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que resisten las alteraciones del flujo en los puntos de ramificación. Este problema
pueden abordarse mediante el uso de algunos conceptos generales de la rigidez metabólica, que
incluyen un medio para
marco experimental.
suministrar metabolitos y energía precursores a las vías anabólicas que sintetizan los
constituyentes celulares que son necesarios
organismo huésped robusto (típicamente Escherichia coli) con los genes que
rendimientos (definidos como los moles de producto formado por mol de sustrato)
Actividad que ha evolucionado para mantener las distribuciones de flujo que son
propósito de mejorar el rendimiento y la productividad como ingeniería metabólica (3). Si bien las
manipulaciones genéticas ahora se pueden realizar fácilmente, hay relativamente pocas cuentas
de flujo metabólico exitoso
Con ese fin. Los conceptos, sin embargo, son de valor general, y la
De hecho, los metabolitos y la energía necesarios para sintetizar una célula de E. coth.
Los rendimientos de los productos son significativamente menores que los teóricos. Un ejemplo
ciclo. Sin embargo, tales intentos no han dado como resultado un rendimiento significativo.
identificado.
Nodos principales
La rama ciertamente gobierna la tasa de síntesis del producto, el rendimiento del producto es
los metabolitos primarios generalmente pueden soportar flujos sustanciales, los esfuerzos de
ingeniería metabólica deben dirigirse hacia la alteración del flujo
rendimiento.
ocurre solo en un pequeño subconjunto de todos los nodos posibles que comprenden el
Ocurren en función del rendimiento del producto. Distribuciones de flujo requeridas para
aumenta del 35% (Fig. 1B) al 75% (Fig. 1C). Inspección cercana de
nodo principal (12) ya que todos los OaA sintetizados a partir de PEP
La producción de OaA se produce solo a través de la reacción de PEP carboxilasa anaplerótica (10).
El nodo de fructosa-6-fosfato (F6P) también puede
Ser descartado como nodo principal. Para un rendimiento de lisina inferior al 60%,
Los requisitos de NADPH cuando el rendimiento de lisina supera el 60%. Dado que los
rendimientos de lisina observados típicamente son del 30 al 40%, las modificaciones metabólicas
solo necesita apuntar a los nodos principales G6P, PEP y Pyr. Por lo tanto
los esfuerzos de ingeniería metabólica solo necesitan centrarse en estos tres nodos
Importante consideración.
y Pyr son todos los precursores de lisina). En tales redes, el flujo en todas
esta restricción, la división del flujo en todos los nodos principales que comprenden
una red dependiente debe ser coordinada, y todos los nodos principales
Facilidad por la cual se puede alterar la partición de flujo en los nodos principales.
para obtener una distribución de flujo que sea óptima para la formación del producto.
Los flujos de regulación de vías varían notablemente (13). Es, sin embargo,
La discusión que sigue, cinética de la rama se refiere a la respuesta concentrada de todas las
enzimas que constituyen la rama, y la
afinidad por el metabolito del nodo, y las velocidades de reacción de cada uno
metabolito (fig. 3a). Como resultado, la relación de división de la rama puede cambiar
inhibición concertada de la aspartoquinasa por la lisina más treonina (15). Los nodos flexibles son
los más susceptibles de alteraciones de
El nodo está dominado por la cinética de una de sus ramas. Esto puede ser
El resultado de una alta actividad enzimática o una alta afinidad enzimática para
Del flujo todavía entra la rama dominante y limita el rendimiento del producto.
intermedio (N). Sin embargo, los nodos débilmente rígidos son típicamente
Los nodos débilmente rígidos se encuentran a menudo en las vías catabólicas que conducen
inhibición por P, dejando las relaciones de división de cada rama en forma relativa
inafectado. Curiosamente, las simulaciones indican que otras modificaciones nodales, como el
aumento de la demanda de P (por afinidad o
(14, 23, 24). Los efectores remotos también influyen en la biosyn de fenilalanina
Se han identificado interacciones de acoplamiento significativas entre las vías anapleróticas (PEP y
Pyr carboxilasas) y la catabólica.
Respuestas de red
una disminución en el flujo a la rama del producto (debido a la rigidez del nodo 2).
Síntesis B1. Por lo tanto, las modificaciones destinadas a mejorar las distribuciones de flujo en las
redes dependientes a menudo dan como resultado un metabolismo global.
La rigidez desde las alteraciones en la partición de flujo en todos los nodos principales.
Rama, para que pueda lograrse alguna mejora en el rendimiento del producto.
Las vías no deseables pueden causar la excreción de metabolitos intermedios en lugar del colapso
del flujo metabólico o la redirección del flujo. Finalmente al igual que con la ubicación de los nodos
principales, el estado de una rama
completamente comprensivo Si hay disponibles expresiones cinéticas detalladas para todas las
enzimas incluidas en la representación de la red de
Se puede construir un metabolismo, como los desarrollados para la glucólisis y la respiración (27,
28) y para los eritrocitos (29). Con la ayuda
de dichos modelos, se realizan simulaciones de la red metabólica o subred para evaluar la rigidez
de los nodos principales mediante
relación de división del nodo), como la eliminación de enzimas o la desregulación. Las sugerencias
para alteraciones metabólicas se basan entonces en el tipo de
Las técnicas se rigen por ensayo y error, son bastante informativas, ya que los modelos incorporan
la naturaleza no lineal completa de
establecido.
recibió amplia atención (2, 32); sin embargo, su valor para dirigir los esfuerzos de ingeniería
metabólica sigue siendo cuestionable (33). Ambos
Las distribuciones de flujo (como en la Fig. 1C) difieren radicalmente de las observadas
Los coeficientes de control de flujo (30) no son siempre los que deben modificarse,
Las técnicas de análisis relacionadas (34) siguen siendo herramientas útiles en el análisis de
Redes metabólicas.
limitaciones derivadas del balance de masa a los datos experimentales sobre las tasas de
así como otros (19, 38, 39), han utilizado este método para determinar
para un producto (como en la Fig. 1C) pero no se puede utilizar para predecir el flujo
descrito abajo.
Relacionando la respuesta metabólica con el tipo nodal ya que las respuestas metabólicas.
son específicos de cada caso debido a la variabilidad de la estructura de la red (dependiente versus
independiente), la arquitectura de control y la perturbación
usado. Por esta misma razón, los tipos de perturbaciones utilizadas para evaluar
o atenuación de
perturbación, como un cambio en la La rigidez nodal también es específica de cada caso, pero se
puede clasificar en cuatro
ese rendimiento de lisina no está limitado por la partición de flujo en el nodo G6P.
pero resultó en una atenuación del 75% de todos los flujos metabólicos (37), una
nodo. Estos resultados, junto con la eficiencia por la cual las distribuciones de flujo en el nodo G6P
cambiaron en respuesta a una mayor demanda
como la mutación isomerasa G6P. Estos dos experimentos de perturbación indican que el
rendimiento de lisina no está limitado por la disponibilidad de piruvato
Desde la inspección, la arquitectura de control del nodo PEP en C. glutamicum exhibe las
características de un nodo fuertemente rígido desde PEP
(44). Para examinar más a fondo la rigidez del punto de derivación PEP, un
expresiones cinéticas para enolase (ENO), PPC, Pyr quinasa (PK) (45),
sintasa (CS). El flujo soportado por el sistema de glucosa: PEP fosfotransferasa (43) se asumió que
era la mitad del flujo de enolasa,
se condensan con piruvato para producir lisina (la cinética de la dihidrodipicolinato sintasa no se
incluyó en el modelo).
la atenuación de los resultados de la actividad de PK en una disminución del flujo de PPC y una
Colapso general del flujo a través del nodo PEP. Si los efectos de Asp
La fuerte rigidez del nodo PEP se ve reforzada por (i) la alta actividad
la actividad PPC nativa no dio como resultado una partición de flujo significativa
mejora en simulaciones).
Conclusiones
para ser sobreproducido cerca de rendimiento máximo. Análisis del flujo metabólico.
Las distribuciones que son óptimas para la síntesis de productos revelan que
durante las fermentaciones de lisina de C. glutamicum ATCC 21253 con (A) glucosa
Restricciones de balance para estimar las distribuciones del flujo metabólico. Absoluto
Los flujos (entre paréntesis) están en unidades de milimoles por hora por gramo de
células.
durante las fermentaciones de lisina de C. glutamicum ATCC 21253 con (A) glucosa
Restricciones de balance para estimar las distribuciones del flujo metabólico. Absoluto
Los flujos (entre paréntesis) están en unidades de milimoles por hora por gramo de células.
.Higo. 5. La partición de flujo en los puntos de las ramas PEP y Pyr durante (A) la
dio lugar a la acumulación extracelular de piruvato (Pyrx-r) y disminuyó el flujo hacia el ciclo TCA;
sin embargo, el rendimiento de lisina no se vio afectado.
al 30% molar. Los flujos absolutos (entre paréntesis) están en unidades de milimoles por