Tema 2.

Técnicas y protocolos básicos de uso de ordenadores:

trabajo con ficheros

Propiedades de los ficheros

Organización de los ficheros.
- Carpetas.
- Etiquetas (tags):
-Ventaja: permite organizar ficheros por temas o proyectos
-Inconveniente: solo funciona para algunos tipos de ficheros.

Panel Detalles. Parte inferior

Puedes añadir mas de una... separadas por ;

Propiedades del documento.

Gui ́a para elegir formato de ficheros. ***Sentido común....***

-Idealmente, en un grupo de trabajo:

- No propietarios (difi ́cil para algunos tipos de trabajo, ej: .doc, .shp).
- Sin encriptar.
- Sin comprimir.
- De uso común por la comunidad.

- Otros: interplataforma, no restringidos a un tipo de programa...

• Grupos de ficheros comprimidos: TAR, GZIP, ZIP

• Bases de datos: XML, CSV
• Geospaciales: SHP, DBF, GeoTIFF, NetCDF
• Video: MOV, MPEG, AVI, MXF
• Audio: WAVE, AIFF, MP3, MXF
• Estadistica: ASCII, DTA, POR, SAS, SAV
• Imágenes: TIFF, JPEG 2000, PDF, PNG, GIF, BMP
• Datos tabulares: CSV

Ficheros de texto.
-.txt
-.rtf
-.doc (Office 97-2004) .docx
-.odt

Otros ficheros ofimática.

-.dat
-.xls (Office 97-2004)
-.xlsx
-.ppt
-.pptx (Office 97-2004)
-equivalentes en OpenOffice y otras plataformas.

Principales formatos de imagen.

-.raw
-.gif
-.jpg
-.tiff
-.png
-.bmp; .psd......
En general.
Gráficos para imprimir: TIFF
Gráficos en páginas web: PNG, JPEG y GIF Compatibilidad entre plataformas: JPEG
Logos y gráficos de li ́neas: TIFF y PNG (transparencias)
Nombres de los ficheros
• Respetad siempre las normas establecidas por el profesor. • Nombres que
describan correctamente el contenido.
• Cortos y sin caracteres raros que puedan dar problemas a la hora de exportar
los ficheros o ser reconocidos por otra aplicació n.
• Lo mismo aplicado a campos dentro de los ficheros (ej. excell).

Nombres de los ficheros

Los nombres de los ficheros deben identificar el experimento o trabajo de forma
precisa a partir del nombre.
Una vez sigas un sistema hay que usalo de forma consistente.

• Proyecto, nombre del experimento o acró nimo.

• Localización/coordenadas.
• Nombre del investigador.
• Fecha o periodo del experimento.
• Tipo de datos.
• Condiciones.
• Número de versión o fichero.
• Extensió n para ficheros especi ́ficos.

• Un buen formato para las fechas es AAAAMMDD or AAMMDD. Coloca los

ficheros en orden cronoló gico en un periodo de añ os.
• Procura mantener los ficheros lo más cortos posibles. No todos los tipos de
software trabajan bien con ficheros largos.
• Caracteresespecialescomo ~!@#$%^&*()`;<>?,[]{}' " deben evitarse.

- Cuando uses numeración secuencial pon un cero delante para asegurarte de que se
ordenan correctamente. Ej: "001, 002, ... 010, 011 ... 100, 101, etc." en lugar de "1, 2,
...10, 11 ... 100, 101, etc.”
-No uses espacios. Algunos programas no reconocen los nombres de ficheros con
espacios. Otras opciones pueden ser:
• Barra baja, e.g. file_name.xxx
• Guión, e.g. file-name.xxx
• Sin separación, e.j. filename.xxx

Renombrar ficheros.
Cuando no lo has hecho desde el principio pueden necesitar organizar y renombrar
muchos ficheros.
-Existen aplicaciones para solucionar tener que renombralos todos a mano.
• Bulk Rename Utility (Windows, gratis)
• Renamer 4 (Mac)
• PSRenamer (Linux, Mac, or Windows, gratis)
Caso práctico 1.
Datos reunidos durante la realización de una tesis o trabajo de fin de grado.

Ejemplo de los problemas que se pueden tener si no adoptas una estrategia para
nombrar los ficheros.

¿Qué reconoce después de un tiempo?

•DAPI detecta la localizació n del ADN.

•1-284 es la porción de la protei ́na presente en la célula. A partir de los
números sabe también qué protei ́na es.
• reconoce.
12CA5 es un anticuerpo. HA es el anti ́geno que 12CA5

****Problemas
-Alguna de la información ya no sabe qué significa después de un tiempo (ej. "-10," "-
20" o “noPrim”).

-No se acuerda qué es DM1A and 3F10, aunque pueden ser otros anticuerpos.

-Los nombres de los ficheros no tienen la informació n que necesita para entender lo
que son (ej. que porción de la protei ́na esta presente en los nombres que no tienen “1-
284.")

Solución
• Los ficheros han sido nombrados sin seguir un esquema.
• Usar informació n descriptiva hace mas fail reconocer añ os después que
contienen los ficheros.
• Incluir un fichero (leeme.txt) en la carpeta con explicaciones de los
experimentos o el esquema seguido para nombrar los ficheros es de utilidad.
Caso práctico 2.

-El proyecto implica colocar 180 placas en el Atolón de Palmira en el Paci ́fico Sur y
dejarlos una cantidad de tiempo para ver el crecimiento de los corales.

-Al final del experimento se recogen para su análisis.

-Los investigadores hacen una foto al colocarlas y al recogerlas.

-Los investigadores quieres tener en cuenta los siguientes datos: • lugar donde se
instalo la placa.
• profundidad del agua
• fecha
• número de la placa
• si la placa estaba protegida por una jaula o no.
• número de foto de la cámara.
• si la foto en el momento de recogida cubri ́a toda la placa.

-Se decidió nombrar los ficheros según el siguiente esquema:

• Las parcelas de trabajo se llamaron FR3, FR7, and FR9. Estos nombres se
usaron en los ficheros.
• Al nombre del fichero le segui ́a una letra que indicaba la profundidad:
S=shallow, M=middle, D=deep, seguida por un punto.
• Para las fechas se usó el formato YYMMDD, ej. 140623 es 23 de Junio, 2014.
Después de la fecha un punto.

•Número de placa.
•Letra que indica si si la placa estaba protegida por una jaula o
no. C=caged and U=uncaged. Después de la letra un punto Número de foto de la
cámara, seguida por un punto.
•Letra para indicar la cobertura de la foto. W=whole plate,
A=upper right, B=lower right, C=lower left, D=upper left.
 Ejemplo
FR3S.140623.129C.2653.W.JPG
¿Qué significa?
• FR3 = study site FR3
• S = shallow
• 140623 = June 23, 2014
• 129 = número de placa 129 • C = covered treatment
• 2653 = nú mero de foto
• W = placa completa

-Una vez elegido un formato......ú salo de manera continuada.

- Uso de un fichero leeme.txt (readme.txt)

Caso práctico 3: hoja de cálculo.

**Encabezamientos en una ú nica fila. Esta hoja de cálculo tiene cabeceras en las filas
1 y 2 y otras que sobran en las filas 14 y 26. Además hay columnas sin cabecera.
**Evita el uso de caracteres especiales. Dan problemas al exportar los datos. Quitas
los % y añ ades una cabecera que indique que son porcentajes.
 ́ Dan problemas al exportar los datos
**No dejes filas ni columnas vacias.
**No incluyas gráficas o imágenes. No se incluyen cuando se exporta en formato de
texto. Es mejor exportarlas como imágenes a parte.
Ç

Copias de seguridad.
Es fundamental que guardéis copias de seguridad de vuestros datos.
Esta copia puede ser en disco externo o “nube”.
Copias automáticas
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Windows: Panel de Control -> Hacer copia de seguridad del equipo
Mac:Time Machine
Herramientas de las compañ i ́as de discos duros: Lacie, WD...