Estabilidad del RNAm

El ARN es crítico en muchas etapas de la expresión génica. El enfoque de este

capítulo es el ARN mensajero (ARNm), el primer ARN que se caracteriza por su
papel central como intermediario en la síntesis de proteínas. Muchos otros ARN
desempeñan funciones estructurales o funcionales en otras etapas de la
expresión génica. Las funciones de otros ARN celulares se discuten en otros
capítulos: snRNAs y snoRNAs en el capítulo titulado RNA Splicing and
Processing; ARNt y ARNr en el capítulo titulado Traducción; y miRNAs y
siRNAs en el capítulo titulado Regulatory RNA. El subconjunto de ARN que han
conservado la actividad catalítica ancestral se discute en el capítulo titulado
ARN catalítico.
El ARN mensajero desempeña el papel principal en la expresión de genes
codificadores de proteínas. Cada molécula de ARNm lleva el código genético
para la síntesis de un polipéptido específico durante el proceso de traducción.
Un ARNm también contiene mucha más información: con qué frecuencia se
traducirá, durante cuánto tiempo sobrevivirá y en qué parte de la célula se
traducirá. Esta información se transmite en forma de elementos cis de ARN y
proteínas asociadas. Gran parte de esta información se encuentra en partes de
la secuencia de ARNm que no están directamente involucradas en la
codificación de la proteína.
La FIGURA 20.1 muestra algunas de las características estructurales típicas de
los ARNm en procariotas y eucariotas. Los extremos del ARNm bacteriano no
se modifican después de la transcripción, por lo que comienzan con el
nucleótido trifosfato 5 'utilizado en el inicio de la transcripción y finalizan con el
nucleótido final añadido por la ARN polimerasa antes de la terminación. El
extremo 3 'de muchos ARNm de Escherichia coli forma una estructura de
horquilla implicada en la terminación de la transcripción intrínseca
(independiente del rho) (ver el capítulo titulado Transcripción procariota). Los
ARNm eucariotas tienen un límite cotranscripcional y están poliadenilados
(consulte el capítulo titulado ARN de empalme y procesamiento). La mayor
parte de la información reguladora que no codifica proteínas se lleva en las
regiones 5 'y 3' no traducidas (UTR) de un ARNm, pero algunos elementos
están presentes en la región codificante.
Todos los ARNm son secuencias lineales de nucleótidos, pero las estructuras
secundarias y terciarias se pueden formar mediante emparejamiento de bases
intramoleculares. Estas estructuras pueden ser simples, como las estructuras
de tallo-tallo ilustradas en la figura 20.1, o más complejas, que implican
estructuras ramificadas o emparejamiento de nucleótidos de regiones distantes
de la molécula. La investigación de los mecanismos por los cuales la
información reguladora de ARNm es descifrada y actuada por la maquinaria
responsable de la degradación, traducción y localización del ARNm es un
campo importante en la biología molecular actual.
FIGURA 20.1 Características de los ARNm procariotas y eucariotas. (a) Un
ARNm bacteriano típico. Este es un ARNm monocistrónico, pero los ARNm
bacterianos también pueden ser policistrónicos. Muchos ARNm bacterianos
terminan en un asa terminal de asa. (b) Todos los ARNm eucariotas comienzan
con un límite (m G), y casi todos terminan con una cola de poli (A). La cola de
poli (A) está recubierta con proteínas de unión a poli (A) (PABP). Los ARNm
eucariotas pueden tener una o más regiones de estructura secundaria,
típicamente en las UTR 5 'y 3'. (c) Los principales ARNm de histonas en
mamíferos tienen un asa del extremo 3 'terminal en lugar de una cola de poli
(A).
20.2 Los ARN mensajeros son moléculas inestables
 La inestabilidad del ARNm se debe a la acción de las ribonucleasas.
 Las ribonucleasas difieren en su preferencia de sustrato y modo de
ataque.
 Los mRNA exhiben una amplia gama de vidas medias.
 La estabilidad del ARNm diferencial es un importante contribuyente a la
abundancia de ARNm y, por lo tanto, el espectro de proteínas
producidas en una célula
Los ARN mensajeros son moléculas relativamente inestables, a diferencia del
ADN y, en menor medida, de ARNr y ARNt. Aunque es cierto que los enlaces
fosfodiéster que conectan ribonucleótidos son algo más débiles que los que
conectan desoxirribonucleótidos debido a la presencia del grupo 2'-OH en el
azúcar de ribosa, esta no es la razón principal de la inestabilidad del ARNm.
Por el contrario, las células contienen innumerables enzimas degradadoras de
ARN, llamadas ribonucleasas (RNasas), algunas de las cuales se dirigen
específicamente a moléculas de ARNm.
Las ribonucleasas son enzimas que escinden el enlace fosfodiéster que
conecta ARN ribonucleótidos. Son moléculas diversas porque muchos dominios
de proteínas diferentes han evolucionado para tener actividad ribonucleasa.
Los raros ejemplos de ribozimas conocidas (ARN catalíticos) incluyen múltiples
ribonucleasas, lo que indica los orígenes antiguos de esta importante actividad
(ver el capítulo titulado ARN catalítico). Los raros ejemplos de ribozimas
conocidas (ARN catalíticos) incluyen múltiples ribonucleasas, lo que indica los
orígenes antiguos de esta importante actividad (ver el capítulo titulado ARN
catalítico). Las ribonucleasas, a menudo llamadas nucleasas cuando la
naturaleza del ARN del sustrato es obvia, tienen muchas funciones en una
célula, incluida la participación en la replicación del ADN, la reparación del ADN
y el procesamiento de nuevas transcripciones (incluidos pre-ARNm, ARNt,
rARN, snARN y miARN ) y la degradación del ARNm. Las ribonucleasas son
endorubonucleasas o exoribonucleasas, como se representa en la FIGURA
20.2. Las endonucleasas escinden una molécula de ARN en un sitio interno y
pueden tener un requerimiento o preferencia para una cierta estructura o
secuencia. Las exonucleasas eliminan nucleótidos de un extremo de ARN y
tienen una polaridad de ataque definida, ya sea de 5 'a 3' o de 3 'a 5'. Algunas
exonucleasas son procesivas, permanecen comprometidas con el sustrato al
tiempo que eliminan nucleótidos de forma secuencial, mientras que otras son
distributivas, catalizando la
eliminación de solo uno o unos
pocos nucleótidos antes de
disociarse del sustrato.

FIGURA 20.2 Tipos de ribonucleasas. Las exonucleasas son unidireccionales.

Pueden digerir ARN desde el extremo 5 'o desde el extremo 3', liberando
ribonucleótidos individuales. Las endonucleasas escinden ARN en los enlaces
internos de fosfosfodiéster. Una endonucleasa normalmente se dirige a
secuencias específicas y / o estructuras secundarias.
La mayoría de los ARNm decaen estocásticamente (como la descomposición
de los isótopos radiactivos) y, como resultado, la estabilidad del ARNm se suele
expresar como una vida media (t). El término decaimiento de ARNm a menudo
se usa de manera intercambiable con la degradación del ARNm. La información
de estabilidad específica de mRNA está codificada en secuencias cis (ver la
sección de este capítulo titulada Half-Specific mRNA-Half-Lives están
controladas por secuencias o estructuras dentro del mRNA) y, por lo tanto, es
característica de cada mRNA. Diferentes ARNm pueden exhibir estabilidades
notablemente diferentes, que varían en 100 veces o más. En E. coli, la vida
media típica del ARNm es de aproximadamente 3 minutos, pero la semivida de
los ARNm individuales puede ser tan corta como de 20 segundos o de hasta 90
minutos. En la levadura en gemación, las vidas medias de ARNm oscilan entre
3 y 100 minutos, mientras que en los metazoos las vidas medias oscilan entre
minutos y horas, y en casos raros, incluso días. Los ARNm anormales pueden
ser objeto de una destrucción muy rápida (véanse las secciones en este
capítulo tituladas Los ARN recientemente sintetizados se comprueban por
defectos a través de un sistema de vigilancia nuclear y el control de calidad de
la traducción del ARNm se lleva a cabo mediante sistemas de vigilancia
citoplásmica). Los valores de semivida generalmente se determinan mediante
alguna versión del método ilustrado en la FIGURA 20.3.
FIGURA 20.3 Método para determinar las semividas de ARNm. La transcripción
de la ARN polimerasa II se cierra, ya sea por un fármaco o por un cambio de
temperatura en cepas con una mutación sensible a la temperatura en un gen
Pol II. Los niveles de ARNm específicos se determinan mediante transferencia
de northern o RT-PCR en varios momentos después del cierre. La degradación
del ARN, una vez iniciada, suele ser tan rápida que los intermedios en el
proceso no son detectables. La vida media es el tiempo requerido para que el
ARNm caiga a la mitad de su valor inicial.
La abundancia de ARNm específicos en una célula es una consecuencia de
sus tasas combinadas de síntesis (transcripción y procesamiento) y
degradación. Los niveles de ARNm alcanzan un estado estable cuando estos
parámetros permanecen constantes. El espectro de proteínas sintetizadas por
una célula es en gran medida un reflejo de la abundancia de sus plantillas de
ARNm (aunque las diferencias en la eficacia de traducción juegan un papel). La
importancia de la descomposición del ARNm se destaca por los estudios a gran
escala que han examinado las contribuciones relativas de la tasa de
descomposición y la tasa de transcripción a la abundancia diferencial de
ARNm. Tasa de decaimiento predomina La gran ventaja de los ARNm
inestables es la capacidad de cambiar rápidamente la producción de traducción
a través de cambios en la síntesis de ARNm. Claramente, esta ventaja es lo
suficientemente importante como para compensar el desperdicio aparente de
fabricar y destruir ARNm tan rápidamente. El control anormal de la estabilidad
del ARNm ha sido implicado en estados patológicos, que incluyen cáncer,
respuestas inflamatorias crónicas y enfermedad coronaria.
20.3 Los ARNm eucariotas existen en la forma de mRNP desde su
nacimiento hasta su muerte
 El ARNm se asocia con una población cambiante de proteínas durante
su maduración nuclear y vida citoplásmica.
 Algunas proteínas mRNP adquiridas en el núcleo tienen funciones en el
citoplasma.
 Existe un gran número de proteínas de unión a ARN, la mayoría de las
cuales permanecen sin caracterizar.
 Diferentes ARNm se asocian con conjuntos distintos, pero superpuestos,
de proteínas reguladoras, creando regulones de ARN.
Desde el momento en que los pre-ARNm se transcriben en el núcleo hasta su
destrucción citoplásmica, los ARNm eucarióticos se asocian con un repertorio
cambiante de proteínas. Los complejos de ARN-proteína se llaman partículas
de ribonucleoproteína (RNP). Muchas de las proteínas de unión pre-ARNm
están involucradas en reacciones de empalme y procesamiento (vea el capítulo
titulado Empalme y procesamiento de ARN), y otras están involucradas en el
control de calidad (discutido en la sección en este capítulo titulado ARNs
recientemente sintetizados revisados para detectar defectos a través de un
Sistema de Vigilancia Nuclear). La maduración nuclear de un ARNm
comprende múltiples etapas de remodelación que implican tanto a la secuencia
de ARN como a su complemento de proteínas. El producto de ARNm maduro
es competente para la exportación solo cuando está completamente procesado
y asociado con los complejos de proteína correctos, incluido TREX (para la
exportación de transcripción), que media su asociación con el receptor de
exportación de poro nuclear. Los ARNm maduros retienen múltiples sitios de
unión (elementos cis) para diferentes proteínas reguladoras, con mayor
frecuencia dentro de sus UTR de 5 'o 3'.
Muchas proteínas nucleares se eliminan antes o durante la exportación de
ARNm al citoplasma, mientras que otras acompañan al ARNm y tienen
funciones citoplásmicas. Por ejemplo, una vez que se encuentra en el
citoplasma, el complejo nuclear de unión cap participa en el primer evento de
traducción del nuevo ARNm, la llamada ronda de traducción pionera. Este
primer inicio de traducción es crítico para un nuevo ARNm; si se descubre que
es una plantilla defectuosa, será destruida rápidamente por un sistema de
vigilancia (ver la sección en este capítulo titulada Control de calidad de la
traducción del ARNm realizada por los sistemas de vigilancia citoplásmica). Un
ARNm que pasa su prueba de traducción pasará el resto de su existencia
asociado con una variedad de proteínas que controlan su traducción, su
estabilidad y, a veces, su ubicación celular. La "historia nuclear" de un ARNm
es crítica para determinar su destino en el citoplasma.
Se conoce un gran número de diferentes proteínas de unión a ARN (RBP), y
muchas más se predicen basándose en el análisis del genoma. El genoma de
Saccharomyces cerevisiae codifica cerca de 600 proteínas diferentes predichas
para unirse al ARN, aproximadamente una décima parte del número total de
genes para este organismo. Con base en proporciones similares, se esperaría
que el genoma humano contenga más de 2.000 de tales proteínas. Estas
estimaciones se basan en la presencia de dominios caracterizados de unión a
ARN, y es probable que aún se encuentren dominios adicionales de unión a
ARN. Los objetivos y funciones de ARN de la gran mayoría de estos RBP son
desconocidos, aunque se considera probable que una gran parte de ellos
interactúe con pre-mRNA o mRNA. Este tipo de análisis no incluye las muchas
proteínas que no se unen al ARN directamente, sino que participan en
complejos de unión a ARN.
Una idea importante de por qué el número de diferentes proteínas de unión a
ARNm es tan grande proviene del descubrimiento de que los ARNm están
asociados con conjuntos distintos, pero superpuestos, de PCR. Los estudios
que han coincidido con RBP específicos con sus ARNm diana han revelado
que esos ARNm codifican proteínas con características compartidas, como la
participación en procesos o ubicaciones celulares similares. Por lo tanto, el
repertorio de proteínas unidas cataloga el ARNm. Por ejemplo, cientos de
mRNAs de levadura están unidos por una o más de las seis proteínas Puf
relacionadas. Puf1 y Puf2 se unen principalmente a los ARNm que codifican
proteínas de membrana, mientras que Puf3 se une principalmente a los ARNm
que codifican las proteínas mitocondriales, y así sucesivamente. Un modelo
actual, ilustrado en la FIGURA 20.4 propone que el control coordinado de los
procesos postranscripcionales de mRNAs está mediado por la acción
combinatoria de múltiples RBP, al igual que el control coordinado de la

transcripción génica está mediado por las combinaciones correctas de factores

de transcripción (ver el capítulo titulado Eukaryotic Transcription Regulation). El
conjunto de mRNAs que comparten un tipo particular de RBP se llama RNA
regulon.

FIGURA 20.4 El concepto de un ARN regulon. Los ARNm eucariotas están

unidos por una variedad de proteínas que controlan su traducción, localización
y estabilidad. El subconjunto de ARNm que tienen una proteína de unión en
común se consideran parte del mismo regulón. En el diagrama, los mRNAs ayd
son parte del regulon 1; mRNAs a, c, y e son parte de regulon 2; y así.
20.4 Degradación de ARNm procariótico implica múltiples enzimas
 La degradación de los ARNm bacterianos se inicia mediante la
eliminación de un pirofosfato del extremo 5 '.
 Los ARNm monofosforilados se degradan durante la traducción en un
ciclo de dos etapas que implican escisiones endonucleolíticas, seguido
de una digestión de 3 'a 5' de los fragmentos resultantes.
 La poliadenilación 3 'puede facilitar la degradación de fragmentos de
ARNm que contienen estructura secundaria.
 Las principales enzimas de degradación funcionan como un complejo
llamado el degradosoma
Nuestra comprensión de la degradación de ARNm procariótico proviene
principalmente de estudios de E. coli. Hasta ahora, los principios generales se
aplican a las otras especies bacterianas estudiadas. En procariotas, la
degradación del ARNm se produce durante el proceso de transcripción /
traducción acoplada. Los ribosomas procarióticos comienzan la traducción
incluso antes de que se complete la transcripción, uniéndose al ARNm en un
sitio de iniciación cerca del extremo 5 'y avanzando hacia el extremo 3'.
Múltiples ribosomas pueden iniciar la traducción secuencialmente en el mismo
ARNm, formando un polirribosoma (o polisoma): un ARNm con múltiples
ribosomas.
Los ARNm de E. coli se degradan mediante una
combinación de endonucleasa y
actividades de exonucleasa 3 'a 5'. La
principal vía de degradación de ARNm en
E. coli es un proceso de múltiples etapas ilustrado
en la FIGURA 20.5. La etapa de iniciación es la
eliminación de pirofosfato del extremo 5 ', dejando
un único fosfato. La forma monofosforilada estimula
la actividad catalítica de una endonucleasa
(RNasa E), que realiza un corte inicial cerca del
extremo 5 'del ARNm. Esta escisión deja un 3'-OH en
el fragmento cadena arriba y un 5'-monofosfato en el
fragmento cadena abajo. Funcionalmente destruye
un ARNm monocistrónico, porque los ribosomas ya
no pueden iniciar la traducción. El fragmento
corriente arriba se degrada luego mediante una exonucleasa 3 'a 5'
(polinucleótido fosforilasa, o PNPasa). Este ciclo de ribonucleasa en dos etapas
se repite a lo largo de la longitud del ARNm en una dirección de 5 'a 3' a
medida que se expone más ARN después del paso de los ribosomas iniciados
previamente. Este proceso avanza muy rápidamente ya que los fragmentos
cortos generados por RNasa E pueden detectarse solo en células mutantes en
las que la actividad exonucleasa está alterada.

FIGURA 20.5 Degradación de ARNm bacterianos. La degradación bacteriana

del ARNm se inicia mediante la escisión del extremo 5 'del trifosfato para
producir un monofosfato. Los ARNm se degradan a continuación en un ciclo de
dos pasos: una escisión endonucleolítica, seguida de una digestión con
exonucleasa de 3 'a 5' del fragmento liberado. Las disociaciones
endonucleolíticas se producen en una dirección de 5 'a 3' en el ARNm, después
del paso del último ribosoma.
La PNPasa, así como las otras exonucleasas 3 'a 5' conocidas en E. coli, no
pueden progresar a través de regiones bicatenarias. Por lo tanto, la estructura
del tallo-bucle en el extremo 3 'de muchos ARNm bacterianos protege el ARNm
del ataque directo 3'. Algunos fragmentos internos generados por la escisión
RNasa E también tienen regiones de estructura secundaria que impedirían la
digestión con exonucleasa. Sin embargo, la PNPasa es capaz de digerir a
través de regiones bicatenarias si hay un estiramiento de ARN monocatenario
de al menos 7 a 10 nucleótidos de longitud localizado 3 'con respecto al asa del
tallo. La secuencia monocatenaria parece servir como una plataforma de
estadificación necesaria para la enzima. La terminación independiente de Rho
deja una región monocatenaria que es demasiado corta como para servir como
plataforma. Para resolver este problema, una poli (A) polimerasa (PAP)
bacteriana agrega colas de poli (A) de 10 a 40 nucleótidos a los extremos 3 ',
haciéndolos susceptibles a una degradación de 3' a 5 '. Los fragmentos de ARN
que terminan en estructuras secundarias particularmente estables pueden
requerir pasos repetidos de poliadenilación y digestión con exonucleasa. No se
sabe si la poliadenilación es alguna vez la etapa de iniciación para la
degradación del ARNm, o si se usa solo para ayudar a degradar fragmentos,
incluido el 3 'terminal. Algunos experimentos indican que se puede requerir la
escisión de RNasa E de un ARNm para activar la PAP. Esto explicaría por qué
los ARNm intactos no parecen degradarse desde el extremo 3 '.
La RNasa E y la PNPasa, junto con una helicasa y otra enzima accesoria,
forman un complejo multiproteico llamado degradosoma. RNase E tiene dos
roles en el complejo. Su dominio Nterminal proporciona la actividad de
endonucleasa, mientras que su dominio Cterminal proporciona un andamio que
mantiene unidos a los otros componentes. Aunque la RNasa E y la PNPasa
son las principales endo y exonucleasas activas en la degradación del ARNm,
también existen otras, probablemente con funciones más restringidas. El papel
de otras nucleasas en la degradación de ARNm se ha abordado mediante la
evaluación de los fenotipos de mutantes en cada una de las enzimas. Por
ejemplo, la inactivación de RNasa E ralentiza la degradación del ARNm sin
bloquearlo completamente. Las mutaciones que inactivan la PNPasa o
cualquiera de las otras dos conocidas exonucleasas 3 'a 5' no tienen
esencialmente ningún efecto sobre la estabilidad global del ARNm. Esto revela
que cualquier par de exonucleasas puede llevar a cabo una degradación de
ARNm aparentemente normal. Sin embargo, solo dos de las tres exonucleasas
(PNPasa y RNasa R) pueden digerir fragmentos con estructuras secundarias
estables. Esto se demostró en estudios de doble mutante, en los que tanto la
PNPasa como la RNasa R están inactivadas. Los fragmentos de ARNm que
contienen estructuras secundarias acumuladas en estos mutantes.
Muchas preguntas sobre la degradación del ARNm en E. coli aún no han sido
respondidas. Las vidas medias para diferentes ARNm en E. coli pueden diferir
más de 100 veces. La base de estas diferencias extremas en la estabilidad no
se comprende completamente, pero parece deberse en gran parte a dos
factores. Diferentes ARNm exhiben un rango de susceptibilidades al clivaje de
la endonucleasa, con cierta protección conferida por la estructura secundaria
de la región del extremo 5 '. Algunos mRNAs se traducen de manera más
eficiente que otros, lo que resulta en un empaque más denso de ribosomas
protectores. No se sabe si hay o no rutas adicionales de degradación del
ARNm. No se ha encontrado exonucleasa 5 'a 3' en E. coli, aunque se ha
identificado una en Bacillus subtilis y algunas otras especies bacterianas. Hasta
ahora, las especies bacterianas que tienen la exonucleasa 5 'a 3' RNasa J
carecen de la endonucleasa RNasa E (la principal RNasa degradante en E.
coli). Esto sugiere que hay al menos una ruta alternativa de desintegración del
ARNm en las bacterias. Es probable que las diferentes endonucleasas y
exonucleasas tengan papeles distintos. Un estudio de todo el genoma
utilizando microarrays miró a los niveles de estado estacionario de más de
4.000 mRNAs en células mutantes para RNase E o PNPase u otros
componentes degradosome. Muchos niveles de ARNm aumentaron en los
mutantes, como se esperaba para una disminución en la degradación. Otros,
sin embargo, permanecieron en el mismo nivel o incluso disminuyeron. Las
semividas de ARNm específicos pueden verse alteradas por diferentes estados
fisiológicos celulares, como la inanición u otras formas de estrés, y los
mecanismos para estos cambios siguen siendo en su mayoría desconocidos.

20.5 La mayoría de los ARNm eucariotas se degradan a través de dos vías

dependientes de la desadenilación.
 Las modificaciones en ambos extremos del ARNm lo protegen contra la
degradación por exonucleasas.
 Las dos principales vías de desintegración del ARNm se inician
mediante la desadenilación catalizada por poli (A) nucleasas.
 La desadenilación puede ir seguida de decapsulación y digestión con
exonucleasa de 5 'a 3' o mediante digestión con exonucleasa de 3 'a 5'.
 La enzima de decapping compite con el complejo de iniciación de la
traducción para la unión de 5 'cap.
 El exosoma, que cataliza la digestión de ARNm de 3 'a 5', es un gran
complejo conservado evolutivamente.
 La degradación puede ocurrir dentro de partículas citoplasmáticas
discretas llamadas cuerpos de procesamiento (PB).
 Una variedad de partículas que contienen mRNAs reprimidos por
traducción existen en diferentes tipos de células.
Los ARNm eucariotas están protegidos de exonucleasas por sus extremos
modificados (figura 20.1). La gorra de 7-metilguanosina protege contra el
ataque de 5 '; la cola de poli (A), en asociación con proteínas unidas, protege
contra el ataque 3 '. Las excepciones son los ARNm de histonas en mamíferos,
que terminan en una estructura de tallo-bucle en lugar de una cola de poli (A).
Un ataque de endonucleasa independiente de la secuencia, el mecanismo de
iniciación utilizado por las bacterias, es raro o está ausente en eucariotas. La
desintegración del ARNm se ha caracterizado de manera más extensa en la
levadura en gemación, aunque la mayoría de los hallazgos también se aplican
a células de mamíferos.
La degradación de la gran mayoría de los ARNm depende de la deadenilación;
es decir, la degradación se inicia al romper su cola protectora de poli (A). La
cola de poli (A) recién formada (que tiene aproximadamente de 70 a 90
nucleótidos de adenilato en levadura y aproximadamente 200 en mamíferos)
está recubierta con proteínas de unión a poli (A) (PABP). La cola de poli (A)
está sujeta a un acortamiento gradual al ingresar al citoplasma, un proceso
catalizado por poli (A) nucleasas específicas (también llamadas diadelasas).
Tanto en células de levadura como de mamífero, la cola de poli (A) se acorta
inicialmente por el complejo PAN2 / 3, seguida de una digestión más rápida de
la cola restante 60-80 A por un segundo complejo, CCR4-NOT, que contiene la

exonucleasa procesadora CCR4 y al menos otras ocho subunidades.

Sorprendentemente, los complejos CCR4-NOT similares están implicados en
una variedad de otros procesos en la expresión génica, incluida la activación
transcripcional. Se cree que es un regulador global de la expresión génica,
integrando la transcripción y la degradación del ARNm. Existen otras poli (A)
nucleasas tanto en células de levadura como de mamífero, y la razón de esta
multiplicidad aún no está clara.
Se inician dos rutas de degradación de ARNm diferentes por eliminación de poli
(A), como se muestra en la FIGURA 20.6. En la primera vía (Figura 20.6,
izquierda), la digestión de la cola de poli (A) hasta la longitud del oligo (A) (10 a
12 As) desencadena decapping en el extremo 5 'del ARNm. El decapping es
catalizado por un complejo enzimático de decapping que consiste en dos
proteínas en levadura (Dcp1 y Dcp2) y sus homólogos más proteínas
adicionales en mamíferos. El decapping produce un extremo de ARN
monofosforilado 5 '(el sustrato para la exonucleasa procesadora 5' a 3 'Xrn1),
que digiere rápidamente el ARNm. De hecho, esta digestión es tan rápida que
los productos intermedios no pudieron ser identificados hasta que los
investigadores descubrieron que un tramo de nucleótidos de guanosina (poli
[G]) podría bloquear la progresión de Xrn1 en la levadura. Como se ilustra en la
FIGURA 20.7, diseñaron ARNm para contener un tracto interno de poli (G) y
encontraron que el extremo 3 'oligoadenilado de los ARNm se acumulaba. Este
resultado mostró que la digestión con exonucleasa 5 'a 3' es la ruta primaria de
descomposición y que decapping precede a la eliminación completa de la cola
de poli (A).
FIGURA 20.6 Las principales vías de descomposición dependientes de la
deadenilación en eucariotas. Dos vías son iniciadas por la desadenilación. En
ambos, poli (A) se acorta por una poli (A) nucleasa hasta que alcanza una
longitud de aproximadamente 10 A. Entonces, un mRNA puede degradarse por
la vía 5 'a 3' o por la vía 3 'a 5'. La vía de 5 'a 3' implica descapsulación por Dcp
y digestión por la exonucleasa Xrn1. La vía 3 'a 5' implica la digestión por el
complejo exosómico.

FIGURA 20.7 Uso de una secuencia poli (G) para determinar la dirección de la
desintegración. Una secuencia poli (G), modificada por ingeniería genética en
un ARNm, bloqueará la progresión de exonucleasas en la levadura. El
fragmento de ARNm 5 'o 3' resistente a la degradación se acumula en la célula
y se puede identificar por transferencia Northern.
El
capuchón es

normalmente resistente al desencapsulamiento durante la traducción activa

porque está unido a la proteína citoplásmica de unión a caperuza, un
componente del complejo de factor de iniciación eucariótico 4F (eIF4F)
requerido para la traducción (descrito en el capítulo titulado Traducción). Por lo
tanto, las maquinarias de traducción y decapping compiten por el límite. ¿Cómo
la deadenilación en el extremo 3 'del ARNm hace que el límite sea susceptible?
Se sabe que la traducción implica una interacción física entre PABP unida en el
extremo 3 'y el complejo eIF4F en el extremo 5'. Se piensa que la liberación de
PABP por deadenilación desestabiliza la interacción eIF4F-cap, dejando el
límite más frecuentemente expuesto. Sin embargo, el mecanismo no es así de
simple porque se sabe que las proteínas adicionales están involucradas en el
evento de decapping. Un complejo de siete proteínas relacionadas, Lsm1-7, se
une al tracto oligo (A) después de la pérdida de PABP y se requiere para
decapping. Además, se han descubierto varios potenciadores de decapping.
Los mecanismos por los cuales estas proteínas estimulan la decapitación no se
comprenden completamente, aunque parecen actuar reclutando / estimulando
la maquinaria de descapsulación o inhibiendo la traducción.
En la segunda ruta (Figura 20.6, derecha), la deadenilación a oligo (A) es
seguida por una digestión con exonucleasa 3 'a 5' del cuerpo del ARNm. Este
paso de degradación es catalizado por el exosoma, un complejo en forma de
anillo que consiste en un núcleo de nueve subunidades con una o más
proteínas adicionales unidas a su superficie. Un informe reciente mostró que el
exosoma también tiene actividad de endonucleasa, y la función de esta
actividad en la degradación del ARNm permanece desconocida. El exosoma
existe en forma similar en arqueas y también es análogo al degradosoma
bacteriano en que sus subunidades centrales están relacionadas
estructuralmente con PNPasa. Por lo tanto, el exosoma es una pieza antigua
de maquinaria molecular. El exosoma también desempeña un papel importante
en el núcleo, que se describe en la sección de este capítulo titulada Los ARN
recientemente sintetizados son revisados por defectos a través de un sistema
de vigilancia nuclear.
La importancia relativa de cada mecanismo aún no se conoce, aunque en la
levadura parece predominar la vía de decapitación dependiente de la
deadenilación. Las vías son al menos parcialmente redundantes. Cientos de
mRNAs de levadura fueron examinados por análisis de microarrays en células
en las cuales o bien el camino 5 'a 3' o 3 'a 5' fue inactivado. En cualquier caso,
solo un pequeño porcentaje de transcripciones aumenta en abundancia con
respecto a las células de tipo silvestre. Este hallazgo sugiere que pocos ARNm
de levadura tienen un requerimiento para una u otra vía. Se ha propuesto que
estas vías dependientes de la deadenilación representan las rutas de
degradación predeterminadas para todos los ARNm poliadenilados, aunque los
subconjuntos de ARNm pueden ser objetivos para otras vías especializadas,
que se describen en la siguiente sección de este capítulo titulada Otros ARNm
específicos de rutas de degradación. Incluso aquellos mRNAs que se degradan
por las vías predeterminadas, sin embargo, se degradan a diferentes
velocidades específicas de mRNA.
20.6 Otras rutas de degradación de ARNm específicos de destino
 Cuatro rutas de degradación adicionales implican la degradación
regulada de ARNm específicos.
 La decapitación independiente de la deadenilación se produce en
presencia de una cola larga de poli (A).
 La degradación de los ARNm de histona no poliadenilados se inicia
mediante la adición en 3 'de una cola de poli (U).
 La degradación de algunos ARNm puede iniciarse por escisión
endonucleolítica específica de secuencia o estructura.
 Una cantidad desconocida de mRNAs está dirigida a la degradación o
represión traslacional por microRNAs.
Se han descrito otras cuatro rutas para la degradación del ARNm. La FIGURA
20.8 y la TABLA 20.1 resumen estas, junto con las dos vías principales. Estas
vías son específicas para subconjuntos de ARNm y típicamente implican
eventos de degradación regulados.

FIGURA 20.8 Otras vías de

descomposición en células
eucarióticas. El evento iniciador
para cada camino se ilustra. (a) Algunos mRNAs pueden descapsarse antes de
que ocurra la desadenilación. (b) Los ARNm de histona reciben una cola corta
de poli (U) para convertirse en un sustrato de desintegración. (c) La
degradación de algunos ARNm se puede iniciar mediante un corte
endonucleolítico específico de la secuencia. (d) Algunos ARNm pueden ser
dirigidos a la degradación o al silenciamiento traduccional por miARN guía
complementarios.
TABLA 20.1 Resumen de los elementos clave de las vías de descomposición
del ARNm en células eucariotas.
Una vía implica decapitamiento independiente de la deadenilación; es decir, la
decapitación continúa en presencia de una cola de poli (A) aún larga. El
decapitado es seguido por la digestión con Xrn1. Pasar por alto el paso de
desactivación requiere un mecanismo para reclutar la maquinaria de decapping
e inhibir la unión de eIF4F sin la ayuda del complejo Lsm1-7. Uno de los ARNm
degradados por esta vía es el ARNm RPS28B, que codifica la proteína S28
ribosómica y tiene un mecanismo de autorregulación interesante. Un tallo-lazo
en su 3 'UTR está involucrado en el reclutamiento de un potenciador de
decapping conocido. El reclutamiento ocurre solo cuando el tallo-lazo está
unido por la proteína S28. Por lo tanto, un exceso de S28 libre en la célula
provocará la disminución acelerada de su ARNm.
Una segunda ruta especializada se usa para degradar los ARNm de histonas
reguladas por el ciclo celular en células de mamíferos. Estos ARNm son
responsables de la síntesis de la gran cantidad de proteínas histonas
necesarias durante la replicación del ADN. Se acumulan solo durante la carrera
y se degradan rápidamente en su extremo. Los ARNm de histona no
poliadenilados terminan en una estructura de tallo-bucle similar a la de muchos
ARNm bacterianos. Su modo de degradación tiene sorprendentes similitudes
con la descomposición bacteriana del ARNm. Una polimerasa, estructuralmente
similar a la poli (A) polimerasa bacteriana, agrega una cola de poli (U) corta en
lugar de una cola de poli (A). Esta cola corta sirve como una plataforma para el
complejo Lsm1-7 y / o el exosoma, activando las vías de descomposición
estándar. Este modo de degradación proporciona un vínculo evolutivo
importante entre los sistemas de descomposición del ARNm en procariotas y
eucariotas.
Una tercera ruta se inicia por escisión endonucleótica específica de secuencia
o estructura. La escisión es seguida por una digestión de 5 'a 3' y 3 'a 5' de los
fragmentos, y una enzima descapsulante eliminadora, diferente del complejo
Dcp, puede eliminar la tapa. Se han identificado varias endonucleasas que
escinden sitios diana específicos en ARNm. Un caso interesante es la
segmentación dirigida del ARNm de levadura CLB2 (ciclina B2), que ocurre
solo al final de la mitosis. La endonucleasa que cataliza la escisión, RNase
MRP, se restringe al nucleolo y a las mitocondrias durante la mayor parte del
ciclo celular, donde participa en el procesamiento del ARN pero se transporta al
citoplasma en la mitosis tardía.
La cuarta, y más importante, vía es la vía de microRNA (miRNA). Esta ruta
generalmente conduce directamente a la escisión endonucleolítica del ARNm
en las plantas; en las células animales dirige la degradación dependiente de la
deadenilación dirigida y, más comúnmente, la represión traslacional. Los
microARN son ARN cortos (aproximadamente 22 nucleótidos) derivados de
genes de miARN transcritos y se generan por escisión de ARN precursores
más largos. En todos los casos, un ARNm se apunta al silenciamiento mediante
el emparejamiento de bases de los miARN cortos complementarios
presentados en el contexto de un complejo de proteína llamado RISC
(complejo de silenciamiento inducido por ARN). Por lo tanto, el silenciamiento
de los ARNm diana se controla mediante la transcripción regulada de los genes
de miARN. Los detalles de este mecanismo se describen en el capítulo
Regulatory RNA.
La importancia de la ruta de microARN para la desintegración total del ARNm
es sustancial. Se pronostica que al menos 1,000 miRNAs funcionan en
humanos. Mediante la identificación de sitios diana complementarios
conservados en el transcriptoma de vertebrados, se ha estimado que el 50% de
todos los ARNm podrían estar regulados por miRNA. Los ARNm
potencialmente regulados a menudo contienen múltiples sitios diana en sus 3
'UTR. La mutación de los sitios objetivo de miARN probablemente explique
muchos alelos genéticos de la enfermedad, y la desregulación de miARN ya se
ha asociado con cientos de enfermedades. Se ha propuesto un modelo
integrado de degradación de ARNm.
Este modelo sugiere que las vías de desintegración dependientes de la
deadenilación representan los sistemas predeterminados para degradar todos
los ARNm poliadenilados. La velocidad de desadenilación y / u otros pasos en
la degradación por estas vías puede controlarse mediante elementos de
cisactización en cada ARNm y factores de acción trans presentes en la célula.
Superpuestos sobre el sistema por defecto están las vías de desintegración del
ARNm descritas anteriormente para dirigirse a ARNm específicos.
20.7 Semi-vidas específicas de ARNm están controladas por secuencias o
estructuras dentro del ARNm
 Los elementos cis específicos en un ARNm afectan su velocidad de
degradación.
 Los elementos desestabilizadores (DE) pueden acelerar la
descomposición del ARNm, mientras que los elementos estabilizadores
(SE) pueden reducirlo.
 Los elementos ricos en AU (ARE) son elementos desestabilizadores
comunes en los mamíferos y están unidos por una variedad de
proteínas.
 Algunas proteínas de unión a DE interactúan con los componentes de la
maquinaria de descomposición y probablemente los reclutan para la
degradación.
 Los elementos estabilizadores se producen en algunos ARNm altamente
estables.2
 Las tasas de degradación del ARNm pueden alterarse en respuesta a
una variedad de señales.
¿Qué representa el amplio rango de semividas de diferentes ARNm en la
misma célula? Se sabe que los elementos cis específicos dentro de un ARNm
afectan su estabilidad. La ubicación más común para dichos elementos se
encuentra dentro del 3 'UTR, aunque existen en otros lugares. Los estudios del
genoma completo han revelado muchos motivos 3 'UTR altamente
conservados, pero sus papeles siguen siendo en su mayoría desconocidos. Es
probable que muchos sean sitios objetivo para el emparejamiento de bases de
miARN. Otros son sitios vinculantes para RBP, algunos de los cuales tienen
funciones conocidas de estabilidad. Las tasas de deadenilación pueden variar
ampliamente para diferentes ARNm, y se han descrito secuencias que afectan
esta velocidad.
Los elementos desestabilizadores (DE) han sido los más ampliamente
estudiados. El criterio para definir un elemento de secuencia desestabilizadora
es que su introducción en un ARNm más estable acelera su degradación. La
eliminación de un elemento de un ARNm no necesariamente lo estabiliza, lo
que indica que un ARNm individual puede tener más de un ED. Para complicar
aún más su identificación, la presencia de un DE no garantiza una semivida
corta en todas las condiciones, porque otros elementos de secuencia en el
ARNm pueden modificar su eficacia.
El tipo de DE mejor estudiado es el elemento rico en AU (ARE), que se
encuentra en el 3 'UTR de hasta el 8% de los ARNm de mamíferos. Los ARE
son heterogéneos y se han caracterizado varios subtipos. Un tipo consiste en la
secuencia pentámera AUUUA presente una vez o repetida varias veces en
diferentes contextos de secuencia. Otro tipo no contiene AUUUA y es
predominantemente rico en U. Se ha identificado un gran número de proteínas
de unión a ARE con especificidad para ciertos tipos de ARE y / o tipos de
células. ¿Cómo trabajan los ARE para estimular una degradación rápida? Se
ha encontrado que muchas proteínas que se unen a ARE interactúan con uno o
más componentes de la maquinaria de degradación, incluyendo el exosoma,
las deadenilasas y la enzima de decapping, lo que sugiere que actúan
reclutando la maquinaria de degradación. El exosoma puede unir algunos ARE
directamente. Se ha demostrado que los ARE de varios ARNm aceleran el paso
de deadenilación de la descomposición, aunque no es probable que todos
funcionen de esta manera. Otra forma en que podrían actuar es facilitando la
participación eficiente del ARNm en los cuerpos de procesamiento.
Se han identificado muchos DEs ricos en AU y otros tipos de elementos
desestabilizadores en los ARNm de levaduras en ciernes y otros organismos
modelo. Por ejemplo, las proteínas Puf de levadura mencionadas anteriormente
se unen a elementos específicos ricos en UG y aceleran la degradación de los
ARNm diana. En este caso, el mecanismo desestabilizador es la deadenilación
acelerada mediante el reclutamiento de la amidadelasa CCR4-NOT. Un análisis
genómico de 3 'UTRs de levadura ha identificado 53 elementos de secuencia
que se correlacionan con
las semividas de los ARNm que
los contienen, lo que sugiere que
el número de elementos
desestabilizadores
diferentes puede ser grande.
La FIGURA 20.9 resume las
acciones conocidas de
elementos

desestabilizadores.
FIGURA 20.9 Mecanismos por los cuales funcionan los elementos
desestabilizadores (DE) y los elementos estabilizadores (SE). Los efectos de
DEs y SE sobre la estabilidad del ARNm están mediados principalmente por las
proteínas que se unen a ellos. Una excepción es un DE que actúa como un
sitio objetivo de endonucleasa.

Se han identificado elementos estabilizadores (EE) en unos pocos ARNm

inusualmente estables. Tres ARNm estudiados en células de mamífero tienen
secuencias estabilizadoras de pirimidina en sus 3 'UTR. Se ha demostrado que
las proteínas que se unen a este elemento en el ARNm de la globina
interactúan con las PABP, lo que sugiere que podrían funcionar para proteger la
cola de poli (A) de la degradación. En algunos casos, un ARNm se puede
estabilizar mediante la inhibición de su DE. Por ejemplo, ciertas proteínas que
se unen a ARE actúan para evitar que la ARE desestabilice el ARNm,
presumiblemente bloqueando el sitio de unión a ARE. Se produce un ejemplo
de estabilización regulada de ARNm para el ARNm de la transferrina de
mamífero. Se estabiliza cuando su elemento de respuesta de hierro (IRE) 3
'UTR, que consiste en múltiples estructuras de tallo-lazo, está unido por una
proteína específica, como se muestra en la FIGURA 20.10. La afinidad de la
proteína de unión a IRE por la IRE se ve alterada por la unión al hierro, que
presenta baja afinidad cuando su sitio de unión al hierro está lleno y una alta
afinidad cuando
no lo es. Cuando
la

concentración de hierro celular es baja, se necesita más transferrina para

importar hierro del torrente sanguíneo y, en estas condiciones, el ARNm de la
transferrina se estabiliza. La proteína de unión a IRE estabiliza el ARNm al
inhibir la función de secuencias desestabilizadoras en la vecindad.
Curiosamente, la misma proteína de unión a IRE también se une a una IRE en
ARNm de ferritina y regula este ARNm de una manera muy diferente. La
ferritina es una proteína de unión al hierro que secuestra el exceso de hierro
celular. La proteína de unión a IRE se une a los bucles del tallo de IRE en la
UTR 5 'de la ferritina cuando el hierro es bajo y bloquea la interacción del
complejo de unión a la cubierta con el ARNm de la ferritina. Por lo tanto, la
traducción de ARNm de ferritina se previene cuando los niveles de hierro
celular son bajos, las condiciones bajo las cuales el ARNm de transferrina se
estabiliza y se traduce.

FIGURA 20.10 Regulación de la transferencia de la estabilidad del ARNm por

niveles de hierro (Fe). El IRE en el 3 'UTR es el sitio de unión de una proteína
que estabiliza el ARNm. La proteína de unión a IRE es sensible a los niveles de
hierro en la célula y se une a la IRE solo cuando el hierro es bajo.
Muchas proteínas de unión a elementos cis están sujetas a modificaciones que
probablemente afecten a sus funciones, incluidas las fosforilaciones,
metilaciones, cambios conformacionales debidos a la unión efector e
isomerizaciones. Tales modificaciones pueden ser responsables de los cambios
en las tasas de degradación de ARNm inducidas por señales celulares. La
desintegración del ARNm puede alterarse en respuesta a una amplia variedad
de estímulos ambientales e internos, que incluyen la progresión del ciclo
celular, la diferenciación celular, las hormonas, el suministro de nutrientes y la
infección viral. Los estudios de micromatrices han demostrado que casi el 50%
de los cambios en los niveles de ARNm estimulados por las señales celulares
se deben a la estabilización del ARNm oa eventos de desestabilización, no a
cambios transcripcionales. Cómo se realizan estos cambios sigue siendo en
gran parte desconocido.
20.8 Los ARN recientemente sintetizados se verifican por defectos a
través de un sistema de vigilancia nuclear
 Los ARN nucleares aberrantes son identificados y destruidos por un
sistema de vigilancia.
 El exosoma nuclear funciona tanto en el procesamiento de ARN de
sustrato normal como en la destrucción de ARN aberrantes.
 El complejo TRAMP de levadura recluta el exosoma a ARN aberrantes y
facilita su actividad de exonucleasa 3 'a 5'.
 Los sustratos para la degradación del exosoma de TRAMP incluyen pre-
ARNm empalmados o empalmados aberrantemente y transcritos de
ARN Pol II terminados incorrectamente que carecen de una cola de poli
(A).
 La mayoría de las transcripciones de ARN Pol II pueden ser
transcripciones crípticas inestables (CUT) que se destruyen rápidamente
en el núcleo
Todos los ARN recién sintetizados están sujetos a múltiples pasos de
procesamiento después de su transcripción (ver el capítulo titulado "Empalme y
procesamiento de ARN"). En cada paso, se pueden cometer errores. Mientras
que los errores de ADN son reparados por una variedad de sistemas de
reparación (ver el capítulo titulado Sistemas de reparación), los errores
detectables en el ARN se solucionan destruyendo el ARN defectuoso. Los
sistemas de vigilancia de ARN existen tanto en el núcleo como en el citoplasma
para manejar diferentes tipos de problemas. La vigilancia implica dos tipos de
actividades: una para identificar y etiquetar el sustrato de ARN aberrante, y otra
para destruirlo
El destructor es el exosoma nuclear. El núcleo del exosoma nuclear es casi
idéntico al exosoma citoplásmico, aunque interactúa con diferentes cofactores
proteicos. Elimina nucleótidos de ARN dirigidos por actividad de exonucleasa 3
'a 5'. El exosoma nuclear tiene múltiples funciones que implican el
procesamiento de ARN de algunos transcriptos de ARN no codificantes
(snRNA, snoRNA y rRNA) y la degradación completa de transcritos aberrantes.
El exosoma se recluta a sus sustratos de procesamiento mediante complejos
proteicos que reconocen secuencias de ARN específicas o estructuras de ARN-
RNP. Por ejemplo, Nrd1-Nab3 es un dímero de proteína específico de
secuencia que recluta el exosoma para sustratos de procesamiento de sn /
snoRNA normal. Este par de proteínas se une a elementos GUA [A-G] y UCUU,
respectivamente. El cofactor Nrd1-Nab3 también está implicado en la
terminación de la transcripción de estos ARN transcritos con Pol II no
poliadenilados, lo que sugiere que el exosoma de procesamiento puede
reclutarse directamente en el sitio de su síntesis.
Los ARN mal procesados, modificados o mal plegados requieren otros
cofactores de proteínas para la identificación y el reclutamiento de exosomas.
El principal complejo nuclear que realiza esta función en la levadura se llama
TRAMP (un acrónimo de las proteínas componentes), y existe en al menos dos
formas, que difieren en el tipo de poli (A) polimerasa presente. El complejo
TRAMP actúa de varias maneras para efectuar la degradación:
 Interactúa directamente con el exosoma, estimulando su actividad de
exonucleasa.
 Incluye una helicasa, que probablemente se requiere para desenrollar la
estructura secundaria y / o mover las proteínas de unión a ARN de los
sustratos RNP estructurados durante la degradación.
 Agrega una cola corta de oligo (A) 3 'a los sustratos objetivo. Se cree
que la cola de oligo (A) hace que el RNP objetivo sea un mejor sustrato
para la maquinaria de degradación de la misma manera que la cola de
oligo (A) funciona en bacterias.
La FIGURA 20.11 resume los roles de TRAMP y el exosoma. Ha quedado claro
que la degradación del ARN en bacterias y arqueas y la degradación del ARN
nuclear en eucariotas son procesos evolutivamente relacionados. Su similitud
sugiere que el papel ancestral de la poliadenilación era facilitar la degradación
del ARN, y que el poli (A) se adaptó posteriormente en eucariotas para la
función extrañamente inversa de estabilizar los ARNm en el citoplasma.

FIGURA 20.11 El papel de TRAMP y el exosoma en la degradación de ARN

nucleares aberrantes. Las RNP defectuosas están marcadas por cofactores
proteicos, que luego reclutan el exosoma nuclear. El cofactor en las células de
levadura es el complejo TRAMP. La poli (A) polimerasa (PAP o Trf4) en TRAMP
agrega una cola corta de poli (A) al extremo 3 'del ARN diana.

¿Cuáles son los

sustratos para la

degradación del exosoma de TRAMP? El complejo TRAMP es notable porque

reconoce una amplia variedad de ARN aberrantes sintetizados por las tres
polimerasas transcriptoras. No se sabe cómo se logra esto dado que los ARN
dirigidos no comparten características comunes reconocibles. Algunos
investigadores están a favor de un modelo de competencia cinética, con la
hipótesis de que los ARN que no se procesan y ensamblan en forma final RNP
de manera oportuna se convertirán en sustratos para la degradación del
exosoma. Este mecanismo evita la necesidad de postular el reconocimiento
específico de innumerables defectos posibles.
¿Qué tipos de anormalidades condenan a los pre-ARNm a la destrucción
nuclear? Se han identificado dos tipos de sustratos. Un tipo es pre-mRNAs no
empalmados o empalmados aberrantemente. Los componentes del
spliceosome retienen tales transcripciones ya sea hasta que se degraden por el
exosoma o hasta que se complete el corte y empalme adecuado, si es posible.
Se cree que el modelo de competencia cinética probablemente se aplique aquí
también. Un pre-ARNm que no se empalma y empaqueta eficientemente tiene
un mayor riesgo de que la maquinaria de degradación del exosoma acceda a
él. La base para el reconocimiento de pre-mRNAs empalmados
aberrantemente no se conoce. El segundo tipo de sustrato de pre-ARNm es
uno que ha sido terminado indebidamente, que carece de una cola de poli (A).
Mientras que la poliadenilación es protectora en mRNAs verdaderos, en
realidad puede ser desestabilizante para transcriptos crípticos inestables
(CUT). Estos ARN no codificantes de proteínas (también discutidos en el
capítulo de ARN regulatorio) son transcritos por ARN Pol II y no codifican genes
reconocibles; sin embargo, frecuentemente se superponen con (y algunas
veces regulan) genes codificadores de proteínas. Estas transcripciones están
poliadeniladas por un componente del complejo TRAMP (Trf4). Se distinguen
de otras transcripciones de función desconocida por su inestabilidad extrema,
normalmente degradadas por el complejo exosoma de TRAMP inmediatamente
después de la síntesis, posiblemente dirigidas por la poliadenilación
dependiente de Trf4. De hecho, la existencia de estas transcripciones se
demostró de manera convincente primero en cepas de levadura con deterioro
de la degradación del ARN nuclear.
¡Más de tres cuartas partes de las transcripciones de ARN Pol II pueden estar
compuestas de ARN no codificantes y estar sujetas a una rápida degradación
por el exosoma! Algunos CUT parecen surgir de la iniciación de la transcripción
espuria, y los productos de ARN de vida corta en sí mismos típicamente no
parecen tener una función (es decir, estos ARN no actúan típicamente en
trans). Sin embargo, algunos ejemplos indican que el proceso de transcripción
en sí mismo puede desempeñar un papel en la regulación de genes
codificadores cercanos o superpuestos (un ejemplo se describe en el capítulo
Regulatory RNA).
20.9 El control de calidad de la traducción de ARNm se lleva a cabo
mediante sistemas de vigilancia citoplásmica
 La desintegración mediada por sin sentido (NMD) se dirige a los ARNm
con codones de parada prematuros.
 La orientación de los sustratos de NMD requiere un conjunto conservado
de proteínas UPF y SMG.
 El reconocimiento de un codón de terminación como prematuro implica
una estructura o longitud de 3 'UTR inusual en muchos organismos y la
presencia de complejos de unión del exón aguas abajo (EJCs) en
mamíferos.
 La descomposición continua (NSD) se dirige a los ARNm que carecen
de un codón de terminación de inframe y requiere un conjunto
conservado de proteínas SKI.
 La descomposición no dirigida (NGD) se dirige a los ARNm con
ribosomas estancados en sus regiones codificantes.
Algunos tipos de defectos del ARNm pueden evaluarse solo durante la
traducción. Los sistemas de vigilancia han evolucionado para detectar tres tipos
de defectos del ARNm que amenazan la fidelidad de la traducción y para
apuntar a los ARNm defectuosos para una degradación rápida. La FIGURA
20.12 muestra los sustratos para cada uno de estos tres sistemas. Los tres
sistemas implican eventos anormales de terminación de la traducción, por lo
que es útil revisar lo que sucede durante la terminación normal (consulte el
capítulo Traducción para obtener una descripción más detallada). Cuando un
ribosoma de traducción alcanza el codón de terminación (detención), un par de
factores de liberación (eRF1 y eRF2 en eucariotas) ingresa al sitio A
ribosómico, que normalmente se llena con los ARNt entrantes durante el
alargamiento. El complejo del factor de liberación media la liberación del
polipéptido completado, seguido por el ARNm, el ARNt restante y las
subunidades ribosómicas.

FIGURA 20.12 Sustratos

para sistemas de
vigilancia citoplásmica.
La desintegración
mediada por sin sentido
(NMD) degrada los
ARNm con una posición de
codón de terminación prematura (PTC) antes de su codón de terminación
normal (TC). La descomposición continua (NSD) degrada los mRNA que
carecen de un codón de terminación en el marco. La descomposición no pasa
(NGD) degrada los ARNm que tienen ribosoma estancado en la región
codificante.
La desintegración mediada por sin sentido (NMD) se dirige a los ARNm que
contienen un codón de terminación prematuro (PTC). Su nombre proviene de la
mutación sin sentido, que es solo una forma de generar mRNAs con un PTC.
Los genes sin mutaciones sin sentido pueden dar lugar a transcripciones
aberrantes que contienen un PTC por (1) error de ARN polimerasa o (2) corte y
empalme incompleto, incorrecto o alternativo. Se ha estimado que casi la mitad
de los pre-ARNm empalmados alternativamente generan al menos una forma
con PTC. Alrededor del 30% de los alelos conocidos que causan enfermedades
probablemente codifican un ARNm con un PTC. Un ARNm con un PTC
producirá polipéptidos truncados C-terminales, que se consideran
particularmente tóxicos para una célula debido a su tendencia a atrapar
múltiples compañeros de unión en complejos no funcionales. La vía NMD se ha
encontrado en todos los eucariotas.
La selección de los ARNm que contienen PTC requiere traducción y un
conjunto conservado de factores proteicos. Incluyen tres proteínas Upf (Upf1,
Upf2 y Upf3) y cuatro proteínas adicionales (Smg1, Smg5, Smg 6 y Smg7).
Upf1 es la primera proteína NMD en actuar, uniéndose al ribosoma de
terminación, específicamente a su complejo de factor de liberación. El enlace
UPF marca el ARNm para una rápida descomposición. Los papeles específicos
de los factores de NMD aún no se han definido, aunque la fosforilación de Upf1
unido a ribosomas por Smg1 es crítica. Sus acciones combinadas condenan el
ARNm a la maquinaria de descomposición general y estimulan la
amortiguación rápida. Los ARNm diana se degradan por las vías 5 'a 3' y 3 'a
5'.
¿Cómo se distinguen los PTC del codón de terminación normal más adelante?
El mecanismo se ha estudiado extensamente tanto en levaduras como en
células de mamíferos, donde es algo diferente; estos mecanismos se ilustran
en la FIGURA 20.13. La señal principal que identifica un PTC en células de
mamífero es la presencia de una unión de empalme, marcada por un complejo
de unión de exón (EJC) corriente abajo del codón de terminación prematura. La
mayoría de los genes en eucariotas superiores no tienen un intrón que
interrumpa el 3 'UTR, por lo que los codones de terminación auténticos
generalmente no son seguidos por una unión de empalme. Durante la ronda
pionera de traducción de un ARNm normal, todos los EJC se producen dentro
de la región codificante y son desplazados por el ribosoma en tránsito. Durante
la ronda pionera de traducción de un sustrato de NMD, las proteínas Upf2 y
Upf3 se unen a las EJC residuales corriente abajo, y se dirigen a la
degradación.

FIGURA 20.13 Dos mecanismos por los que un codón de terminación se

reconoce como prematuro. (a) En mamíferos, la presencia de un EJC corriente
abajo de un codón de terminación se dirige al ARNm para NMD. (b)
Probablemente en todos los eucariotas, se reconoce una UTR 3 'anormalmente
larga por la distancia entre el codón de terminación y el complejo poli (A) -
PABP. En cualquier caso, la proteína Upf1 se une al ribosoma de terminación
para desencadenar la descomposición.
La mayoría de los genes de S. cerevisiae no son interrumpidos por intrones en
absoluto, por lo que el mecanismo para la detección de PTC debe ser diferente.
En este caso, un 3 'UTR anormalmente largo es el signo de advertencia. Esto
se demostró por el hallazgo de que la extensión del 3 'UTR de un ARNm
normal podría convertirlo en un sustrato para NMD. Un modelo actual propone
que la terminación de la traducción adecuada en un codón de parada requiere
una señal de un PABP cercano. Aunque los 3 'UTR son muy variables en
longitud de nucleótidos, la distancia física entre el codón de terminación y la
cola poli (A) no es estrictamente una función de longitud porque las estructuras
secundarias y las interacciones entre RBP unidas pueden comprimir la
distancia. El requisito de PABP se demostró en múltiples organismos atando
una PABP cercana al PTC, como se ilustra en la FIGURA 20.14. El ARNm ya
no era el objetivo de NMD. El reconocimiento de PTC también ocurre
independientemente del corte y empalme en Drosophila, Caenorhabditis
elegans, plantas y en algunos ARNm de mamíferos, lo que sugiere que la
longitud y la estructura del 3 'UTR pueden ser críticas para el proceso normal
de terminación de la traducción en todos los organismos eucarióticos.

FIGURA 20.14 Efecto del anclaje de una PABP cerca de un codón de

terminación prematuro. Se modificó un gen PABP para expresar un dominio de
unión a ARN fágico. Su sitio de unión fue diseñado en un gen NMD-sustrato de
prueba. El PABP inmovilizado impidió la degradación rápida habitual de este
ARNm por NMD. Este método tiene muchas aplicaciones en biología molecular.
Algunos ARNm normales son dirigidos por NMD. Estos se identificaron
mediante experimentos en los que se redujeron los niveles de Upf1, lo que
resultó en un subconjunto de transcripciones que aumentaron en abundancia.
La lista de sustratos NMD normales incluye ARNm con UTR 3 'especialmente
largos, ARNm que codifican selenoproteínas (que usan el codón de terminación
UGA como un codón de selenocisteína) y un número desconocido de ARNm
empalmados alternativamente. No se predice que todos los ARNm dirigidos
sean sustratos de NMD según nuestra comprensión actual. La NMD puede
convertirse en una importante vía de desintegración rápida para una variedad
de ARNm de corta duración.
Las bacterias también pueden degradar rápidamente los ARNm con codones
de terminación prematura. En la versión de E. coli de NMD, la endonucleasa
RNasa E corta el ARNm en la región 3 'al PTC, que se encuentra en un estado
anormalmente no protegido debido a la liberación prematura de ribosomas.
Probablemente este mecanismo no requiera ningún medio adicional para
distinguir un PTC del codón de terminación correcto y también funcionaría para
los ARNm policistrónicos.
Nonstop decay (NSD) se dirige a los ARNm que carecen de un codón de
terminación en marco (panel central en la Figura 20.12). Si no se termina, el
ribosoma se traduce en la cola de poli (A) y probablemente se detiene en el
extremo 3 '. Los sustratos NSD se generan principalmente por terminación
prematura de la transcripción y poliadenilación en el núcleo. Tales transcritos
prematuramente poliadenilados son sorprendentemente comunes. El análisis
de las poblaciones de ADNc aleatorias derivadas de los ARNm de levadura y
humanos sugiere que entre el 5% y el 10% de los eventos de poliadenilación
pueden ocurrir en los sitios "crípticos" corriente arriba que se parecen a una
señal de poliadenilación auténtica. Dirigir los sustratos sin escalas implica un
conjunto de factores llamados proteínas SKI. El ribosoma se libera del ARNm
por la acción de Ski7. Ski7 tiene un dominio GTPasa similar a eEF3 y
probablemente se une al ribosoma en el sitio A para estimular la liberación. El
reclutamiento subsiguiente de las otras proteínas SKI y el exosoma da como
resultado una descomposición de 3 'a 5' del ARNm. La descomposición de los
sustratos sin escalas también puede ocurrir en ausencia de Ski7 y procede por
decapado y digestión de 5 'a 3'. La susceptibilidad a la descapsulación podría
deberse a que el ribosoma pionero desplaza las PABP a medida que atraviesa
la cola de poli (A). La rápida descomposición de los sustratos sin escalas da
como resultado no solo la prevención de polipéptidos tóxicos, sino también la
liberación de los ribosomas atrapados. Curiosamente, E. coli utiliza un ARN no
codificante especializado (ARNtm) que actúa como un ARNt y un ARNm para
rescatar ribosomas bloqueados en un ARNm sin escalas. tmRNA dirige la
adición de un péptido corto que se dirige al producto proteico defectuoso para
la degradación, proporciona un codón de parada para permitir el reciclaje del
ribosoma y se dirige a la degradación del ARNm defectuoso por la RNAsa R.
La decadencia de No-Go (NGD) se dirige a los ARNm con ribosomas
bloqueados en el codón de la región de codificación (panel inferior de la Figura
20.12). El estancamiento transitorio o prolongado puede ser causado por las
características naturales de algunos ARNm, incluidas las estructuras
secundarias fuertes y los codones raramente utilizados (cuyos ARNt afines se
encuentran en baja abundancia). Esta vía de vigilancia recién descubierta se
ha estudiado solo en levaduras y es la menos conocida de las tres. La
selección del mRNA implica el reclutamiento de dos proteínas, Dom34 y Hbs1,
que son homólogas a eRF1 y eRF3, respectivamente. La degradación del
ARNm se inicia con un corte endonucleolítico, y los fragmentos 5 'y 3' son
digeridos por el exosoma y Xrn1. Dom34 podría ser la endonucleasa, ya que
uno de sus dominios es similar a una nucleasa. ¿Por qué un ARNm normal
tendría secuencias difíciles de traducir que podrían condenar a una rápida
degradación? Tales secuencias pueden considerarse como otro tipo de
elemento desestabilizador. La retención evolutiva de los impedimentos para
una traducción eficiente sugiere que cumplen una función importante en el
control de la vida media de estos ARNm.
20.10 Translationally Silenced mRNAs Are Sequestered in
Variety of RNA Granules
 Los gránulos de ARN se forman por agregación de ARNm silenciado en
la traducción y muchas proteínas diferentes.
 Los gránulos de células germinales y los gránulos neuronales funcionan
en la represión y el transporte de traslación.
  Los cuerpos de procesamiento (PB) que contienen componentes de
desintegración del ARNm están presentes en la mayoría o en todas las
células.
 Los gránulos de estrés (SG) se acumulan en respuesta a la inhibición de
la traducción inducida por el estrés.
La aparición en células germinales y neuronas de partículas macroscópicas,
citoplásmicas que contienen ARNm se conoce desde hace muchos años. Los
gránulos de ARN se consideraron estructuras de almacenamiento de ARNm
exclusivas de estos tipos de células especializadas. Estudios recientes han
ampliado enormemente la aparición conocida y los probables roles de estos y
granulados relacionados. Una similitud entre todos los gránulos de ARN
conocidos es que albergan ARNm no traducidos y alrededor de 50 a 100
proteínas diferentes, dependiendo del tipo de gránulo. Los componentes
proteicos difieren entre los tipos de gránulos, aunque todos los gránulos
contienen conjuntos de proteínas que median la agregación a través de
motivos de auto-interacción. Los gránulos de ARN se forman por agregación de
mRNPs y proteínas y son de tamaño heterogéneo. El citoesqueleto y las
proteínas motoras también pueden desempeñar un papel en el montaje y
desmontaje de los gránulos (así como su transporte).
Los gránulos de células germinales (también llamados gránulos de ARNm
maternos) se encuentran en ovocitos de una variedad de organismos. Estos
gránulos comprenden colecciones de ARNm que se mantienen en un estado de
represión de la traducción hasta que se activan durante el desarrollo posterior.
La represión se logra mediante una extensa extinción, y la activación se logra
mediante la poliadenilación. Estos gránulos también pueden transportar ARNm
que se transportan a regiones específicas de esta célula grande (consulte la
siguiente sección de este capítulo, titulada Algunos ARNm eucarióticos están
localizados en regiones específicas de una célula). Los gránulos neuronales
son similares a los gránulos de ARNm maternos, ya que funcionan en la
represión y el transporte de traducción de ARNm específicos. Estos gránulos
son esenciales para la función neuronal normal.
Nuevos estudios sugieren que al menos cierta degradación del ARNm se
produce dentro de partículas discretas en todo el citoplasma de la mayoría o
todos los tipos de células. Estas partículas, llamadas cuerpos de
procesamiento (PB), son el único tipo de gránulo que contiene proteínas
involucradas en la desintegración del ARNm, incluida la maquinaria de
descapsulación y la exonucleasa Xrn1. Los ARNm silenciados a través de las
vías ARNi y miARN están presentes en los PB. Los PABP no se encuentran en
los PB, lo que sugiere que la inactivación precede a la localización del ARNm
en estas estructuras. Los cuerpos de procesamiento son dinámicos, aumentan
y disminuyen en tamaño y número, e incluso desaparecen, en diferentes
condiciones celulares y experimentales que afectan la traducción y el deterioro.
Por ejemplo, la liberación de ARNm de los polisomas por un fármaco que inhibe
el inicio de la traducción da como resultado un gran aumento en el número y
tamaño de PB, al igual que la degradación de la degradación por la inactivación
parcial de los componentes de desintegración. Sin embargo, no todos los
ARNm residentes están condenados a la destrucción; Algunos pueden liberarse
para su traducción, pero aún no está claro cuáles y por qué se liberaron. No se
sabe si toda la degradación del ARNm ocurre normalmente en estos cuerpos, o
incluso a qué función (es) sirven. Una idea es que la concentración de
poderosas enzimas destructivas en lugares aislados hace que la degradación
del ARNm sea más segura y eficiente. Otra es que sirven como sitios de
almacenamiento temporal cuando se excede la capacidad de la maquinaria de
decaimiento y / o traducción.
Otra partícula que contiene ARNm relacionada con los PB se llama gránulo de
estrés (SG). Mientras que los PB son constitutivos, los SG solo se acumulan en
respuesta a la inhibición del inicio de la traducción inducida por el estrés (una
respuesta común a probablemente todos los organismos eucarióticos). PB y
SG comparten algunos, pero no todos, componentes de proteínas. Por
ejemplo, los SG carecen de componentes de la maquinaria de desintegración
del ARN, que tienen los PB, pero incluyen muchos componentes de iniciación
de la traducción que carecen de los PB. Ambos tipos de partículas pueden
coexistir en una célula, y el tamaño y el número de ambos aumentan en
condiciones de estrés. Los ARNm pueden intercambiarse entre los dos tipos de
partículas. En presencia de fármacos estabilizadores de polisomas, que
atrapan los ARNm en un estado estático de traducción, tanto los PB como los
SG se hacen más pequeños o desaparecen, lo que sugiere que los ARNm en
gránulos están normalmente en un equilibrio dinámico con la población de
ARNm traducida. SGs comparten muchos componentes con gránulos
neuronales. De particular interés es el hecho de que varias proteínas de unión
a ARN compartidas, que se sabe que son esenciales para la formación de SG,
se han implicado en defectos neuronales.
20.11 Algunos ARNm eucarióticos se localizan en regiones específicas de una
célula
 La localización de los ARNm cumple diversas funciones en células
individuales y en desarrollo de embriones.
 Se han documentado tres mecanismos para la localización del ARNm.
 La localización requiere elementos cis en el ARNm objetivo y factores
trans para mediar en la localización.
 El mecanismo de transporte activo predominante implica el movimiento
dirigido de mRNPs a lo largo de las pistas del citoesqueleto
El citoplasma es un lugar abarrotado por una alta concentración de proteínas.
No está claro cómo se pueden difundir libremente los polisomas, y la mayoría
de los ARNm se traducen probablemente en ubicaciones aleatorias que están
determinadas por su punto de entrada en el citoplasma y la distancia que
pueden haberse alejado de él. Sin embargo, algunos mRNA se traducen solo
en sitios específicos; su traducción se reprime hasta que llegan a sus destinos.
La localización regulada se ha descrito para más de 100 ARNm específicos, un
número que ciertamente representa una pequeña fracción del total. La
localización del ARNm cumple una serie de funciones importantes en
organismos eucarióticos de todos los tipos. Tres funciones clave se ilustran en
la FIGURA 20.15 y se describen a continuación:
1. La localización de ARNm específicos en los ovocitos de muchos
animales sirve para establecer patrones futuros en el embrión (como la
polaridad del eje) y para asignar destinos de desarrollo a las células que
 residen en diferentes regiones. Estos ARNm maternos localizados
codifican factores de transcripción u otras proteínas que regulan la
expresión génica. En los ovocitos de Drosophila, los ARNm bicoides y
nanos se localizan en los polos anterior y posterior, respectivamente, y
su traducción después de los resultados de fertilización en gradientes de
sus productos proteicos. Los gradientes son utilizados por las células en
el desarrollo temprano para la especificación de su posición anterior-
posterior en el embrión. Bicoid codifica un factor de transcripción, y
nanos codifica un represor de traducción. Algunos ARNm localizados
codifican determinantes del destino celular. Por ejemplo, el ARNm de
oskar se localiza en la parte posterior del ovocito e inicia el proceso que
conduce al desarrollo de células germinales primordiales en el embrión.
Se estima que durante el desarrollo de Drosophila, el 70% de los ARNm
se expresan en dominios espaciales específicos.

2. La localización del ARNm también desempeña un papel en las divisiones

celulares asimétricas; es decir, divisiones mitóticas que resultan en
células hijas que difieren entre sí. Una forma en que esto se logra es
mediante la segregación asimétrica de los determinantes del destino
celular, que pueden ser proteínas y / o los ARNm que los codifican. En
Drosophila, los embriones, el ARNm de prospero y su producto (un
factor de transcripción) se localizan en una región de la corteza
periférica del embrión. Más adelante en el desarrollo, la división celular
orientada de los neuroblastos garantiza que solo la célula hija más
externa reciba prospero, comprometiéndose a un ganglio de la madre y
la célula de destino. La división celular asimétrica también es utilizada
por la levadura en ciernes para generar una célula hija de un tipo de
apareamiento diferente al de la célula madre, un evento que se describe
más adelante en esta sección.

3. La localización del ARNm en adultos, tipos celulares diferenciados es un

mecanismo para la compartimentación de la célula en regiones
especializadas. La localización se puede usar para asegurar que los
componentes de complejos multiproteínicos se sinteticen cerca uno del
otro y que las proteínas dirigidas a orgánulos o áreas especializadas de
las células se sinteticen convenientemente cerca. La localización del
ARNm es particularmente importante para células altamente polarizadas
como las neuronas. Aunque la mayoría de los ARNm se traducen en el
cuerpo celular de la neurona, muchos ARNm están localizados en sus
extensiones dendríticas y axonales. Entre ellos se encuentra el ARNm
de β-actina, cuyo producto participa en el crecimiento de dendritas y
axones. El ARNm de β-actina se localiza en sitios de movimiento activo
en una amplia variedad de tipos de células móviles. Curiosamente, la
localización del ARNm en los sitios postsinápticos neuronales parece ser
esencial para las modificaciones que acompañan el aprendizaje. En las
células gliales, el ARNm de la proteína básica de la mielina (MBP), que
codifica un componente de la vaina de la mielina, se localiza en un
compartimento específico que sintetiza la mielina. Las plantas localizan
los ARNm en la región cortical de las células y en las regiones de
crecimiento de las células polares.
Figura 15. Tres funciones principales de la localización del ARNm.
En algunos casos, la localización del ARNm implica el transporte de una célula
a otra. Los mRNPs maternos en Drosophila se sintetizan y ensamblan en las
células nodrizas circundantes y se transfieren al ovocito en desarrollo a través
de canales citoplásmicos. Las plantas pueden exportar ARN a través de
plasmodesmos y transportarlos por largas distancias a través del sistema
vascular del floema. Los ARNm a veces se transportan en masa en gránulos de
mRNP. Las composiciones de estos gránulos todavía no están bien definidas.
Tres mecanismos para la localización de ARNm han sido bien documentados:
1. El ARNm se distribuye uniformemente pero se degrada en todos los
sitios, excepto en el sitio de traducción.
2. El ARNm es libremente difusible pero queda atrapado en el sitio de
traducción.
3. El ARNm se transporta activamente a un sitio donde se traduce.
El transporte activo es el mecanismo predominante para la localización. El
transporte se logra mediante la translocación de proteínas motoras a lo largo
de las pistas del citoesqueleto. Se explotan los tres tipos de motores
moleculares: dineinas y kinesinas, que viajan a lo largo de microtúbulos en
direcciones opuestas, y miosinas, que viajan a lo largo de las fibras de actina.
Este modo de localización requiere al menos cuatro componentes: (1)
elementos cis en el ARNm objetivo, (2) factores trans que unen directa o
indirectamente el ARNm a la proteína motora correcta, (3) factores trans que
reprimen la traducción, y (4) un sistema de anclaje en la ubicación deseada.
Sólo unos pocos elementos cis, a veces llamados códigos postales, han sido
caracterizados. Son diversos, incluyen ejemplos de elementos de ARN tanto
estructurales como de secuencia, y pueden aparecer en cualquier parte del
ARNm, aunque la mayoría están en la UTR de 3 '. Los códigos postales han
sido difíciles de identificar, probablemente porque muchos consisten en
estructuras secundarias y terciarias complejas. Un gran número de factores
trans se han asociado con el transporte de ARNm localizado y la represión de
la traducción, algunos de los cuales están altamente conservados en diferentes
organismos. Por ejemplo, staufen, un RBP de doble cadena, participa en la
localización de los ARNm en los ovocitos de Drosophila y Xenopus, así como
en los sistemas nerviosos de Drosophila, mamíferos y probablemente gusanos
y pez cebra. Este factor de múltiples talentos tiene múltiples dominios que
pueden acoplar complejos a vías de transporte dependientes tanto de actina
como de microtúbulos. Casi nada se sabe sobre el cuarto componente
requerido: los mecanismos de anclaje. Dos ejemplos de mecanismos de
localización se discuten en los siguientes párrafos.
La localización del ARNm de β-actina se ha estudiado en fibroblastos y
neuronas cultivadas. El código postal es un elemento de 54 nucleótidos en la 3
'UTR. La unión cotranscripcional del elemento del código postal por la proteína
ZBP1 es necesaria para la localización, lo que sugiere que este mRNA se
compromete a la localización antes de que incluso se procese y exporte desde
el núcleo. Curiosamente, la localización del ARNm de β-actina depende de las
fibras de actina intactas en los fibroblastos y de los microtúbulos intactos en las
neuronas.
El análisis genético de la localización del ARNm de ASH1 en levaduras ha
proporcionado la imagen más completa de un mecanismo de localización hasta
la fecha y se ilustra en la FIGURA 20.16. Durante la brotación, el ARNm de
ASH1 se localiza en la punta de la yema en desarrollo, dando como resultado
la síntesis de Ash1 solo en la célula hija recién formada. Ash1 es un represor
transcripcional que no permite la expresión de la endonucleasa HO, una
proteína requerida para el cambio de tipo de apareamiento (consulte el capítulo
titulado Homólogo y Recombinación específica del sitio).
El resultado es que el cambio de tipo de apareamiento ocurre solo en la célula
madre. El ARNm de ASH1 tiene cuatro elementos de localización tallo-bucle en
su región codificante a la que se une la proteína She2, probablemente en el
núcleo. La proteína She3 sirve como adaptador, uniéndose tanto a She2 como
a la proteína motora de miosina Myo4 (también llamada She1). Una proteína
Puf, Puf6, se une al ARNm, reprimiendo su traducción. El motor transporta el
ASH1 mRNP a lo largo de las fibras de actina polarizadas que conducen desde
la célula madre hasta el brote en
desarrollo. Se requieren proteínas
adicionales para la correcta localización y
expresión del ARNm de ASH1. Más de 20
ARNm de levadura utilizan la misma vía de
localización.
Figura 16. Localización de ARNm de ASH1. El ARNm de ASH1 recién
exportado se une al motor de miosina Myo4 a través de un complejo con las
proteínas She2 y She3. El motor transporta el ARNm a lo largo de los
filamentos de actina hasta la yema en desarrollo.
Los mecanismos de localización que no implican transporte activo se han
demostrado claramente solo para unos pocos ARNm localizados en ovocitos y
embriones tempranos. El mecanismo de atrapamiento local de ARNm difusibles
requiere la participación de anclajes previamente localizados, que no se han
identificado. En los ovocitos de Drosophila, el ARNm nanos difusor queda
atrapado en el plasma germinal posterior, una región especializada del
citoplasma que subyace a la corteza. En los ovocitos de Xenopus, los ARNm
localizados en el polo vegetal se atrapan primero en una estructura un tanto
misteriosa y cargada de membranas llamada nube mitocondrial (MC), que
luego migra al polo vegetal, que lleva los ARNm con ella. El mecanismo de
estabilización del ARNm localizado se ha descrito para un ARNm que también
se localiza en el polo posterior del embrión de Drosophila. Al principio del
desarrollo, el ARNm de hsp83 se distribuye uniformemente a través del
citoplasma embrionario, pero luego se degrada en todas partes excepto en el
polo. Una proteína llamada smaug participa en la desestabilización de la
mayoría de los ARNm de hsp83, muy probablemente al reclutar el complejo
CCR4NOT. No se sabe cómo se escapan los ARNm localizados en el polo.