
proteínas reguladoras específicas para la terminación de la
transcripción, como es la proteína ρ (rho), que constituye un
segundo mecanismo de terminación en algunos genes en células
procariontes.
PROCESO DE TRANSCRIPCIÓN EN EUCARIONTES
 PROCESO DE TRANSCRIPCIÓN EN EUCARIONTES

• La transcripción en eucariotas se realiza en el núcleo y aunque

el proceso básico es similar al de procariotas, la maquinaria
transcripcional y el destino de los ARNm es mucho más
complejo. La estructura de la ARN polimerasa eucariótica es
más complicada, además, se requiere una gran cantidad extra
de elementos proteicos y secuencias en el ADN para señalar y
regular los niveles de síntesis del ARNm.

• Las proteínas accesorias necesarias para la transcripción

eficiente se han denominado genéricamente como factores
transcripcionales; éstos no interaccionan directamente con la
ARN polimerasa, sino que forman complejos que modifican la
estructura de cromatina para permitir el inicio de la síntesis del
ARNm.
• La iniciación de la transcripción del RNA en eucariontes
constituye uno de los pasos mas importantes para la expresión
génica. Así, las polimerasas de RNA de eucariontes, a
diferencia de los procariontes, requieren mas de una proteína
para reconocer el promotor y desdoblar la doble hélice del
DNA, de modo que conformen un complejo de preiniciación
a manera de preparación para la iniciación transcripcional.

• Cabe resaltar que la estructura de los cromosomas es

determinante en los eucariotas. En eucariotas complejos, se
calcula que sólo de 1 a 2% del ADN es transcrito en ARNm y
una gran proporción del ADN existe permanentemente en
forma de cromatina muy condensada (heterocromatina) que
es transcripcionalmente inerte. Las secuencias que son
transcritas se encuentran en cromatina menos compacta y las
regiones del cromosoma donde se encuentran se conocen
como eucromatina.
Aunque básicamente los genes eucariotas siguen un proceso
similar al descrito para procariotas, en este proceso existen
diferencias significativas que es importante remarcar:

• Existen diferentes ARN polimerasas según la naturaleza del

ARN que se transcribe, es decir, existe una gran
especialización de manera que cada enzima solo va a
sintetizar un tipo específico de ARN.
• La terminación en eucariotas parece un proceso menos preciso; es
decir, no hay una secuencia consenso.

• El control de la iniciación es un proceso mucho más regulado en

eucariotas, ya que los genes están muy distanciados y existen
muchos tramos de ADN con elementos reguladores. Las
investigaciones actuales aportan cada vez más información
acerca de estos elementos indicando su importante papel
regulador.

• Otra importante diferencia es el hecho de que la iniciación de

estos genes debe ocurrir en la compleja estructura de la cromatina.
 ARN polimerasas eucarióticas

• Dado que existen cromosomas no sólo en el núcleo, sino también

en cierto organelos, es importante distinguir las ARN polimerasa
eucarióticas según su localización.

• Las mejor estudiadas, son las polimerasas nucleares, de las cuales

existen tres tipos, que se han nombrado con los numerales
romanos I, II y III de acuerdo con su orden de elusión de una
columna de intercambio iónico.

• Cada polimerasa tiene propiedades diferentes en función de su

localización en el núcleo, los genes que transcriben y la cantidad
y tipo de subunidades que las conforman. Sin embargo, todas las
ARN polimerasas eucarióticas catalizan la misma reacción
bioquímica que cataliza la enzima de E. coli.
1. La ARN polimerasa I se localiza en la zona del nucleolo, donde
transcribe los genes que codifican para los ARNs ribosomales. Estos
genes se encuentran repetidos en varias copias y se organizan de
manera lineal. La ARN polimerasa I sintetiza un transcrito largo
denominado pre-ARNr, que luego se corta para producir los ARNr
maduros.
2. La ARN polimerasa II se encuentra en la zona denominada
nucleoplasma y es muy susceptible a inhibición por compuestos
como la α-amantina (veneno producido por el hongo Amanita
phalloides). Transcribe genes que codifican proteínas y su transcrito
primario es el ARN heterogéneo nuclear (ARNhn), el precursor del
ARNm citoplásmico.
3. La ARN polimerasa III es también nucleoplásmica, se encarga de
transcribir los ARNt, algunos ARNpn y un tipo particular de ARNr que
tiene un coeficiente de sedimentación de 5S.
• Las tres ARN polimerasas eucarióticas nucleares son moléculas
de gran tamaño. Cada una está formada por dos subunidades
específicas y 12 subunidades de menor tamaño, algunas de las
cuales son comunes para las tres ARN polimerasas.

• La función precisa de todas las subunidades no se conoce con

detalle, pero se sabe que las ARN polimerasas no inician la
transcripción en los mismos nucleótidos en condiciones in vitro e
in vivo, por lo que no se han podido desarrollar métodos
generales para localizar los promotores. En los organelos está
presente la ARN polimerasa γ, que es distinta a las tres
anteriores.
 .

• Las ARN polimerasas necesitan factores que promuevan la

iniciación de la transcripción. Los factores de transcripción
generales son necesarios para iniciar este proceso.
Iniciación de la Transcripción en Eucariotas
 Iniciación

Los factores de transcripción generales (denominados TFIIA, TFIIB,

TFIID, etc.) se unen al promotor del gen, que también posee una
secuencia consenso denominada caja TATA por la secuencia rica
en T y A que se encuentra en la posición -25 del promotor. Los
factores son necesarios para que la ARN polimerasa se fije al
promotor y comience la transcripción del gen. La unión del factor
TFIID junto con otros factores promueve la unión de la ARN
polimerasa II al promotor. En particular es la subunidad TBP
(TATA binding protein) del factor TFIID la que promueve la unión
específicamente de la ARN polimerasa II a la caja TATA. A
continuación, otros factores formarán el complejo de iniciación de
la transcripción, que será característico según el tipo de promotor
que lleve el gen.
Iniciación y elongación de la transcripción en eucariotas. (a) Los factores generales de
la transcripción son necesarios para que la ARN polimerasa se fije al promotor y
comience la transcripción del gen. (b) Se produce la fosforilación de una porción de la
ARN polimerasa por otros factores (TFIIH) que permite que la ARN polimerasa continúe
la transcripción del gen.
 Elongación

• Posteriormente al inicio de la transcripción se produce la fosforilación

de una porción de la ARN polimerasa por otros factores (TFIIH) que
permite que la ARN polimerasa deje de unirse fuertemente al
promotor y continúe la transcripción del gen: se produce un cambio
conformacional en la ARN polimerasa debido a la fosforilación del
extremo C-terminal de la enzima, que es catalizada por una
subunidad del factor de transcripción TFIIH con actividad quinasa.

• La fosforilación hace que la polimerasa se separe del complejo de

iniciación de la transcripción, que quedará unido al promotor, donde
se podrá iniciar la transcripción de un nuevo mensajero.
• La ARN polimerasa que ha comenzado a reclutar el complejo de
iniciación podría considerarse la enzima pionera, sin embargo, este
complejo de iniciación seguirá unido al promotor de manera que si
una nueva enzima lo vuelve a reconocer comenzará la síntesis sin
necesidad de haber reclutado a todos los factores de iniciación.

• Así, la primera o pionera ayudará a que nuevas rondas de

transcripción comiencen más deprisa. Además, parece ser que
tiene lugar una alteración de la estructura del nucleosoma en
aquellos genes que se están transcribiendo debido a una
asociación entre la enzima histona acetiltransferasa y la enzima
ARN polimerasa pionera. Es importante resaltar, sin embargo, que
las histonas del octámero del nucleosoma nunca se llegan a
disociar del ADN que se está transcribiendo.
La fosforilación del extremo C-terminal de la ARN polimerasa
permite, además, la unión de varias proteínas que van a modificar
o procesar el ARN a medida que se va sintetizando.
 Terminación

• Este punto parece estar

relacionado con una
secuencia TTATTT. En el caso
del RNAm, se corta y se le
añade un segmento de
adeninas (poli A) por una
polimerasa de poliadenilato.

• Este RNA sintetizado es el RNA

heterogéneo nuclear (RNAhn)
o transcrito primario, el cual
debe modificarse antes de
salir del núcleo.
• Una vez descolgada la ARN polimerasa fosforilada de la cadena
de ADN, se eliminarán los grupos fosfato mediante una fosfatasa,
que dejará preparada de nuevo a la enzima para iniciar una
nueva ronda de transcripción.

• Los ARN transcritos en eucariotas van a sufrir una serie de

modificaciones en el proceso de maduración que dejará
preparado al ARN para ser exportado al citoplasma donde podrá
realizar su función, dependiendo del tipo de ARN de que se trate.