Presentacionr PDF

Aplicación de R
para la solución de problemas de Fı́sica
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Ricardo Salgado (UNAH) Aplicación de R en Fı́sica 01 Octubre 2015 1/2

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Introducción a
¿Qué es R?
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Introducción a
¿Qué es R?
R es un lenguaje de programación y entorno de computación de uso libre,

que ha sido desarrollado por Ross Ihaka y Robert Gentleman para la ma-
nipulación de datos, análisis estadı́stico y generación de gráficos cientı́ficos
con muy buena calidad.
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Introducción a
Preliminares
Inicio y cierre de sesión
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Introducción a
Preliminares

Para iniciar sesión basta con introducir la letra R en la consola Linux, o por
medio del ambiente R Studio, el cuál es mucho más amistoso al momento
de trabajar.
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Introducción a
Preliminares

Para iniciar sesión basta con introducir la letra R en la consola Linux, o por
medio del ambiente R Studio, el cuál es mucho más amistoso al momento
de trabajar.
Para cerrar sesión basta con escribir q() en la consola y el programa se

cerrará.
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Introducción a
A diferencia de muchos programas, R funciona como una calculadora,

facilitándonos asi, su uso hasta en las operaciones mas elementales.
Por ejemplo:
> 3+2
[1] 5
>
El prompt (>) indica, que el programa está listo para que se introduzca
otra linea de comandos.
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Introducción a
Para familiarizarse un poco con el uso del programa se mostrarán otros

ejemplos de operaciones básicas que pueden hacerse con R.
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Introducción a

> 5*3*1 # Multiplicación

[1] 15
>
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Introducción a


[1] 15
>
> sqrt(16) # Calcula la raı́z cuadrada

[1] 4
>
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Introducción a


[1] 15
>
> sqrt(16) # Calcula la raı́z cuadrada

[1] 4
>
> cos(pi) # Calcula el coseno del número Pi

[1] -1
> δx
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Introducción a
> log(1) # Calcula el logaritmo natural de un número

[1] 0
>
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Introducción a

[1] 0
>
> log10(2) # Calcula el logaritmo base 10 de un número

[1] 0.30103
>
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Introducción a

[1] 0
>
> log10(2) # Calcula el logaritmo base 10 de un número

[1] 0.30103
>
> exp(-3) # Calcula el exponencial de un número

[1] 0.04978707
>
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Introducción a
¿Qué ocurre si no se escribe el código completo en la consola de R?
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Introducción a

Por ejemplo:
2*4**
+
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Introducción a

Por ejemplo:
2*4**
+
Como respuesta a la pregunta anterior en la ventana de R se agrega un

signo +, lo que indica que la linea de comandos está imcompleta. Una vez
completa, todo vuelve a la normalidad.
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δx
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Introducción a

Por ejemplo:
2*4**
+
Como respuesta a la pregunta anterior en la ventana de R se agrega un

signo +, lo que indica que la linea de comandos está imcompleta. Una vez
completa, todo vuelve a la normalidad.
2*4**
+ 3
[1] 128
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Introducción a
R puede realizar varias operaciones a la vez o usar varios comandos en una

sola linea separándolos por (;)
3*2ˆ2; (3*2)ˆ2; 2+3

[1] 12
[1] 36
[1] 5
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El directorio de trabajo y algunos comandos del sistema
El directorio de trabajo
Cada sesión de R tiene un directorio de trabajo.
Dentro de una sesión, el espacio de trabajo, es el lugar predeterminado

donde R busca los archivos que se leen o escriben en el disco.
Este directorio puede ser cambiado en cada sesión de trabajo.
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Ricardo Salgado (UNAH) Aplicación de R en Fı́sica 01 Octubre 2015 10 / 2

Algunos de los comandos que permiten interactuar en el directorio de trabajo

son:
getwd() # Muestra el directorio de trabajo
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son:
setwd("path/dir") # Define el directorio de trabajo
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son:
ls() # Lista arreglos existentes del D.T
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son:
ls() # Lista arreglos existentes del D.T
list.files() / dir(): # Lista archivos en el D.T
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Comandos importantes del sistema
Instalación y llamado de paquetes

install.packages("paquete") # Instala paquetes
library(paquete) # Llama paquetes
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Comandos importantes del sistema
Instalación y llamado de paquetes

install.packages("paquete") # Instala paquetes
library(paquete) # Llama paquetes
Ayuda
?comando # Muestra la ayuda de un comando
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Manejo de datos
En la Fı́sica, de forma especial en la parte experimental, se trabaja con el uso

de datos, a los cuales, se necesita hacer cierto tipo de análisis para explicar
el fenómeno en estudio.
Figura 1 : Montaje para el cálculo de la velocidad del sonido en una columna de aire
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Comandos para el manejo y tratamiento de datos
c(a,b,c,d) # Crea vectores de datos
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print(a) # Imprime el contenido de la variable a
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rm() # Elimina los objetos creados
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c(x,y) # Concatena los vectores x, y es decir los enlaza
cbind()# Transforma un vector en forma de columna
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c(x,y) # Concatena los vectores x, y es decir los enlaza
cbind()# Transforma un vector en forma de columna
length() # Especifica el número de componentes de un vector

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a:b # genera una secuencia de números enteros que inicia en

a y termina b
δx
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δx
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a:b # genera una secuencia de números enteros que inicia en

a y termina b
seq() # Genera una secuencia de números pero con mas

opciones de configurar
seq(from=número, to=numero, by=numero)
rep(x, n) # Repite una secuencia o numero x, n veces
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data.frame(vector=nombre de columna, vector=....) # Crea un

data frame
δx
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data frame
subset() # Permite extraer un subgrupo de un vector,

matriz o data frame
δx
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δx
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data frame

matriz o data frame
colnames("columna1","columna2") # Coloca nombre a

las columnas
δx
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x̄
δx
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data frame

matriz o data frame
colnames("columna1","columna2") # Coloca nombre a

las columnas
read.csv("archivo.csv") # Carga los datos desde un

archivo.csv
δx
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δx
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mean() # Calcula la media de un conjunto de datos
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x̄
δx
x̄
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colMeans() # Calcula la media de una columna
δx
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δx
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σx̄

sd(): # Calcula la desviación estandar de un conjunto

de datos
δx
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δx
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de datos
median(): # Calcula la mediana de un conjunto de datos
δx
σx̄
x̄
δx
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de datos
median(): # Calcula la mediana de un conjunto de datos
lm(y ˜ x) # Realiza una regresión lineal
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δx
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signif(x,n): # muestra el vector, data.frame con un número

n de cifras significativas
δx
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δx
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signif(x,n): # muestra el vector, data.frame con un número

n de cifras significativas
options(digits=n) # cambia el número de dı́gitos de la

respuesta
δx
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Algunas aplicaciones de R en Fı́sica
Análisis de un péndulo simple
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Mediciones de Longitud
setwd("/home/ricardo/Resultados_pendulo/")
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tabla <- read.csv("penduloes.csv")
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m1 <- c(NA,NA,mean(tabla[1:6,2]),NA,NA,NA)
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tabla[,"Mejor_Valor_LO"] = m1
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ErrEst1 <- c(NA,NA,sd(tabla[1:6,2])/sqrt(6),NA,NA,NA)
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δx
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tabla[,"sigma"] = signif(ErrEst1,1)
δx
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tabla[,"Delta L"] = signif(sqrt(tabla[,3]**2+tabla[,"sigma"]**2),1)
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library(xtable)
δx
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δx
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library(xtable)
xtable(tabla,caption = "Análisis de Longitud",digits = c(1,3,3,3,3,4,3)) δx
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δx
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X X.1 X.2 Mejor Valor LO sigma Delta L

1 2.650
2 2.651
3 7 2.651 0.002 2.651 0.0002 0.002
4 2.650
5 2.650
6 2.651
Tabla 1 : Análisis de Longitud
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Haciendo mejoras al código

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colnames(tabla) <- c("$\\theta$\ $(\\degree)$","$L$ \ (m)","$\\Delta L$\ (m)",

"$\\bar{L}$\ (m)","$\\sigma_{\\bar{L}}$\ (m)","$\\Delta L$")
δx
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δx
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colnames(tabla) <- c("$\\theta$\ $(\\degree)$","$L$ \ (m)","$\\Delta L$\ (m)",

"$\\bar{L}$\ (m)","$\\sigma_{\\bar{L}}$\ (m)","$\\Delta L$")
library(xtable)
A <- xtable(tabla,caption = "Análisis de Longitud para el péndulo",
digits = c(1,3,3,3,3,4,3),align = "ccccccc")
print(A, sanitize.text.function = function(x){x})
δx
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δx
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θ (◦ ) L (m) ∆L (m) L̄ (m) σL̄ (m) ∆L

1 2.650
2 2.651
3 7 2.651 0.002 2.651 0.0002 0.002
4 2.650
5 2.650
6 2.651
Tabla 2 : Análisis de Longitud para el péndulo
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Mediciones de Perı́odo
tabla<-read.csv("periodoes.csv")
tabla[,"T"]=tabla[1:6,2]/20
tabla[,"Delta T1"]=c(NA,NA,tabla[3,3]/20,NA,NA,NA)
m1<-c(NA,NA,mean(tabla[,"T"]),NA,NA,NA)
tabla[,"Mejor_Valor_TO"]=m1
ErrEst1<-c(NA,NA,sd(tabla[1:6,4])/sqrt(6),NA,NA,NA)
tabla[,"sigma"]=signif(ErrEst1,1)
tabla[,"Delta T"]=signif(sqrt(tabla[,5]**2+tabla[,"sigma"]**2),1)
colnames(tabla)<-c("$\\theta$\ $(\\degree)$","$T_{20}$ \ (s)",
"$\\Delta T_{20}$\ (s)", "$T$ \ (s)","$\\Delta T$\ (s)",
"$\\bar{T}$\ (s)","$\\sigma_{\\bar{T}}$\ (s)","$\\Delta T$")
library(xtable)
A <- xtable(tabla,caption="Análisis de Perı́odo para el péndulo",
digits=c(1,1,2,2,4,4,6,4,4),align="ccccccccc")
print(A, sanitize.text.function = function(x){x}) δx
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θ (◦ ) T20 (s) ∆T20 (s) T (s) ∆T (s) T̄ (s) σT̄ (s) ∆T
1 65.43 3.2715
2 65.40 3.2700
3 7 65.41 0.01 3.2705 0.0005 3.270667 0.0003 0.0006
4 65.42 3.2710
5 65.43 3.2715
6 65.39 3.2695
Tabla 3 : Análisis de Perı́odo para el péndulo
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Cálculo de g
Finalmente para el cálculo de g se usa:
> 4*(piˆ2)*2.651/(3.2707)ˆ2
[1] 9.78336
>
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Un experimento de óptica
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theta <- c(3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36)
theta2 <- c(4,8,12,16,20,24,28,32,37,42,47,52)
delta.theta <- c(NA,NA,NA,NA,NA,1/2,NA,NA,NA,NA,NA,NA)
delta.theta2 <- c(NA,NA,NA,NA,NA,1/2,NA,NA,NA,NA,NA,NA)
tabla<-data.frame(theta,theta2,delta.theta,delta.theta2)
δx
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theta <- c(3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36)
theta2 <- c(4,8,12,16,20,24,28,32,37,42,47,52)
tabla[,"sin(tehta1)"] <- sin(tabla[,1]*pi/180)

tabla[,"delta q1"] <- signif((sin((tabla[,1]+0.5)*pi/180)
-sin((tabla[,1]-0.5)*pi/180))/2,1)
-sin((tabla[,2]-0.5)*pi/180))/2,1)
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theta <- c(3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36)
theta2 <- c(4,8,12,16,20,24,28,32,37,42,47,52)

-sin((tabla[,1]-0.5)*pi/180))/2,1)
-sin((tabla[,2]-0.5)*pi/180))/2,1)
Regresion<-lm(tabla[,6]˜tabla[,5]);
summary(Regresion)
tabla[,"Coef Regresion"]<-c(NA,NA,NA,NA,NA,coef(Regresion),NA,NA,NA,NA,NA) δx
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continuación script óptica

tabla[,"error reg"] <- c(NA,NA,NA,NA,NA,0.003,0.009,NA,NA,NA,NA,NA)
colnames(tabla) <- c("$\\theta_1$ \ $(\\degree)$","$\\theta_2$ \ $(\\degree)$",
"$\\Delta \\theta_1$\ $(\\degree)$","$\\Delta \\theta_2$\ $(\\degree)$",
"$\\sin(\\theta_1)$","$\\sin(\\theta_2)$","$\\Delta q_1$", "$\\Delta q_2$",
"Coef Regresion", "Error Regresion")
library(xtable)
A <- xtable(tabla,caption = "Óptica",digits = c(1,2,2,2,2,7,7,3,3,5,3),
align = "ccccccccccc")
print(A, sanitize.text.function = function(x){x})
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θ 1 (◦ ) θ2 (◦ ) ∆θ1 (◦ ) ∆θ2 (◦ ) sin(θ1 ) sin(θ2 ) ∆q1 ∆q2 Coef Regresion Error Regresion
1 3.00 4.00 0.0523360 0.0697565 0.009 0.009
2 6.00 8.00 0.1045285 0.1391731 0.009 0.009
3 9.00 12.00 0.1564345 0.2079117 0.009 0.009
4 12.00 16.00 0.2079117 0.2756374 0.009 0.008
5 15.00 20.00 0.2588190 0.3420201 0.008 0.008
6 18.00 24.00 0.50 0.50 0.3090170 0.4067366 0.008 0.008 -0.00353 0.003
7 21.00 28.00 0.3583679 0.4694716 0.008 0.008 1.33820 0.009
8 24.00 32.00 0.4067366 0.5299193 0.008 0.007
9 27.00 37.00 0.4539905 0.6018150 0.008 0.007
10 30.00 42.00 0.5000000 0.6691306 0.008 0.006
11 33.00 47.00 0.5446390 0.7313537 0.007 0.006
12 36.00 52.00 0.5877853 0.7880108 0.007 0.005
Tabla 4 : Óptica
δx
σx̄
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σx̄

Cálculo de los coeficientes de Difusión

Se presenta un pequeño programa que calcula los coeficientes de di-
fusión de una muestra de un metal, dada la Energı́a de Activación Q,
el valor de D0 y el vector de Temperaturas, El programa convierte las
temperaturas a Kelvin si estan dadas en Celsius o Fahrenheit.
La ecuación es una ecuación tipo Arrhenius
Q

D = D0 exp −
RT
δx
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Temperaturas<-c(1:10)*100;
δx
σx̄
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δx
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Fahrenheit <- function(x) {

kelvin <- (x - 32) * (5/9) + 273.15
}
Celsius <- function(x){

kelvin <- x + 273.15
}
δx
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δx
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σx̄

Fahrenheit <- function(x) {

kelvin <- (x - 32) * (5/9) + 273.15
}
Celsius <- function(x){

kelvin <- x + 273.15
}
Difusion <- function(Q, D0, Temperaturas,Escala,n){
D <- signif(D0*exp(-Q/(8.314*Escala(Temperaturas))),n)
D <- paste(D, ’mˆ2/s’ )
Tabla <- data.frame("Temp Celsius"=Temperaturas,D)
print(Tabla)
}
δx
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δx
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Gráficos
Se usará el paquete ggplot2 para la elaboración de gráficos de excelente

calidad.
Se plantearán dos ejemplos:
Gráfico de Regresión Lineal

Gráfico relacionado con Ley de Bragg y la difracción de Rayos X
δx
σx̄
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Figura 2 : Gráfico Regresión Lineal σx̄

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Figura 3 : Gráfico Cristales σx̄

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Integrando R con LATEX
Código R
(Chunks) doc.Rnw doc.tex
doc.pdf
(Código (Texto,
Documento
LATEX, Sweave Ecuaciones, pdflatex
Noweb final
Código Gráficos,
gnuplot, Resultados
Código R) R)
Código
Stangle
LATEX
doc.R
(Solo con el
código R)
δx
Figura 4 : Diagrama del Proceso de Integración entre R y LATEX

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Gracias por su atención
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Aplicación de R

para la solución de problemas de Fı́sica

Ricardo Salgado (UNAH) Aplicación de R en Fı́sica 01 Octubre 2015 1/2

Ricardo Salgado (UNAH) Aplicación de R en Fı́sica 01 Octubre 2015 2/2

Ricardo Salgado (UNAH) Aplicación de R en Fı́sica 01 Octubre 2015 3/2

R es un lenguaje de programación y entorno de computación de uso libre,

Ricardo Salgado (UNAH) Aplicación de R en Fı́sica 01 Octubre 2015 3/2

Inicio y cierre de sesión

Ricardo Salgado (UNAH) Aplicación de R en Fı́sica 01 Octubre 2015 4/2

Inicio y cierre de sesión

Ricardo Salgado (UNAH) Aplicación de R en Fı́sica 01 Octubre 2015 4/2

Inicio y cierre de sesión

Para cerrar sesión basta con escribir q() en la consola y el programa se

Ricardo Salgado (UNAH) Aplicación de R en Fı́sica 01 Octubre 2015 4/2

A diferencia de muchos programas, R funciona como una calculadora,

Ricardo Salgado (UNAH) Aplicación de R en Fı́sica 01 Octubre 2015 5/2

Para familiarizarse un poco con el uso del programa se mostrarán otros

Ricardo Salgado (UNAH) Aplicación de R en Fı́sica 01 Octubre 2015 6/2

Para familiarizarse un poco con el uso del programa se mostrarán otros

> 5*3*1 # Multiplicación

Ricardo Salgado (UNAH) Aplicación de R en Fı́sica 01 Octubre 2015 6/2

Para familiarizarse un poco con el uso del programa se mostrarán otros

> 5*3*1 # Multiplicación

> sqrt(16) # Calcula la raı́z cuadrada

Ricardo Salgado (UNAH) Aplicación de R en Fı́sica 01 Octubre 2015 6/2

Para familiarizarse un poco con el uso del programa se mostrarán otros

> 5*3*1 # Multiplicación

> sqrt(16) # Calcula la raı́z cuadrada

> cos(pi) # Calcula el coseno del número Pi

Ricardo Salgado (UNAH) Aplicación de R en Fı́sica 01 Octubre 2015 6/2

> log(1) # Calcula el logaritmo natural de un número

Ricardo Salgado (UNAH) Aplicación de R en Fı́sica 01 Octubre 2015 7/2

> log(1) # Calcula el logaritmo natural de un número

> log10(2) # Calcula el logaritmo base 10 de un número

Ricardo Salgado (UNAH) Aplicación de R en Fı́sica 01 Octubre 2015 7/2

> log(1) # Calcula el logaritmo natural de un número

> log10(2) # Calcula el logaritmo base 10 de un número

> exp(-3) # Calcula el exponencial de un número

Ricardo Salgado (UNAH) Aplicación de R en Fı́sica 01 Octubre 2015 7/2

¿Qué ocurre si no se escribe el código completo en la consola de R?

Ricardo Salgado (UNAH) Aplicación de R en Fı́sica 01 Octubre 2015 8/2

¿Qué ocurre si no se escribe el código completo en la consola de R?

Ricardo Salgado (UNAH) Aplicación de R en Fı́sica 01 Octubre 2015 8/2

¿Qué ocurre si no se escribe el código completo en la consola de R?

Como respuesta a la pregunta anterior en la ventana de R se agrega un

Ricardo Salgado (UNAH) Aplicación de R en Fı́sica 01 Octubre 2015 8/2

¿Qué ocurre si no se escribe el código completo en la consola de R?

Como respuesta a la pregunta anterior en la ventana de R se agrega un

Ricardo Salgado (UNAH) Aplicación de R en Fı́sica 01 Octubre 2015 8/2

R puede realizar varias operaciones a la vez o usar varios comandos en una

3*2ˆ2; (3*2)ˆ2; 2+3

Ricardo Salgado (UNAH) Aplicación de R en Fı́sica 01 Octubre 2015 9/2

Dentro de una sesión, el espacio de trabajo, es el lugar predeterminado

Este directorio puede ser cambiado en cada sesión de trabajo.

Ricardo Salgado (UNAH) Aplicación de R en Fı́sica 01 Octubre 2015 10 / 2

Algunos de los comandos que permiten interactuar en el directorio de trabajo

getwd() # Muestra el directorio de trabajo

Ricardo Salgado (UNAH) Aplicación de R en Fı́sica 01 Octubre 2015 11 / 2

Algunos de los comandos que permiten interactuar en el directorio de trabajo

getwd() # Muestra el directorio de trabajo

setwd("path/dir") # Define el directorio de trabajo

Ricardo Salgado (UNAH) Aplicación de R en Fı́sica 01 Octubre 2015 11 / 2

Algunos de los comandos que permiten interactuar en el directorio de trabajo

> 531 # Multiplicación

> 531 # Multiplicación

> 531 # Multiplicación

32ˆ2; (32)ˆ2; 2+3