BIOSÍNTESIS DE AMINOÁCIDOS

20 son los aminoácidos codificados

por el código genético

Alanina Ala A Isoleucina Ile I

Arginina Arg R Leucina Leu L
Asparagina Asn N Lisina Lys K
Aspártico Asp D Metionina Met M
Cisteína Cys C Prolina Pro P
Fenilalanina Phe F Serina Ser S
Glicina Gly G Tirosina Tyr Y
Glutamina Gln Q Treonina Thr T
Glutámico Glu E Triptófano Trp W
Histidina His H Valina Val V
2
 Estructura general de un alfa-aminoácido

carboxilato
a- amino

carbono a

sustituyente o grupo R 3
La síntesis de aminoácidos necesita solucionar tres problemas
bioquímicos fundamentales
1) Obtener nitrógeno

 Sólo ciertos microorganismos son capaces de reducir moléculas de nitrógeno

gaseoso inerte (N2) a dos moléculas de amoníaco.

 El nitrógeno en forma de amoníaco es la fuente de nitrógeno para TODOS los

aminoácidos

 Los esqueletos carbonados proceden de la vía glicolítica, de la vía de las

pentosas fosfato o del Cíclo de Krebs

Fijadores
Bacterias y cianobacterias fijadoras
libres de nitrógeno simbióticos
 El mayor reservorio de nitrógeno de la Tierra
está en su atmósfera

http://commons.wikimedia.org/wiki/File:Nitrosp.png
 …siempre nos quedaremos cortos a
la hora de evaluar la importancia
que tiene la fijación del nitrógeno,
por parte de los microorganismos
que fijan N2, para el metabolismo
de todos los eucariotas superiores…

 Los microorganismos fijan 10 11 kg cada año (60% del total)

 Los rayos y radiación UV (15% del total)

 Los procesos Industriales (25% del total )

Catálisis Química: N2 + H2, catalizador de Fe, 500ºC, P de 300 atms

Fijación del nitrógeno: los microorganismos utilizan un potente

reductor y ATP para reducir en N2 atmosférico a amoníaco
 El nitrógeno en los aminoácidos, purinas, pirimidinas y otras
biomoléculas, proviene en última instancia del nitrógeno atmosférico
 La catálisis enzimática la lleva a cabo
el complejo enzimático Nitrogenasa

Electrones
procedentes de la
ferredoxina
reducida a22
(potente reductor)
Dímero Tetrámero
Proteína Fe-S

Reductasa Nitrogenasa
(Fe-proteína) (MoFe-proteína)

 La transferencia de electrones desde el componente Reductasa al

componente Nitrogenasa está acoplada a la hidrólisis de ATP

 el complejo enzimático cuenta con numerosos centros redox

 Sensible a la inactivación por O2

 Nitrogenasa: contiene varios centros redox
 Heterotetrámero formado por dos subunidades alfa (rojo) y dos beta (azul)
Agrupación-P Cofactor Fe-Mo
Cada
agrupación P
contiene:

8 átomos de Fe
7 átomos de S Átomo
central
homocitrato
conectados a la
proteína por Cada cofactor
unión vía Cys FeMo contiene:

1 átomo de Mo
7 átomos de Fe,
9 átomos de S,
1 átomo central
1 homocitrato,

conectados al a
proteína por unión
vía Cys y His
 Recuerde que las agrupaciones hierro-azufre funcionan como transportadores
de electrones

Agrupaciones hierro-azufre

Proteína

Cada una de estas agrupaciones puede llevar a cabo reacciones de oxido reducción

Los iones Fe alternan ente los estados Fe2+ (reducido) a Fe3+ (oxidado)
  El cofactor
Reductasa Nitrogenasa
hierro-molibdeno
(Fe-Mo)
se une al N2
atmosférico
y lo reduce
Nitrógeno
Subunidad-α

Ferredoxina
reducida
[4Fe-4S] Amoníaco
Agrupación-P
Subunidad-β

Proceso costoso energéticamente

 Por cada electrón transferido se hidrolizan 2 ATPs
 N2 + 6e- +6H+ → 2NH3

 La reacción biológica genera además de 2 moles de NH3 por cada mol de N2,
al menos 1 mol de H2

N2 + 8e- + 8H+ + 16 ATP + 16 H2O → 2NH3 + H2 + 16 ADPs + 16 Pi

La síntesis de aminoácidos necesita solucionar tres problemas
bioquímicos fundamentales
2) Control estereoquímico

 Todos los aminoácidos menos la Gly son quirales, por lo cual las vías
biosintéticas deben generar el isómero correcto

Excepto la Glicina
http://commons.wikimedia.org/wiki/File:Chirality_with_hands.jpg

El carbono α es un centro quiral

Veremos luego que en la síntesis de los 19 aa quirales, la estereoquímica del átomo

de carbono alfa queda determinada mediante una reacción de transaminación
en la que participa el piridoxal fosfato (PLP)
 L-alanina D-alanina
http://commons.wikimedia.org/wiki/File:Zwitterion-Alanine.png

Los aminoácidos codificados por el código genético

son todos de la serie L
La síntesis de aminoácidos necesita solucionar tres problemas
bioquímicos fundamentales
3) Cantidad suficiente de cada aminoácido: regulación

 La retroinhibición y los mecanismos alostéricos garantizan que los 20 aa se

encuentren en cantidad suficiente para sintetizar proteínas y llevar a cabo
otros procesos

Amino acid(s) mg per kg body weight mg per 70 kg mg per 100 kg

H Histidine 10 700 1000

I Isoleucine 20 1400 2000
L Leucine 39 2730 3900
K Lysine 30 2100 3000

M Methionine+ C Cysteine 10.4 + 4.1 (15 total) 1050 1500

F Phenylalanine+ Y Tyrosine 25 (total) 1750 2500

T Threonine 15 1050 1500

W Tryptophan 4 280 400
V Valine WHO 26 1820 2600
Estimating the daily requirement for the indispensable amino acid
 La biosíntesis de aminoácidos está íntimamente
relacionada con la nutrición porque muchos organismos
superiores han perdido la capacidad de sintetizar algunos
de ellos (los aminoácidos esenciales)
Esenciales No esenciales
Isoleucina (Ile) Alanina (Ala)
Leucina (Leu) Tirosina (Tyr)
Lisina (Lys Aspartato (Asp)
Metionina (Met) Cisteína (Cys)
Fenilalanina (Phe) Glutamato (Glu)
Treonina (Thr) Glutamina (Gln)
Triptófano (Trp) Glicina (Gly)
Valina (Val) Prolina (Pro)

Histidina (His) (condicionalmente) Serina (Ser)

Arginina (Arg) (condicionalmente) Asparagina (Asn)

La síntesis de aminoácidos necesita solucionar tres problemas
bioquímicos fundamentales

1) Obtener nitrógeno

2) Control estereoquímico

3) Cantidad suficiente de cada aminoácido: regulación

 El ión amonio se incorpora a los aminoácidos por medio del
Glutamato y la Glutamina

Glutamato Glutamina

α α

 El grupo alfa amino de la mayoría de los aa proviene de la transaminación del

grupo alfa-amino del glutamato
 La glutamina cede su átomo de Nitrógeno de la cadena lateral a un amplia gama de
compuestos entre ellos al Trp y la His
 ¿Cómo se sintetiza el Glutamato?

α-cetoglutarato Glutamato
(intermediario del Ciclo de Krebs)

 Enzima Glutamato deshidrogenasa (GDH)

 Consume NAD(P)H (en algunas especies la enzima no diferencia entre NADH y NADPH)

 Etapas:

-se forma una base de Schiff (carbonilo reacciona con amino, doble enlace C=N),
que se protona fácilmente

-la base de Schiff protonada se reduce mediante la transferencia de un ion hidruro

(H-) procedente del NADPH y se forma glutamato
 En esta reacción se determina la estereoquímica
del átomo de Cα de glutamato (isómero L)

Base de Schiff
α -cetoglutarato protonada L-glutamato

Cα
Hidruro (H-)
en color verde
 ¿Cómo se sintetiza el Glutamina?

Cα Cα Cα

Glutamato Intermediario acilfosfato Glutamina

 Enzima: Glutamina sintetasa (GS)

 En esta reacción se incorpora un segundo ion amonio para formar Glutamina

 Etapas:

- reacción dirigida por la hidrólisis de ATP permitiendo la formación del

intermediario acilfosfato

-reacción del intermediario con el amoníaco para formar glutamina

 Enzima clave en la regulación de la síntesis de aa

 Glutamina sintetasa (GS)
un ejemplo de enzima regulada mediante
diferentes mecanismos

Regulación por
Modificación covalente
Alostérica por
retroinhibición acumulativa
…

http://commons.wikimedia.org/wiki/File:PDB_2gls_EBI.jpg

Salmonella typhimurium
12 subunidades idénticas de 50kDa c/u
 Regulación por modificación covalente

 inhibición por adenililación (incorporación de AMP) a nivel de la Tyr397

cercana al sitio activo de la enzima

Adenilil
Transferasa
(AT) & PA

Glutamina Glutamina
sintetasa sintetasa
NO adenilada adenilada
(más activa) (menos activa)

Adenilil  La actividad de
Transferasa adenililación o
(AT) & PD fosforólisis de la
adeniltransferasa (AT)
está regulada por una
proteína reguladora P
que existe en dos
http://commons.wikimedia.org/wiki/File:Adenylylated_Unadenylylated_GS.PNG formas PA y PD
 PA se convierte en PD cuando se uridila
por acción de la enzima Uridil transferasa

PA, No Uridilada
Actividad adenililante de AT

Uridil Transferasa
PD, Uridilada
Actividad de fosforólisis de AT

 Las modificaciones covalentes aumentan la sensibilidad a la regulación

alostérica
Modulación alostérica
por retroinhibición
Glutamina
acumulativa sintetasa
 La biosíntesis de aminoácidos se regula por retroinhibición

Las vías ramificadas necesitan una sofisticada regulación

- retroinhibición y retroactivación
- multiplicidad enzimática
- retroinhibición acumulativa
- cascada enzimática como en la glutamina sintetasa

Más puntos de regulación hace posible que

el flujo de nitrógeno en el interior de la célula
se pueda ajustar con más precisión
 La glutamato deshidrogenasa
(GDH)

Presente en todos los organismos

La glutamina sintetasa
(GS)

Una enzima extra presente en

bacterias y plantas, no en
glutamato animales (rol importante si
sintasa
escasea el NH4+)
La glutamato sintasa
(aminación reductora del
α-cetoglutarato
Glutamina Glutamato α-cetoglutarato a glutamato)
 No esenciales
No. de aminoácidos Esenciales

No. pasos necesarios para la síntesis

 Familias Biosintéticas
de aminoácidos en bacterias y plantas

Los aminoácidos se
sintetizan a partir
de intermediarios
del ciclo de Krebs,
la glicólisis, la vía
de las pentosas
fosfato
 Biosíntesis de AA por transaminación: Asp, Ala
α-cetoácido
Lisina (Oxalacetato→Asp
Piruvato →Ala)
Enzima

α-ceto-
Glu glutarato

Aldimina interna Piridoxamina Cetimina

Piridoxal P formando una Fosfato (PMP)
base de Schiff con el
grupo amino de una
Lys del enzima

Cα

L-Aminoácido

Aldimina externa Intermediario quinoideo

Una etapa común determina la quiralidad de todos los aminoácidos

Arginina
Protón que se
va a transferir

Lisina
Aminoácidos conservados
en todas las transaminasas
 La formación de Asparragina
a partir de Aspartato requiere un
Intermediario adenililado
En mamíferos el dador de
NH3 es la glutamina
(por hidrólisis)

Aspartato Intermediario-acil-adenililato Asparagina

 el aspartato se activa por amidación dirigida por ATP (se le une AMP) en vez de por fosforilación
 El glutamato es el precursor
de glutamina, prolina y arginina

Arg

Glutamato g-semialdehído
glutámico

Prolina
 El 3-fosfoglicerato (de la glucólisis)
es el precursor de serina

Y la serina de la cisteína y glicina

Para sintetizar la Glicina precisamos que se transfiera la cadena lateral de la Serina

El tetrahidrofolato transporta fragmentos monocarbonados
activados con diversos grados de oxidación
 Lo obtenemos de la dieta o a partir de la acción de microorganismos en el
tracto intestinal

 Transporta metilo (-CH3), metileno (-CH2-), formilo –(CHO)…

 estos derivados del tetrahidrofolato actúan como Donadores de fragmentos

monocarbonados en diversas reacciones biosintéticas/
 Síntesis de glicina a partir de serina

El tetrahidrofolato transporta fragmentos monocarbonados activados

S-adenosilmetionina es el principal donador de grupos metilo
 Las vías complejas –
los aminoácidos aromáticos

El corismato es el intermediario de la
síntesis de aminoácidos aromáticos
en bacterias, hongos y plantas
Los aminoácidos son precursores de muchas biomoléculas

Óxido Nítrico
una molécula mensajera
se forma a partir de Arginina

AA

y muchos más…

Gracias
Andrea Villarino