RINGKASAN

RADI IHLAS ALBANI. Evaluasi dan Optimalisasi Program PCR dalam

Determinasi Kelamin Ikan Barbir Emas Puntius conchonius secara Molekular.
Dibimbing oleh ALIMUDDIN dan AGUS OMAN SUDRAJAT.

Pembedaan antara ikan jantan/ betina hasil sex reversal dengan ikan jantan/
betina normal, yang biasanya dilakukan melalui metode pengujian progeny,
diperlukan dalam upaya produksi populasi monoseks. Akan tetapi, pengujian
progeny memiliki kendala yaitu membutuhkan banyak waktu, biaya, fasilitas,
pekerjaan, dan pendataan pada pelaksanaannya. Penanda molekular kelamin juga
dapat digunakan untuk keperluan tersebut, serta dapat mengatasi kendala metode
pengujian progeny. Kirankumar et al. (2003) telah berhasil menerapkan metode
analisa DNA menggunakan PCR dalam menentukan jenis kelamin secara
molekular pada ikan barbir emas Puntius conchonius. Tujuan dilakukannya
penelitian adalah untuk mengaplikasikan metode PCR dalam identifikasi kelamin
ikan barbir emas yang terdapat di Indonesia. Penelitian pendahuluan yang
dilakukan menunjukkan bahwa penerapan metode tersebut terhadap ikan barbir
emas uji menghasilkan pola pita DNA yang berbeda dengan hasil yang diperoleh
Kirankumar et al. (2003), serta belum dapat menunjukan perbedaan yang jelas
antara kelamin jantan dengan betina. Optimalisasi terhadap prosedur PCR yang
diterapkan diharapkan dapat memperjelas perbedaan pola pita DNA antara ikan
barbir emas jantan dan betina. Optimalisasi tersebut dilakukan melalui pengaturan
suhu annealing dan durasi waktu ekstensi.
Tiga kelompok ikan barbir emas yang telah memiliki ciri kelamin sekunder
digunakan dalam penelitian ini. Penelitian terdiri dari tahap evaluasi PCR
(menguji program PCR yang digunakan Kirankumar et al. (2003) terhadap ikan
barbir emas uji kelompok I), tahap optimalisasi PCR (dilakukan dengan
mengubah suhu annealing dan durasi waktu ekstensi pada program PCR),
verifikasi program PCR optimal (menguji program PCR optimal terhadap ikan
barbir emas uji kelompok II), pencarian penanda DNA yang berkaitan kelamin
melalui peningkatan konsentrasi gel agarosa, dan klarifikasi DNA yang diduga
sebagai penanda kelamin tersebut terhadap ikan barbir emas uji kelompok III.
Suhu annealing dan durasi waktu ekstensi yang digunakan dalam pengujian
optimalisasi PCR ialah: (1) 60°C, 60 detik sebagai kontrol/ evaluasi, (2) 62°C, 30
detik sebagai pengujian 1, (3) 58°C, 30 detik sebagai pengujian 2, (4) 62°C, 90
detik sebagai pengujian 3, dan (5) 58°C, 90 detik sebagai pengujian 4.
Konsentrasi gel agarosa yang digunakan dalam pengujian ialah 0,7% dan 2%.
Hasil yang diperoleh menunjukan bahwa program PCR dengan
menggunakan suhu annealing 62°C, dan durasi waktu ekstensi 90 detik
(pengujian 3) adalah program PCR terbaik untuk menghasilkan pola pita DNA
yang menunjukan dengan jelas perbedaan genetik kelamin ikan barbir emas.
Berdasarkan pola pita yang dihasilkan melalui penggunaan gel agarosa 2% dapat
diyakini bahwa kemungkinan penanda molekular khusus kelamin jantan (terkait
kromosom Y) pada ikan barbir emas yang diujikan adalah pita DNA dengan
panjang sekitar 270 bp.