MODELOS

MOLECULARES
Y SUPERFICIES
DE ENERGÍA
POTENCIAL

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 La modelación molecular

• El propósito fundamental de la modelación

molecular es elaborar modelos virtuales
perceptibles y confiables de las
estructuras y procesos que existen a una
escala espacial que para el hombre es
directamente imperceptible.

2
 ¿Qué es un modelo?
• Un modelo es una representación de
cualquier objeto, que se elabora o crea
con fines utilitarios.
• La Enciclopedia Británica entiende un
modelo como una descripción o analogía
usada para ayudar la visualización de algo
(como puede ser un átomo) que no puede
observarse directamente.

3
La imaginación de cualquier
fenómeno u objeto es un
«modelo virtual»

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 SOLUTION STRUCTURE OF THE
ALZHEIMER'S DISEASE AMYLOID
BETA-PEPTIDE (1-42)

O.CRESCENZI,S.TOMASELLI,R.GUERRINI,S.SALVADORI,
A.M.D'URSI,P.A.TEMUSSI,D.PICONE “SOLUTION STRUCTURE OF THE
ALZHEIMER AMYLOID BETA-PEPTIDE (1-42) IN AN APOLAR
MICROENVIRONMENT. SIMILARITY WITH A VIRUS FUSION DOMAIN”
EUR.J.BIOCHEM. 269 5642 (2002)

5
 La segunda ley de Newton y la
modelación molecular
• La elaboración de modelos moleculares
confiables se basa en la consideración de
que todo sistema es más estable en las
condiciones de su mínima energía
potencial, o energía interna.
V
F
xi
d 2 xi
m 2 0
dt
6
 Las superficies de energía
potencial
• Para encontrar las configuraciones moleculares
más probables es preciso disponer de una
función que exprese la energía potencial total, o
simplemente la energía total del sistema, en
términos de la cantidad y el tipo de núcleos
atómicos involucrados Z y las coordenadas de
 
los mismos y las de sus electrones :
E  E (Z , R, r )
• A esta función se la conoce como la superficie
de energía potencial del sistema o
hipersuperficie. 7
El problema fundamental de los
métodos de modelación
molecular es encontrar la forma
funcional de tales
hipersuperficies:
 
E  E ( Z , R, r )
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 Hipersuperficie de la molécula de
H2 según el potencial de Morse
6
 
5
E=D (1-e )
E  E ( Z , R, r )
H2
-1.1(0.74-r) 2

4
E (ev)

0
-1 0 1 2 3 4 5 6
-10
r (10 m) 9
  
E  E ( Z , R, r )

10
 La mecánica cuántica como
teoría física de los sistemas
poliatómicos
• La mecánica cuántica es la única teoría
conocida hasta ahora que resulta válida a
priori para modelar y describir los
fenómenos que se presentan en la nano y
picoscópica, como es el caso de las
interacciones moleculares y el enlace
químico.
11
 Hipersuperficies cuánticas
• Los modelos
cuánticos son
aquellos donde la
   r , t 
hipersuperficie se

calcula con las
Hˆ  r , t 
funciones de onda de 
las partículas E
 r , t 
involucradas y suelen 
ser los más
confiables por las
razones anteriores.
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 ¿Cómo resolver un problema tan
trascendental?
• La primera aproximación que se hace para
poder construir modelos cuánticos es considerar
que las coordenadas de todas las partículas
coinciden con las de los núcleos atómicos:

 E  E ' ( Z , R' )
donde R ' es la matriz de las coordenadas de
todas las partículas del sistema, y los electrones
tienen las mismas coordenadas que los núcleos
a los que se les asocie.

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 ¿Sólo la mecánica cuántica?
• Existen los llamados
modelos clásicos que
son aquellos en los que
las hipersuperficies son
H r , t 
ˆ 
construidas con
E
 r , t 
funciones convencionales 
ajustadas para reproducir

 f R, t 
de forma aproximada
resultados
experimentales o cálculos
cuánticos previos
confiables.
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Geometrías
moleculares
“optimizadas”


• El valor del conjunto de coordenadas Re 
que proporcione una energía E0 mínima
para todo el sistema se conoce como la
geometría optimizada del mismo.
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 La ruta de los gradientes
• Las geometrías optimizadas en los
sistemas poliatómicos se obtienen
mediante procedimientos de minimización,
o búsqueda de los mínimos de las
hipersuperficies con respecto a las
coordenadas de cada núcleo atómico, de
forma que se obtenga
 E 
  0
 R  E 16
 Múltiples mínimos

• Se llama mínimo global de cada hipersuperficie

al que corresponde con una energía optimizada,
sea cuántica o clásica.
• Las hipersuperficies de un sistema poliatómico
pueden tener también uno o muchos más
mínimos locales o secundarios, que
representan geometrías alternativas del
sistema, menos estables, pero que pueden
existir en la realidad.

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La entropía en los modelos moleculares
• La modelación de un sistema molecular suele
hacerse con el mínimo global o absoluto de la
hipersuperficie. En este caso, la entropía del
sistema macroscópico correspondiente sería
nula.
• En la inmensa mayoría de casos el
comportamiento macroscópico del sistema
molecular responde al de múltiples mínimos
locales que tienen probabilidades de existencia,
además del global, lo que equivale a tener en
cuenta la entropía del sistema en su proyección
a la realidad.

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 La búsqueda de múltiples mínimos
• La identificación de múltiples mínimos en
una hipersuperficie solo puede realizarse
a partir de series de conformaciones
iniciales, preferiblemente generadas de
forma aleatoria y optimizadas
posteriormente.
• De esta forma se logra evaluar la entropía
configuracional de un sistema poliatómico.

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