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Introdução a modelagem de nicho ecológico:

uso, requerimentos e desafios

Daiany Caroline Joner


Universidade Federal de Goiás
PPG Ecologia & Evolução
dadaiany@gmail.com.br Fazendo a diferença com ciência.
Ementa:

Conceitos básicos de nicho;

Definições fundamentais em modelagem de nicho;

Aplicações da modelagem de nicho;

Dados necessários para a modelagem de nicho;

Banco de dados existentes;

Softwares e plataformas utilizadas para modelagem de nicho;

Uso da plataforma R na modelagem de nicho;

Aula prática: modelagem da espécie Caryocar brasiliensis (pequi);

Desafios atuais da modelagem de nicho.


Fazendo a diferença com ciência.
Nicho Grinnelliano (1917, 1924)

Nicho Eltoniano (1927)

Nicho Hutchinsoniano (1957)

Morelli & Tryjanowski (2015)


Soberón & Peterson (2005)
O que é afinal modelagem de nicho? Para que usar?
Como fazer?
Modelos correlativos

http://openmodeller.sourceforge.net/overview.html
Modelos mecanicistas
Nomenclatura correta????
Ecological niche modeling (ENM)

Species distribution modeling (SDM)

Climate envelope modelling

Predictive habitat distribution modelling

Habitat suitability model

Environmental niche model


Conceitos importantes para operacionalizar os dados!!
Adicionando grades
Extensão e resolução:
Ocorrência de espécies
Extensão e resolução:
Variáveis ambientais

http://www.southwestclimatechange.org/climate/modeling/uncertainty-global
Ementa:

Conceitos básicos de nicho;

Definições fundamentais em modelagem de nicho;

Aplicações da modelagem de nicho;

Dados necessários para a modelagem de nicho;

Banco de dados existentes;

Softwares e plataformas utilizadas para modelagem de nicho;

Uso da plataforma R na modelagem de nicho;

Aula prática: modelagem da espécie Caryocar brasiliensis (pequi);

Desafios atuais da modelagem de nicho.


Fazendo a diferença com ciência.
Ementa:

Conceitos básicos de nicho;

Definições fundamentais em modelagem de nicho;

Aplicações da modelagem de nicho;

Dados necessários para a modelagem de nicho;

Banco de dados existentes;

Softwares e plataformas utilizadas para modelagem de nicho;

Uso da plataforma R na modelagem de nicho;

Aula prática: modelagem da espécie Caryocar brasiliensis (pequi);

Desafios atuais da modelagem de nicho.


Fazendo a diferença com ciência.
Onde obter os dados?
Variáveis ambientais
http://gcmd.gsfc.nasa.gov/index.html
http://www.fao.org/nr/water/infores_databases_climwat.html
Ocorrência das espécies
Softwares e plataformas para modelagem
(Rangel et al., 2009)
Pacotes:

Biomod2

Dismo (usaremos esse)


Ementa:

Conceitos básicos de nicho;

Definições fundamentais em modelagem de nicho;

Aplicações da modelagem de nicho;

Dados necessários para a modelagem de nicho;

Banco de dados existentes;

Softwares e plataformas utilizadas para modelagem de nicho;

Uso da plataforma R na modelagem de nicho;

Aula prática: modelagem da espécie Caryocar brasiliensis (pequi);

Desafios atuais da modelagem de nicho.


Fazendo a diferença com ciência.
Ementa:

Conceitos básicos de nicho;

Definições fundamentais em modelagem de nicho;

Aplicações da modelagem de nicho;

Dados necessários para a modelagem de nicho;

Banco de dados existentes;

Softwares e plataformas utilizadas para modelagem de nicho;

Uso da plataforma R na modelagem de nicho;

Aula prática: modelagem da espécie Caryocar brasiliensis (pequi);

Desafios atuais da modelagem de nicho.


Métodos de modelagem
Métodos de modelagem
Antes disso....
Importante diferenciar!!

Métodos de modelagem

Modelos climáticos (AOGCMs)

Cenários de emissão (RCPs)


Cenários de emissão

Modelos climáticos

Combinações:

Métodos de modelagem X Modelos climáticos X Cenários de emissão


Tipos de métodos de modelagem...
Precipitação
presença
60

50

40

30

20

10 apenas presença
0
0 5 10 15 20 25

temperatura
Precipitação presença
ausência
60

50

40

30

20

10 presenças e ausências
0
0 5 10 15 20 25

temperatura
Adaptado de Sara Varela
Charles University – Czech Republic
Precipitação
60

50

40

30

20

10 presença e background
0
0 5 10 15 20 25

temperatura
Adaptado de Sara Varela
Charles University – Czech Republic
Tipos de modelos:
Bioclim
Domain
Presença Mahalanobis distances

GLMz
Presenças e ausências GAM
Presença e pseudoausência BRT

Presenças e background Maxent

Adaptado de Sara Varela


Charles University – Czech Republic
12

10

0
0 20 40 60 80 100 120 140

BIOCLIM:
Espaço n-dimensional delimitado pela tolerancia de cada variável

Adaptado de Sara Varela


Charles University – Czech Republic
Colutea brevialata

Slide de Sara Varela


Charles University – Czech Republic
Resposta em probabilidade de ocorrência

Presença/ausência
12

10

0
0 20 40 60 80 100 120 140

GLMz: Generalized Linear Model


Slide de Sara Varela
Charles University – Czech Republic
Colutea brevialata

Slide de Sara Varela


Charles University – Czech Republic
Maxent

Precipitação
60

40

20
presença e background
0
0 10 20 30
temperatura
Adaptado de Sara Varela
Charles University – Czech Republic Fazendo a diferença com ciência.
Bioclim + GLM + Maxent
Consenso:

Adaptado de Sara Varela


Charles University – Czech Republic
slide de Sara Varela Allouche et al., 2006
Charles University – Czech Republic
Aula Prática:
Modelagem Caryocar brasiliensis
Ementa:

Conceitos básicos de nicho;

Definições fundamentais em modelagem de nicho;

Aplicações da modelagem de nicho;

Dados necessários para a modelagem de nicho;

Banco de dados existentes;

Softwares e plataformas utilizadas para modelagem de nicho;

Uso da plataforma R na modelagem de nicho;

Aula prática: modelagem da espécie Caryocar brasiliensis (pequi);

Desafios atuais da modelagem de nicho.


Ementa:

Conceitos básicos de nicho;

Definições fundamentais em modelagem de nicho;

Aplicações da modelagem de nicho;

Dados necessários para a modelagem de nicho;

Banco de dados existentes;

Softwares e plataformas utilizadas para modelagem de nicho;

Uso da plataforma R na modelagem de nicho;

Aula prática: modelagem da espécie Caryocar brasiliensis (pequi);

Desafios atuais da modelagem de nicho.


Desafios atuais da modelagem de nicho
Alvarado -Serrano e Knowles (2014)
Alvarado -Serrano e Knowles (2014)
Bibliografia recomendada
OBRIGADA.
rdloyola.wix.com/cblab
Daiany Caroline Joner
Universidade Federal de Goiás
PPG Ecologia & Evolução
dadaiany@gmail.com.br

Fazendo a diferença com ciência.