La estructura molecular puede ser descrita de diferentes formas. La fórmula
molecular es útil para moléculas sencillas, como H2O para el agua o NH3 para el amoníaco. Contiene los símbolos de los elementos presentes en la molécula, así como su proporción indicada por los subíndices. Para moléculas más complejas, como las que se encuentran comúnmente en química orgánica, la fórmula química no es suficiente, y vale la pena usar una fórmula estructural o una fórmula esqueletal, las que indican gráficamente la disposición espacial de los distintos grupos funcionales. Cuando se quieren mostrar variadas propiedades moleculares, o se trata de sistemas muy complejos como proteínas, ADN o polímeros, se utilizan representaciones especiales, como los modelos tridimensionales (físicos o representados por ordenador). En proteínas, por ejemplo, cabe distinguir entre estructura primaria (orden de los aminoácidos), secundaria (primer plegamiento en hélices, hojas, giros…), terciaria (plegamiento de las estructuras tipo hélice/hoja/giro para dar glóbulos) y cuaternaria (organización espacial entre los diferentes glóbulos). La mecánica clásica y el electromagnetismo clásico no podían explicar la existencia y estabilidad de las moléculas ya que de acuerdo con sus ecuaciones una carga eléctrica acelerada emitiría radiación por lo que los electrones necesariamente perderían energía cinética por radiación hasta caer sobre el núcleo atómico. La mecánica cuántica proveyó el primer modelo cualitativamente correcto que además predecía la existencia de átomos estables y proporcionaba explicación cuantitativa muy aproximada para fenómenos empíricos como los espectros de emisión característicos de cada elemento químico. En mecánica cuántica una molécula o un ion poliatómico se describe como un
sistema formado por electrones de masa y núcleos de masas .
En mecánica cuántica las interacciones físicas de estos elementos se presentan por un hamiltoniano cuántico, cuyos autovalores serán las energías permitidas del sistema y cuyas autofunciones describiránlos orbitales moleculares de la molécula, y de esos objetos se podrán deducir las propiedades químicas de la molécula. En lo que sigue se designará mediante e, la carga de cada electrón, mientras que la
de cada núcleo, con protones, será . Para estudiar este sistema es
necesario analizar el siguiente hamiltoniano cuántico