Departamento de Ingeniería Bioquímica

Biocatálisis
Unidad 5: Información especializada de Biocatalizadores.

Carlos Alvarez-Vasco, Ph.D.

Universidad Icesi, Cali-CO. Abril 29, 2019
 Importancia Ejemplos Terminos Propiedades

Cronograma
 Lectura 3: Lunes 6 de Mayo, Debate.

 Examen corto 4: Miércoles 8 de Mayo, sala de computo.

 Taller 3 : Lunes 13 de Mayo; presentaciones estudios de caso.

 Evaluación formativa :Miércoles 15 de Mayo, sala de computo.

 Evaluación final : 22 Mayo 4-6pm.

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Departamento de Ingeniería Bioquímica
Introducción Células completas Protein Data Bank Enzyme Expasy

Unidad 5.Información especializada de

Biocatalizadores.

Obtención de información representativa de las enzimas en

bases de datos
http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do

Protein Data Bank

En números

42,227 Secuencias de proteínas

37,410 Estructuras de secuencias humanas
9,852 Estructuras que contienen acidos nucleicos
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Introducción Células completas Protein Data Bank Enzyme Expasy

Unidad 5.Información especializada de

Biocatalizadores.

Obtención de información representativa de las enzimas en

bases de datos

Fundada en 1971: Brookhaven National Laboratories (BNL)

Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB)

Protein Data Bank archive (PDB) has served as the single

repository of information about the 3D structures of
proteins, nucleic acids, and complex assemblies.

https://en.wikipedia.org/wiki/Lysozyme 4
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Introducción Células completas Protein Data Bank Enzyme Expasy

Unidad 5.Información especializada de

Biocatalizadores.

Actividad:
http://www.rcsb.org/pdb/pathway/pw.do

• Ir al “pathway view”

• Seleccione E. coli y “core metabolism”.

• Seleccione la enzima¨Glucose-6-phosphate isomerase (PGI)

• Buscar la estructura cristalina de la enzima.

• Cuando se deposito la estructura.
• Que técnica se empleo.
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Unidad 5.Información especializada de

Biocatalizadores.

Actividad:
http://www.rcsb.org/pdb/pathway/pw.do

• Glucose-6-phospahte isomerase (PGI)

• Buscar: Catalytic activity.

• Buscar: Gene name.

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Unidad 5.Información especializada de

Biocatalizadores.

Actividad:
http://www.rcsb.org/pdb/pathway/pw.do

• Ir al “pathway view”

• Seleccione Homo sapiens y “Carbohydrate metabolism”.

• Seleccione la enzima¨Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

(GAPD)”

• Buscar la estructura cristalina de la enzima (wild-type)

• Cuando se deposito la estructura.
• Que técnica se empleo.
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Unidad 5.Información especializada de

Biocatalizadores.

Actividad:
http://www.rcsb.org/pdb/pathway/pw.do

• Buscar: Catalytic activity.

• Buscar: Longitud de la cadena
• Ligandos.
• Grafique la reacción que ocurre.

• Buscar: Gene name.

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Unidad 5.Información especializada de

Biocatalizadores.

Actividad Lysozyme (253L)

• Visualización de estructuras de proteínas en 3D.

• Dibuje la estructura secundaria y terciaria de una proteína.

• Visualice los cofactores.

• Visualice los aminoácidos que interactúan con el sustrato.

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Unidad 5.Información especializada de

Biocatalizadores.

Actividad:
• Buscar: Molecular Weight.

Donde puedo encontrar:

• Buscar: Catalytic activity?
• Buscar: Parámetros catalíticos: Vmax, Km, etc ?
• Buscar: Condiciones optimas?

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Unidad 5.Información especializada de

Biocatalizadores.

Obtención de información representativa de las enzimas en bases de datos

http://enzyme.expasy.org/

Enzyme nomenclature database

En números

International Union of Biochemistry and Molecular

Biology (IUBMB)

Release of 27-Sep-17 (6028 active entries)

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 Introducción Células completas Protein Data Bank Enzyme Expasy

Unidad 5.Información especializada de

Biocatalizadores.

Obtención de información representativa de las enzimas en bases de datos

http://enzyme.expasy.org/

Enzyme nomenclature database

Permite encontrar información catalítica relevante,
pero hay que buscar mucho y ser paciente!
Busquemos la EC=5.3.1.9

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Unidad 5.Información especializada de

Biocatalizadores.

Obtención de información representativa de las enzimas en bases de datos

Busquemos la EC=5.3.1.9

• Buscar: Catalytic activity?

http://www.brenda-enzymes.org/enzyme.php?ecno=5.3.1.9
• Efecto de iones metálicos
• Posibles inhibidores
• Parámetros catalíticos: Vmax, Km, etc ?
• Condiciones optimas?

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Unidad 5.Información especializada de Biocatalizadores.

Actividad en enzyme.expasy.org/ y
http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do
(60min, max 3 decimas parcial 3):

Para la PENICILLIN-BINDING PROTEIN (4KQQ)

• Buscar: EC #
• Catalytic activity?
• Efecto de iones metálicos?
• Posibles inhibidores?
• Parámetros catalíticos: Kcat, Km, Ki, actividad especifica, etc?
• Condiciones optimas?
• Otros datos biocatalítico relevantes, y porque?
• Estructura de la proteína: # aminoácidos, 2D y 3D.
• Datos adicionales relevantes desde PDB, y porque cree que
son relevantes?
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Subir reporte a Moodle

 Unidad 5. Información especializada de Biocatalizadores.

Retro_alimentación de el ultimo bono

Para la PENICILLIN-BINDING PROTEIN (4KQQ)

• Buscar: EC # 3.4.16.4, from PSEUDOMONAS AERUGINOSA

• Catalytic activity:
• Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase.
• Hidrolisis de enlaces peptídicos: Preferential cleavage: (Ac)2-L-Lys-
D-Ala-/-D-Ala.

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Unidad 5.Información especializada de Biocatalizadores.

Para la PENICILLIN-BINDING PROTEIN (4KQQ)

• Efecto de iones metálicos?

• No hay información en Brenda para este organismo específicamente, sin embargo
sabemos que este organismo es una bactertoia Gram negativa como E. coli. Por lo
tanto como aproximación podemos usar los datos de esta ultima.

• Zn2+: Hace parte del sitio activio, ayuda a estabilizar el estado de transición del
sustrato:

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Unidad 5.Información especializada de Biocatalizadores.

Para la PENICILLIN-BINDING PROTEIN (4KQQ)

• Posibles inhibidores?
• Para P. aeruginosa el único inhibidor reportado en Brenda es piperacillin.

Inhibidor % inhibition
arylakylidene imino-thiazolidin-4-ones 16 100
arylakylidene imino-thiazolidin-4-ones 17 100
arylakylidene imino-thiazolidin-4-ones 18 96
arylakylidene imino-thiazolidin-4-ones 99
arylalkylidene rhodanine derivative 4 95

• En la tabla se reportan los 5 principales inhibidores.

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 Unidad 5. Información especializada de Biocatalizadores.
Para la PENICILLIN-BINDING PROTEIN (4KQQ)

• Parámetros catalíticos: Kcat, Km,

Retro_alimentación Ki,
de el actividad
ultimo bono especifica, etc?
Debemos presentar los datos para el mismo sustrato y a las mismas condiciones:
A un pH de 7,5 y 25°C para el sustrato: N-(N-acetyl-1-O-methyl-beta-muramoyl)-
L-alanyl-D-gamma-glutamyl-L-lysyl-D-alanyl-D-alanine:

Km [mM] Kcat [1/s] Kcat/Km [S-1 M-1]

3,5 0,9 257,1

Ki [mM] Inhibidor
0,013 Boc-gamma-D-Glu-L-Lys-(Cbz)-D-
boroAla-(-)-pinanediol

• Condiciones optimas? 18
•Departamento
Depende dedeIngeniería Bioquímica
la cepa, pero esta entre 7,6-10.
• Temperature: 37°C
 Unidad 5. Información especializada de Biocatalizadores.
Para la PENICILLIN-BINDING PROTEIN (4KQQ)

• Otros datos biocatalítico relevantes,

Retro_alimentación y porque?
de el ultimo bono
• Esta es una enzima que produce la bacteria tanto de forma extracelular como
anclada a la membrana celular (atada en la membrana exterior).

• Estructura de la proteína: # aminoácidos, 2D y 3D.

• La proteína tiene 564 aminoácido, que forman dos cadenas, de los cuales el 31%
participa en la conformación de hélices y el 24% en laminas beta.

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 Unidad 5. Información especializada de Biocatalizadores.
• A continuación se presenta la secuencia:

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 Unidad 5. Información especializada de Biocatalizadores.
• Estructura 3D:

Sitio de union para el

inhibidor VPP

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• Estructura 3D:

Sitio de union para el

Sitio de union para el Cloro
Cloro

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 Unidad 5. Información especializada de Biocatalizadores.
Para la PENICILLIN-BINDING PROTEIN (4KQQ)

• Datos adicionales relevantes desde

Retro_alimentación de el PDB,
ultimoybono
porque cree que
son relevantes?

• La proteína original es porducida por Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692),

pero fue expresada en Escherichia coli BL21(DE3).

• El estudio se hizo para estudiar la forma en que los antibióticos beta-lactamicos se

unen a las proteínas de union a la penicilina (PBPs) formando complejos estables
que generan resistencia en estas cepas a los antibióticos. Por eso se evalúa el uso de
el inhibidor VPP para evitar la unión dela BPPs y por tanto la resistencia a
antibióticos.
VPP

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•Departamento
Se empleo de Ingeniería Bioquímica
cristalografía de rayos x para determinar la estructura de la proteína.
 Importancia Ejemplos Terminos Propiedades

Mecanismo de comprobación lectura 3.

Debate.
Desarrollo de las enzimas industriales en Colombia (60min)

Temática del Debate

¿Cuál debería ser el enfoque más apropiado para el desarrollo de las enzimas
industriales (producción, comercialización, aplicación) en Colombia?

Grupo A
Transferencia tecnológica de los procesos productivos, purificación y aplicación de
enzimas industriales.
Grupo B
Desarrollar nuestra propia tecnología para la producción, purificación y aplicación de
enzimas industriales.

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 Importancia Ejemplos Terminos Propiedades

Mecanismo de comprobación lectura 3.

Debate.
Grupo A- Transferencia Grupo B- Desarrollar
DIANA SOFIA RODRIGUEZ VALENTINA MUÑOZ
LAURA NATALIA GONZALEZ JUAN DAVID CAICEDO
JESUS ERNESTO CUETIA ANDRES VALENCIA
KAREN DELGADO LAURA RENDON
ISABEL FERNANDA ENRIQUEZ JUAN CAMILO COLORADO
MARIA CAMILA CANDAMIL CLARA INES CASTELLANOS
LISETH BLANCO JORDY CUERO
DANIELA ROSERO MARIA ALEJANDRA BASTIDAS
VALENTINA ROMAN SAMUEL DIAZ
ISABELLA AVILA GABRIELA SARRIA
MARCELO PARRA JEFFERSON DAVID DIAZ
JOSE RODRIGO HERNANDEZ GELEN BELALCAZAR
CRISTIAN CAMILO VARGAS JHOAN SEBASTIAN VELASQUEZ
MARIA CAMILA RODRIGUEZ MANUELA LONDOÑO 25
MARIA JULIANA
Departamento MUÑOZ Bioquímica
de Ingeniería ISABELLA VALENCIA
 Unidad 5. Información especializada de Biocatalizadores.

Revisión de Objetivos

1. Obtener información representativa de enzimas y células usando bases de datos

disponibles en la web.

2. Seleccionar potenciales biocatalizadores para llevar a cabo transformaciones

biológicas específicas.

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