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Ecole Supérieure d'Agriculture de Mograne

Cours de
Microbiologie
1ère Année Filière Ingénieur

Dr. Mohamed Elimem


Chapitre I :

Introduction générale
La microbiologie est une science qui s’intéresse à l’étude des micro-
organismes, leur identification, caractérisation, leurs besoins, leur
origine, leur évolution, activités, relations avec le milieu naturel ou
artificiel.

Bien que depuis l’antiquité on pensait à l’existence des micro-


organisme, la science de la microbiologie n’a commencé qu’avec
l’apparition et l’intervention du microscope vers la moitié du XI
siècle.

Cette discipline intéresse le domaine de la médecine autant que


certains autres comme le domaine de l’agriculture étant donné que
divers micro-organismes peuvent être pathogènes vis-à-vis des
plantes ou qu’ils jouent un rôle de symbiose avec celles-ci.
La microbiologie présente un intérêt en commun avec la biochimie
et la chimie. Ces trois spécialités interviennent dans des domaines à
l’échelle moléculaire. Elles partagent toutes un même concept
d’entité moléculaire sur lequel repose l'interconnectivité entre ces
trois disciplines.
Importance de la microbiologie
Les microbes affectent tous les domaines de la vie.
La pratique de la microbiologie consiste à fournir des services
professionnels et des conseils scientifiques, notamment dans
l'analyse, la gestion, le contrôle, l'évaluation et la supervisions des
activités portant sur les microorganismes. Ceci inclut également les
activités en lien avec les composantes microbiennes et avec les
produits de l’activité des microorganismes.
La microbiologie se divise en plusieurs spécialités.
1. Microbiologie biopharmaceutique (médicale)
La capacité de certaines microbes à provoquer des maladies est
bien connue. L’industrie pharmaceutique est souvent liée à la
microbiologie médicale ou microbiologie moléculaire. Elle
contribue au développement de nouveaux antibiotiques, antiviraux
ou vaccins et évaluent l'efficacité des nouveaux traitements.
À l’échelle clinique, la microbiologie étudie les micro-organismes
susceptibles d'être pathogènes pour les êtres humains. Ceci
s’effectue par les analyses et leur identification tout en étudiant la
virulence, la pathogenèse (relation hôte-pathogène) et l'efficacité
des traitements.
La microbiologie médicale se focalise sur la dynamique des
maladies infectieuses.
2. La Microbiologie moléculaire
Cette branche de la microbiologie étudie plus particulièrement les
structures microbiennes et leurs fonctions, la génétique et les
relations hôte-pathogène au niveau moléculaire.
Elle identifie et exploite des molécules, protéines ou gènes
microbiens pouvant être utiles en biotechnologie, dans la
production de vaccins ou d'antibiotiques ou dans l'industrie en
général. La microbiologie moléculaire est principalement appliquée
dans l'industrie agroalimentaire, biotechnologique ou
pharmaceutique.
3. La Microbiologie biotechnologique
Traditionnellement, les microbes sont utilisées pour synthétiser de
nombreux produits chimiques comme l’acétone, l’acide acétique
ou également certains produits pharmaceutiques.

4. Microbiologie industrielle
Plusieurs industries exploitent les propriétés utiles des micro-
organismes. La microbiologie industrielle a souvent une
connaissance approfondie du métabolisme et de la physiologie des
microorganismes. Elle exploite leurs systèmes enzymatiques et leur
pouvoir de synthèse ou de dégradation moléculaire.
Ils sont employés dans l'industrie des pâtes et papiers, les usines
de traitement d'eau, l'industrie alimentaire et biotechnologique.
5. Microbiologie agroalimentaire

Le secteur agroalimentaire inclut l'industrie de l'alimentation, mais


aussi l'agriculture et la recherche dans ces domaines.

La microbiologie agro-alimentaire étudie le rôle utile ou nuisible


des micro-organismes dans la production maraîchère, la
production animale, la fabrication et la conservation des aliments.
Elle se spécialise également dans la recherche en luttes
biologiques, développement de probiotiques, protection de
l'environnement et l'élimination des pesticides et des antibiotiques
en agroalimentaire.

Dans l'industrie alimentaire, ils sont aussi employés pour contrôler


la production de lait, fromage, yogourt, bière, vin et autres
produits dérivés de la microbiologie.
6. Microbiologie environnementale

Cette spécialité évalue l’impact que les microorganismes


peuvent avoir sur la santé et sur l’environnement.

En effet, les microbes assurent également le recyclage de CO2,


d’Azote et des composants essentiels pour les organismes
vivants.

On les trouve aussi en associations symbiotiques avec les


plantes et peuvent être utilisés pour éliminer les composés
toxiques de l’environnement.
Le monde microbien
Un micro-organisme, ou une microbe, fait partie d’un groupe large et
extrêmement diversifiés d’organismes qui sont groupés sur la base
d’une seule propriété : ce sont des organismes vivants, invisibles à
l’œil nu et ne peuvent être observés qu’au microscope.

Les micro-organismes sont représentés par différentes formes de


vies telles que les bactéries, les archeobactéries, les champignons
microscopiques, les protistes, les algues ainsi que certains
organismes vivants appartenant au règne animal comme les
protozoaires, planctons, les amibes…
Concernant les virus, certains chercheurs les adhèrent aux micro-
organismes alors que d’autres les écartent étant donné qu’il ne sont
pas des êtres vivants.

Microbe Taille Nature cellulaire et


nucléaire
Virus 0.01  0.25 µm Acellulaire acaryote
Bactéries 0.1 10µm Procaryotes
Champignons 1 2µm Eucaryotes
Protozoaires 2 1000µm Eucaryotes
Algues 1 plusieurs mm Eucaryotes
La cellule bactérienne
La cellule bactérienne est entourée par une enveloppe rigide (la
paroi) qui lui garde sa forme, lui donne sa résistance et entoure une
autre enveloppe plus mince, la membrane cytoplasmique.

Le cytoplasme est un fluide


aqueux homogène contenant des
ribosomes, des substances
nutritives et de réserves, des
pigments, des ions, des enzymes,
des vacuoles à gaz, des déchets,
et divers molécules impliquées
dans les synthèses et le
métabolisme énergétique mais
aucun organite cellulaire.
L’information génétique est représentée par l'appareil nucléaire
qui est un filament d'ADN non entouré par une membrane
(cellule procaryote). Il forme un chromosome unique.
La cellule bactérienne est haploïde.

Le cytoplasme des bactéries est riche en ribosomes qui sont des


complexes ribonucléoprotéique faits d’ARN ribosomiques et de
protéines ribosomiques et de la taille de 0.025µm de diamètre. Ils
constituent le site de synthèse des protéines. Ils assurent la
traduction de la molécule d’ARNm dans la synthèse des protéines.

Les vacuoles de gaz ou gazeuses n’apparaissent que chez


certaines espèces aquatiques. Chaque vacuole consiste en un
grain de petite vésicule allongée et remplie de gaz. Chaque
vésicule présente un diamètre de 60 à 250 nm. Et est entourée
par une paroi protéique. Leur rôle est d’assurer la flottabilité dans
les milieux aquatiques et gazeux.
Morphologie Bactérienne
La plupart des bactéries sont de très petite taille (de 1 à 3
micromètres). Toutefois, certains spirochètes peuvent atteindre 500
micromètres alors que les mycoplasmes ne dépassent guère 0.1
micromètre.
Spirochètes : Ces bactéries parasites sont
sources de maladies pour de nombreux
animaux (dont mammifères) et en
particulier pour l'Homme

Mycoplasmes: ce sont des bactéries qui


n’ont pas de paroi cellulaire ce qui les
rend insensibles aux antibiotiques.
Les bactéries peuvent être de différentes formes. Elles peuvent
prendre essentiellement trois formes: sphérique ou coccoïde, en
bâtonnet et en spirale.
La forme sphérique caractérise les Cocci ou
coques.
Leur mode de division conduit à des groupements
typiques en chaînette (streptocoques), en grappe
de raisin (staphylocoques), en cubes (sarcines), etc.
Streptocoques plusieurs espèces sont
pathogènes de l’homme et à l’origine des
angines et des pharyngites. Staphylocoques
responsable
d'intoxications
alimentaires,
Sarcines bactéries d'infections localisées
saprophytes en masse suppurées et, dans
cubiques qu’on trouve certains cas extrêmes,
parfois dans les d'infections
vomissement des potentiellement
personnes atteintes mortelles.
d’affections chroniques de
l’estomac.
La forme en bâtonnets caractérise les
bacilles.
Quelquefois les bâtonnets sont incurvés
(vibrions) ou prennent la forme d'une massue
(corynébactéries). Parfois les bâtonnets sont
tellement courts qu'on pourrait les confondre
avec des coques (coccobacilles).
Corynébactéries disposés en
Vibrions ce sont des
palissades et en lettres V,
bactéries de formes
extrémités souvent renflées
incurvées dite en virgules
responsables de la maladie de la
dont l’espèce la plus
diphtérie.
connue est Vibrio
cholerae responsable de
la Cholera.
Les formes spiralées se rencontrent chez les tréponèmes, les
leptospires et les spirochètes.

Tréponèmes sont de forme spiralée dont la bactérie


responsable de la Syphilis chez l’homme.
Or, il est à noter que dans le monde bactérien d'autres formes existent:
pédonculées (Caulobacter),
filamenteuses (bactéries ferrugineuses, Sphaerotilus),
mycéliennes (mycobactéries)
ou nettement ramifiées (actinomycètes).
Sphaerotilus
Caulobacter

mycobactéries

actinomycètes
La paroi bactérienne
La paroi est l'enveloppe caractéristique de la cellule procaryote. Elle est
un véritable exosquelette qui lui confère sa forme et lui permet de
résister à la forte pression osmotique interne.

La paroi est notamment formée d'un polymère : le


peptidoglycane, encore appelé mucopeptide,
muréine ou encore muco-complexe. Il maintient la
forme des cellules bactériennes et assure une
protection mécanique vis-à-vis de la pression
osmotique. Il est constitué d'une partie glucidique
(= polysaccharide) et d'une partie peptidique.
L’identification et la caractérisation des bactéries se basent
essentiellement sur la structure de la paroi bactérienne.

En effet, ceci s’effectue par la méthode de la coloration de Gram qui doit


son nom au bactériologiste Hans Christian Gram.
C’est une coloration par le violet de gentiane qui permet de mettre en
évidence les propriétés de la paroi bactérienne afin de les utiliser pour
les distinguer et les classer.
C’est un protocole qui permet une identification rapide des bactéries qui
existent au niveau d’un certain milieu.
Il y’a deux types de bactéries selon ce protocole d’identification qui
sont:
•Bactéries à Gram positif
•Bactéries à Gram négatif
La distinction entre bactéries à Gram positifs et les bactéries à Gram
négatif repose sur une différence de composition pariétale.
Gram positif,
il y a de nombreuses couches de peptidoglycane qui représentent jusqu'à 90 % des
constituants de la paroi bactérienne.
Celle-ci contient aussi un feutrage (10 à 50 % du poids sec de la paroi) d'acides
teichoïques (acide qui permet au peptidoglycane de s’attacher) associés étroitement au
peptidoglycane et faisant parfois saillie à la surface de la bactérie.
Certains, les acides lipoteichoïques acides qui jouent un rôle dans les réations enzymatiques
de la membrane et possèdent des propriétés antigéniques), sont placés
transversalement et s'enfoncent jusqu'à la membrane cytoplasmique.
En général il n'y a pas ou peu de protéines dans la paroi des bactéries à Gram positif.
Par la technique de la coloration de Gram, les bactéries de Gram positifs apparaissent avec
une coloration mauve.
Gram négatif,
il n'y a qu'une seule ou au plus deux couches de peptidoglycane qui ne représente que 5 à
20 % des constituants de la paroi bactérienne. Mais 3 polymères situés en dehors du
peptidoglycane viennent compléter la paroi : des lipoprotéines, une « membrane
externe » qui contient du lipopolysaccharide.
Au sein de cette « membrane externe », qui est une mosaïque fluide, se trouvent
associés au moins deux types de protéines spécifiques : certaines sont dites
protéines de structure car elles consolident la membrane externe ; d'autres,
appelées « porines » permettent le passage des petites molécules hydrophiles et en
particulier des antibiotiques.
Par la technique de la coloration de Gram, les bactéries à Gram négatif apparaissent roses.
La paroi bactérienne est plus ou moins perméable à certains solvants.
Cette propriété est mise à profit dans la coloration de Gram. Le
cytoplasme des bactéries est coloré par le violet de gentiane. La paroi
des bactéries Gram négatif, perméable à l'alcool, permet à celui-ci de
décolorer le cytoplasme, alors que la paroi des bactéries Gram positif,
imperméable à l'alcool, ont un cytoplasme qui reste de couleur violette.
Les différents constituants de la paroi sont à l'origine de nombreuses
propriétés antigéniques lesquelles permettent la distinction sérologique
d'espèces bactériennes proches aussi bien chez des Gram positif
(Streptococci) que Gram négatif (Salmonella, Proteus, etc.).

Certains constituants de la paroi sont des sites privilégiés de fixation des


bactériophages. C'est le cas des acides teichoïques des bactéries Gram
positif. La fixation du virus sur la paroi constitue la première phase de
l'infection virale. Celle-ci peut être suivie par la lyse de la cellule. Cette
propriété peut être utilisée pour différencier certaines espèces
bactériennes.
Rôles de la paroi
•La paroi confère à la bactérie sa morphologie véritable.
•Elle constitue le squelette externe de la bactérie et représente 25 à
35 % du poids total de la bactérie.
•La paroi contient la pression osmotique interne. Sans paroi, les
bactéries prennent une forme sphérique.
•Elle joue un rôle déterminant dans la coloration de Gram.
•Elle joue un rôle déterminant dans la spécificité antigénique des
bactéries.
•Elle est le support de l'action de certaines enzymes exogènes ou
endogènes et de certains antibiotiques.
Cytoplasme bactérien
Le cytoplasme bactérien est contenu dans une paroi qui s’appelle
membrane cytoplasmique. Son pH est compris entre 7 et 7.2.

Le cytoplasme des cellules bactériennes est un hydrogel colloïdal


comprenant une phase dispersante (sels minéraux et composés solubles
de nature lipoprotéique (lipides et protéines)) et une phase dispersée
formée de nucléoprotéines et de lipides.

Le cytoplasme contient des ribosomes, des acides ribonucléiques et des


substances de réserves.
Parmi les substances de réserves, l'amidon et plus souvent le glycogène,
l'acide hydroxybutirique, des polyphosphates organiques, du soufre, du
fer, etc.
Les bactéries photosynthétiques possèdent des chromatophores.
Ces organites jouent chez ces bactéries le rôle que jouent les
chloroplastes chez les plantes vertes. Toutefois, l'ultrastructure et la
nature des pigments de ces organites en sont différents.

Chromatophores:
Les chromatophores sont des vésicules colorées associées à la membranes de certaines
bactéries phototrophes ou photosynthétiques. Il faut pas les confondre avec les cellules
chromatophores qui existent chez les animaux à sang froid.

Certaines bactéries (cyanobactéries) possèdent des vacuoles à


gaz. Ces bactéries sont photosynthétiques. Ces vacuoles à gaz
sont utilisées par ces bactéries pour se sustenter à différentes
profondeurs dans les masses d'eau qu'elles fréquentent.

Les Cyanobactéries:
Ce sont bactéries autrefois appelées les algues bleu-vertes.
Elles réalisent la photosynthèse oxygénique.
Appareil Nucléaire Bactérien
L'appareil nucléaire bactérien n'est pas entouré d'une membrane,
contrairement au noyau de la cellule eucaryote.
Il semble qu'il n'y ait qu'un chromosome. La cellule serait donc
haploïde.
La molécule d'ADN des bactéries est de grande taille. Déroulée, elle
atteindrait plus d'un millimètre de longueur.
L'appareil nucléaire est en relation avec
les invaginations de la membrane
plasmique appelées mésosome. Il
semble que c'est au niveau du
mésosome que soient concentrées les
sites enzymatiques qui permettent à
l'ADN d'exprimer ses différentes
fonctions.
Les Plasmides
Les plasmides sont des éléments génétiques
extrachromosomiques capables d'autoréplication. Ce sont des
fragments d’ADN circulaires dissociés des chromosomes.

Les plasmides sont des petits fragments d'ADN, environ cent fois
moins volumineux que l'ADN chromosomique.
Il est à noter que certains plasmides peuvent dans certains cas
s’intégrer avec l’ADN de la bactérie et dans ce cas on les appelle
des épisomes.
Les bactéries en comportent généralement 5 à 30 copies,
les levures entre 50 et100 exemplaires par cellule. Les gènes de
plasmides sont non-nécessaires mais avantageux pour la bactérie.

Parmi leurs propriétés, l'une d'elle, très importante, est de conférer


aux bactéries des résistances aux antibiotiques ou aux métaux lourds
(sels mercuriels, de cadmium, de plomb, composants fréquents des
antiseptiques).

Les plasmides sont aussi responsables de la synthèse des bactériocines.


Ces substances de nature protéique ont un pouvoir bactéricide
puissant.
Les Eléments bactériens
inconstants
La Capsule
La capsule joue un rôle important dans la défense
des bactéries. En revanche, pas toutes les
bactéries en élaborent. La capsule est produite
par un certain nombre de bactéries qui élaborent
des substances organiques visqueuses qui
entourent leur paroi d'une couche plus ou moins
compacte.
Au sein d'une espèce, certaines souches en produisent, d'autres pas.
L'élaboration de la capsule est influencée par certaines conditions du
milieu. Les glucides jouent un rôle important dans la présence ou non
de la capsule.
La capsule joue un rôle important non seulement dans la défense des
bactéries mais également contre la dessiccation, les prédateurs
(protozoaires) ou les parasites (les bactériophages sont incapables de se
fixer sur une bactérie capsulée). La capsule empêche les bactéries d'être
phagocytées dans l'organisme, par ailleurs, elle est le support de
nombreux antigènes. Ainsi, les pneumocoques capsulés se révèlent
pathogènes, alors que les pneumocoques non capsulés ne le sont pas.

Les Pneumocoques :
Ce sont des espèces de bactéries en chaine du genre
Streptococcus responsables des pneumonies qui sont des
infections pulmonaires aigües qui touchent l’homme.
Les flagelles et les cils
La mobilité ou la locomotion permet au micro-oarganismes de changer
de position dans l’environnement où il se trouve. Elle est assurée par
différents mécanismes :

• Par Glissement comme les Cyanobactéries


(anciennement appelées les algues bleu-vertes).

• Par rotation autour d'un axe central (spirochètes)

• Par les cils et les flagelles


Les cils et les flagelles sont des filaments extrêmement ténus.
Il existe quatre grands types d'insertion des cils ou des flagelles sur les
bactéries : insertion polaire : monotriche, lophotriche, amphitriche et
insertion péritriche.
Le point d'insertion des cils et des flagelles se situe dans le
cytoplasme, au contact de la membrane plasmique. Cette insertion
diffère selon que les bactéries sont Gram positif ou Gram négatif.

Les cils et les flagelles confèrent une certaine mobilité aux bactéries
qui peuvent se déplacer dans les milieux liquides ou à la surface des
géloses. Certaines espèces peuvent même envahir les milieux de
culture, masquant par là même les autres colonies. C'est le cas
des Proteus ou des Pseudomonas.

Pseudomonas.
La mobilité pour les bactéries n'a d'intérêt que pour se nourrir
(s'approcher des substances nutritives) ou pour fuir les prédateurs ou
les molécules toxiques (antibiotiques, antiseptiques, etc.). Ces
comportements relèvent de chimiotactismes. Les bactéries sentent
donc leur environnement grâce à des récepteurs chimiques.

Les pili ou fimbriae :


Les bactéries Gram négatif, surtout, possèdent, à leur surface, des
appendices filiformes très courts, rigides et cassants. Ces pili ou
fimbriae confèrent aux bactéries des propriétés hémagglutinantes.
Certains de ces pili, renflés, appelés pili sexuels, joueraient un rôle dans
l'échange d'ADN entre deux bactéries quand elles rentrent en
conjugaison.
Chez les Streptococcus, une couche de protéines filamenteuses
(protéines M), représentant l'essentiel des antigènes de surface de ce
genre, joueraient un rôle essentiel dans l'adhésion de la bactérie sur les
cellules de l'hôte.
Les Antibiotiques
Les antibiotiques sont des substances qui inactivent les bactéries. La
plupart des antibiotiques sont produits par des micro-organismes, par
exemple les champignons.

Un antibiotique doit:
• être non toxique ou faiblement toxique.
• être capable d’atteindre la partie du corps humain où l’infection a lieu.
• avoir une durée de demi-vie suffisante dans l’organisme.
• avoir un large spectre d’activité permettant de détruire les bactéries
responsables d’infections.
Certains antibiotiques tuent les bactéries (bactéricides) et d’autres
inhibent leur croissance (bactériostatique). Chez les patients avec des
défenses immunitaires intactes, l'un ou l'autre type d'antibiotique peut
être utilisé, il ne fait qu'aider le système immunitaire à éliminer les
bactéries.
Utilisation des Antibiotiques
Traitement d’une maladie infectieuse d’origine bactérienne.
La plupart des infections bactériennes peuvent se traiter par des
antibiotiques. Le choix de l'antibiotique dépendra du germe causant
l'infection, de son "antibiogramme" (spectre de susceptibilité aux
antibiotiques), et du lieu de l'infection (pénétration par l'antibiotique).
Très souvent, face à une infection ou à une suspicion d'infection, le
germe n'est pas connu. Le choix de l'antibiotique se fait en fonction du
type de germes le plus fréquemment rencontrés dans ce genre
d'infection.
Traitement prophylactique.
Lors de procédures invasives (opérations chirurgicales, traitements
dentaires chez certaines personnes, etc.) un antibiotique peut être
prescrit dans le but de diminuer les risques d'infection par le fait que les
bactéries pénétrants dans la plaie opératoire lors de la procédure sont
inactivés par la présence de l'antibiotique.
Résistance aux Antibiotiques
Les bactéries peuvent devenir résistantes à certains antibiotiques par
mutation de gènes déjà présents dans la bactérie. Mais, dans beaucoup
de cas, un nouveau gène doit être acquis. Il existe plusieurs mécanismes
par lesquels les bactéries peuvent acquérir de nouveaux gènes.
Mécanismes de la résistance aux antibiotiques
La mutation de la cible de l’antibiotique:
En effet, chaque antibiotique agit en se fixant sur une cible précise au
niveau de la bactérie (récepteurs spécifiques au niveau de la paroi, les
ribosomes…). La mutation modifie le site de fixation des antibiotiques.

La modification de la molécule de l'antibiotique


Plusieurs souches bactériennes résistantes ont la capacité de fabriquer
des enzymes qui modifient ou qui coupent la molécule d'antibiotique, la
rendant inactive.
L'efflux des antibiotiques.
Certaines espèces de bactéries ont la capacité d’éliminer les
antibiotiques par pompage actif.

La réduction de la perméabilité de la membrane bactérienne.


Ceci s’effectue par la fermeture des différents pores qui permettent
l’accès des antibiotiques à l’intérieur de la cellule bactérienne. Ces pores
sont normalement constitués par des protéines qui forment de canaux
et que l'on appelle des porines. Les bactéries résistantes réduisent leur
nombre de porines.
Croissance et Multiplication des bactéries
Les bactéries se reproduisent de façon asexuée par scissiparité:
le matériel génétique est tout d'abord dupliqué,
puis la bactérie s'allonge,
se contracte en son milieu et se divise,
formant ainsi deux cellules filles identiques à la cellule mère.
Ainsi, la descendance d'une cellule bactérienne est un clone de cellules
génétiquement identiques, appelé colonie.
Des variations génétiques peuvent avoir lieu lorsqu'il y a recombinaison
génétique : des mutations (changement ponctuel aléatoire de
l'information génétique d'une cellule), transformations (transfert d'ADN
d'une bactérie à l'autre en milieu liquide), transduction bactérienne
(transfert d'ADN via un bactériophage), et conjugaison bactérienne
(transfert d'ADN d'une bactérie à l'autre via une structure spéciale : les
pili). L'ADN étranger peut être intégré dans le génome et être transmis
aux générations suivantes.
Les conditions de croissance
des bactéries
Les substances nutritives:
Ce sont des sucres, des hydrates de carbones, des acides aminés, des
stérols, des alcools, du méthane, des hydrocarbures, des sels organiques
et du CO2.
L’énergie :
Elle est nécessaire pour le déroulement de plusieurs réactions
chimiques essentielles aussi bien pour la mobilité flagellaire que pour
l’absorption des divers substances nutritives. Cette énergie provient
selon les espèces bactériennes soit du milieu là où elles vivent soit à
travers des réactions chimiques.
L’eau :
Il contient 80% de la masse bactérienne. Les substances nutritives
pénètrent ou quittent la cellule bactérienne en solution. Certaines
espèces tolèrent un fort déficit en eau, d’autres par contre ne survivent
pas longtemps dans des conditions sèches.

La température:
Selon les températures optimales, maximales et minimales on distingue
différents ordres de bactéries:

Les bactéries thermophiles:


La température optimale est de supérieure à 45°C. On les trouve surtout
dans les compostes, les sources chaudes et les fontaines thermales et au
niveau des fond marin.
Les bactéries thermotolérantes:
Elles peuvent survivre à des températures élevées mais pas
nécessairement croitre à de fortes températures. Ce sont celles qui
survivent à la Pasteurisation.
Les bactéries Mésophiles :
L’optimum est compris entre 15 et 45°C. Ce sont généralement les
bactéries pathogènes pour l’homme et les animaux.

Les bactéries Psychrophiles :


L’optimum est inférieur à 15°C et le minimum est aux alentours de 0°C.
Elles se trouvent au niveau des mers polaires.
Les bactéries Psychrotrophes :
Elles peuvent croitre entre 0 et 5°C mais leur développement est
meilleur entre 15 et 20°C.
Le pH :
Pour la plus part des bactéries le pH optimal est de l’ordre de 7.
Certaines bactéries qui vivent au niveau des sources chaudes préfèrent
un pH acide  Organismes acidophiles.
Les bactéries dites alcolophiles croissent à un pH supérieur à 8.
Néanmoins, certaines espèces pathogènes, tel Vibrio cholerae, cultivent
mieux en milieu nettement alcalin (pH:8,5).
A l'opposé, les Lactobacilles (flore vaginale) se développent à pH acide (
6,3 à 6,5).
La pression osmotique:
D'une façon générale, les bactéries sont assez tolérantes vis à vis
des variations de concentrations ioniques.
La protection contre les chocs osmotiques est assurée par la paroi
qui constitue un véritable mur bactérien.
Certaines espèces bactériennes dites halophiles tolèrent plus que
d'autres, de fortes concentrations salines. Ainsi, par exemple, le
Staphylocoque tolère une forte concentration de chlorure de
sodium.
L’Oxygène :
On distingue:
Les bactéries aérobies strictes: Les bactéries anaérobies strictes:
Dépendance absolue vis-à-vis de l’O2. Ne peuvent croitre que si l’O2 est
Pseudomonas totalement absent.

Les bactéries anaérobies


facultatives :
Peuvent croitre en présence ou en
absence de l’O2.
Bactéries aéro-anaérobies facultatives :
se développent aussi bien en absence
qu'en présence d'oxygène. Leur richesse
enzymatique leur permet d'utiliser
l'oxygène de l'air comme accepteur
d’électrons quand il est présent , ou
d'utiliser la voie fermentaire quand
l'oxygène est absent. Salmonelles
Les ions inorganiques :
Toutes les bactéries exigent la présence de certains ions inorganiques
tels que le Cl, le Mg, l’Na, … à de faibles concentrations.
Les bactéries halophiles ne peuvent croitre qu’en présence de fortes
concentrations de sel.
La croissance des populations
bactériennes
Le milieu de culture solide contient une sorte de gelé (gélose) qui
consiste en un ensemble de substances nutritives et autres ingrédients.
Si on dépose une seule cellule sur ce milieu elle va se multiplier jusqu’à
donner un nombre tellement important formé par un amas de cellules
bactériennes qui devient visible à l’œil nu ce qui s’appelle une colonie
bactérienne.
La nutrition bactérienne
Les besoins énergétiques :
Par rapport à la source d’énergie lumineuse ou chimique on distingue
deux grandes classes de bactéries:

Les phototrophes ou
photosynthétiques

Les chimiotrophes ou
chimiosynthétiques
La photosynthèse chez certaines bactéries conduit à la synthèse d’ATP
au dépend d’ADP et de phosphate inorganique (en provenance de
l’environnement) mais elle diffère des processus chez les plantes :

•Différence au niveau de la nature des pigments


• Différence au niveau des donneurs d’électrons : H2O pour les plantes
et H et S chez les bactéries.
• Pas de production d’O2 chez les bactéries
La photosynthèse bactérienne peut faire appel à des composés
minéraux ou organiques comme sources d’électrons. On distingue :

•Les bactéries photolitotrophes qui se développent sur des milieux


purement minéraux
• Les bactéries photo-organotrophes qui exigent des composés
organiques comme sources d’électrons.
Les bactéries puisent leur énergie à partir de composés minéraux ou
organiques. Elles font appel pour cela à des composés donneurs d’H et
d’électrons.
Si le donneur d’électrons est un composé minéral donc on parle de
bactéries chimiolitotrophes. Les bactéries du sol par exemple peuvent
être nitrifiantes ou ammonifiante.

La bactérie sera chimio-organotrophe si le donneur est un composé


organique c’est le cas de plusieurs bactéries pathogènes.
Les sources de Carbone :
On distingue les bactéries capables de se développer en milieu
inorganique contenant du CO2 comme seule source de carbone donc ce
sont les bactéries dites autotrophes. Les autres exigent des composés
organiques et qui sont dites les hétérotrophes.

Les bactéries photosynthétiques et la plupart des chimiolitortophes


peuvent utiliser le CO2 comme source de carbone donc elles sont
classées en tant qu’autotrophes.

Bien que moins évident, chez les hétérotrophes le Carbone est aussi
important; son absence empêche la croissance de nombreuses espèces
telles que la Salmonella et l’Escherichia coli

Les hétérotrophes peuvent dégrader une large variété de substances


hydrocarbonnées simple comme l’alcool, l’acide acétique et l’acide
lactique ou également complexes comme les polysaccharides.
Les sources d’Azote :
Quelques bactéries sont capables de fixer l’azote moléculaire (N2) c’est
le cas des Rhizobium qui vivent en symbiose avec certaines
légumineuses.
D’autres espèces comme Azotobacter sont des fixateurs libres (sans
symbiose).
La source d’N peut être organique dans certains cas.

Les sources de Soufre et de phosphore :


Le Soufre présent dans certains acides aminés et principalement
incorporé sous forme de sulfate ou de composés soufrés organiques.
Le phosphore fait partie des acides nucléiques de nombreuses
coenzymes et de l’ATP. Il est incorporé sous forme de phosphate
inorganique.
Les facteurs de croissance
Ce sont des composés organiques indispensables à la croissance
bactérienne qui ne peut assurer leur production. Pour ceci, ils doivent
être fournis aux bactéries.
Selon les besoins on classe les bactéries en deux catégories:
Les bactéries Prototrophes : qui ne nécessitent pas des
facteurs de croissance.
Un organisme Prototrophe est un organisme capable de
se développer dans un milieu pauvre en éléments de
base sans nécessiter la présence de facteur de
croissance. Il fabrique par lui-même les éléments
nécessaires pour sa croissance.
Escherichia coli est une bactérie prototrophe n’exigeant
aucun facteur de croissance et peut se développer dans
un milieu minimum de base.
Les bactéries Auxotrophes : qui exigent la présence de facteurs de
croissance.
Un organisme auxotrophe est incapable de synthétiser un composé
organique nécessaire pour sa croissance et son développement.
Chez les bactéries, certaines souches deviennent auxotrophes par
mutation génétique et deviennent incapables de synthétiser l’un des
métabolites essentiels.
Haemophilus influenzae: bactérie auxotrophe. Elle ne peut être cultivée
dans un milieu minimum car il lui manque dans son système
enzymatique les enzymes nécessaires à la synthèse de certaines
enzymes et protéines qu'il faudra donc lui fournir dans le milieu de
culture. C’est une bactérie responsable de trouble pulmonaire et qui
était longtemps considérée comme agent responsable de la grippe
jusqu’à l’identification du virus de la grippe en 1931.
Les facteurs essentiels de croissances sont :

•Les bases puriques : Adénine et Guanine


• Les bases pyrimidiques : Thymine, Cytosine et Uracile
• Les acides aminés
• Les vitamines

Ces facteurs sont nécessaires à différentes concentrations selon les


besoins de chaque espèce de bactéries.
La génétique des bactéries
La génétique des bactéries peut être modulée par différents
mécanismes et facteurs :

La mutation:
Une mutation est un changement dans la séquence nucléotidique de
l’ADN.
Le changement peut se voir par une altération du phénotype de la
cellule mais peut être silencieux s’il survient sur une partie non
essentielle sur la séquence protéique ou sur une partie non codante du
genome.
L’identification de la présence d’une mutation dépend de la nature de
gène auquel on s’intéresse.
Généralement on distingue trois catégories :
•Des mutants résistants à certains composés toxiques comme les
antibiotiques.

• des mutants auxotrophess: incapables de synthétiser un composé


essentiel.

•Des mutants incapables d’utiliser les substrats particuliers.


Les plasmides:
Ce sont des molécules d’ADN extrachromosomiques qui se répliquent de
façon indépendante du chromosome bactérien. Ce sont des molécules
d’ADN circulaire fermées or, il existe chez certaines bactéries des
plasmides linéaires.
Ils portent généralement des gènes qu’ils codent pour des fonctions
utiles mais pas essentielles aux activités cellulaires normales. Comme
par exemple les gènes de résistance aux antibiotiques, les gènes de
virulence, les gènes permettant aux bactéries d’utiliser des sources de
carbones inhabituelles.
Un certain nombre de ces plasmides ont la capacité de se transférer à
d’autres bactéries pendant le processus de la conjugaison : plasmides
conjugatifs.
La conjugaison est un mécanisme par lequel le matériel
génétique est tranféré entre deux bactéries par des plasmides.
Les plasmides conjugatifs s’appellent également les plasmides de
fertilité (F).
Une cellule bactérienne contenant un plasmide conjugatif (F+) forme
une paire avec une autre cellule bactérienne n’en contenant pas (F-) par
l’intermédiaire d’un pili sexuel qui met les deux cellules en contacte et
l’ADN est transféré de F+ a F-.
Les bactériophages:
Ce sont des virus qui s’attaquent aux bactéries et les infectent. Ce sont
des parasites intracellulaires obligatoires qui ne peuvent se reproduire
qu’à l’intérieur de la cellule.
Ils ont plusieurs formes : sphérique (formée par 20 faces triangulaires),
filamenteux ou de structure complexe.
Cycle biologique d’un bactériophage :
•Fixation du phage à la surface de la cellule,
•Pénétration du matériel génétique dans l’hôte,
•Réplication de l’acide nucléique
•Formation de phages mûrs contenant le génome,
•Lyse de la bactérie et libération des phages mûrs,
Certains phages reproduisent des protéines répressives qui arrêtent la
réplication et au lieu de commencer le cycle typique, le phage entre
dans un état appelé lysogène pendant lequel son génome se réplique en
même temps que le chromosome de l’hôte et passe d’une génération
bactérienne à la suivante.
VIROLOGIE
I - Les virus

Définition
Les virus sont des molécules infectieuses qui se
présentent sous forme de particules stabilisées sous forme
de nucléoprotéines.

Le composant essentiel du virus est un acide nucléique


(ARN ou ADN) porteur d’une information génétique, et qui
peut être considéré comme le génome viral.

La partie externe de la particule (capside) comporte une ou


plusieurs protéines virales et joue essentiellement un rôle
protecteur de l’acide nucléique.
Quelques propriétés générales des phytovirus
– Les virus sont des particules ultramicroscopiques

– Tous les virus sont des parasites intracellulaires obligatoires qui ne


se multiplient que dans des cellules vivantes.

– Les phytovirus se multiplient uniquement dans des cellules


végétales, mais certains sont capables de se multiplier dans des
insectes.

– Les phytovirus n'attaquent pas les animaux et vis versa

– Les phytovirus sont incapables de pénétrer la cellule végétale sans


l’aide d’un vecteur.

– Certains phytovirus ont une gamme d’hôte limitée à quelques


espèces végétales d’autres s’attaquent à de nombreuses espèces.
VIRUS A ARN
Segmentation des ARN monocatenaires
Les virus à ARN messager peuvent posséder leur génome sous
forme
• d’une seule molécule d’ARN portant l’ensemble des gènes (cas du
virus de la mosaïque du tabac et du virus de la mosaïque du navet
Chez d’autres virus le génome du virus est réparti sur deux ou
plusieurs pièces

• Deux pièces d’ARN différents (e.g. virus du rattle du tabac du virus de


la mosaïque jaune du navet)

• Trois pièces d’ARN (comoviridae, bromoviridae) encapsidées dans trois


différentes particules isométriques ; un 4ème ARN (ARN 4) contient le
message de la capside et constitue une redondance du ARN 3

• Le virus de la mosaïque de la luzerne représente un cas particulier de


génome tripartite (3 pièces d’ARN + ARN4, encapsidées dans 4
particules bacilliformes), en effet l’ensemble des gènes est porté par
trois gènes mais ces gènes ne peuvent s’exprimer qu’en présence de la
protéine enveloppe, fournie sous forme de protéine ou fournie sous
forme du ARN4 qui est le messager de cette protéine enveloppe
ARN satellites
• Les ARN satellites sont des petits polynucléotides qui sont
encapsidés en compagnie des ARN génomiques de certains
virus à génome fractionné notamment les Cucumovirus et les
Népovirus

• Les ARNs satellites ne sont pas infectieux par eux-même, ils


sont répliqués par l’ARN polymérase du virus principal et
encapsidés avec l’ARN génomique de ce dernier.

• La présence des ARN satellite n’est pas indispensable au virus


hôte

• Les ARN satellites possèdent une fonction messagère et ne


présentent aucune homologie avec l’ARN du virus principal.

• La présence de l’ARN satellite modifie significativement les


propriétés du virus hôte (réduction de la synthèse du virus
principal, réduction des symptômes)
Virus à ARN mono caténaire de type anti-
messager
• Les virus à ARN anti-messager appartiennent à la familles
des Rhabdoviridae.

• Membres de cette famille possèdent les particules les plus


larges parmi les phytovirus elles sont enveloppées par une
couche lipidique.

• Les particules possèdent leur génome sous forme d’une


seule molécule d’ARN de sens négatif dont la longueur varie
de 11000 à15000 nucléotides
Virus à ARN bi caténaires

Organisation du génome
 Chez les virus à ARN bicaténaires, le génome est divisé en
plusieurs pièces

 Le génome est encapsidé dans une seule particule


isométrique d’environ 50-60 nm de diamètre.
Virus à ADN bi caténaires

 Les virus à ADN bicaténaire appartiennent à la famille des


Caulimoviridae.

 Le génome est encapsidé dans des particules isométriques chez


les Caulimovirus et dans des particules en forme de bâtonnet chez
les Badnavirus.

 Le génome des Caulimovirus est constitué d’une seule molécule


circulaire d’ADN à double brins d’environ 8000pb.
Virus à ADN mono caténaires
• Les virus à ADN mono caténaire appartiennent à la famille des
Geminiviridae.
• le génome, constitué d’une ou deux molécules d’ADN circulaire,
est encapsidé dans deux particules capsidales jumelles.
• Chez certains membres de cette famille (curtovirus, Mastrevirus,
Topocuvirus) le génome est constitué d ‘une seule molécule d’ADN
circulaire ; Chez d’autres membres (Begamovirus) le génome est
constituées de 2 molécules d’ADN circulaire Les deux ADN sont
nécessaires pour l’infection ;
• l’ADN2 est associé uniquement aux virus transmis par mouche
blanche.
Les principales protéines codées par le
génome viral

• protéine de la capside
• protéine de mouvement dans les tissus
• protéine liée à la transmission par les pucerons
• protéine de réplication (polymèrase)
• protéine liée à la pathogénicité
Synthèse de l’acide nucléique
• Synthèse de l’ARN de type messager
• La synthèse de l’ARNm par la polymérase virale se
fait par complémentation des bases.

• Lors de l’infection par un ARN de type messager


(type +) la ARN polymérase initie la synthèse d’un
ARN complémentaire (antimessager ou type - ) à
partir de l’ARNm utilisé comme modèle

• La molécule ainsi obtenue représente un ARN


bicaténaire (ARN bicaténaire précoce). L’ARN
polymérase utilise ensuite l’ARN type – comme
modèle et synthétise une molécule fille
complémentaire de type + .
Architecture des particules virales

• Les particules des phytovirus se présentent


généralement sous trois formes essentielles :
bâtonnet, bacille, isométrique
bâtonnet bacille

isométrique
Virus en bâtonnet rigides ou flexibles
(filamenteux)
• Les sous unités protéiques de la capside des virus en
bâtonnet sont bâties selon une hélice autour de l’acide
nucléique. Dans le cas de la mosaïque du tabac la molécule
de l’acide nucléique prend la forme d’un hélice formé de
6400 nucléotides (PM 2 millions de daltons ce qui constitue
6% du poids de la particule virale). L’hélice capsidale
constitué de 2100 sous unités formant 130 tours, avec 161/3
sous unités par tour et 49 unités par 3.

• le tout constituant une particule de 300nm de long et de


19nm de diamètre ( architecture des virus en batonnets)
Virus globuleux (isométriques)

• La plupart des virus globuleux simples possèdent une capside qui


est bâtie selon une symétrie cubique de type icosaèdre (polyèdre
à 20 faces).

• Les structures les plus simples possèdent 3 sous unités par face et
la capside comporte donc 60 sous-unités (nombre de triangulation
T = 1) ex virus de la nécrose du tabac. Les faces de l’icosaèdre
primitif peuvent être elles mêmes divisées en 3 sous triangles (T =
3) avec 3 sous unités par sous triangle la particules virale
comporte donc 180 sous unités)

• Les geminivirus possèdent des particules globuleuses jumelées


Classification des phytovirus

Nomenclature des phytovirus

• La nomenclature des virus n’obéit pas au système binomiale de la


classification internationale des microorganismes.

• Les virus son souvent nommés d’après le nom de l’hôte sur lequel il
sont décrits pour la première fois et d’après les symptômes spécifiques
produits sur cet hôte.

• Les noms des virus sont souvent présentés par un script représentant
les initiaux du nom commun du virus anglais ( e.g. virus de la mosaique
du tabac TMV)
Classification des virus
• A présent la classification des virus se limite à la
famille, genre, espèces, souche.

• Les familles sont nommées d’après le nom du genre et


ajoutant le suffixe –viridae

• Les genres sont généralement nommés d’après le nom


du virus représentatif du groupe et en ajoutant du le
suffixe -virus

• Plus de 920 phytovirus sont actuellement décrits, ils


sont groupés en environ 92 genres et 16 familles,
plusieurs genres de phytovirus sont encore non classés
en familles
II Les viroides
• Les viroides sont constitués de petites molécules d’ARN
infectieux (240-400 nucléotides) , dépourvues
d’enveloppe protéique et ne possédant pas de fonction
messagère

• La molécule de viroide est constituée d’ARN circulaire


ou linéaire dotée d’une structure secondaire très
développée
Biologie des phytovirus
Les symptômes (anomalies de forme, de couleur, de
croissance et de développement) constituent
généralement le signe d’une affection, sans toujours
permettre de l’attribuer à une cause déterminer.
Néanmoins avec de l’expérience il est possible de faire
certaines déductions quant à la causalité des affections.
Symptômes systémiques et
symptômes localisés

certains virus envahissent tous les tissus de la


plante, il s’agit d’une infection systémique ;
d’autres virus demeurent localisés au niveau
du site d’infection, il s’agit d’une infection
locale (lésion locale). La nature de l’infection
dépend généralement du couple virus - hôte
Virus latents
il existe de nombreux cas où le virus ne
provoque pas des symptômes chez l’hôte, on
les appelle des virus latents
Principales manifestations externes des
infections virales

• Modification de la coloration (mosaique, jaunisse,


taches annulaires «ring spots », chlorose, vein clearing,
vein banding)
• Nanisme (réduction de la croissance, raccourcissement
des entre-noeuds,feuilles réduites)
• Distorsion (enroulement )
• Croissance anormale (forme de rosette, tubercule en
fuseau)
• Nécrose (taches nécrosées, stries)
Éclaircissement des veines
Mosaiques
Chlorose chlorose
atténuée sévère
Feuille normale

enroulement

Curling
rugosité Boursouflure
Panachure
Enation
rabougrissement
Fruits et semences
Autres types de symptômes

Dépérissement Cannelure du tronc Ecaillement de l’écorce


Principales manifestations internes
des infections virales

• Modification histologiques et cytologiques


• Modifications Accumulations de substances
• Inclusions cellulaires
Inclusion cristalline
Nécrose du système
vasculaire

Accumulation de particules virales

Pin Wheel
Modalités de transmission des phytovirus

• Le surface extérieure des plantes est composée de couches


protectrices de cires et de pectine, d’autant plus, chaque
cellule est entourée par un mur épais de cellulose
couvrant la membrane cytoplasmique.

• Jusqu’ à présent, aucun virus des plantes n’est connu


employer un récepteur cellulaire spécifique pour sa
pénétration comme dans des virus des bactéries et des
animaux . Plutôt, l’infection d’un végétal par un phytovirus
exige que le virus soit introduit dans les cellules sensibles
par l’intermédiaire d’un agent.
Transmission mécanique
• La transmission mécanique des virus des plantes est la méthode le plus
largement employée pour l'infection expérimentale des plantes.

• Elle est habituellement réalisée en blessant des surfaces foliaires,


généralement à l’aide de poudre abrasive et en appliquant un extrait de
plante malade.

• de nombreux phytovirus sont artificiellement transmissibles,

• La transmission mécanique naturelle des phytovirus est peu importante


Transmission par contact
Greffe, cuscute
• La transmission par greffe est réalisable pour un
grand nombre de virus cependant elle est limitée :
(1) par la compatibilité entre donneur et récepteur
(2) par la réaction abortive éventuelle du récepteur.
• Quant à la transmission par cuscute il s’agit d’un
contact biologique établi entre deux plantes grâce à
un hôte intermédiaire
Transmission par les graines et le
pollen
• La plus part des virus des plantes ne sont pas transmis par la
graine ou le pollen produits sur pieds mères infectés.

• La spécificité du phénomène dépend de l’hôte, de la souche


virale, du stade de développement de l’hôte et de la
température.

• La transmission par le pollen est limitée à certaines espèces


(prunus ring spot virus).

• L’infection provenant du pied mère s’étend souvent au tissu


maternel (téguments) mais non à l’embryon.

• Chez les graines infectées le virus est localisé soit au niveau de


l’embryon soit à l’extérieur.
Transmission par les nématodes

• Deux groupes de virus sont transmis par


nématodes : les Nepovirus , petits virus globuleux
transmis par les Xiphinema et les Longidorus et les
Tobravirus transmis par les Trichodorus.

• Les virus sont acquis et inoculés en 15-60 minutes,


la persistance du virus dans le vecteur varie
considérablement selon le couple considéré (de 8
semaines à 18 mois), le virus n’est pas conservé
après une mue et ne sont pas transmis par oeuf.
Transmission par acariens

• Certains acariens, eriophides, sont des


vecteurs de virus ( mosaique striée du blé,
mosaique du figuier).
• La période d’acquisition et d’inoculation du
virus et d’environ 15 min, le virus persiste
dans son vecteur jusqu’à 9 jours
• le virus est conservé après une mue.
Transmission par insectes
• Les insectes vecteurs jouent un rôle primordial dans la
dissémination des phytovirus, de nombreux groupes
d’insectes sont capables de transmettre des virus des
plantes.
• Environ 99% des phytovirus sont transmis par des insectes
• Les insectes vecteurs appartiennent essentiellement aux
groupes suivants:

- Aphydidae
- Cicadellidae
- Aleyroridae
- coléoptère
- Thysanoptère
Pucerons

• Les pucerons
représentent le
groupe le plus
nombreux des
vecteurs de virus les
plus actifs.
Modalités de transmission des virus
par les pucerons
• Les modalités de transmission des virus par les pucerons
revêtent une grande diversité ils peuvent être classés en
deux grandes catégories : les virus circulants et les virus non
circulants.
• Les virus non circulants sont portés par les pièces buccales
lors de la transmission ; ils comportent les virus non
persistant et les virus semi-persistants
• Les virus circulants (persistants) circulent dans le vecteur
via le canal alimentaire, le système digestif, l’hémolymphe,
les glandes salivaires et le canal salivaire
Propriétés des virus non persistants

• Acquis pendant des piqûres très brèves


(15-30 sec.)
• le puceron perd rapidement sa capacité
d’inoculation (quelques heures)
• facilement transmissible par voie
mécanique
Propriétés des virus semi- persistants

• Comprend surtout les virus localisés dans le


phloème
• Acquis et transmis pendant une période
d’environ 30 min. optimum 6 -12 heures
• Persistance de l’ordre de 1-3 jours
• Le pouvoir infectieux disparaît avec la mue
• Difficilement transmissibles par voie
mécanique
Les virus persistants

• Il s’agit de virus typiquement circulants et


typiquement non transmissible mécaniquement
• les périodes d’acquisition et d’inoculation
optimales sont de l’ordre de 1-2 jours
• il existe une période de latence (absence de
transmission) d’environ 48 heures
• le vecteur conserve le virus pour le reste de sa
vie.
Cicadelles
• Elles constituent un
groupe important de
vecteurs, certains de
ces virus semblent se
multiplier à la fois
dans l’insecte et dans
la plante.
• Les virus transmis
par cicadelles sont
de type persistant et
ne sont pas
généralement
transmissibles
mécaniquement.
Aleurodes

Plusieurs maladies importantes dans les


pays chauds sont transmis par les
mouches blanches : Bemesia tabaci et
Trialeurodes vaporariorum.

Deux groupes de virus sont transmis par


mouches blanches : les giminiviruses et
les closteroviruses.

Le mode de transmission est de type


semi- persistant à persistant
Thrips

transmettent les tospovirus


ex. virus de la tomate et du
tabac (tomato spotted wilt
virus)
Transmission par champignons
• Les champignons vecteurs des phytoviruses
appartiennent essentiellement aux:
• Chytridiomycetes (Olpidium, Polymexa,
Synchytrium, Spongospora) et aux
Phycomycetes (Pythium) .

• les vecteurs fongiques sont indispensables


à la transmission naturelle

• tous ces champignons possèdent une


phase mobile aquatique (Zoospores)

• le virus peut se trouver à l’extérieur de la


zoospore (nécrose du tabac /O. brassica) ou
à l’intérieur de la zoospore (nanisme du
tabac/ O. brassicae)
Diagnostic des phytovirus

Les propriétés biologiques


• Symptômes
• Modalités de transmission
• La gamme d’hôtes
Les propriétés de la particule
• Forme
• Propriétés et structures de l’acide nucléique
• La stabilité de la particule virale
La sérologie
La serologie
• La sérologie représente une des techniques essentielles de la
phyto-virologie
• La réaction de base se fonde sur la propriété qu’ont les antigènes
de s’associer aux anticorps correspondants

• Les tests sérologiques ont été d’abord basés sur la précipitation du


complexe anticorps-antigène en milieu liquide. Cette méthode
simple présente l’inconvénient d’un manque de spécificité et d’un
manque de précision.

• Plus récemment ces techniques se sont diversifiées,


La méthode sérologique des enzymes
liées ELIZA
• Cette technique se base sur l’utilisation d’anticorps ou
d’antigènes marqués. Le marquage se fait par couplage
d’une enzyme (généralement la phosphatase alcaline) et le
complexe antigène anticorps enzyme est mis en évidence
par l’hydrolyse d’un substrat ; la réaction développe une
coloration L’ELISA permet de déceler des antigènes
spécifiques à des très faibles concentrations.
La microscopie électronique

• La microscopie électronique peut constituer une méthode de diagnostic


particulièrement précieuse pour les virus qui ont une morphologie
distincte des structures cellulaires normales, notamment les virus
allongés.
Les méthodes de lutte
contre les phytovirus
Les méthodes de lutte

La lutte contre les virus des plantes est actuellement réalisée


selon les méthodes suivantes :

1. Utilisation d’un matériel végétal sain: semences, plantes,


greffons (assainissement par thermothérapie et culture
des méristèmes)

2. Lutte législative (quarantaine, certification)


3. Techniques culturales
• Eradication des plantes infectées
• Eviter les sources de contamination (sol, plantes vivaces..)
• Désherbage
• Distance de plantation par rapport à d’autres cultures sensibles
• Zones non favorables au développement du vecteur
• Date de plantation et de récolte
• lutte contre le vecteurs : virus persisitants
- chimique: insecticides (virus persistants), huile minérale
- biologique,
- Plantes pièges
- insecte- proof,
- surface réfléchissantes etc.)
4. Lutte génétique

• Niveaux de résistance
- résistance totale: immunité, hypersensitivité
- résistance partielle: tolérance
• contrôle de la résistance
- mono génique
- polygénique
- résistance au vecteur (plante ne supportant le développement du
vecteur)
• Mécanismes de la résistance
- hyper sensitivité
- résistance à la multiplication et l’accumulation du virus
- résistance à la migration du virus
- latence
5. Nouvelles approches de lutte contre les virus

- Utilisation des ARN satellites

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