AMMINOACIDI E PROTEINE

Vengono chiamate amminoacidi quelle molecole organiche in cui sono contemporaneamente

presenti sia un gruppo acido carbossilico -COOH che un gruppo amminico -NH2. Una molecola
appartenente a questa classe è stata già incontrata: si tratta del monomero per la preparazione
del Nylon-6, l’acido 6-amminoesanoico.
Le fibre sintetiche poliammidiche imitano, nella struttura, le poliammidi naturali, che sono le fibre a
base di proteine (ossia tutte le fibre naturali di origine animale). Le proteine, a loro volta, sono
poliammidi costruite a partire da α-amminoacidi, ossia amminoacidi in cui i due gruppi amminico e
carbossilico sono legati allo stesso atomo di carbonio. Tutte le proteine naturali (sia quindi quelle
fibrose che quelle che, nelle cellule viventi, ricoprono i ruoli più vari: enzimi, trasportatori, tessuto
connettivo e muscolare, ecc.) sono costruite a partire da un gruppo di soli 20 amminoacidi
naturali, tutti della seguente struttura:

COOH

nella quale R rappresenta un gruppo laterale variabile. La stereochimica è sempre quella indicata.
L’aldeide poliidrossilata più semplice è il 2,3-diidrossipropanale, o gliceraldeide, che ha un solo
centro di asimmetria ed esiste in due enantiomeri.

CHO CHO
H C OH HO C H
CH2OH CH2OH

D-(+)-gliceraldeide L-(-)-gliceraldeide
R-(+)-gliceraldeide S-(-)-gliceraldeide

I simboli (+) e (-) riguardano il verso di rotazione della luce polarizzata, rispettivamente destrogiro e
levogiro. Le lettere R e S si riferiscono alla configurazione assoluta del centro chirale, così come
pure le lettere D (equivalente a R) e L (equivalente a S). Tutti i carboidrati il cui atomo di carbonio
asimmetrico più lontano dal carbonile ha la stessa configurazione della D-(+)-gliceraldeide si
dicono appartenenti alla serie D; la stragrande maggioranza dei carboidrati naturali appartiene
alla serie D. Gli amminoacidi naturali, invece, appartengono tutti alla serie L:
 CHO COOH
HO C H H2N C H
CH2OH R

L-(-)-gliceraldeide un L-(-)-amminoacido

Tutte le proteine naturali sono costituite da soli 20 α-amminoacidi, che differiscono fra loro solo per
la natura del gruppo R e uno solo dei quali, la glicina, è privo di chiralità.
I 20 amminoacidi naturali sono i seguenti, raggruppati in base alla natura di R:

R apolare

Glicina (Gly, G) (+) Alanina (Ala, A) (+) Isoleucina (Ile, I)

(—) Leucina (Leu, L) (—) Fenilalanina (Phe, F) (+) Valina (Val, V)

(—) Prolina (Pro, P)

(—) Triptofano (Trp, W) (—) Metionina (Met, M)

R neutro polare

(—) Treonina (Thr, T)

(—) Asparagina (Asn, N) (—) Serina (Ser, S)
 (—) Cisteina (Cys, C)
(+) Glutammina (Gln, Q)
(—) Tirosina (Tyr, Y)

R carico acido

(+) Acido aspartico (Asp, D) (+) Acido glutammico (Glu, E)

R carico basico

(-) Istidina (His, H) (+) Arginina (Arg, R)

(+) Lisina (Lys, K)

Gli amminoacidi sono stati qui indicati con tutti i gruppi

funzionali in forma neutra: in realtà, dato che contengono
almeno un gruppo acido debole e uno debolmente
basico, e a seconda della natura di R anche più di uno, i
loro gruppi possono essere in forma neutra o carica a
seconda del pH del mezzo. Si consideri ad esempio la
titolazione di un amminoacido semplice come l’alanina
mediante aggiunta di una base forte, a partire da un
mezzo a pH 0.
All’inizio, a pH 0, l’alanina è presente nella forma 1

COOH COO- COO-

CH3 CH3 CH3

1 2 3

in cui entrambi i gruppi sono protonati; con l’aumentare del pH, tende a cedere H+ dapprima il più
acido fra i due gruppi protonati.
Il gruppo -COOH è leggermente più acido di quello che si trova in un normale acido carbossilico
alifatico, a causa dell’effetto elettronattrattore del gruppo amminico, che stabilizza la base
coniugata. Il pKa del gruppo -COOH nell’alanina è 2,35 (Ka = 4,5 x 10-3), mentre quello di -NH3+ è
9,87 (Ka = 1,3 x 10-10), dato che il gruppo -NH2 è leggermente meno basico rispetto ad una normale
ammina alifatica (Kb = 7,4 x 10-5). Si ricordi che il prodotto Ka Kb = 10-14. Questo significa che, nella
curva di titolazione riportata sopra, il primo flesso, corrispondente all’aggiunta di mezza mole di OH,
rappresenta il valore di pH al quale la metà di 1 si è trasformata in 2; la trasformazione si completa
all’aggiunta di un’altra mezza mole di OH-, e a quel punto l’amminoacido è completamente
presente nella forma 2, la cui carica elettrica netta è zero a causa della contemporanea presenza
di due cariche opposte (una specie di questo genere viene anche chiamata zwitterione, dalla
parola tedesca “zwitter”, che significa “doppio”). Il pH corrispondente si trova dividendo per 2 la
somma dei pKa dei due gruppi acidi, in questo caso (2,35 + 9,87): 2 = 6,1. Questo è il cosiddetto pH
isoelettrico per questo amminoacido, ossia il pH al quale l’amminoacido non migra se immerso
all’interno di un campo elettrico; questa è la condizione di minima solubilità in acqua, perché a
questo pH le molecole tendono piuttosto ad aggregarsi fra loro. Aggiungendo ulteriore base, il
gruppo ammonio comincia a perdere H+ e l’amminoacido comincia a dar luogo alla forma
anionica 3.
Nel caso in cui sia presente anche un gruppo R acido o basico, occorre confrontarne la Ka con
quelle degli altri due gruppi: anche in questo caso, il pH isoelettrico è quello in cui sono presenti
sulla molecola solo due cariche, una + e una – . Facciamo l’esempio dell’acido glutammico:
i valori di pKa sono rispettivamente quelli indicati in figura.

9,47 2,10

COOH

CH2CH2COOH
4,07
Quindi quella in figura è la forma presente a pH 0: aggiungendo base cedono H+, nell’ordine, il
gruppo -COOH con pKa 2,10, l’altro gruppo -COOH, più simile ad un gruppo carbossilico normale,
e infine il gruppo ammonio. Il pH isoelettrico si trova dunque a (2,10 + 4,07) : 2 = 3,1, al quale
l’amminoacido sarà nella forma indicata in figura . A pH 7 questo amminoacido avrà una carica +
e due cariche – .

COO- COO-

CH2CH2 COOH CH2 CH2 COO-

Glu a pH 3,1 (isoelettrico) Glu a pH 7 (anionico)

Se consideriamo invece l’arginina, in cui il gruppo R è molto basico a causa della forte
stabilizzazione di risonanza dell’acido coniugato (vedi figura):

8,99

1,82
H H
N COOH
H + N H2 +

H CH2CH2 CH2 -NH-C-NH2

12,48

in questo caso, quando il gruppo -COOH si dissocia, la molecola ha tre cariche, due positive e una
negativa; è solo a pH (8,99 + 12,48) : 2 = 10,7 che è presente la forma zwitterionica con una carica
+ (quella sul gruppo R) e una carica –, mentre il gruppo -NH2 è deprotonato.
Nella seguente Tabella sono riportati i valori di pKa a 25°C per i gruppi acidi e basici degli
amminoacidi naturali.
Gli amminoacidi si legano fra loro a formare un’ammide fra il gruppo amminico di un
amminoacido e il gruppo carbossilico di un altro. Il legame così formato, nelle proteine, prende il
nome di legame peptidico.

COOH
2
R
In questo modo numerosi amminoacidi si concatenano dando luogo a polipeptidi, che sono delle
poliammidi naturali.
Quando gli amminoacidi concatenati sono in numero compreso tra 2 e 7 si parla di oligopeptidi,
fra 8 e 49 si usa il termine polipeptidi e solo a partire da almeno 50 amminoacidi si parla di vera e
propria proteina. Ogni amminoacido è indicato da una sequenza di tre lettere, e per indicare un
tripeptide formato da, ad es., valina, glycina e lisina si scrive Val-Gly-Lys, il che sottintende che il
primo amminoacido a sinistra (Val) è quello con il gruppo -NH2 terminale libero, mentre all’altra
estremità si trova il gruppo -COOH.
Questo concatenamento di amminoacidi è quella che viene chiamata la struttura primaria delle
proteine, costituita dalla sequenza dei legami σ della macromolecola. Normalmente le proteine
contengono circa il 50% di amminoacidi non polari; vi sono inoltre amminoacidi che si ritrovano più
comunemente e altri che sono invece più rari. La presenza dei diversi gruppi R, poi, capaci di
interazioni di vario tipo fra loro (legami idrogeno, legami ionici, interazioni di London,
sovrapposizioni (π-stacking) fra anelli aromatici), fa sì che la proteina, invece di mantenere una
forma distesa, si avvolga su se stessa secondo una geometria che appunto dipende dalle diverse
interazioni intracatena e intercatena. Questa è la struttura secondaria, che può assumere ad
esempio la geometria detta α-elica (la troviamo nella lana) oppure quella a foglietto β tipica della
seta, o altre. Una struttura come l’α-elica, che assomiglia ad una molla, può poi ulteriormente
ripiegarsi nello spazio, come si vede in figura (struttura terziaria) e il gomitolo che ne risulta può
associarsi ad altri (struttura quaternaria) dando luogo ad esempio ad un enzima, o ad altri
aggregati cosiddetti supramolecolari in grado di esplicare una qualche funzionalità.

Vi sono certi amminoacidi che favoriscono la formazione dell’α-elica, altri che la destabilizzano. Il
foglietto β è la struttura preferita quando si hanno proteine a prevalenza di gruppi R poco polari e
poco voluminosi (glicina e alanina), che si dispongono tutti da un lato in catene antiparallele.

Anche le proteine, come gli amminoacidi, hanno un proprio pH isoelettrico, determinato dai
gruppi COOH e NH2 terminali e inoltre dai gruppi laterali acidi o basici.
Le proteine, in natura, si dispongono, in condizioni di pH fisiologico, secondo una ben precisa
struttura terziaria, strettamente determinata dalla sequenza di amminoacidi. Nella figura che segue
è rappresentata una molecola di ribonucleasi bovina, una proteina costituita da 124 amminoacidi.

Alcuni degli amminoacidi presenti sono in grado di formare specifiche interazioni fra loro, che
mantengono la proteina nativa ripiegata come indicato. Qualora la proteina venga sottoposta,
ad esempio, a blando riscaldamento o a variazioni di pH, si può avere perdita del ripiegamento
(denaturazione), ma se la proteina non viene danneggiata il ripristino delle condizioni iniziali porta
al recupero della struttura (rinaturazione).