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MICROBIOlOGIE DE L’ENVIRONNEMENT

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SOMMAIRE

I)Introduction

II)classification microbienne
III) la cellule bacterienne

- A)Morphologie
- B)Structure de la cellule bactérienne

IV)Nutrition et Croissance bactérienne


A) Nutrition
B) Croissance

V)Métabolisme
A Définitions
BMétabolisme glucidique
C)Métabolisme protéique
D Applications indusrielles

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I)INTRODUCTION A LA MICROBIOLOGIE :

1)Définition :
La microbiologie est la science qui se consacre à l’étude des microbes,
un microbe est un être unicellulaire et microscopique.
2) Découverte du monde microbien
La limite du pouvoir séparateur de l’œil étant réduite à des objets 0,1 mm
la découverte de cette catégorie d’êtres vivants est relativement récente,
en effet il a fallu attendre la découverte du Microscope au XVIeme pour
mettre en évidence l’existence de ces êtres microscopiques.
Les premières observations d’êtres microscopiques ont été faites par
Anthony Leuwenhœk 1676, qui a décrit en observant différents milieux
(salive, eau, tartre dentaire, Il a utilisé pour cela un microscope
rudimentaire, fabriqué à partir de lentilles et il a appelé les
microorganismes décrits Animalcules plus tard Sedillot en 1878 leur
donna le nom de microbes .C’est avec les travaux de Pasteur que la
microbiologie s’est développée Après la découverte des bactéries , la
génétique et la biologie moléculaire se sont imposées comme science
moderne , ce progrès est marqué par la découverte de la structure de la
molécule d’ADN par Watson et Crick (prix Nobel).
3) Les différentes étapes ayant permis le développement de la
microbiologie :
3 .1) Notion de Génération spontanée et milieu stérile :
Ce concept est établi sur le fait que les êtres vivants pourraient apparaître
spontanément dans un milieu , mais la notion de milieu stérile a mis fin à
ce concept par Spallanzani (1727-1799)
Donc :les microorganismes ne peuvent apparaître spontanément ,mais ils
existent autour de nous dans l’air , l’eau, sol .
3 .2)Les fermentations :
L’essor de la microbiologie a été déclenché puis dominé par le génie de
Pasteur (1822-1895) formé à la physique et la chimie, Pasteur dés l’age
de 24 ans découvre l’asymétrie moléculaire de l’acide tartrique.En1854, il
entreprend l’étude de la fermentation lactique et alcoolique.
Alcool +eau+ Sucre→alcool+CO2
Lait + bactéries →Acide Lactique+ CO2
En fait la fermentation a été connue depuis l’antiquité , par la fabrication
des fromages, des alcools(vins), mais ce n’est qu’avec les travaux de
Pasteur,qu’on connut l’agent responsable de la fermentation : les levures
3 .3 La microbiologie médicale :
Les microbes ont été longtemps soupçonnés comme étant la cause
possible d’épidémies mais ce n’est que vers 1836 que Bassi isola des
champignons responsables d’une maladie de la peau, mais les véritables
fondateurs de la microbiologie médicale furent Pasteur et Koch par la

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Découverte du Bacille de la maladie du charbon, de la tuberculose, du
choléra.
3.4 microbiologie du sol :
Etude des bactéries du cycle de l’azote par Winodrasky decouverte de
la fixation d’azote.
3.5 Immunologie et vaccination :
L’étude de l’immunité a également contribué à l’étude des microbes, en
1887, Jenner (Angleterre) découvre et met au point le vaccin de la
variole , Pasteur , par la suite découvre le vaccin du cholera.
3.6 découverte de l’asepsie et des agents antibactériens :
Stérilisation par la chaleur , découverte de la pénicilline par Fleming

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II) Place des microbes parmi les êtres vivants et
classification :

1) Définitions :
La cellule est l’unité fondamentale de structure et de fonction de l’être
vivant.
Tous les organismes vivants possèdent les caractéristiques suivantes :
─La capacité de se reproduire
─La capacité d’ingérer ou d’assimiler des nutriments et de les
métaboliser à des fins énergétiques et de croissance.
Pour rationaliser la diversité des organismes, il faut grouper les
organismes semblables et organiser ces groupes de façon hiérarchique
sans chevauchement. La taxonomie, ou taxinomie est la science de la
classification biologique ,(du grec taxis : disposition, nomos :Loi ou
nemein :distribuer , ou gouverner).
Au sens large, la taxonomie est composée de trois parties :
─ La classification est l’arrangement des organismes en groupes ou
taxons selon leur similitude ou leur parenté.
─ La nomenclature est la branche qui s’occupe de nommer des groupes
taxonomiques selon les règles publiées.
─ L’identification est le coté pratique de la taxonomie, elle consiste à
déterminer qu’une souche particulière appartient à un taxon connu, pour
cela on utilise des caractéristiques phénotypique et génotypique. Le
terme systématique peut remplacer le terme de taxonomie.
Le groupe de base en taxonomie microbienne est l’espèce. Les
microbiologistes nomment les microorganismes en utilisant le système
binomial du botaniste suédois : Carl Von Linné.Le nom latin en italique
ou souligné, comprend deux parties, la première partie débutant par une
majuscule est le nom du genre, la seconde est le nom de l’espèce ,écrit en
minuscule ex :Escherichia coli .
Le nom de l’espèce est stable, alors que le nom du genre peut changer s’il
y a de nouvelles connaissances.
Ex :Streptococcus pneumoniae s’appelait à l’origine Diplococcus
pneumoniae
2) Classification classique :
Lorsque les microorganismes ou les microbes ont été découverts on a
pensé à les classer selon leurs ressemblances avec les animaux ou
végétaux
Ex : Algues et Champignons →Végétaux
Protozoaires et bacteries→animaux

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Car jusqu’au XVIIIeme siècle on classait les organismes vivants selon
deux règnes :
─Le règne animal
─Le règne végétal
Les microorganismes ne pouvant êtres classés dans ces deux règnes on a
proposé un troisième règne pouvant grouper les microorganismes c’est le
règne des protistes C’est le zoologiste allemand Haeckel en1866 qui
proposa ce troisième règne.
Ce règne englobe :
-les bactéries
-les algues
-les champignons
-les protozoaires
Il se divise en deux catégories :
™ Les protistes inférieurs qui regroupe tous les procaryotes, bactéries
et algues bleues ou cyanophycées.
™ Les protistes supérieurs qui comprend tous les microorganismes
eucaryotes
3) Classification moderne (voir planche)

III) La cellule bactérienne


1) Morphologie :
Chaque bactérie présente une forme et des dimensions caractéristiques
1.1)Dimensions :
Elles varient selon les espèces en général, elles se situent entre 1 à 5µ
de long mais certaines bactéries peuvent atteindre une longueur
de100µ(spirilles)
1.2)Forme :
La forme des bactéries est un facteur primordial de classification
™ Forme sphérique : arrondie ou légèrement ovalaire cocci ou
coccus
™ Forme allongée : bâtonnet bacille
™ Forme vibrion : bâtonnet en forme de virgule
™ Forme spiralée ou spirille
1.3)Arrangement :
Les cellules sont pour la plupart regroupées en amas, cet arrangement
dépend du type de forme considérée (planche)
2)Structure de la cellule bactérienne :
La cellule présente dans sa structure des éléments constants et des
éléments facultatifs(planche)
2.1)Eléments constants :
Paroi, Membrane cytoplasmique, Cytoplasme, Chromosome

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™ La paroi :
C’est l’enveloppe externe de la bactérie (mise en évidence par le
phénomène de plasmolyse) ou par coloration négative, observation au
microscopie électronique.
Sa composition chimique varie selon les espèces (gram+ou gram-)
mais chez toutes les bactéries on retrouve une substance appelée
mureïne ou peptidoglycane qui est un polymère de deux chaînes de
sucres aminés. :
Acide- N-acetyl muramique
Acide-N-acetyl glucosamine
Ce polymère constitue un réseau assurant la rigidité de la paroi.
En plus de ce peptidoglycane, la paroi contient d’autres composés
chimiques variables selon les espèces. Sur la base de la coloration de
gram (coloration du cytoplasme, test de la perméabilité pariétale) on
distingue deux parois : Gram +Gram-. cette réaction de gram est due à une
différence de perméabilité de paroi chez les deux types de bactéries.
Remarque : Cette coloration n’est valable que si la paroi est intacte et
si le temps de coloration est respecté ;
Structure de la paroi :(voir planche)
Gram+_______1 seule couche
Gram-_______tristratifiée

™ La membrane cytoplasmique :
Elle est mise en évidence par le phénomène de plasmolyse et par
microscopie électronique.
-composition chimique :
La membrane cytoplasmique comprend : 30% à 40% de lipides, des
traces de glucides, 60 à 70% de protéines
-fonction :
o Respiration cellulaire : on y retrouve toutes les enzymes
responsables de la respiration cellulaire, elle représente
l’équivalent structural et fonctionnel des mitochondries chez les
cellules eucaryotes
o Transfert des substances : La membrane cytoplasmique joue un
rôle de barrière en empêchant la sortie des composés
intracytoplasmiques et la pénétration anarchique des constituants
extracellulaires, c’est elle qui régule l’absorption des substrats et
l’excrétion des métabolites soit par diffusion passive ou par
transport actif à l’aide d’enzyme appelée perméase
™ Mésosome :
En plus de la membrane cytoplasmique on trouve des structures
membranaires intracytoplasmiques appelées mésosomes , ces mésomes
apparaissent comme des invaginations de la membrane cytoplasmique,ils

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sont visibles chez la plupart des bactéries Gram+, leur développement est
plus restreint chez les Gram-.
™ Le cytoplasme :
C’est un hydrogel colloïdal comprenant deux phases :
Une phase dispersante : sels minéraux et composés minéraux, une phase
dispersée formée de nucléoprotéine et de lipides. Le pH du cytoplasme
est de l’ordre de 7 à 7 ,2.En dehors du matériel nucléaire, les principaux
éléments constitutifs du cytoplasme sont : ribosomes, ARN, substances
de réserve,d’autres organites .
o ARN et ribosomes :
Les ribosomes sont de petites granulations sphériques de 10 à 30nm de
diamètre qui sont très nombreux dans le cytoplasme .L’ARN
correspond à l’acide ribonucléique , il contribue avec les ribosomes à
la biosynthèse des protéines. L’ARN se retrouve sous trois
formes :ARN messager,ARN de transfert, ARN ribosomal.
o Granulations et substances de réserves :
La bactérie peut accumuler des matériaux organiques et
inorganiques, constituant des réserves d’énergie , lorsque ces
substances atteignent une taille suffisante, elles forment des
granulations. D’une façon générale, chaque espèce ou chaque groupe
bactérien synthétise une seule catégorie de substance de réserve.
Les substances accumulées sont : Le glycogène, le
polyhydroxybutyrique, les polyphosphates inorganiques , les
inclusions de soufre , du fer
o Appareil nucléaire : (voir planche)
-Mise en évidence : techniques de coloration et microscopie
-Composition chimique et structurale :
L’ADN est l’acide désoxyribonucléique, c’est un polymère de poids
moléculaire élevé composé d’unités appelées nucléotides .Chaque
nucléotide est composé :d’un groupement phosphoré,d’un sucre à 5c
le désoxyribose,d’une base purique : Adénine, Guanine,d’une base
pyrimidique : cytosine, thymine .
Ces nucléotides s’unissent les uns aux autres par des liaisons diester,
établies entre les fonctions acides de l’acide phosphorique et les
fonctions alcools du sucre.
-Rôle de l’ADN : il est le vecteur des caractères phénotypiques et
genotypique des bactéries,le message génétique de l’ADN est transmis
sous forme d’ARN messager(transcription) puis exprimé au niveau du
ribosome par la traduction qui aboutit à une chaîne d’acides aminés .
o Les plasmides :
Ce sont des éléments génétiques extrachromosomiques formés d’une
molécule d’ADN de plus petite taille que L’ADN chromosomique ,
,(1 /100)em, ces plasmides sont souvent porteurs de gènes codant pour

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des caractères facultatifs Ex : résistance aux agents antibactériens
90%(antibiotiques, métaux lourds,etc) et pour quelques caractères
métaboliques.

2 .2-Les éléments inconstants :Capsule, cils flagelles et pili, spore,


chromatophore et pigments .

™ La capsule :elle correspond à une substance organique visqueuse


de nature glucidique qui peut entourer la paroi de certaines
bactéries on l’appelle capsule lorsqu’elle a un pourtour défini
- Mise en évidence par coloration et par microscopie
-Nature chimique : polysaccharides associés à quelques polypeptides
-Rôle :propriétés physiopathologiques et antigéniques, protection contre
les phagocytoses les bactériophages , les protozoaires, la dessiccation, les
agents antibactériens

™ Les cils et flagelles :


Les bactéries se déplacent à l’aide d’élements locomoteurs, qu’on
appelle flagelle ou cils.
-Composition chimique : Protéine
-Fonction : mobilité, chimiotactisme, propriétés antigéniques
Cas particulier des pili ou fimbriae :ce sont des éléments locomoteurs
différents des flagelles ils sont soit sous forme de pilis communs qui ont
des propriétés d’hemaglutination soit sous forme de pili sexuel
intervenant dans le transfert génétique d’une bactérie mâle à une bactérie
femelle.

™ La spore :
Certaine espèces bactériennes ont le pouvoir de se transformer en petites
unités ovales ou sphériques dans les conditions défavorables (stress
hydrique, stress thermique, stress alimentaire), ce phénomène est appelé
sporulation .Les cellules reprennent leurs formes normales lorsque les
conditions du milieu deviennent favorables.
Certains genres bacteriens seulement sporuler :
Bacillus, Clostridium , Sporosarcina ce sont des gram+

™ Chromatophore et pigments : chez les bactéries photosynthétiques


on trouve des organites qui sont responsables de la
photosynthèse,qu’on appelle chromatophores et qui sont différents
des chloroplastes rencontrés chez les algues,ainsi que les pigments
(bacteriophylle)par analogie aux pigments chlorophylliens .

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™ Vacuole à gaz :des vésicules remplies de gaz sont rencontrées chez
les bactéries photosynthétiques,chez les algues bleues ou
cyanophycées et chez les bactéries pourpres, ces vacuoles
permettent à ces microorganismes d’habitat aquatique, de flotter à
la surface de l’eau .

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