Guide d’utilisation de

ChemFlow

Virginie ROSSARD et Fabien GOGE

INRAMontpellier (FRANCE)
IRSTEAMontpellier (FRANCE)
Table des matières
Accessibilité............................................................................................................ 3
Lien d’accès........................................................................................................ 3
Navigateurs......................................................................................................... 3
Aide..................................................................................................................... 3
Connexion........................................................................................................... 4
Découverte de l’environnement..........................................................................5
Déconnexion....................................................................................................... 5
Les données........................................................................................................... 6
Importation de données...................................................................................... 6
Description des données..................................................................................... 6
Affichage des données........................................................................................ 9
Sélection multiple.............................................................................................. 10
Recherche de données...................................................................................... 10
Regrouper les données...................................................................................... 11
Etat de la donnée.............................................................................................. 11
Gestion des données via l’historique....................................................................12
Création d’un historique.................................................................................... 13
Taguer son historique........................................................................................ 14
Annoter son historique...................................................................................... 15
Taille de l'historique........................................................................................... 15
Partage de données entre historiques...............................................................16
Récupérer des données via un historique.........................................................16
Organiser ses historiques..................................................................................17
Conclusion............................................................................................................ 18
L’outil ChemFlow est basé sur une plateforme de fouille de donnée
nommée Galaxy (https://wiki.galaxyproject.org/Learn).
C’est une application web dédiée à la chimiométrie.

Accessibilité

Lien d’accès
Pour accéder à l’outil ChemFlow connectez vous à l’url :
https://vm-chemflow.toulouse.inra.fr/

Remarque : d’autres serveurs pourront être ouverts par la suite. Retrouvez

toutes les informations et actualités de ChemFlow sur le site
www.chemproject.org, rubrique ChemFlow.
Attention : pour retrouver vos données il faudra toujours vous connecter
sur le même serveur (celui sur lequel vous avez créé votre compte).

Navigateurs
Nous vous conseillons les navigateurs : Chrome, FireFox ou Explorer.
L’utilisation de ChemFlow sous d’autres navigateurs n’a pas été testée en
détails, nous ne pouvons garantir son bon fonctionnement.

Si votre navigateur affiche un avertissement comme quoi le certificat de

sécurité de ce site Web présente un problème ou n’est pas valide, cliquer
sur avancée et accepter la connexion ou poursuivre sur ce site.

Aide
Toute la documentation de l'outil est en anglais. Si vous souhaitez la
traduire, utilisez le navigateur Chrome, dans la barre de menu de l’outil
ChemFlow (Galaxy), cliquez droit et choisir Traduire en français.
De manière générale, si vous avez besoin d’aide sur l’utilisation de
ChemFlow, n’hésitez pas à poser vos questions sur le forum de FUN dans
la rubrique dédiée à ChemFlow.

Connexion
→ S’il s’agit de votre première connexion
rendez-vous au menu User puis Register.

→ Saisissez votre adresse mail

→ votre mot de passe (qui sera

crypté)

→ confirmez votre mot de passe

→ votre nom public (nom

d’utilisateur)
Il doit être composé d’au
moins 3 caractères et ne peux
contenir que des lettres
minuscules, des chiffres et le
caractère « - »

Si possible votre initiale de

votre prénom suivi en attaché
à votre nom de famille.

Un mail de confirmation vous est envoyé, n’oubliez pas de cliquer sur le lien pour
confirmer votre inscription.

→ Si vous vous êtes déjà

créé un compte, veuillez
saisir votre nom public ou
votre mail puis votre mot
de passe depuis le menu
User puis Login.
Remarques :
- Assurez-vous d'utiliser une adresse e-mail valide. A de rares
occasions, nous aurons besoin de contacter certains utilisateurs.
- En raison des quotas de données et de l'emploi bienveillant, la
création d’un seul compte par utilisateur est autorisée.
- Merci de respecter les conditions générales d’utilisation de
ChemFlow

Découverte de l’environnement
A gauche : la liste des A droite : un historique
outils de chimiométrie contenant les données
disponibles rangés par importés ou générés par
catégories. les outils.

Au centre : affichage de l’interface

de l’outil sélectionné ou du résultat
suite à une exécution d’un outil.

Déconnexion
La déconnexion à ChemFlow est accessible en cliquant sur le menu User
puis Logout.
Les données

Importation de données
1. Menu Shared data puis data librairies et choisissez la librairie
contenant les données que vous voulez importer (ex : CheMOOCS/Grain03)
2. Sélectionnez les fichiers que vous voulez importer dans votre
historique en cochant les cases correspondantes.
3. Cliquez sur to history, choisissez l’historique dans lequel vous voulez
importer vos données puis cliquer sur Import.
4. Retourner sur la page d’accueil en cliquant soit sur le logo
Galaxy/ChemFlow en haut à gauche soit sur le menu Analyse Data.

Description des données

Vos données se présentent sous la forme suivante :

- un nombre indiquant
dans quel ordre (ou
quelle étape) cet
ensemble de données a
été créé

- le nom du jeu de données

 - un bouton de vue (icône œil, view) : cliquez dessus pour afficher
le contenu du jeu de données au format brut dans le navigateur

- un bouton d'édition (icône crayon, edit) : cliquez dessus pour

modifier les propriétés du jeu de données

- un bouton supprimer (icône croix, delete) : cliquez sur cette

option pour supprimer l'ensemble des données de l'historique.
Néanmoins vous pouvez annuler cette action en cliquant sur X
deleted en dessous du nom de votre historique pour faire
réapparaître les fichiers effacés. Rendez-vous au fichier supprimé et
annuler sa suppression Undelete it.

Remarques : certains des boutons ci-dessus peuvent être désactivés si

l'ensemble de données est dans un état qui ne permet pas de faire
l'action. Par exemple, le bouton modifier est désactivée pour les
ensembles de données qui sont encore en file d'attente ou en cours
d'exécution.

Vous pouvez cliquer sur le nom du jeu de données et la vue s'élargit pour
montrer plus de détails:

- une brève description des données (dans l’exemple ci-dessous

« 65 regions »)

- le format de fichier (ici « bed »)

- la séquence de référence (ou base de données) pour les données

- des informations / sortie de la tâche qui a produit cet ensemble

de données
- une rangée de boutons qui permettent de nouvelles actions sur
l'ensemble de données :

o , la disquette : enregistre les données sur votre PC

o , le i : la description de la fonction qui a permis

d’obtenir la donnée

o , le symbole relancer : permet de ré-exécuter la fonction

avec les même paramètres

o , le logo d’un histogramme permet de créer un

graphique avec les données sorties. Les graphiques proposés
ne sont pas forcément bien adaptés à la chimiométrie.
C’est pourquoi nous avons développé des outils
graphiques spécifiques à notre application dans la
section Plot dans la liste des outils (colonne de gauche).

- un coup d'œil des données (Data peek): un couple de lignes de

données avec les en-têtes de colonnes (si disponible)
Affichage des données

Avec l’œil , 2 modes :

- mode normal : les données s’affichent au centre.

Cependant il arrive que les données ne s’affichent pas correctement
lorsque le jeu de données est très volumineux.

- mode scratchbook : s’active en cliquant en haut à droite sur l’icône

quadrillée (cf. illustration ci-dessous). Ce mode permet d’afficher
correctement les jeux de données très volumineux (nombre de colonnes
supérieur à 50) mais aussi d’afficher plusieurs jeux de données les uns à
côté des autres pour les comparer par exemple.
Un simple clic permet d’activer ou de désactiver ce mode.
Sélection multiple
Vous pouvez également masquer, supprimer et purger plusieurs
ensembles de données simultanément avec le bouton de sélection
multiples (icône case cochée) à droite du poids de l'historique.

Recherche de données
Vous pouvez filtrer sur les ensembles de données en utilisant la barre de
recherche en haut du volet historique (partie de droite de votre écran).
Entrez le nom ou une partie du nom, le texte (ou texte partiel) des champs
de description ou d’annotation, le format de fichier ou base de données
référence ou les balises d'un ensemble de données.

Remarque: les recherches sont insensibles à la casse. Par exemple, PLS

et pls sont équivalentes.

Pour une recherche avancée, veuillez spécifier la propriété sur laquelle

vous faite votre recherche en utilisant la recherche de mots clés. Ce sont
les noms de propriété suivis de = suivi de la valeur.
Lorsque vous utilisez ceci, seule la propriété nommée est recherché pour
cette valeur. Exemple : tag = experiment1.
Vous pouvez combiner votre recherche en ajoutant les uns à la suite des
autres les propriétés. Exemple name = "MyDataset" annotation =
"Première exécution".
Toutes les recherches par mots clés sont AND, c'est-à dire que toutes les
recherches doivent être remplies pour que l'ensemble de données
s'affiche.

Vous pouvez combiner la recherche suivie d'une sélection multiple pour

faire une action sur l'ensemble de données sélectionnées.

Regrouper les données

Lorsque vous avez plusieurs ensembles de données qui seront renvoyés
par la même analyse, il peut souvent être utile de placer ces ensembles de
données dans une collection de données comme dans un répertoire.
Pour créer ces collections rechercher puis sélection multiple et choisir le
type de collection voulu. Ruis cliquer sur For all selected et choisir Build
Dataset List. Vos ensembles de données sont encore affichés dans
l'historique en dessous de la nouvelle collection. Vous pouvez les cacher si
vous souhaitez en utilisant le menu multiselect. Le type de sélection
Dataset List est à utiliser lorsque vous avez un ensemble de fichiers qui
sont du même type et seront exécutés par une analyse similaire. Les
ensembles de données dans une liste de données doivent avoir des noms
uniques (par exemple, vous ne pouvez pas avoir deux ensembles de
données dans une liste de données avec le nom '1.bed').

Etat de la donnée
Le panneau History montre l'état de vos données. Plusieurs «états»
existent :
1. Lorsque vous téléchargez d'abord un fichier ou exécuter un outil,
l'ensemble de données sera en file d'attente, signalé par la couleur grise.
Cela indique que le travail qui permettra de créer cet ensemble de
données n'a pas encore commencé.
2. Lorsque le travail commence, le
jeu de données sera dans l'état de
fonctionnement (couleur jaune). Le
travail qui a créé ces ensembles de
données est maintenant en cours
d'exécution.
3. Lorsque le travail est terminé
avec succès, les ensembles de données
seront dans l'état « ok », signalé par la
couleur verte.
4. S'il y a eu une erreur lors de
l'exécution de l'outil, les ensembles de
données seront à l'état d' « erreur »,
représenté par la couleur rouge.
5. Si un travail déjà en cours d'exécution ou en file d'attente a été
interrompue par Galaxy, l'ensemble de données sera dans l'état de pause,
signalé par la couleur bleu.

Gestion des données via l’historique

Lorsque les données sont téléchargées à partir de votre ordinateur ou sur

des données existantes ou après analyse, chaque sortie de ces étapes
génère un ensemble de données qui est stocké dans History (volet droit de
votre interface ChemFlow).
Tous les utilisateurs ont un History actuel, qui peut être considéré comme
un espace ou répertoire de travail. Le panneau History affiche les
ensembles de données de sortie dans l'ordre dans lequel ils ont été créés
du plus récent (en haut) au plus ancien (en bas). Alors que de nouvelles
analyses sont effectuées et de nouveaux ensembles de données de sortie
sont générés, les nouveaux ensembles de données sont ajoutées à la
partie supérieure du panneau History. De cette façon, le panneau affiche
l'historique de votre analyse au fil du temps.
History peut aussi stocker des informations en dehors des ensembles de
données qu'il contient. Ces données peuvent être nommés / renommés,
étiquetés, et annotés.

Création d’un historique

La création d’un historique peut se faire de plusieurs manières :

1. en renommant son panneau History de

droite. Tous les historiques sont nommés
''Unnamedhistory'' (historique sans nom) par
défaut :
a) Cliquez sur le nom existant. Un champ de saisie de texte apparaît
avec le nom actuel.
b) Entrez un nouveau nom ou modifiez l'existant comme vous le
souhaitez.
c) Appuyez sur la touche Entrée de votre clavier pour enregistrer le
nouveau nom. Le champ de saisie disparaît et le nouveau nom
s'affiche.
d) Pour annuler cette action, appuyez sur Esc ou cliquez en dehors du
champ de saisie.

2. depuis les options d’un historique create history :

3. depuis l’icône en forme de livre View all History puis create new
history

Taguer son historique

Les tags sont des textes courts utilisés pour décrire l'historique. Ils
peuvent être moyen utile pour organiser et rechercher vos données.
Par exemple, vous pouvez marquer un historique avec le type d'analyse
que vous avez réalisée : «pls» ou «classification». Ou vous pouvez les
étiqueter selon vos numéro de grains, des sources de données et d'autres
métadonnées : «grain 1» ou/et «Montpellier» ou/et «Récolte Sorgho
2014».

Pour marquer un historique:

a) Cliquez sur le bouton tag en haut du panneau History. Un champ de
saisie apparaît.
b) Commencez à taper votre nouveau tag dans le champ. Toutes les
balises que vous avez utilisées précédemment apparaîtrons - vous
permettant de réutiliser les mêmes balises sans les taper entièrement.
c) Appuyez sur la touche Entrée de votre clavier ou sélectionnez l'une des
balises précédentes avec les touches fléchées ou la souris.
d) Pour supprimer une balise existante, cliquez sur le petit «X» sur
l'étiquette.
Annoter son historique
Cette option vous permet de décrire votre historique quand les tags et les
noms ne suffisent pas à décrire le travail effectué.

Pour annoter un historique:

a) Cliquez sur le bouton d'annotation en haut du panneau de l'historique.
b) Ajoutez des annotations que vous désirez. Entrée va créer un saut de ligne.
c) Pour enregistrer l'annotation, cliquez sur le bouton Done.

Taille de l'historique
ChemFlow stocke les données de votre historique dans des fichiers. La
taille totale est affichée sous le nom de l'historique. Si vous atteignez le
quota (par défaut vous avez le droit à 1Go), vous empêchez
d'enregistrer de nouvelles données donc de faire fonctionner les outils. Il
vous faut alors supprimer certains jeux de données (/!\ si besoin penser à
les enregistrer et télécharger sur votre poste avant).
Partage de données entre historiques
Soit depuis le View all history : glisser et déposer la donnée vers
l’historique ciblé.

Soit via les options de l’history :

Récupérer des données via un historique

Cette fonctionnalité vous servira à récupérer les corrections des
certains exercices du MOOC.
1. Menu Shared data puis published histories et choisissez l’historique
que vous voulez visualiser puis importer si vous le souhaitez.
2. Visualisez les données que vous voulez voir grâce à l’icône en forme
d’œil : la donnée sera ouverte dans un nouvel onglet.
3. Pour importer cet historique, cliquer sur le bouton import history puis
choisissez le nom de cette historique ou laisser le titre par défaut.
4. Retourner sur la page d’accueil en cliquant soit sur le logo
Galaxy/ChemFlow en haut à gauche soit sur le menu Analyse Data.
Organiser ses historiques
Solution 1 : purger définitivement les données

- Cliquez sur l'icône en forme de roue en haut à droite de la page d'accueil.

- Cliquez sur saved histories

→ Ici, on peut supprimer définitivement son historique

Solution 2
Pour gérer ses historiques, cliquez sur l'icône en
forme de livre en haut à droite de la page d'accueil.
Vous devriez voir tous les (non supprimés)
historiques que vous avez créés.

Pour les options de visualisation, cliquez sur l’icône avec pour

afficher par exemple les fichiers supprimés.
Pour supprimer ou copier un historique cliquez sur la flèche accolée à
cet historique.
Pour activer un historique dans la page de travail de ChemFlow cliquez
sur le bouton Switch bouton en haut de cet historique, puis cliquez sur
Done tout en haut à gauche pour revenir à la page d'analyse des données.

Conclusion

Parallèlement à ce guide nous vous conseillons :

- de suivre les tutoriels vidéo dédié à ChemFlow
- de suivre les « Interactive Tours » de Galaxy pour mieux
appréhender le logiciel.
a) Allez sur l’onglet Help puis sur Interactive Tours
b) Choisissez un des deux tutoriels History Introduction ou
Galaxy UI. Lancez-le en cliquant dessus et laissez-vous
guider.

Bon courage et amusez-vous bien sur ChemFlow !