9/29/2016 Minerals under the Microscope: Earth Sciences: University of Bristol

University of Bristol

EARTH
SCIENCES

Minerals under the Microscope
Created by Charlotte Gladstone with a bit of help from Paul Browning (paul.browning@bris.ac.uk)

Introduction

The polarising microscope

Plane polarised light (PPL) Cross polarised light (XPL)

Shape and Cleavage Interference colours

Relief Extinction angle

Colour and Pleochroism Twinning

Opacity

Vibration directions

Mineral Identification

Additional reading

Introduction
In Practicals 5 and 6 we introduce an important skill that will underpin practical work in the rest of the Level
1 Geology course ­ use of the polarising (or petrological microscope). Like many skills worth having, use of
the polarising microscope takes practise to perfect. To help you in this task we provide a number of
supporting learning materials:

The Open University Virtual Microscope (OUVM) provides a computer­based simulation of a
polarising microscope

The UKESCC Optical Mineralogy module which provides a computer­based tutorial on the entire
subject

This hypertext document (which you may be reading for the first time in a paper form) which will help
you use the OUVM and Optical Mineralogy module as productively as possible

Both the OUVM and the Optical Mineralogy module can be accessed from computers in Earth Sciences'
Computer Suite (G36) by selecting "Coursware" in the Launcher and opening the folder "UKESCC".

Two bits of advice:

http://www.gly.bris.ac.uk/www/teach/opmin/mins.html#relief 1/10
9/29/2016 Minerals under the Microscope: Earth Sciences: University of Bristol

The OUVM is not a substitute for the "real thing" ­ make sure you are able to transpose the techniques
you learn on the simulation to real thin sections

The Optical Mineralogy module contains much material of a content and a level that will not be
covered until the Level 2 Mineralogy course. Do not be intimidated by it! By all means look at the
advanced material but use this document to direct your study on the parts of the module that are
essential background for the Level 1 course.

Two maps

As you work through this document you will find two sorts of "maps" that look like this:

These represent the "top pages" of the OUVM and Optical
Mineralogy module. The map on the left means "if you want to
see an example of this look at slide 6 on the OUVM". The map on
the right means "if you want more background on this topic look
at pages 1­11 on the section on Birefringence in the Optical
Mineralogy module". Click on either of these maps to see what the "top pages"
really look like.

Warning Sign

You will also see a few warning triangles like this:

These represent pages of the Optical Mineralogy module which cover subjects
which you haven't come across yet in the course. These will be taught to you in the
second year course. Naturally, you are welcome to read these pages anyway.

Back to Menu

The Polarising Microscope

Thin sections and the polarising microscope

Up to now you've looked at rocks in hand specimen and have found that it is sometimes rather difficult to be
confident about identifying minerals, especially in rocks that are fine­grained. Thin sections change all this!

A thin section is made by grinding down a slice of rock which has been glued to a glass slide until it reaches
a thickness of about 0.03mm (30 microns). At this thickness most minerals become more or less transparent
and can therefore be studied by a microscope using transmitted light. Thin sections are time consuming and
costly to prepare ­ each is worth £10 ­ so please treat them with care.

The instrument we use to look at thin sections is a polarising microscope. These are expensive (£1500!)
items and also need to be treated with care, especially the lenses. Before using a polarising microscope it is
important to know a bit about polarised light and the optical properties of minerals.

You should be familiar with the following (from bottom to top, following the light path):

Illumination control
Substage assembly (polariser, iris diaphragm and condenser)
Rotating stage with clips
Objectives in rotating nose piece
Coarse/fine focussing wheel
Analyser : make sure it is out
Bertrand Lens : make sure it is out
http://www.gly.bris.ac.uk/www/teach/opmin/mins.html#relief 2/10
9/29/2016 Minerals under the Microscope: Earth Sciences: University of Bristol

Eyepiece with crosshairs

If you're not sure what all the bits are (the analyser, the Bertrand Lens, etc.) click on
the picture. This will give you a full labelled microscope.

The nature of polarised light

Light travels as electro­magnetic vibrations in which the vibration direction is
transverse to the direction of propagation. Transverse wave­motions of this
type are said to be plane polarised when all the vibrations lie in one plane.
Light from the sun is unpolarised but when it reflects off a surface it becomes
partly polarised as shown opposite.

Double Refraction

Most crystalline substance are anisotropic ­ their physical properties (including refractive index) differ if
measured in different directions. Crystals belonging to the cubic system are the exception and are said to be
isotropic ­ their physical properties do not vary with direction. When a ray of ordinary (unpolarised) light
enters an anisotropic crystal it is in general split into two rays ­ this is called double refraction.

Back to Menu

http://www.gly.bris.ac.uk/www/teach/opmin/mins.html#relief 3/10
9/29/2016 Minerals under the Microscope: Earth Sciences: University of Bristol

Shape and Cleavage
The form of crystals and the arrangement of cleavage planes within them are useful for identification.

Consider the mineral augite, a member of the pyroxene group. This diagram shows the crystal
form. It has two cleavages at 90 degrees to each other running parallel to the length of the
crystal (so­called "prismatic" cleavage).

Augite Phenocryst

This thin secton shows a euhedral phenocryst of augite.

These two photos show cleavage well. Diagram A illustrates
one cleavage (so­called "basal" cleavage). Diagram B shows
two cleavages (prismatic). Arrows have been added to help you
pick out the cleavages.

Back to Menu

http://www.gly.bris.ac.uk/www/teach/opmin/mins.html#relief 4/10
9/29/2016 Minerals under the Microscope: Earth Sciences: University of Bristol

Relief
You will immediately notice when you look at thin sections that some minerals are clearly visible (that is,
details of surface texture, cleavage, etc., are obvious) while others appear almost featureless and, if
colourless, barely visible. This is the property known as relief.

Minerals which have refractive indices which differ markedly from that of the mounting medium (the glue
used to stick the rock slice to the glass slide and the cover slip to the rock) show up clearly in thin section and
are said to have high relief. Minerals with low relief have refractive indices close to that of the mounting
medium of about 1.54.

Relief is a useful distinguishing property for the the igneous rock­froming minerals; all the
mafic minerals show high relief but all the felsic minerals (with the exception of muscovite)
show low relief.

This thi section shows examples of contrasting relief. The high relief mineral is
clinopyroxene and the low relief mineral is plagioclase feldspar.

Back to Menu

Colour and Pleochroism

We've already observed that augite can appear slightly pink in plane polarised light (PPL) ­ this is the result
of selective absorption of certain of the wavelengths that comprise the white light supplied by the
illumination. The anistropy shown by non­cubic crystals in their physical properties can also be shown by
their absorption ­ this phenomenon is called pleochroism and is a useful distinguishing property.
Pleochroism is apparent in thin section when minerals undergo a colour change as they are rotated in plane
polarised light.

Biotite E­W

Here are two pictures of the same crystal of biotite, under PPL. The first is taken with the
cleavage oriented E­W along the crosshairs.

Biotite N­S

In this second picture, the stage has been rotated 90 degrees so that
the cleavage is oriented N­S along the crosshairs.

Look at the variation in colour between these two; this is pleochroism.

http://www.gly.bris.ac.uk/www/teach/opmin/mins.html#relief 5/10
9/29/2016 Minerals under the Microscope: Earth Sciences: University of Bristol

(The black spots are caused from radiation damage by small inclusions of uranium­ or thorium­bearing
minerals like zircon.)

Back to Menu

Opacity
Some minerals, typically the ore minerals (oxides and sulphides), are not
transparent in thin section ­ they are opaque. We really need another form of
microscope ­ a reflecting light microscope ­ before we could be sure. It is
important to realise that whilst an opaque mineral might appear isotropic this
may not be the case. Magnetite, belonging to the cubic system, is isotropic;
haematite, belonging to the trigonal system, is anisotropic. However, both the
iron oxide minerals are opaque and appear isotropic in transmitted light.

Back to Menu

Vibration Directions

What is going to happen if we place an anisotropic mineral on a
polarising microscope? Consider first what will happen in just plane
polarised light (with the analyser out):

The light illuminating the specimen is already polarised in an E­W
direction. In certain positions of the specimen the plane of polarisation
will be parallel with one or other of the vibration directions of the crystal.
In this situation all the light passing through the crystal utilises one of the vibration directions only since it
has no component of vibration in the plane of the other. If, on the other hand, the plane of polarisation of the
illumination is NOT parallel to either of the vibration directions of the grain, light will pass through the
crystal utilising both of the possible vibration directions.

Now consider the function of the analyser (with its vibration direction N­S):

http://www.gly.bris.ac.uk/www/teach/opmin/mins.html#relief 6/10
9/29/2016 Minerals under the Microscope: Earth Sciences: University of Bristol

The mineral grain will become dark in four positions 90 degrees
apart as the stage is rotated the extinction positions are reached
whenever either of the vibration directions of the grain all into
parallelism with the vibration direction of the polariser. In these
positions all the light transmitted through the crystal utilizes one
vibration direction only (W­E) and this light is completely cut out
by the analyser (N­S). In between the four extinction positions
some light will always pass through the analyser because the light
passing through the crystal utilises both vibration directions,
neither of which is normal to the vibration direction of the
analyser.

Back to Menu

Interference colours
Light from an original single, plane polarised (white) beam passes through anisotropic crystals as two rays
with different velocities.

When the analyser is inserted the two rays are recombined into a single N­S plane and interfere with each
other as they will be out of phase.

The phase difference depends on:

The thickness of the section
The wavelengths of the light
The difference in refractive index between the two rays (constant for all wavelengths if no dispersion)
which is called the birefringence

Thus for a given grain in a particular section, wavelength is the only variable and the
phase difference will vary for the different wavelengths in the white light supplied. Hence
certain colours will be reinforced because of path differences which happen to coincide
with a whole range of wavelengths, and others will be cut out because of phase differences
involving a half wavelength.

The result is a coloured ray, i.e. a coloured appearance of the grain (as seen on the left),
due tothe removal of certain wavelengths from the original white. For a more rigorous discussion of
interference colours see the Optical Mineralogy module ­ however, do not worry if you find this material
challenging.

Birefringence

This maximum colour is often diagnostic of an anistropic mineral and it is observed
in sections that display simultaneously the maximum and minimum refractive
indices. The numerical difference between the two indices is the birefringence. For
example, augite has a maximum and minimum refractive indices of 1.724 and 1.700
giving a birefringence of 0.024. The Michel Levy chart summarizes the relationships between interference
colours, birefringence and thin section thickness.
http://www.gly.bris.ac.uk/www/teach/opmin/mins.html#relief 7/10
9/29/2016 Minerals under the Microscope: Earth Sciences: University of Bristol

Back to Menu

Extinction Angle
The extinction angle of a given grain is the angle between any specified
crystallographic direction and either of the two vibration directions. It can be an
important distinguishing character for different minerals. As with interference
colours, a mineral in different orientations will show different kinds of extinction. It
is important to record either the nature of the extinction shown by MOST grains of a
mineral (i.e. straight or inclined) and if inclined extinction is displayed to record the
MAXIMUM extinction angle shown. The following generalizations apply:

Minerals belonging to the tetragonal, hexagonal, trigonal or orthorhombic crystal systems will in
general show straight extinction.
Minerals belonging to the monoclinic system will often show inclined extinction but may sometimes
show straight extinction.
Minerals belonging to the triclinic system will in general show inclined extinction.

(If you need more information on crystal systems see Lecture 1 of the Earth Materials or the Crystallography
Courseware Module)

This first photograph shows a pyroxene crystal with cleavage aligned E­W along
the crosshairs. The second photograph shows the same crystal in an extinction
position. This shows inclined extinction as the cleavage has a different
orientation to either of the vibration directions.

http://www.gly.bris.ac.uk/www/teach/opmin/mins.html#relief 8/10
9/29/2016 Minerals under the Microscope: Earth Sciences: University of Bristol

Back to Menu

Twinning
One consequence of the symmetry of the internal structure of crystals is the
possible growth of twinned crystals. A twinned crystal is a single crystal
divided into two (or more) parts in which the crystal lattice of one part is
differently oriented with respect to the next.

Repeat twinning is a prominent feature of many minerals, particularly the plagioclase feldpars. The stripey
plagioclase feldspar crystal on the right shows this. The crystal is divided up into narrow lamellae with
alternate orientations. The black and white stripes are caused by lamellae of one orientation being in an
extinction position, while lamellae of the second orientation are not.

Back to Menu

Mineral Identification

Successful mineral identification when using thin sections is (like when looking at rocks and mineral in hand
specimen) a matter of asking yourself the right questions.

http://www.gly.bris.ac.uk/www/teach/opmin/mins.html#relief 9/10
9/29/2016 Minerals under the Microscope: Earth Sciences: University of Bristol

With practise you will build yourself an automatic "expert system" to lead you to the right answer. An
example of an expert system is shown below ­ providing you answer the questions correctly (by making
accurate observations) then you will lead youself to the correct answer. But note that

this is not the only expert system that would be designed for igneous rock forming minerals
it is not watertight; for example hornblende can show brown pleochroism (and biotite when it alters to
chlorite can show green pleochroism)
in such cases you would need to check that the other thin section properties are consistent with your
interpretation (e.g. brown hornblende will not in general show straight extinction where as biotite will).

Back to Menu

Additional Reading
Battey ­ Mineralogy for students (QE363.2 BAT)

Phillips ­ Optical Mineralogy: the non­opaque minerals (QE369.06 PHI)

Kerr ­ Optical Mineralogy (QE369.06 KER)

(The code in brackets after each title refers to the Library catalogue number)

Dept of Earth
Sciences home
page

http://www.gly.bris.ac.uk/www/teach/opmin/mins.html#relief 10/10